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_refine_hist.pdbx_number_atoms_carb ? _refine_hist.pdbx_pseudo_atom_details ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'X-RAY DIFFRACTION' ? 0.0066 ? 824 ? f_bond_d ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? 0.8135 ? 1112 ? f_angle_d ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? 0.0551 ? 125 ? f_chiral_restr ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? 0.0059 ? 150 ? f_plane_restr ? ? 'X-RAY DIFFRACTION' ? 10.0529 ? 708 ? f_dihedral_angle_d ? ? # loop_ _refine_ls_shell.pdbx_refine_id _refine_ls_shell.d_res_high _refine_ls_shell.d_res_low _refine_ls_shell.number_reflns_all _refine_ls_shell.number_reflns_obs _refine_ls_shell.number_reflns_R_free _refine_ls_shell.number_reflns_R_work _refine_ls_shell.percent_reflns_obs _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free _refine_ls_shell.R_factor_all _refine_ls_shell.R_factor_obs _refine_ls_shell.R_factor_R_free _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error _refine_ls_shell.R_factor_R_work _refine_ls_shell.redundancy_reflns_all _refine_ls_shell.redundancy_reflns_obs _refine_ls_shell.wR_factor_all _refine_ls_shell.wR_factor_obs _refine_ls_shell.wR_factor_R_free _refine_ls_shell.wR_factor_R_work _refine_ls_shell.pdbx_R_complete _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used _refine_ls_shell.pdbx_phase_error _refine_ls_shell.pdbx_fsc_work _refine_ls_shell.pdbx_fsc_free 'X-RAY DIFFRACTION' 1.86 2.00 . . 123 2376 95.97 . . . 0.3453 . 0.3128 . . . . . . . . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' 2.00 2.20 . . 130 2441 98.32 . . . 0.2397 . 0.2200 . . . . . . . . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' 2.20 2.52 . . 128 2491 99.36 . . . 0.2609 . 0.2094 . . . . . . . . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' 2.52 3.17 . . 133 2512 99.70 . . . 0.2752 . 0.2124 . . . . . . . . . . . 'X-RAY DIFFRACTION' 3.17 29.35 . . 137 2598 99.67 . . . 0.2072 . 0.1686 . . . . . . . . . . . # _struct.entry_id 6T36 _struct.title 'Crystal structure of the PTPN3 PDZ domain bound to the HBV core protein C-terminal peptide' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6T36 _struct_keywords.text 'PDZ domain, HBV core, HBV capsid, hepatitis B virus, PTPN3, PDZ-binding motif, HYDROLASE' _struct_keywords.pdbx_keywords HYDROLASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 4 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP PTN3_HUMAN P26045 ? 1 ;MTSRLRALGGRINNIRTSELPKEKTRSEVICSIHFLDGVVQTFKVTKQDTGQVLLDMVHNHLGVTEKEYFGLQHDDDSVD SPRWLEASKAIRKQLKGGFPCTLHFRVRFFIPDPNTLQQEQTRHLYFLQLKMDICEGRLTCPLNSAVVLASYAVQSHFGD YNSSIHHPGYLSDSHFIPDQNEDFLTKVESLHEQHSGLKQSEAESCYINIARTLDFYGVELHSGRDLHNLDLMIGIASAG VAVYRKYICTSFYPWVNILKISFKRKKFFIHQRQKQAESREHIVAFNMLNYRSCKNLWKSCVEHHTFFQAKKLLPQEKNV LSQYWTMGSRNTKKSVNNQYCKKVIGGMVWNPAMRRSLSVEHLETKSLPSRSPPITPNWRSPRLRHEIRKPRHSSADNLA NEMTYITETEDVFYTYKGSLAPQDSDSEVSQNRSPHQESLSENNPAQSYLTQKSSSSVSPSSNAPGSCSPDGVDQQLLDD FHRVTKGGSTEDASQYYCDKNDNGDSYLVLIRITPDEDGKFGFNLKGGVDQKMPLVVSRINPESPADTCIPKLNEGDQIV LINGRDISEHTHDQVVMFIKASRESHSRELALVIRRRAVRSFADFKSEDELNQLFPEAIFPMCPEGGDTLEGSMAQLKKG LESGTVLIQFEQLYRKKPGLAITFAKLPQNLDKNRYKDVLPYDTTRVLLQGNEDYINASYVNMEIPAANLVNKYIATQGP LPHTCAQFWQVVWDQKLSLIVMLTTLTERGRTKCHQYWPDPPDVMNHGGFHIQCQSEDCTIAYVSREMLVTNTQTGEEHT VTHLQYVAWPDHGVPDDSSDFLEFVNYVRSLRVDSEPVLVHCSAGIGRTGVLVTMETAMCLTERNLPIYPLDIVRKMRDQ RAMMVQTSSQYKFVCEAILRVYEEGLVQMLDPS ; 1 2 UNP A8D6S6_HBV A8D6S6 ? 2 ;MQLFHLCLIISCSCPTVQASKLCLGWLWGMDIDPYKEFGASVELLSFLPSDFFPSIRDLLDTASALYREALESPEHCSPH HTALRQAILCWGELMNLATWVGSNLEDPASRELVVSYVNVNMGLKIRQLLWFHISCLTFGRETVLEYLVSFGVWIRTPPA YRPQNAPILSTLPETTVVRRRGRSPRRRTPSPRRRRSQSPRRRRSQSRESQC ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6T36 A 1 ? 913 ? P26045 1 ? 913 ? 1 913 2 2 6T36 B 1 ? 212 ? A8D6S6 1 ? 212 ? -203 8 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 1160 ? 1 MORE 0 ? 1 'SSA (A^2)' 5960 ? # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support none _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 VAL A 529 ? LYS A 532 ? VAL A 529 LYS A 532 5 ? 4 HELX_P HELX_P2 AA2 SER A 544 ? CYS A 549 ? SER A 544 CYS A 549 1 ? 6 HELX_P HELX_P3 AA3 THR A 571 ? SER A 582 ? THR A 571 SER A 582 1 ? 12 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # _struct_mon_prot_cis.pdbx_id 1 _struct_mon_prot_cis.label_comp_id ILE _struct_mon_prot_cis.label_seq_id 550 _struct_mon_prot_cis.label_asym_id A _struct_mon_prot_cis.label_alt_id . _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code ? _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id ILE _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id 550 _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id A _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 551 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 A _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 ? _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 551 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 A _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num 1 _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle -2.50 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 4 ? AA2 ? 3 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 TYR A 507 ? ILE A 513 ? TYR A 507 ILE A 513 AA1 2 LEU A 590 ? ARG A 596 ? LEU A 590 ARG A 596 AA1 3 GLN A 558 ? ILE A 562 ? GLN A 558 ILE A 562 AA1 4 ARG A 565 ? ASP A 566 ? ARG A 565 ASP A 566 AA2 1 MET A 533 ? ILE A 540 ? MET A 533 ILE A 540 AA2 2 PHE A 523 ? GLY A 528 ? PHE A 523 GLY A 528 AA2 3 GLU B 209 ? CYS B 212 ? GLU B 5 CYS B 8 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N TYR A 507 ? N TYR A 507 O ARG A 596 ? O ARG A 596 AA1 2 3 O ARG A 595 ? O ARG A 595 N GLN A 558 ? N GLN A 558 AA1 3 4 N ILE A 562 ? N ILE A 562 O ARG A 565 ? O ARG A 565 AA2 1 2 O MET A 533 ? O MET A 533 N GLY A 528 ? N GLY A 528 AA2 2 3 N PHE A 523 ? N PHE A 523 O CYS B 212 ? O CYS B 8 # _struct_site.id AC1 _struct_site.pdbx_evidence_code Software _struct_site.pdbx_auth_asym_id A _struct_site.pdbx_auth_comp_id BR _struct_site.pdbx_auth_seq_id 1001 _struct_site.pdbx_auth_ins_code ? _struct_site.pdbx_num_residues 1 _struct_site.details 'binding site for residue BR A 1001' # _struct_site_gen.id 1 _struct_site_gen.site_id AC1 _struct_site_gen.pdbx_num_res 1 _struct_site_gen.label_comp_id LYS _struct_site_gen.label_asym_id A _struct_site_gen.label_seq_id 552 _struct_site_gen.pdbx_auth_ins_code ? _struct_site_gen.auth_comp_id LYS _struct_site_gen.auth_asym_id A _struct_site_gen.auth_seq_id 552 _struct_site_gen.label_atom_id . _struct_site_gen.label_alt_id ? _struct_site_gen.symmetry 1_555 _struct_site_gen.details ? # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 HIS A 586 ? ? -47.62 -70.14 2 1 ARG A 588 ? ? 58.88 9.27 # _pdbx_struct_special_symmetry.id 1 _pdbx_struct_special_symmetry.PDB_model_num 1 _pdbx_struct_special_symmetry.auth_asym_id B _pdbx_struct_special_symmetry.auth_comp_id HOH _pdbx_struct_special_symmetry.auth_seq_id 113 _pdbx_struct_special_symmetry.PDB_ins_code ? _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id E _pdbx_struct_special_symmetry.label_comp_id HOH _pdbx_struct_special_symmetry.label_seq_id . # loop_ _space_group_symop.id _space_group_symop.operation_xyz 1 x,y,z 2 -y,x-y,z+2/3 3 -x+y,-x,z+1/3 4 x-y,-y,-z+1/3 5 -x,-x+y,-z+2/3 6 y,x,-z # _pdbx_entry_details.entry_id 6T36 _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest N _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET 1 ? 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A LEU 36 37 1 Y 1 A ASP 37 ? A ASP 37 38 1 Y 1 A GLY 38 ? A GLY 38 39 1 Y 1 A VAL 39 ? A VAL 39 40 1 Y 1 A VAL 40 ? A VAL 40 41 1 Y 1 A GLN 41 ? A GLN 41 42 1 Y 1 A THR 42 ? A THR 42 43 1 Y 1 A PHE 43 ? A PHE 43 44 1 Y 1 A LYS 44 ? A LYS 44 45 1 Y 1 A VAL 45 ? A VAL 45 46 1 Y 1 A THR 46 ? A THR 46 47 1 Y 1 A LYS 47 ? A LYS 47 48 1 Y 1 A GLN 48 ? A GLN 48 49 1 Y 1 A ASP 49 ? A ASP 49 50 1 Y 1 A THR 50 ? A THR 50 51 1 Y 1 A GLY 51 ? A GLY 51 52 1 Y 1 A GLN 52 ? A GLN 52 53 1 Y 1 A VAL 53 ? A VAL 53 54 1 Y 1 A LEU 54 ? A LEU 54 55 1 Y 1 A LEU 55 ? A LEU 55 56 1 Y 1 A ASP 56 ? A ASP 56 57 1 Y 1 A MET 57 ? A MET 57 58 1 Y 1 A VAL 58 ? A VAL 58 59 1 Y 1 A HIS 59 ? A HIS 59 60 1 Y 1 A ASN 60 ? A ASN 60 61 1 Y 1 A HIS 61 ? A HIS 61 62 1 Y 1 A LEU 62 ? A LEU 62 63 1 Y 1 A GLY 63 ? A GLY 63 64 1 Y 1 A VAL 64 ? A VAL 64 65 1 Y 1 A THR 65 ? A THR 65 66 1 Y 1 A GLU 66 ? A GLU 66 67 1 Y 1 A LYS 67 ? A LYS 67 68 1 Y 1 A GLU 68 ? A GLU 68 69 1 Y 1 A TYR 69 ? A TYR 69 70 1 Y 1 A PHE 70 ? 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