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'145 bp human alpha-satellite with a 6-4 pyrimidine-pyrimidone (6-4PP) at base positions 95-96' 8 polymer man 'DNA damage-binding protein 1' 127425.812 1 ? ? ? ? 9 polymer man 'DNA damage-binding protein 2' 48261.277 1 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'Histone H3/a,Histone H3/b,Histone H3/c,Histone H3/d,Histone H3/f,Histone H3/h,Histone H3/i,Histone H3/j,Histone H3/k,Histone H3/l' 3 'Histone H2A.2,Histone H2A/a,Histone H2A/m' 4 'Histone H2B.1,Histone H2B.r,H2B/r' 8 ;DDB p127 subunit,DNA damage-binding protein a,DDBa,Damage-specific DNA-binding protein 1,HBV X-associated protein 1,XAP-1,UV-damaged DNA-binding factor,UV-damaged DNA-binding protein 1,UV-DDB 1,XPE-binding factor,XPE-BF,Xeroderma pigmentosum group E-complementing protein,XPCe ; 9 'DDB p48 subunit,DDBb,Damage-specific DNA-binding protein 2,UV-damaged DNA-binding protein 2,UV-DDB 2' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;GSHMARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQ DFKTDLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; ;GSHMARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQ DFKTDLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; A,E ? 2 'polypeptide(L)' no no ;GSHMSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHA KRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;GSHMSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHA KRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B ? 3 'polypeptide(L)' no no ;GSHMSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKT RIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; ;GSHMSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKT RIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; C,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;GSHMPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGE ASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;GSHMPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGE ASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; D,H ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; F ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DC)(DA)(DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DG)(DG) (DA)(DA)(DA)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DG)(DC) (DA)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG) 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'Escherichia coli BL21(DE3)' 469008 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Plasmid ? ? ? ? ? ? 5 1 sample 'Biological sequence' 1 103 Human ? ;HIST1H4A, H4/A, H4FA, HIST1H4B, H4/I, H4FI, HIST1H4C, H4/G, H4FG, HIST1H4D, H4/B, H4FB, HIST1H4E, H4/J, H4FJ, HIST1H4F, H4/C, H4FC, HIST1H4H, H4/H, H4FH, HIST1H4I, H4/M, H4FM, HIST1H4J, H4/E, H4FE, HIST1H4K, H4/D, H4FD, HIST1H4L, H4/K, H4FK, HIST2H4A, H4/N, H4F2, H4FN, HIST2H4, HIST2H4B, H4/O, H4FO, HIST4H4 ; ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? 'JM109(DE3)' ? ? ? ? ? ? ? Plasmid ? ? ? ? ? ? 8 1 sample 'Biological sequence' 1 1144 Human ? 'DDB1, XAP1' ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Trichoplusia ni' 7111 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Bacculovirus ? ? ? ? ? ? 9 1 sample 'Biological sequence' 1 431 Human ? DDB2 ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Trichoplusia ni' 7111 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Baculovirus ? ? ? ? ? ? # loop_ _pdbx_entity_src_syn.entity_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id _pdbx_entity_src_syn.details 6 1 sample 1 145 'Homo sapiens' ? 9606 ? 7 1 sample 1 144 'Homo sapiens' ? 9606 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP H31_HUMAN P68431 ? 1 ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 1 2 UNP H4_HUMAN P62805 ? 2 ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 1 3 UNP H2A1B_HUMAN P04908 ? 3 ;MSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; 1 4 UNP H2B1J_HUMAN P06899 ? 4 ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; 1 5 UNP H4_HUMAN P62805 ? 5 ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 1 6 PDB 6R8Y 6R8Y ? 6 ? 1 7 PDB 6R8Y 6R8Y ? 7 ? 1 8 UNP DDB1_HUMAN Q16531 ? 8 ;MSYNYVVTAQKPTAVNGCVTGHFTSAEDLNLLIAKNTRLEIYVVTAEGLRPVKEVGMYGKIAVMELFRPKGESKDLLFIL TAKYNACILEYKQSGESIDIITRAHGNVQDRIGRPSETGIIGIIDPECRMIGLRLYDGLFKVIPLDRDNKELKAFNIRLE ELHVIDVKFLYGCQAPTICFVYQDPQGRHVKTYEVSLREKEFNKGPWKQENVEAEASMVIAVPEPFGGAIIIGQESITYH NGDKYLAIAPPIIKQSTIVCHNRVDPNGSRYLLGDMEGRLFMLLLEKEEQMDGTVTLKDLRVELLGETSIAECLTYLDNG VVFVGSRLGDSQLVKLNVDSNEQGSYVVAMETFTNLGPIVDMCVVDLERQGQGQLVTCSGAFKEGSLRIIRNGIGIHEHA SIDLPGIKGLWPLRSDPNRETDDTLVLSFVGQTRVLMLNGEEVEETELMGFVDDQQTFFCGNVAHQQLIQITSASVRLVS QEPKALVSEWKEPQAKNISVASCNSSQVVVAVGRALYYLQIHPQELRQISHTEMEHEVACLDITPLGDSNGLSPLCAIGL WTDISARILKLPSFELLHKEMLGGEIIPRSILMTTFESSHYLLCALGDGALFYFGLNIETGLLSDRKKVTLGTQPTVLRT FRSLSTTNVFACSDRPTVIYSSNHKLVFSNVNLKEVNYMCPLNSDGYPDSLALANNSTLTIGTIDEIQKLHIRTVPLYES PRKICYQEVSQCFGVLSSRIEVQDTSGGTTALRPSASTQALSSSVSSSKLFSSSTAPHETSFGEEVEVHNLLIIDQHTFE VLHAHQFLQNEYALSLVSCKLGKDPNTYFIVGTAMVYPEEAEPKQGRIVVFQYSDGKLQTVAEKEVKGAVYSMVEFNGKL LASINSTVRLYEWTTEKELRTECNHYNNIMALYLKTKGDFILVGDLMRSVLLLAYKPMEGNFEEIARDFNPNWMSAVEIL DDDNFLGAENAFNLFVCQKDSAATTDEERQHLQEVGLFHLGEFVNVFCHGSLVMQNLGETSTPTQGSVLFGTVNGMIGLV TSLSESWYNLLLDMQNRLNKVIKSVGKIEHSFWRSFHTERKTEPATGFIDGDLIESFLDISRPKMQEVVANLQYDDGSGM KREATADDLIKVVEELTRIH ; 1 9 UNP DDB2_HUMAN Q92466 ? 9 ;MAPKKRPETQKTSEIVLRPRNKRSRSPLELEPEAKKLCAKGSGPSRRCDSDCLWVGLAGPQILPPCRSIVRTLHQHKLGR ASWPSVQQGLQQSFLHTLDSYRILQKAAPFDRRATSLAWHPTHPSTVAVGSKGGDIMLWNFGIKDKPTFIKGIGAGGSIT GLKFNPLNTNQFYASSMEGTTRLQDFKGNILRVFASSDTINIWFCSLDVSASSRMVVTGDNVGNVILLNMDGKELWNLRM HKKKVTHVALNPCCDWFLATASVDQTVKIWDLRQVRGKASFLYSLPHRHPVNAACFSPDGARLLTTDQKSEIRVYSASQW DCPLGLIPHPHRHFQHLTPIKAAWHPRYNLIVVGRYPDPNFKSCTPYELRTIDVFDGNSGKMMCQLYDPESSGISSLNEF NPMGDTLASAMGYHILIWSQEEARTRK ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6R8Y A 4 ? 139 ? 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'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 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I DC 128 N4 ? ? ? 1_555 J DG 18 O6 ? ? I DC 128 J DG 18 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog303 hydrog ? ? I DC 128 O2 ? ? ? 1_555 J DG 18 N2 ? ? I DC 128 J DG 18 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog304 hydrog ? ? I DT 129 N3 ? ? ? 1_555 J DA 17 N1 ? ? I DT 129 J DA 17 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog305 hydrog ? ? I DT 129 O4 ? ? ? 1_555 J DA 17 N6 ? ? I DT 129 J DA 17 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog306 hydrog ? ? I DG 130 N1 ? ? ? 1_555 J DC 16 N3 ? ? I DG 130 J DC 16 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog307 hydrog ? ? I DG 130 N2 ? ? ? 1_555 J DC 16 O2 ? ? I DG 130 J DC 16 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog308 hydrog ? ? I DG 130 O6 ? ? ? 1_555 J DC 16 N4 ? ? I DG 130 J DC 16 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog309 hydrog ? ? I DC 131 N3 ? ? ? 1_555 J DG 15 N1 ? ? I DC 131 J DG 15 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog310 hydrog ? ? I DC 131 N4 ? ? ? 1_555 J DG 15 O6 ? ? I DC 131 J DG 15 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog311 hydrog ? ? I DC 131 O2 ? ? ? 1_555 J DG 15 N2 ? ? I DC 131 J DG 15 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog312 hydrog ? ? I DA 132 N1 ? ? ? 1_555 J DT 14 N3 ? ? I DA 132 J DT 14 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog313 hydrog ? ? I DA 132 N6 ? ? ? 1_555 J DT 14 O4 ? ? I DA 132 J DT 14 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog314 hydrog ? ? I DG 133 N1 ? ? ? 1_555 J DC 13 N3 ? ? I DG 133 J DC 13 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog315 hydrog ? ? I DG 133 N2 ? ? ? 1_555 J DC 13 O2 ? ? I DG 133 J DC 13 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog316 hydrog ? ? I DG 133 O6 ? ? ? 1_555 J DC 13 N4 ? ? I DG 133 J DC 13 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog317 hydrog ? ? I DG 134 N1 ? ? ? 1_555 J DC 12 N3 ? ? I DG 134 J DC 12 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog318 hydrog ? ? I DG 134 N2 ? ? ? 1_555 J DC 12 O2 ? ? I DG 134 J DC 12 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog319 hydrog ? ? I DG 134 O6 ? ? ? 1_555 J DC 12 N4 ? ? 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WATSON-CRICK ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference covale ? ? hydrog ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 GLU 228 K . ? GLU 224 K PRO 229 K ? PRO 225 K 1 4.92 2 GLY 361 K . ? GLY 357 K PRO 362 K ? 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PHENIX dev-3318 ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 2 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 6R8Y 'double helix' 6R8Y 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 I DA 1 1_555 J DT 144 1_555 0.120 -0.145 -0.152 -1.140 2.838 -2.803 1 I_DA1:DT145_J I 1 ? 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