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'rpoA, pez, phs, sez, b3295, JW3257' ? K12 ? ? ? ? 'Escherichia coli (strain K12)' 83333 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli BL21(DE3)' 469008 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 4 1 sample 'Biological sequence' 1 1342 ? ? 'rpoB, groN, nitB, rif, ron, stl, stv, tabD, b3987, JW3950' ? K12 ? ? ? ? 'Escherichia coli (strain K12)' 83333 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli BL21(DE3)' 469008 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 5 1 sample 'Biological sequence' 1 1407 ? ? 'rpoC, tabB, b3988, JW3951' ? K12 ? ? ? ? 'Escherichia coli (strain K12)' 83333 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli BL21(DE3)' 469008 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 6 1 sample 'Biological sequence' 1 91 ? ? 'rpoZ, b3649, JW3624' ? K12 ? ? ? ? 'Escherichia coli (strain K12)' 83333 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli BL21(DE3)' 469008 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _pdbx_entity_src_syn.entity_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id _pdbx_entity_src_syn.details 1 1 sample 1 39 'Escherichia coli' ? 562 ? 2 1 sample 1 39 'Escherichia coli' ? 562 ? 7 1 sample 1 14 'Escherichia coli' ? 562 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 PDB 6RI9 6RI9 ? 1 ? 1 2 PDB 6RI9 6RI9 ? 2 ? 1 3 UNP RPOA_ECOLI P0A7Z4 ? 3 ;MQGSVTEFLKPRLVDIEQVSSTHAKVTLEPLERGFGHTLGNALRRILLSSMPGCAVTEVEIDGVLHEYSTKEGVQEDILE ILLNLKGLAVRVQGKDEVILTLNKSGIGPVTAADITHDGDVEIVKPQHVICHLTDENASISMRIKVQRGRGYVPASTRIH SEEDERPIGRLLVDACYSPVERIAYNVEAARVEQRTDLDKLVIEMETNGTIDPEEAIRRAATILAEQLEAFVDLRDVRQP EVKEEKPEFDPILLRPVDDLELTVRSANCLKAEAIHYIGDLVQRTEVELLKTPNLGKKSLTEIKDVLASRGLSLGMRLEN WPPASIADE ; 1 4 UNP RPOB_ECOLI P0A8V2 ? 4 ;MVYSYTEKKRIRKDFGKRPQVLDVPYLLSIQLDSFQKFIEQDPEGQYGLEAAFRSVFPIQSYSGNSELQYVSYRLGEPVF DVQECQIRGVTYSAPLRVKLRLVIYEREAPEGTVKDIKEQEVYMGEIPLMTDNGTFVINGTERVIVSQLHRSPGVFFDSD KGKTHSSGKVLYNARIIPYRGSWLDFEFDPKDNLFVRIDRRRKLPATIILRALNYTTEQILDLFFEKVIFEIRDNKLQME LVPERLRGETASFDIEANGKVYVEKGRRITARHIRQLEKDDVKLIEVPVEYIAGKVVAKDYIDESTGELICAANMELSLD LLAKLSQSGHKRIETLFTNDLDHGPYISETLRVDPTNDRLSALVEIYRMMRPGEPPTREAAESLFENLFFSEDRYDLSAV GRMKFNRSLLREEIEGSGILSKDDIIDVMKKLIDIRNGKGEVDDIDHLGNRRIRSVGEMAENQFRVGLVRVERAVKERLS LGDLDTLMPQDMINAKPISAAVKEFFGSSQLSQFMDQNNPLSEITHKRRISALGPGGLTRERAGFEVRDVHPTHYGRVCP IETPEGPNIGLINSLSVYAQTNEYGFLETPYRKVTDGVVTDEIHYLSAIEEGNYVIAQANSNLDEEGHFVEDLVTCRSKG ESSLFSRDQVDYMDVSTQQVVSVGASLIPFLEHDDANRALMGANMQRQAVPTLRADKPLVGTGMERAVAVDSGVTAVAKR GGVVQYVDASRIVIKVNEDEMYPGEAGIDIYNLTKYTRSNQNTCINQMPCVSLGEPVERGDVLADGPSTDLGELALGQNM RVAFMPWNGYNFEDSILVSERVVQEDRFTTIHIQELACVSRDTKLGPEEITADIPNVGEAALSKLDESGIVYIGAEVTGG DILVGKVTPKGETQLTPEEKLLRAIFGEKASDVKDSSLRVPNGVSGTVIDVQVFTRDGVEKDKRALEIEEMQLKQAKKDL SEELQILEAGLFSRIRAVLVAGGVEAEKLDKLPRDRWLELGLTDEEKQNQLEQLAEQYDELKHEFEKKLEAKRRKITQGD DLAPGVLKIVKVYLAVKRRIQPGDKMAGRHGNKGVISKINPIEDMPYDENGTPVDIVLNPLGVPSRMNIGQILETHLGMA AKGIGDKINAMLKQQQEVAKLREFIQRAYDLGADVRQKVDLSTFSDEEVMRLAENLRKGMPIATPVFDGAKEAEIKELLK LGDLPTSGQIRLYDGRTGEQFERPVTVGYMYMLKLNHLVDDKMHARSTGSYSLVTQQPLGGKAQFGGQRFGEMEVWALEA YGAAYTLQEMLTVKSDDVNGRTKMYKNIVDGNHQMEPGMPESFNVLLKEIRSLGINIELEDE ; 1 5 UNP RPOC_ECOLI P0A8T7 ? 5 ;MKDLLKFLKAQTKTEEFDAIKIALASPDMIRSWSFGEVKKPETINYRTFKPERDGLFCARIFGPVKDYECLCGKYKRLKH RGVICEKCGVEVTQTKVRRERMGHIELASPTAHIWFLKSLPSRIGLLLDMPLRDIERVLYFESYVVIEGGMTNLERQQIL TEEQYLDALEEFGDEFDAKMGAEAIQALLKSMDLEQECEQLREELNETNSETKRKKLTKRIKLLEAFVQSGNKPEWMILT VLPVLPPDLRPLVPLDGGRFATSDLNDLYRRVINRNNRLKRLLDLAAPDIIVRNEKRMLQEAVDALLDNGRRGRAITGSN KRPLKSLADMIKGKQGRFRQNLLGKRVDYSGRSVITVGPYLRLHQCGLPKKMALELFKPFIYGKLELRGLATTIKAAKKM VEREEAVVWDILDEVIREHPVLLNRAPTLHRLGIQAFEPVLIEGKAIQLHPLVCAAYNADFDGDQMAVHVPLTLEAQLEA RALMMSTNNILSPANGEPIIVPSQDVVLGLYYMTRDCVNAKGEGMVLTGPKEAERLYRSGLASLHARVKVRITEYEKDAN GELVAKTSLKDTTVGRAILWMIVPKGLPYSIVNQALGKKAISKMLNTCYRILGLKPTVIFADQIMYTGFAYAARSGASVG IDDMVIPEKKHEIISEAEAEVAEIQEQFQSGLVTAGERYNKVIDIWAAANDRVSKAMMDNLQTETVINRDGQEEKQVSFN SIYMMADSGARGSAAQIRQLAGMRGLMAKPDGSIIETPITANFREGLNVLQYFISTHGARKGLADTALKTANSGYLTRRL VDVAQDLVVTEDDCGTHEGIMMTPVIEGGDVKEPLRDRVLGRVTAEDVLKPGTADILVPRNTLLHEQWCDLLEENSVDAV KVRSVVSCDTDFGVCAHCYGRDLARGHIINKGEAIGVIAAQSIGEPGTQLTMRTFHIGGAASRAAAESSIQVKNKGSIKL SNVKSVVNSSGKLVITSRNTELKLIDEFGRTKESYKVPYGAVLAKGDGEQVAGGETVANWDPHTMPVITEVSGFVRFTDM IDGQTITRQTDELTGLSSLVVLDSAERTAGGKDLRPALKIVDAQGNDVLIPGTDMPAQYFLPGKAIVQLEDGVQISSGDT LARIPQESGGTKDITGGLPRVADLFEARRPKEPAILAEISGIVSFGKETKGKRRLVITPVDGSDPYEEMIPKWRQLNVFE GERVERGDVISDGPEAPHDILRLRGVHAVTRYIVNEVQDVYRLQGVKINDKHIEVIVRQMLRKATIVNAGSSDFLEGEQV EYSRVKIANRELEANGKVGATYSRDLLGITKASLATESFISAASFQETTRVLTEAAVAGKRDELRGLKENVIVGRLIPAG TGYAYHQDRMRRRAAGEAPAAPQVTAEDASASLAELLNAGLGGSDNE ; 1 6 UNP RPOZ_ECOLI P0A800 ? 6 ;MARVTVQDAVEKIGNRFDLVLVAARRARQMQVGGKDPLVPEENDKTTVIALREIEEGLINNQILDVRERQEQQEQEAAEL QAVTAIAEGRR ; 1 7 PDB 6RI9 6RI9 ? 7 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6RI9 N 1 ? 39 ? 6RI9 1 ? 39 ? 1 39 2 2 6RI9 T 1 ? 39 ? 6RI9 1 ? 39 ? 1 39 3 3 6RI9 A 1 ? 329 ? P0A7Z4 1 ? 329 ? 1 329 4 3 6RI9 B 1 ? 329 ? P0A7Z4 1 ? 329 ? 1 329 5 4 6RI9 C 1 ? 1342 ? P0A8V2 1 ? 1342 ? 1 1342 6 5 6RI9 D 1 ? 1407 ? P0A8T7 1 ? 1407 ? 1 1407 7 6 6RI9 E 1 ? 91 ? P0A800 1 ? 91 ? 1 91 8 7 6RI9 R 1 ? 14 ? 6RI9 1 ? 14 ? 1 14 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight A 'RNA linking' y "ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 C 'RNA linking' y "CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O8 P' 323.197 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 G 'RNA linking' y "GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O8 P' 363.221 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MG non-polymer . 'MAGNESIUM ION' ? 'Mg 2' 24.305 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 U 'RNA linking' y "URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H13 N2 O9 P' 324.181 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZN non-polymer . 'ZINC ION' ? 'Zn 2' 65.409 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6RI9 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 6RI9 _struct.title 'Cryo-EM structure of E. coli RNA polymerase backtracked elongation complex in non-swiveled state' _struct.pdbx_descriptor ;DNA-directed RNA polymerase subunit alpha, DNA-directed RNA polymerase subunit beta, DNA-directed RNA polymerase subunit beta', DNA-directed RNA polymerase subunit omega/DNA Complex ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6RI9 _struct_keywords.text 'E. coli RNA polymerase, CTP, GreB, Elongation complex, TRANSCRIPTION' _struct_keywords.pdbx_keywords TRANSCRIPTION # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 3 ? E N N 4 ? F N N 5 ? G N N 6 ? H N N 7 ? I N N 8 ? J N N 8 ? K N N 9 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY C 34 ? SER C 50 ? GLY A 34 SER A 50 1 ? 17 HELX_P HELX_P2 AA2 ASP C 77 ? GLY C 87 ? ASP A 77 GLY A 87 1 ? 11 HELX_P HELX_P3 AA3 THR C 111 ? ILE C 115 ? THR A 111 ILE A 115 5 ? 5 HELX_P HELX_P4 AA4 PRO C 154 ? GLU C 162 ? 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'REVERSED WATSON-CRICK' ? ? hydrog43 hydrog ? ? A DT 37 N3 ? ? ? 1_555 B DA 3 N1 ? ? N DT 37 T DA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog44 hydrog ? ? A DT 37 O4 ? ? ? 1_555 B DA 3 N6 ? ? N DT 37 T DA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog45 hydrog ? ? A DG 38 N1 ? ? ? 1_555 B DC 2 N3 ? ? N DG 38 T DC 2 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog46 hydrog ? ? A DG 38 N2 ? ? ? 1_555 B DC 2 O2 ? ? N DG 38 T DC 2 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog47 hydrog ? ? A DG 38 O6 ? ? ? 1_555 B DC 2 N4 ? ? N DG 38 T DC 2 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog48 hydrog ? ? A DC 39 N3 ? ? ? 1_555 B DG 1 N2 ? ? N DC 39 T DG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED WATSON-CRICK' ? ? hydrog49 hydrog ? ? A DC 39 O2 ? ? ? 1_555 B DG 1 N1 ? ? N DC 39 T DG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED WATSON-CRICK' ? ? hydrog50 hydrog ? ? B DA 15 N1 ? ? ? 1_555 H U 11 N3 ? ? T DA 15 R U 11 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog51 hydrog ? ? B DA 15 N6 ? ? ? 1_555 H U 11 O4 ? ? T DA 15 R U 11 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog52 hydrog ? ? B DC 16 N3 ? ? ? 1_555 H G 10 N1 ? ? T DC 16 R G 10 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog53 hydrog ? ? B DC 16 N4 ? ? ? 1_555 H G 10 O6 ? ? T DC 16 R G 10 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog54 hydrog ? ? B DC 16 O2 ? ? ? 1_555 H G 10 N2 ? ? T DC 16 R G 10 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog55 hydrog ? ? B DA 17 N1 ? ? ? 1_555 H U 9 N3 ? ? T DA 17 R U 9 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog56 hydrog ? ? B DA 17 N6 ? ? ? 1_555 H U 9 O4 ? ? T DA 17 R U 9 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog57 hydrog ? ? B DT 18 N3 ? ? ? 1_555 H A 8 N1 ? ? T DT 18 R A 8 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog58 hydrog ? ? B DT 18 O4 ? ? ? 1_555 H A 8 N6 ? ? T DT 18 R A 8 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog59 hydrog ? ? B DC 19 N3 ? ? ? 1_555 H G 7 N1 ? ? T DC 19 R G 7 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog60 hydrog ? ? B DC 19 N4 ? ? ? 1_555 H G 7 O6 ? ? T DC 19 R G 7 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog61 hydrog ? ? B DC 19 O2 ? ? ? 1_555 H G 7 N2 ? ? T DC 19 R G 7 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog62 hydrog ? ? B DG 20 N1 ? ? ? 1_555 H C 6 N3 ? ? T DG 20 R C 6 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog63 hydrog ? ? B DG 20 N2 ? ? ? 1_555 H C 6 O2 ? ? T DG 20 R C 6 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog64 hydrog ? ? B DG 20 O6 ? ? ? 1_555 H C 6 N4 ? ? T DG 20 R C 6 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog65 hydrog ? ? B DC 21 N3 ? ? ? 1_555 H G 5 N2 ? ? T DC 21 R G 5 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED WATSON-CRICK' ? ? hydrog66 hydrog ? ? B DC 21 O2 ? ? ? 1_555 H G 5 N1 ? ? T DC 21 R G 5 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED WATSON-CRICK' ? ? hydrog67 hydrog ? ? B DC 22 N3 ? ? ? 1_555 H G 4 N1 ? ? T DC 22 R G 4 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog68 hydrog ? ? B DC 22 N4 ? ? ? 1_555 H G 4 O6 ? ? T DC 22 R G 4 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog69 hydrog ? ? B DC 22 O2 ? ? ? 1_555 H G 4 N2 ? ? T DC 22 R G 4 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog70 hydrog ? ? B DT 23 N3 ? ? ? 1_555 H A 3 N1 ? ? T DT 23 R A 3 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog71 hydrog ? ? B DT 23 O4 ? ? ? 1_555 H A 3 N6 ? ? T DT 23 R A 3 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog72 hydrog ? ? B DG 24 N1 ? ? ? 1_555 H C 2 N3 ? ? T DG 24 R C 2 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog73 hydrog ? ? B DG 24 N2 ? ? ? 1_555 H C 2 O2 ? ? T DG 24 R C 2 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog74 hydrog ? ? B DG 24 O6 ? ? ? 1_555 H C 2 N4 ? ? T DG 24 R C 2 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference metalc ? ? hydrog ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 GLU 29 D . ? GLU 29 B PRO 30 D ? PRO 30 B 1 -7.78 2 PHE 57 E . ? PHE 57 C PRO 58 E ? PRO 58 C 1 -7.45 3 LEU 120 F . ? LEU 120 D PRO 121 F ? PRO 121 D 1 14.16 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 4 ? AA2 ? 4 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 4 ? AA7 ? 4 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 2 ? AB1 ? 4 ? AB2 ? 4 ? AB3 ? 2 ? AB4 ? 2 ? AB5 ? 3 ? AB6 ? 5 ? AB7 ? 2 ? AB8 ? 2 ? AB9 ? 2 ? AC1 ? 3 ? AC2 ? 6 ? AC3 ? 3 ? AC4 ? 4 ? AC5 ? 2 ? AC6 ? 2 ? AC7 ? 6 ? AC8 ? 3 ? AC9 ? 3 ? AD1 ? 2 ? AD2 ? 2 ? AD3 ? 2 ? AD4 ? 2 ? AD5 ? 2 ? AD6 ? 5 ? AD7 ? 3 ? AD8 ? 2 ? AD9 ? 3 ? AE1 ? 2 ? AE2 ? 3 ? AE3 ? 2 ? AE4 ? 2 ? AE5 ? 3 ? AE6 ? 2 ? AE7 ? 2 ? AE8 ? 2 ? AE9 ? 3 ? AF1 ? 3 ? AF2 ? 2 ? AF3 ? 2 ? AF4 ? 4 ? AF5 ? 2 ? AF6 ? 3 ? AF7 ? 3 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA9 1 2 ? parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB1 3 4 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB6 3 4 ? anti-parallel AB6 4 5 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC2 2 3 ? anti-parallel AC2 3 4 ? parallel AC2 4 5 ? anti-parallel AC2 5 6 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC3 2 3 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC4 2 3 ? anti-parallel AC4 3 4 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC7 3 4 ? parallel AC7 4 5 ? anti-parallel AC7 5 6 ? parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC8 2 3 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD5 1 2 ? anti-parallel AD6 1 2 ? anti-parallel AD6 2 3 ? anti-parallel AD6 3 4 ? anti-parallel AD6 4 5 ? anti-parallel AD7 1 2 ? anti-parallel AD7 2 3 ? parallel AD8 1 2 ? anti-parallel AD9 1 2 ? anti-parallel AD9 2 3 ? anti-parallel AE1 1 2 ? anti-parallel AE2 1 2 ? anti-parallel AE2 2 3 ? anti-parallel AE3 1 2 ? anti-parallel AE4 1 2 ? parallel AE5 1 2 ? parallel AE5 2 3 ? anti-parallel AE6 1 2 ? anti-parallel AE7 1 2 ? anti-parallel AE8 1 2 ? anti-parallel AE9 1 2 ? anti-parallel AE9 2 3 ? anti-parallel AF1 1 2 ? anti-parallel AF1 2 3 ? anti-parallel AF2 1 2 ? anti-parallel AF3 1 2 ? anti-parallel AF4 1 2 ? parallel AF4 2 3 ? anti-parallel AF4 3 4 ? anti-parallel AF5 1 2 ? anti-parallel AF6 1 2 ? anti-parallel AF6 2 3 ? anti-parallel AF7 1 2 ? anti-parallel AF7 2 3 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 ASP C 15 ? 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GLY B 53 ILE B 61 AA7 4 LEU D 171 ? LEU D 172 ? LEU B 171 LEU B 172 AA8 1 TYR D 152 ? VAL D 153 ? TYR B 152 VAL B 153 AA8 2 ALA D 175 ? CYS D 176 ? ALA B 175 CYS B 176 AA9 1 LYS E 13 ? ASP E 14 ? LYS C 13 ASP C 14 AA9 2 ILE E 1182 ? ALA E 1183 ? ILE C 1182 ALA C 1183 AB1 1 ILE E 59 ? GLN E 60 ? ILE C 59 GLN C 60 AB1 2 SER E 66 ? LEU E 75 ? SER C 66 LEU C 75 AB1 3 LEU E 96 ? TYR E 105 ? LEU C 96 TYR C 105 AB1 4 THR E 113 ? ILE E 117 ? THR C 113 ILE C 117 AB2 1 ILE E 59 ? GLN E 60 ? ILE C 59 GLN C 60 AB2 2 SER E 66 ? LEU E 75 ? SER C 66 LEU C 75 AB2 3 LEU E 96 ? TYR E 105 ? LEU C 96 TYR C 105 AB2 4 VAL E 122 ? TYR E 123 ? VAL C 122 TYR C 123 AB3 1 SER E 93 ? ALA E 94 ? SER C 93 ALA C 94 AB3 2 ILE E 127 ? PRO E 128 ? ILE C 127 PRO C 128 AB4 1 ARG E 143 ? ILE E 145 ? ARG C 143 ILE C 145 AB4 2 SER E 512 ? PHE E 514 ? SER C 512 PHE C 514 AB5 1 ARG E 451 ? ILE E 453 ? ARG C 451 ILE C 453 AB5 2 SER E 147 ? ARG E 151 ? SER C 147 ARG C 151 AB5 3 ILE E 530 ? SER E 531 ? 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'Escherichia coli' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain 2 2 ? 469008 'Escherichia coli BL21(DE3)' ? ? 3 3 ? 32630 'synthetic construct' ? ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 49 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images ? # _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_name ? _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width ? _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? ? ? 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? ? ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? ? ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? Coot ? ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX ? ? 1 ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? cryoSPARC ? 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? cryoSPARC ? 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? ? ? 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details 'Cryo-EM structure of E. coli RNA polymerase backtracked elongation complex in non-swiveled state' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 6RI9 'double helix' 6RI9 'a-form double helix' 6RI9 'b-form double helix' 6RI9 'mismatched base pair' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 A DC 10 1_555 B DG 30 1_555 0.171 -0.169 0.436 -1.509 0.386 0.262 1 N_DC10:DG30_T N 10 ? 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