data_6QW6 # _entry.id 6QW6 # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.333 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code PDB 6QW6 WWPDB D_1292101023 EMDB EMD-4658 # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Structure of the human U5.U4/U6 tri-snRNP at 2.9A resolution.' _pdbx_database_related.db_id EMD-4658 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 6QW6 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2019-03-05 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible N 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_citation.pdbx_database_id_PubMed 30975767 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Charenton, C.' 1 0000-0002-8959-7012 primary 'Wilkinson, M.E.' 2 0000-0003-4738-9503 primary 'Nagai, K.' 3 0000-0003-1785-6510 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat 'U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein 27 kDa protein' 18915.414 1 ? ? ? ? 2 polymer nat 'U4 snRNA' 46997.742 1 ? ? ? ? 3 polymer nat 'Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1' 13310.653 2 ? ? ? ? 4 polymer nat 'Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2' 13551.928 2 ? ? ? ? 5 polymer nat 'Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3' 13940.308 2 ? ? ? ? 6 polymer nat 'U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3' 77669.188 1 ? ? ? ? 7 polymer nat 'U4/U6 small 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protein G,SmG' 15 '220 kDa U5 snRNP-specific protein,PRP8 homolog,Splicing factor Prp8,p220' 16 'Activating signal cointegrator 1 complex subunit 3-like 1,BRR2 homolog,U5 snRNP-specific 200 kDa protein,U5-200KD' 17 'Elongation factor Tu GTP-binding domain-containing protein 2,SNU114 homolog,hSNU114,U5 snRNP-specific protein,116 kDa,U5-116 kDa' 18 'DIM1 protein homolog,Spliceosomal U5 snRNP-specific 15 kDa protein,Thioredoxin-like U5 snRNP protein U5-15kD' 19 ;Androgen receptor N-terminal domain-transactivating protein 1,ANT-1,PRP6 homolog,U5 snRNP-associated 102 kDa protein,U5-102 kDa protein ; 20 'U5-40K,38 kDa-splicing factor,Prp8-binding protein,hPRP8BP,U5 snRNP-specific 40 kDa protein,WD repeat-containing protein 57' 21 '100 kDa U5 snRNP-specific protein,DEAD box protein 23,PRP28 homolog,U5-100kD' 23 'Protein G7b,Small nuclear ribonuclear protein D homolog,snRNP core Sm-like protein Sm-x5' 25 'Glycine-rich protein,GRP' 30 'RNA-binding motif protein 42' 31 'SNU66 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CAAUACCCCGCCGUGACGACUUGCAAUAUAGUCGGCAUUGGCAAUUUUUGACAGUCUCUACGGAGACUGG ; ;XAGCUUUGCGCAGUGGCAGUAUCGUAGCCAAUGAGGUUUAUCCGAGGCGCGAUUAUUGCUAAUUGAAAACUUUUCCCAAU ACCCCGCCGUGACGACUUGCAAUAUAGUCGGCAUUGGCAAUUUUUGACAGUCUCUACGGAGACUGG ; 4 ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MKLVRFLMKLSHETVTIELKNGTQVHGTITGVDVSMNTHLKAVKMTLKNREPVQLETLSIRGNNIRYFILPDSLPLDTLL VDVEPKVKSKKREAVAGRGRGRGRGRGRGRGRGRGGPRR ; ;MKLVRFLMKLSHETVTIELKNGTQVHGTITGVDVSMNTHLKAVKMTLKNREPVQLETLSIRGNNIRYFILPDSLPLDTLL VDVEPKVKSKKREAVAGRGRGRGRGRGRGRGRGRGGPRR ; 41,51 ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MSLLNKPKSEMTPEELQKREEEEFNTGPLSVLTQSVKNNTQVLINCRNNKKLLGRVKAFDRHCNMVLENVKEMWTEVPKS GKGKKKSKPVNKDRYISKMFLRGDSVIVVLRNPLIAGK ; ;MSLLNKPKSEMTPEELQKREEEEFNTGPLSVLTQSVKNNTQVLINCRNNKKLLGRVKAFDRHCNMVLENVKEMWTEVPKS GKGKKKSKPVNKDRYISKMFLRGDSVIVVLRNPLIAGK ; 42,52 ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MSIGVPIKVLHEAEGHIVTCETNTGEVYRGKLIEAEDNMNCQMSNITVTYRDGRVAQLEQVYIRGSKIRFLILPDMLKNA PMLKSMKNKNQGSGAGRGKAAILKAQVAARGRGRGMGRGNIFQKRR ; ;MSIGVPIKVLHEAEGHIVTCETNTGEVYRGKLIEAEDNMNCQMSNITVTYRDGRVAQLEQVYIRGSKIRFLILPDMLKNA PMLKSMKNKNQGSGAGRGKAAILKAQVAARGRGRGMGRGNIFQKRR ; 43,53 ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MALSKRELDELKPWIEKTVKRVLGFSEPTVVTAALNCVGKGMDKKKAADHLKPFLDDSTLRFVDKLFEAVEEGRSSRHSK SSSDRSRKRELKEVFGDDSEISKESSGVKKRRIPRFEEVEEEPEVIPGPPSESPGMLTKLQIKQMMEAATRQIEERKKQL SFISPPTPQPKTPSSSQPERLPIGNTIQPSQAATFMNDAIEKARKAAELQARIQAQLALKPGLIGNANMVGLANLHAMGI APPKVELKDQTKPTPLILDEQGRTVDATGKEIELTHRMPTLKANIRAVKREQFKQQLKEKPSEDMESNTFFDPRVSIAPS QRQRRTFKFHDKGKFEKIAQRLRTKAQLEKLQAEISQAARKTGIHTSTRLALIAPKKELKEGDIPEIEWWDSYIIPNGFD LTEENPKREDYFGITNLVEHPAQLNPPVDNDTPVTLGVYLTKKEQKKLRRQTRREAQKELQEKVRLGLMPPPEPKVRISN LMRVLGTEAVQDPTKVEAHVRAQMAKRQKAHEEANAARKLTAEQRKVKKIKKLKEDISQGVHISVYRVRNLSNPAKKFKI EANAGQLYLTGVVVLHKDVNVVVVEGGPKAQKKFKRLMLHRIKWDEQTSNTKGDDDEESDEEAVKKTNKCVLVWEGTAKD RSFGEMKFKQCPTENMAREHFKKHGAEHYWDLALSESVLESTD ; ;MALSKRELDELKPWIEKTVKRVLGFSEPTVVTAALNCVGKGMDKKKAADHLKPFLDDSTLRFVDKLFEAVEEGRSSRHSK SSSDRSRKRELKEVFGDDSEISKESSGVKKRRIPRFEEVEEEPEVIPGPPSESPGMLTKLQIKQMMEAATRQIEERKKQL SFISPPTPQPKTPSSSQPERLPIGNTIQPSQAATFMNDAIEKARKAAELQARIQAQLALKPGLIGNANMVGLANLHAMGI APPKVELKDQTKPTPLILDEQGRTVDATGKEIELTHRMPTLKANIRAVKREQFKQQLKEKPSEDMESNTFFDPRVSIAPS QRQRRTFKFHDKGKFEKIAQRLRTKAQLEKLQAEISQAARKTGIHTSTRLALIAPKKELKEGDIPEIEWWDSYIIPNGFD LTEENPKREDYFGITNLVEHPAQLNPPVDNDTPVTLGVYLTKKEQKKLRRQTRREAQKELQEKVRLGLMPPPEPKVRISN LMRVLGTEAVQDPTKVEAHVRAQMAKRQKAHEEANAARKLTAEQRKVKKIKKLKEDISQGVHISVYRVRNLSNPAKKFKI EANAGQLYLTGVVVLHKDVNVVVVEGGPKAQKKFKRLMLHRIKWDEQTSNTKGDDDEESDEEAVKKTNKCVLVWEGTAKD RSFGEMKFKQCPTENMAREHFKKHGAEHYWDLALSESVLESTD ; 4A ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MASSRASSTQATKTKAPDDLVAPVVKKPHIYYGSLEEKERERLAKGESGILGKDGLKAGIEAGNINITSGEVFEIEEHIS ERQAEVLAEFERRKRARQINVSTDDSEVKACLRALGEPITLFGEGPAERRERLRNILSVVGTDALKKTKKDDEKSKKSKE EYQQTWYHEGPNSLKVARLWIANYSLPRAMKRLEEARLHKEIPETTRTSQMQELHKSLRSLNNFCSQIGDDRPISYCHFS PNSKMLATACWSGLCKLWSVPDCNLLHTLRGHNTNVGAIVFHPKSTVSLDPKDVNLASCAADGSVKLWSLDSDEPVADIE GHTVRVARVMWHPSGRFLGTTCYDRSWRLWDLEAQEEILHQEGHSMGVYDIAFHQDGSLAGTGGLDAFGRVWDLRTGRCI MFLEGHLKEIYGINFSPNGYHIATGSGDNTCKVWDLRQRRCVYTIPAHQNLVTGVKFEPIHGNFLLTGAYDNTAKIWTHP GWSPLKTLAGHEGKVMGLDISSDGQLIATCSYDRTFKLWMAE ; ;MASSRASSTQATKTKAPDDLVAPVVKKPHIYYGSLEEKERERLAKGESGILGKDGLKAGIEAGNINITSGEVFEIEEHIS ERQAEVLAEFERRKRARQINVSTDDSEVKACLRALGEPITLFGEGPAERRERLRNILSVVGTDALKKTKKDDEKSKKSKE EYQQTWYHEGPNSLKVARLWIANYSLPRAMKRLEEARLHKEIPETTRTSQMQELHKSLRSLNNFCSQIGDDRPISYCHFS PNSKMLATACWSGLCKLWSVPDCNLLHTLRGHNTNVGAIVFHPKSTVSLDPKDVNLASCAADGSVKLWSLDSDEPVADIE GHTVRVARVMWHPSGRFLGTTCYDRSWRLWDLEAQEEILHQEGHSMGVYDIAFHQDGSLAGTGGLDAFGRVWDLRTGRCI MFLEGHLKEIYGINFSPNGYHIATGSGDNTCKVWDLRQRRCVYTIPAHQNLVTGVKFEPIHGNFLLTGAYDNTAKIWTHP GWSPLKTLAGHEGKVMGLDISSDGQLIATCSYDRTFKLWMAE ; 4B ? 8 'polypeptide(L)' no no ;MSLADELLADLEEAAEEEEGGSYGEEEEEPAIEDVQEETQLDLSGDSVKTIAKLWDSKMFAEIMMKIEEYISKQAKASEV MGPVEAAPEYRVIVDANNLTVEIENELNIIHKFIRDKYSKRFPELESLVPNALDYIRTVKELGNSLDKCKNNENLQQILT 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;MSLPLNPKPFLNGLTGKPVMVKLKWGMEYKGYLVSVDGYMNMQLANTEEYIDGALSGHLGEVLIRCNNVLYIRGVEEEEE DGEMRE ; ;MSLPLNPKPFLNGLTGKPVMVKLKWGMEYKGYLVSVDGYMNMQLANTEEYIDGALSGHLGEVLIRCNNVLYIRGVEEEEE DGEMRE ; 4f,5f ? 13 'polypeptide(L)' no no MSKAHPPELKKFMDKKLSLKLNGGRHVQGILRGFDPFMNLVIDECVEMATSGQQNNIGMVVIRGNSIIMLEALERV MSKAHPPELKKFMDKKLSLKLNGGRHVQGILRGFDPFMNLVIDECVEMATSGQQNNIGMVVIRGNSIIMLEALERV 4g,5g ? 14 polyribonucleotide no no ;AUACUCUGGUUUCUCUUCAGAUCGCAUAAAUCUUUCGCCUUUUACUAAAGAUUUCCGUGGAGAGGAACAACUCUGAGUCU UAACCCAAUUUUUUGAGGCCUUGCUUUGGCAAGGCUA ; ;AUACUCUGGUUUCUCUUCAGAUCGCAUAAAUCUUUCGCCUUUUACUAAAGAUUUCCGUGGAGAGGAACAACUCUGAGUCU UAACCCAAUUUUUUGAGGCCUUGCUUUGGCAAGGCUA ; 5 ? 15 'polypeptide(L)' no no ;MSEEKLQEKARKWQQLQAKRYAEKRKFGFVDAQKEDMPPEHVRKIIRDHGDMTNRKFRHDKRVYLGALKYMPHAVLKLLE NMPMPWEQIRDVPVLYHITGAISFVNEIPWVIEPVYISQWGSMWIMMRREKRDRRHFKRMRFPPFDDEEPPLDYADNILD VEPLEAIQLELDPEEDAPVLDWFYDHQPLRDSRKYVNGSTYQRWQFTLPMMSTLYRLANQLLTDLVDDNYFYLFDLKAFF 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'polypeptide(L)' no no ;MAGELADKKDRDASPSKEERKRSRTPDRERDRDRDRKSSPSKDRKRHRSRDRRRGGSRSRSRSRSKSAERERRHKERERD KERDRNKKDRDRDKDGHRRDKDRKRSSLSPGRGKDFKSRKDRDSKKDEEDEHGDKKPKAQPLSLEELLAKKKAEEEAEAK PKFLSKAEREAEALKRRQQEVEERQRMLEEERKKRKQFQDLGRKMLEDPQERERRERRERMERETNGNEDEEGRQKIREE KDKSKELHAIKERYLGGIKKRRRTRHLNDRKFVFEWDASEDTSIDYNPLYKERHQVQLLGRGFIAGIDLKQQKREQSRFY GDLMEKRRTLEEKEQEEARLRKLRKKEAKQRWDDRHWSQKKLDEMTDRDWRIFREDYSITTKGGKIPNPIRSWKDSSLPP HILEVIDKCGYKEPTPIQRQAIPIGLQNRDIIGVAETGSGKTAAFLIPLLVWITTLPKIDRIEESDQGPYAIILAPTREL AQQIEEETIKFGKPLGIRTVAVIGGISREDQGFRLRMGCEIVIATPGRLIDVLENRYLVLSRCTYVVLDEADRMIDMGFE PDVQKILEHMPVSNQKPDTDEAEDPEKMLANFESGKHKYRQTVMFTATMPPAVERLARSYLRRPAVVYIGSAGKPHERVE QKVFLMSESEKRKKLLAILEQGFDPPIIIFVNQKKGCDVLAKSLEKMGYNACTLHGGKGQEQREFALSNLKAGAKDILVA TDVAGRGIDIQDVSMVVNYDMAKNIEDYIHRIGRTGRAGKSGVAITFLTKEDSAVFYELKQAILESPVSSCPPELANHPD AQHKPGTILTKKRREETIFA ; ;MAGELADKKDRDASPSKEERKRSRTPDRERDRDRDRKSSPSKDRKRHRSRDRRRGGSRSRSRSRSKSAERERRHKERERD KERDRNKKDRDRDKDGHRRDKDRKRSSLSPGRGKDFKSRKDRDSKKDEEDEHGDKKPKAQPLSLEELLAKKKAEEEAEAK PKFLSKAEREAEALKRRQQEVEERQRMLEEERKKRKQFQDLGRKMLEDPQERERRERRERMERETNGNEDEEGRQKIREE KDKSKELHAIKERYLGGIKKRRRTRHLNDRKFVFEWDASEDTSIDYNPLYKERHQVQLLGRGFIAGIDLKQQKREQSRFY GDLMEKRRTLEEKEQEEARLRKLRKKEAKQRWDDRHWSQKKLDEMTDRDWRIFREDYSITTKGGKIPNPIRSWKDSSLPP HILEVIDKCGYKEPTPIQRQAIPIGLQNRDIIGVAETGSGKTAAFLIPLLVWITTLPKIDRIEESDQGPYAIILAPTREL AQQIEEETIKFGKPLGIRTVAVIGGISREDQGFRLRMGCEIVIATPGRLIDVLENRYLVLSRCTYVVLDEADRMIDMGFE PDVQKILEHMPVSNQKPDTDEAEDPEKMLANFESGKHKYRQTVMFTATMPPAVERLARSYLRRPAVVYIGSAGKPHERVE QKVFLMSESEKRKKLLAILEQGFDPPIIIFVNQKKGCDVLAKSLEKMGYNACTLHGGKGQEQREFALSNLKAGAKDILVA TDVAGRGIDIQDVSMVVNYDMAKNIEDYIHRIGRTGRAGKSGVAITFLTKEDSAVFYELKQAILESPVSSCPPELANHPD AQHKPGTILTKKRREETIFA ; 5X ? 22 polyribonucleotide no no ;GUGCUCGCUUCGGCAGCACAUAUACUAAAAUUGGAACGAUACAGAGAAGAUUAGCAUGGCCCCUGCGCAAGGAUGACACG CAAAUUUU ; ;GUGCUCGCUUCGGCAGCACAUAUACUAAAAUUGGAACGAUACAGAGAAGAUUAGCAUGGCCCCUGCGCAAGGAUGACACG CAAAUUUU ; 6 ? 23 'polypeptide(L)' no no ;MLFYSFFKSLVGKDVVVELKNDLSICGTLHSVDQYLNIKLTDISVTDPEKYPHMLSVKNCFIRGSVVRYVQLPADEVDTQ LLQDAARKEALQQKQ ; ;MLFYSFFKSLVGKDVVVELKNDLSICGTLHSVDQYLNIKLTDISVTDPEKYPHMLSVKNCFIRGSVVRYVQLPADEVDTQ LLQDAARKEALQQKQ ; 62 ? 24 'polypeptide(L)' no no ;MADDVDQQQTTNTVEEPLDLIRLSLDERIYVKMRNDRELRGRLHAYDQHLNMILGDVEETVTTIEIDEETYEEIYKSTKR NIPMLFVRGDGVVLVAPPLRVG ; ;MADDVDQQQTTNTVEEPLDLIRLSLDERIYVKMRNDRELRGRLHAYDQHLNMILGDVEETVTTIEIDEETYEEIYKSTKR NIPMLFVRGDGVVLVAPPLRVG ; 63 ? 25 'polypeptide(L)' no no ;MLPLSLLKTAQNHPMLVELKNGETYNGHLVSCDNWMNINLREVICTSRDGDKFWRMPECYIRGSTIKYLRIPDEIIDMVK EEVVAKGRGRGGLQQQKQQKGRGMGGAGRGVFGGRGRGGIPGTGRGQPEKKPGRQAGKQ ; ;MLPLSLLKTAQNHPMLVELKNGETYNGHLVSCDNWMNINLREVICTSRDGDKFWRMPECYIRGSTIKYLRIPDEIIDMVK EEVVAKGRGRGGLQQQKQQKGRGMGGAGRGVFGGRGRGGIPGTGRGQPEKKPGRQAGKQ ; 64 ? 26 'polypeptide(L)' no no ;MAANATTNPSQLLPLELVDKCIGSRIHIVMKSDKEIVGTLLGFDDFVNMVLEDVTEFEITPEGRRITKLDQILLNGNNIT MLVPGGEGPEV ; ;MAANATTNPSQLLPLELVDKCIGSRIHIVMKSDKEIVGTLLGFDDFVNMVLEDVTEFEITPEGRRITKLDQILLNGNNIT MLVPGGEGPEV ; 65 ? 27 'polypeptide(L)' no no MSLRKQTPSDFLKQIIGRPVVVKLNSGVDYRGVLACLDGYMNIALEQTEEYVNGQLKNKYGDAFIRGNNVLYISTQKRRM MSLRKQTPSDFLKQIIGRPVVVKLNSGVDYRGVLACLDGYMNIALEQTEEYVNGQLKNKYGDAFIRGNNVLYISTQKRRM 66 ? 28 'polypeptide(L)' no no ;MADKEKKKKESILDLSKYIDKTIRVKFQGGREASGILKGFDPLLNLVLDGTIEYMRDPDDQYKLTEDTRQLGLVVCRGTS VVLICPQDGMEAIPNPFIQQQDA ; ;MADKEKKKKESILDLSKYIDKTIRVKFQGGREASGILKGFDPLLNLVLDGTIEYMRDPDDQYKLTEDTRQLGLVVCRGTS VVLICPQDGMEAIPNPFIQQQDA ; 67 ? 29 'polypeptide(L)' no no ;MTSALENYINRTVAVITSDGRMIVGTLKGFDQTINLILDESHERVFSSSQGVEQVVLGLYIVRGDNVAVIGEIDEETDSA LDLGNIRAEPLNSVAH ; ;MTSALENYINRTVAVITSDGRMIVGTLKGFDQTINLILDESHERVFSSSQGVEQVVLGLYIVRGDNVAVIGEIDEETDSA LDLGNIRAEPLNSVAH ; 68 ? 30 'polypeptide(L)' no no ;MAGAGPAPGLPGAGGPVVPGPGAGIPGKSGEERLKEMEAEMALFEQEVLGAPVPGIPTAVPAVPTVPTVPTVEAMQVPAA PVIRPIIATNTYQQVQQTLEARAAAAATVVPPMVGGPPFVGPVGFGPGDRSHLDSPEAREAMFLRRAAVAPQRAPILRPA FVPHVLQRADSALSSAAAGPRPMALRPPHQALVGPPLPGPPGPPMMLPPMARAPGPPLGSMAALRPPLEEPAAPRELGLG 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48 C n 2 49 G n 2 50 C n 2 51 G n 2 52 A n 2 53 U n 2 54 U n 2 55 A n 2 56 U n 2 57 U n 2 58 G n 2 59 C n 2 60 U n 2 61 A n 2 62 A n 2 63 U n 2 64 U n 2 65 G n 2 66 A n 2 67 A n 2 68 A n 2 69 A n 2 70 C n 2 71 U n 2 72 U n 2 73 U n 2 74 U n 2 75 C n 2 76 C n 2 77 C n 2 78 A n 2 79 A n 2 80 U n 2 81 A n 2 82 C n 2 83 C n 2 84 C n 2 85 C n 2 86 G n 2 87 C n 2 88 C n 2 89 G n 2 90 U n 2 91 G n 2 92 A n 2 93 C n 2 94 G n 2 95 A n 2 96 C n 2 97 U n 2 98 U n 2 99 G n 2 100 C n 2 101 A n 2 102 A n 2 103 U n 2 104 A n 2 105 U n 2 106 A n 2 107 G n 2 108 U n 2 109 C n 2 110 G n 2 111 G n 2 112 C n 2 113 A n 2 114 U n 2 115 U n 2 116 G n 2 117 G n 2 118 C n 2 119 A n 2 120 A n 2 121 U n 2 122 U n 2 123 U n 2 124 U n 2 125 U n 2 126 G n 2 127 A n 2 128 C n 2 129 A n 2 130 G n 2 131 U n 2 132 C n 2 133 U n 2 134 C n 2 135 U n 2 136 A n 2 137 C n 2 138 G n 2 139 G n 2 140 A n 2 141 G n 2 142 A n 2 143 C n 2 144 U n 2 145 G n 2 146 G n 3 1 MET n 3 2 LYS n 3 3 LEU n 3 4 VAL n 3 5 ARG n 3 6 PHE n 3 7 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'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 C 'RNA linking' y "CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O8 P' 323.197 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 G 'RNA linking' y "GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O8 P' 363.221 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 GTP non-polymer n "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" ? 'C10 H16 N5 O14 P3' 523.180 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 IHP non-polymer . 'INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE' 'MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE; INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE' 'C6 H18 O24 P6' 660.035 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 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B G 24 N1 ? ? ? 1_555 B C 50 N3 ? ? 4 G 23 4 C 49 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog56 hydrog ? ? B G 24 N2 ? ? ? 1_555 B C 50 O2 ? ? 4 G 23 4 C 49 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog57 hydrog ? ? B G 24 O6 ? ? ? 1_555 B C 50 N4 ? ? 4 G 23 4 C 49 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog58 hydrog ? ? B U 25 N3 ? ? ? 1_555 B G 49 O6 ? ? 4 U 24 4 G 48 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? ? hydrog59 hydrog ? ? B U 25 O2 ? ? ? 1_555 B G 49 N1 ? ? 4 U 24 4 G 48 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? ? hydrog60 hydrog ? ? B G 27 N1 ? ? ? 1_555 B C 48 N3 ? ? 4 G 26 4 C 47 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog61 hydrog ? ? B G 27 N2 ? ? ? 1_555 B C 48 O2 ? ? 4 G 26 4 C 47 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog62 hydrog ? ? B G 27 O6 ? ? ? 1_555 B C 48 N4 ? ? 4 G 26 4 C 47 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog63 hydrog ? ? B C 28 N3 ? ? ? 1_555 B G 47 N1 ? ? 4 C 27 4 G 46 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog64 hydrog ? ? 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parallel Q 1 2 ? anti-parallel Q 2 3 ? anti-parallel Q 3 4 ? anti-parallel R 1 2 ? anti-parallel R 2 3 ? anti-parallel S 1 2 ? anti-parallel S 2 3 ? anti-parallel S 3 4 ? anti-parallel S 4 5 ? anti-parallel T 1 2 ? anti-parallel T 2 3 ? anti-parallel U 1 2 ? anti-parallel U 2 3 ? anti-parallel U 3 4 ? anti-parallel U 4 5 ? anti-parallel V 1 2 ? anti-parallel V 2 3 ? anti-parallel W 1 2 ? anti-parallel W 2 3 ? anti-parallel W 3 4 ? anti-parallel W 4 5 ? anti-parallel X 1 2 ? anti-parallel X 2 3 ? anti-parallel X 3 4 ? anti-parallel X 4 5 ? anti-parallel Y 1 2 ? anti-parallel Y 2 3 ? anti-parallel Z 1 2 ? anti-parallel Z 2 3 ? anti-parallel Z 3 4 ? anti-parallel Z 4 5 ? anti-parallel AA 1 2 ? anti-parallel AA 2 3 ? anti-parallel AB 1 2 ? anti-parallel AB 2 3 ? anti-parallel AB 3 4 ? anti-parallel AB 4 5 ? anti-parallel AC 1 2 ? anti-parallel AC 2 3 ? anti-parallel AD 1 2 ? anti-parallel AD 2 3 ? anti-parallel AE 1 2 ? anti-parallel AF 1 2 ? anti-parallel AG 1 2 ? anti-parallel AH 1 2 ? anti-parallel AH 2 3 ? anti-parallel AH 3 4 ? anti-parallel AI 1 2 ? anti-parallel AJ 1 2 ? anti-parallel AJ 2 3 ? anti-parallel AJ 3 4 ? anti-parallel AK 1 2 ? anti-parallel AL 1 2 ? anti-parallel AM 1 2 ? anti-parallel AM 2 3 ? anti-parallel AM 3 4 ? parallel AM 4 5 ? anti-parallel AN 1 2 ? anti-parallel AN 2 3 ? anti-parallel AN 3 4 ? anti-parallel AN 4 5 ? parallel AN 5 6 ? parallel AO 1 2 ? anti-parallel AP 1 2 ? parallel AP 2 3 ? anti-parallel AP 3 4 ? parallel AP 4 5 ? anti-parallel AP 5 6 ? anti-parallel AP 6 7 ? parallel AP 7 8 ? parallel AQ 1 2 ? parallel AR 1 2 ? anti-parallel AS 1 2 ? anti-parallel AT 1 2 ? anti-parallel AT 2 3 ? anti-parallel AT 3 4 ? parallel AT 4 5 ? parallel AT 5 6 ? parallel AT 6 7 ? parallel AT 7 8 ? parallel AU 1 2 ? parallel AU 2 3 ? parallel AU 3 4 ? parallel AU 4 5 ? parallel AU 5 6 ? parallel AU 6 7 ? parallel AV 1 2 ? anti-parallel AW 1 2 ? anti-parallel AX 1 2 ? anti-parallel AX 2 3 ? anti-parallel AY 1 2 ? anti-parallel AY 2 3 ? anti-parallel AY 3 4 ? anti-parallel AZ 1 2 ? parallel AZ 2 3 ? parallel AZ 3 4 ? parallel AZ 4 5 ? parallel AZ 5 6 ? parallel AZ 6 7 ? parallel BA 1 2 ? parallel BA 2 3 ? parallel BA 3 4 ? parallel BA 4 5 ? parallel BA 5 6 ? parallel BB 1 2 ? anti-parallel BC 1 2 ? anti-parallel BD 1 2 ? anti-parallel BD 2 3 ? anti-parallel BE 1 2 ? anti-parallel BE 2 3 ? anti-parallel BE 3 4 ? anti-parallel BF 1 2 ? anti-parallel BF 2 3 ? parallel BF 3 4 ? parallel BF 4 5 ? parallel BF 5 6 ? parallel BF 6 7 ? anti-parallel BG 1 2 ? anti-parallel BH 1 2 ? anti-parallel BH 2 3 ? anti-parallel BH 3 4 ? anti-parallel BH 4 5 ? anti-parallel BH 5 6 ? anti-parallel BI 1 2 ? anti-parallel BJ 1 2 ? anti-parallel BJ 2 3 ? anti-parallel BJ 3 4 ? anti-parallel BK 1 2 ? anti-parallel BK 2 3 ? anti-parallel BL 1 2 ? anti-parallel BL 2 3 ? anti-parallel BL 3 4 ? parallel BM 1 2 ? anti-parallel BM 2 3 ? anti-parallel BN 1 2 ? parallel BN 2 3 ? parallel BN 3 4 ? anti-parallel BN 4 5 ? anti-parallel BO 1 2 ? parallel BP 1 2 ? anti-parallel BQ 1 2 ? anti-parallel BQ 2 3 ? anti-parallel BQ 3 4 ? anti-parallel BR 1 2 ? anti-parallel BR 2 3 ? anti-parallel BR 3 4 ? anti-parallel BS 1 2 ? anti-parallel BT 1 2 ? anti-parallel BT 2 3 ? anti-parallel BT 3 4 ? anti-parallel BU 1 2 ? anti-parallel BU 2 3 ? anti-parallel BU 3 4 ? anti-parallel BV 1 2 ? anti-parallel BW 1 2 ? anti-parallel BX 1 2 ? anti-parallel BY 1 2 ? anti-parallel BZ 1 2 ? anti-parallel BZ 2 3 ? parallel BZ 3 4 ? parallel BZ 4 5 ? parallel BZ 5 6 ? parallel BZ 6 7 ? parallel BZ 7 8 ? parallel CA 1 2 ? parallel CA 2 3 ? parallel CA 3 4 ? parallel CA 4 5 ? parallel CA 5 6 ? parallel CB 1 2 ? anti-parallel CB 2 3 ? anti-parallel CB 3 4 ? anti-parallel CB 4 5 ? anti-parallel CC 1 2 ? anti-parallel CC 2 3 ? anti-parallel CD 1 2 ? anti-parallel CD 2 3 ? anti-parallel CE 1 2 ? anti-parallel CF 1 2 ? anti-parallel CF 2 3 ? anti-parallel CF 3 4 ? anti-parallel CG 1 2 ? anti-parallel CG 2 3 ? anti-parallel CH 1 2 ? anti-parallel CH 2 3 ? anti-parallel CH 3 4 ? anti-parallel CH 4 5 ? anti-parallel CI 1 2 ? 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5 108 ? ? 6 # loop_ _ndb_struct_na_base_pair_step.model_number _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.shift _ndb_struct_na_base_pair_step.slide _ndb_struct_na_base_pair_step.rise _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt _ndb_struct_na_base_pair_step.roll _ndb_struct_na_base_pair_step.twist _ndb_struct_na_base_pair_step.x_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.y_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_rise _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination _ndb_struct_na_base_pair_step.tip _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist _ndb_struct_na_base_pair_step.step_number _ndb_struct_na_base_pair_step.step_name _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_2 1 B A 2 1_555 CA U 74 1_555 B G 3 1_555 CA A 73 1_555 -0.537 -1.409 2.753 -11.526 3.750 20.642 -4.442 -1.896 2.419 9.484 29.147 23.904 1 44_A1G2:A73U74_66 4 1 ? 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