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EMD-10132 'other EM volume' EMDB 'cryo-EM structure of mTORC1 bound to active RagA/C GTPases' EMD-10133 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 6SB2 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2019-07-18 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Anandapadamanaban, M.' 1 0000-0002-4237-0048 'Berndt, A.' 2 0000-0001-6822-6098 'Masson, G.R.' 3 0000-0002-1386-4719 'Perisic, O.' 4 0000-0002-3842-2896 'Williams, R.L.' 5 0000-0001-7754-4207 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? 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'Johnson, C.M.' 6 ? primary 'Santhanam, B.' 7 ? primary 'Rogala, K.B.' 8 ? primary 'Sabatini, D.M.' 9 ? primary 'Williams, R.L.' 10 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 6SB2 _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6SB2 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 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1,FKBP12-rapamycin complex-associated protein,Mammalian target of rapamycin,mTOR,Mechanistic target of rapamycin,Rapamycin and FKBP12 target 1,Rapamycin target protein 1,FK506-binding protein 12-rapamycin complex-associated protein 1,FKBP12-rapamycin complex-associated protein,Mammalian target of rapamycin,mTOR,Mechanistic target of rapamycin,Rapamycin and FKBP12 target 1,Rapamycin target protein 1 ; 2 'TORC subunit LST8,G protein beta subunit-like,Protein GbetaL,Mammalian lethal with SEC13 protein 8,mLST8' 3 'RagA,Adenovirus E3 14.7 kDa-interacting protein 1,FIP-1' 4 'RagC,GTPase-interacting protein 2,TIB929' 5 'Raptor,p150 target of rapamycin (TOR)-scaffold protein' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no 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;MESEMLQSPLLGLGEEDEADLTDWNLPLAFMKKRHCEKIEGSKSLAQSWRMKDRMKTVSVALVLCLNVGVDPPDVVKTTP CARLECWIDPLSMGPQKALETIGANLQKQYENWQPRARYKQSLDPTVDEVKKLCTSLRRNAKEERVLFHYNGHGVPRPTV NGEVWVFNKNYTQYIPLSIYDLQTWMGSPSIFVYDCSNAGLIVKSFKQFALQREQELEVAAINPNHPLAQMPLPPSMKNC IQLAACEATELLPMIPDLPADLFTSCLTTPIKIALRWFCMQKCVSLVPGVTLDLIEKIPGRLNDRRTPLGELNWIFTAIT DTIAWNVLPRDLFQKLFRQDLLVASLFRNFLLAERIMRSYNCTPVSSPRLPPTYMHAMWQAWDLAVDICLSQLPTIIEEG TAFRHSPFFAEQLTAFQVWLTMGVENRNPPEQLPIVLQVLLSQVHRLRALDLLGRFLDLGPWAVSLALSVGIFPYVLKLL QSSARELRPLLVFIWAKILAVDSSCQADLVKDNGHKYFLSVLADPYMPAEHRTMTAFILAVIVNSYHTGQEACLQGNLIA ICLEQLNDPHPLLRQWVAICLGRIWQNFDSARWCGVRDSAHEKLYSLLSDPIPEVRCAAVFALGTFVGNSAERTDHSTTI DHNVAMMLAQLVSDGSPMVRKELVVALSHLVVQYESNFCTVALQFIEEEKNYALPSPATTEGGSLTPVRDSPCTPRLRSV SSYGNIRAVATARSLNKSLQNLSLTEESGGAVAFSPGNLSTSSSASSTLGSPENEEHILSFETIDKMRRASSYSSLNSLI GVSFNSVYTQIWRVLLHLAADPYPEVSDVAMKVLNSIAYKATVNARPQRVLDTSSLTQSAPASPTNKGVHIHQAGGSPPA SSTSSSSLTNDVAKQPVSRDLPSGRPGTTGPAGAQYTPHSHQFPRTRKMFDKGPEQTADDADDAAGHKSFISATVQTGFC 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'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 PDB 6SB2 6SB2 ? 1 ? 1 2 UNP MTOR_HUMAN P42345 ? 1 ;STRFYDQLNHHIFELVSSSDANERKGGILAIASLIGVEGGNATRIGRFANYLRNLLPSNDPVVMEMASKAIGRLAMAGDT FTAEYVEFEVKRALEWLGADRNEGRRHAAVLVLRELAISVPTFFFQQVQPFFDNIFVAVWDPKQAIREGAVAALRACLIL TTQREPKEMQKPQWYRHTFEEAEKGFDETLAKEKGMNRDDRIHGALLILNELVRISSMEGERLREEMEEITQQQLVHDKY CKDLMGFGTKPRHITPFTSFQAVQPQQSNALVGLLGYSSHQGLMGFGTSPSPAKST ; 60 3 PDB 6SB2 6SB2 ? 1 ? 356 4 UNP MTOR_HUMAN P42345 ? 1 ;RNSKNSLIQMTILNLLPRLAAFRPSAFTDTQYLQDTMNHVLSCVKKEKERTAAFQALGLLSVAVRSEFKVYLPRVLDIIR AALPPKDFAHKRQKAMQVDATVFTCISMLARAMGPGIQQDIKELLEPMLAVGLSPALTAVLYDLSRQIPQLKKDIQDGLL KMLSLVLMHKPLRHPGMPKGLAHQLASPGLTTLPEASDVGSITLALRTLGSFEFEGHSLTQFVRHCADHFLNSEHKEIRM EAARTCSRLLTPSIHLISGHAHVVSQTAVQVVADVLSKLLVVGITDPDPDIRYCVLASLDERFDAHLAQAENLQALFVAL NDQVFEIRELAICTVGRLSSMNPAFVMPFLRKMLIQILTELEHSGIGRIKEQSARMLGHLVSNAPRLIRPYMEPILKALI LKLKDPDPDPNPGVINNVLATIGELAQVSGLEMRKWVDELFIIIMDMLQDSSLLAKRQVALWTLGQLVASTGYVVEPYRK YPTLLEVLLNFLKTEQNQGTRREAIRVLGLLGALDPYKHKVNIGMIDQSRDASAVSLSESKSSQDSSDYSTSEMLVNMGN LPLDEFYPAVSMVALMRIFRDQSLSHHHTMVVQAITFIFKSLGLKCVQFLPQVMPTFLNVIRVCDGAIREFLFQQLGMLV SFVKSHIRPYMDEIVTLMREFWVMNTSIQSTIILLIEQIVVALGGEFKLYLPQLIPHMLRVFMHDNSPGRIVSIKLLAAI QLFGANLDDYLHLLLPPIVKLFDAPEAPLPSRKAALETVDRLTESLDFTDYASRIIHPIVRTLDQSPELRSTAMDTLSSL VFQLGKKYQIFIPMVNKVLVRHRINHQRYDVLICRIVKGYTLADEEEDPLIYQHRMLRSGQGDALASGPVETGPMKKLHV STINLQKAWGAARRVSKDDWLEWLRRLSLELLKDSSSPSLRSCWALAQAYNPMARDLFNAAFVSCWSELNEDQQDELIRS IELALTSQDIAEVTQTLLNLAEFMEHSDKGPLPLRDDNGIVLLGERAAKCRAYAKALHYKELEFQKGPTPAILESLISIN NKLQQPEAAAGVLEYAMKHFGELEIQATWYEKLHEWEDALVAYDKKMDTNKDDPELMLGRMRCLEALGEWGQLHQQCCEK WTLVNDETQAKMARMAAAAAWGLGQWDSMEEYTCMIPRDTHDGAFYRAVLALHQDLFSLAQQCIDKARDLLDAELTAMAG ESYSRAYGAMVSCHMLSELEEVIQYKLVPERREIIRQIWWERLQGCQRIVEDWQKILMVRSLVVSPHEDMRTWLKYASLC GKSGRLALAHKTLVLLLGVDPSRQLDHPLPTVHPQVTYAYMKNMWKSARKIDAFQHMQHFVQTMQQQAQHAIATEDQQHK QELHKLMARCFLKLGEWQLNLQGINESTIPKVLQYYSAATEHDRSWYKAWHAWAVMNFEAVLHYKHQNQARDEKKKLRHA SGANITNATTAATTAATATTTASTEGSNSESEAESTENSPTPSPLQKKVTEDLSKTLLMYTVPAVQGFFRSISLSRGNNL QDTLRVLTLWFDYGHWPDVNEALVEGVKAIQIDTWLQVIPQLIARIDTPRPLVGRLIHQLLTDIGRYHPQALIYPLTVAS KSTTTARHNAANKILKNMCEHSNTLVQQAMMVSEELIRVAILWHEMWHEGLEEASRLYFGERNVKGMFEVLEPLHAMMER GPQTLKETSFNQAYGRDLMEAQEWCRKYMKSGNVKDLTQAWDLYYHVFRRISKQLPQLTSLELQYVSPKLLMCRDLELAV PGTYDPNQPIIRIQSIAPSLQVITSKQRPRKLTLMGSNGHEFVFLLKGHEDLRQDERVMQLFGLVNTLLANDPTSLRKNL SIQRYAVIPLSTNSGLIGWVPHCDTLHALIRDYREKKKILLNIEHRIMLRMAPDYDHLTLMQKVEVFEHAVNNTAGDDLA KLLWLKSPSSEVWFDRRTNYTRSLAVMSMVGYILGLGDRHPSNLMLDRLSGKILHIDFGDCFEVAMTREKFPEKIPFRLT RMLTNAMEVTGLDGNYRITCHTVMEVLREHKDSVMAVLEAFVYDPLLNWRLMDTNTKGNKRSRTRTDSYSAGQSVEILDG VELGEPAHKKTGTTVPESIHSFIGDGLVKPEALNKKAIQIINRVRDKLTGRDFSHDDTLDVPTQVELLIKQATSHENLCQ CYIGWCPFW ; 381 5 UNP LST8_HUMAN Q9BVC4 ? 2 ;MNTSPGTVGSDPVILATAGYDHTVRFWQAHSGICTRTVQHQDSQVNALEVTPDRSMIAAAGYQHIRMYDLNSNNPNPIIS YDGVNKNIASVGFHEDGRWMYTGGEDCTARIWDLRSRNLQCQRIFQVNAPINCVCLHPNQAELIVGDQSGAIHIWDLKTD HNEQLIPEPEVSITSAHIDPDASYMAAVNSTGNCYVWNLTGGIGDEVTQLIPKTKIPAHTRYALQCRFSPDSTLLATCSA DQTCKIWRTSNFSLMTELSIKSGNPGESSRGWMWGCAFSGDSQYIVTASSDNLARLWCVETGEIKREYGGHQKAVVCLAF NDSVLG ; 1 6 UNP RRAGA_HUMAN Q7L523 ? 3 ;MPNTAMKKKVLLMGKSGSGKTSMRSIIFANYIARDTRRLGATIDVEHSHVRFLGNLVLNLWDCGGQDTFMENYFTSQRDN IFRNVEVLIYVFDVESRELEKDMHYYQSCLEAILQNSPDAKIFCLVHKMDLVQEDQRDLIFKEREEDLRRLSRPLECACF RTSIWDETLYKAWSSIVYQLIPNVQQLEMNLRNFAQIIEADEVLLFERATFLVISHYQCKEQRDVHRFEKISNIIKQFKL SCSKLAASFQSMEVRNSNFAAFIDIFTSNTYVMVVMSDPSIPSAATLINIRNARKHFEKLERVDGPKHSLLMR ; 1 7 UNP RRAGC_HUMAN Q9HB90 ? 4 ;MSLQYGAEETPLAGSYGAADSFPKDFGYGVEEEEEEAAAAGGGVGAGAGGGCGPGGADSSKPRILLMGLRRSGKSSIQKV VFHKMSPNETLFLESTNKIYKDDISNSSFVNFQIWDFPGQMDFFDPTFDYEMIFRGTGALIYVIDAQDDYMEALTRLHIT VSKAYKVNPDMNFEVFIHKVDGLSDDHKIETQRDIHQRANDDLADAGLEKLHLSFYLTSIYDHSIFEAFSKVVQKLIPQL PTLENLLNIFISNSGIEKAFLFDVVSKIYIATDSSPVDMQSYELCCDMIDVVIDVSCIYGLKEDGSGSAYDKESMAIIKL NNTTVLYLKEVTKFLALVCILREESFERKGLIDYNFHCFRKAIHEVFEVGVTSHRSCGHQTSASSLKALTHNGTPRNAI ; 1 8 UNP RPTOR_HUMAN Q8N122 ? 5 ;MESEMLQSPLLGLGEEDEADLTDWNLPLAFMKKRHCEKIEGSKSLAQSWRMKDRMKTVSVALVLCLNVGVDPPDVVKTTP CARLECWIDPLSMGPQKALETIGANLQKQYENWQPRARYKQSLDPTVDEVKKLCTSLRRNAKEERVLFHYNGHGVPRPTV NGEVWVFNKNYTQYIPLSIYDLQTWMGSPSIFVYDCSNAGLIVKSFKQFALQREQELEVAAINPNHPLAQMPLPPSMKNC IQLAACEATELLPMIPDLPADLFTSCLTTPIKIALRWFCMQKCVSLVPGVTLDLIEKIPGRLNDRRTPLGELNWIFTAIT DTIAWNVLPRDLFQKLFRQDLLVASLFRNFLLAERIMRSYNCTPVSSPRLPPTYMHAMWQAWDLAVDICLSQLPTIIEEG TAFRHSPFFAEQLTAFQVWLTMGVENRNPPEQLPIVLQVLLSQVHRLRALDLLGRFLDLGPWAVSLALSVGIFPYVLKLL QSSARELRPLLVFIWAKILAVDSSCQADLVKDNGHKYFLSVLADPYMPAEHRTMTAFILAVIVNSYHTGQEACLQGNLIA ICLEQLNDPHPLLRQWVAICLGRIWQNFDSARWCGVRDSAHEKLYSLLSDPIPEVRCAAVFALGTFVGNSAERTDHSTTI DHNVAMMLAQLVSDGSPMVRKELVVALSHLVVQYESNFCTVALQFIEEEKNYALPSPATTEGGSLTPVRDSPCTPRLRSV SSYGNIRAVATARSLNKSLQNLSLTEESGGAVAFSPGNLSTSSSASSTLGSPENEEHILSFETIDKMRRASSYSSLNSLI GVSFNSVYTQIWRVLLHLAADPYPEVSDVAMKVLNSIAYKATVNARPQRVLDTSSLTQSAPASPTNKGVHIHQAGGSPPA SSTSSSSLTNDVAKQPVSRDLPSGRPGTTGPAGAQYTPHSHQFPRTRKMFDKGPEQTADDADDAAGHKSFISATVQTGFC DWSARYFAQPVMKIPEEHDLESQIRKEREWRFLRNSRVRRQAQQVIQKGITRLDDQIFLNRNPGVPSVVKFHPFTPCIAV ADKDSICFWDWEKGEKLDYFHNGNPRYTRVTAMEYLNGQDCSLLLTATDDGAIRVWKNFADLEKNPEMVTAWQGLSDMLP TTRGAGMVVDWEQETGLLMSSGDVRIVRIWDTDREMKVQDIPTGADSCVTSLSCDSHRSLIVAGLGDGSIRVYDRRMALS ECRVMTYREHTAWVVKASLQKRPDGHIVSVSVNGDVRIFDPRMPESVNVLQIVKGLTALDIHPQADLIACGSVNQFTAIY NSSGELINNIKYYDGFMGQRVGAISCLAFHPHWPHLAVGSNDYYISVYSVEKRVR ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6SB2 A 1 ? 59 ? 6SB2 -5 ? 59 ? -5 59 2 2 6SB2 A 60 ? 355 ? P42345 60 ? 355 ? 60 355 3 3 6SB2 A 356 ? 380 ? 6SB2 356 ? 380 ? 356 380 4 4 6SB2 A 381 ? 2549 ? P42345 381 ? 2549 ? 381 2549 5 1 6SB2 B 1 ? 59 ? 6SB2 -5 ? 59 ? -5 59 6 2 6SB2 B 60 ? 355 ? P42345 60 ? 355 ? 60 355 7 3 6SB2 B 356 ? 380 ? 6SB2 356 ? 380 ? 356 380 8 4 6SB2 B 381 ? 2549 ? P42345 381 ? 2549 ? 381 2549 9 5 6SB2 E 1 ? 326 ? Q9BVC4 1 ? 326 ? 1 326 10 6 6SB2 C 1 ? 313 ? Q7L523 1 ? 313 ? 1 313 11 7 6SB2 D 1 ? 399 ? Q9HB90 1 ? 399 ? 1 399 12 8 6SB2 Y 1 ? 1335 ? Q8N122 1 ? 1335 ? 1 1335 13 5 6SB2 H 1 ? 326 ? Q9BVC4 1 ? 326 ? 1 326 14 6 6SB2 I 1 ? 313 ? Q7L523 1 ? 313 ? 1 313 15 7 6SB2 J 1 ? 399 ? Q9HB90 1 ? 399 ? 1 399 16 8 6SB2 N 1 ? 1335 ? Q8N122 1 ? 1335 ? 1 1335 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 10 6SB2 LEU C 66 ? UNP Q7L523 GLN 66 'engineered mutation' 66 1 11 6SB2 ASN D 90 ? UNP Q9HB90 THR 90 'engineered mutation' 90 2 14 6SB2 LEU I 66 ? UNP Q7L523 GLN 66 'engineered mutation' 66 3 15 6SB2 ASN J 90 ? UNP Q9HB90 THR 90 'engineered mutation' 90 4 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GDP 'RNA linking' n "GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N5 O11 P2' 443.201 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 GTP non-polymer n "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" ? 'C10 H16 N5 O14 P3' 523.180 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 UNK 'L-peptide linking' . UNKNOWN ? 'C4 H9 N O2' 103.120 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6SB2 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 6SB2 _struct.title 'cryo-EM structure of mTORC1 bound to active RagA/C GTPases' _struct.pdbx_descriptor ;mTOR,Serine/threonine-protein kinase mTOR,mTOR,Serine/threonine-protein kinase mTOR (E.C.2.7.11.1,2.7.11.1), Target of rapamycin complex subunit LST8, Ras-related GTP-binding protein A, Ras-related GTP-binding protein C, Regulatory-associated protein of mTOR ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6SB2 _struct_keywords.text 'small GTPases, mTORC1 activator, roadblock domain, GTPase domain, SIGNALING PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'SIGNALING PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 2 ? D N N 3 ? E N N 4 ? F N N 5 ? G N N 2 ? H N N 3 ? I N N 4 ? J N N 5 ? K N N 6 ? L N N 7 ? M N N 6 ? N N N 7 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 UNK A 24 ? UNK A 36 ? UNK A 18 UNK A 30 1 ? 13 HELX_P HELX_P2 AA2 UNK A 38 ? UNK A 53 ? UNK A 38 UNK A 53 1 ? 16 HELX_P HELX_P3 AA3 THR A 61 ? GLU A 73 ? THR A 61 GLU A 73 1 ? 13 HELX_P HELX_P4 AA4 ARG A 83 ? ALA A 91 ? ARG A 83 ALA A 91 1 ? 9 HELX_P HELX_P5 AA5 ALA A 101 ? LEU A 115 ? ALA A 101 LEU A 115 1 ? 15 HELX_P HELX_P6 AA6 VAL A 121 ? MET A 135 ? VAL A 121 MET A 135 1 ? 15 HELX_P HELX_P7 AA7 PHE A 140 ? LEU A 156 ? PHE A 140 LEU A 156 1 ? 17 HELX_P HELX_P8 AA8 ARG A 164 ? VAL A 179 ? ARG A 164 VAL A 179 1 ? 16 HELX_P HELX_P9 AA9 VAL A 179 ? PHE A 184 ? VAL A 179 PHE A 184 1 ? 6 HELX_P HELX_P10 AB1 VAL A 187 ? VAL A 198 ? VAL A 187 VAL A 198 1 ? 12 HELX_P HELX_P11 AB2 GLN A 203 ? ARG A 223 ? GLN A 203 ARG A 223 1 ? 21 HELX_P HELX_P12 AB3 TYR A 234 ? ASP A 246 ? TYR A 234 ASP A 246 1 ? 13 HELX_P HELX_P13 AB4 ASP A 259 ? GLY A 263 ? ASP A 259 GLY A 263 1 ? 5 HELX_P HELX_P14 AB5 GLY A 263 ? SER A 276 ? GLY A 263 SER A 276 1 ? 14 HELX_P HELX_P15 AB6 SER A 276 ? ILE A 289 ? SER A 276 ILE A 289 1 ? 14 HELX_P HELX_P16 AB7 UNK A 361 ? UNK A 376 ? UNK A 361 UNK A 376 1 ? 16 HELX_P HELX_P17 AB8 LEU A 387 ? ARG A 403 ? LEU A 387 ARG A 403 1 ? 17 HELX_P HELX_P18 AB9 GLN A 411 ? LYS A 426 ? 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LEU LEU N . n J 5 1268 ILE 1268 1268 1268 ILE ILE N . n J 5 1269 ALA 1269 1269 1269 ALA ALA N . n J 5 1270 CYS 1270 1270 1270 CYS CYS N . n J 5 1271 GLY 1271 1271 1271 GLY GLY N . n J 5 1272 SER 1272 1272 1272 SER SER N . n J 5 1273 VAL 1273 1273 1273 VAL VAL N . n J 5 1274 ASN 1274 1274 1274 ASN ASN N . n J 5 1275 GLN 1275 1275 1275 GLN GLN N . n J 5 1276 PHE 1276 1276 1276 PHE PHE N . n J 5 1277 THR 1277 1277 1277 THR THR N . n J 5 1278 ALA 1278 1278 1278 ALA ALA N . n J 5 1279 ILE 1279 1279 1279 ILE ILE N . n J 5 1280 TYR 1280 1280 1280 TYR TYR N . n J 5 1281 ASN 1281 1281 1281 ASN ASN N . n J 5 1282 SER 1282 1282 1282 SER SER N . n J 5 1283 SER 1283 1283 1283 SER SER N . n J 5 1284 GLY 1284 1284 1284 GLY GLY N . n J 5 1285 GLU 1285 1285 1285 GLU GLU N . n J 5 1286 LEU 1286 1286 1286 LEU LEU N . n J 5 1287 ILE 1287 1287 1287 ILE ILE N . n J 5 1288 ASN 1288 1288 1288 ASN ASN N . n J 5 1289 ASN 1289 1289 1289 ASN ASN N . n J 5 1290 ILE 1290 1290 1290 ILE ILE N . n J 5 1291 LYS 1291 1291 1291 LYS LYS N . n J 5 1292 TYR 1292 1292 1292 TYR TYR N . n J 5 1293 TYR 1293 1293 ? ? ? N . n J 5 1294 ASP 1294 1294 ? ? ? N . n J 5 1295 GLY 1295 1295 ? ? ? N . n J 5 1296 PHE 1296 1296 ? ? ? N . n J 5 1297 MET 1297 1297 ? ? ? N . n J 5 1298 GLY 1298 1298 ? ? ? N . n J 5 1299 GLN 1299 1299 ? ? ? N . n J 5 1300 ARG 1300 1300 ? ? ? N . n J 5 1301 VAL 1301 1301 ? ? ? N . n J 5 1302 GLY 1302 1302 ? ? ? N . n J 5 1303 ALA 1303 1303 1303 ALA ALA N . n J 5 1304 ILE 1304 1304 1304 ILE ILE N . n J 5 1305 SER 1305 1305 1305 SER SER N . n J 5 1306 CYS 1306 1306 1306 CYS CYS N . n J 5 1307 LEU 1307 1307 1307 LEU LEU N . n J 5 1308 ALA 1308 1308 1308 ALA ALA N . n J 5 1309 PHE 1309 1309 1309 PHE PHE N . n J 5 1310 HIS 1310 1310 1310 HIS HIS N . n J 5 1311 PRO 1311 1311 1311 PRO PRO N . n J 5 1312 HIS 1312 1312 1312 HIS HIS N . n J 5 1313 TRP 1313 1313 1313 TRP TRP N . n J 5 1314 PRO 1314 1314 1314 PRO PRO N . n J 5 1315 HIS 1315 1315 1315 HIS HIS N . n J 5 1316 LEU 1316 1316 1316 LEU LEU N . n J 5 1317 ALA 1317 1317 1317 ALA ALA N . n J 5 1318 VAL 1318 1318 1318 VAL VAL N . n J 5 1319 GLY 1319 1319 1319 GLY GLY N . n J 5 1320 SER 1320 1320 1320 SER SER N . n J 5 1321 ASN 1321 1321 1321 ASN ASN N . n J 5 1322 ASP 1322 1322 1322 ASP ASP N . n J 5 1323 TYR 1323 1323 1323 TYR TYR N . n J 5 1324 TYR 1324 1324 1324 TYR TYR N . n J 5 1325 ILE 1325 1325 1325 ILE ILE N . n J 5 1326 SER 1326 1326 1326 SER SER N . n J 5 1327 VAL 1327 1327 1327 VAL VAL N . n J 5 1328 TYR 1328 1328 1328 TYR TYR N . n J 5 1329 SER 1329 1329 1329 SER SER N . n J 5 1330 VAL 1330 1330 1330 VAL VAL N . n J 5 1331 GLU 1331 1331 1331 GLU GLU N . n J 5 1332 LYS 1332 1332 ? ? ? N . n J 5 1333 ARG 1333 1333 ? ? ? N . n J 5 1334 VAL 1334 1334 ? ? ? N . n J 5 1335 ARG 1335 1335 ? ? ? N . n # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code K 6 GTP 1 401 401 GTP GTP C . L 7 GDP 1 401 401 GDP GDP D . M 6 GTP 1 401 401 GTP GTP I . N 7 GDP 1 401 401 GDP GDP J . # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details decameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 10 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2019-10-16 2 'Structure model' 1 1 2019-10-23 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Data collection' 2 2 'Structure model' 'Database references' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' citation 2 2 'Structure model' citation_author # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_citation.country' 2 2 'Structure model' '_citation.journal_abbrev' 3 2 'Structure model' '_citation.journal_id_ASTM' 4 2 'Structure model' '_citation.journal_id_CSD' 5 2 'Structure model' '_citation.journal_id_ISSN' 6 2 'Structure model' '_citation.journal_volume' 7 2 'Structure model' '_citation.page_first' 8 2 'Structure model' '_citation.page_last' 9 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_DOI' 10 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_PubMed' 11 2 'Structure model' '_citation.title' 12 2 'Structure model' '_citation.year' # _pdbx_entry_details.entry_id 6SB2 _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest Y _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? # _em_3d_fitting.entry_id 6SB2 _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.details ;Cryo-EM model of mTORC1-RagA/C was refined using REFMAC5 program in CCPEM package, with a composite map of the 3D reconstruction of mTORC1-RagA/C pseudo-monomer (as mentioned in Reconstruction section) of one protomer together with the generated map for the other second protomer of mTORC1-RagA/C. This second protomer of mTORC1-RagA/C map was generated by simply aligning the first 3D reconstructed pseudomonomer map onto the mTORC1 dimer consensus C2 map and then obtained the rotation-translation matrix with CHIMERA and then used Maputils program in CCP4i. From the resulting mTORC1-RagA/C dimer map, the model of mTORC1-RagA/C was built by using previously published structure of apo-mTORC1 (PDB ID 6BCX) and our crystal structure of RagA/C was fitted (PDB ID 6S6A, unreleased). The entire mTORC1-RagA/C final model was refined using REFMAC5 program using the restraints from the crystal structure of RagA/C and previously published mTORC1 structure. Side chains were removed before refinement, since these were not evident in the cryo-EM densities. Separate model refinements were performed against single half-maps, and the resulting models were compared with the other half-maps to confirm the absence of overfitting. ; _em_3d_fitting.overall_b_value 315 _em_3d_fitting.ref_protocol 'RIGID BODY FIT' _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.method ? # loop_ _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.details _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id 1 1 ? ? ? 6BCX 1 2 ? ? ? 6S6A # _em_3d_reconstruction.entry_id 6SB2 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm 'FOURIER SPACE' _em_3d_reconstruction.details ;For the final reconstruction of mTORC1-RagA/C structure we used a strategy taking advantage of the relion particle symmetry expand program, and duplicated the C2-refined particles and applied the appropriate rotation and translation to generate a set of monomers. We performed mTORC1-RagA/C 'pseudo-monomer' focussed classification with signal subtraction and obtained a reconstruction of 6.2 A resolution map. This cryo-EM density corresponded to the mTORC1-RagA/C pseudomonomer, where the previously published structure for apo-mTORC1 (PDB ID 6BCX) and our high-resolution crystal structure of RagA/C (6S6A) were fitted with great confidence from our experimental analysis including Pulldown assays, mutational at per-residue level in the binding interface and HDX-Mass Spectrometry. ; _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles 51902 _em_3d_reconstruction.resolution 6.2 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details '100mM Tris-HCl pH7.0, 260mM NaCl, 5mM MgCl2, 1mM TCEP' _em_buffer.pH 7.0 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # loop_ _em_entity_assembly.id _em_entity_assembly.parent_id _em_entity_assembly.details _em_entity_assembly.name _em_entity_assembly.source _em_entity_assembly.type _em_entity_assembly.entity_id_list _em_entity_assembly.synonym _em_entity_assembly.oligomeric_details 1 0 ? 'cryo-EM structure of mTORC1 bound to active RagA/C complex' 'MULTIPLE SOURCES' COMPLEX '1, 2, 3, 4, 5' ? ? 2 1 ? mTORC1 RECOMBINANT COMPLEX '1, 2' ? ? 3 1 ? RagA/C RECOMBINANT COMPLEX '3, 4, 5' ? ? # _em_image_scans.entry_id 6SB2 _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.dimension_height ? _em_image_scans.dimension_width ? _em_image_scans.frames_per_image 22 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.used_frames_per_image 1-22 _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 6SB2 _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.details ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_max ? _em_imaging.nominal_defocus_min ? _em_imaging.nominal_magnification ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details ? _em_sample_support.grid_material GOLD _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R1.2/1.3' _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature ? _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details ? _em_vitrification.humidity 95 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK III' _em_vitrification.entry_id 6SB2 _em_vitrification.citation_id ? 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J ARG 1300 1604 1 Y 1 N VAL 1301 ? J VAL 1301 1605 1 Y 1 N GLY 1302 ? J GLY 1302 1606 1 Y 1 N LYS 1332 ? J LYS 1332 1607 1 Y 1 N ARG 1333 ? J ARG 1333 1608 1 Y 1 N VAL 1334 ? J VAL 1334 1609 1 Y 1 N ARG 1335 ? J ARG 1335 # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag YES _em_entity_assembly_molwt.units MEGADALTONS _em_entity_assembly_molwt.value 1.09 # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_naturalsource.organ _em_entity_assembly_naturalsource.organelle _em_entity_assembly_naturalsource.organism _em_entity_assembly_naturalsource.strain _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? ? 2 1 9606 ? ? 'Homo sapiens' ? ? ? ? 3 2 9606 ? ? 'Homo sapiens' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain ? 2 1 9606 'Homo sapiens' ? ? ? 3 2 562 'Escherichia coli' ? ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details 'The selected images were processed using MotionCor2 within the RELION-3.0.6 package.' # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 40 _em_image_recording.average_exposure_time 1.8 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images ? # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ? _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 169971 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? RELION 3.0.6 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? EPU 1.10.0.77REL ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? Gctf 1.18 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? REFMAC 5.8.0238 ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3.0.6 1 ? ? 10 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3.0.6 1 ? ? 11 CLASSIFICATION ? RELION 3.0.6 1 ? ? 12 RECONSTRUCTION ? RELION 3.0.6 1 ? ? 13 'MODEL REFINEMENT' ? REFMAC 5.8.0238 ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.05 _em_specimen.details ;mTORC1 (mTOR complex 1) is a dimer consists of three proteins: mTOR, mLST8 and RAPTOR. The small GTPases, RagA/C in its active form bind to mTORC1 for activation. We solved the cryo-EM structure of mTORC1 bound to RagA/C. ; _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Medical Research Council (United Kingdom)' 'United Kingdom' MC_U105184308 1 'Cancer Research UK' 'United Kingdom' C14801/A21211 2 'European Molecular Biology Organization' 'United Kingdom' 'long-term fellowship' 3 # loop_ _pdbx_entity_instance_feature.ordinal _pdbx_entity_instance_feature.comp_id _pdbx_entity_instance_feature.asym_id _pdbx_entity_instance_feature.seq_num _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id _pdbx_entity_instance_feature.auth_asym_id _pdbx_entity_instance_feature.auth_seq_num _pdbx_entity_instance_feature.feature_type _pdbx_entity_instance_feature.details 1 GDP ? ? GDP ? ? 'SUBJECT OF INVESTIGATION' ? 2 GTP ? ? GTP ? ? 'SUBJECT OF INVESTIGATION' ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 6 "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" GTP 7 "GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE" GDP # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'mass spectrometry' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'HDX-MS and SEC-MALLS provides evidence of mTORC1-RagA/C dimer in solution.' #