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EMDB EMD-4670 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2019-05-08 2 'Structure model' 1 1 2019-05-22 3 'Structure model' 1 2 2019-07-24 4 'Structure model' 1 3 2024-05-15 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Data collection' 2 2 'Structure model' 'Database references' 3 3 'Structure model' 'Data collection' 4 3 'Structure model' 'Database references' 5 4 'Structure model' 'Data collection' 6 4 'Structure model' 'Database references' 7 4 'Structure model' 'Refinement description' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' citation 2 2 'Structure model' citation_author 3 2 'Structure model' em_admin 4 2 'Structure model' pdbx_database_proc 5 2 'Structure model' pdbx_seq_map_depositor_info 6 3 'Structure model' citation 7 4 'Structure model' chem_comp_atom 8 4 'Structure model' chem_comp_bond 9 4 'Structure model' database_2 10 4 'Structure model' em_3d_fitting_list 11 4 'Structure model' pdbx_initial_refinement_model # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_DOI' 2 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_PubMed' 3 2 'Structure model' '_citation.title' 4 2 'Structure model' '_citation_author.identifier_ORCID' 5 2 'Structure model' '_em_admin.last_update' 6 2 'Structure model' '_pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod' 7 3 'Structure model' '_citation.journal_volume' 8 3 'Structure model' '_citation.page_first' 9 3 'Structure model' '_citation.page_last' 10 4 'Structure model' '_database_2.pdbx_DOI' 11 4 'Structure model' '_database_2.pdbx_database_accession' 12 4 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.accession_code' 13 4 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id' 14 4 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.source_name' 15 4 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.type' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 6QXT _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2019-03-08 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB 'Map of the monomeric for of the Cas1-Cas2-Csn2-DNA complex' EMD-4668 'other EM volume' PDB 'Coordinates of the monomeric Cas1-Cas2-Csn2-DNA complex' 6QXF unspecified EMDB 'Map of the filament form of the Cas1-Cas2-Csn2-DNA complex' EMD-4671 'other EM volume' PDB 'Coordinates of the filament form of the Cas1-Cas2-Csn2-DNA complex' 6QY3 unspecified EMDB 'Cas1-Cas2-Csn2-DNA dimer complex from the Type II-A CRISPR-Cas system' EMD-4670 'associated EM volume' # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Wilkinson, M.' 1 0000-0001-5490-613X 'Drabavicius, G.' 2 ? 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'Wigley, D.B.' 6 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Mol.Cell _citation.journal_id_ASTM MOCEFL _citation.journal_id_CSD 2168 _citation.journal_id_ISSN 1097-2765 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 75 _citation.language ? _citation.page_first 90 _citation.page_last 101.e5 _citation.title 'Structure of the DNA-Bound Spacer Capture Complex of a Type II CRISPR-Cas System.' _citation.year 2019 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1016/j.molcel.2019.04.020 _citation.pdbx_database_id_PubMed 31080012 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Wilkinson, M.' 1 ? primary 'Drabavicius, G.' 2 ? primary 'Silanskas, A.' 3 ? primary 'Gasiunas, G.' 4 ? primary 'Siksnys, V.' 5 ? primary 'Wigley, D.B.' 6 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'CRISPR-associated protein Csn2' 25533.473 16 ? ? ? ? 2 polymer man 'CRISPR-associated endonuclease Cas1' 35363.461 24 3.1.-.- 'C-terminal Strep tag' ? ? 3 polymer man 'CRISPR-associated endoribonuclease Cas2' 13431.560 12 3.1.-.- ? ? ? 4 polymer nat 'DNA (64-MER)' 19423.369 1 ? ? ? 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YYARHDSSLQIARQIAWKENVKCEVWTAIIAQKILNQSYYLGECSFFEKSQSIMELYHGLERFDPSNREGHSARIYFNTL FGNDFTRESDNDINAALDYGYTLLLSMFAREVVVCGCMTQIGLKHANQFNQFNLASDIMEPFRPIIDRIVYQNRHNNFVK IKKELFSIFSETYLYNGKEMYLSNIVSDYTKKVIKALNQLGEEIPEFRILESGWSHPQFEKA ; ;MAGWRTVVVNIHSKLSYKNNHLIFRNSYKTEMIHLSEIDILLLETTDIVLTTMLVKRLVDENILVIFCDDKRLPTAFLTP YYARHDSSLQIARQIAWKENVKCEVWTAIIAQKILNQSYYLGECSFFEKSQSIMELYHGLERFDPSNREGHSARIYFNTL FGNDFTRESDNDINAALDYGYTLLLSMFAREVVVCGCMTQIGLKHANQFNQFNLASDIMEPFRPIIDRIVYQNRHNNFVK IKKELFSIFSETYLYNGKEMYLSNIVSDYTKKVIKALNQLGEEIPEFRILESGWSHPQFEKA ; I,J,L,M,O,P,R,S,U,V,Y,Z,i,j,l,m,o,p,r,s,u,v,y,z ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MSYRYMRMILMFDMPTDTAEERKAYRKFRKFLLSEGFIMHQFSVYSKLLLNHTANTAMVGRLKANNPKKGNITILTVTEK QFARMIYLYGDKNTSIANSEERLVFLGDNYCDED ; ;MSYRYMRMILMFDMPTDTAEERKAYRKFRKFLLSEGFIMHQFSVYSKLLLNHTANTAMVGRLKANNPKKGNITILTVTEK QFARMIYLYGDKNTSIANSEERLVFLGDNYCDED ; K,N,Q,T,W,X,k,n,q,t,w,x ? 4 polydeoxyribonucleotide no no ;(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) 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CA ? ? E ALA 132 E CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.811 ? ? metalc11 metalc ? ? GB CA . CA ? ? ? 1_555 H ALA 132 O ? ? E CA 501 H ALA 132 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.611 ? ? metalc12 metalc ? ? HB CA . CA ? ? ? 1_555 H GLU 123 O ? ? E CA 502 H GLU 123 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.585 ? ? metalc13 metalc ? ? F GLU 123 O ? ? ? 1_555 IB CA . CA ? ? F GLU 123 F CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.583 ? ? metalc14 metalc ? ? F ALA 132 O ? ? ? 1_555 JB CA . CA ? ? F ALA 132 F CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.640 ? ? metalc15 metalc ? ? IB CA . CA ? ? ? 1_555 G ALA 132 O ? ? F CA 501 G ALA 132 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.818 ? ? metalc16 metalc ? ? JB CA . CA ? ? ? 1_555 G GLU 123 O ? ? F CA 502 G GLU 123 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.777 ? ? metalc17 metalc ? ? AA GLU 123 O ? ? ? 1_555 KB CA . CA ? ? a GLU 123 a CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.776 ? ? metalc18 metalc ? ? AA ALA 132 O ? ? ? 1_555 LB CA . CA ? ? a ALA 132 a CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.836 ? ? metalc19 metalc ? ? KB CA . CA ? ? ? 1_555 DA ALA 132 O ? ? a CA 501 d ALA 132 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.684 ? ? metalc20 metalc ? ? LB CA . CA ? ? ? 1_555 DA GLU 123 O ? ? a CA 502 d GLU 123 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.584 ? ? metalc21 metalc ? ? BA GLU 123 O ? ? ? 1_555 MB CA . CA ? ? b GLU 123 b CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.586 ? ? metalc22 metalc ? ? BA ALA 132 O ? ? ? 1_555 NB CA . CA ? ? b ALA 132 b CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.664 ? ? metalc23 metalc ? ? MB CA . CA ? ? ? 1_555 CA ALA 132 O ? ? b CA 501 c ALA 132 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.815 ? ? metalc24 metalc ? ? NB CA . CA ? ? ? 1_555 CA GLU 123 O ? ? b CA 502 c GLU 123 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.778 ? ? metalc25 metalc ? ? EA GLU 123 O ? ? ? 1_555 OB CA . CA ? ? e GLU 123 e CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.776 ? ? metalc26 metalc ? ? EA ALA 132 O ? ? ? 1_555 PB CA . CA ? ? e ALA 132 e CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.810 ? ? metalc27 metalc ? ? OB CA . CA ? ? ? 1_555 HA ALA 132 O ? ? e CA 501 h ALA 132 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.612 ? ? metalc28 metalc ? ? PB CA . CA ? ? ? 1_555 HA GLU 123 O ? ? e CA 502 h GLU 123 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.586 ? ? metalc29 metalc ? ? FA GLU 123 O ? ? ? 1_555 QB CA . CA ? ? f GLU 123 f CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.584 ? ? metalc30 metalc ? ? FA ALA 132 O ? ? ? 1_555 RB CA . CA ? ? f ALA 132 f CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.640 ? ? metalc31 metalc ? ? QB CA . CA ? ? ? 1_555 GA ALA 132 O ? ? f CA 501 g ALA 132 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.819 ? ? metalc32 metalc ? ? RB CA . CA ? ? ? 1_555 GA GLU 123 O ? ? f CA 502 g GLU 123 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.776 ? ? hydrog1 hydrog ? ? AB DT 1 O4 ? ? ? 1_555 BB DA 53 N6 ? ? 1 DT 1 2 DA 63 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DT-DA PAIR' ? ? ? hydrog2 hydrog ? ? AB DT 2 N3 ? ? ? 1_555 BB DA 53 N1 ? ? 1 DT 2 2 DA 63 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DT-DA PAIR' ? ? ? hydrog3 hydrog ? ? AB DT 3 N3 ? ? ? 1_555 BB DA 52 N1 ? ? 1 DT 3 2 DA 62 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DT-DA PAIR' ? ? ? hydrog4 hydrog ? ? AB DT 4 N3 ? ? ? 1_555 BB DA 51 N1 ? ? 1 DT 4 2 DA 61 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DT-DA PAIR' ? ? ? hydrog5 hydrog ? ? AB DT 5 N3 ? ? ? 1_555 BB DA 50 N1 ? ? 1 DT 5 2 DA 60 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog6 hydrog ? ? AB DT 5 O4 ? ? ? 1_555 BB DA 50 N6 ? ? 1 DT 5 2 DA 60 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog7 hydrog ? ? AB DT 6 N3 ? ? ? 1_555 BB DA 49 N1 ? ? 1 DT 6 2 DA 59 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog8 hydrog ? ? AB DT 6 O4 ? ? ? 1_555 BB DA 49 N6 ? ? 1 DT 6 2 DA 59 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog9 hydrog ? ? AB DT 7 N3 ? ? ? 1_555 BB DA 48 N1 ? ? 1 DT 7 2 DA 58 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog10 hydrog ? ? AB DT 7 O4 ? ? ? 1_555 BB DA 48 N6 ? ? 1 DT 7 2 DA 58 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog11 hydrog ? ? AB DT 8 N3 ? ? ? 1_555 BB DA 47 N1 ? ? 1 DT 8 2 DA 57 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog12 hydrog ? ? AB DT 8 O4 ? ? ? 1_555 BB DA 47 N6 ? ? 1 DT 8 2 DA 57 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog13 hydrog ? ? AB DT 9 N3 ? ? ? 1_555 BB DA 46 N1 ? ? 1 DT 9 2 DA 56 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog14 hydrog ? ? AB DT 9 O4 ? ? ? 1_555 BB DA 46 N6 ? ? 1 DT 9 2 DA 56 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog15 hydrog ? ? AB DT 10 N3 ? ? ? 1_555 BB DA 45 N1 ? ? 1 DT 10 2 DA 55 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog16 hydrog ? ? AB DT 10 O4 ? ? ? 1_555 BB DA 45 N6 ? ? 1 DT 10 2 DA 55 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog17 hydrog ? ? AB DT 11 N3 ? ? ? 1_555 BB DA 44 N1 ? ? 1 DT 11 2 DA 54 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog18 hydrog ? ? AB DT 11 O4 ? ? ? 1_555 BB DA 44 N6 ? ? 1 DT 11 2 DA 54 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog19 hydrog ? ? AB DT 12 N3 ? ? ? 1_555 BB DA 43 N1 ? ? 1 DT 12 2 DA 53 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog20 hydrog ? ? AB DT 12 O4 ? ? ? 1_555 BB DA 43 N6 ? ? 1 DT 12 2 DA 53 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog21 hydrog ? ? AB DT 13 N3 ? ? ? 1_555 BB DA 42 N1 ? ? 1 DT 13 2 DA 52 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog22 hydrog ? ? AB DT 13 O4 ? ? ? 1_555 BB DA 42 N6 ? ? 1 DT 13 2 DA 52 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog23 hydrog ? ? AB DT 14 N3 ? ? ? 1_555 BB DA 41 N1 ? ? 1 DT 14 2 DA 51 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog24 hydrog ? ? AB DT 14 O4 ? ? ? 1_555 BB DA 41 N6 ? ? 1 DT 14 2 DA 51 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog25 hydrog ? ? AB DT 15 N3 ? ? ? 1_555 BB DA 40 N1 ? ? 1 DT 15 2 DA 50 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog26 hydrog ? ? AB DT 15 O4 ? ? ? 1_555 BB DA 40 N6 ? ? 1 DT 15 2 DA 50 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog27 hydrog ? ? AB DT 16 N3 ? ? ? 1_555 BB DA 39 N1 ? ? 1 DT 16 2 DA 49 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog28 hydrog ? ? AB DT 16 O4 ? ? ? 1_555 BB DA 39 N6 ? ? 1 DT 16 2 DA 49 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog29 hydrog ? ? AB DT 17 N3 ? ? ? 1_555 BB DA 38 N1 ? ? 1 DT 17 2 DA 48 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog30 hydrog ? ? AB DT 17 O4 ? ? ? 1_555 BB DA 38 N6 ? ? 1 DT 17 2 DA 48 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog31 hydrog ? ? AB DT 18 N3 ? ? ? 1_555 BB DA 37 N1 ? ? 1 DT 18 2 DA 47 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog32 hydrog ? ? AB DT 18 O4 ? ? ? 1_555 BB DA 37 N6 ? ? 1 DT 18 2 DA 47 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog33 hydrog ? ? AB DT 19 N3 ? ? ? 1_555 BB DA 36 N1 ? ? 1 DT 19 2 DA 46 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog34 hydrog ? ? AB DT 19 O4 ? ? ? 1_555 BB DA 36 N6 ? ? 1 DT 19 2 DA 46 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog35 hydrog ? ? AB DT 20 N3 ? ? ? 1_555 BB DA 35 N1 ? ? 1 DT 20 2 DA 45 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog36 hydrog ? ? AB DT 20 O4 ? ? ? 1_555 BB DA 35 N6 ? ? 1 DT 20 2 DA 45 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog37 hydrog ? ? AB DT 21 N3 ? ? ? 1_555 BB DA 34 N1 ? ? 1 DT 21 2 DA 44 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog38 hydrog ? ? AB DT 21 O4 ? ? ? 1_555 BB DA 34 N6 ? ? 1 DT 21 2 DA 44 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog39 hydrog ? ? AB DT 22 N3 ? ? ? 1_555 BB DA 33 N1 ? ? 1 DT 22 2 DA 43 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog40 hydrog ? ? AB DT 22 O4 ? ? ? 1_555 BB DA 33 N6 ? ? 1 DT 22 2 DA 43 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog41 hydrog ? ? AB DT 23 N3 ? ? ? 1_555 BB DA 32 N1 ? ? 1 DT 23 2 DA 42 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog42 hydrog ? ? AB DT 23 O4 ? ? ? 1_555 BB DA 32 N6 ? ? 1 DT 23 2 DA 42 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog43 hydrog ? ? AB DT 24 N3 ? ? ? 1_555 BB DA 31 N1 ? ? 1 DT 24 2 DA 41 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog44 hydrog ? ? AB DT 24 O4 ? ? ? 1_555 BB DA 31 N6 ? ? 1 DT 24 2 DA 41 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog45 hydrog ? ? AB DT 25 N3 ? ? ? 1_555 BB DA 30 N1 ? ? 1 DT 25 2 DA 40 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog46 hydrog ? ? AB DT 25 O4 ? ? ? 1_555 BB DA 30 N6 ? ? 1 DT 25 2 DA 40 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog47 hydrog ? ? AB DT 26 N3 ? ? ? 1_555 BB DA 29 N1 ? ? 1 DT 26 2 DA 39 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog48 hydrog ? ? AB DT 26 O4 ? ? ? 1_555 BB DA 29 N6 ? ? 1 DT 26 2 DA 39 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog49 hydrog ? ? AB DT 27 N3 ? ? ? 1_555 BB DA 28 N1 ? ? 1 DT 27 2 DA 38 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog50 hydrog ? ? AB DT 27 O4 ? ? ? 1_555 BB DA 28 N6 ? ? 1 DT 27 2 DA 38 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog51 hydrog ? ? AB DT 28 N3 ? ? ? 1_555 BB DA 27 N1 ? ? 1 DT 38 2 DA 27 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog52 hydrog ? ? AB DT 28 O4 ? ? ? 1_555 BB DA 27 N6 ? ? 1 DT 38 2 DA 27 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog53 hydrog ? ? AB DT 29 N3 ? ? ? 1_555 BB DA 26 N1 ? ? 1 DT 39 2 DA 26 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog54 hydrog ? ? AB DT 29 O4 ? ? ? 1_555 BB DA 26 N6 ? ? 1 DT 39 2 DA 26 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog55 hydrog ? ? AB DT 30 N3 ? ? ? 1_555 BB DA 25 N1 ? ? 1 DT 40 2 DA 25 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog56 hydrog ? ? AB DT 30 O4 ? ? ? 1_555 BB DA 25 N6 ? ? 1 DT 40 2 DA 25 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog57 hydrog ? ? AB DT 31 N3 ? ? ? 1_555 BB DA 24 N1 ? ? 1 DT 41 2 DA 24 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog58 hydrog ? ? AB DT 31 O4 ? ? ? 1_555 BB DA 24 N6 ? ? 1 DT 41 2 DA 24 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog59 hydrog ? ? AB DT 32 N3 ? ? ? 1_555 BB DA 23 N1 ? ? 1 DT 42 2 DA 23 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog60 hydrog ? ? AB DT 32 O4 ? ? ? 1_555 BB DA 23 N6 ? ? 1 DT 42 2 DA 23 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog61 hydrog ? ? AB DT 33 N3 ? ? ? 1_555 BB DA 22 N1 ? ? 1 DT 43 2 DA 22 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog62 hydrog ? ? AB DT 33 O4 ? ? ? 1_555 BB DA 22 N6 ? ? 1 DT 43 2 DA 22 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog63 hydrog ? ? AB DT 34 N3 ? ? ? 1_555 BB DA 21 N1 ? ? 1 DT 44 2 DA 21 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog64 hydrog ? ? AB DT 34 O4 ? ? ? 1_555 BB DA 21 N6 ? ? 1 DT 44 2 DA 21 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog65 hydrog ? ? 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'DT-DA PAIR' ? ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference metalc ? ? hydrog ? ? # loop_ _pdbx_struct_conn_angle.id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.value _pdbx_struct_conn_angle.value_esd 1 O ? 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N H sing N N 159 GLN N H2 sing N N 160 GLN CA C sing N N 161 GLN CA CB sing N N 162 GLN CA HA sing N N 163 GLN C O doub N N 164 GLN C OXT sing N N 165 GLN CB CG sing N N 166 GLN CB HB2 sing N N 167 GLN CB HB3 sing N N 168 GLN CG CD sing N N 169 GLN CG HG2 sing N N 170 GLN CG HG3 sing N N 171 GLN CD OE1 doub N N 172 GLN CD NE2 sing N N 173 GLN NE2 HE21 sing N N 174 GLN NE2 HE22 sing N N 175 GLN OXT HXT sing N N 176 GLU N CA sing N N 177 GLU N H sing N N 178 GLU N H2 sing N N 179 GLU CA C sing N N 180 GLU CA CB sing N N 181 GLU CA HA sing N N 182 GLU C O doub N N 183 GLU C OXT sing N N 184 GLU CB CG sing N N 185 GLU CB HB2 sing N N 186 GLU CB HB3 sing N N 187 GLU CG CD sing N N 188 GLU CG HG2 sing N N 189 GLU CG HG3 sing N N 190 GLU CD OE1 doub N N 191 GLU CD OE2 sing N N 192 GLU OE2 HE2 sing N N 193 GLU OXT HXT sing N N 194 GLY N CA sing N N 195 GLY N H sing N N 196 GLY N H2 sing N N 197 GLY CA C sing N N 198 GLY CA HA2 sing N N 199 GLY CA HA3 sing N N 200 GLY C O doub N N 201 GLY C OXT 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_em_buffer_component.name 1 1 25 mM ? Tris 1 2 150 mM NaCl 'Sodium chloride' 1 3 1 mM ? TCEP # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.units MEGADALTONS _em_entity_assembly_molwt.value 1.4 # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_naturalsource.organ _em_entity_assembly_naturalsource.organelle _em_entity_assembly_naturalsource.organism _em_entity_assembly_naturalsource.strain _em_entity_assembly_naturalsource.tissue 2 2 ? ? 1308 ? ? 'Streptococcus thermophilus' ? ? 3 3 ? ? 469008 ? ? 'Escherichia coli BL21(DE3)' ? ? # _em_entity_assembly_recombinant.id 2 _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 2 _em_entity_assembly_recombinant.cell ? _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 469008 _em_entity_assembly_recombinant.organism 'Escherichia coli BL21(DE3)' _em_entity_assembly_recombinant.plasmid ? _em_entity_assembly_recombinant.strain ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 92.8 _em_image_recording.average_exposure_time 1 _em_image_recording.details 'Images were collected in movie mode with 39 frames' _em_image_recording.detector_mode INTEGRATING _em_image_recording.film_or_detector_model 'FEI FALCON III (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images 4908 # _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_name ? _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width ? _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ;Reproductions of an initial ab initio generated 3D reconstruction were used as templates for auto picking. Most of the picked particles were monomers or filament particles that were later excluded ; _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 426924 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? ? ? 1 1 1 2 'IMAGE ACQUISITION' ? EPU ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? Gctf ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? 'UCSF Chimera' ? ? 1 ? 8 'MODEL FITTING' ? Coot ? ? 1 ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3.0 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3.0 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? RELION 3.0 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? RELION 3.0 1 ? ? 14 'MODEL REFINEMENT' ? Coot ? ? 1 ? 15 'MODEL REFINEMENT' ? REFMAC ? ? 1 ? 16 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX ? ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.05 _em_specimen.details 'Sample was DNaseI treated followed by gel filtration. Peak fractions were concentrated prior to making grids.' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _ndb_struct_conf_na.entry_id 6QXT _ndb_struct_conf_na.feature 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 AB DT 2 1_555 BB DA 53 1_555 1.165 0.730 0.715 7.358 -24.153 16.109 1 1_DT2:DA63_2 1 2 ? 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