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P . n # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details octadecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 18 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 46590 ? 1 MORE -200 ? 1 'SSA (A^2)' 201920 ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2020-01-15 2 'Structure model' 1 1 2020-02-19 3 'Structure model' 1 2 2020-07-29 4 'Structure model' 1 3 2022-03-30 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Database references' 2 3 'Structure model' 'Data collection' 3 4 'Structure model' 'Author supporting evidence' 4 4 'Structure model' 'Database references' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' citation 2 2 'Structure model' citation_author 3 3 'Structure model' em_imaging_optics 4 4 'Structure model' database_2 5 4 'Structure model' pdbx_audit_support # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_citation.journal_volume' 2 2 'Structure model' '_citation.page_first' 3 2 'Structure model' '_citation.page_last' 4 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_DOI' 5 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_PubMed' 6 2 'Structure model' '_citation.title' 7 2 'Structure model' '_citation_author.identifier_ORCID' 8 3 'Structure model' '_em_imaging_optics.chr_aberration_corrector' 9 3 'Structure model' '_em_imaging_optics.phase_plate' 10 3 'Structure model' '_em_imaging_optics.sph_aberration_corrector' 11 4 'Structure model' '_database_2.pdbx_DOI' 12 4 'Structure model' '_database_2.pdbx_database_accession' 13 4 'Structure model' '_pdbx_audit_support.funding_organization' # _em_3d_fitting.entry_id 6T63 _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.details ;Rigid body fitting was done in Chimera. Missing residues were built de novo in Coot. Refinement was performed iteratively in Phenix and Coot. ; _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_protocol OTHER _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.target_criteria 'Cross-correlation coefficient' _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id 1 _em_3d_fitting_list.id 1 _em_3d_fitting_list.details ? _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id ? _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range ? _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id 2EIA # _em_3d_reconstruction.entry_id 6T63 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages 1 _em_3d_reconstruction.num_particles 112929 _em_3d_reconstruction.resolution 3.8 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 6 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.details ;Gag construct was expressed in E.coli and purified using the SUMO-tag system. Assembly was performed at pH6. ; _em_entity_assembly.name 'Equine infectious anemia virus' _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type VIRUS _em_entity_assembly.entity_id_list 1 _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_image_scans.entry_id 6T63 _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.dimension_height 3838 _em_image_scans.dimension_width 3708 _em_image_scans.frames_per_image 21 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.used_frames_per_image ? _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 6T63 _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure 'ZEMLIN TABLEAU' _em_imaging.c2_aperture_diameter 50 _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.details nanoprobe _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_max -3500 _em_imaging.nominal_defocus_min -1500 _em_imaging.nominal_magnification 130000 _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details 20mA _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type C-flat-2/2 _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? # _em_virus_entity.entity_assembly_id 1 _em_virus_entity.empty YES _em_virus_entity.enveloped NO _em_virus_entity.virus_isolate OTHER _em_virus_entity.virus_type 'VIRUS-LIKE PARTICLE' _em_virus_entity.id 1 _em_virus_entity.virus_host_category ? _em_virus_entity.details ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature 15 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details '1-2 seconds blot time, offset -3mm' _em_vitrification.humidity 90 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK II' _em_vitrification.entry_id 6T63 _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 6T63 _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SUBTOMOGRAM AVERAGING' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 6T63 _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C2 # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 N J GLY 143 ? ? 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R SER 417 4774 1 Y 1 P VAL 418 ? R VAL 418 4775 1 Y 1 P PRO 419 ? R PRO 419 4776 1 Y 1 P LYS 420 ? R LYS 420 4777 1 Y 1 P ASN 421 ? R ASN 421 4778 1 Y 1 P GLY 422 ? R GLY 422 4779 1 Y 1 P LYS 423 ? R LYS 423 4780 1 Y 1 P GLN 424 ? R GLN 424 4781 1 Y 1 P GLY 425 ? R GLY 425 4782 1 Y 1 P ALA 426 ? R ALA 426 4783 1 Y 1 P GLN 427 ? R GLN 427 4784 1 Y 1 P GLY 428 ? R GLY 428 4785 1 Y 1 P ARG 429 ? R ARG 429 4786 1 Y 1 P PRO 430 ? R PRO 430 4787 1 Y 1 P GLN 431 ? R GLN 431 4788 1 Y 1 P LYS 432 ? R LYS 432 4789 1 Y 1 P GLN 433 ? R GLN 433 4790 1 Y 1 P THR 434 ? R THR 434 4791 1 Y 1 P PHE 435 ? R PHE 435 4792 1 Y 1 P PRO 436 ? R PRO 436 4793 1 Y 1 P ILE 437 ? R ILE 437 4794 1 Y 1 P GLN 438 ? R GLN 438 4795 1 Y 1 P GLN 439 ? R GLN 439 4796 1 Y 1 P LYS 440 ? R LYS 440 4797 1 Y 1 P SER 441 ? R SER 441 4798 1 Y 1 P GLN 442 ? R GLN 442 4799 1 Y 1 P HIS 443 ? R HIS 443 4800 1 Y 1 P ASN 444 ? R ASN 444 4801 1 Y 1 P LYS 445 ? R LYS 445 4802 1 Y 1 P SER 446 ? R SER 446 4803 1 Y 1 P VAL 447 ? R VAL 447 4804 1 Y 1 P VAL 448 ? R VAL 448 4805 1 Y 1 P GLN 449 ? R GLN 449 4806 1 Y 1 P GLU 450 ? R GLU 450 4807 1 Y 1 P THR 451 ? R THR 451 4808 1 Y 1 P PRO 452 ? R PRO 452 4809 1 Y 1 P GLN 453 ? R GLN 453 4810 1 Y 1 P THR 454 ? R THR 454 4811 1 Y 1 P GLN 455 ? R GLN 455 4812 1 Y 1 P ASN 456 ? R ASN 456 4813 1 Y 1 P LEU 457 ? R LEU 457 4814 1 Y 1 P TYR 458 ? R TYR 458 4815 1 Y 1 P PRO 459 ? R PRO 459 4816 1 Y 1 P ASP 460 ? R ASP 460 4817 1 Y 1 P LEU 461 ? R LEU 461 4818 1 Y 1 P SER 462 ? R SER 462 4819 1 Y 1 P GLU 463 ? R GLU 463 4820 1 Y 1 P ILE 464 ? R ILE 464 4821 1 Y 1 P LYS 465 ? R LYS 465 4822 1 Y 1 P LYS 466 ? R LYS 466 4823 1 Y 1 P GLU 467 ? R GLU 467 4824 1 Y 1 P TYR 468 ? R TYR 468 4825 1 Y 1 P ASN 469 ? R ASN 469 4826 1 Y 1 P VAL 470 ? R VAL 470 4827 1 Y 1 P LYS 471 ? R LYS 471 4828 1 Y 1 P GLU 472 ? R GLU 472 4829 1 Y 1 P LYS 473 ? R LYS 473 4830 1 Y 1 P ASP 474 ? R ASP 474 4831 1 Y 1 P GLN 475 ? R GLN 475 4832 1 Y 1 P VAL 476 ? R VAL 476 4833 1 Y 1 P GLU 477 ? R GLU 477 4834 1 Y 1 P ASP 478 ? R ASP 478 4835 1 Y 1 P LEU 479 ? R LEU 479 4836 1 Y 1 P ASN 480 ? R ASN 480 4837 1 Y 1 P LEU 481 ? R LEU 481 4838 1 Y 1 P ASP 482 ? R ASP 482 4839 1 Y 1 P SER 483 ? R SER 483 4840 1 Y 1 P LEU 484 ? R LEU 484 4841 1 Y 1 P TRP 485 ? R TRP 485 4842 1 Y 1 P GLU 486 ? R GLU 486 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 50 mM MES '2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid' 1 2 100 mM NaCl 'Sodium chloride' 1 3 2 mM TCEP 'tris(2-carboxyethyl)phosphine' # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details 'CTF-correction was performed using NOVACTF' # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.units ? _em_entity_assembly_molwt.value ? # _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 11665 _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Equine infectious anemia virus' _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? # _em_entity_assembly_recombinant.id 2 _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_recombinant.cell ? _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 562 _em_entity_assembly_recombinant.organism 'Escherichia coli' _em_entity_assembly_recombinant.plasmid ? _em_entity_assembly_recombinant.strain BL21 # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ;Tilt series were low-pass filtered according to their cumulative dose using exposure filters that were calculated using an exposure-dependent amplitude attenuation function and critical exposure constants (as published in Grant & Grigorieff, Elife, 2015). Tilt series were aligned and reconstructed in IMOD. ; # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 3.4 _em_image_recording.average_exposure_time 1.4 _em_image_recording.details 'Data was acquired using a dose-symmetric tilt acquisition scheme, as described in Hagen et al, 2017, J. Struct. Biol, 197(2):191-8' _em_image_recording.detector_mode SUPER-RESOLUTION _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images ? # _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_name 'GIF Quantum LS' _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width 20 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'VOLUME SELECTION' 'partially based on the TOM toolbox' MATLAB ? 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? SerialEM ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? CTFFIND 4 1 ? ? 5 'CTF CORRECTION' ? NOVACTF ? 1 ? ? 6 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 8 'MODEL FITTING' 'Chimera was used to perform a rigid body fitting of one monomer of 2EIA into the electron microscopy density' 'UCSF Chimera' ? ? 1 ? 9 'MODEL FITTING' 'The last residues of CA and the first residues of SP (T347-L359) were manually built in Coot' Coot ? ? 1 ? 10 OTHER ? ? ? ? ? ? 11 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 12 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? AV3 ? 1 ? ? 13 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? 'TOM Toolbox' ? 1 ? ? 14 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 15 RECONSTRUCTION ? AV3 ? 1 ? ? 16 RECONSTRUCTION ? 'TOM Toolbox' ? 1 ? ? 17 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX ? ? 1 ? 18 'MODEL REFINEMENT' ? Coot ? ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details 'Virus-like-particles (tubular) of EIAV Gag deltaMAdeltap9 (referred to as Gag deltaMA) assembled at pH6.' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _em_virus_natural_host.id 1 _em_virus_natural_host.entity_assembly_id 1 _em_virus_natural_host.ncbi_tax_id 9796 _em_virus_natural_host.organism 'Equus caballus' _em_virus_natural_host.strain ? # _em_virus_shell.id 1 _em_virus_shell.entity_assembly_id 1 _em_virus_shell.diameter 350 _em_virus_shell.name Capsid _em_virus_shell.triangulation ? # _em_volume_selection.id 1 _em_volume_selection.details ;Subtomogram extraction positions were defined in Amira using the electron microscopy toolbox by determing the radii and the spline of the VLPs. Initially, positions were oversampled and subsequently cleaned during alignments using cross-correlation and distance thresholds. ; _em_volume_selection.image_processing_id 1 _em_volume_selection.method 'Subvolumes were defined according to their position on the VLPs' _em_volume_selection.num_tomograms 56 _em_volume_selection.num_volumes_extracted 357324 _em_volume_selection.reference_model ? # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Austrian Science Fund' Austria P31445 1 'National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)' 'United States' R01-AI147890 2 'National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)' 'United States' R01-GM107013 3 'National Science Foundation (United States)' 'United States' 1659534 4 'National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)' 'United States' P30-GM110758 5 'National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)' 'United States' P50AI150481 6 'National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)' 'United States' AI142263 7 'European Research Council' 'United Kingdom' 'ERC-2014-CoG 648432 - MEMBRANEFUSION' 8 'Medical Research Council (United Kingdom)' 'United Kingdom' MC_UP_1201/16 9 'German Research Foundation' Germany 'BR 3635/2-1' 10 # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support none _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? #