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_citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41467-020-17013-x _citation.pdbx_database_id_PubMed 32591529 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Carrique, L.' 1 0000-0001-5332-8593 primary 'Ballut, L.' 2 0000-0002-3982-9321 primary 'Shukla, A.' 3 0000-0003-2435-4930 primary 'Varma, N.' 4 0000-0002-0694-4120 primary 'Ravi, R.' 5 0000-0003-0049-7347 primary 'Violot, S.' 6 0000-0001-7749-9207 primary 'Srinivasan, B.' 7 0000-0003-0561-213X primary 'Ganeshappa, U.T.' 8 0000-0002-3569-4992 primary 'Kulkarni, S.' 9 0000-0002-3020-2477 primary 'Balaram, H.' 10 0000-0002-8821-1288 primary 'Aghajari, N.' 11 0000-0002-2245-2679 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man ;IMP-specific 5'-nucleotidase, putative ; 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SYNNDAEKYQKRLENLLKYFSKHNIKDGSYKNFYVMGGESNYLFKCNEEATLYSVPENEWRHYKKFVDYDTVQEILNISE KCLEKVIKDFGLCAQIQRKEKSIGLVPNKIPSLNIKNEQKNYMIKYEVLEEAVIRIKKEIIKNKITAPYCAFNGGQDLWV DVGNKAEGLLILQKLLKIQKKKCCHIGDQFLHSGNDFPTRFCSLTLWVSNPQETKACLKSIMHL ; ;WNSRYSYNQLKNKDSLIMFLVEIFRSLFVSNCIDKNIDNVLLSIEEMFIDHYYNPQHSRLKYLIDDVGIFFTKLPITKAF HTYNKKYRITKRLYAPPTFNEVRHILNLAQILSLEEGLDLLTFDANETLYPDGHDFNDEVLASYISCLLKKMNIAIVTAA SYNNDAEKYQKRLENLLKYFSKHNIKDGSYKNFYVMGGESNYLFKCNEEATLYSVPENEWRHYKKFVDYDTVQEILNISE KCLEKVIKDFGLCAQIQRKEKSIGLVPNKIPSLNIKNEQKNYMIKYEVLEEAVIRIKKEIIKNKITAPYCAFNGGQDLWV DVGNKAEGLLILQKLLKIQKKKCCHIGDQFLHSGNDFPTRFCSLTLWVSNPQETKACLKSIMHL ; A,G ? 2 'polypeptide(L)' no no ;QWNSRYSYNQLKNKDSLIMFLVEIFRSLFVSNCIDKNIDNVLLSIEEMFIDHYYNPQHSRLKYLIDDVGIFFTKLPITKA FHTYNKKYRITKRLYAPPTFNEVRHILNLAQILSLEEGLDLLTFDANETLYPDGHDFNDEVLASYISCLLKKMNIAIVTA ASYNNDAEKYQKRLENLLKYFSKHNIKDGSYKNFYVMGGESNYLFKCNEEATLYSVPENEWRHYKKFVDYDTVQEILNIS EKCLEKVIKDFGLCAQIQRKEKSIGLVPNKIPSLNIKNEQKNYMIKYEVLEEAVIRIKKEIIKNKITAPYCAFNGGQDLW 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TKLPITKAFHTYNKKYRITKRLYAPPTFNEVRHILNLAQILSLEEGLDLLTFDANETLYPDGHDFNDEVLASYISCLLKK MNIAIVTAASYNNDAEKYQKRLENLLKYFSKHNIKDGSYKNFYVMGGESNYLFKCNEEATLYSVPENEWRHYKKFVDYDT VQEILNISEKCLEKVIKDFGLCAQIQRKEKSIGLVPNKIPSLNIKNEQKNYMIKYEVLEEAVIRIKKEIIKNKITAPYCA FNGGQDLWVDVGNKAEGLLILQKLLKIQKKKCCHIGDQFLHSGNDFPTRFCSLTLWVSNPQETKACLKSIMHLN ; C ? 4 'polypeptide(L)' no no ;QWNSRYSYNQLKNKDSLIMFLVEIFRSLFVSNCIDKNIDNVLLSIEEMFIDHYYNPQHSRLKYLIDDVGIFFTKLPITKA FHTYNKKYRITKRLYAPPTFNEVRHILNLAQILSLEEGLDLLTFDANETLYPDGHDFNDEVLASYISCLLKKMNIAIVTA ASYNNDAEKYQKRLENLLKYFSKHNIKDGSYKNFYVMGGESNYLFKCNEEATLYSVPENEWRHYKKFVDYDTVQEILNIS EKCLEKVIKDFGLCAQIQRKEKSIGLVPNKIPSLNIKNEQKNYMIKYEVLEEAVIRIKKEIIKNKITAPYCAFNGGQDLW VDVGNKAEGLLILQKLLKIQKKKCCHIGDQFLHSGNDFPTRFCSLTLWVSNPQETKACLKSIMHLN ; ;QWNSRYSYNQLKNKDSLIMFLVEIFRSLFVSNCIDKNIDNVLLSIEEMFIDHYYNPQHSRLKYLIDDVGIFFTKLPITKA FHTYNKKYRITKRLYAPPTFNEVRHILNLAQILSLEEGLDLLTFDANETLYPDGHDFNDEVLASYISCLLKKMNIAIVTA ASYNNDAEKYQKRLENLLKYFSKHNIKDGSYKNFYVMGGESNYLFKCNEEATLYSVPENEWRHYKKFVDYDTVQEILNIS EKCLEKVIKDFGLCAQIQRKEKSIGLVPNKIPSLNIKNEQKNYMIKYEVLEEAVIRIKKEIIKNKITAPYCAFNGGQDLW VDVGNKAEGLLILQKLLKIQKKKCCHIGDQFLHSGNDFPTRFCSLTLWVSNPQETKACLKSIMHLN ; E,H ? 5 'polypeptide(L)' no no ;FVQWNSRYSYNQLKNKDSLIMFLVEIFRSLFVSNCIDKNIDNVLLSIEEMFIDHYYNPQHSRLKYLIDDVGIFFTKLPIT KAFHTYNKKYRITKRLYAPPTFNEVRHILNLAQILSLEEGLDLLTFDANETLYPDGHDFNDEVLASYISCLLKKMNIAIV TAASYNNDAEKYQKRLENLLKYFSKHNIKDGSYKNFYVMGGESNYLFKCNEEATLYSVPENEWRHYKKFVDYDTVQEILN ISEKCLEKVIKDFGLCAQIQRKEKSIGLVPNKIPSLNIKNEQKNYMIKYEVLEEAVIRIKKEIIKNKITAPYCAFNGGQD LWVDVGNKAEGLLILQKLLKIQKKKCCHIGDQFLHSGNDFPTRFCSLTLWVSNPQETKACLKSIMHLN ; ;FVQWNSRYSYNQLKNKDSLIMFLVEIFRSLFVSNCIDKNIDNVLLSIEEMFIDHYYNPQHSRLKYLIDDVGIFFTKLPIT KAFHTYNKKYRITKRLYAPPTFNEVRHILNLAQILSLEEGLDLLTFDANETLYPDGHDFNDEVLASYISCLLKKMNIAIV TAASYNNDAEKYQKRLENLLKYFSKHNIKDGSYKNFYVMGGESNYLFKCNEEATLYSVPENEWRHYKKFVDYDTVQEILN ISEKCLEKVIKDFGLCAQIQRKEKSIGLVPNKIPSLNIKNEQKNYMIKYEVLEEAVIRIKKEIIKNKITAPYCAFNGGQD LWVDVGNKAEGLLILQKLLKIQKKKCCHIGDQFLHSGNDFPTRFCSLTLWVSNPQETKACLKSIMHLN ; F ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 6 'INOSINIC ACID' IMP 7 'MAGNESIUM ION' MG 8 GLYCEROL GOL 9 water HOH # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 TRP n 1 2 ASN n 1 3 SER n 1 4 ARG n 1 5 TYR n 1 6 SER n 1 7 TYR n 1 8 ASN n 1 9 GLN n 1 10 LEU n 1 11 LYS n 1 12 ASN n 1 13 LYS n 1 14 ASP n 1 15 SER n 1 16 LEU n 1 17 ILE n 1 18 MET n 1 19 PHE n 1 20 LEU n 1 21 VAL n 1 22 GLU n 1 23 ILE n 1 24 PHE n 1 25 ARG n 1 26 SER n 1 27 LEU n 1 28 PHE n 1 29 VAL n 1 30 SER n 1 31 ASN n 1 32 CYS n 1 33 ILE n 1 34 ASP n 1 35 LYS n 1 36 ASN n 1 37 ILE n 1 38 ASP n 1 39 ASN n 1 40 VAL n 1 41 LEU n 1 42 LEU n 1 43 SER n 1 44 ILE n 1 45 GLU n 1 46 GLU n 1 47 MET n 1 48 PHE n 1 49 ILE n 1 50 ASP n 1 51 HIS n 1 52 TYR n 1 53 TYR n 1 54 ASN n 1 55 PRO n 1 56 GLN n 1 57 HIS n 1 58 SER n 1 59 ARG n 1 60 LEU n 1 61 LYS n 1 62 TYR n 1 63 LEU n 1 64 ILE n 1 65 ASP n 1 66 ASP n 1 67 VAL n 1 68 GLY n 1 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CA N N 9 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP A0A144A134_PLAF7 A0A144A134 ? 1 ;WNSRYSYNQLKNKDSLIMFLVEIFRSLFVSNCIDKNIDNVLLSIEEMFIDHYYNPQHSRLKYLIDDVGIFFTKLPITKAF HTYNKKYRITKRLYAPPTFNEVRHILNLAQILSLEEGLDLLTFDADETLYPDGHDFNDEVLASYISCLLKKMNIAIVTAA SYNNDAEKYQKRLENLLKYFSKHNIKDGSYKNFYVMGGESNYLFKCNEEATLYSVPENEWRHYKKFVDYDTVQEILNISE KCLEKVIKDFGLCAQIQRKEKSIGLVPNKIPSLNIKNEQKNYMIKYEVLEEAVIRIKKEIIKNKITAPYCAFNGGQDLWV DVGNKAEGLLILQKLLKIQKKKCCHIGDQFLHSGNDFPTRFCSLTLWVSNPQETKACLKSIMHL ; 47 2 UNP A0A144A134_PLAF7 A0A144A134 ? 2 ;QWNSRYSYNQLKNKDSLIMFLVEIFRSLFVSNCIDKNIDNVLLSIEEMFIDHYYNPQHSRLKYLIDDVGIFFTKLPITKA FHTYNKKYRITKRLYAPPTFNEVRHILNLAQILSLEEGLDLLTFDADETLYPDGHDFNDEVLASYISCLLKKMNIAIVTA ASYNNDAEKYQKRLENLLKYFSKHNIKDGSYKNFYVMGGESNYLFKCNEEATLYSVPENEWRHYKKFVDYDTVQEILNIS EKCLEKVIKDFGLCAQIQRKEKSIGLVPNKIPSLNIKNEQKNYMIKYEVLEEAVIRIKKEIIKNKITAPYCAFNGGQDLW VDVGNKAEGLLILQKLLKIQKKKCCHIGDQFLHSGNDFPTRFCSLTLWVSNPQETKACLKSIMHL ; 46 3 UNP A0A144A134_PLAF7 A0A144A134 ? 3 ;SDMKKNIVQWNSRYSYNQLKNKDSLIMFLVEIFRSLFVSNCIDKNIDNVLLSIEEMFIDHYYNPQHSRLKYLIDDVGIFF TKLPITKAFHTYNKKYRITKRLYAPPTFNEVRHILNLAQILSLEEGLDLLTFDADETLYPDGHDFNDEVLASYISCLLKK MNIAIVTAASYNNDAEKYQKRLENLLKYFSKHNIKDGSYKNFYVMGGESNYLFKCNEEATLYSVPENEWRHYKKFVDYDT VQEILNISEKCLEKVIKDFGLCAQIQRKEKSIGLVPNKIPSLNIKNEQKNYMIKYEVLEEAVIRIKKEIIKNKITAPYCA FNGGQDLWVDVGNKAEGLLILQKLLKIQKKKCCHIGDQFLHSGNDFPTRFCSLTLWVSNPQETKACLKSIMHLN ; 38 4 UNP A0A144A134_PLAF7 A0A144A134 ? 4 ;QWNSRYSYNQLKNKDSLIMFLVEIFRSLFVSNCIDKNIDNVLLSIEEMFIDHYYNPQHSRLKYLIDDVGIFFTKLPITKA FHTYNKKYRITKRLYAPPTFNEVRHILNLAQILSLEEGLDLLTFDADETLYPDGHDFNDEVLASYISCLLKKMNIAIVTA ASYNNDAEKYQKRLENLLKYFSKHNIKDGSYKNFYVMGGESNYLFKCNEEATLYSVPENEWRHYKKFVDYDTVQEILNIS EKCLEKVIKDFGLCAQIQRKEKSIGLVPNKIPSLNIKNEQKNYMIKYEVLEEAVIRIKKEIIKNKITAPYCAFNGGQDLW VDVGNKAEGLLILQKLLKIQKKKCCHIGDQFLHSGNDFPTRFCSLTLWVSNPQETKACLKSIMHLN ; 46 5 UNP A0A144A134_PLAF7 A0A144A134 ? 5 ;VQWNSRYSYNQLKNKDSLIMFLVEIFRSLFVSNCIDKNIDNVLLSIEEMFIDHYYNPQHSRLKYLIDDVGIFFTKLPITK AFHTYNKKYRITKRLYAPPTFNEVRHILNLAQILSLEEGLDLLTFDADETLYPDGHDFNDEVLASYISCLLKKMNIAIVT AASYNNDAEKYQKRLENLLKYFSKHNIKDGSYKNFYVMGGESNYLFKCNEEATLYSVPENEWRHYKKFVDYDTVQEILNI SEKCLEKVIKDFGLCAQIQRKEKSIGLVPNKIPSLNIKNEQKNYMIKYEVLEEAVIRIKKEIIKNKITAPYCAFNGGQDL WVDVGNKAEGLLILQKLLKIQKKKCCHIGDQFLHSGNDFPTRFCSLTLWVSNPQETKACLKSIMHLN ; 45 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6RME A 1 ? 384 ? 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UNP A0A144A134 ASP 172 'engineered mutation' 172 3 4 6RME ASN D 127 ? UNP A0A144A134 ASP 172 'engineered mutation' 172 4 5 6RME ASN E 127 ? UNP A0A144A134 ASP 172 'engineered mutation' 172 5 6 6RME PHE F 1 ? UNP A0A144A134 ? ? 'expression tag' 44 6 6 6RME ASN F 129 ? UNP A0A144A134 ASP 172 'engineered mutation' 172 7 7 6RME ASN G 126 ? UNP A0A144A134 ASP 172 'engineered mutation' 172 8 8 6RME ASN H 127 ? UNP A0A144A134 ASP 172 'engineered mutation' 172 9 # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 author_and_software_defined_assembly PISA tetrameric 4 2 author_and_software_defined_assembly PISA tetrameric 4 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 14090 ? 1 MORE -107 ? 1 'SSA (A^2)' 58640 ? 2 'ABSA (A^2)' 13900 ? 2 MORE -115 ? 2 'SSA (A^2)' 58920 ? # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 1 A,B,C,D,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,AA,BA 2 1 E,F,G,H,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,CA # loop_ _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 1 1 'gel filtration' ? 2 1 SAXS ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 SER A 6 ? 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LYS A 331 ASN A 349 1 ? 19 HELX_P HELX_P16 AB7 ASN A 324 ? LYS A 337 ? ASN A 370 LYS A 383 1 ? 14 HELX_P HELX_P17 AB8 GLN A 339 ? LYS A 341 ? GLN A 385 LYS A 387 5 ? 3 HELX_P HELX_P18 AB9 ASP A 356 ? CYS A 362 ? ASP A 402 CYS A 408 5 ? 7 HELX_P HELX_P19 AC1 ASN A 370 ? HIS A 383 ? ASN A 416 HIS A 429 1 ? 14 HELX_P HELX_P20 AC2 SER B 7 ? ASN B 13 ? SER B 52 ASN B 58 1 ? 7 HELX_P HELX_P21 AC3 ASP B 15 ? SER B 31 ? ASP B 60 SER B 76 1 ? 17 HELX_P HELX_P22 AC4 ILE B 38 ? ASN B 55 ? ILE B 83 ASN B 100 1 ? 18 HELX_P HELX_P23 AC5 SER B 59 ? ILE B 65 ? SER B 104 ILE B 110 1 ? 7 HELX_P HELX_P24 AC6 PRO B 76 ? ARG B 89 ? PRO B 121 ARG B 134 1 ? 14 HELX_P HELX_P25 AC7 ILE B 90 ? ARG B 93 ? ILE B 135 ARG B 138 5 ? 4 HELX_P HELX_P26 AC8 THR B 99 ? SER B 114 ? THR B 144 SER B 159 1 ? 16 HELX_P HELX_P27 AC9 LEU B 115 ? GLY B 118 ? LEU B 160 GLY B 163 5 ? 4 HELX_P HELX_P28 AD1 ASP B 139 ? MET B 153 ? ASP B 184 MET B 198 1 ? 15 HELX_P HELX_P29 AD2 ASP B 166 ? LEU B 174 ? ASP B 211 LEU B 219 1 ? 9 HELX_P HELX_P30 AD3 LEU B 174 ? ASN B 185 ? LEU B 219 ASN B 230 1 ? 12 HELX_P HELX_P31 AD4 ASP B 188 ? LYS B 192 ? ASP B 233 LYS B 237 5 ? 5 HELX_P HELX_P32 AD5 ASP B 229 ? PHE B 251 ? ASP B 274 PHE B 296 1 ? 23 HELX_P HELX_P33 AD6 LYS B 286 ? LYS B 303 ? LYS B 331 LYS B 348 1 ? 18 HELX_P HELX_P34 AD7 ASN B 325 ? LEU B 337 ? ASN B 370 LEU B 382 1 ? 13 HELX_P HELX_P35 AD8 GLN B 340 ? LYS B 342 ? GLN B 385 LYS B 387 5 ? 3 HELX_P HELX_P36 AD9 ASP B 357 ? CYS B 363 ? ASP B 402 CYS B 408 5 ? 7 HELX_P HELX_P37 AE1 ASN B 371 ? HIS B 384 ? ASN B 416 HIS B 429 1 ? 14 HELX_P HELX_P38 AE2 ASP C 2 ? ASN C 11 ? ASP C 39 ASN C 48 1 ? 10 HELX_P HELX_P39 AE3 SER C 15 ? ASN C 21 ? SER C 52 ASN C 58 1 ? 7 HELX_P HELX_P40 AE4 ASP C 23 ? SER C 39 ? ASP C 60 SER C 76 1 ? 17 HELX_P HELX_P41 AE5 ASN C 40 ? LYS C 44 ? ASN C 77 LYS C 81 5 ? 5 HELX_P HELX_P42 AE6 ILE C 46 ? ASN C 63 ? ILE C 83 ASN C 100 1 ? 18 HELX_P HELX_P43 AE7 SER C 67 ? ILE C 73 ? 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