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;MDINIDDILAELDKETTAVDSTKITQGSSSTTHRDANTIVGSSLDLNDKTQIYVSPQQDFSDLMKSWKNERCSPELLPYP HQLMKRLLNRISMQSQLIENISMGFLDMQNASNANPPMPNESKLPLLCMETELERLKFVIRSYIRCRLSKIDKFSLYLRQ LNEDENSLISLTDLLSKDEIKYHDTHSLIWLKLVNDSILKYMPEELQAINDTEGSVNMIDEPDWNKFVFIHVNGPPDGKW NEDPLLQENEFGKPCYTVTIPDLKEEVELTIGSIYVMRYEVIRDLLRDDKVALI ; ;MDINIDDILAELDKETTAVDSTKITQGSSSTTHRDANTIVGSSLDLNDKTQIYVSPQQDFSDLMKSWKNERCSPELLPYP HQLMKRLLNRISMQSQLIENISMGFLDMQNASNANPPMPNESKLPLLCMETELERLKFVIRSYIRCRLSKIDKFSLYLRQ LNEDENSLISLTDLLSKDEIKYHDTHSLIWLKLVNDSILKYMPEELQAINDTEGSVNMIDEPDWNKFVFIHVNGPPDGKW NEDPLLQENEFGKPCYTVTIPDLKEEVELTIGSIYVMRYEVIRDLLRDDKVALI ; D ? 11 'polypeptide(L)' no no ;MYYGISQFSEAYNKILRNSSSHSSCQLVIFVSCLNIDALCATKMLSLLFKKQLVQSQIVPIFGYSELRRHYSQLDDNINS LLLVGFGGVIDLEAFLEIDPQEYVIDTDEKSGEQSFRRDIYVLDAHRPWNLDNIFGSQIIQCFDDGTVDDTLGEQKEAYY KLLELDEESGDDELSGDENDNNGGDDEATDADEVTDEDEEDEDETISNKRGNSSIGPNDLSKRKQRKKQIHEYEGVLEEY YSQGTTVVNSISAQIYSLLSAIGETNLSNLWLNILGTTSLDIAYAQVYNRLYPLLQDEVKRLTPSSRNSVKTPDTLTLNI 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? 12 'polypeptide(L)' no no ;MVSVIDKLVFDFGGKTLVSLAPDNNTLCVANKNGLTKILKTNNPEEEPETLDSSKLVSSIKCYSNSHFLMTTMQGDALRY NIDSSQEELLARFALPLRDCCVIHSGKMAVFGGDDLELILLELDDETHKKHAIKIDEQVSQISYNSQMNILAVSMINGKV QIFSLTSTIPNKVHELNDYIVANSYDDTHRDKILSNMMDDIDKDNDNDLSETADPDENNVADPEFCAANRICTRVAWHPK GLHFALPCADDTVKIFSIKGYSLQKTLSTNLSSTKAHFIDLQFDPLRGTYIAAVDLNNKLTVWNWETSEIHYTREFKRKI TNIAWKIQADSKTLDLVLGTWSGSIAIVQNLAESVVSNIPDQSVAESSTKHGLFVDSESDLENLEGNDDINKSDKLFSDI TQEANAEDVFTQTHDGPSGLSEKRKYNFEDEEDFIDDDDGAGYISGKKPHNEHSYSRVHKTHSFPISLANTGKFRYMPFS PAGTPFGFTDRRYLTMNEVGYVSTVKNSEQYSITVSFFDVGRFREYHFEDLFGYDLCFLNEKGTLFGQSKTGQIQYRPHD SIHSNWTKIIPLQAGERITSVAATPVRVIVGTSLGYFRSFNQFGVPFAVEKTSPIVALTAQNYRVFSVHYSQFHGLSYSL SELGTSSKRYYKRECPLPMSLPNINSDMKKDANLDYYNFNPMGIKSLFFSSYGDPCIFGSDNTLLLLSKWRSPEESKWLP ILDSNMEIWKMSGGKETTDIHVWPLALAYDTLNCILVKGKHIWPEFPLPLPSEMEIRMPVFVKSKLLEENKAILNKKNEI GADTEAEEGEEDKEIQIPVSMAAEEEYLRSKVLSELLTDTLENDGEMYGNENEVLAALNGAYDKALLRLFASACSDQNVE KALSLAHELKQDRALTAAVKISERAELPSLVKKINNIREARYEQQLK ; 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EHVTSAEERPIVADSFAQDKRNVNNVDYDNDEDDDIYHLSYRNRRGRVLDERGNNETVLNNVVPPKEDLDALLKTFRVQG PVGLEENEKKLLLGWLDAHRKMEKGSMTEEDVQLIQSLEEWEMNDIEGQHTHYDLLPGGDEFGVDQDELDAMKEMGF ; Y ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 SER n 1 3 ASP n 1 4 ASN n 1 5 ARG n 1 6 ARG n 1 7 ARG n 1 8 ARG n 1 9 ARG n 1 10 GLU n 1 11 GLU n 1 12 ASP n 1 13 ASP n 1 14 SER n 1 15 ASP n 1 16 SER n 1 17 GLU n 1 18 ASN n 1 19 GLU n 1 20 LEU n 1 21 PRO n 1 22 PRO n 1 23 SER n 1 24 SER n 1 25 PRO n 1 26 GLN n 1 27 GLN n 1 28 HIS n 1 29 PHE n 1 30 ARG n 1 31 GLY n 1 32 GLY n 1 33 MET n 1 34 ASN n 1 35 PRO n 1 36 VAL n 1 37 SER n 1 38 SER n 1 39 PRO n 1 40 ILE n 1 41 GLY n 1 42 SER n 1 43 PRO n 1 44 ASP n 1 45 MET n 1 46 ILE n 1 47 ASN n 1 48 PRO n 1 49 GLU n 1 50 GLY n 1 51 ASP n 1 52 ASP n 1 53 ASN n 1 54 GLU n 1 55 VAL n 1 56 ASP n 1 57 ASP n 1 58 VAL n 1 59 PRO n 1 60 ASP n 1 61 ILE n 1 62 ASP n 1 63 GLU n 1 64 VAL n 1 65 GLU n 1 66 GLU n 1 67 GLN n 1 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'Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)' 559292 ? ? ? ? ? ? ? ;Baker's yeast ; 'Saccharomyces cerevisiae' 4932 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _pdbx_entity_src_syn.entity_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id _pdbx_entity_src_syn.details 13 1 sample 1 85 'synthetic construct' ? 32630 ? 14 1 sample 1 61 'synthetic construct' ? 32630 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP MCM2_YEAST P29469 ? 1 ;MSDNRRRRREEDDSDSENELPPSSPQQHFRGGMNPVSSPIGSPDMINPEGDDNEVDDVPDIDEVEEQMNEVDLMDDNMYE DYAADHNRDRYDPDQVDDREQQELSLSERRRIDAQLNERDRLLRNVAYIDDEDEEQEGAAQLDEMGLPVQRRRRRRQYED LENSDDDLLSDMDIDPLREELTLESLSNVKANSYSEWITQPNVSRTIARELKSFLLEYTDETGRSVYGARIRTLGEMNSE SLEVNYRHLAESKAILALFLAKCPEEMLKIFDLVAMEATELHYPDYARIHSEIHVRISDFPTIYSLRELRESNLSSLVRV TGVVTRRTGVFPQLKYVKFNCLKCGSILGPFFQDSNEEIRISFCTNCKSKGPFRVNGEKTVYRNYQRVTLQEAPGTVPPG RLPRHREVILLADLVDVSKPGEEVEVTGIYKNNYDGNLNAKNGFPVFATIIEANSIKRREGNTANEGEEGLDVFSWTEEE EREFRKISRDRGIIDKIISSMAPSIYGHRDIKTAVACSLFGGVPKNVNGKHSIRGDINVLLLGDPGTAKSQILKYVEKTA HRAVFATGQGASAVGLTASVRKDPITKEWTLEGGALVLADKGVCLIDEFDKMNDQDRTSIHEAMEQQSISISKAGIVTTL QARCSIIAAANPNGGRYNSTLPLAQNVSLTEPILSRFDILCVVRDLVDEEADERLATFVVDSHVRSHPENDEDREGEELK NNGESAIEQGEDEINEQLNARQRRLQRQRKKEEEISPIPQELLMKYIHYARTKIYPKLHQMDMDKVSRVYADLRRESIST GSFPITVRHLESILRIAESFAKMRLSEFVSSYDLDRAIKVVVDSFVDAQKVSVRRQLRRSFAIYTLGH ; 1 2 UNP MCM3_YEAST P24279 ? 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'C3 H7 N O2' 89.093 ANP non-polymer . 'PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER' ? 'C10 H17 N6 O12 P3' 506.196 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MG non-polymer . 'MAGNESIUM ION' ? 'Mg 2' 24.305 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZN non-polymer . 'ZINC ION' ? 'Zn 2' 65.409 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6SKL _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 6SKL _struct.title 'Cryo-EM structure of the CMG Fork Protection Complex at a replication fork - Conformation 1' _struct.pdbx_descriptor ;Cell division control protein 45, DNA polymerase alpha-binding protein, DNA replication complex GINS protein PSF1, DNA replication complex GINS protein PSF2, DNA replication complex GINS protein SLD5, DNA replication licensing factor MCM2, DNA replication licensing factor MCM3, Minichromosome maintenance protein 5, DNA replication licensing factor MCM6, DNA replication licensing factor MCM4, DNA replication licensing factor MCM7, DNA replication complex GINS protein PSF3, Topoisomerase 1-associated factor 1, Chromosome segregation in meiosis protein 3/DNA Complex ; _struct.pdbx_model_details CMG-Csm3-Tof1-Mrc1-Ctf4-DNA _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6SKL _struct_keywords.text 'protein-DNA complex, replisome, AAA+ helicase, CMG, GINS, fork DNA, MCM, fork protection complex, CIP-box, REPLICATION' _struct_keywords.pdbx_keywords REPLICATION # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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ALA 2 548 ALA 2 560 1 ? 13 HELX_P HELX_P16 AB7 GLN A 569 ? ALA A 571 ? GLN 2 569 ALA 2 571 5 ? 3 HELX_P HELX_P17 AB8 GLY A 594 ? ALA A 599 ? GLY 2 594 ALA 2 599 1 ? 6 HELX_P HELX_P18 AB9 GLU A 608 ? MET A 612 ? GLU 2 608 MET 2 612 5 ? 5 HELX_P HELX_P19 AC1 ASN A 613 ? THR A 618 ? ASN 2 613 THR 2 618 1 ? 6 HELX_P HELX_P20 AC2 ILE A 620 ? GLN A 626 ? ILE 2 620 GLN 2 626 1 ? 7 HELX_P HELX_P21 AC3 PRO A 652 ? ARG A 656 ? PRO 2 652 ARG 2 656 5 ? 5 HELX_P HELX_P22 AC4 PRO A 662 ? VAL A 667 ? PRO 2 662 VAL 2 667 1 ? 6 HELX_P HELX_P23 AC5 THR A 670 ? SER A 675 ? THR 2 670 SER 2 675 1 ? 6 HELX_P HELX_P24 AC6 GLU A 690 ? SER A 706 ? GLU 2 690 SER 2 706 1 ? 17 HELX_P HELX_P25 AC7 ASN A 739 ? GLU A 754 ? ASN 2 739 GLU 2 754 1 ? 16 HELX_P HELX_P26 AC8 PRO A 759 ? ILE A 774 ? PRO 2 759 ILE 2 774 1 ? 16 HELX_P HELX_P27 AC9 ASP A 782 ? SER A 797 ? ASP 2 782 SER 2 797 1 ? 16 HELX_P HELX_P28 AD1 THR A 806 ? ARG A 824 ? THR 2 806 ARG 2 824 1 ? 19 HELX_P HELX_P29 AD2 SER A 830 ? ASP A 847 ? SER 2 830 ASP 2 847 1 ? 18 HELX_P HELX_P30 AD3 LYS A 850 ? LEU A 866 ? LYS 2 850 LEU 2 866 1 ? 17 HELX_P HELX_P31 AD4 ALA B 19 ? PHE B 35 ? ALA 3 19 PHE 3 35 1 ? 17 HELX_P HELX_P32 AD5 THR B 36 ? ASN B 55 ? THR 3 36 ASN 3 55 1 ? 20 HELX_P HELX_P33 AD6 LEU B 100 ? ASP B 107 ? LEU 3 100 ASP 3 107 1 ? 8 HELX_P HELX_P34 AD7 ASP B 107 ? GLU B 117 ? ASP 3 107 GLU 3 117 1 ? 11 HELX_P HELX_P35 AD8 GLU B 117 ? ASP B 137 ? GLU 3 117 ASP 3 137 1 ? 21 HELX_P HELX_P36 AD9 ASN B 143 ? SER B 148 ? ASN 3 143 SER 3 148 1 ? 6 HELX_P HELX_P37 AE1 PHE B 161 ? ALA B 163 ? PHE 3 161 ALA 3 163 5 ? 3 HELX_P HELX_P38 AE2 THR B 172 ? LEU B 176 ? THR 3 172 LEU 3 176 5 ? 5 HELX_P HELX_P39 AE3 MET B 261 ? ALA B 265 ? MET 3 261 ALA 3 265 5 ? 5 HELX_P HELX_P40 AE4 THR B 343 ? SER B 354 ? THR 3 343 SER 3 354 1 ? 12 HELX_P HELX_P41 AE5 LYS B 355 ? LYS B 357 ? LYS 3 355 LYS 3 357 5 ? 3 HELX_P HELX_P42 AE6 ASP B 358 ? LEU B 367 ? ASP 3 358 LEU 3 367 1 ? 10 HELX_P HELX_P43 AE7 HIS B 374 ? MET B 386 ? 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'Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)' ? ? 2 3 ? ? 32630 ? ? 'synthetic construct' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain 1 2 ? 4932 'Saccharomyces cerevisiae' ? ? 2 3 ? 32630 'synthetic construct' ? ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 37 _em_image_recording.average_exposure_time 7 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 2 _em_image_recording.num_real_images 6682 # _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_name 'GIF Bioquantum' _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width 20 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ? _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 632000 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'SYMMETRY DETERMINATION' ? ? ? 1 1 1 2 'IMAGE ACQUISITION' ? 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