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_entity_src_gen.host_org_common_name _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id _entity_src_gen.host_org_genus _entity_src_gen.pdbx_host_org_gene _entity_src_gen.pdbx_host_org_organ _entity_src_gen.host_org_species _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue_fraction _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line _entity_src_gen.pdbx_host_org_atcc _entity_src_gen.pdbx_host_org_culture_collection _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell _entity_src_gen.pdbx_host_org_organelle _entity_src_gen.pdbx_host_org_cellular_location _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector _entity_src_gen.host_org_details _entity_src_gen.expression_system_id _entity_src_gen.plasmid_name _entity_src_gen.plasmid_details _entity_src_gen.pdbx_description 1 1 sample 'Biological sequence' 1 429 ? ? 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ExpiCHO ? ? ? ? ? baculovirus ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP S5MF06_9INFA S5MF06 ? 1 ;LKPGCNCSHSQPETTNTSQTIINNYYNETNITNIQMEERTSRNFNNLTKGLCTINSWHIYGKDNAVRIGESSDVLVTREP YVSCDPDECRFYALSQGTTIRGKHSNGTIHDRSQYRALISWPLSSPPTVYNSRVECIGWSSTSCHDGKSRMSICISGPNN NASAVVWYNRRPVAEINTWARNILRTQESECVCHNGVCPVVFTDGSATGPADTRIYYFKEGKILKWESLTGTAKHIEECS CYGERTGITCTCRDNWQGSNRPVIQIDPVAMTHTSQYICSPVLTDNPRPNDPNIGKCNDPYPGNNNNGVKGFSYLDGANT WLGRTISTASRSGYEMLKVPNALTDDRSKPIQGQTIVLNADWSGYSGSFMDYWAEGDCYRACFYVELIRGRPKEDKVWWT SNSIVSMCSSTEFLGQWNWPDGAKIEYFL ; 37 2 PDB 6PZW 6PZW ? 2 ? 1 3 PDB 6PZW 6PZW ? 3 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6PZW A 1 ? 429 ? 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ARG H 83 THR H 87 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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I CYS 144 SG ? ? ? 1_555 I CYS 191 SG ? ? C CYS 183 C CYS 230 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf29 disulf ? ? I CYS 193 SG ? ? ? 1_555 I CYS 198 SG ? ? C CYS 232 C CYS 237 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf30 disulf ? ? I CYS 239 SG ? ? ? 1_555 I CYS 252 SG ? ? C CYS 278 C CYS 291 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf31 disulf ? ? I CYS 241 SG ? ? ? 1_555 I CYS 250 SG ? ? C CYS 280 C CYS 289 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? ? disulf32 disulf ? ? I CYS 279 SG ? ? ? 1_555 I CYS 297 SG ? ? C CYS 318 C CYS 337 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf33 disulf ? ? I CYS 382 SG ? ? ? 1_555 I CYS 408 SG ? ? C CYS 421 C CYS 447 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? ? disulf34 disulf ? ? J CYS 52 SG ? ? ? 1_555 J CYS 378 SG ? ? B CYS 92 B CYS 417 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf35 disulf ? ? J CYS 84 SG ? ? ? 1_555 J CYS 89 SG ? ? B CYS 124 B CYS 129 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? ? disulf36 disulf ? ? J CYS 136 SG ? ? ? 1_555 J CYS 154 SG ? ? 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A ASN 146 M NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.403 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 161 ND2 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? A ASN 200 N NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.408 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? D ASN 46 ND2 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? D ASN 86 D NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.420 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? D ASN 106 ND2 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? D ASN 146 O NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.403 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? D ASN 161 ND2 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? D ASN 200 P NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.408 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? I ASN 46 ND2 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? C ASN 86 C NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.420 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? I ASN 106 ND2 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? C ASN 146 Q NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.403 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? I ASN 161 ND2 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? C ASN 200 R NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.408 ? N-Glycosylation covale9 covale one ? J ASN 46 ND2 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? 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O2 ? ? ? 1_555 N MAN . C1 ? ? N MAN 5 N MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.485 ? ? covale19 covale both ? N MAN . O3 ? ? ? 1_555 N MAN . C1 ? ? N MAN 7 N MAN 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.479 ? ? covale20 covale both ? N MAN . O6 ? ? ? 1_555 N MAN . C1 ? ? N MAN 7 N MAN 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.475 ? ? covale21 covale both ? O NAG . O4 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? O NAG 1 O NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.403 ? ? covale22 covale both ? P NAG . O4 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? P NAG 1 P NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.423 ? ? covale23 covale both ? P NAG . O4 ? ? ? 1_555 P BMA . C1 ? ? P NAG 2 P BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.481 ? ? covale24 covale both ? P BMA . O3 ? ? ? 1_555 P MAN . C1 ? ? P BMA 3 P MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.474 ? ? covale25 covale both ? P BMA . O6 ? ? ? 1_555 P MAN . C1 ? ? P BMA 3 P MAN 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.463 ? ? covale26 covale both ? P MAN . O2 ? ? ? 1_555 P MAN . C1 ? ? P MAN 4 P MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.479 ? ? covale27 covale both ? P MAN . O2 ? ? ? 1_555 P MAN . C1 ? ? 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T NAG 1 T NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.431 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 ASN 286 A . ? ASN 325 A PRO 287 A ? PRO 326 A 1 0.37 2 ARG 391 A . ? ARG 430 A PRO 392 A ? PRO 431 A 1 1.06 3 GLY 109 C . 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SER E 9 GLY E 13 AC4 2 THR E 105 ? VAL E 109 ? THR E 102 VAL E 106 AC4 3 ALA E 86 ? THR E 94 ? ALA E 84 THR E 92 AC4 4 THR E 98 A PHE E 101 ? THR E 95 PHE E 98 AC5 1 ILE E 18 ? THR E 23 ? ILE E 19 THR E 24 AC5 2 THR E 72 ? ILE E 77 ? THR E 70 ILE E 75 AC5 3 PHE E 64 ? SER E 69 ? PHE E 62 SER E 67 AC6 1 GLN F 3 ? SER F 7 ? GLN F 3 SER F 7 AC6 2 LEU F 18 ? SER F 25 ? LEU F 18 SER F 25 AC6 3 THR F 78 ? MET F 83 ? THR F 77 MET F 82 AC6 4 PHE F 68 ? ASP F 73 ? PHE F 67 ASP F 72 AC7 1 GLY F 10 ? VAL F 11 ? GLY F 10 VAL F 11 AC7 2 THR F 118 ? THR F 121 ? THR F 107 THR F 110 AC7 3 ALA F 92 ? PHE F 102 ? ALA F 88 PHE F 98 AC7 4 TYR F 32 ? GLN F 39 ? TYR F 32 GLN F 39 AC7 5 LEU F 45 ? ILE F 51 ? LEU F 45 ILE F 51 AC7 6 LYS F 58 ? TYR F 60 ? LYS F 57 TYR F 59 AC8 1 GLY F 10 ? VAL F 11 ? GLY F 10 VAL F 11 AC8 2 THR F 118 ? THR F 121 ? THR F 107 THR F 110 AC8 3 ALA F 92 ? PHE F 102 ? ALA F 88 PHE F 98 AC8 4 PHE F 111 G TRP F 114 ? PHE F 100 TRP F 103 AC9 1 SER G 9 ? GLY G 12 ? 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Coot ? ? 1 ? 10 'MODEL REFINEMENT' relax Rosetta 3.10 ? 1 ? 11 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? cryoSPARC 2 1 ? ? 12 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? cryoSPARC 2 1 ? ? 13 CLASSIFICATION ? cryoSPARC 2 1 ? ? 14 RECONSTRUCTION ? cryoSPARC 2 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.478 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)' 'United States' 'U19 AI117905' 1 'National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)' 'United States' 'HHSN 272201400024C' 2 # loop_ _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.hetero M 4 NAG 1 M NAG 1 A NAG 1302 n M 4 NAG 2 M NAG 2 A NAG 1303 n N 5 NAG 1 N NAG 1 A NAG 1304 n N 5 NAG 2 N NAG 2 A NAG 1305 n N 5 BMA 3 N BMA 3 A BMA 1306 n N 5 MAN 4 N MAN 4 A MAN 1307 n N 5 MAN 5 N MAN 5 A MAN 1311 n N 5 MAN 6 N MAN 6 A MAN 1312 n N 5 MAN 7 N MAN 7 A MAN 1308 n N 5 MAN 8 N MAN 8 A MAN 1309 n N 5 MAN 9 N MAN 9 A MAN 1310 n O 4 NAG 1 O NAG 1 D NAG 1302 n O 4 NAG 2 O NAG 2 D NAG 1303 n P 5 NAG 1 P NAG 1 D NAG 1304 n P 5 NAG 2 P NAG 2 D NAG 1305 n P 5 BMA 3 P BMA 3 D BMA 1306 n P 5 MAN 4 P MAN 4 D MAN 1307 n P 5 MAN 5 P MAN 5 D MAN 1311 n P 5 MAN 6 P MAN 6 D MAN 1312 n P 5 MAN 7 P MAN 7 D MAN 1308 n P 5 MAN 8 P MAN 8 D MAN 1309 n P 5 MAN 9 P MAN 9 D MAN 1310 n Q 4 NAG 1 Q NAG 1 C NAG 1302 n Q 4 NAG 2 Q NAG 2 C NAG 1303 n R 5 NAG 1 R NAG 1 C NAG 1304 n R 5 NAG 2 R NAG 2 C NAG 1305 n R 5 BMA 3 R BMA 3 C BMA 1306 n R 5 MAN 4 R MAN 4 C MAN 1307 n R 5 MAN 5 R MAN 5 C MAN 1311 n R 5 MAN 6 R MAN 6 C MAN 1312 n R 5 MAN 7 R MAN 7 C MAN 1308 n R 5 MAN 8 R MAN 8 C MAN 1309 n R 5 MAN 9 R MAN 9 C MAN 1310 n S 5 NAG 1 S NAG 1 B NAG 1304 n S 5 NAG 2 S NAG 2 B NAG 1305 n S 5 BMA 3 S BMA 3 B BMA 1306 n S 5 MAN 4 S MAN 4 B MAN 1307 n S 5 MAN 5 S MAN 5 B MAN 1311 n S 5 MAN 6 S MAN 6 B MAN 1312 n S 5 MAN 7 S MAN 7 B MAN 1308 n S 5 MAN 8 S MAN 8 B MAN 1309 n S 5 MAN 9 S MAN 9 B MAN 1310 n T 4 NAG 1 T NAG 1 B NAG 1313 n T 4 NAG 2 T NAG 2 B NAG 1314 n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier BMA 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpb BMA 'COMMON NAME' GMML 1.0 b-D-mannopyranose BMA 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-Manp BMA 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man MAN 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpa MAN 'COMMON NAME' GMML 1.0 a-D-mannopyranose MAN 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 a-D-Manp MAN 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man NAG 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpNAcb NAG 'COMMON NAME' GMML 1.0 N-acetyl-b-D-glucopyranosamine NAG 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-GlcpNAc NAG 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 GlcNAc # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 4 oligosaccharide 5 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_descriptor.ordinal _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor _pdbx_entity_branch_descriptor.type _pdbx_entity_branch_descriptor.program _pdbx_entity_branch_descriptor.program_version 1 4 DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 2 4 'WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 3 4 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}' LINUCS PDB-CARE ? 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2 5 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 3 5 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 4 5 4 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 5 5 5 MAN C1 O1 4 MAN O2 HO2 sing ? 6 5 6 MAN C1 O1 5 MAN O2 HO2 sing ? 7 5 7 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? 8 5 8 MAN C1 O1 7 MAN O3 HO3 sing ? 9 5 9 MAN C1 O1 7 MAN O6 HO6 sing ? # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 4 NAG 1 n 4 NAG 2 n 5 NAG 1 n 5 NAG 2 n 5 BMA 3 n 5 MAN 4 n 5 MAN 5 n 5 MAN 6 n 5 MAN 7 n 5 MAN 8 n 5 MAN 9 n # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 6 _pdbx_entity_nonpoly.name 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _pdbx_entity_nonpoly.comp_id NAG # _pdbx_initial_refinement_model.id 1 _pdbx_initial_refinement_model.type 'experimental model' _pdbx_initial_refinement_model.source_name PDB _pdbx_initial_refinement_model.accession_code 5L14 # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support none _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? 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