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EMDB EMD-10154 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2019-08-14 2 'Structure model' 1 1 2019-09-11 3 'Structure model' 1 2 2019-10-16 4 'Structure model' 1 3 2019-10-23 5 'Structure model' 1 4 2019-11-06 6 'Structure model' 1 5 2024-05-22 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Data collection' 2 2 'Structure model' 'Database references' 3 3 'Structure model' 'Data collection' 4 3 'Structure model' 'Database references' 5 4 'Structure model' 'Author supporting evidence' 6 4 'Structure model' 'Data collection' 7 5 'Structure model' 'Data collection' 8 5 'Structure model' 'Refinement description' 9 6 'Structure model' 'Data collection' 10 6 'Structure model' 'Database references' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' citation 2 2 'Structure model' citation_author 3 3 'Structure model' citation 4 4 'Structure model' pdbx_audit_support 5 5 'Structure model' software 6 6 'Structure model' chem_comp_atom 7 6 'Structure model' chem_comp_bond 8 6 'Structure model' database_2 # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_citation.country' 2 2 'Structure model' '_citation.journal_abbrev' 3 2 'Structure model' '_citation.journal_id_CSD' 4 2 'Structure model' '_citation.journal_id_ISSN' 5 2 'Structure model' '_citation.page_first' 6 2 'Structure model' '_citation.page_last' 7 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_DOI' 8 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_PubMed' 9 2 'Structure model' '_citation.title' 10 2 'Structure model' '_citation.year' 11 2 'Structure model' '_citation_author.identifier_ORCID' 12 3 'Structure model' '_citation.journal_volume' 13 4 'Structure model' '_pdbx_audit_support.funding_organization' 14 5 'Structure model' '_software.name' 15 6 'Structure model' '_database_2.pdbx_DOI' 16 6 'Structure model' '_database_2.pdbx_database_accession' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 6SEF _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2019-07-29 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Class2C : CENP-A nucleosome in complex with CENP-C central region' _pdbx_database_related.db_id EMD-10154 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Ali-Ahmad, A.' 1 0000-0002-9021-5405 'Bilokapic, S.' 2 0000-0003-2199-2929 'Schafer, I.B.' 3 ? 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_citation_author.identifier_ORCID primary 'Ali-Ahmad, A.' 1 ? primary 'Bilokapic, S.' 2 ? primary 'Schafer, I.B.' 3 ? primary 'Halic, M.' 4 0000-0002-0061-7372 primary 'Sekulic, N.' 5 0000-0002-8027-9114 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Histone H3-like centromeric protein A' 16023.630 2 ? ? ? ? 2 polymer man 'Histone H4' 11394.426 2 ? ? ? ? 3 polymer man 'Histone H2A type 2-A' 14125.549 2 ? ? ? ? 4 polymer man 'Histone H2B type 1-C/E/F/G/I' 13937.213 2 ? ? ? ? 5 polymer man 'DNA (145-MER)' 44520.383 1 ? ? ? ? 6 polymer man 'DNA (145-MER)' 44991.660 1 ? ? ? ? 7 polymer man 'Centromere protein C' 14204.750 1 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'Centromere autoantigen A,Centromere protein A,CENP-A' 3 'Histone H2A.2,Histone H2A/o' 4 'Histone H2B.1 A,Histone 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(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DC)(DT)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTAC GTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTGAT ; J ? 7 'polypeptide(L)' no no ;GPLGSPEFGRATMAKPAEEQLDVGQSKDENIHTSHITQDEFQRNSDRNMEEHEEMGNDCVSKKQMPPVGSKKSSTRKDKE ESKKKRFSSESKNKLVPEEVTSTVTKSRRISRRPSDWWVVKSEE ; ;GPLGSPEFGRATMAKPAEEQLDVGQSKDENIHTSHITQDEFQRNSDRNMEEHEEMGNDCVSKKQMPPVGSKKSSTRKDKE ESKKKRFSSESKNKLVPEEVTSTVTKSRRISRRPSDWWVVKSEE ; V ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 GLY n 1 3 PRO n 1 4 ARG n 1 5 ARG n 1 6 ARG n 1 7 SER n 1 8 ARG n 1 9 LYS n 1 10 PRO n 1 11 GLU n 1 12 ALA n 1 13 PRO n 1 14 ARG n 1 15 ARG n 1 16 ARG n 1 17 SER n 1 18 PRO n 1 19 SER n 1 20 PRO n 1 21 THR n 1 22 PRO n 1 23 THR n 1 24 PRO n 1 25 GLY n 1 26 PRO n 1 27 SER n 1 28 ARG n 1 29 ARG n 1 30 GLY n 1 31 PRO n 1 32 SER n 1 33 LEU 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P49450 1 ? 140 ? 1 140 2 2 6SEF B 1 ? 103 ? P62805 1 ? 103 ? 0 102 3 3 6SEF C 1 ? 130 ? Q6FI13 1 ? 130 ? 0 129 4 4 6SEF D 1 ? 126 ? P62807 1 ? 126 ? 0 125 5 1 6SEF E 1 ? 140 ? P49450 1 ? 140 ? 1 140 6 2 6SEF F 1 ? 103 ? P62805 1 ? 103 ? 0 102 7 3 6SEF G 1 ? 130 ? Q6FI13 1 ? 130 ? 0 129 8 4 6SEF H 1 ? 126 ? P62807 1 ? 126 ? 0 125 9 5 6SEF I 1 ? 145 ? 6SEF -72 ? 72 ? -72 72 10 6 6SEF J 1 ? 145 ? 6SEF -72 ? 72 ? -72 72 11 7 6SEF V 13 ? 124 ? Q03188 426 ? 537 ? 426 537 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 11 6SEF GLY V 1 ? UNP Q03188 ? ? 'expression tag' 414 1 11 6SEF PRO V 2 ? UNP Q03188 ? ? 'expression tag' 415 2 11 6SEF LEU V 3 ? UNP Q03188 ? ? 'expression tag' 416 3 11 6SEF GLY V 4 ? UNP Q03188 ? ? 'expression tag' 417 4 11 6SEF SER V 5 ? UNP Q03188 ? ? 'expression tag' 418 5 11 6SEF PRO V 6 ? UNP Q03188 ? ? 'expression tag' 419 6 11 6SEF GLU V 7 ? UNP Q03188 ? ? 'expression tag' 420 7 11 6SEF PHE V 8 ? UNP Q03188 ? ? 'expression tag' 421 8 11 6SEF GLY V 9 ? UNP Q03188 ? ? 'expression tag' 422 9 11 6SEF ARG V 10 ? UNP Q03188 ? ? 'expression tag' 423 10 11 6SEF ALA V 11 ? UNP Q03188 ? ? 'expression tag' 424 11 11 6SEF THR V 12 ? UNP Q03188 ? ? 'expression tag' 425 12 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details undecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 11 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 54290 ? 1 MORE -399 ? 1 'SSA (A^2)' 75800 ? # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 46 ? 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THR D 90 LEU D 102 1 ? 13 HELX_P HELX_P16 AB7 PRO D 104 ? THR D 123 ? PRO D 103 THR D 122 1 ? 20 HELX_P HELX_P17 AB8 GLY E 46 ? SER E 57 ? GLY E 46 SER E 57 1 ? 12 HELX_P HELX_P18 AB9 ARG E 63 ? THR E 79 ? ARG E 63 THR E 79 1 ? 17 HELX_P HELX_P19 AC1 GLN E 87 ? GLY E 117 ? GLN E 87 GLY E 117 1 ? 31 HELX_P HELX_P20 AC2 PHE E 122 ? GLY E 134 ? PHE E 122 GLY E 134 1 ? 13 HELX_P HELX_P21 AC3 ASN F 26 ? ILE F 30 ? ASN F 25 ILE F 29 5 ? 5 HELX_P HELX_P22 AC4 THR F 31 ? GLY F 42 ? THR F 30 GLY F 41 1 ? 12 HELX_P HELX_P23 AC5 LEU F 50 ? GLU F 53 ? LEU F 49 GLU F 52 5 ? 4 HELX_P HELX_P24 AC6 GLU F 54 ? ALA F 77 ? GLU F 53 ALA F 76 1 ? 24 HELX_P HELX_P25 AC7 THR F 83 ? GLY F 95 ? THR F 82 GLY F 94 1 ? 13 HELX_P HELX_P26 AC8 SER G 17 ? ALA G 22 ? SER G 16 ALA G 21 1 ? 6 HELX_P HELX_P27 AC9 PRO G 27 ? GLY G 38 ? PRO G 26 GLY G 37 1 ? 12 HELX_P HELX_P28 AD1 GLY G 47 ? ASP G 73 ? GLY G 46 ASP G 72 1 ? 27 HELX_P HELX_P29 AD2 ILE G 80 ? ARG G 89 ? ILE G 79 ARG G 88 1 ? 10 HELX_P HELX_P30 AD3 ASP G 91 ? LEU G 98 ? ASP G 90 LEU G 97 1 ? 8 HELX_P HELX_P31 AD4 SER H 39 ? HIS H 50 ? SER H 38 HIS H 49 1 ? 12 HELX_P HELX_P32 AD5 SER H 56 ? ASN H 85 ? SER H 55 ASN H 84 1 ? 30 HELX_P HELX_P33 AD6 THR H 91 ? LEU H 103 ? THR H 90 LEU H 102 1 ? 13 HELX_P HELX_P34 AD7 PRO H 104 ? THR H 123 ? PRO H 103 THR H 122 1 ? 20 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role hydrog1 hydrog ? ? 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