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10.1126/science.aaz3505 _citation.pdbx_database_id_PubMed 31831667 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Ramirez, A.S.' 1 0000-0002-1619-0721 primary 'Kowal, J.' 2 0000-0003-4694-1896 primary 'Locher, K.P.' 3 0000-0002-8207-2889 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 6S7T _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c 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;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; 1397.245 1 ? ? ? ? 14 non-polymer man '(4R,7R)-4-hydroxy-N,N,N-trimethyl-4,9-dioxo-7-[(undecanoyloxy)methyl]-3,5,8-trioxa-4lambda~5~-phosphadocosan-1-aminium' 636.861 10 ? ? ? ? 15 non-polymer man ;(2~{S},3~{R},4~{R},5~{S},6~{S})-2-(hydroxymethyl)-6-[(1~{S},2~{R},3~{R},4~{R},5'~{S},6~{S},7~{R},8~{S},9~{R},12~{R},13~{R},15~{S},16~{S},18~{R})-5',7,9,13-tetramethyl-3,15-bis(oxidanyl)spiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icosane-6,2'-oxane]-16-yl]oxy-oxane-3,4,5-triol ; 610.776 13 ? ? ? ? 16 non-polymer man 'MAGNESIUM ION' 24.305 2 ? ? ? ? 17 non-polymer man '(2Z,6Z,10Z,14Z,18Z,22Z,26Z)-3,7,11,15,19,23,27,31-octamethyldotriaconta-2,6,10,14,18,22,26,30-octaen-1-yl dihydrogen phosphate' 642.931 1 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'STT3-B,Source of immunodominant MHC-associated peptides homolog' 3 'Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit TMEM258,Oligosaccharyl transferase subunit TMEM258' 4 'Oligosaccharyl transferase subunit DAD1,Defender against cell death 1,DAD-1' 5 'Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase 67 kDa subunit,Ribophorin I,RPN-I,Ribophorin-1' 6 'Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase 63 kDa subunit,RIBIIR,Ribophorin II,RPN-II,Ribophorin-2' 7 'Oligosaccharyl transferase 48 kDa subunit' 8 ;MagT1,Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit MAGT1,Oligosaccharyl transferase subunit MAGT1,Implantation-associated protein,IAP ; # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id 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WLAGFSSRLFAVIRFESIIHEFDPWFNYRSTHHLASHGFYEFLNWFDERAWYPLGRIVGGTVYPGLMITAGLIHWILNTL NITVHIRDVCVFLAPTFSGLTSISTFLLTRELWNQGAGLLAACFIAIVPGYISRSVAGSFDNEGIAIFALQFTYYLWVKS VKTGSVFWTMCCCLSYFYMVSAWGGYVFIINLIPLHVFVLLLMQRYSKRVYIAYSTFYIVGLILSMQIPFVGFQPIRTSE HMAAAGVFALLQAYAFLQYLRDRLTKQEFQTLFFLGVSLAAGAVFLSVIYLTYTGYIAPWSGRFYSLWDTGYAKIHIPII ASVSEHQPTTWVSFFFDLHILVCTFPAGLWFCIKNINDERVFVALYAISAVYFAGVMVRLMLTLTPVVCMLSAIAFSNVF EHYLGDDMKRENPPVEDSSDEDDKRNQGNLYDKAGKVRKHATEQEKTEEGLGPNIKSIVTMLMLMLLMMFAVHCTWVTSN AYSSPSVVLASYNHDGTRNILDDFREAYFWLRQNTDEHARVMSWWDYGYQIAGMANRTTLVDNNTWNNSHIALVGKAMSS NETAAYKIMRTLDVDYVLVIFGGVIGYSGDDINKFLWMVRIAEGEHPKDIRESDYFTPQGEFRVDKAGSPTLLNCLMYKM SYYRFGEMQLDFRTPPGFDRTRNAEIGNKDIKFKHLEEAFTSEHWLVRIYKVKAPDNRETLDHKPRVTNIFPKQKYLSKK TTKRKRGYIKNKLVFKKGKKISKKTV ; A ? 2 'polypeptide(L)' no no MITDVQLAIFANMLGVSLFLLVVLYHYVAVNNPKKQE MITDVQLAIFANMLGVSLFLLVVLYHYVAVNNPKKQE B ? 3 'polypeptide(L)' no no MELEAMSRYTSPVNPAVFPHLTVVLLAIGMFFTAWFFVYEVTSTKYTRDIYKELLISLVASLFMGFGVLFLLLWVGIYV MELEAMSRYTSPVNPAVFPHLTVVLLAIGMFFTAWFFVYEVTSTKYTRDIYKELLISLVASLFMGFGVLFLLLWVGIYV C ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MSASVVSVISRFLEEYLSSTPQRLKLLDAYLLYILLTGALQFGYCLLVGTFPFNSFLSGFISCVGSFILAVCLRIQINPQ NKADFQGISPERAFADFLFASTILHLVVMNFVG ; ;MSASVVSVISRFLEEYLSSTPQRLKLLDAYLLYILLTGALQFGYCLLVGTFPFNSFLSGFISCVGSFILAVCLRIQINPQ NKADFQGISPERAFADFLFASTILHLVVMNFVG ; D ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MEAPAAGLFLLLLLGTWAPAPGSASSEAPPLINEDVKRTVDLSSHLAKVTAEVVLAHLGGGSTSRATSFLLALEPELEAR LAHLGVQVKGEDEEENNLEVRETKIKGKSGRFFTVKLPVALDPGAKISVIVETVYTHVLHPYPTQITQSEKQFVVFEGNH YFYSPYPTKTQTMRVKLASRNVESYTKLGNPTRSEDLLDYGPFRDVPAYSQDTFKVHYENNSPFLTITSMTRVIEVSHWG NIAVEENVDLKHTGAVLKGPFSRYDYQRQPDSGISSIRSFKTILPAAAQDVYYRDEIGNVSTSHLLILDDSVEMEIRPRF PLFGGWKTHYIVGYNLPSYEYLYNLGDQYALKMRFVDHVFDEQVIDSLTVKIILPEGAKNIEIDSPYEISRAPDELHYTY LDTFGRPVIVAYKKNLVEQHIQDIVVHYTFNKVLMLQEPLLVVAAFYILFFTVIIYVRLDFSITKDPAAEARMKVACITE QVLTLVNKRIGLYRHFDETVNRYKQSRDISTLNSGKKSLETEHKALTSEIALLQSRLKTEGSDLCDRVSEMQKLDAQVKE LVLKSAVEAERLVAGKLKKDTYIENEKLISGKRQELVTKIDHILDAL ; ;MEAPAAGLFLLLLLGTWAPAPGSASSEAPPLINEDVKRTVDLSSHLAKVTAEVVLAHLGGGSTSRATSFLLALEPELEAR LAHLGVQVKGEDEEENNLEVRETKIKGKSGRFFTVKLPVALDPGAKISVIVETVYTHVLHPYPTQITQSEKQFVVFEGNH YFYSPYPTKTQTMRVKLASRNVESYTKLGNPTRSEDLLDYGPFRDVPAYSQDTFKVHYENNSPFLTITSMTRVIEVSHWG NIAVEENVDLKHTGAVLKGPFSRYDYQRQPDSGISSIRSFKTILPAAAQDVYYRDEIGNVSTSHLLILDDSVEMEIRPRF PLFGGWKTHYIVGYNLPSYEYLYNLGDQYALKMRFVDHVFDEQVIDSLTVKIILPEGAKNIEIDSPYEISRAPDELHYTY LDTFGRPVIVAYKKNLVEQHIQDIVVHYTFNKVLMLQEPLLVVAAFYILFFTVIIYVRLDFSITKDPAAEARMKVACITE QVLTLVNKRIGLYRHFDETVNRYKQSRDISTLNSGKKSLETEHKALTSEIALLQSRLKTEGSDLCDRVSEMQKLDAQVKE LVLKSAVEAERLVAGKLKKDTYIENEKLISGKRQELVTKIDHILDAL ; E ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MAPPGSSTVFLLALTIIASTWALTPTHYLTKHDVERLKASLDRPFTNLESAFYSIVGLSSLGAQVPDAKKACTYIRSNLD PSNVDSLFYAAQASQALSGCEISISNETKDLLLAAVSEDSSVTQIYHAVAALSGFGLPLASQEALSALTARLSKEETVLA TVQALQTASHLSQQADLRSIVEEIEDLVARLDELGGVYLQFEEGLETTALFVAATYKLMDHVGTEPSIKEDQVIQLMNAI FSKKNFESLSEAFSVASAAAVLSHNRYHVPVVVVPEGSASDTHEQAILRLQVTNVLSQPLTQATVKLEHAKSVASRATVL 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;MGYFRCAGAGSFGRRRKMEPSTAARAWALFWLLLPLLGAVCASGPRTLVLLDNLNVRETHSLFFRSLKDRGFELTFKTAD DPSLSLIKYGEFLYDNLIIFSPSVEDFGGNINVETISAFIDGGGSVLVAASSDIGDPLRELGSECGIEFDEEKTAVIDHH NYDISDLGQHTLIVADTENLLKAPTIVGKSSLNPILFRGVGMVADPDNPLVLDILTGSSTSYSFFPDKPITQYPHAVGKN TLLIAGLQARNNARVIFSGSLDFFSDSFFNSAVQKAAPGSQRYSQTGNYELAVALSRWVFKEEGVLRVGPVSHHRVGETA PPNAYTVTDLVEYSIVIQQLSNGKWVPFDGDDIQLEFVRIDPFVRTFLKKKGGKYSVQFKLPDVYGVFQFKVDYNRLGYT HLYSSTQVSVRPLQHTQYERFIPSAYPYYASAFSMMLGLFIFSIVFLHMKEKEKSD ; ;MGYFRCAGAGSFGRRRKMEPSTAARAWALFWLLLPLLGAVCASGPRTLVLLDNLNVRETHSLFFRSLKDRGFELTFKTAD DPSLSLIKYGEFLYDNLIIFSPSVEDFGGNINVETISAFIDGGGSVLVAASSDIGDPLRELGSECGIEFDEEKTAVIDHH NYDISDLGQHTLIVADTENLLKAPTIVGKSSLNPILFRGVGMVADPDNPLVLDILTGSSTSYSFFPDKPITQYPHAVGKN TLLIAGLQARNNARVIFSGSLDFFSDSFFNSAVQKAAPGSQRYSQTGNYELAVALSRWVFKEEGVLRVGPVSHHRVGETA PPNAYTVTDLVEYSIVIQQLSNGKWVPFDGDDIQLEFVRIDPFVRTFLKKKGGKYSVQFKLPDVYGVFQFKVDYNRLGYT HLYSSTQVSVRPLQHTQYERFIPSAYPYYASAFSMMLGLFIFSIVFLHMKEKEKSD ; G ? 8 'polypeptide(L)' no no ;MAARWRFWCVSVTMVVALLIVCDVPSASAQRKKEMVLSEKVSQLMEWTNKRPVIRMNGDKFRRLVKAPPRNYSVIVMFTA LQLHRQCVVCKQADEEFQILANSWRYSSAFTNRIFFAMVDFDEGSDVFQMLNMNSAPTFINFPAKGKPKRGDTYELQVRG FSAEQIARWIADRTDVNIRVIRPPNYAGPLMLGLLLAVIGGLVYLRRSNMEFLFNKTGWAFAALCFVLAMTSGQMWNHIR GPPYAHKNPHTGHVNYIHGSSQAQFVAETHIVLLFNGGVTLGMVLLCEAATSDMDIGKRKIMCVAGIGLVVLFFSWMLSI FRSKYHGYPYSFLMS ; ;MAARWRFWCVSVTMVVALLIVCDVPSASAQRKKEMVLSEKVSQLMEWTNKRPVIRMNGDKFRRLVKAPPRNYSVIVMFTA LQLHRQCVVCKQADEEFQILANSWRYSSAFTNRIFFAMVDFDEGSDVFQMLNMNSAPTFINFPAKGKPKRGDTYELQVRG FSAEQIARWIADRTDVNIRVIRPPNYAGPLMLGLLLAVIGGLVYLRRSNMEFLFNKTGWAFAALCFVLAMTSGQMWNHIR GPPYAHKNPHTGHVNYIHGSSQAQFVAETHIVLLFNGGVTLGMVLLCEAATSDMDIGKRKIMCVAGIGLVVLFFSWMLSI FRSKYHGYPYSFLMS ; H ? 9 'polypeptide(L)' no no ;MLGAWAVEGTAVALLRLLLLLLPPAIRGPGLGVAGVAGAAGAGLPESVIWAVNAGGEAHVDVHGIHFRKDPLEGRVGRAS DYGMKLPILRSNPEDQILYQTERYNEETFGYEVPIKEEGDYVLVLKFAEVYFAQSQQKVFDVRLNGHVVVKDLDIFDRVG HSTAHDEIIPMSIRKGKLSVQGEVSTFTGKLYIEFVKGYYDNPKVCALYIMAGTVDDVPKLQPHPGLEKKEEEEEEEEYD 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_struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6S7T A 1 ? 826 ? 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'C4 H7 N O4' 133.103 BMA 'D-saccharide, beta linking' . beta-D-mannopyranose ? 'C6 H12 O6' 180.156 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 EGY non-polymer . '(4R,7R)-4-hydroxy-N,N,N-trimethyl-4,9-dioxo-7-[(undecanoyloxy)methyl]-3,5,8-trioxa-4lambda~5~-phosphadocosan-1-aminium' ? 'C33 H67 N O8 P 1' 636.861 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 KZB non-polymer . ;(2~{S},3~{R},4~{R},5~{S},6~{S})-2-(hydroxymethyl)-6-[(1~{S},2~{R},3~{R},4~{R},5'~{S},6~{S},7~{R},8~{S},9~{R},12~{R},13~{R},15~{S},16~{S},18~{R})-5',7,9,13-tetramethyl-3,15-bis(oxidanyl)spiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icosane-6,2'-oxane]-16-yl]oxy-oxane-3,4,5-triol ; ? 'C33 H54 O10' 610.776 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MAN 'D-saccharide, alpha linking' . alpha-D-mannopyranose ? 'C6 H12 O6' 180.156 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MG non-polymer . 'MAGNESIUM ION' ? 'Mg 2' 24.305 NAG 'D-saccharide, beta linking' . 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ? 'C8 H15 N O6' 221.208 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6S7T _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 6S7T _struct.title 'Cryo-EM structure of human oligosaccharyltransferase complex OST-B' _struct.pdbx_descriptor ;Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit STT3B (E.C.2.4.99.18), Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 4, Transmembrane protein 258, Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit DAD1, Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 1, Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 2, Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase 48 kDa subunit, Magnesium transporter protein 1, Malectin, PEPTIDE ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6S7T _struct_keywords.text 'N-glycosylation, Oligosaccharyltransferase, OSTB, TRANSFERASE' _struct_keywords.pdbx_keywords TRANSFERASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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CYS A 715 TYR A 722 1 ? 8 HELX_P HELX_P35 AD8 THR B 3 ? ASN B 32 ? THR B 3 ASN B 32 1 ? 30 HELX_P HELX_P36 AD9 ASN C 14 ? ALA C 16 ? ASN C 14 ALA C 16 5 ? 3 HELX_P HELX_P37 AE1 VAL C 17 ? THR C 42 ? VAL C 17 THR C 42 1 ? 26 HELX_P HELX_P38 AE2 ASP C 49 ? VAL C 75 ? ASP C 49 VAL C 75 1 ? 27 HELX_P HELX_P39 AE3 ARG D 11 ? THR D 20 ? ARG D 11 THR D 20 1 ? 10 HELX_P HELX_P40 AE4 PRO D 21 ? GLY D 49 ? PRO D 21 GLY D 49 1 ? 29 HELX_P HELX_P41 AE5 PRO D 52 ? ASN D 78 ? PRO D 52 ASN D 78 1 ? 27 HELX_P HELX_P42 AE6 PRO D 79 ? LYS D 82 ? PRO D 79 LYS D 82 5 ? 4 HELX_P HELX_P43 AE7 SER D 89 ? VAL D 112 ? SER D 89 VAL D 112 1 ? 24 HELX_P HELX_P44 AE8 SER E 262 ? ARG E 268 ? SER E 262 ARG E 268 1 ? 7 HELX_P HELX_P45 AE9 LYS E 432 ? LEU E 436 ? LYS E 432 LEU E 436 5 ? 5 HELX_P HELX_P46 AF1 GLN E 437 ? VAL E 457 ? GLN E 437 VAL E 457 1 ? 21 HELX_P HELX_P47 AF2 PRO F 538 ? GLY F 564 ? PRO F 538 GLY F 564 1 ? 27 HELX_P HELX_P48 AF3 ALA F 573 ? GLN F 596 ? ALA F 573 GLN F 596 1 ? 24 HELX_P HELX_P49 AF4 ASN F 598 ? ALA F 630 ? ASN F 598 ALA F 630 1 ? 33 HELX_P HELX_P50 AF5 ASN G 55 ? HIS G 60 ? ASN G 55 HIS G 60 1 ? 6 HELX_P HELX_P51 AF6 HIS G 60 ? GLY G 71 ? HIS G 60 GLY G 71 1 ? 12 HELX_P HELX_P52 AF7 ASN G 112 ? GLY G 123 ? ASN G 112 GLY G 123 1 ? 12 HELX_P HELX_P53 AF8 GLY G 135 ? GLY G 146 ? GLY G 135 GLY G 146 1 ? 12 HELX_P HELX_P54 AF9 ALA G 183 ? GLY G 188 ? ALA G 183 GLY G 188 1 ? 6 HELX_P HELX_P55 AG1 SER G 260 ? SER G 265 ? SER G 260 SER G 265 5 ? 6 HELX_P HELX_P56 AG2 GLY G 287 ? PHE G 300 ? GLY G 287 PHE G 300 1 ? 14 HELX_P HELX_P57 AG3 ILE G 422 ? SER G 424 ? ILE G 422 SER G 424 5 ? 3 HELX_P HELX_P58 AG4 ALA G 425 ? HIS G 448 ? ALA G 425 HIS G 448 1 ? 24 HELX_P HELX_P59 AG5 LYS H 216 ? THR H 231 ? LYS H 216 THR H 231 1 ? 16 HELX_P HELX_P60 AG6 MET H 235 ? ARG H 240 ? MET H 235 ARG H 240 1 ? 6 HELX_P HELX_P61 AG7 PHE H 265 ? ALA H 289 ? PHE H 265 ALA H 289 1 ? 25 HELX_P HELX_P62 AG8 ASP H 295 ? TYR H 325 ? ASP H 295 TYR H 325 1 ? 31 HELX_P HELX_P63 AG9 LEU I 271 ? LEU I 286 ? LEU I 271 LEU I 286 1 ? 16 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role covale1 covale one ? 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N MAN 4 N MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.375 ? ? covale19 covale both ? N MAN . O3 ? ? ? 1_555 N MAN . C1 ? ? N MAN 6 N MAN 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.374 ? ? covale20 covale both ? N MAN . O6 ? ? ? 1_555 N MAN . C1 ? ? N MAN 6 N MAN 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.374 ? ? metalc1 metalc ? ? E GLU 376 OE2 ? ? ? 1_555 HA MG . MG ? ? E GLU 376 E MG 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.731 ? ? metalc2 metalc ? ? E GLU 438 OE2 ? ? ? 1_555 HA MG . MG ? ? E GLU 438 E MG 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.480 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference covale ? ? metalc ? ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 5 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 5 ? AA6 ? 7 ? AA7 ? 3 ? AA8 ? 4 ? AA9 ? 7 ? AB1 ? 3 ? AB2 ? 5 ? AB3 ? 5 ? AB4 ? 7 ? AB5 ? 2 ? AB6 ? 2 ? AB7 ? 2 ? AB8 ? 3 ? AB9 ? 4 ? 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N ASP A 127 O ARG A 136 ? O ARG A 136 AA2 1 2 N SER A 571 ? N SER A 571 O ASN A 579 ? O ASN A 579 AA3 1 2 O THR A 618 ? O THR A 618 N VAL A 601 ? N VAL A 601 AA3 2 3 N MET A 602 ? N MET A 602 O LEU A 658 ? O LEU A 658 AA3 3 4 N VAL A 659 ? N VAL A 659 O ARG A 768 ? O ARG A 768 AA3 4 5 O LYS A 771 ? O LYS A 771 N GLU A 757 ? N GLU A 757 AA4 1 2 N TYR A 808 ? N TYR A 808 O GLU G 105 ? O GLU G 105 AA5 1 2 N SER C 7 ? N SER C 7 O ASN E 344 ? O ASN E 344 AA5 2 3 N TYR E 343 ? N TYR E 343 O ALA E 350 ? O ALA E 350 AA5 3 4 N TYR E 349 ? N TYR E 349 O TYR E 428 ? O TYR E 428 AA5 4 5 O VAL E 425 ? O VAL E 425 N ASP E 384 ? N ASP E 384 AA6 1 2 N GLY E 85 ? N GLY E 85 O GLU E 132 ? O GLU E 132 AA6 2 3 O VAL E 131 ? O VAL E 131 N ALA E 51 ? N ALA E 51 AA6 3 4 O ALA E 56 ? O ALA E 56 N ILE E 32 ? N ILE E 32 AA6 4 5 N VAL E 40 ? N VAL E 40 O LYS E 176 ? O LYS E 176 AA6 5 6 N VAL E 175 ? N VAL E 175 O LEU E 198 ? O LEU E 198 AA6 6 7 O ASP E 199 ? O ASP E 199 N THR E 192 ? N THR E 192 AA7 1 2 N LEU E 71 ? N LEU E 71 O PHE E 113 ? O PHE E 113 AA7 2 3 O PHE E 112 ? O PHE E 112 N GLU E 99 ? N GLU E 99 AA8 1 2 N HIS E 140 ? N HIS E 140 O VAL E 155 ? O VAL E 155 AA8 2 3 N GLY E 158 ? N GLY E 158 O PHE E 214 ? O PHE E 214 AA8 3 4 O HIS E 217 ? O HIS E 217 N GLU E 183 ? N GLU E 183 AA9 1 2 N ARG E 294 ? N ARG E 294 O ILE E 331 ? O ILE E 331 AA9 2 3 O TYR E 334 ? O TYR E 334 N VAL E 244 ? N VAL E 244 AA9 3 4 O LYS E 251 ? O LYS E 251 N THR E 226 ? N THR E 226 AA9 4 5 N ILE E 227 ? N ILE E 227 O ASP E 366 ? O ASP E 366 AA9 5 6 N VAL E 370 ? N VAL E 370 O ALA E 411 ? O ALA E 411 AA9 6 7 O TYR E 412 ? O TYR E 412 N SER E 390 ? N SER E 390 AB1 1 2 N THR E 282 ? N THR E 282 O MET E 314 ? O MET E 314 AB1 2 3 O GLU E 315 ? O GLU E 315 N HIS E 304 ? N HIS E 304 AB2 1 2 O THR F 394 ? O THR F 394 N LEU F 380 ? N LEU F 380 AB2 2 3 N SER F 381 ? N SER F 381 O ALA F 415 ? O ALA F 415 AB2 3 4 N PHE F 418 ? N PHE F 418 O TYR F 459 ? O TYR F 459 AB2 4 5 O LYS F 460 ? 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I GLN 248 1213 1 Y 1 I THR 249 ? I THR 249 1214 1 Y 1 I ASN 250 ? I ASN 250 1215 1 Y 1 I LYS 251 ? I LYS 251 1216 1 Y 1 I ASN 252 ? I ASN 252 1217 1 Y 1 I ARG 253 ? I ARG 253 1218 1 Y 1 I ARG 291 ? I ARG 291 1219 1 Y 1 I LEU 292 ? 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'Homo sapiens' ? ? # _em_entity_assembly_recombinant.id 4 _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 3 _em_entity_assembly_recombinant.cell ? _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 9606 _em_entity_assembly_recombinant.organism 'Homo sapiens' _em_entity_assembly_recombinant.plasmid ? _em_entity_assembly_recombinant.strain ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 80 _em_image_recording.average_exposure_time 8 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 2 _em_image_recording.num_real_images 14705 # _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_name 'GIF Quantum LS' _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width 20 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ? _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 1106821 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? ? ? 1 1 1 2 'IMAGE ACQUISITION' ? 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RELION 3.0 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _pdbx_audit_support.funding_organization 'Swiss National Science Foundation' _pdbx_audit_support.country Switzerland _pdbx_audit_support.grant_number CRSII3_147632 _pdbx_audit_support.ordinal 1 # loop_ _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.hetero K 11 NAG 1 J NAG 1 A NAG 901 n K 11 NAG 2 J NAG 2 A NAG 902 n L 12 NAG 1 L NAG 1 A NAG 904 n L 12 NAG 2 L NAG 2 A NAG 905 n L 12 BMA 3 L BMA 3 A BMA 906 n L 12 MAN 4 L MAN 4 A MAN 907 n L 12 MAN 5 L MAN 5 A MAN 908 n L 12 MAN 6 L MAN 6 A MAN 910 n L 12 MAN 7 L MAN 7 A MAN 909 n L 12 MAN 8 L MAN 8 A MAN 911 n M 11 NAG 1 M NAG 1 A NAG 988 n M 11 NAG 2 M NAG 2 A NAG 989 n N 13 NAG 1 N NAG 1 N NAG 595 n N 13 NAG 2 N NAG 2 N NAG 596 n N 13 BMA 3 N BMA 3 N BMA 597 n N 13 MAN 4 N MAN 4 N MAN 598 n N 13 MAN 5 N MAN 5 N MAN 602 n N 13 MAN 6 N MAN 6 N MAN 599 n N 13 MAN 7 N MAN 7 N MAN 600 n N 13 MAN 8 N MAN 8 N MAN 601 n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier BMA 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpb BMA 'COMMON NAME' GMML 1.0 b-D-mannopyranose BMA 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-Manp BMA 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man MAN 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpa MAN 'COMMON NAME' GMML 1.0 a-D-mannopyranose MAN 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 a-D-Manp MAN 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man NAG 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpNAcb NAG 'COMMON NAME' GMML 1.0 N-acetyl-b-D-glucopyranosamine NAG 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-GlcpNAc NAG 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 GlcNAc # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 11 oligosaccharide 12 oligosaccharide 13 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_descriptor.ordinal _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor _pdbx_entity_branch_descriptor.type _pdbx_entity_branch_descriptor.program _pdbx_entity_branch_descriptor.program_version 1 11 DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 2 11 'WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 3 11 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}' LINUCS PDB-CARE ? 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2 12 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 3 12 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 4 12 4 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 5 12 5 MAN C1 O1 4 MAN O2 HO2 sing ? 6 12 6 MAN C1 O1 5 MAN O2 HO2 sing ? 7 12 7 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? 8 12 8 MAN C1 O1 7 MAN O6 HO6 sing ? 9 13 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 10 13 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 11 13 4 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 12 13 5 MAN C1 O1 4 MAN O2 HO2 sing ? 13 13 6 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? 14 13 7 MAN C1 O1 6 MAN O3 HO3 sing ? 15 13 8 MAN C1 O1 6 MAN O6 HO6 sing ? # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 11 NAG 1 n 11 NAG 2 n 12 NAG 1 n 12 NAG 2 n 12 BMA 3 n 12 MAN 4 n 12 MAN 5 n 12 MAN 6 n 12 MAN 7 n 12 MAN 8 n 13 NAG 1 n 13 NAG 2 n 13 BMA 3 n 13 MAN 4 n 13 MAN 5 n 13 MAN 6 n 13 MAN 7 n 13 MAN 8 n # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 14 '(4R,7R)-4-hydroxy-N,N,N-trimethyl-4,9-dioxo-7-[(undecanoyloxy)methyl]-3,5,8-trioxa-4lambda~5~-phosphadocosan-1-aminium' EGY 15 ;(2~{S},3~{R},4~{R},5~{S},6~{S})-2-(hydroxymethyl)-6-[(1~{S},2~{R},3~{R},4~{R},5'~{S},6~{S},7~{R},8~{S},9~{R},12~{R},13~{R},15~{S},16~{S},18~{R})-5',7,9,13-tetramethyl-3,15-bis(oxidanyl)spiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icosane-6,2'-oxane]-16-yl]oxy-oxane-3,4,5-triol ; KZB 16 'MAGNESIUM ION' MG 17 '(2Z,6Z,10Z,14Z,18Z,22Z,26Z)-3,7,11,15,19,23,27,31-octamethyldotriaconta-2,6,10,14,18,22,26,30-octaen-1-yl dihydrogen phosphate' 0K3 # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'gel filtration' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? 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