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'Maskell, D.P.' 3 ? 'Cherepanov, P.' 4 0000-0002-0634-538X 'Costa, A.' 5 0000-0003-1126-2498 # loop_ _citation.abstract _citation.abstract_id_CAS _citation.book_id_ISBN _citation.book_publisher _citation.book_publisher_city _citation.book_title _citation.coordinate_linkage _citation.country _citation.database_id_Medline _citation.details _citation.id _citation.journal_abbrev _citation.journal_id_ASTM _citation.journal_id_CSD _citation.journal_id_ISSN _citation.journal_full _citation.journal_issue _citation.journal_volume _citation.language _citation.page_first _citation.page_last _citation.title _citation.year _citation.database_id_CSD _citation.pdbx_database_id_DOI _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.unpublished_flag ? ? ? ? ? ? ? UK ? ? primary 'Nat Commun' ? ? 2041-1723 ? ? 10 ? 4189 4189 'Retroviral integration into nucleosomes through DNA looping and sliding along the histone octamer.' 2019 ? 10.1038/s41467-019-12007-w 31519882 ? ? ? ? ? ? ? ? UK ? ? 1 'Nat Commun' ? ? 2041-1723 ? ? 10 ? 4189 4189 'Retroviral integration into nucleosomes through DNA looping and sliding along the histone octamer.' 2019 ? 10.1038/s41467-019-12007-w 31519882 ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Wilson, M.D.' 1 0000-0001-9551-5514 primary 'Renault, L.' 2 ? primary 'Maskell, D.P.' 3 0000-0003-3305-258X primary 'Ghoneim, M.' 4 ? primary 'Pye, V.E.' 5 0000-0001-9616-2992 primary 'Nans, A.' 6 ? primary 'Rueda, D.S.' 7 0000-0003-4657-6323 primary 'Cherepanov, P.' 8 ? primary 'Costa, A.' 9 0000-0003-1126-2498 1 'Wilson, M.D.' 10 0000-0001-9551-5514 1 'Renault, L.' 11 ? 1 'Maskell, D.P.' 12 0000-0003-3305-258X 1 'Ghoneim, M.' 13 ? 1 'Pye, V.E.' 14 0000-0001-9616-2992 1 'Nans, A.' 15 ? 1 'Rueda, D.S.' 16 0000-0003-4657-6323 1 'Cherepanov, P.' 17 ? 1 'Costa, A.' 18 0000-0003-1126-2498 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 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_entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPSTGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSAAIGALQEASEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPSTGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSAAIGALQEASEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; A,E ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAIRNDEELNKLLGKVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; ;MSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAIRNDEELNKLLGKVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; C,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK ; ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK ; D,H ? 5 'polypeptide(L)' no no ;GPGCNTKKPNLDAELDQLLQGHYIKGYPKQYTYFLEDGKVKVSRPEGVKIIPPQSDRQKIVLQAHNLAHTGREATLLKIA NLYWWPNMRKDVVKQLGRCQQCLITNASNKASGPILRPDRPQKPFDKFFIDYIGPLPPSQGYLYVLVVVDGMTGFTWLYP TKAPSTSATVKSLNVLTSIAIPKVIHSDQGAAFTSSTFAEWAKERGIHLEFSTPYHPQSSGKVERKNSDIKRLLTKLLVG RPTKWYDLLPVVQLALNNTYSPVLKYTPHQLLFGIDSNTPFANQDTLDLTREEELSLLQEIRTSLYHPSTPPASSRSWSP VVGQLVQERVARPASLRPRWHKPSTVLKVLNPRTVVILDHLGNNRTVSIDNLKPTSHQNGTTNDTATMDHLEKNE ; ;GPGCNTKKPNLDAELDQLLQGHYIKGYPKQYTYFLEDGKVKVSRPEGVKIIPPQSDRQKIVLQAHNLAHTGREATLLKIA NLYWWPNMRKDVVKQLGRCQQCLITNASNKASGPILRPDRPQKPFDKFFIDYIGPLPPSQGYLYVLVVVDGMTGFTWLYP TKAPSTSATVKSLNVLTSIAIPKVIHSDQGAAFTSSTFAEWAKERGIHLEFSTPYHPQSSGKVERKNSDIKRLLTKLLVG RPTKWYDLLPVVQLALNNTYSPVLKYTPHQLLFGIDSNTPFANQDTLDLTREEELSLLQEIRTSLYHPSTPPASSRSWSP VVGQLVQERVARPASLRPRWHKPSTVLKVLNPRTVVILDHLGNNRTVSIDNLKPTSHQNGTTNDTATMDHLEKNE ; K,L,O,P ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DG)(DC)(DG)(DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC)(DC)(DA)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DT)(DA)(DC) (DC)(DT)(DT)(DC)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DT)(DT)(DT)(DC) (DA)(DC)(DC)(DA)(DG)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DA)(DA)(DT)(DG)(DC) (DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT) (DT)(DT)(DG)(DG)(DA)(DC)(DT)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DA)(DC)(DC)(DT)(DA)(DC)(DC)(DA) (DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DG)(DT)(DA)(DA)(DC)(DT)(DT)(DG)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA) (DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DC)(DC) ; ;GCGAAATTCCATGACACTACCTTCCCAGGAAACAGGTTTCACCAGCCAGGCCTTGAATGCAATTGTCTTACTAGGAATAT TTGGACTTCCCCACCTACCATTCAGGTAACTTGATACAAACACAGCCC ; I ? 7 polydeoxyribonucleotide no no ;(DG)(DG)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DG)(DT) (DT)(DA)(DC)(DC)(DT)(DG)(DA)(DA)(DT)(DG)(DG)(DT)(DA)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DG)(DG) (DA)(DA)(DG)(DT)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DT)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DA) (DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DC)(DA)(DT)(DT)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC) (DT)(DG)(DG)(DC)(DT)(DG)(DG)(DT)(DG)(DA)(DA)(DA)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DC) (DC)(DT)(DG)(DG)(DG)(DA)(DA)(DG) ; ;GGGCTGTGTTTGTATCAAGTTACCTGAATGGTAGGTGGGGAAGTCCAAATATTCCTAGTAAGACAATTGCATTCAAGGCC TGGCTGGTGAAACCTGTTTCCTGGGAAG ; U ? 8 polydeoxyribonucleotide no no ;(DG)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DG)(DT) (DG)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DC)(DT)(DA)(DA) ; GTCCAGGTTCTCCCTGTGGTGAAAACCAACTAA T ? 9 polydeoxyribonucleotide no no ;(DG)(DC)(DG)(DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC)(DC)(DA)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DT)(DA)(DG) (DT)(DT)(DA)(DG)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DA)(DC)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG) (DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DC) ; GCGAAATTCCATGACAGTAGTTAGTTGGTTTTCACCACAGGGAGAACCTGGAC J ? 10 polydeoxyribonucleotide no no '(DA)(DT)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DT)(DG)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DC)(DG)(DC)(DA)' ATTGTCATGGAATTTCGCA Q,M ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ALA n 1 3 ARG n 1 4 THR n 1 5 LYS n 1 6 GLN n 1 7 THR n 1 8 ALA n 1 9 ARG n 1 10 LYS n 1 11 SER n 1 12 THR n 1 13 GLY n 1 14 GLY n 1 15 LYS n 1 16 ALA n 1 17 PRO n 1 18 ARG n 1 19 LYS n 1 20 GLN n 1 21 LEU n 1 22 ALA n 1 23 THR n 1 24 LYS n 1 25 ALA n 1 26 ALA n 1 27 ARG n 1 28 LYS n 1 29 SER n 1 30 ALA n 1 31 PRO n 1 32 SER n 1 33 THR n 1 34 GLY n 1 35 GLY n 1 36 VAL n 1 37 LYS n 1 38 LYS n 1 39 PRO n 1 40 HIS n 1 41 ARG n 1 42 TYR n 1 43 ARG n 1 44 PRO n 1 45 GLY n 1 46 THR n 1 47 VAL n 1 48 ALA n 1 49 LEU n 1 50 ARG n 1 51 GLU n 1 52 ILE n 1 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_entity_src_gen.host_org_genus _entity_src_gen.pdbx_host_org_gene _entity_src_gen.pdbx_host_org_organ _entity_src_gen.host_org_species _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue_fraction _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line _entity_src_gen.pdbx_host_org_atcc _entity_src_gen.pdbx_host_org_culture_collection _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell _entity_src_gen.pdbx_host_org_organelle _entity_src_gen.pdbx_host_org_cellular_location _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector _entity_src_gen.host_org_details _entity_src_gen.expression_system_id _entity_src_gen.plasmid_name _entity_src_gen.plasmid_details _entity_src_gen.pdbx_description 1 1 sample 'Biological sequence' 1 136 Human ? 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'HIST1H2BC, H2BFL, HIST1H2BE, H2BFH, HIST1H2BF, H2BFG, HIST1H2BG, H2BFA, HIST1H2BI, H2BFK' ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 5 1 sample 'Biological sequence' 1 395 ? ? pol ? ? ? ? ? ? 'Human spumaretrovirus' 11963 ? ? ? ? ? ? ? ? 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'expression tag' -1 23 12 6RNY GLY P 3 ? UNP P14350 ? ? 'expression tag' 0 24 12 6RNY CYS P 4 ? UNP P14350 ? ? 'expression tag' 1 25 12 6RNY ASN P 5 ? UNP P14350 ? ? 'expression tag' 2 26 12 6RNY SER P 220 ? UNP P14350 GLY 968 variant 217 27 12 6RNY GLY P 221 ? UNP P14350 SER 969 variant 218 28 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MG non-polymer . 'MAGNESIUM ION' ? 'Mg 2' 24.305 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 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WATSON-CRICK ? ? hydrog181 hydrog ? ? M DG 75 N1 ? ? ? 1_555 N DC 54 N3 ? ? I DG 18 U DC -18 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog182 hydrog ? ? M DG 75 N2 ? ? ? 1_555 N DC 54 O2 ? ? I DG 18 U DC -18 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog183 hydrog ? ? M DG 75 O6 ? ? ? 1_555 N DC 54 N4 ? ? I DG 18 U DC -18 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog184 hydrog ? ? M DA 76 N1 ? ? ? 1_555 N DT 53 N3 ? ? I DA 19 U DT -19 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog185 hydrog ? ? M DA 76 N6 ? ? ? 1_555 N DT 53 O4 ? ? I DA 19 U DT -19 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog186 hydrog ? ? M DA 77 N1 ? ? ? 1_555 N DT 52 N3 ? ? I DA 20 U DT -20 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog187 hydrog ? ? M DA 77 N6 ? ? ? 1_555 N DT 52 O4 ? ? I DA 20 U DT -20 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog188 hydrog ? ? M DT 78 N3 ? ? ? 1_555 N DA 51 N1 ? ? I DT 21 U DA -21 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog189 hydrog ? ? M DT 78 O4 ? ? ? 1_555 N DA 51 N6 ? ? I DT 21 U DA -21 1_555 ? ? ? ? ? ? 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WATSON-CRICK ? ? hydrog386 hydrog ? ? O DT 15 O4 ? ? ? 1_555 P DA 39 N6 ? ? T DT -59 J DA 59 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog387 hydrog ? ? O DG 16 N1 ? ? ? 1_555 P DC 38 N3 ? ? T DG -58 J DC 58 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog388 hydrog ? ? O DG 16 N2 ? ? ? 1_555 P DC 38 O2 ? ? T DG -58 J DC 58 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog389 hydrog ? ? O DG 16 O6 ? ? ? 1_555 P DC 38 N4 ? ? T DG -58 J DC 58 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog390 hydrog ? ? O DG 18 N1 ? ? ? 1_555 P DC 36 N3 ? ? T DG -56 J DC 56 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog391 hydrog ? ? O DG 18 N2 ? ? ? 1_555 P DC 36 O2 ? ? T DG -56 J DC 56 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog392 hydrog ? ? O DG 18 O6 ? ? ? 1_555 P DC 36 N4 ? ? T DG -56 J DC 56 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog393 hydrog ? ? O DG 19 N1 ? ? ? 1_555 P DC 35 N3 ? ? T DG -55 J DC 55 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog394 hydrog ? ? O DG 19 N2 ? ? ? 1_555 P DC 35 O2 ? ? T DG -55 J DC 55 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog395 hydrog ? ? O DG 19 O6 ? ? ? 1_555 P DC 35 N4 ? ? T DG -55 J DC 55 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog396 hydrog ? ? O DT 20 N3 ? ? ? 1_555 P DA 34 N1 ? ? T DT -54 J DA 54 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog397 hydrog ? ? O DT 20 O4 ? ? ? 1_555 P DA 34 N6 ? ? T DT -54 J DA 54 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog398 hydrog ? ? O DG 21 N1 ? ? ? 1_555 P DC 33 N3 ? ? T DG -53 J DC 53 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog399 hydrog ? ? O DG 21 N2 ? ? ? 1_555 P DC 33 O2 ? ? T DG -53 J DC 53 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog400 hydrog ? ? O DG 21 O6 ? ? ? 1_555 P DC 33 N4 ? ? T DG -53 J DC 53 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog401 hydrog ? ? O DA 22 N1 ? ? ? 1_555 P DT 32 N3 ? ? T DA -52 J DT 52 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog402 hydrog ? ? O DA 22 N6 ? ? ? 1_555 P DT 32 O4 ? ? T DA -52 J DT 52 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog403 hydrog ? ? O DA 23 N1 ? ? ? 1_555 P DT 31 N3 ? ? T DA -51 J DT 51 1_555 ? ? ? ? ? ? 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WATSON-CRICK ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference metalc ? ? hydrog ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 GLY 134 I . ? GLY 131 K PRO 135 I ? PRO 132 K 1 11.81 2 GLY 134 J . ? GLY 131 L PRO 135 J ? PRO 132 L 1 -0.21 3 GLY 134 K . ? GLY 131 O PRO 135 K ? PRO 132 O 1 11.84 4 GLY 134 L . ? 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R DA 19 # _em_buffer_component.buffer_id 1 _em_buffer_component.id 1 _em_buffer_component.concentration 1 _em_buffer_component.concentration_units MM _em_buffer_component.formula ? _em_buffer_component.name DTT # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.units MEGADALTONS _em_entity_assembly_molwt.value 0.399 # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_naturalsource.organ _em_entity_assembly_naturalsource.organelle _em_entity_assembly_naturalsource.organism _em_entity_assembly_naturalsource.strain _em_entity_assembly_naturalsource.tissue 2 2 ? ? 9606 ? ? 'Homo sapiens' ? ? 3 3 ? ? 11963 ? ? 'Human spumaretrovirus' ? ? 4 4 ? ? 9606 ? ? 'Homo sapiens' ? ? 5 5 ? ? 1805492 ? ? 'Pyrobaculum filamentous virus 1' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain 2 2 ? 562 'Escherichia coli' ? ? 3 3 ? 562 'Escherichia coli' ? ? 4 4 ? 32630 'synthetic construct' ? ? 5 5 ? 32630 'synthetic construct' ? ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 56 _em_image_recording.average_exposure_time 1.6 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode INTEGRATING _em_image_recording.film_or_detector_model 'FEI FALCON II (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 2 _em_image_recording.num_real_images 4916 # _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_name ? _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width ? _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector 'Microscope was modified with a Cs corrector (NeCEN netherlands)' # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ? _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 3125 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? RELION 1.3 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? EPU ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? CTFFIND 1.4 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? Coot ? ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 1.3 1 ? ? 10 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 1.3 1 ? ? 11 CLASSIFICATION ? RELION 1.3 1 ? ? 12 RECONSTRUCTION ? RELION 1.3 1 ? ? 13 'VOLUME SELECTION' ? ? ? 1 1 1 14 'SERIES ALIGNMENT' ? ? ? 1 1 1 15 'MOLECULAR REPLACEMENT' ? ? ? 1 1 1 16 'LATTICE DISTORTION CORRECTION' ? ? ? 1 1 1 17 'SYMMETRY DETERMINATION' ? ? ? 1 1 1 18 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? ? ? 1 1 1 19 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX ? ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.1 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 6RNY 'double helix' 6RNY 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 M DG 1 1_555 Q DC 18 1_555 -0.146 -0.257 -0.516 -10.217 14.740 -4.612 1 I_DG-56:DC18_Q I -56 ? 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