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RIPL ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP Q9RN43_PHOLU Q9RN43 ? 1 ;MNESVKEIPDVLKSQCGFNCLTDISHSSFNEFRQQVSEHLSWSETHDLYHDAQQAQKDNRLYEARILKRANPQLQNAVHL AILAPNAELIGYNNQFSGRASQYVAPGTVSSMFSPAAYLTELYREARNLHASDSVYYLDTRRPDLKSMALSQQNMDIELS TLSLSNELLLESIKTESKLENYTKVMEMLSTFRPSGATPYHDAYENVREVIQLQDPGLEQLNASPAIAGLMHQASLLGIN ASISPELFNILTEEITEGNAEELYKKNFGNIEPASLAMPEYLKRYYNLSDEELSQFIGKASNFGQQEYSNNQLITPVVNS SDGTVKVYRITREYTTNAYQMDVELFPFGGENYRLDYKFKNFYNASYLSIKLNDKRELVRTEGAPQVNIEYSANITLNTA DISQPFEIGLTRVLPSGSWAYAAAKFTVEEYNQYSFLLKLNKAIRLSRATELSPTILEGIVRSVNLQLDINTDVLGKVFL TKYYMQRYAIHAETALILCNAPISQRSYDNQPSQFDRLFNTPLLNGQYFSTGDEEIDLNSGSTGDWRKTILKRAFNIDDV SLFRLLKITDHDNKDGKIKNNLKNLSNLYIGKLLADIHQLTIDELDLLLIAVGEGKTNLSAISDKQLATLIRKLNTITSW LHTQKWSVFQLFIMTSTSYNKTLTPEIKNLLDTVYHGLQGFDKDKADLLHVMAPYIAATLQLSSENVAHSVLLWADKLQP GDGAMTAEKFWDWLNTKYTPGSSEAVETQEHIVQYCQALAQLEMVYHSTGINENAFRLFVTKPEMFGAATGAAPAHDALS LIMLTRFADWVNALGEKASSVLAAFEANSLTAEQLADAMNLDANLLLQASIQAQNHQHLPPVTPENAFSCWTSINTILQW VNVAQQLNVAPQGVSALVGLDYIQSMKETPTYAQWENAAGVLTAGLNSQQANTLHAFLDESRSAALSTYYIRQVAKAAAA IKSRDDLYQYLLIDNQVSAAIKTTRIAEAIASIQLYVNRALENVEENANSGVISRQFFIDWDKYNKRYSTWAGVSQLVYY PENYIDPTMRIGQTKMMDALLQSVSQSQLNADTVEDAFMSYLTSFEQVANLKVISAYHDNINNDQGLTYFIGLSETDAGE YYWRSVDHSKFNDGKFAANAWSEWHKIDCPINPYKSTIRPVIYKSRLYLLWLEQKEITKQTGNSKDGYQTETDYRYELKL AHIRYDGTWNTPITFDVNKKISELKLEKNRAPGLYCAGYQGEDTLLVMFYNQQDTLDSYKNASMQGLYIFADMASKDMTP EQSNVYRDNSYQQFDTNNVRRVNNRYAEDYEIPSSVSSRKDYGWGDYYLSMVYNGDIPTINYKAASSDLKIYISPKLRII HNGYEGQKRNQCNLMNKYGKLGDKFIVYTSLGVNPNNSSNKLMFYPVYQYSGNTSGLNQGRLLFHRDTTYPSKVEAWIPG AKRSLTNQNAAIGDDYATDSLNKPDDLKQYIFMTDSKGTATDVSGPVEINTAISPAKVQIIVKAGGKEQTFTADKDVSIQ PSPSFDEMNYQFNALEIDGSGLNFINNSASIDVTFTAFAEDGRKLGYESFSIPVTLKVSTDNALTLHHNENGAQYMQWQS YRTRLNTLFARQLVARATTGIDTILSMETQNIQEPQLGKGFYATFVIPPYNLSTHGDERWFKLYIKHVVDNNSHIIYSGQ LTDTNINITLFIPLDDVPLNQDYHAKVYMTFKKSPSDGTWWGPHFVRDDKGIVTINPKSILTHFESVNVLNNISSEPMDF SGANSLYFWELFYYTPMLVAQRLLHEQNFDEANRWLKYVWSPSGYIVHGQIQNYQWNVRPLLEDTSWNSDPLDSVDPDAV AQHDPMHYKVSTFMRTLDLLIARGDHAYRQLERDTLNEAKMWYMQALHLLGDKPYLPLSTTWSDPRLDRAADITTQNAHD SAIVALRQNIPTPAPLSLRSANTLTDLFLPQINEVMMNYWQTLAQRVYNLRHNLSIDGQPLYLPIYATPADPKALLSAAV ATSQGGGKLPESFMSLWRFPHMLENARGMVSQLTQFGSTLQNIIERQDAEALNALLQNQAAELILTNLSIQDKTIEELDA EKTVLEKSKAGAQSRFDSYGKLYDENINAGENQAMTLRASAAGLTTAVQASRLAGAAADLVPNIFGFAGGGSRWGAIAEA TGYVMEFSANVMNTEADKISQSETYRRRRQEWEIQRNNAEAELKQIDAQLKSLAVRREAAVLQKTSLKTQQEQTQSQLAF LQRKFSNQALYNWLRGRLAAIYFQFYDLAVARCLMAEQAYRWELNDDSARFIKPGAWQGTYAGLLAGETLMLSLAQMEDA HLKRDKRALEVERTVSLAEVYAGLPKDNGPFSLAQEIDKLVSQGSGSAGSGNNNLAFGAGTDTKTSLQASVSFADLKIRE DYPASLGKIRRIKQISVTLPALLGPYQDVQAILSYGDKAGLANGCEALAVSHGMNDSGQFQLDFNDGKFLPFEGIAIDQG TLTLSFPNASMPEKGKQATMLKTLNDIILHIRYTIK ; 1 2 UNP Q8GF99_PHOLU Q8GF99 ? 2 ;MQNSQDFSITELSLPKGGGAITGMGEALTPTGPDGMAALSLPLPISAGRGYAPAFTLNYNSGAGNSPFGLGWDCNVMTIR RRTHFGVPHYDETDTFLGPEGEVLVVADQPRDESTLQGINLGATFTVTGYRSRLESHFSRLEYWQPKTTGKTDFWLIYSP DGQVHLLGKSPQARISNPSQTTQTAQWLLEASVSSRGEQIYYQYRAEDDTGCEADEITHHLQATAQRYLHIVYYGNRTAS ETLPGLDGSAPSQADWLFYLVFDYGERSNNLKTPPAFSTTGSWLCRQDRFSRYEYGFEIRTRRLCRQVLMYHHLQALDSK ITEHNGPTLVSRLILNYDESAIASTLVFVRRVGHEQDGNVVTLPPLELAYQDFSPRHHAHWQPMDVLANFNAIQRWQLVD LKGEGLPGLLYQDKGAWWYRSAQRLGEIGSDAVTWEKMQPLSVIPSLQSNASLVDINGDGQLDWVITGPGLRGYHSQRPD GSWTRFTPLNALPVEYTHPRAQLADLMGAGLSDLVLIGPKSVRLYANTRDGFAKGKDVVQSGDITLPVPGADPRKLVAFS DVLGSGQAHLVEVSATKVTCWPNLGRGRFGQPITLPGFSQPATEFNPAQVYLADLDGSGPTDLIYVHTNRLDIFLNKSGN GFAEPVTLRFPEGLRFDHTCQLQMADVQGLGVASLILSVPHMSPHHWRCDLTNMKPWLLNEMNNNMGVHHTLRYRSSSQF WLDEKAAALTTGQTPVCYLPFPIHTLWQTETEDEISGNKLVTTLRYARGAWDGREREFRGFGYVEQTDSHQLAQGNAPER TPPALTKNWYATGLPVIDNALSTEYWRDDQAFAGFSPRFTTWQDNKDVPLTPEDDNSRYWFNRALKGQLLRSELYGLDDS TNKHVPYTVTEFRSQVRRLQHTDSRYPVLWSSVVESRNYHYERIASDPQCSQNITLSSDRFGQPLKQLSVQYPRRQQPAI NLYPDTLPDKLLANSYDDQQRQLRLTYQQSSWHHLTNNTVRVLGLPDSTRSDIFTYGAENVPAGGLNLELLSDKNSLIAD DKPREYLGQQKTAYTDGQNTTPLQTPTRQALIAFTETTVFNQSTLSAFNGSIPSDKLSTTLEQAGYQQTNYLFPRTGEDK VWVAHHGYTDYGTAAQFWRPQKQSNTQLTGKITLIWDANYCVVVQTRDAAGLTTSAKYDWRFLTPVQLTDINDNQHLITL DALGRPITLRFWGTENGKMTGYSSPEKASFSPPSDVNAAIELKKPLPVAQCQVYAPESWMPVLSQKTFNRLAEQDWQKLY NARIITEDGRICTLAYRRWVQSQKAIPQLISLLNNGPRLPPHSLTLTTDRYDHDPEQQIRQQVVFSDGFGRLLQAAARHE AGMARQRNEDGSLIINVQHTENRWAVTGRTEYDNKGQPIRTYQPYFLNDWRYVSNDSARQEKEAYADTHVYDPIGREIKV ITAKGWFRRTLFTPWFTVNEDENDTAAEVKKVKM ; 1 3 UNP Q8GF97_PHOLU Q8GF97 ? 2 ;MKNIDPKLYQKTPTVSVYDNRGLIIRNIDFHRTTANGDPDTRITRHQYDIHGHLNQSIDPRLYEAKQTNNTIKPNFLWQY DLTGNPLCTESIDAGRTVTLNDIEGRPLLTVTATGVIQTRQYETSSLPGRLLSVAEQTPEEKTSRITERLIWAGNTEAEK DHNLAGQCVRHYDTAGVTRLESLSLTGTVLSQSSQLLIDTQEANWTGDNETVWQNMLADDIYTTLSTFDATGALLTQTDA KGNIQRLAYDVAGQLNGSWLTLKGQTEQVIIKSLTYSAAGQKLREEHGNDVITEYSYEPETQRLIGIKTRRPSDTKVLQD LRYEYDPVGNVISIRNDAEATRFWHNQKVMPENTYTYDSLYQLISATGREMANIGQQSHQFPSPALPSDNNTYTNYTRTY TYDRGGNLTKIQHSSPATQNNYTTNITVSNRSNRAVLSTLTEDPAQVDALFDAGGHQNTLISGQNLNWNTRGELQQVTLV KRDKGANDDREWYRYSGDGRRMLKINEQQASNNAQTQRVTYLPNLELRLTQNSTATTEDLQVITVGEAGRAQVRVLHWES GKPEDIDNNQLRYSYDNLIGSSQLELDSEGQIISEEEYYPYGGTALWAARNQTEASYKTIRYSGKERDATGLYYYGYRYY QPWIGRWLSSDPAGTIDGLNLYRMVRNNPVTLLDPDGLMPTIAERIAALKKNKVTDSAPSPANATNVAINIRPPVAPKPS LPKASTSSQPTTHPIGAANIKPTTSGSSIVAPLSPVGNKSTSEISLPESAQSSSSSTTSTNLQKKSFTLYRADNRSFEEM QSKFPEGFKAWTPLDTKMARQFASIFIGQKDTSNLPKETVKNISTWGAKPKLKDLSNYIKYTKDKSTVWVSTAINTEAGG QSSGAPLHKIDMDLYEFAIDGQKLNPLPEGRTKNMVPSLLLDTPQIETSSIIALNHGPVNDAEISFLTTIPLKNVKPHKR ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6SUE A 1 ? 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UNP Q9RN43 GLN 904 conflict 904 4 5 6SUE GLU E 904 ? UNP Q9RN43 GLN 904 conflict 904 5 6 6SUE GLU F 543 ? UNP Q8GF99 ASP 543 conflict 543 6 6 6SUE PRO F 1475 ? UNP Q8GF99 ? ? linker 1475 7 6 6SUE GLY F 1476 ? UNP Q8GF99 ? ? linker 1476 8 6 6SUE SER F 1477 ? UNP Q8GF99 ? ? linker 1477 9 6 6SUE ARG F 1478 ? UNP Q8GF99 ? ? linker 1478 10 6 6SUE PRO F 1479 ? UNP Q8GF99 ? ? linker 1479 11 7 6SUE ALA F 2130 ? UNP Q8GF97 ASP 651 'engineered mutation' 2130 12 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6SUE _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 6SUE _struct.title 'Structure of Photorhabdus luminescens Tc holotoxin pore, Mutation TccC3-D651A' _struct.pdbx_descriptor 'TcdA1, TcdB2,TccC3' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6SUE _struct_keywords.text 'Complex, Holotoxin, Photorhabdus, Insecticidal, TOXIN' _struct_keywords.pdbx_keywords TOXIN # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 2 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 SER A 114 ? ARG A 127 ? SER A 114 ARG A 127 1 ? 14 HELX_P HELX_P2 AA2 TYR A 137 ? ARG A 142 ? TYR A 137 ARG A 142 1 ? 6 HELX_P HELX_P3 AA3 ASP A 144 ? MET A 148 ? ASP A 144 MET A 148 5 ? 5 HELX_P HELX_P4 AA4 GLN A 152 ? ILE A 157 ? GLN A 152 ILE A 157 1 ? 6 HELX_P HELX_P5 AA5 LEU A 162 ? GLU A 176 ? LEU A 162 GLU A 176 1 ? 15 HELX_P HELX_P6 AA6 SER A 177 ? 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