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10.1126/science.aaz3505 _citation.pdbx_database_id_PubMed 31831667 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Ramirez, A.S.' 1 0000-0002-1619-0721 primary 'Kowal, J.' 2 0000-0003-4694-1896 primary 'Locher, K.P.' 3 0000-0002-8207-2889 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 6S7O _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c 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;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; 1397.245 1 ? ? ? ? 12 non-polymer man ;(2~{S},3~{R},4~{R},5~{S},6~{S})-2-(hydroxymethyl)-6-[(1~{S},2~{R},3~{R},4~{R},5'~{S},6~{S},7~{R},8~{S},9~{R},12~{R},13~{R},15~{S},16~{S},18~{R})-5',7,9,13-tetramethyl-3,15-bis(oxidanyl)spiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icosane-6,2'-oxane]-16-yl]oxy-oxane-3,4,5-triol ; 610.776 9 ? ? ? ? 13 non-polymer man '(4R,7R)-4-hydroxy-N,N,N-trimethyl-4,9-dioxo-7-[(undecanoyloxy)methyl]-3,5,8-trioxa-4lambda~5~-phosphadocosan-1-aminium' 636.861 7 ? ? ? ? 14 non-polymer man 'MAGNESIUM ION' 24.305 2 ? ? ? ? 15 non-polymer man '[(3~{R},6~{Z},10~{Z},14~{Z},18~{Z})-3,7,11,15,19,23-hexamethyltetracosa-6,10,14,18,22-pentaenyl] dihydrogen phosphate' 508.713 1 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'STT3-A,B5,Integral membrane protein 1,Transmembrane protein TMC' 3 'Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit TMEM258,Oligosaccharyl transferase subunit TMEM258' 4 'Oligosaccharyl transferase subunit DAD1,Defender against cell death 1,DAD-1' 5 'Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase 67 kDa subunit,Ribophorin I,RPN-I,Ribophorin-1' 6 'Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase 63 kDa subunit,RIBIIR,Ribophorin II,RPN-II,Ribophorin-2' 7 'Oligosaccharyl transferase 48 kDa subunit' 8 'Hydrophobic protein HSF-28' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MTKFGFLRLSYEKQDTLLKLLILSMAAVLSFSTRLFAVLRFESVIHEFDPYFNYRTTRFLAEEGFYKFHNWFDDRAWYPL 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;MEAPAAGLFLLLLLGTWAPAPGSASSEAPPLINEDVKRTVDLSSHLAKVTAEVVLAHLGGGSTSRATSFLLALEPELEAR LAHLGVQVKGEDEEENNLEVRETKIKGKSGRFFTVKLPVALDPGAKISVIVETVYTHVLHPYPTQITQSEKQFVVFEGNH YFYSPYPTKTQTMRVKLASRNVESYTKLGNPTRSEDLLDYGPFRDVPAYSQDTFKVHYENNSPFLTITSMTRVIEVSHWG NIAVEENVDLKHTGAVLKGPFSRYDYQRQPDSGISSIRSFKTILPAAAQDVYYRDEIGNVSTSHLLILDDSVEMEIRPRF PLFGGWKTHYIVGYNLPSYEYLYNLGDQYALKMRFVDHVFDEQVIDSLTVKIILPEGAKNIEIDSPYEISRAPDELHYTY LDTFGRPVIVAYKKNLVEQHIQDIVVHYTFNKVLMLQEPLLVVAAFYILFFTVIIYVRLDFSITKDPAAEARMKVACITE QVLTLVNKRIGLYRHFDETVNRYKQSRDISTLNSGKKSLETEHKALTSEIALLQSRLKTEGSDLCDRVSEMQKLDAQVKE LVLKSAVEAERLVAGKLKKDTYIENEKLISGKRQELVTKIDHILDAL ; ;MEAPAAGLFLLLLLGTWAPAPGSASSEAPPLINEDVKRTVDLSSHLAKVTAEVVLAHLGGGSTSRATSFLLALEPELEAR LAHLGVQVKGEDEEENNLEVRETKIKGKSGRFFTVKLPVALDPGAKISVIVETVYTHVLHPYPTQITQSEKQFVVFEGNH YFYSPYPTKTQTMRVKLASRNVESYTKLGNPTRSEDLLDYGPFRDVPAYSQDTFKVHYENNSPFLTITSMTRVIEVSHWG NIAVEENVDLKHTGAVLKGPFSRYDYQRQPDSGISSIRSFKTILPAAAQDVYYRDEIGNVSTSHLLILDDSVEMEIRPRF 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;MAPPGSSTVFLLALTIIASTWALTPTHYLTKHDVERLKASLDRPFTNLESAFYSIVGLSSLGAQVPDAKKACTYIRSNLD PSNVDSLFYAAQASQALSGCEISISNETKDLLLAAVSEDSSVTQIYHAVAALSGFGLPLASQEALSALTARLSKEETVLA TVQALQTASHLSQQADLRSIVEEIEDLVARLDELGGVYLQFEEGLETTALFVAATYKLMDHVGTEPSIKEDQVIQLMNAI FSKKNFESLSEAFSVASAAAVLSHNRYHVPVVVVPEGSASDTHEQAILRLQVTNVLSQPLTQATVKLEHAKSVASRATVL QKTSFTPVGDVFELNFMNVKFSSGYYDFLVEVEGDNRYIANTVELRVKISTEVGITNVDLSTVDKDQSIAPKTTRVTYPA KAKGTFIADSHQNFALFFQLVDVNTGAELTPHQTFVRLHNQKTGQEVVFVAEPDNKNVYKFELDTSERKIEFDSASGTYT LYLIIGDATLKNPILWNVADVVIKFPEEEAPSTVLSQNLFTPKQEIQHLFREPEKRPPTVVSNTFTALILSPLLLLFALW IRIGANVSNFTFAPSTIIFHLGHAAMLGLMYVYWTQLNMFQTLKYLAILGSVTFLAGNRMLAQQAVKRTAH ; F ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MGYFRCAGAGSFGRRRKMEPSTAARAWALFWLLLPLLGAVCASGPRTLVLLDNLNVRETHSLFFRSLKDRGFELTFKTAD DPSLSLIKYGEFLYDNLIIFSPSVEDFGGNINVETISAFIDGGGSVLVAASSDIGDPLRELGSECGIEFDEEKTAVIDHH NYDISDLGQHTLIVADTENLLKAPTIVGKSSLNPILFRGVGMVADPDNPLVLDILTGSSTSYSFFPDKPITQYPHAVGKN TLLIAGLQARNNARVIFSGSLDFFSDSFFNSAVQKAAPGSQRYSQTGNYELAVALSRWVFKEEGVLRVGPVSHHRVGETA 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'(4R,7R)-4-hydroxy-N,N,N-trimethyl-4,9-dioxo-7-[(undecanoyloxy)methyl]-3,5,8-trioxa-4lambda~5~-phosphadocosan-1-aminium' ? 'C33 H67 N O8 P 1' 636.861 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 KZB non-polymer . ;(2~{S},3~{R},4~{R},5~{S},6~{S})-2-(hydroxymethyl)-6-[(1~{S},2~{R},3~{R},4~{R},5'~{S},6~{S},7~{R},8~{S},9~{R},12~{R},13~{R},15~{S},16~{S},18~{R})-5',7,9,13-tetramethyl-3,15-bis(oxidanyl)spiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icosane-6,2'-oxane]-16-yl]oxy-oxane-3,4,5-triol ; ? 'C33 H54 O10' 610.776 KZE non-polymer . '[(3~{R},6~{Z},10~{Z},14~{Z},18~{Z})-3,7,11,15,19,23-hexamethyltetracosa-6,10,14,18,22-pentaenyl] dihydrogen phosphate' ? 'C30 H53 O4 P' 508.713 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MAN 'D-saccharide, alpha linking' . alpha-D-mannopyranose ? 'C6 H12 O6' 180.156 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MG non-polymer . 'MAGNESIUM ION' ? 'Mg 2' 24.305 NAG 'D-saccharide, beta linking' . 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ? 'C8 H15 N O6' 221.208 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6S7O _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 6S7O _struct.title 'Cryo-EM structure of human oligosaccharyltransferase complex OST-A' _struct.pdbx_descriptor ;Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit STT3A (E.C.2.4.99.18), Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 4, Transmembrane protein 258, Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit DAD1, Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 1, Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 2, Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase 48 kDa subunit, Oligosaccharyltransferase complex subunit OSTC ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6S7O _struct_keywords.text 'N-glycosylation, Oligosaccharyltransferase, OSTA, TRANSFERASE' _struct_keywords.pdbx_keywords TRANSFERASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 7 ? H N N 8 ? I N N 9 ? J N N 10 ? K N N 11 ? L N N 12 ? M N N 12 ? N N N 12 ? O N N 13 ? P N N 13 ? Q N N 14 ? R N N 15 ? S N N 13 ? T N N 13 ? U N N 13 ? V N N 12 ? W N N 12 ? X N N 13 ? Y N N 14 ? Z N N 12 ? AA N N 12 ? BA N N 12 ? CA N N 13 ? DA N N 12 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 SER A 10 ? LEU A 35 ? 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ASP A 503 ASN A 515 1 ? 13 HELX_P HELX_P30 AD3 GLY A 529 ? ALA A 536 ? GLY A 529 ALA A 536 1 ? 8 HELX_P HELX_P31 AD4 ASN A 548 ? SER A 561 ? ASN A 548 SER A 561 1 ? 14 HELX_P HELX_P32 AD5 THR A 562 ? ASP A 574 ? THR A 562 ASP A 574 1 ? 13 HELX_P HELX_P33 AD6 LYS A 595 ? GLY A 604 ? LYS A 595 GLY A 604 1 ? 10 HELX_P HELX_P34 AD7 LYS A 613 ? TYR A 617 ? LYS A 613 TYR A 617 5 ? 5 HELX_P HELX_P35 AD8 CYS A 637 ? MET A 642 ? CYS A 637 MET A 642 1 ? 6 HELX_P HELX_P36 AD9 THR B 3 ? ASN B 31 ? THR B 3 ASN B 31 1 ? 29 HELX_P HELX_P37 AE1 ASN C 14 ? ALA C 16 ? ASN C 14 ALA C 16 5 ? 3 HELX_P HELX_P38 AE2 VAL C 17 ? SER C 43 ? VAL C 17 SER C 43 1 ? 27 HELX_P HELX_P39 AE3 THR C 44 ? ARG C 48 ? THR C 44 ARG C 48 5 ? 5 HELX_P HELX_P40 AE4 ASP C 49 ? GLY C 76 ? ASP C 49 GLY C 76 1 ? 28 HELX_P HELX_P41 AE5 VAL D 6 ? SER D 19 ? VAL D 6 SER D 19 1 ? 14 HELX_P HELX_P42 AE6 PRO D 21 ? GLY D 49 ? PRO D 21 GLY D 49 1 ? 29 HELX_P HELX_P43 AE7 PRO D 52 ? ASN D 78 ? PRO D 52 ASN D 78 1 ? 27 HELX_P HELX_P44 AE8 PRO D 79 ? LYS D 82 ? PRO D 79 LYS D 82 5 ? 4 HELX_P HELX_P45 AE9 SER D 89 ? VAL D 112 ? SER D 89 VAL D 112 1 ? 24 HELX_P HELX_P46 AF1 SER E 262 ? ARG E 268 ? SER E 262 ARG E 268 1 ? 7 HELX_P HELX_P47 AF2 SER E 338 ? GLU E 340 ? SER E 338 GLU E 340 5 ? 3 HELX_P HELX_P48 AF3 GLN E 419 ? ILE E 421 ? GLN E 419 ILE E 421 5 ? 3 HELX_P HELX_P49 AF4 LYS E 432 ? MET E 435 ? LYS E 432 MET E 435 5 ? 4 HELX_P HELX_P50 AF5 LEU E 436 ? VAL E 457 ? LEU E 436 VAL E 457 1 ? 22 HELX_P HELX_P51 AF6 ASP E 466 ? ASN E 501 ? ASP E 466 ASN E 501 1 ? 36 HELX_P HELX_P52 AF7 ASP E 508 ? GLN E 534 ? ASP E 508 GLN E 534 1 ? 27 HELX_P HELX_P53 AF8 GLU E 540 ? SER E 565 ? GLU E 540 SER E 565 1 ? 26 HELX_P HELX_P54 AF9 LEU E 572 ? ARG E 593 ? LEU E 572 ARG E 593 1 ? 22 HELX_P HELX_P55 AG1 PRO F 538 ? GLY F 564 ? PRO F 538 GLY F 564 1 ? 27 HELX_P HELX_P56 AG2 ALA F 573 ? GLN F 596 ? ALA F 573 GLN F 596 1 ? 24 HELX_P HELX_P57 AG3 ASN F 598 ? THR F 629 ? 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PRO H 113 LEU H 143 1 ? 31 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role covale1 covale one ? 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C1 ? ? K MAN 6 K MAN 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.374 ? ? metalc1 metalc ? ? E GLU 438 OE2 ? ? ? 1_555 Y MG . MG ? ? E GLU 438 E MG 712 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.819 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference covale ? ? metalc ? ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 5 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 5 ? AA6 ? 4 ? AA7 ? 5 ? AA8 ? 3 ? AA9 ? 4 ? AB1 ? 2 ? AB2 ? 6 ? AB3 ? 6 ? AB4 ? 3 ? AB5 ? 2 ? AB6 ? 2 ? AB7 ? 5 ? AB8 ? 7 ? AB9 ? 2 ? AC1 ? 2 ? AC2 ? 2 ? AC3 ? 3 ? AC4 ? 5 ? 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