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Baculovirus ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP DCA15_HUMAN Q66K64 ? 1 ;MAPSSKSERNSGAGSGGGGPGGAGGKRAAGRRREHVLKQLERVKISGQLSPRLFRKLPPRVCVSLKNIVDEDFLYAGHIF LGFSKCGRYVLSYTSSSGDDDFSFYIYHLYWWEFNVHSKLKLVRQVRLFQDEEIYSDLYLTVCEWPSDASKVIVFGFNTR SANGMLMNMMMMSDENHRDIYVSTVAVPPPGRCAACQDASRAHPGDPNAQCLRHGFMLHTKYQVVYPFPTFQPAFQLKKD QVVLLNTSYSLVACAVSVHSAGDRSFCQILYDHSTCPLAPASPPEPQSPELPPALPSFCPEAAPARSSGSPEPSPAIAKA KEFVADIFRRAKEAKGGVPEEARPALCPGPSGSRCRAHSEPLALCGETAPRDSPPASEAPASEPGYVNYTKLYYVLESGE GTEPEDELEDDKISLPFVVTDLRGRNLRPMRERTAVQGQYLTVEQLTLDFEYVINEVIRHDATWGHQFCSFSDYDIVILE VCPETNQVLINIGLLLLAFPSPTEEGQLRPKTYHTSLKVAWDLNTGIFETVSVGDLTEVKGQTSGSVWSSYRKSCVDMVM KWLVPESSGRYVNRMTNEALHKGCSLKVLADSERYTWIVL ; 1 2 UNP DDB1_HUMAN Q16531 ? 2 ;MSYNYVVTAQKPTAVNGCVTGHFTSAEDLNLLIAKNTRLEIYVVTAEGLRPVKEVGMYGKIAVMELFRPKGESKDLLFIL TAKYNACILEYKQSGESIDIITRAHGNVQDRIGRPSETGIIGIIDPECRMIGLRLYDGLFKVIPLDRDNKELKAFNIRLE ELHVIDVKFLYGCQAPTICFVYQDPQGRHVKTYEVSLREKEFNKGPWKQENVEAEASMVIAVPEPFGGAIIIGQESITYH NGDKYLAIAPPIIKQSTIVCHNRVDPNGSRYLLGDMEGRLFMLLLEKEEQMDGTVTLKDLRVELLGETSIAECLTYLDNG VVFVGSRLGDSQLVKLNVDSNEQGSYVVAMETFTNLGPIVDMCVVDLERQGQGQLVTCSGAFKEGSLRIIRNGIGIHEHA SIDLPGIKGLWPLRSDPNRETDDTLVLSFVGQTRVLMLNGEEVEETELMGFVDDQQTFFCGNVAHQQLIQITSASVRLVS QEPKALVSEWKEPQAKNISVASCNSSQVVVAVGRALYYLQIHPQELRQISHTEMEHEVACLDITPLGDSNGLSPLCAIGL WTDISARILKLPSFELLHKEMLGGEIIPRSILMTTFESSHYLLCALGDGALFYFGLNIETGLLSDRKKVTLGTQPTVLRT FRSLSTTNVFACSDRPTVIYSSNHKLVFSNVNLKEVNYMCPLNSDGYPDSLALANNSTLTIGTIDEIQKLHIRTVPLYES PRKICYQEVSQCFGVLSSRIEVQDTSGGTTALRPSASTQALSSSVSSSKLFSSSTAPHETSFGEEVEVHNLLIIDQHTFE VLHAHQFLQNEYALSLVSCKLGKDPNTYFIVGTAMVYPEEAEPKQGRIVVFQYSDGKLQTVAEKEVKGAVYSMVEFNGKL LASINSTVRLYEWTTEKELRTECNHYNNIMALYLKTKGDFILVGDLMRSVLLLAYKPMEGNFEEIARDFNPNWMSAVEIL DDDNFLGAENAFNLFVCQKDSAATTDEERQHLQEVGLFHLGEFVNVFCHGSLVMQNLGETSTPTQGSVLFGTVNGMIGLV TSLSESWYNLLLDMQNRLNKVIKSVGKIEHSFWRSFHTERKTEPATGFIDGDLIESFLDISRPKMQEVVANLQYDDGSGM KREATADDLIKVVEELTRIH ; 1 3 UNP Q7Z3L0_HUMAN Q7Z3L0 ? 3 ;GPMRLYVGSLHFNITEDMLRGIFEPFGRIESIQLMMDSETGRSKGYGFITFSDSECAKKALEQLNGFELAGRPMKVGHVT E ; 91 4 UNP DDA1_HUMAN Q9BW61 ? 4 ;ADFLKGLPVYNKSNFSRFHADSVCKASNRRPSVYLPTREYPSEQIIVTEKTNILLRYLHQQWDKKNAAKKRDQEQVELEG ESSAPPRKVARTDSPDMHEDT ; 2 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6SJ7 A 2 ? 601 ? 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'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 EF6 non-polymer . 'N~1~-(3-chloro-1H-indol-7-yl)benzene-1,4-disulfonamide' Indisulam 'C14 H12 Cl N3 O4 S2' 385.846 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6SJ7 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 6SJ7 _struct.title 'Structure of the human DDB1-DDA1-DCAF15 E3 ubiquitin ligase bound to RBM39 and Indisulam' _struct.pdbx_descriptor 'DDB1- and CUL4-associated factor 15, DNA damage-binding protein 1, RNA binding protein 39, DET1- and DDB1-associated protein 1' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6SJ7 _struct_keywords.text 'DDB1, ONCOPROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords ONCOPROTEIN # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 VAL A 37 ? GLY A 48 ? VAL A 36 GLY A 47 1 ? 12 HELX_P HELX_P2 AA2 PHE A 451 ? ASP A 462 ? PHE A 450 ASP A 461 1 ? 12 HELX_P HELX_P3 AA3 GLY A 546 ? TRP A 563 ? GLY A 545 TRP A 562 1 ? 18 HELX_P HELX_P4 AA4 ILE B 252 ? SER B 256 ? ILE B 252 SER B 256 5 ? 5 HELX_P HELX_P5 AA5 ALA B 756 ? ALA B 760 ? ALA B 756 ALA B 760 5 ? 5 HELX_P HELX_P6 AA6 ASP B 986 ? GLN B 990 ? ASP B 986 GLN B 990 1 ? 5 HELX_P HELX_P7 AA7 GLU B 1045 ? ASN B 1059 ? GLU B 1045 ASN B 1059 1 ? 15 HELX_P HELX_P8 AA8 GLU B 1069 ? ARG B 1074 ? GLU B 1069 ARG B 1074 1 ? 6 HELX_P HELX_P9 AA9 GLY B 1091 ? SER B 1096 ? GLY B 1091 SER B 1096 1 ? 6 HELX_P HELX_P10 AB1 SER B 1101 ? VAL B 1109 ? SER B 1101 VAL B 1109 1 ? 9 HELX_P HELX_P11 AB2 ALA B 1126 ? THR B 1137 ? ALA B 1126 THR B 1137 1 ? 12 HELX_P HELX_P12 AB3 THR C 15 ? GLU C 24 ? THR C 262 GLU C 271 1 ? 10 HELX_P HELX_P13 AB4 PRO C 25 ? GLY C 27 ? PRO C 272 GLY C 274 5 ? 3 HELX_P HELX_P14 AB5 GLU C 55 ? LEU C 64 ? GLU C 302 LEU C 311 1 ? 10 HELX_P HELX_P15 AB6 ASN D 52 ? ASP D 63 ? ASN D 53 ASP D 64 1 ? 12 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # _struct_conn.id disulf1 _struct_conn.conn_type_id disulf _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag ? _struct_conn.pdbx_PDB_id ? _struct_conn.ptnr1_label_asym_id B _struct_conn.ptnr1_label_comp_id CYS _struct_conn.ptnr1_label_seq_id 18 _struct_conn.ptnr1_label_atom_id SG _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code ? _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id ? _struct_conn.ptnr1_symmetry 1_555 _struct_conn.ptnr2_label_asym_id B _struct_conn.ptnr2_label_comp_id CYS _struct_conn.ptnr2_label_seq_id 313 _struct_conn.ptnr2_label_atom_id SG _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code ? _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id B _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id CYS _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id 18 _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id B _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id CYS _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id 313 _struct_conn.ptnr2_symmetry 1_555 _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code ? _struct_conn.details ? _struct_conn.pdbx_dist_value 2.024 _struct_conn.pdbx_value_order ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # _struct_mon_prot_cis.pdbx_id 1 _struct_mon_prot_cis.label_comp_id GLU _struct_mon_prot_cis.label_seq_id 224 _struct_mon_prot_cis.label_asym_id B _struct_mon_prot_cis.label_alt_id . _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code ? _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id GLU _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id 224 _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id B _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 225 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 B _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 ? _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 225 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 B _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num 1 _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle -9.55 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 3 ? 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