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'Taipale, J.' 4 0000-0003-4204-0951 'Cramer, P.' 5 0000-0001-5454-7755 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Nature _citation.journal_id_ASTM NATUAS _citation.journal_id_CSD 0006 _citation.journal_id_ISSN 1476-4687 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 580 _citation.language ? _citation.page_first 669 _citation.page_last 672 _citation.title 'Nucleosome-bound SOX2 and SOX11 structures elucidate pioneer factor function.' _citation.year 2020 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41586-020-2195-y _citation.pdbx_database_id_PubMed 32350470 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Dodonova, S.O.' 1 ? primary 'Zhu, F.' 2 ? primary 'Dienemann, C.' 3 ? primary 'Taipale, J.' 4 ? primary 'Cramer, P.' 5 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 6T7A _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6T7A _symmetry.cell_setting ? 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TAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; C,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; D,H ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DT)(DC)(DC)(DG) (DA)(DT)(DC)(DT)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DA)(DG) (DC)(DG)(DT)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DT)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT) (DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT) (DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DC)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DA)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DA) (DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCTACACGACGCTCTTCCGATCTAATTTATGTTTGTTAGCGTTATACTATTCTAATTCTTTGTTTCGGTGGTATTGTTT ATTTTGTTCCTTTGTGCGTTCAGCTTAATGCCTAACGACACTCGGAGATCGGAAGAGCACACGTGAT ; I ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DT) (DC)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DT)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DT) (DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DG)(DG)(DA) (DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DC)(DA)(DC)(DC) (DG)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DA)(DG) (DT)(DA)(DT)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DT)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DT)(DA)(DA) (DA)(DT)(DT)(DA)(DG)(DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DT)(DC)(DG) (DT)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCACGTGTGCTCTTCCGATCTCCGAGTGTCGTTAGGCATTAAGCTGAACGCACAAAGGAACAAAATAAACAATACCACC GAAACAAAGAATTAGAATAGTATAACGCTAACAAACATAAATTAGATCGGAAGAGCGTCGTGTAGAT ; J ? 7 'polypeptide(L)' no no ;SNAALDESDPDWCKTASGHIKRPMNAFMVWSKIERRKIMEQSPDMHNAEISKRLGKRWKMLKDSEKIPFIREAERLRLKH MADYPDYKYRPRKKPKMDPSAKPSASQSP ; ;SNAALDESDPDWCKTASGHIKRPMNAFMVWSKIERRKIMEQSPDMHNAEISKRLGKRWKMLKDSEKIPFIREAERLRLKH MADYPDYKYRPRKKPKMDPSAKPSASQSP ; K ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ALA n 1 3 ARG n 1 4 THR n 1 5 LYS n 1 6 GLN n 1 7 THR n 1 8 ALA n 1 9 ARG n 1 10 LYS n 1 11 SER n 1 12 THR n 1 13 GLY n 1 14 GLY n 1 15 LYS n 1 16 ALA n 1 17 PRO n 1 18 ARG n 1 19 LYS n 1 20 GLN n 1 21 LEU n 1 22 ALA n 1 23 THR n 1 24 LYS n 1 25 ALA n 1 26 ALA n 1 27 ARG n 1 28 LYS n 1 29 SER n 1 30 ALA n 1 31 PRO n 1 32 ALA n 1 33 THR n 1 34 GLY n 1 35 GLY n 1 36 VAL n 1 37 LYS n 1 38 LYS n 1 39 PRO n 1 40 HIS n 1 41 ARG n 1 42 TYR n 1 43 ARG n 1 44 PRO n 1 45 GLY n 1 46 THR n 1 47 VAL n 1 48 ALA n 1 49 LEU n 1 50 ARG n 1 51 GLU n 1 52 ILE n 1 53 ARG n 1 54 ARG n 1 55 TYR n 1 56 GLN n 1 57 LYS n 1 58 SER n 1 59 THR n 1 60 GLU n 1 61 LEU n 1 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The grids were blotted from both sides for 5-10 seconds at 16*C in a chamber at 100% humidity and plunge-frozen into liquid ethane using a manual plunger. ; _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.entry_id 6T7A _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 6T7A _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 6T7A _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 CG E GLU 73 ? ? 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J DC 136 356 1 Y 1 J DG 135 ? J DG 137 357 1 Y 1 J DT 136 ? J DT 138 358 1 Y 1 J DC 137 ? J DC 139 359 1 Y 1 J DG 138 ? J DG 140 360 1 Y 1 J DT 139 ? J DT 141 361 1 Y 1 J DG 140 ? J DG 142 362 1 Y 1 J DT 141 ? J DT 143 363 1 Y 1 J DA 142 ? J DA 144 364 1 Y 1 J DG 143 ? J DG 145 365 1 Y 1 J DA 144 ? J DA 146 366 1 Y 1 J DT 145 ? J DT 147 367 1 Y 1 K SER 30 ? K SER 1 368 1 Y 1 K ASN 31 ? K ASN 2 369 1 Y 1 K ALA 32 ? K ALA 3 370 1 Y 1 K ALA 33 ? K ALA 4 371 1 Y 1 K LEU 34 ? K LEU 5 372 1 Y 1 K ASP 35 ? K ASP 6 373 1 Y 1 K GLU 36 ? K GLU 7 374 1 Y 1 K SER 37 ? K SER 8 375 1 Y 1 K ASP 38 ? K ASP 9 376 1 Y 1 K PRO 39 ? K PRO 10 377 1 Y 1 K ASP 40 ? K ASP 11 378 1 Y 1 K TRP 41 ? K TRP 12 379 1 Y 1 K CYS 42 ? K CYS 13 380 1 Y 1 K LYS 43 ? K LYS 14 381 1 Y 1 K THR 44 ? K THR 15 382 1 Y 1 K ALA 45 ? K ALA 16 383 1 Y 1 K LYS 123 ? K LYS 94 384 1 Y 1 K PRO 124 ? K PRO 95 385 1 Y 1 K LYS 125 ? K LYS 96 386 1 Y 1 K MET 126 ? K MET 97 387 1 Y 1 K ASP 127 ? K ASP 98 388 1 Y 1 K PRO 128 ? 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DTT # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.units MEGADALTONS _em_entity_assembly_molwt.value 0.218 # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_naturalsource.organ _em_entity_assembly_naturalsource.organelle _em_entity_assembly_naturalsource.organism _em_entity_assembly_naturalsource.strain _em_entity_assembly_naturalsource.tissue 2 2 ? ? 9606 ? ? 'Homo sapiens' ? ? 3 3 ? ? 32630 ? ? 'synthetic construct' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain 2 2 ? 562 'Escherichia coli' ? ? 3 3 ? 32630 'synthetic construct' ? ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 1.125 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images ? # _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_name 'GIF Bioquantum' _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width 30 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? Gautomatch ? 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? EPU ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? Gctf ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? ? ? ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION ? 1 ? ? 10 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION ? 1 ? ? 11 CLASSIFICATION ? RELION ? 1 ? ? 12 RECONSTRUCTION ? RELION ? 1 ? ? 13 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX ? ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.15 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _em_volume_selection.id 1 _em_volume_selection.details '1733 vesicles and near-complete buds were picked from 61 tomograms. Subtomograms were extracted from the surface of the vesicles.' _em_volume_selection.image_processing_id 1 _em_volume_selection.method ? _em_volume_selection.num_tomograms 54 _em_volume_selection.num_volumes_extracted 2547 _em_volume_selection.reference_model ? # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 6T7A 'double helix' 6T7A 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 I DC 23 1_555 J DG 125 1_555 0.160 -0.266 -0.790 -4.149 -1.551 0.111 1 I_DC23:DG123_J I 23 ? J 123 ? 19 1 1 I DT 24 1_555 J DA 124 1_555 -0.024 -0.206 -0.581 -2.871 -6.133 1.523 2 I_DT24:DA122_J I 24 ? J 122 ? 20 1 1 I DA 25 1_555 J DT 123 1_555 0.090 -0.390 -1.211 -2.554 -13.953 4.403 3 I_DA25:DT121_J I 25 ? J 121 ? 20 1 1 I DA 26 1_555 J DT 122 1_555 0.046 -0.550 -1.393 -2.893 -9.790 12.543 4 I_DA26:DT120_J I 26 ? J 120 ? 20 1 1 I DT 27 1_555 J DA 121 1_555 -0.069 -1.022 -1.851 -13.939 -15.768 15.422 5 I_DT27:DA119_J I 27 ? J 119 ? 20 1 1 I DT 28 1_555 J DA 120 1_555 -0.182 -0.681 -1.461 -14.184 -1.604 0.052 6 I_DT28:DA118_J I 28 ? J 118 ? 20 1 1 I DT 29 1_555 J DA 119 1_555 -0.081 -0.250 -0.447 -6.315 9.834 0.580 7 I_DT29:DA117_J I 29 ? J 117 ? 20 1 1 I DA 30 1_555 J DT 118 1_555 0.064 -0.163 -0.662 -10.421 2.789 0.938 8 I_DA30:DT116_J I 30 ? J 116 ? 20 1 1 I DT 31 1_555 J DA 117 1_555 -0.002 -0.149 0.159 -1.833 8.853 -0.470 9 I_DT31:DA115_J I 31 ? J 115 ? 20 1 1 I DG 32 1_555 J DC 116 1_555 -0.203 -0.133 -0.115 -7.894 -4.879 1.869 10 I_DG32:DC114_J I 32 ? J 114 ? 19 1 1 I DT 33 1_555 J DA 115 1_555 -0.035 -0.217 0.060 1.123 -5.495 2.411 11 I_DT33:DA113_J I 33 ? J 113 ? 20 1 1 I DT 34 1_555 J DA 114 1_555 -0.051 -0.295 0.306 0.261 -7.501 -0.386 12 I_DT34:DA112_J I 34 ? J 112 ? 20 1 1 I DT 35 1_555 J DA 113 1_555 -0.092 -0.207 0.193 4.514 -5.675 3.819 13 I_DT35:DA111_J I 35 ? J 111 ? 20 1 1 I DG 36 1_555 J DC 112 1_555 -0.213 -0.126 -0.064 3.734 -11.650 1.020 14 I_DG36:DC110_J I 36 ? J 110 ? 19 1 1 I DT 37 1_555 J DA 111 1_555 -0.115 -0.309 -0.892 -5.403 -18.051 0.633 15 I_DT37:DA109_J I 37 ? J 109 ? 20 1 1 I DT 38 1_555 J DA 110 1_555 -0.136 -0.232 -0.640 -6.923 -12.654 4.842 16 I_DT38:DA108_J I 38 ? J 108 ? 20 1 1 I DA 39 1_555 J DT 109 1_555 0.274 -0.408 -1.487 -17.865 -4.595 -2.904 17 I_DA39:DT107_J I 39 ? J 107 ? 20 1 1 I DG 40 1_555 J DC 108 1_555 -0.153 -0.215 -0.954 -10.906 3.025 -0.520 18 I_DG40:DC106_J I 40 ? J 106 ? 19 1 1 I DC 41 1_555 J DG 107 1_555 0.176 -0.210 -0.535 3.768 2.664 -0.923 19 I_DC41:DG105_J I 41 ? 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