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EMDB EMD-10394 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2020-04-29 2 'Structure model' 1 1 2020-05-13 3 'Structure model' 1 2 2024-05-22 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Database references' 2 3 'Structure model' 'Data collection' 3 3 'Structure model' 'Database references' 4 3 'Structure model' 'Refinement description' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' citation 2 2 'Structure model' citation_author 3 3 'Structure model' chem_comp_atom 4 3 'Structure model' chem_comp_bond 5 3 'Structure model' database_2 6 3 'Structure model' em_3d_fitting_list 7 3 'Structure model' pdbx_initial_refinement_model # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_citation.journal_volume' 2 2 'Structure model' '_citation.page_first' 3 2 'Structure model' '_citation.page_last' 4 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_PubMed' 5 2 'Structure model' '_citation.title' 6 2 'Structure model' '_citation_author.identifier_ORCID' 7 3 'Structure model' '_database_2.pdbx_DOI' 8 3 'Structure model' '_database_2.pdbx_database_accession' 9 3 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.accession_code' 10 3 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id' 11 3 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.source_name' 12 3 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.type' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 6T7D _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2019-10-21 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Structure of human Sox11 transcription factor in complex with a nucleosome' _pdbx_database_related.db_id EMD-10394 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Dodonova, S.O.' 1 0000-0002-5002-8138 'Zhu, F.' 2 ? 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_citation_author.identifier_ORCID primary 'Dodonova, S.O.' 1 ? primary 'Zhu, F.' 2 ? primary 'Dienemann, C.' 3 ? primary 'Taipale, J.' 4 ? primary 'Cramer, P.' 5 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Histone H3.2' 15389.036 2 ? ? ? ? 2 polymer man 'Histone H4' 11394.426 2 ? ? ? ? 3 polymer man 'Histone H2A type 1-B/E' 16707.277 2 ? ? ? ? 4 polymer man 'Histone H2B type 1-K' 13921.213 2 ? ? ? ? 5 polymer syn 'DNA (151-MER)' 46412.582 1 ? ? ? ? 6 polymer syn 'DNA (151-MER)' 46785.098 1 ? ? ? ? 7 polymer man 'Transcription factor SOX-11' 12856.941 1 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'Histone H3/m,Histone H3/o' 3 'Histone H2A.2,Histone H2A/a,Histone H2A/m' 4 'H2B K,HIRA-interacting protein 1' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage 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TAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; C,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; D,H ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DT)(DC) (DC)(DG)(DA)(DT)(DC)(DT)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT) (DA)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DT)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DA)(DA)(DT)(DT) (DC)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DG)(DT) (DT)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DC)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG) (DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DA)(DA)(DC)(DG)(DA) (DC)(DA)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC) (DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCCCTACACGACGCTCTTCCGATCTAATTTATGTTTGTTAGCGTTATACTATTCTAATTCTTTGTTTCGGTGGTATTGT TTATTTTGTTCCTTTGTGCGTTCAGCTTAATGCCTAACGACACTCGGAGATCGGAAGAGCACACGTCTGAT ; I ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DT)(DC)(DC)(DG) (DA)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DT)(DA)(DG)(DG)(DC) (DA)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DG) (DG)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DC)(DA) (DC)(DC)(DG)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT) (DA)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DT)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DT) (DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DA)(DG)(DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DT) (DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCAGACGTGTGCTCTTCCGATCTCCGAGTGTCGTTAGGCATTAAGCTGAACGCACAAAGGAACAAAATAAACAATACCA CCGAAACAAAGAATTAGAATAGTATAACGCTAACAAACATAAATTAGATCGGAAGAGCGTCGTGTAGGGAT ; J ? 7 'polypeptide(L)' no no ;SNAALDESDPDWCKTASGHIKRPMNAFMVWSKIERRKIMEQSPDMHNAEISKRLGKRWKMLKDSEKIPFIREAERLRLKH MADYPDYKYRPRKKPKMDPSAKPSASQSP ; ;SNAALDESDPDWCKTASGHIKRPMNAFMVWSKIERRKIMEQSPDMHNAEISKRLGKRWKMLKDSEKIPFIREAERLRLKH MADYPDYKYRPRKKPKMDPSAKPSASQSP ; K ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ALA n 1 3 ARG n 1 4 THR n 1 5 LYS n 1 6 GLN n 1 7 THR n 1 8 ALA n 1 9 ARG n 1 10 LYS n 1 11 SER n 1 12 THR n 1 13 GLY n 1 14 GLY n 1 15 LYS n 1 16 ALA n 1 17 PRO n 1 18 ARG n 1 19 LYS n 1 20 GLN n 1 21 LEU n 1 22 ALA n 1 23 THR n 1 24 LYS n 1 25 ALA n 1 26 ALA n 1 27 ARG n 1 28 LYS n 1 29 SER n 1 30 ALA n 1 31 PRO n 1 32 ALA n 1 33 THR n 1 34 GLY n 1 35 GLY n 1 36 VAL n 1 37 LYS n 1 38 LYS n 1 39 PRO n 1 40 HIS n 1 41 ARG n 1 42 TYR n 1 43 ARG n 1 44 PRO n 1 45 GLY n 1 46 THR n 1 47 VAL n 1 48 ALA n 1 49 LEU n 1 50 ARG n 1 51 GLU n 1 52 ILE 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I DT 113 J DA 33 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog271 hydrog ? ? I DT 115 O4 ? ? ? 1_555 J DA 37 N6 ? ? I DT 113 J DA 33 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog272 hydrog ? ? I DT 115 N3 ? ? ? 1_555 J DG 38 O6 ? ? I DT 113 J DG 34 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? ? hydrog273 hydrog ? ? I DT 115 O2 ? ? ? 1_555 J DG 38 N1 ? ? I DT 113 J DG 34 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? ? hydrog274 hydrog ? ? I DA 116 N1 ? ? ? 1_555 J DT 36 N3 ? ? I DA 114 J DT 32 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog275 hydrog ? ? I DA 116 N6 ? ? ? 1_555 J DT 36 O4 ? ? I DA 114 J DT 32 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog276 hydrog ? ? I DA 117 N1 ? ? ? 1_555 J DT 35 N3 ? ? I DA 115 J DT 31 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog277 hydrog ? ? I DA 117 N6 ? ? ? 1_555 J DT 35 O4 ? ? I DA 115 J DT 31 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog278 hydrog ? ? I DC 118 N3 ? ? ? 1_555 J DG 34 N1 ? ? I DC 116 J DG 30 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog279 hydrog ? ? I DC 118 N4 ? ? ? 1_555 J DG 34 O6 ? ? I DC 116 J DG 30 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog280 hydrog ? ? I DC 118 O2 ? ? ? 1_555 J DG 34 N2 ? ? I DC 116 J DG 30 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog281 hydrog ? ? I DG 119 N1 ? ? ? 1_555 J DC 33 N3 ? ? I DG 117 J DC 29 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog282 hydrog ? ? I DG 119 N2 ? ? ? 1_555 J DC 33 O2 ? ? I DG 117 J DC 29 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog283 hydrog ? ? I DG 119 O6 ? ? ? 1_555 J DC 33 N4 ? ? I DG 117 J DC 29 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? # _struct_conn_type.id hydrog _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 2 ? 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GLY H 50 ILE H 51 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N ARG A 84 ? N ARG A 83 O VAL B 82 ? O VAL B 81 AA2 1 2 N ILE A 120 ? N ILE A 119 O ARG B 46 ? O ARG B 45 AA3 1 2 N ARG C 64 ? N ARG C 42 O ILE D 90 ? O ILE D 86 AA4 1 2 N ILE C 100 ? N ILE C 78 O GLY D 54 ? O GLY D 50 AA5 1 2 N ARG E 84 ? N ARG E 83 O VAL F 82 ? O VAL F 81 AA6 1 2 N ILE E 120 ? N ILE E 119 O ARG F 46 ? O ARG F 45 AA7 1 2 N ARG G 64 ? N ARG G 42 O ILE H 90 ? O ILE H 86 AA8 1 2 N ILE G 100 ? N ILE G 78 O GLY H 54 ? O GLY H 50 # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 N3 I DC 2 ? ? N1 J DG 145 ? ? 2.11 2 1 O2 I DC 2 ? ? 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'Structure of human Sox11 transcription factor in complex with a nucleosome' 'MULTIPLE SOURCES' COMPLEX '1, 2, 3, 4, 5, 6, 7' ? ? 2 1 ? 'Histone H2A type 1, H2B type 1-K, H3.2, H4, and Transcription factor SOX-11' RECOMBINANT COMPLEX '1, 2, 3, 4, 7' ? ? 3 1 ? DNA RECOMBINANT COMPLEX '5, 6' ? ? # _em_image_scans.entry_id 6T7D _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.dimension_height ? _em_image_scans.dimension_width ? _em_image_scans.frames_per_image 40 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.used_frames_per_image ? _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 6T7D _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure 'COMA FREE' _em_imaging.c2_aperture_diameter 100 _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.details ;At least 50% of the data were collected at 25* stage tilt in order to partially compensate for preferred orientation of particles on the grid, and to improve angular distribution. ; _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_max 3500 _em_imaging.nominal_defocus_min 1000 _em_imaging.nominal_magnification 130000 _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details '0.39 mB, 25 mA' _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R2/1' _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? # _em_virus_entity.entity_assembly_id 1 _em_virus_entity.empty NO _em_virus_entity.enveloped NO _em_virus_entity.virus_isolate OTHER _em_virus_entity.virus_type 'VIRUS-LIKE PARTICLE' _em_virus_entity.id 1 _em_virus_entity.virus_host_category ? _em_virus_entity.details ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature 289 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details ;The sample was applied onto glow-discharged Quantifoil holey carbon grids. The grids were blotted from both sides for 5-10 seconds at 16*C in a chamber at 100% humidity and plunge-frozen into liquid ethane using a manual plunger. ; _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.entry_id 6T7D _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 6T7D _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 6T7D _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET 0 ? A MET 1 2 1 Y 1 A ALA 1 ? A ALA 2 3 1 Y 1 A ARG 2 ? A ARG 3 4 1 Y 1 A THR 3 ? A THR 4 5 1 Y 1 A LYS 4 ? A LYS 5 6 1 Y 1 A GLN 5 ? A GLN 6 7 1 Y 1 A THR 6 ? A THR 7 8 1 Y 1 A ALA 7 ? A ALA 8 9 1 Y 1 A ARG 8 ? A ARG 9 10 1 Y 1 A LYS 9 ? A LYS 10 11 1 Y 1 A SER 10 ? A SER 11 12 1 Y 1 A THR 11 ? A THR 12 13 1 Y 1 A GLY 12 ? A GLY 13 14 1 Y 1 A GLY 13 ? A GLY 14 15 1 Y 1 A LYS 14 ? A LYS 15 16 1 Y 1 A ALA 15 ? A ALA 16 17 1 Y 1 A PRO 16 ? A PRO 17 18 1 Y 1 A ARG 17 ? A ARG 18 19 1 Y 1 A LYS 18 ? A LYS 19 20 1 Y 1 A GLN 19 ? A GLN 20 21 1 Y 1 A LEU 20 ? A LEU 21 22 1 Y 1 A ALA 21 ? A ALA 22 23 1 Y 1 A THR 22 ? A THR 23 24 1 Y 1 A LYS 23 ? A LYS 24 25 1 Y 1 A ALA 24 ? A ALA 25 26 1 Y 1 A ALA 25 ? A ALA 26 27 1 Y 1 A ARG 26 ? A ARG 27 28 1 Y 1 A LYS 27 ? A LYS 28 29 1 Y 1 A SER 28 ? A SER 29 30 1 Y 1 A ALA 29 ? A ALA 30 31 1 Y 1 A PRO 30 ? A PRO 31 32 1 Y 1 A ALA 31 ? A ALA 32 33 1 Y 1 A THR 32 ? A THR 33 34 1 Y 1 A GLY 33 ? A GLY 34 35 1 Y 1 A GLY 34 ? A GLY 35 36 1 Y 1 A VAL 35 ? A VAL 36 37 1 Y 1 A LYS 36 ? A LYS 37 38 1 Y 1 A ALA 135 ? A ALA 136 39 1 Y 1 B MET 0 ? B MET 1 40 1 Y 1 B SER 1 ? B SER 2 41 1 Y 1 B GLY 2 ? B GLY 3 42 1 Y 1 B ARG 3 ? B ARG 4 43 1 Y 1 B GLY 4 ? B GLY 5 44 1 Y 1 B LYS 5 ? B LYS 6 45 1 Y 1 B GLY 6 ? B GLY 7 46 1 Y 1 B GLY 7 ? B GLY 8 47 1 Y 1 B LYS 8 ? B LYS 9 48 1 Y 1 B GLY 9 ? B GLY 10 49 1 Y 1 B LEU 10 ? B LEU 11 50 1 Y 1 B GLY 11 ? B GLY 12 51 1 Y 1 B LYS 12 ? B LYS 13 52 1 Y 1 B GLY 13 ? B GLY 14 53 1 Y 1 B GLY 14 ? B GLY 15 54 1 Y 1 B ALA 15 ? B ALA 16 55 1 Y 1 B LYS 16 ? B LYS 17 56 1 Y 1 B ARG 17 ? B ARG 18 57 1 Y 1 B GLY 102 ? B GLY 103 58 1 Y 1 C MET -21 ? C MET 1 59 1 Y 1 C GLY -20 ? C GLY 2 60 1 Y 1 C SER -19 ? C SER 3 61 1 Y 1 C SER -18 ? C SER 4 62 1 Y 1 C HIS -17 ? C HIS 5 63 1 Y 1 C HIS -16 ? C HIS 6 64 1 Y 1 C HIS -15 ? C HIS 7 65 1 Y 1 C HIS -14 ? C HIS 8 66 1 Y 1 C HIS -13 ? C HIS 9 67 1 Y 1 C HIS -12 ? C HIS 10 68 1 Y 1 C GLU -11 ? C GLU 11 69 1 Y 1 C ASN -10 ? C ASN 12 70 1 Y 1 C LEU -9 ? C LEU 13 71 1 Y 1 C TYR -8 ? C TYR 14 72 1 Y 1 C PHE -7 ? C PHE 15 73 1 Y 1 C GLN -6 ? C GLN 16 74 1 Y 1 C SER -5 ? C SER 17 75 1 Y 1 C ASN -4 ? C ASN 18 76 1 Y 1 C ALA -3 ? C ALA 19 77 1 Y 1 C PRO -2 ? C PRO 20 78 1 Y 1 C TRP -1 ? C TRP 21 79 1 Y 1 C MET 0 ? C MET 22 80 1 Y 1 C SER 1 ? C SER 23 81 1 Y 1 C GLY 2 ? C GLY 24 82 1 Y 1 C ARG 3 ? C ARG 25 83 1 Y 1 C GLY 4 ? C GLY 26 84 1 Y 1 C LYS 5 ? C LYS 27 85 1 Y 1 C GLN 6 ? C GLN 28 86 1 Y 1 C GLY 7 ? C GLY 29 87 1 Y 1 C GLY 8 ? C GLY 30 88 1 Y 1 C LYS 119 ? C LYS 141 89 1 Y 1 C THR 120 ? C THR 142 90 1 Y 1 C GLU 121 ? C GLU 143 91 1 Y 1 C SER 122 ? C SER 144 92 1 Y 1 C HIS 123 ? C HIS 145 93 1 Y 1 C HIS 124 ? C HIS 146 94 1 Y 1 C LYS 125 ? C LYS 147 95 1 Y 1 C ALA 126 ? C ALA 148 96 1 Y 1 C LYS 127 ? C LYS 149 97 1 Y 1 C GLY 128 ? C GLY 150 98 1 Y 1 C LYS 129 ? C LYS 151 99 1 Y 1 D MET -3 ? D MET 1 100 1 Y 1 D PRO -2 ? D PRO 2 101 1 Y 1 D GLU -1 ? D GLU 3 102 1 Y 1 D PRO 0 ? D PRO 4 103 1 Y 1 D ALA 1 ? D ALA 5 104 1 Y 1 D LYS 2 ? D LYS 6 105 1 Y 1 D SER 3 ? D SER 7 106 1 Y 1 D ALA 4 ? D ALA 8 107 1 Y 1 D PRO 5 ? D PRO 9 108 1 Y 1 D ALA 6 ? D ALA 10 109 1 Y 1 D PRO 7 ? D PRO 11 110 1 Y 1 D LYS 8 ? D LYS 12 111 1 Y 1 D LYS 9 ? D LYS 13 112 1 Y 1 D GLY 10 ? D GLY 14 113 1 Y 1 D SER 11 ? D SER 15 114 1 Y 1 D LYS 12 ? D LYS 16 115 1 Y 1 D LYS 13 ? D LYS 17 116 1 Y 1 D ALA 14 ? D ALA 18 117 1 Y 1 D VAL 15 ? D VAL 19 118 1 Y 1 D THR 16 ? D THR 20 119 1 Y 1 D LYS 17 ? D LYS 21 120 1 Y 1 D ALA 18 ? D ALA 22 121 1 Y 1 D GLN 19 ? D GLN 23 122 1 Y 1 D LYS 20 ? D LYS 24 123 1 Y 1 D LYS 21 ? D LYS 25 124 1 Y 1 D ASP 22 ? D ASP 26 125 1 Y 1 D GLY 23 ? D GLY 27 126 1 Y 1 D LYS 24 ? D LYS 28 127 1 Y 1 D LYS 25 ? D LYS 29 128 1 Y 1 D ARG 26 ? D ARG 30 129 1 Y 1 D LYS 122 ? D LYS 126 130 1 Y 1 E MET 0 ? E MET 1 131 1 Y 1 E ALA 1 ? E ALA 2 132 1 Y 1 E ARG 2 ? E ARG 3 133 1 Y 1 E THR 3 ? E THR 4 134 1 Y 1 E LYS 4 ? E LYS 5 135 1 Y 1 E GLN 5 ? E GLN 6 136 1 Y 1 E THR 6 ? E THR 7 137 1 Y 1 E ALA 7 ? E ALA 8 138 1 Y 1 E ARG 8 ? E ARG 9 139 1 Y 1 E LYS 9 ? E LYS 10 140 1 Y 1 E SER 10 ? E SER 11 141 1 Y 1 E THR 11 ? E THR 12 142 1 Y 1 E GLY 12 ? E GLY 13 143 1 Y 1 E GLY 13 ? E GLY 14 144 1 Y 1 E LYS 14 ? E LYS 15 145 1 Y 1 E ALA 15 ? E ALA 16 146 1 Y 1 E PRO 16 ? E PRO 17 147 1 Y 1 E ARG 17 ? E ARG 18 148 1 Y 1 E LYS 18 ? E LYS 19 149 1 Y 1 E GLN 19 ? E GLN 20 150 1 Y 1 E LEU 20 ? E LEU 21 151 1 Y 1 E ALA 21 ? E ALA 22 152 1 Y 1 E THR 22 ? E THR 23 153 1 Y 1 E LYS 23 ? E LYS 24 154 1 Y 1 E ALA 24 ? E ALA 25 155 1 Y 1 E ALA 25 ? E ALA 26 156 1 Y 1 E ARG 26 ? E ARG 27 157 1 Y 1 E LYS 27 ? E LYS 28 158 1 Y 1 E SER 28 ? E SER 29 159 1 Y 1 E ALA 29 ? E ALA 30 160 1 Y 1 E PRO 30 ? E PRO 31 161 1 Y 1 E ALA 31 ? E ALA 32 162 1 Y 1 E THR 32 ? E THR 33 163 1 Y 1 E GLY 33 ? E GLY 34 164 1 Y 1 E GLY 34 ? E GLY 35 165 1 Y 1 E VAL 35 ? E VAL 36 166 1 Y 1 E LYS 36 ? E LYS 37 167 1 Y 1 E LYS 37 ? E LYS 38 168 1 Y 1 E ALA 135 ? E ALA 136 169 1 Y 1 F MET 0 ? F MET 1 170 1 Y 1 F SER 1 ? F SER 2 171 1 Y 1 F GLY 2 ? F GLY 3 172 1 Y 1 F ARG 3 ? F ARG 4 173 1 Y 1 F GLY 4 ? F GLY 5 174 1 Y 1 F LYS 5 ? F LYS 6 175 1 Y 1 F GLY 6 ? F GLY 7 176 1 Y 1 F GLY 7 ? F GLY 8 177 1 Y 1 F LYS 8 ? F LYS 9 178 1 Y 1 F GLY 9 ? F GLY 10 179 1 Y 1 F LEU 10 ? F LEU 11 180 1 Y 1 F GLY 11 ? F GLY 12 181 1 Y 1 F LYS 12 ? F LYS 13 182 1 Y 1 F GLY 13 ? F GLY 14 183 1 Y 1 F GLY 14 ? F GLY 15 184 1 Y 1 F ALA 15 ? F ALA 16 185 1 Y 1 G MET -21 ? G MET 1 186 1 Y 1 G GLY -20 ? G GLY 2 187 1 Y 1 G SER -19 ? G SER 3 188 1 Y 1 G SER -18 ? G SER 4 189 1 Y 1 G HIS -17 ? G HIS 5 190 1 Y 1 G HIS -16 ? G HIS 6 191 1 Y 1 G HIS -15 ? G HIS 7 192 1 Y 1 G HIS -14 ? G HIS 8 193 1 Y 1 G HIS -13 ? G HIS 9 194 1 Y 1 G HIS -12 ? G HIS 10 195 1 Y 1 G GLU -11 ? G GLU 11 196 1 Y 1 G ASN -10 ? G ASN 12 197 1 Y 1 G LEU -9 ? G LEU 13 198 1 Y 1 G TYR -8 ? G TYR 14 199 1 Y 1 G PHE -7 ? G PHE 15 200 1 Y 1 G GLN -6 ? G GLN 16 201 1 Y 1 G SER -5 ? G SER 17 202 1 Y 1 G ASN -4 ? G ASN 18 203 1 Y 1 G ALA -3 ? G ALA 19 204 1 Y 1 G PRO -2 ? G PRO 20 205 1 Y 1 G TRP -1 ? G TRP 21 206 1 Y 1 G MET 0 ? G MET 22 207 1 Y 1 G SER 1 ? G SER 23 208 1 Y 1 G GLY 2 ? G GLY 24 209 1 Y 1 G ARG 3 ? G ARG 25 210 1 Y 1 G GLY 4 ? G GLY 26 211 1 Y 1 G LYS 5 ? G LYS 27 212 1 Y 1 G GLN 6 ? G GLN 28 213 1 Y 1 G GLY 7 ? G GLY 29 214 1 Y 1 G GLY 8 ? G GLY 30 215 1 Y 1 G LYS 119 ? G LYS 141 216 1 Y 1 G THR 120 ? G THR 142 217 1 Y 1 G GLU 121 ? G GLU 143 218 1 Y 1 G SER 122 ? G SER 144 219 1 Y 1 G HIS 123 ? G HIS 145 220 1 Y 1 G HIS 124 ? G HIS 146 221 1 Y 1 G LYS 125 ? G LYS 147 222 1 Y 1 G ALA 126 ? G ALA 148 223 1 Y 1 G LYS 127 ? G LYS 149 224 1 Y 1 G GLY 128 ? G GLY 150 225 1 Y 1 G LYS 129 ? G LYS 151 226 1 Y 1 H MET -3 ? H MET 1 227 1 Y 1 H PRO -2 ? H PRO 2 228 1 Y 1 H GLU -1 ? H GLU 3 229 1 Y 1 H PRO 0 ? H PRO 4 230 1 Y 1 H ALA 1 ? H ALA 5 231 1 Y 1 H LYS 2 ? H LYS 6 232 1 Y 1 H SER 3 ? H SER 7 233 1 Y 1 H ALA 4 ? H ALA 8 234 1 Y 1 H PRO 5 ? H PRO 9 235 1 Y 1 H ALA 6 ? H ALA 10 236 1 Y 1 H PRO 7 ? H PRO 11 237 1 Y 1 H LYS 8 ? 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Subtomograms were extracted from the surface of the vesicles.' _em_volume_selection.image_processing_id 1 _em_volume_selection.method ? _em_volume_selection.num_tomograms 54 _em_volume_selection.num_volumes_extracted 2547 _em_volume_selection.reference_model ? # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 6T7D 'double helix' 6T7D 'a-form double helix' 6T7D 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 I DC 3 1_555 J DG 149 1_555 0.503 -0.795 -1.681 -5.022 1.791 -9.451 1 I_DC1:DG145_J I 1 ? 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