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'X-RAY DIFFRACTION' 3.7299 55.4064 . . 163 3075 98.00 . . . 0.1952 . 0.1740 . . . . . . . . . . # _struct.entry_id 6S3B _struct.title 'Ligand binding domain of the P. putida receptor PcaY_PP in complex with benzoate' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6S3B _struct_keywords.text 'Ligand binding domain, Pseudomonas putida, chemotactic transducer, C6-ring carboxylic acids, SIGNALING PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'SIGNALING PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 2 ? D N N 3 ? E N N 4 ? F N N 4 ? G N N 5 ? H N N 6 ? I N N 6 ? # _struct_ref.id 1 _struct_ref.db_name UNP _struct_ref.db_code Q88JK6_PSEPK _struct_ref.pdbx_db_accession Q88JK6 _struct_ref.pdbx_db_isoform ? _struct_ref.entity_id 1 _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code ;MVPTRSTARMLANLKIRTGMFWVLSLFSLTLLFSTASAWWAALGSDQQITELDQTAHQSDRLNNALLMAIRSSANVSSGF IEQLGGHDESAGKRMALSVELNNKSQALVDEFVENAREPALRGLATELQATFAEYAKAVAGQREATRQRSLEQYFKVNSD AGNAMGRLQTLRQQLVTTLSERGQQIMLESDRRLARAQLLSLCLLGVTVVLAVLCWAFIAQRVLHPLREAGGHFRRIASG DLSVPVQGQGNNEIGQLFHELQRMQQSQRDTLGQINNCARQLDAAATALNAVTEESANNLRQQGQELEQAATAVTEMTTA VEEVARNAITTSQTTSESNQLAAQSRRQVSENIDGTEAMTREIQTSSAHLQQLVGQVRDIGKVLEVIRSVSEQTNLLALN AAIEAARAGEAGRGFAVVADEVRTLAYRTQQSTQEIEQMIGSVQAGTEAAVASMQASTNRAQSTLDVTLASGQVLEGIYS AIGEINERNLVIASAAEEQAQVAREVDRNLLNIRELSNHSAAGAQQTSEASKALSGLVGEMTALVGRFKV ; _struct_ref.pdbx_align_begin 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6S3B A 1 ? 550 ? Q88JK6 1 ? 550 ? 1 550 2 1 6S3B B 1 ? 550 ? Q88JK6 1 ? 550 ? 1 550 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 3730 ? 1 MORE -16 ? 1 'SSA (A^2)' 12280 ? # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support none _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 THR A 50 ? GLY A 85 ? THR A 50 GLY A 85 1 ? 36 HELX_P HELX_P2 AA2 HIS A 87 ? ALA A 116 ? HIS A 87 ALA A 116 1 ? 30 HELX_P HELX_P3 AA3 GLU A 118 ? GLN A 148 ? GLU A 118 GLN A 148 1 ? 31 HELX_P HELX_P4 AA4 SER A 150 ? LEU A 188 ? SER A 150 LEU A 188 1 ? 39 HELX_P HELX_P5 AA5 LEU B 52 ? GLY B 85 ? LEU B 52 GLY B 85 1 ? 34 HELX_P HELX_P6 AA6 HIS B 87 ? ALA B 116 ? HIS B 87 ALA B 116 1 ? 30 HELX_P HELX_P7 AA7 GLU B 118 ? GLN B 148 ? GLU B 118 GLN B 148 1 ? 31 HELX_P HELX_P8 AA8 SER B 150 ? GLU B 181 ? SER B 150 GLU B 181 1 ? 32 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role metalc1 metalc ? ? A ILE 81 O ? ? ? 1_555 G NA . NA ? ? A ILE 81 A NA 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.939 ? ? metalc2 metalc ? ? G NA . NA ? ? ? 1_555 B LEU 151 O ? ? A NA 605 B LEU 151 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.961 ? ? # _struct_conn_type.id metalc _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # _pdbx_struct_conn_angle.id 1 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id O _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id ? _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id A _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id ILE _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id 81 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_atom_id ? _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id A _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id ILE _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id 81 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code ? _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry 1_555 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id NA _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id ? _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id G _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id NA _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_seq_id . _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_atom_id ? _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id A _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id NA _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id 605 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_PDB_ins_code ? _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry 1_555 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id O _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id ? _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id B _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id LEU _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id 151 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_atom_id ? _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id B _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id LEU _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id 151 _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code ? _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry 1_555 _pdbx_struct_conn_angle.value 127.4 _pdbx_struct_conn_angle.value_esd ? # loop_ _struct_site.id _struct_site.pdbx_evidence_code _struct_site.pdbx_auth_asym_id _struct_site.pdbx_auth_comp_id _struct_site.pdbx_auth_seq_id _struct_site.pdbx_auth_ins_code _struct_site.pdbx_num_residues _struct_site.details AC1 Software A BEZ 601 ? 9 'binding site for residue BEZ A 601' AC2 Software A ACT 602 ? 3 'binding site for residue ACT A 602' AC3 Software A EDO 603 ? 2 'binding site for residue EDO A 603' AC4 Software A EDO 604 ? 2 'binding site for residue EDO A 604' AC5 Software A NA 605 ? 4 'binding site for residue NA A 605' # loop_ _struct_site_gen.id _struct_site_gen.site_id _struct_site_gen.pdbx_num_res _struct_site_gen.label_comp_id _struct_site_gen.label_asym_id _struct_site_gen.label_seq_id _struct_site_gen.pdbx_auth_ins_code _struct_site_gen.auth_comp_id _struct_site_gen.auth_asym_id _struct_site_gen.auth_seq_id _struct_site_gen.label_atom_id _struct_site_gen.label_alt_id _struct_site_gen.symmetry _struct_site_gen.details 1 AC1 9 ARG A 71 ? ARG A 71 . ? 1_555 ? 2 AC1 9 ASN A 75 ? ASN A 75 . ? 1_555 ? 3 AC1 9 SER A 78 ? SER A 78 . ? 1_555 ? 4 AC1 9 ARG A 94 ? ARG A 94 . ? 1_555 ? 5 AC1 9 HOH H . ? HOH A 719 . ? 1_555 ? 6 AC1 9 ILE B 70 ? ILE B 70 . ? 1_555 ? 7 AC1 9 SER B 73 ? SER B 73 . ? 1_555 ? 8 AC1 9 GLY B 162 ? GLY B 162 . ? 1_555 ? 9 AC1 9 MET B 165 ? MET B 165 . ? 1_555 ? 10 AC2 3 ALA A 140 ? ALA A 140 . ? 1_555 ? 11 AC2 3 ARG A 143 ? ARG A 143 . ? 1_555 ? 12 AC2 3 ARG A 147 ? ARG A 147 . ? 1_555 ? 13 AC3 2 SER A 90 ? SER A 90 . ? 1_555 ? 14 AC3 2 ARG A 94 ? ARG A 94 . ? 1_555 ? 15 AC4 2 GLU A 100 ? GLU A 100 . ? 1_555 ? 16 AC4 2 LYS A 104 ? LYS A 104 . ? 1_555 ? 17 AC5 4 ILE A 81 ? ILE A 81 . ? 1_555 ? 18 AC5 4 GLU A 82 ? GLU A 82 . ? 1_555 ? 19 AC5 4 GLY A 85 ? GLY A 85 . ? 1_555 ? 20 AC5 4 LEU B 151 ? LEU B 151 . ? 1_555 ? # _pdbx_validate_close_contact.id 1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num 1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 NH1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 B _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 ARG _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 147 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 ? _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 A _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 O _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 B _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 HOH _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 601 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 ? _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 ? _pdbx_validate_close_contact.dist 2.15 # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 ARG A 117 ? B -84.75 -71.91 2 1 ALA B 116 ? ? -101.23 65.47 3 1 ALA B 116 ? ? -101.23 65.18 4 1 GLU B 181 ? B -78.98 23.84 # loop_ _pdbx_refine_tls.id _pdbx_refine_tls.pdbx_refine_id _pdbx_refine_tls.details _pdbx_refine_tls.method _pdbx_refine_tls.origin_x _pdbx_refine_tls.origin_y _pdbx_refine_tls.origin_z _pdbx_refine_tls.T[1][1] _pdbx_refine_tls.T[1][1]_esd _pdbx_refine_tls.T[1][2] _pdbx_refine_tls.T[1][2]_esd _pdbx_refine_tls.T[1][3] _pdbx_refine_tls.T[1][3]_esd _pdbx_refine_tls.T[2][2] _pdbx_refine_tls.T[2][2]_esd _pdbx_refine_tls.T[2][3] _pdbx_refine_tls.T[2][3]_esd _pdbx_refine_tls.T[3][3] _pdbx_refine_tls.T[3][3]_esd _pdbx_refine_tls.L[1][1] _pdbx_refine_tls.L[1][1]_esd _pdbx_refine_tls.L[1][2] _pdbx_refine_tls.L[1][2]_esd _pdbx_refine_tls.L[1][3] _pdbx_refine_tls.L[1][3]_esd _pdbx_refine_tls.L[2][2] _pdbx_refine_tls.L[2][2]_esd _pdbx_refine_tls.L[2][3] _pdbx_refine_tls.L[2][3]_esd _pdbx_refine_tls.L[3][3] _pdbx_refine_tls.L[3][3]_esd _pdbx_refine_tls.S[1][1] _pdbx_refine_tls.S[1][1]_esd _pdbx_refine_tls.S[1][2] _pdbx_refine_tls.S[1][2]_esd _pdbx_refine_tls.S[1][3] _pdbx_refine_tls.S[1][3]_esd _pdbx_refine_tls.S[2][1] _pdbx_refine_tls.S[2][1]_esd _pdbx_refine_tls.S[2][2] _pdbx_refine_tls.S[2][2]_esd _pdbx_refine_tls.S[2][3] _pdbx_refine_tls.S[2][3]_esd _pdbx_refine_tls.S[3][1] _pdbx_refine_tls.S[3][1]_esd _pdbx_refine_tls.S[3][2] _pdbx_refine_tls.S[3][2]_esd _pdbx_refine_tls.S[3][3] _pdbx_refine_tls.S[3][3]_esd 1 'X-RAY DIFFRACTION' ? 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A THR 208 70 1 Y 1 A VAL 209 ? A VAL 209 71 1 Y 1 A VAL 210 ? A VAL 210 72 1 Y 1 A LEU 211 ? A LEU 211 73 1 Y 1 A ALA 212 ? A ALA 212 74 1 Y 1 A VAL 213 ? A VAL 213 75 1 Y 1 A LEU 214 ? A LEU 214 76 1 Y 1 A CYS 215 ? A CYS 215 77 1 Y 1 A TRP 216 ? A TRP 216 78 1 Y 1 A ALA 217 ? A ALA 217 79 1 Y 1 A PHE 218 ? A PHE 218 80 1 Y 1 A ILE 219 ? A ILE 219 81 1 Y 1 A ALA 220 ? A ALA 220 82 1 Y 1 A GLN 221 ? A GLN 221 83 1 Y 1 A ARG 222 ? A ARG 222 84 1 Y 1 A VAL 223 ? A VAL 223 85 1 Y 1 A LEU 224 ? A LEU 224 86 1 Y 1 A HIS 225 ? A HIS 225 87 1 Y 1 A PRO 226 ? A PRO 226 88 1 Y 1 A LEU 227 ? A LEU 227 89 1 Y 1 A ARG 228 ? A ARG 228 90 1 Y 1 A GLU 229 ? A GLU 229 91 1 Y 1 A ALA 230 ? A ALA 230 92 1 Y 1 A GLY 231 ? A GLY 231 93 1 Y 1 A GLY 232 ? A GLY 232 94 1 Y 1 A HIS 233 ? A HIS 233 95 1 Y 1 A PHE 234 ? A PHE 234 96 1 Y 1 A ARG 235 ? A ARG 235 97 1 Y 1 A ARG 236 ? A ARG 236 98 1 Y 1 A ILE 237 ? A ILE 237 99 1 Y 1 A ALA 238 ? A ALA 238 100 1 Y 1 A SER 239 ? A SER 239 101 1 Y 1 A GLY 240 ? A GLY 240 102 1 Y 1 A ASP 241 ? A ASP 241 103 1 Y 1 A LEU 242 ? A LEU 242 104 1 Y 1 A SER 243 ? A SER 243 105 1 Y 1 A VAL 244 ? A VAL 244 106 1 Y 1 A PRO 245 ? A PRO 245 107 1 Y 1 A VAL 246 ? A VAL 246 108 1 Y 1 A GLN 247 ? A GLN 247 109 1 Y 1 A GLY 248 ? A GLY 248 110 1 Y 1 A GLN 249 ? A GLN 249 111 1 Y 1 A GLY 250 ? A GLY 250 112 1 Y 1 A ASN 251 ? A ASN 251 113 1 Y 1 A ASN 252 ? A ASN 252 114 1 Y 1 A GLU 253 ? A GLU 253 115 1 Y 1 A ILE 254 ? A ILE 254 116 1 Y 1 A GLY 255 ? A GLY 255 117 1 Y 1 A GLN 256 ? A GLN 256 118 1 Y 1 A LEU 257 ? A LEU 257 119 1 Y 1 A PHE 258 ? A PHE 258 120 1 Y 1 A HIS 259 ? A HIS 259 121 1 Y 1 A GLU 260 ? A GLU 260 122 1 Y 1 A LEU 261 ? A LEU 261 123 1 Y 1 A GLN 262 ? A GLN 262 124 1 Y 1 A ARG 263 ? A ARG 263 125 1 Y 1 A MET 264 ? A MET 264 126 1 Y 1 A GLN 265 ? A GLN 265 127 1 Y 1 A GLN 266 ? A GLN 266 128 1 Y 1 A SER 267 ? A SER 267 129 1 Y 1 A GLN 268 ? A GLN 268 130 1 Y 1 A ARG 269 ? A ARG 269 131 1 Y 1 A ASP 270 ? A ASP 270 132 1 Y 1 A THR 271 ? 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