data_6R1U # _entry.id 6R1U # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.392 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 6R1U pdb_00006r1u 10.2210/pdb6r1u/pdb WWPDB D_1292101290 ? ? EMDB EMD-4705 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2019-04-24 2 'Structure model' 1 1 2019-10-30 3 'Structure model' 1 2 2024-05-15 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Data collection' 2 2 'Structure model' 'Source and taxonomy' 3 2 'Structure model' 'Structure summary' 4 3 'Structure model' 'Data collection' 5 3 'Structure model' 'Database references' 6 3 'Structure model' 'Refinement description' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' entity 2 2 'Structure model' entity_src_gen 3 2 'Structure model' pdbx_entity_src_syn 4 3 'Structure model' chem_comp_atom 5 3 'Structure model' chem_comp_bond 6 3 'Structure model' database_2 7 3 'Structure model' em_3d_fitting_list 8 3 'Structure model' pdbx_initial_refinement_model # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_entity.src_method' 2 3 'Structure model' '_database_2.pdbx_DOI' 3 3 'Structure model' '_database_2.pdbx_database_accession' 4 3 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.accession_code' 5 3 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id' 6 3 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.source_name' 7 3 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.type' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 6R1U _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2019-03-15 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Structure of LSD2/NPAC-linker/nucleosome core particle complex: Class 2' _pdbx_database_related.db_id EMD-4705 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Marabelli, C.' 1 ? 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'Mattevi, A.' 5 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Cell Rep' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2211-1247 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 27 _citation.language ? _citation.page_first 387 _citation.page_last 399.e7 _citation.title 'A Tail-Based Mechanism Drives Nucleosome Demethylation by the LSD2/NPAC Multimeric Complex.' _citation.year 2019 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1016/j.celrep.2019.03.061 _citation.pdbx_database_id_PubMed 30970244 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Marabelli, C.' 1 ? primary 'Marrocco, B.' 2 ? primary 'Pilotto, S.' 3 ? primary 'Chittori, S.' 4 ? primary 'Picaud, S.' 5 ? primary 'Marchese, S.' 6 ? primary 'Ciossani, G.' 7 ? primary 'Forneris, F.' 8 ? primary 'Filippakopoulos, P.' 9 ? primary 'Schoehn, G.' 10 ? primary 'Rhodes, D.' 11 ? primary 'Subramaniam, S.' 12 ? primary 'Mattevi, A.' 13 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Histone H3.2' 15303.930 2 ? ? ? ? 2 polymer man 'Histone H4' 11263.231 2 ? ? ? ? 3 polymer man 'Histone H2A' 13978.241 2 ? ? ? ? 4 polymer man 'Histone H2B 1.1' 13524.752 2 ? ? ? ? 5 polymer syn 'DNA (147-MER)' 45610.043 1 ? ? ? ? 6 polymer syn 'DNA (147-MER)' 45138.770 1 ? ? ? ? 7 polymer man 'Lysine-specific histone demethylase 1B' 87051.547 1 1.-.-.- ? ? ? 8 polymer man 'Putative oxidoreductase GLYR1' 13528.271 1 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DLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; A,E ? 2 'polypeptide(L)' no no ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; ;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; C,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; D,H ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTA CGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCGAT ; I ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCC CCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCGAT ; J ? 7 'polypeptide(L)' no no ;PLGSRKCEKAGCTATCPVCFASASERCAKNGYTSRWYHLSCGEHFCNECFDHYYRSHKDGYDKYTTWKKIWTSNGKTEPS PKAFMADQQLPYWVQCTKPECRKWRQLTKEIQLTPQIAKTYRCGMKPNTAIKPETSDHCSLPEDLRVLEVSNHWWYSMLI LPPLLKDSVAAPLLSAYYPDCVGMSPSCTSTNRAAATGNASPGKLEHSKAALSVHVPGMNRYFQPFYQPNECGKALCVRP DVMELDELYEFPEYSRDPTMYLALRNLILALWYTNCKEALTPQKCIPHIIVRGLVRIRCVQEVERILYFMTRKGLINTGV 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QFSELEGQVLQFHLSNLEYACGSNLHQVSARSWDHNEFFAQFAGDHTLLTPGYSVIIEKLAEGLDIQLKSPVQCIDYSGD EVQVTTTDGTGYSAQKVLVTVPLALLQKGAIQFNPPLSEKKMKAINSLGAGIIEKIALQFPYRFWDSKVQGADFFGHVPP SASKRGLFAVFYDMDPQKKHSVLMSVIAGEAVASVRTLDDKQVLQQCMATLRELFKEQEVPDPTKYFVTRWSTDPWIQMA YSFVKTGGSGEAYDIIAEDIQGTVFFAGEATNRHFPQTVTGAYLSGVREASKIAAF ; K ? 8 'polypeptide(L)' no no ;PLGSPEFSERGSKSPLKRAQEQSPRKRGRPPKDEKDLTIPESSTVKGMMAGPMAAFKWQPTASEPVKDADPHFHHFLLSQ TEKPAVCYQAITKKLKICEEETGSTSIQAADSTAVNGSITPTDK ; ;PLGSPEFSERGSKSPLKRAQEQSPRKRGRPPKDEKDLTIPESSTVKGMMAGPMAAFKWQPTASEPVKDADPHFHHFLLSQ TEKPAVCYQAITKKLKICEEETGSTSIQAADSTAVNGSITPTDK ; L ? 9 'polypeptide(L)' no no ;ARTMQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; ;ARTMQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; M ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 10 'FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE' FAD 11 'ZINC ION' ZN # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 ALA n 1 2 ARG n 1 3 THR n 1 4 LYS n 1 5 GLN n 1 6 THR n 1 7 ALA n 1 8 ARG n 1 9 LYS n 1 10 SER n 1 11 THR n 1 12 GLY n 1 13 GLY n 1 14 LYS n 1 15 ALA n 1 16 PRO n 1 17 ARG n 1 18 LYS n 1 19 GLN n 1 20 LEU n 1 21 ALA n 1 22 THR n 1 23 LYS n 1 24 ALA n 1 25 ALA n 1 26 ARG n 1 27 LYS n 1 28 SER n 1 29 ALA n 1 30 PRO n 1 31 ALA n 1 32 THR n 1 33 GLY n 1 34 GLY n 1 35 VAL n 1 36 LYS n 1 37 LYS n 1 38 PRO n 1 39 HIS n 1 40 ARG n 1 41 TYR n 1 42 ARG n 1 43 PRO n 1 44 GLY n 1 45 THR n 1 46 VAL n 1 47 ALA n 1 48 LEU n 1 49 ARG n 1 50 GLU n 1 51 ILE n 1 52 ARG n 1 53 ARG n 1 54 TYR n 1 55 GLN n 1 56 LYS n 1 57 SER n 1 58 THR n 1 59 GLU n 1 60 LEU n 1 61 LEU n 1 62 ILE n 1 63 ARG n 1 64 LYS n 1 65 LEU n 1 66 PRO n 1 67 PHE n 1 68 GLN n 1 69 ARG n 1 70 LEU n 1 71 VAL n 1 72 ARG n 1 73 GLU n 1 74 ILE n 1 75 ALA n 1 76 GLN n 1 77 ASP n 1 78 PHE n 1 79 LYS n 1 80 THR n 1 81 ASP n 1 82 LEU n 1 83 ARG n 1 84 PHE n 1 85 GLN n 1 86 SER n 1 87 SER n 1 88 ALA n 1 89 VAL n 1 90 MET n 1 91 ALA n 1 92 LEU n 1 93 GLN n 1 94 GLU n 1 95 ALA n 1 96 SER n 1 97 GLU n 1 98 ALA n 1 99 TYR n 1 100 LEU n 1 101 VAL n 1 102 ALA n 1 103 LEU n 1 104 PHE n 1 105 GLU n 1 106 ASP n 1 107 THR n 1 108 ASN n 1 109 LEU n 1 110 CYS n 1 111 ALA n 1 112 ILE n 1 113 HIS n 1 114 ALA n 1 115 LYS n 1 116 ARG n 1 117 VAL n 1 118 THR n 1 119 ILE n 1 120 MET n 1 121 PRO n 1 122 LYS n 1 123 ASP n 1 124 ILE n 1 125 GLN n 1 126 LEU n 1 127 ALA n 1 128 ARG n 1 129 ARG n 1 130 ILE n 1 131 ARG n 1 132 GLY n 1 133 GLU n 1 134 ARG n 1 135 ALA n 2 1 SER n 2 2 GLY n 2 3 ARG n 2 4 GLY n 2 5 LYS n 2 6 GLY n 2 7 GLY n 2 8 LYS n 2 9 GLY n 2 10 LEU n 2 11 GLY n 2 12 LYS n 2 13 GLY n 2 14 GLY n 2 15 ALA n 2 16 LYS n 2 17 ARG n 2 18 HIS n 2 19 ARG n 2 20 LYS n 2 21 VAL n 2 22 LEU n 2 23 ARG n 2 24 ASP n 2 25 ASN n 2 26 ILE n 2 27 GLN n 2 28 GLY n 2 29 ILE n 2 30 THR n 2 31 LYS n 2 32 PRO n 2 33 ALA n 2 34 ILE n 2 35 ARG n 2 36 ARG n 2 37 LEU n 2 38 ALA n 2 39 ARG n 2 40 ARG n 2 41 GLY n 2 42 GLY n 2 43 VAL n 2 44 LYS n 2 45 ARG n 2 46 ILE n 2 47 SER n 2 48 GLY n 2 49 LEU n 2 50 ILE n 2 51 TYR n 2 52 GLU n 2 53 GLU n 2 54 THR n 2 55 ARG n 2 56 GLY n 2 57 VAL n 2 58 LEU n 2 59 LYS n 2 60 VAL n 2 61 PHE n 2 62 LEU n 2 63 GLU n 2 64 ASN n 2 65 VAL n 2 66 ILE n 2 67 ARG n 2 68 ASP n 2 69 ALA n 2 70 VAL n 2 71 THR n 2 72 TYR n 2 73 THR n 2 74 GLU n 2 75 HIS n 2 76 ALA n 2 77 LYS n 2 78 ARG n 2 79 LYS n 2 80 THR n 2 81 VAL n 2 82 THR n 2 83 ALA n 2 84 MET n 2 85 ASP n 2 86 VAL n 2 87 VAL n 2 88 TYR n 2 89 ALA n 2 90 LEU n 2 91 LYS n 2 92 ARG n 2 93 GLN n 2 94 GLY n 2 95 ARG n 2 96 THR n 2 97 LEU n 2 98 TYR n 2 99 GLY n 2 100 PHE n 2 101 GLY n 2 102 GLY n 3 1 SER n 3 2 GLY n 3 3 ARG n 3 4 GLY n 3 5 LYS n 3 6 GLN n 3 7 GLY n 3 8 GLY n 3 9 LYS n 3 10 THR n 3 11 ARG n 3 12 ALA n 3 13 LYS n 3 14 ALA n 3 15 LYS n 3 16 THR n 3 17 ARG n 3 18 SER n 3 19 SER n 3 20 ARG n 3 21 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'Homo sapiens' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain 2 2 ? 511693 'Escherichia coli' ? ? 3 3 ? 32630 'synthetic construct' ? ? 4 4 ? 511693 'Escherichia coli BL21' ? ? 5 5 ? 32630 'synthetic construct' ? ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 1.25 _em_image_recording.average_exposure_time 8 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images 2078 # _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_name ? _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width ? _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ? _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 490558 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? RELION 2.1 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? ? ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? ? ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? 'UCSF Chimera' ? ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 10 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 11 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 12 RECONSTRUCTION ? RELION 3.0 1 ? ? 13 'MODEL REFINEMENT' ? ? ? ? 1 ? 14 'PARTICLE SELECTION' ? ? ? ? ? ? 15 'IMAGE ACQUISITION' ? ? ? ? ? ? 17 'CTF CORRECTION' ? ? ? ? ? ? 20 'MODEL FITTING' ? 'UCSF Chimera' ? ? 2 ? 22 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? ? ? ? 23 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? ? ? ? 24 CLASSIFICATION ? ? ? ? ? ? 25 RECONSTRUCTION ? ? ? ? ? ? 26 'MODEL REFINEMENT' ? ? ? ? 2 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.87 _em_specimen.details 'LSD2/NPAC(214-225)/nucleosome was monodisperse (gel filtration peak isolation and concentration in buffer described.' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 6R1U 'double helix' 6R1U 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 I DA 1 1_555 J DT 147 1_555 0.144 -0.604 1.355 -2.347 2.755 8.502 1 I_DA-73:DT73_J I -73 ? J 73 ? 20 1 1 I DT 2 1_555 J DA 146 1_555 -0.054 -0.177 0.038 -1.653 -7.897 1.745 2 I_DT-72:DA72_J I -72 ? J 72 ? 20 1 1 I DC 3 1_555 J DG 145 1_555 0.740 -0.612 -1.485 -9.994 -0.293 -1.593 3 I_DC-71:DG71_J I -71 ? J 71 ? 19 1 1 I DG 4 1_555 J DC 144 1_555 -0.233 -0.350 -1.160 -8.172 -3.851 4.604 4 I_DG-70:DC70_J I -70 ? J 70 ? 19 1 1 I DG 5 1_555 J DC 143 1_555 -0.188 -0.182 -0.723 -3.827 -2.975 0.410 5 I_DG-69:DC69_J I -69 ? J 69 ? 19 1 1 I DA 6 1_555 J DT 142 1_555 -1.468 0.278 -0.567 -3.822 -4.012 8.017 6 I_DA-68:DT68_J I -68 ? J 68 ? ? 1 1 I DT 7 1_555 J DA 141 1_555 -0.256 -0.276 0.428 4.351 -10.064 2.885 7 I_DT-67:DA67_J I -67 ? J 67 ? 20 1 1 I DG 8 1_555 J DC 140 1_555 -0.091 0.850 0.503 7.456 -13.305 11.903 8 I_DG-66:DC66_J I -66 ? J 66 ? ? 1 1 I DT 9 1_555 J DA 139 1_555 -0.192 -0.130 0.132 2.535 -16.564 -8.648 9 I_DT-65:DA65_J I -65 ? J 65 ? 20 1 1 I DA 10 1_555 J DT 138 1_555 0.096 -0.313 -0.991 -11.044 -6.380 -3.445 10 I_DA-64:DT64_J I -64 ? 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J 55 ? 20 1 1 I DC 20 1_555 J DG 128 1_555 0.115 -0.310 -0.728 -7.181 -5.532 4.435 20 I_DC-54:DG54_J I -54 ? J 54 ? 19 1 1 I DA 21 1_555 J DT 127 1_555 0.269 -0.297 -1.153 -11.593 6.797 -6.149 21 I_DA-53:DT53_J I -53 ? J 53 ? 20 1 1 I DC 22 1_555 J DG 126 1_555 0.154 -0.315 -0.748 -0.725 8.561 -4.032 22 I_DC-52:DG52_J I -52 ? J 52 ? 19 1 1 I DG 23 1_555 J DC 125 1_555 -0.171 -0.287 -0.736 -8.073 -0.334 -1.423 23 I_DG-51:DC51_J I -51 ? J 51 ? 19 1 1 I DT 24 1_555 J DA 124 1_555 -0.132 -0.285 -0.522 -0.461 4.129 -9.570 24 I_DT-50:DA50_J I -50 ? J 50 ? 20 1 1 I DG 25 1_555 J DC 123 1_555 -0.231 -0.268 -1.219 -20.919 -12.349 3.984 25 I_DG-49:DC49_J I -49 ? J 49 ? 19 1 1 I DC 26 1_555 J DG 122 1_555 0.242 -0.290 -1.040 -4.345 -7.949 7.116 26 I_DC-48:DG48_J I -48 ? J 48 ? 19 1 1 I DC 27 1_555 J DG 121 1_555 0.288 -0.166 -0.363 -3.698 -13.356 6.245 27 I_DC-47:DG47_J I -47 ? J 47 ? 19 1 1 I DT 28 1_555 J DA 120 1_555 -0.101 -0.275 -0.190 -6.253 -11.360 4.451 28 I_DT-46:DA46_J I -46 ? 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J 73 ? I -72 ? J 72 ? 1 I DT 2 1_555 J DA 146 1_555 I DC 3 1_555 J DG 145 1_555 -1.196 0.306 4.090 -2.166 2.829 38.785 0.027 1.462 4.159 4.249 3.253 38.942 2 II_DT-72DC-71:DG71DA72_JJ I -72 ? J 72 ? I -71 ? J 71 ? 1 I DC 3 1_555 J DG 145 1_555 I DG 4 1_555 J DC 144 1_555 -0.179 0.948 3.277 -2.976 2.329 27.028 1.420 -0.374 3.345 4.953 6.328 27.286 3 II_DC-71DG-70:DC70DG71_JJ I -71 ? J 71 ? I -70 ? J 70 ? 1 I DG 4 1_555 J DC 144 1_555 I DG 5 1_555 J DC 143 1_555 -1.072 0.915 3.143 -7.895 6.736 37.664 0.542 0.634 3.399 10.199 11.954 39.018 4 II_DG-70DG-69:DC69DC70_JJ I -70 ? J 70 ? I -69 ? J 69 ? 1 I DG 5 1_555 J DC 143 1_555 I DA 6 1_555 J DT 142 1_555 1.368 -0.484 3.123 0.504 3.190 24.492 -2.056 -3.052 3.063 7.478 -1.181 24.700 5 II_DG-69DA-68:DT68DC69_JJ I -69 ? J 69 ? I -68 ? J 68 ? 1 I DA 6 1_555 J DT 142 1_555 I DT 7 1_555 J DA 141 1_555 -0.079 0.360 2.969 -6.025 -0.234 33.832 0.644 -0.724 2.937 -0.399 10.252 34.349 6 II_DA-68DT-67:DA67DT68_JJ I -68 ? J 68 ? I -67 ? 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J -33 ? 1 I DT 107 1_555 J DA 41 1_555 I DC 108 1_555 J DG 40 1_555 1.077 0.972 3.065 4.078 1.964 39.234 1.216 -1.133 3.199 2.913 -6.048 39.484 107 II_DT33DC34:DG-34DA-33_JJ I 33 ? J -33 ? I 34 ? J -34 ? 1 I DC 108 1_555 J DG 40 1_555 I DT 109 1_555 J DA 39 1_555 -0.310 0.035 3.153 1.870 0.023 27.321 0.068 1.100 3.125 0.049 -3.953 27.383 108 II_DC34DT35:DA-35DG-34_JJ I 34 ? J -34 ? I 35 ? J -35 ? 1 I DT 109 1_555 J DA 39 1_555 I DA 110 1_555 J DT 38 1_555 -0.071 2.279 4.162 -7.719 -12.726 47.747 3.809 -0.588 3.458 -15.294 9.277 49.883 109 II_DT35DA36:DT-36DA-35_JJ I 35 ? J -35 ? I 36 ? J -36 ? 1 I DA 110 1_555 J DT 38 1_555 I DC 111 1_555 J DG 37 1_555 0.064 -0.632 3.636 0.724 0.988 33.854 -1.260 0.019 3.617 1.696 -1.242 33.876 110 II_DA36DC37:DG-37DT-36_JJ I 36 ? J -36 ? I 37 ? J -37 ? 1 I DC 111 1_555 J DG 37 1_555 I DG 112 1_555 J DC 36 1_555 -0.754 1.774 4.171 -3.808 -6.843 38.625 3.639 0.558 3.868 -10.218 5.686 39.382 111 II_DC37DG38:DC-38DG-37_JJ I 37 ? J -37 ? I 38 ? 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