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EMDB EMD-4766 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2019-06-12 2 'Structure model' 1 1 2019-07-17 3 'Structure model' 1 2 2019-11-06 4 'Structure model' 1 3 2019-12-18 5 'Structure model' 1 4 2024-05-22 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Author supporting evidence' 2 2 'Structure model' 'Data 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6R92 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2019-04-02 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Cryo-EM structure of NCP-THF2(+1)-UV-DDB class B' _pdbx_database_related.db_id EMD-4766 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Matsumoto, S.' 1 0000-0002-8776-2096 'Cavadini, S.' 2 0000-0003-2777-7584 'Bunker, R.D.' 3 0000-0001-8866-5290 'Thoma, N.H.' 4 0000-0003-2685-906X # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage 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primary 'Iwai, S.' 10 ? primary 'Sugasawa, K.' 11 ? primary 'Kurumizaka, H.' 12 ? primary 'Thoma, N.H.' 13 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer syn 'Human alpha-satellite DNA (145-MER)' 44756.648 1 ? ? ? ? 2 polymer syn 'Human alpha-satellite DNA (145-MER) with abasic sites at positions 93-94' 44452.434 1 ? ? ? ? 3 polymer man 'DNA damage-binding protein 2' 50601.844 1 ? ? ? ? 4 polymer man 'Histone H3.1' 15719.445 2 ? ? ? ? 5 polymer man 'Histone H4' 11676.703 2 ? ? ? ? 6 polymer man 'Histone H2A type 1-B/E' 14447.825 2 ? ? ? ? 7 polymer man 'Histone H2B type 1-J' 14217.516 2 ? ? ? ? 8 polymer man 'DNA damage-binding protein 1,DNA damage-binding protein 1' 129766.305 1 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 3 'DDB p48 subunit,DDBb,Damage-specific DNA-binding protein 2,UV-damaged 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_entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DC)(DA)(DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DG)(DG) (DA)(DA)(DA)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DG)(DC) (DA)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG) (DA)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DA)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DC) (DA)(DG)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG) (DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DA)(DT)(DA) (DT)(DT)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCAATATCCACCTGCAGATTCTACCAAAAGTGTATTTGGAAACTGCTCCATCAAAAGGCATGTTCAGCTGGTTCAGCTG AACATGCCTTTTGATGGAGCAGTTTCCAAATACACTTTTGGTAGAATCTGCAGGTGGATATTGAT ; I ? 2 polydeoxyribonucleotide no yes ;(DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DC)(DA)(DC)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DG)(DG) (DA)(DA)(DA)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DG)(DC) (DA)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA)(DA)(DC)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG) (DA)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(3DR)(3DR)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG) (DC)(DA)(DG)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT) (DG)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DA)(DT) (DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCAATATCCACCTGCAGATTCTACCAAAAGTGTATTTGGAAACTGCTCCATCAAAAGGCATGTTCAGCTGAACCAGCTG AACATGCCTTTTNNTGGAGCAGTTTCCAAATACACTTTTGGTAGAATCTGCAGGTGGATATTGAT ; J ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MASWSHPQFEKVDENLYFQGGGRMAPKKRPETQKTSEIVLRPRNKRSRSPLELEPEAKKLCAKGSGPSRRCDSDCLWVGL AGPQILPPCRSIVRTLHQHKLGRASWPSVQQGLQQSFLHTLDSYRILQKAAPFDRRATSLAWHPTHPSTVAVGSKGGDIM LWNFGIKDKPTFIKGIGAGGSITGLKFNPLNTNQFYASSMEGTTRLQDFKGNILRVFASSDTINIWFCSLDVSASSRMVV TGDNVGNVILLNMDGKELWNLRMHKKKVTHVALNPCCDWFLATASVDQTVKIWDLRQVRGKASFLYSLPHRHPVNAACFS PDGARLLTTDQKSEIRVYSASQWDCPLGLIPHPHRHFQHLTPIKAAWHPRYNLIVVGRYPDPNFKSCTPYELRTIDVFDG NSGKMMCQLYDPESSGISSLNEFNPMGDTLASAMGYHILIWSQEEARTRK ; ;MASWSHPQFEKVDENLYFQGGGRMAPKKRPETQKTSEIVLRPRNKRSRSPLELEPEAKKLCAKGSGPSRRCDSDCLWVGL AGPQILPPCRSIVRTLHQHKLGRASWPSVQQGLQQSFLHTLDSYRILQKAAPFDRRATSLAWHPTHPSTVAVGSKGGDIM LWNFGIKDKPTFIKGIGAGGSITGLKFNPLNTNQFYASSMEGTTRLQDFKGNILRVFASSDTINIWFCSLDVSASSRMVV TGDNVGNVILLNMDGKELWNLRMHKKKVTHVALNPCCDWFLATASVDQTVKIWDLRQVRGKASFLYSLPHRHPVNAACFS PDGARLLTTDQKSEIRVYSASQWDCPLGLIPHPHRHFQHLTPIKAAWHPRYNLIVVGRYPDPNFKSCTPYELRTIDVFDG NSGKMMCQLYDPESSGISSLNEFNPMGDTLASAMGYHILIWSQEEARTRK ; L ? 4 'polypeptide(L)' no no ;GSHMARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQ DFKTDLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; ;GSHMARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQ DFKTDLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; A,E ? 5 'polypeptide(L)' no no ;GSHMSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHA KRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;GSHMSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHA KRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 6 'polypeptide(L)' no no ;GSHMSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKT RIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; ;GSHMSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKT RIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; C,G ? 7 'polypeptide(L)' no no ;GSHMPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGE ASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;GSHMPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGE ASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; D,H ? 8 'polypeptide(L)' no no ;MASWSHPQFEKVDENLYFQGGGRMSYNYVVTAQKPTAVNGCVTGHFTSAEDLNLLIAKNTRLEIYVVTAEGLRPVKEVGM YGKIAVMELFRPKGESKDLLFILTAKYNACILEYKQSGESIDIITRAHGNVQDRIGRPSETGIIGIIDPECRMIGLRLYD GLFKVIPLDRDNKELKAFNIRLEELHVIDVKFLYGCQAPTICFVYQDPQGRHVKTYEVSLREKEFNKGPWKQENVEAEAS MVIAVPEPFGGAIIIGQESITYHNGDKYLAIAPPIIKQSTIVCHNRVDPNGSRYLLGDMEGRLFMLLLEKEEQMDGTVTL KDLRVELLGETSIAECLTYLDNGVVFVGSRLGDSQLVKLNVDSNEQGSYVVAMETFTNLGPIVDMCVVDLERQGQGQLVT CSGAFKEGSLRIIRNGIGIHEHASIDLPGIKGLWPLRSDPNRETDDTLVLSFVGQTRVLMLNGEEVEETELMGFVDDQQT FFCGNVAHQQLIQITSASVRLVSQEPKALVSEWKEPQAKNISVASCNSSQVVVAVGRALYYLQIHPQELRQISHTEMEHE VACLDITPLGDSNGLSPLCAIGLWTDISARILKLPSFELLHKEMLGGEIIPRSILMTTFESSHYLLCALGDGALFYFGLN IETGLLSDRKKVTLGTQPTVLRTFRSLSTTNVFACSDRPTVIYSSNHKLVFSNVNLKEVNYMCPLNSDGYPDSLALANNS TLTIGTIDEIQKLHIRTVPLYESPRKICYQEVSQCFGVLSSRIEVQDTSGGTTALRPSASTQALSSSVSSSKLFSSSTAP HETSFGEEVEVHNLLIIDQHTFEVLHAHQFLQNEYALSLVSCKLGKDPNTYFIVGTAMVYPEEAEPKQGRIVVFQYSDGK LQTVAEKEVKGAVYSMVEFNGKLLASINSTVRLYEWTTEKELRTECNHYNNIMALYLKTKGDFILVGDLMRSVLLLAYKP MEGNFEEIARDFNPNWMSAVEILDDDNFLGAENAFNLFVCQKDSAATTDEERQHLQEVGLFHLGEFVNVFCHGSLVMQNL GETSTPTQGSVLFGTVNGMIGLVTSLSESWYNLLLDMQNRLNKVIKSVGKIEHSFWRSFHTERKTEPATGFIDGDLIESF LDISRPKMQEVVANLQYDDGSGMKREATADDLIKVVEELTRIH ; ;MASWSHPQFEKVDENLYFQGGGRMSYNYVVTAQKPTAVNGCVTGHFTSAEDLNLLIAKNTRLEIYVVTAEGLRPVKEVGM YGKIAVMELFRPKGESKDLLFILTAKYNACILEYKQSGESIDIITRAHGNVQDRIGRPSETGIIGIIDPECRMIGLRLYD GLFKVIPLDRDNKELKAFNIRLEELHVIDVKFLYGCQAPTICFVYQDPQGRHVKTYEVSLREKEFNKGPWKQENVEAEAS MVIAVPEPFGGAIIIGQESITYHNGDKYLAIAPPIIKQSTIVCHNRVDPNGSRYLLGDMEGRLFMLLLEKEEQMDGTVTL KDLRVELLGETSIAECLTYLDNGVVFVGSRLGDSQLVKLNVDSNEQGSYVVAMETFTNLGPIVDMCVVDLERQGQGQLVT CSGAFKEGSLRIIRNGIGIHEHASIDLPGIKGLWPLRSDPNRETDDTLVLSFVGQTRVLMLNGEEVEETELMGFVDDQQT FFCGNVAHQQLIQITSASVRLVSQEPKALVSEWKEPQAKNISVASCNSSQVVVAVGRALYYLQIHPQELRQISHTEMEHE VACLDITPLGDSNGLSPLCAIGLWTDISARILKLPSFELLHKEMLGGEIIPRSILMTTFESSHYLLCALGDGALFYFGLN IETGLLSDRKKVTLGTQPTVLRTFRSLSTTNVFACSDRPTVIYSSNHKLVFSNVNLKEVNYMCPLNSDGYPDSLALANNS TLTIGTIDEIQKLHIRTVPLYESPRKICYQEVSQCFGVLSSRIEVQDTSGGTTALRPSASTQALSSSVSSSKLFSSSTAP HETSFGEEVEVHNLLIIDQHTFEVLHAHQFLQNEYALSLVSCKLGKDPNTYFIVGTAMVYPEEAEPKQGRIVVFQYSDGK LQTVAEKEVKGAVYSMVEFNGKLLASINSTVRLYEWTTEKELRTECNHYNNIMALYLKTKGDFILVGDLMRSVLLLAYKP MEGNFEEIARDFNPNWMSAVEILDDDNFLGAENAFNLFVCQKDSAATTDEERQHLQEVGLFHLGEFVNVFCHGSLVMQNL GETSTPTQGSVLFGTVNGMIGLVTSLSESWYNLLLDMQNRLNKVIKSVGKIEHSFWRSFHTERKTEPATGFIDGDLIESF LDISRPKMQEVVANLQYDDGSGMKREATADDLIKVVEELTRIH ; K ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 DA n 1 2 DT n 1 3 DC n 1 4 DA n 1 5 DA n 1 6 DT n 1 7 DA n 1 8 DT n 1 9 DC n 1 10 DC n 1 11 DA n 1 12 DC n 1 13 DC n 1 14 DT n 1 15 DG n 1 16 DC n 1 17 DA n 1 18 DG n 1 19 DA n 1 20 DT n 1 21 DT n 1 22 DC n 1 23 DT n 1 24 DA n 1 25 DC n 1 26 DC n 1 27 DA n 1 28 DA n 1 29 DA n 1 30 DA n 1 31 DG n 1 32 DT n 1 33 DG n 1 34 DT n 1 35 DA n 1 36 DT n 1 37 DT n 1 38 DT n 1 39 DG n 1 40 DG n 1 41 DA n 1 42 DA n 1 43 DA n 1 44 DC n 1 45 DT n 1 46 DG n 1 47 DC n 1 48 DT n 1 49 DC n 1 50 DC n 1 51 DA n 1 52 DT n 1 53 DC n 1 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_entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector _entity_src_gen.host_org_details _entity_src_gen.expression_system_id _entity_src_gen.plasmid_name _entity_src_gen.plasmid_details _entity_src_gen.pdbx_description 3 1 sample 'Biological sequence' 1 450 Human ? 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Plasmid ? ? ? ? ? ? 6 1 sample 'Biological sequence' 1 133 Human ? 'HIST1H2AB, H2AFM, HIST1H2AE, H2AFA' ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli BL21(DE3)' 469008 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'BL21(DE3)' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 7 1 sample 'Biological sequence' 1 129 Human ? 'HIST1H2BJ, H2BFR' ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli BL21(DE3)' 469008 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Plasmid ? ? ? ? ? ? 8 1 sample 'Biological sequence' 1 424 Human ? 'DDB1, XAP1' ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? 'cabbage looper' 'Trichoplusia ni' 7111 ? ? ? ? ? ? ? ? 'High five' ? ? ? ? ? Baculovirus ? ? ? ? ? ? 8 2 sample 'Biological sequence' 425 1163 Human ? 'DDB1, XAP1' ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? 'cabbage looper' 'Trichoplusia ni' 7111 ? ? ? ? ? ? ? ? 'High five' ? ? ? ? ? Baculovirus ? ? ? ? ? ? # loop_ _pdbx_entity_src_syn.entity_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id _pdbx_entity_src_syn.details 1 1 sample 1 145 'Homo sapiens' human 9606 ? 2 1 sample 1 145 'Homo sapiens' human 9606 ? # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight 3DR 'DNA linking' . "1',2'-DIDEOXYRIBOFURANOSE-5'-PHOSPHATE" 'ABASIC DIDEOXYRIBOSE' 'C5 H11 O6 P' 198.111 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 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UNP Q16531 ? ? linker 656 331 12 6R92 THR K 680 ? UNP Q16531 ? ? linker 657 332 12 6R92 VAL K 681 ? UNP Q16531 ? ? linker 658 333 12 6R92 ILE K 682 ? UNP Q16531 ? ? linker 659 334 12 6R92 TYR K 683 ? UNP Q16531 ? ? linker 660 335 12 6R92 SER K 684 ? UNP Q16531 ? ? linker 661 336 12 6R92 SER K 685 ? UNP Q16531 ? ? linker 662 337 12 6R92 ASN K 686 ? UNP Q16531 ? ? linker 663 338 12 6R92 HIS K 687 ? UNP Q16531 ? ? linker 664 339 12 6R92 LYS K 688 ? UNP Q16531 ? ? linker 665 340 12 6R92 LEU K 689 ? UNP Q16531 ? ? linker 666 341 12 6R92 VAL K 690 ? UNP Q16531 ? ? linker 667 342 12 6R92 PHE K 691 ? UNP Q16531 ? ? linker 668 343 12 6R92 SER K 692 ? UNP Q16531 ? ? linker 669 344 12 6R92 ASN K 693 ? UNP Q16531 ? ? linker 670 345 12 6R92 VAL K 694 ? UNP Q16531 ? ? linker 671 346 12 6R92 ASN K 695 ? UNP Q16531 ? ? linker 672 347 12 6R92 LEU K 696 ? UNP Q16531 ? ? linker 673 348 12 6R92 LYS K 697 ? UNP Q16531 ? ? linker 674 349 12 6R92 GLU K 698 ? UNP Q16531 ? ? linker 675 350 12 6R92 VAL K 699 ? 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UNP Q16531 ? ? linker 696 371 12 6R92 SER K 720 ? UNP Q16531 ? ? linker 697 372 12 6R92 THR K 721 ? UNP Q16531 ? ? linker 698 373 12 6R92 LEU K 722 ? UNP Q16531 ? ? linker 699 374 12 6R92 THR K 723 ? UNP Q16531 ? ? linker 700 375 12 6R92 ILE K 724 ? UNP Q16531 ? ? linker 701 376 12 6R92 GLY K 725 ? UNP Q16531 ? ? linker 702 377 12 6R92 THR K 726 ? UNP Q16531 ? ? linker 703 378 12 6R92 ILE K 727 ? UNP Q16531 ? ? linker 704 379 12 6R92 ASP K 728 ? UNP Q16531 ? ? linker 705 380 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dodecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 12 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 64830 ? 1 MORE -418 ? 1 'SSA (A^2)' 122820 ? # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support microscopy _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 SER C 91 ? LEU C 101 ? SER L 68 LEU L 78 1 ? 11 HELX_P HELX_P2 AA2 SER C 105 ? ASP C 122 ? SER L 82 ASP L 99 1 ? 18 HELX_P HELX_P3 AA3 GLY D 48 ? SER D 61 ? GLY A 45 SER A 58 1 ? 14 HELX_P HELX_P4 AA4 ARG D 67 ? LYS D 83 ? ARG A 64 LYS A 80 1 ? 17 HELX_P HELX_P5 AA5 GLN D 89 ? ALA D 118 ? GLN A 86 ALA A 115 1 ? 30 HELX_P HELX_P6 AA6 MET D 124 ? GLY D 136 ? MET A 121 GLY A 133 1 ? 13 HELX_P HELX_P7 AA7 ASN E 29 ? ILE E 33 ? ASN B 26 ILE B 30 5 ? 5 HELX_P HELX_P8 AA8 THR E 34 ? GLY E 45 ? THR B 31 GLY B 42 1 ? 12 HELX_P HELX_P9 AA9 LEU E 53 ? ALA E 80 ? LEU B 50 ALA B 77 1 ? 28 HELX_P HELX_P10 AB1 THR E 86 ? GLN E 97 ? THR B 83 GLN B 94 1 ? 12 HELX_P HELX_P11 AB2 THR F 20 ? GLY F 26 ? THR C 17 GLY C 23 1 ? 7 HELX_P HELX_P12 AB3 PRO F 30 ? LYS F 40 ? PRO C 27 LYS C 37 1 ? 11 HELX_P HELX_P13 AB4 ALA F 49 ? ASN F 77 ? ALA C 46 ASN C 74 1 ? 29 HELX_P HELX_P14 AB5 ILE F 83 ? ASP F 94 ? ILE C 80 ASP C 91 1 ? 12 HELX_P HELX_P15 AB6 ASP F 94 ? LEU F 101 ? ASP C 91 LEU C 98 1 ? 8 HELX_P HELX_P16 AB7 GLN F 116 ? LEU F 120 ? GLN C 113 LEU C 117 5 ? 5 HELX_P HELX_P17 AB8 TYR G 41 ? HIS G 53 ? TYR D 38 HIS D 50 1 ? 13 HELX_P HELX_P18 AB9 SER G 59 ? ASN G 88 ? SER D 56 ASN D 85 1 ? 30 HELX_P HELX_P19 AC1 THR G 94 ? LEU G 106 ? THR D 91 LEU D 103 1 ? 13 HELX_P HELX_P20 AC2 PRO G 107 ? ALA G 128 ? PRO D 104 ALA D 125 1 ? 22 HELX_P HELX_P21 AC3 GLY H 48 ? SER H 61 ? GLY E 45 SER E 58 1 ? 14 HELX_P HELX_P22 AC4 ARG H 67 ? LYS H 83 ? ARG E 64 LYS E 80 1 ? 17 HELX_P HELX_P23 AC5 GLN H 89 ? ALA H 118 ? GLN E 86 ALA E 115 1 ? 30 HELX_P HELX_P24 AC6 MET H 124 ? GLY H 136 ? MET E 121 GLY E 133 1 ? 13 HELX_P HELX_P25 AC7 ASN I 29 ? ILE I 33 ? ASN F 26 ILE F 30 5 ? 5 HELX_P HELX_P26 AC8 THR I 34 ? GLY I 45 ? THR F 31 GLY F 42 1 ? 12 HELX_P HELX_P27 AC9 LEU I 53 ? ALA I 80 ? LEU F 50 ALA F 77 1 ? 28 HELX_P HELX_P28 AD1 THR I 86 ? GLN I 97 ? THR F 83 GLN F 94 1 ? 12 HELX_P HELX_P29 AD2 THR J 20 ? GLY J 26 ? THR G 17 GLY G 23 1 ? 7 HELX_P HELX_P30 AD3 PRO J 30 ? LYS J 40 ? PRO G 27 LYS G 37 1 ? 11 HELX_P HELX_P31 AD4 ALA J 49 ? ASN J 77 ? ALA G 46 ASN G 74 1 ? 29 HELX_P HELX_P32 AD5 ILE J 83 ? ASN J 93 ? ILE G 80 ASN G 90 1 ? 11 HELX_P HELX_P33 AD6 ASP J 94 ? LEU J 101 ? ASP G 91 LEU G 98 1 ? 8 HELX_P HELX_P34 AD7 GLN J 116 ? LEU J 120 ? GLN G 113 LEU G 117 5 ? 5 HELX_P HELX_P35 AD8 TYR K 41 ? HIS K 53 ? TYR H 38 HIS H 50 1 ? 13 HELX_P HELX_P36 AD9 SER K 59 ? ASN K 88 ? SER H 56 ASN H 85 1 ? 30 HELX_P HELX_P37 AE1 THR K 94 ? LEU K 106 ? THR H 91 LEU H 103 1 ? 13 HELX_P HELX_P38 AE2 PRO K 107 ? ALA K 128 ? PRO H 104 ALA H 125 1 ? 22 HELX_P HELX_P39 AE3 PRO L 273 ? SER L 279 ? PRO K 250 SER K 256 5 ? 7 HELX_P HELX_P40 AE4 ALA L 404 ? GLU L 407 ? ALA K 381 GLU K 384 5 ? 4 HELX_P HELX_P41 AE5 GLU L 751 ? SER L 753 ? GLU K 728 SER K 730 5 ? 3 HELX_P HELX_P42 AE6 SER L 778 ? GLN L 782 ? SER K 755 GLN K 759 5 ? 5 HELX_P HELX_P43 AE7 THR L 1008 ? GLN L 1013 ? 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THR K 1125 ARG K 1138 1 ? 14 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role covale1 covale both ? 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A DT 141 N3 ? ? ? 1_555 B DA 5 N1 ? ? I DT 141 J DA 5 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog329 hydrog ? ? A DT 141 O4 ? ? ? 1_555 B DA 5 N6 ? ? I DT 141 J DA 5 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog330 hydrog ? ? A DT 142 N3 ? ? ? 1_555 B DA 4 N1 ? ? I DT 142 J DA 4 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog331 hydrog ? ? A DT 142 O4 ? ? ? 1_555 B DA 4 N6 ? ? I DT 142 J DA 4 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog332 hydrog ? ? A DG 143 N1 ? ? ? 1_555 B DC 3 N3 ? ? I DG 143 J DC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog333 hydrog ? ? A DG 143 N2 ? ? ? 1_555 B DC 3 O2 ? ? I DG 143 J DC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog334 hydrog ? ? A DG 143 O6 ? ? ? 1_555 B DC 3 N4 ? ? I DG 143 J DC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog335 hydrog ? ? A DA 144 N1 ? ? ? 1_555 B DT 2 N3 ? ? I DA 144 J DT 2 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog336 hydrog ? ? A DA 144 N6 ? ? ? 1_555 B DT 2 O4 ? ? I DA 144 J DT 2 1_555 ? ? ? ? ? ? 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WATSON-CRICK ? ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference covale ? ? hydrog ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 GLU 247 L . ? GLU 224 K PRO 248 L ? PRO 225 K 1 12.58 2 GLY 380 L . ? GLY 357 K PRO 381 L ? 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Gctf ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? Coot 0.8.9.1 ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 10 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 11 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 12 RECONSTRUCTION ? RELION 2 1 ? ? 13 'VOLUME SELECTION' ? ? ? 1 ? 1 14 'SERIES ALIGNMENT' ? ? ? 1 ? 1 15 'MOLECULAR REPLACEMENT' ? ? ? 1 ? 1 16 'LATTICE DISTORTION CORRECTION' ? ? ? 1 ? 1 17 'SYMMETRY DETERMINATION' ? ? ? 1 ? 1 18 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? ? ? 1 ? 1 19 'MODEL REFINEMENT' 'DNA only' REFMAC 5.8.0238 ? 1 ? 20 'MODEL REFINEMENT' ? 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