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'This is a zinc containing protein.' 9 polymer nat 'Transcription and mRNA export factor SUS1' 11094.497 1 ? ? ? ? 10 polymer nat 'SAGA-associated factor 11' 11297.625 1 ? ? ? 'This a zinc-finger containing protein.' 11 polymer nat 'SAGA-associated factor 73' 72976.688 1 ? ? ? 'This a zinc-finger containing protein.' 12 polymer man Polyubiquitin-C 8576.831 1 ? ? ? ? 13 non-polymer syn 'ZINC ION' 65.409 8 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 4 H2B1.1 8 'Deubiquitinating enzyme 8,Ubiquitin thioesterase 8,Ubiquitin-specific-processing protease 8' 10 '11 kDa SAGA-associated factor' 11 '73 kDa SAGA-associated factor,SAGA histone acetyltransferase complex 73 kDa subunit' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; A,E ? 2 'polypeptide(L)' no no ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; ;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; C,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; D ? 5 'polypeptide(L)' no no ;PEPAKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRL AHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;PEPAKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRL AHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; H ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC) (DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG) (DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA) (DT)(DC)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCC CGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCGAT ; I ? 7 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG) (DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG) (DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA) (DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DC)(DT)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTAC GTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTGAT ; J ? 8 'polypeptide(L)' no no ;MSICPHIQQVFQNEKSKDGVLKTCNAARYILNHSVPKEKFLNTMKCGTCHEINSGATFMCLQCGFCGCWNHSHFLSHSKQ IGHIFGINSNNGLLFCFKCEDYIGNIDLINDAILAKYWDDVCTKTMVPSMERRDGLSGLINMGSTCFMSSILQCLIHNPY 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;MTMDTAQLKSQIQQYLVESGNYELISNELKARLLQEGWVDKVKDLTKSEMNINESTNFTQILSTVEPKALEMVSDSTRET VLKQIREFLEEIVDTQ ; L ? 10 'polypeptide(L)' no no ;MTEETITIDSISNGILNNLLTTLIQDIVARETTQQQLLKTRYPDLRSYYFDPNGSLDINGLQKQQESSQYIHCENCGRDV SANRLAAHLQRCLSRGARR ; ;MTEETITIDSISNGILNNLLTTLIQDIVARETTQQQLLKTRYPDLRSYYFDPNGSLDINGLQKQQESSQYIHCENCGRDV SANRLAAHLQRCLSRGARR ; M ? 11 'polypeptide(L)' no no ;MRSGDAEIKGIKPKVIEEYSLSQGSGPSNDSWKSLMSSAKDTPLQYDHMNRESLKKYFNPNAQLIEDPLDKPIQYRVCEK CGKPLALTAIVDHLENHCAGASGKSSTDPRDESTRETIRNGVESTGRNNNDDDNSNDNNNDDDDDDDNDDNEDDDDADDD DDNSNGANYKKNDSSFNPLKRSTSMESANTPNMDTKRSKTGTPQTFSSSIKKQKKVKQRNPTEKHLIDFNKQCGVELPEG GYCARSLTCKSHSMGAKRAVSGRSKPYDVLLADYHREHQTKIGAAAEKRAKQQELQKLQKQIQKEQKKHTQQQKQGQRSK QRNVNGGKSAKNGGKSTVHNGNNINEIGHVNLTPEEETTQVLNGVSRSFPLPLESTVLSSVRYRTKYFRMREMFASSFSV KPGYTSPGYGAIHSRVGCLDLDRTTDYKFRVRTPQPINHLTNQNLNPKQIQRLQQQRALQAQLLSQQQQQQQQQQQHHSP QAQAQASTQQPTQGMVPNHFPGGATNSSFNANVSSKQIQQQQQQQQHKSQDTGLTPLEIQSQQQKLRQQQLQQQKFEAAA SYLANATKLMQESNQDSHLSGTHNNNSSKNGNNNLMTMKASISSPNTSVNSIQSPPSVNSVNGSGQGVSTGINVSGNNGR IEVGIGNSVNPYNGRIN ; ;MRSGDAEIKGIKPKVIEEYSLSQGSGPSNDSWKSLMSSAKDTPLQYDHMNRESLKKYFNPNAQLIEDPLDKPIQYRVCEK CGKPLALTAIVDHLENHCAGASGKSSTDPRDESTRETIRNGVESTGRNNNDDDNSNDNNNDDDDDDDNDDNEDDDDADDD DDNSNGANYKKNDSSFNPLKRSTSMESANTPNMDTKRSKTGTPQTFSSSIKKQKKVKQRNPTEKHLIDFNKQCGVELPEG GYCARSLTCKSHSMGAKRAVSGRSKPYDVLLADYHREHQTKIGAAAEKRAKQQELQKLQKQIQKEQKKHTQQQKQGQRSK QRNVNGGKSAKNGGKSTVHNGNNINEIGHVNLTPEEETTQVLNGVSRSFPLPLESTVLSSVRYRTKYFRMREMFASSFSV KPGYTSPGYGAIHSRVGCLDLDRTTDYKFRVRTPQPINHLTNQNLNPKQIQRLQQQRALQAQLLSQQQQQQQQQQQHHSP QAQAQASTQQPTQGMVPNHFPGGATNSSFNANVSSKQIQQQQQQQQHKSQDTGLTPLEIQSQQQKLRQQQLQQQKFEAAA SYLANATKLMQESNQDSHLSGTHNNNSSKNGNNNLMTMKASISSPNTSVNSIQSPPSVNSVNGSGQGVSTGINVSGNNGR IEVGIGNSVNPYNGRIN ; N ? 12 'polypeptide(L)' no no MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG O ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 ALA n 1 2 ARG n 1 3 THR n 1 4 LYS n 1 5 GLN n 1 6 THR n 1 7 ALA n 1 8 ARG n 1 9 LYS n 1 10 SER n 1 11 THR n 1 12 GLY n 1 13 GLY n 1 14 LYS n 1 15 ALA n 1 16 PRO n 1 17 ARG n 1 18 LYS n 1 19 GLN n 1 20 LEU n 1 21 ALA n 1 22 THR n 1 23 LYS n 1 24 ALA n 1 25 ALA n 1 26 ARG n 1 27 LYS n 1 28 SER n 1 29 ALA n 1 30 PRO n 1 31 ALA n 1 32 THR n 1 33 GLY n 1 34 GLY n 1 35 VAL n 1 36 LYS n 1 37 LYS n 1 38 PRO n 1 39 HIS n 1 40 ARG n 1 41 TYR n 1 42 ARG n 1 43 PRO n 1 44 GLY n 1 45 THR n 1 46 VAL n 1 47 ALA n 1 48 LEU n 1 49 ARG n 1 50 GLU n 1 51 ILE n 1 52 ARG n 1 53 ARG n 1 54 TYR n 1 55 GLN n 1 56 LYS n 1 57 SER n 1 58 THR n 1 59 GLU n 1 60 LEU n 1 61 LEU n 1 62 ILE n 1 63 ARG n 1 64 LYS n 1 65 LEU n 1 66 PRO n 1 67 PHE n 1 68 GLN n 1 69 ARG n 1 70 LEU n 1 71 VAL n 1 72 ARG n 1 73 GLU n 1 74 ILE n 1 75 ALA n 1 76 GLN n 1 77 ASP n 1 78 PHE n 1 79 LYS n 1 80 THR n 1 81 ASP n 1 82 LEU n 1 83 ARG n 1 84 PHE n 1 85 GLN n 1 86 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'Xenopus laevis' 8355 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 1 sample 'Biological sequence' 1 102 'African clawed frog' ? ? ? ? ? ? ? ? 'Xenopus laevis' 8355 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 1 sample 'Biological sequence' 1 129 'African clawed frog' ? 'hist1h2aj, LOC494591' ? ? ? ? ? ? 'Xenopus laevis' 8355 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 4 1 sample 'Biological sequence' 1 122 'African clawed frog' ? ? ? ? ? ? ? ? 'Xenopus laevis' 8355 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 5 1 sample 'Biological sequence' 1 125 'Western clawed frog' ? ? ? ? ? ? ? ? 'Xenopus laevis' 8355 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 8 1 sample 'Biological sequence' 1 471 ;Baker's yeast ; ? 'UBP8, YMR223W, YM9959.05' ? ? ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)' 559292 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae S288C' 559292 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 12 1 sample 'Biological sequence' 1 76 Human ? UBC ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _entity_src_nat.entity_id _entity_src_nat.pdbx_src_id _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num _entity_src_nat.common_name _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific _entity_src_nat.pdbx_ncbi_taxonomy_id _entity_src_nat.genus _entity_src_nat.species _entity_src_nat.strain _entity_src_nat.tissue _entity_src_nat.tissue_fraction _entity_src_nat.pdbx_secretion _entity_src_nat.pdbx_fragment _entity_src_nat.pdbx_variant _entity_src_nat.pdbx_cell_line _entity_src_nat.pdbx_atcc _entity_src_nat.pdbx_cellular_location _entity_src_nat.pdbx_organ _entity_src_nat.pdbx_organelle _entity_src_nat.pdbx_cell _entity_src_nat.pdbx_plasmid_name _entity_src_nat.pdbx_plasmid_details _entity_src_nat.details 9 1 sample 1 96 ;Baker's yeast ; 'Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)' 559292 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 10 1 sample 1 99 ;Baker's yeast ; 'Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)' 559292 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 11 1 sample 1 657 ;Baker's yeast ; 'Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)' 559292 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _pdbx_entity_src_syn.entity_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id _pdbx_entity_src_syn.details 6 1 sample 1 145 'synthetic construct' ? 32630 ? 7 1 sample 1 145 'synthetic construct' ? 32630 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP H32_XENLA P84233 ? 1 ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 2 2 UNP H4_XENLA P62799 ? 2 ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 2 3 UNP Q6AZJ8_XENLA Q6AZJ8 ? 3 ;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; 2 4 UNP H2B11_XENLA P02281 ? 4 ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKSRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; 5 5 UNP F6R8G8_XENTR F6R8G8 ? 5 ;PEPAKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRL AHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; 2 6 PDB 6T9L 6T9L ? 6 ? 1 7 PDB 6T9L 6T9L ? 7 ? 1 8 UNP UBP8_YEAST P50102 ? 8 ;MSICPHIQQVFQNEKSKDGVLKTCNAARYILNHSVPKEKFLNTMKCGTCHEINSGATFMCLQCGFCGCWNHSHFLSHSKQ IGHIFGINSNNGLLFCFKCEDYIGNIDLINDAILAKYWDDVCTKTMVPSMERRDGLSGLINMGSTCFMSSILQCLIHNPY FIRHSMSQIHSNNCKVRSPDKCFSCALDKIVHELYGALNTKQASSSSTSTNRQTGFIYLLTCAWKINQNLAGYSQQDAHE FWQFIINQIHQSYVLDLPNAKEVSRANNKQCECIVHTVFEGSLESSIVCPGCQNNSKTTIDPFLDLSLDIKDKKKLYECL DSFHKKEQLKDFNYHCGECNSTQDAIKQLGIHKLPSVLVLQLKRFEHLLNGSNRKLDDFIEFPTYLNMKNYCSTKEKDKH SENGKVPDIIYELIGIVSHKGTVNEGHYIAFCKISGGQWFKFNDSMVSSISQEEVLKEQAYLLFYTIRQVN ; 1 9 UNP SUS1_YEAST Q6WNK7 ? 9 ;MTMDTAQLKSQIQQYLVESGNYELISNELKARLLQEGWVDKVKDLTKSEMNINESTNFTQILSTVEPKALEMVSDSTRET VLKQIREFLEEIVDTQ ; 1 10 UNP SGF11_YEAST Q03067 ? 10 ;MTEETITIDSISNGILNNLLTTLIQDIVARETTQQQLLKTRYPDLRSYYFDPNGSLDINGLQKQQESSQYIHCENCGRDV SANRLAAHLQRCLSRGARR ; 1 11 UNP SGF73_YEAST P53165 ? 11 ;MRSGDAEIKGIKPKVIEEYSLSQGSGPSNDSWKSLMSSAKDTPLQYDHMNRESLKKYFNPNAQLIEDPLDKPIQYRVCEK CGKPLALTAIVDHLENHCAGASGKSSTDPRDESTRETIRNGVESTGRNNNDDDNSNDNNNDDDDDDDNDDNEDDDDADDD DDNSNGANYKKNDSSFNPLKRSTSMESANTPNMDTKRSKTGTPQTFSSSIKKQKKVKQRNPTEKHLIDFNKQCGVELPEG GYCARSLTCKSHSMGAKRAVSGRSKPYDVLLADYHREHQTKIGAAAEKRAKQQELQKLQKQIQKEQKKHTQQQKQGQRSK QRNVNGGKSAKNGGKSTVHNGNNINEIGHVNLTPEEETTQVLNGVSRSFPLPLESTVLSSVRYRTKYFRMREMFASSFSV KPGYTSPGYGAIHSRVGCLDLDRTTDYKFRVRTPQPINHLTNQNLNPKQIQRLQQQRALQAQLLSQQQQQQQQQQQHHSP QAQAQASTQQPTQGMVPNHFPGGATNSSFNANVSSKQIQQQQQQQQHKSQDTGLTPLEIQSQQQKLRQQQLQQQKFEAAA SYLANATKLMQESNQDSHLSGTHNNNSSKNGNNNLMTMKASISSPNTSVNSIQSPPSVNSVNGSGQGVSTGINVSGNNGR IEVGIGNSVNPYNGRIN ; 1 12 UNP UBC_HUMAN P0CG48 ? 12 MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6T9L A 1 ? 135 ? P84233 2 ? 136 ? 1 135 2 2 6T9L B 1 ? 102 ? P62799 2 ? 103 ? 1 102 3 3 6T9L C 1 ? 129 ? Q6AZJ8 2 ? 130 ? 1 129 4 4 6T9L D 1 ? 122 ? P02281 5 ? 126 ? 1 122 5 1 6T9L E 1 ? 135 ? P84233 2 ? 136 ? 1 135 6 2 6T9L F 1 ? 102 ? P62799 2 ? 103 ? 1 102 7 3 6T9L G 1 ? 129 ? Q6AZJ8 2 ? 130 ? 1 129 8 5 6T9L H 1 ? 125 ? F6R8G8 2 ? 126 ? -2 122 9 6 6T9L I 1 ? 145 ? 6T9L -72 ? 72 ? -72 72 10 7 6T9L J 1 ? 145 ? 6T9L -72 ? 72 ? -72 72 11 8 6T9L K 1 ? 471 ? P50102 1 ? 471 ? 1 471 12 9 6T9L L 1 ? 96 ? Q6WNK7 1 ? 96 ? 1 96 13 10 6T9L M 1 ? 99 ? Q03067 1 ? 99 ? 1 99 14 11 6T9L N 1 ? 657 ? P53165 1 ? 657 ? 1 657 15 12 6T9L O 1 ? 76 ? P0CG48 1 ? 76 ? 1 76 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 6T9L ALA A 102 ? UNP P84233 GLY 103 conflict 102 1 4 6T9L THR D 29 ? UNP P02281 SER 33 conflict 29 2 5 6T9L ALA E 102 ? UNP P84233 GLY 103 conflict 102 3 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZN non-polymer . 'ZINC ION' ? 'Zn 2' 65.409 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6T9L _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 6T9L _struct.title 'SAGA DUB module bound to a ubiqitinated nucleosome' _struct.pdbx_descriptor ;Histone H3.2, Histone H4, Histone H2A, Histone H2B 1.1, Histone H2B, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8, Transcription and mRNA export factor SUS1, SAGA-associated factor 11, SAGA-associated factor 73, Polyubiquitin-C/DNA Complex ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6T9L _struct_keywords.text 'Coactivator, Transcription, Histone acetyltransferase, Histone deubiquitinase, GENE REGULATION' _struct_keywords.pdbx_keywords 'GENE REGULATION' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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ALA A 114 ? GLN A 85 ALA A 114 1 ? 30 HELX_P HELX_P4 AA4 MET A 120 ? GLY A 132 ? MET A 120 GLY A 132 1 ? 13 HELX_P HELX_P5 AA5 ASP B 24 ? ILE B 29 ? ASP B 24 ILE B 29 5 ? 6 HELX_P HELX_P6 AA6 THR B 30 ? GLY B 42 ? THR B 30 GLY B 42 1 ? 13 HELX_P HELX_P7 AA7 LEU B 49 ? ALA B 76 ? LEU B 49 ALA B 76 1 ? 28 HELX_P HELX_P8 AA8 THR B 82 ? GLN B 93 ? THR B 82 GLN B 93 1 ? 12 HELX_P HELX_P9 AA9 ARG C 17 ? GLY C 22 ? ARG C 17 GLY C 22 1 ? 6 HELX_P HELX_P10 AB1 PRO C 26 ? GLY C 37 ? PRO C 26 GLY C 37 1 ? 12 HELX_P HELX_P11 AB2 ALA C 45 ? ASN C 73 ? ALA C 45 ASN C 73 1 ? 29 HELX_P HELX_P12 AB3 ILE C 79 ? ASP C 90 ? ILE C 79 ASP C 90 1 ? 12 HELX_P HELX_P13 AB4 GLU C 91 ? LEU C 97 ? GLU C 91 LEU C 97 1 ? 7 HELX_P HELX_P14 AB5 TYR D 34 ? HIS D 46 ? TYR D 34 HIS D 46 1 ? 13 HELX_P HELX_P15 AB6 SER D 52 ? ASN D 81 ? SER D 52 ASN D 81 1 ? 30 HELX_P HELX_P16 AB7 THR D 87 ? LEU D 99 ? THR D 87 LEU D 99 1 ? 13 HELX_P HELX_P17 AB8 PRO D 100 ? ALA D 121 ? PRO D 100 ALA D 121 1 ? 22 HELX_P HELX_P18 AB9 GLY E 44 ? SER E 57 ? GLY E 44 SER E 57 1 ? 14 HELX_P HELX_P19 AC1 ARG E 63 ? LYS E 79 ? ARG E 63 LYS E 79 1 ? 17 HELX_P HELX_P20 AC2 GLN E 85 ? ALA E 114 ? GLN E 85 ALA E 114 1 ? 30 HELX_P HELX_P21 AC3 MET E 120 ? ARG E 131 ? MET E 120 ARG E 131 1 ? 12 HELX_P HELX_P22 AC4 ASN F 25 ? ILE F 29 ? ASN F 25 ILE F 29 5 ? 5 HELX_P HELX_P23 AC5 THR F 30 ? GLY F 42 ? THR F 30 GLY F 42 1 ? 13 HELX_P HELX_P24 AC6 LEU F 49 ? ALA F 76 ? LEU F 49 ALA F 76 1 ? 28 HELX_P HELX_P25 AC7 THR F 82 ? GLN F 93 ? THR F 82 GLN F 93 1 ? 12 HELX_P HELX_P26 AC8 THR G 16 ? GLY G 22 ? THR G 16 GLY G 22 1 ? 7 HELX_P HELX_P27 AC9 PRO G 26 ? GLY G 37 ? PRO G 26 GLY G 37 1 ? 12 HELX_P HELX_P28 AD1 ALA G 45 ? ASP G 72 ? ALA G 45 ASP G 72 1 ? 28 HELX_P HELX_P29 AD2 ILE G 79 ? ASP G 90 ? ILE G 79 ASP G 90 1 ? 12 HELX_P HELX_P30 AD3 GLU G 91 ? LEU G 97 ? GLU G 91 LEU G 97 1 ? 7 HELX_P HELX_P31 AD4 TYR H 37 ? HIS H 49 ? TYR H 34 HIS H 46 1 ? 13 HELX_P HELX_P32 AD5 SER H 55 ? ASN H 84 ? SER H 52 ASN H 81 1 ? 30 HELX_P HELX_P33 AD6 THR H 90 ? LEU H 102 ? THR H 87 LEU H 99 1 ? 13 HELX_P HELX_P34 AD7 PRO H 103 ? ALA H 124 ? PRO H 100 ALA H 121 1 ? 22 HELX_P HELX_P35 AD8 CYS K 4 ? PHE K 11 ? CYS K 4 PHE K 11 1 ? 8 HELX_P HELX_P36 AD9 ASN K 13 ? ASN K 32 ? ASN K 13 ASN K 32 1 ? 20 HELX_P HELX_P37 AE1 VAL K 35 ? THR K 43 ? VAL K 35 THR K 43 1 ? 9 HELX_P HELX_P38 AE2 SER K 72 ? ILE K 81 ? SER K 72 ILE K 81 1 ? 10 HELX_P HELX_P39 AE3 ILE K 106 ? ASP K 111 ? ILE K 106 ASP K 111 1 ? 6 HELX_P HELX_P40 AE4 ALA K 112 ? ALA K 115 ? ALA K 112 ALA K 115 5 ? 4 HELX_P HELX_P41 AE5 TYR K 117 ? LYS K 124 ? TYR K 117 LYS K 124 1 ? 8 HELX_P HELX_P42 AE6 THR K 145 ? HIS K 157 ? THR K 145 HIS K 157 1 ? 13 HELX_P HELX_P43 AE7 ASN K 158 ? SER K 167 ? ASN K 158 SER K 167 1 ? 10 HELX_P HELX_P44 AE8 CYS K 182 ? GLY K 196 ? CYS K 182 GLY K 196 1 ? 15 HELX_P HELX_P45 AE9 GLN K 213 ? ASN K 227 ? GLN K 213 ASN K 227 1 ? 15 HELX_P HELX_P46 AF1 GLN K 228 ? ALA K 231 ? 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LEU N 35 LYS N 40 1 ? 6 HELX_P HELX_P61 AG7 ARG N 51 ? PHE N 58 ? ARG N 51 PHE N 58 1 ? 8 HELX_P HELX_P62 AG8 ALA N 86 ? THR N 88 ? ALA N 86 THR N 88 5 ? 3 HELX_P HELX_P63 AG9 ALA N 89 ? HIS N 97 ? ALA N 89 HIS N 97 1 ? 9 HELX_P HELX_P64 AH1 THR O 22 ? GLY O 35 ? THR O 22 GLY O 35 1 ? 14 HELX_P HELX_P65 AH2 LEU O 56 ? ASN O 60 ? 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SER 67 M 1 -1.03 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 2 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 5 ? AB1 ? 3 ? AB2 ? 2 ? AB3 ? 4 ? AB4 ? 7 ? AB5 ? 2 ? AB6 ? 2 ? 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PHE A 84 ? ARG A 83 PHE A 84 AA1 2 THR B 80 ? VAL B 81 ? THR B 80 VAL B 81 AA2 1 THR A 118 ? ILE A 119 ? THR A 118 ILE A 119 AA2 2 ARG B 45 ? ILE B 46 ? ARG B 45 ILE B 46 AA3 1 LEU B 97 ? TYR B 98 ? LEU B 97 TYR B 98 AA3 2 THR G 101 ? ILE G 102 ? THR G 101 ILE G 102 AA4 1 ARG C 42 ? VAL C 43 ? ARG C 42 VAL C 43 AA4 2 THR D 85 ? ILE D 86 ? THR D 85 ILE D 86 AA5 1 ARG C 77 ? ILE C 78 ? ARG C 77 ILE C 78 AA5 2 GLY D 50 ? ILE D 51 ? GLY D 50 ILE D 51 AA6 1 THR C 101 ? ILE C 102 ? THR C 101 ILE C 102 AA6 2 LEU F 97 ? TYR F 98 ? LEU F 97 TYR F 98 AA7 1 ARG E 83 ? PHE E 84 ? ARG E 83 PHE E 84 AA7 2 THR F 80 ? VAL F 81 ? THR F 80 VAL F 81 AA8 1 ARG G 42 ? VAL G 43 ? ARG G 42 VAL G 43 AA8 2 THR H 88 ? ILE H 89 ? THR H 85 ILE H 86 AA9 1 CYS K 66 ? GLY K 67 ? CYS K 66 GLY K 67 AA9 2 PHE K 58 ? MET K 59 ? PHE K 58 MET K 59 AA9 3 PHE K 85 ? ASN K 88 ? PHE K 85 ASN K 88 AA9 4 LEU K 94 ? CYS K 96 ? LEU K 94 CYS K 96 AA9 5 ASP K 101 ? TYR K 102 ? ASP K 101 TYR K 102 AB1 1 THR K 125 ? MET K 126 ? THR K 125 MET K 126 AB1 2 ARG N 76 ? CYS N 78 ? ARG N 76 CYS N 78 AB1 3 PRO N 84 ? LEU N 85 ? PRO N 84 LEU N 85 AB2 1 GLN K 236 ? ASP K 237 ? GLN K 236 ASP K 237 AB2 2 ARG O 74 ? GLY O 75 ? ARG O 74 GLY O 75 AB3 1 THR K 299 ? PHE K 303 ? THR K 299 PHE K 303 AB3 2 GLY K 281 ? VAL K 288 ? GLY K 281 VAL K 288 AB3 3 ILE K 346 ? LYS K 353 ? ILE K 346 LYS K 353 AB3 4 GLU K 327 ? GLN K 328 ? GLU K 327 GLN K 328 AB4 1 LEU K 306 ? ASP K 309 ? LEU K 306 ASP K 309 AB4 2 VAL K 357 ? LYS K 363 ? VAL K 357 LYS K 363 AB4 3 ALA K 460 ? VAL K 470 ? ALA K 460 VAL K 470 AB4 4 ILE K 409 ? GLY K 421 ? ILE K 409 GLY K 421 AB4 5 GLY K 426 ? ILE K 434 ? GLY K 426 ILE K 434 AB4 6 GLN K 438 ? PHE K 442 ? GLN K 438 PHE K 442 AB4 7 VAL K 447 ? ILE K 450 ? VAL K 447 ILE K 450 AB5 1 PHE K 365 ? HIS K 367 ? PHE K 365 HIS K 367 AB5 2 ASN K 373 ? LYS K 375 ? ASN K 373 LYS K 375 AB6 1 TYR M 70 ? HIS M 72 ? TYR M 70 HIS M 72 AB6 2 ASP M 79 ? SER M 81 ? ASP M 79 SER M 81 AB7 1 THR O 12 ? GLU O 16 ? THR O 12 GLU O 16 AB7 2 GLN O 2 ? LYS O 6 ? GLN O 2 LYS O 6 AB7 3 THR O 66 ? VAL O 70 ? THR O 66 VAL O 70 AB7 4 ARG O 42 ? PHE O 45 ? ARG O 42 PHE O 45 AB7 5 LYS O 48 ? GLN O 49 ? LYS O 48 GLN O 49 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N ARG A 83 ? N ARG A 83 O VAL B 81 ? O VAL B 81 AA2 1 2 N ILE A 119 ? N ILE A 119 O ARG B 45 ? O ARG B 45 AA3 1 2 N TYR B 98 ? N TYR B 98 O THR G 101 ? O THR G 101 AA4 1 2 N ARG C 42 ? N ARG C 42 O ILE D 86 ? O ILE D 86 AA5 1 2 N ILE C 78 ? N ILE C 78 O GLY D 50 ? O GLY D 50 AA6 1 2 N THR C 101 ? N THR C 101 O TYR F 98 ? O TYR F 98 AA7 1 2 N ARG E 83 ? N ARG E 83 O VAL F 81 ? O VAL F 81 AA8 1 2 N ARG G 42 ? N ARG G 42 O ILE H 89 ? O ILE H 86 AA9 1 2 O GLY K 67 ? O GLY K 67 N PHE K 58 ? N PHE K 58 AA9 2 3 N MET K 59 ? N MET K 59 O ILE K 87 ? O ILE K 87 AA9 3 4 N GLY K 86 ? N GLY K 86 O PHE K 95 ? O PHE K 95 AA9 4 5 N CYS K 96 ? N CYS K 96 O ASP K 101 ? O ASP K 101 AB1 1 2 N MET K 126 ? N MET K 126 O VAL N 77 ? O VAL N 77 AB1 2 3 N ARG N 76 ? N ARG N 76 O LEU N 85 ? O LEU N 85 AB2 1 2 N GLN K 236 ? N GLN K 236 O GLY O 75 ? O GLY O 75 AB3 1 2 O ASP K 301 ? O ASP K 301 N LEU K 283 ? N LEU K 283 AB3 2 3 N GLU K 284 ? N GLU K 284 O GLY K 350 ? O GLY K 350 AB3 3 4 O LYS K 347 ? O LYS K 347 N GLU K 327 ? N GLU K 327 AB4 1 2 N LEU K 306 ? N LEU K 306 O GLN K 361 ? O GLN K 361 AB4 2 3 N LEU K 358 ? N LEU K 358 O TYR K 465 ? O TYR K 465 AB4 3 4 O TYR K 461 ? O TYR K 461 N VAL K 417 ? N VAL K 417 AB4 4 5 N ILE K 416 ? N ILE K 416 O PHE K 431 ? O PHE K 431 AB4 5 6 N ALA K 430 ? N ALA K 430 O PHE K 442 ? O PHE K 442 AB4 6 7 N LYS K 441 ? N LYS K 441 O SER K 448 ? O SER K 448 AB5 1 2 N GLU K 366 ? N GLU K 366 O ARG K 374 ? O ARG K 374 AB6 1 2 N ILE M 71 ? N ILE M 71 O VAL M 80 ? O VAL M 80 AB7 1 2 O ILE O 13 ? O ILE O 13 N VAL O 5 ? N VAL O 5 AB7 2 3 N PHE O 4 ? N PHE O 4 O LEU O 67 ? O LEU O 67 AB7 3 4 O VAL O 70 ? O VAL O 70 N ARG O 42 ? N ARG O 42 AB7 4 5 N PHE O 45 ? N PHE O 45 O LYS O 48 ? O LYS O 48 # loop_ _struct_site.id _struct_site.pdbx_evidence_code _struct_site.pdbx_auth_asym_id _struct_site.pdbx_auth_comp_id _struct_site.pdbx_auth_seq_id _struct_site.pdbx_auth_ins_code _struct_site.pdbx_num_residues _struct_site.details AC1 Software K ZN 501 ? 4 'binding site for residue ZN K 501' AC2 Software K ZN 502 ? 4 'binding site for residue ZN K 502' AC3 Software K ZN 503 ? 4 'binding site for residue ZN K 503' AC4 Software K ZN 504 ? 4 'binding site for residue ZN K 504' AC5 Software K ZN 505 ? 4 'binding site for residue ZN K 505' AC6 Software K ZN 506 ? 5 'binding site for residue ZN K 506' AC7 Software M ZN 101 ? 4 'binding site for residue ZN M 101' AC8 Software N ZN 701 ? 4 'binding site for residue ZN N 701' # loop_ _struct_site_gen.id _struct_site_gen.site_id _struct_site_gen.pdbx_num_res _struct_site_gen.label_comp_id _struct_site_gen.label_asym_id _struct_site_gen.label_seq_id _struct_site_gen.pdbx_auth_ins_code _struct_site_gen.auth_comp_id _struct_site_gen.auth_asym_id _struct_site_gen.auth_seq_id _struct_site_gen.label_atom_id _struct_site_gen.label_alt_id _struct_site_gen.symmetry _struct_site_gen.details 1 AC1 4 CYS K 46 ? 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J -71 ? 20 1 # loop_ _ndb_struct_na_base_pair_step.model_number _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.shift _ndb_struct_na_base_pair_step.slide _ndb_struct_na_base_pair_step.rise _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt _ndb_struct_na_base_pair_step.roll _ndb_struct_na_base_pair_step.twist _ndb_struct_na_base_pair_step.x_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.y_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_rise _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination _ndb_struct_na_base_pair_step.tip _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist _ndb_struct_na_base_pair_step.step_number _ndb_struct_na_base_pair_step.step_name _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_2 1 I DA 1 1_555 J DT 145 1_555 I DT 2 1_555 J DA 144 1_555 -0.308 -1.111 3.394 1.434 0.071 31.362 -2.066 0.847 3.375 0.130 -2.652 31.394 1 II_DA-72DT-71:DA71DT72_JJ I -72 ? 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J 41 ? 1 I DG 32 1_555 J DC 114 1_555 I DG 33 1_555 J DC 113 1_555 0.260 -0.606 3.136 0.372 2.140 31.566 -1.489 -0.411 3.092 3.928 -0.682 31.639 32 II_DG-41DG-40:DC40DC41_JJ I -41 ? J 41 ? I -40 ? J 40 ? 1 I DG 33 1_555 J DC 113 1_555 I DT 34 1_555 J DA 112 1_555 0.692 -0.445 3.372 -1.518 3.346 33.530 -1.321 -1.445 3.280 5.779 2.621 33.725 33 II_DG-40DT-39:DA39DC40_JJ I -40 ? J 40 ? I -39 ? J 39 ? 1 I DT 34 1_555 J DA 112 1_555 I DC 35 1_555 J DG 111 1_555 0.714 0.124 3.550 2.593 1.358 41.018 0.016 -0.710 3.589 1.935 -3.694 41.118 34 II_DT-39DC-38:DG38DA39_JJ I -39 ? J 39 ? I -38 ? J 38 ? 1 I DC 35 1_555 J DG 111 1_555 I DG 36 1_555 J DC 110 1_555 0.225 -0.255 3.044 0.547 0.710 34.537 -0.532 -0.300 3.042 1.196 -0.921 34.548 35 II_DC-38DG-37:DC37DG38_JJ I -38 ? J 38 ? I -37 ? J 37 ? 1 I DG 36 1_555 J DC 110 1_555 I DT 37 1_555 J DA 109 1_555 -0.021 0.636 3.953 1.887 -0.637 37.100 1.101 0.336 3.936 -1.000 -2.963 37.151 36 II_DG-37DT-36:DA36DC37_JJ I -37 ? J 37 ? I -36 ? J 36 ? 1 I DT 37 1_555 J DA 109 1_555 I DA 38 1_555 J DT 108 1_555 -0.926 2.536 3.754 -1.786 -26.010 44.906 4.630 0.946 2.114 -31.151 2.139 51.585 37 II_DT-36DA-35:DT35DA36_JJ I -36 ? J 36 ? I -35 ? J 35 ? 1 I DA 38 1_555 J DT 108 1_555 I DG 39 1_555 J DC 107 1_555 0.411 -0.376 3.669 -0.883 0.773 30.294 -0.894 -0.985 3.645 1.479 1.689 30.317 38 II_DA-35DG-34:DC34DT35_JJ I -35 ? J 35 ? I -34 ? J 34 ? 1 I DG 39 1_555 J DC 107 1_555 I DA 40 1_555 J DT 106 1_555 -0.919 0.220 3.781 -1.356 -0.363 36.450 0.409 1.251 3.810 -0.581 2.167 36.476 39 II_DG-34DA-33:DT33DC34_JJ I -34 ? J 34 ? I -33 ? J 33 ? 1 I DA 40 1_555 J DT 106 1_555 I DC 41 1_555 J DG 105 1_555 0.306 -0.942 3.272 -1.748 1.082 33.638 -1.800 -0.809 3.222 1.868 3.017 33.699 40 II_DA-33DC-32:DG32DT33_JJ I -33 ? J 33 ? I -32 ? J 32 ? 1 I DC 41 1_555 J DG 105 1_555 I DA 42 1_555 J DT 104 1_555 0.653 -0.057 3.297 -0.593 4.230 36.090 -0.685 -1.130 3.259 6.798 0.952 36.333 41 II_DC-32DA-31:DT31DG32_JJ I -32 ? J 32 ? I -31 ? J 31 ? 1 I DA 42 1_555 J DT 104 1_555 I DG 43 1_555 J DC 103 1_555 0.273 -1.318 3.229 -0.510 1.000 30.144 -2.732 -0.626 3.179 1.921 0.980 30.164 42 II_DA-31DG-30:DC30DT31_JJ I -31 ? J 31 ? I -30 ? J 30 ? 1 I DG 43 1_555 J DC 103 1_555 I DC 44 1_555 J DG 102 1_555 0.487 -0.657 3.254 1.149 0.120 36.776 -1.057 -0.616 3.265 0.190 -1.820 36.793 43 II_DG-30DC-29:DG29DC30_JJ I -30 ? J 30 ? I -29 ? J 29 ? 1 I DC 44 1_555 J DG 102 1_555 I DT 45 1_555 J DA 101 1_555 -0.194 -1.057 3.280 1.911 0.379 32.067 -1.979 0.693 3.251 0.686 -3.455 32.124 44 II_DC-29DT-28:DA28DG29_JJ I -29 ? J 29 ? I -28 ? J 28 ? 1 I DT 45 1_555 J DA 101 1_555 I DC 46 1_555 J DG 100 1_555 0.687 -0.077 3.301 1.886 -0.208 40.070 -0.089 -0.783 3.329 -0.304 -2.750 40.114 45 II_DT-28DC-27:DG27DA28_JJ I -28 ? J 28 ? I -27 ? J 27 ? 1 I DC 46 1_555 J DG 100 1_555 I DT 47 1_555 J DA 99 1_555 -0.817 0.166 3.358 2.306 -4.135 33.421 0.967 1.787 3.252 -7.146 -3.985 33.746 46 II_DC-27DT-26:DA26DG27_JJ I -27 ? J 27 ? I -26 ? J 26 ? 1 I DT 47 1_555 J DA 99 1_555 I DA 48 1_555 J DT 98 1_555 0.221 2.375 3.778 0.743 -0.898 41.864 3.431 -0.220 3.732 -1.256 -1.040 41.879 47 II_DT-26DA-25:DT25DA26_JJ I -26 ? J 26 ? I -25 ? J 25 ? 1 I DA 48 1_555 J DT 98 1_555 I DG 49 1_555 J DC 97 1_555 -1.209 2.106 3.546 -2.623 -0.938 42.091 3.032 1.387 3.566 -1.304 3.647 42.179 48 II_DA-25DG-24:DC24DT25_JJ I -25 ? J 25 ? I -24 ? J 24 ? 1 I DG 49 1_555 J DC 97 1_555 I DC 50 1_555 J DG 96 1_555 -0.744 0.079 3.725 -7.215 1.314 23.384 -0.293 -0.874 3.780 3.145 17.264 24.492 49 II_DG-24DC-23:DG23DC24_JJ I -24 ? J 24 ? I -23 ? J 23 ? 1 I DC 50 1_555 J DG 96 1_555 I DA 51 1_555 J DT 95 1_555 -0.304 0.684 3.679 -3.820 14.785 35.225 -1.139 -0.100 3.679 23.135 5.978 38.296 50 II_DC-23DA-22:DT22DG23_JJ I -23 ? J 23 ? I -22 ? J 22 ? 1 I DA 51 1_555 J DT 95 1_555 I DC 52 1_555 J DG 94 1_555 0.372 -1.762 3.398 1.635 2.669 31.903 -3.681 -0.374 3.258 4.841 -2.966 32.052 51 II_DA-22DC-21:DG21DT22_JJ I -22 ? J 22 ? I -21 ? J 21 ? 1 I DC 52 1_555 J DG 94 1_555 I DC 53 1_555 J DG 93 1_555 0.303 -0.158 3.074 -0.316 4.925 20.295 -2.401 -0.963 2.948 13.715 0.881 20.881 52 II_DC-21DC-20:DG20DG21_JJ I -21 ? J 21 ? I -20 ? J 20 ? 1 I DC 53 1_555 J DG 93 1_555 I DG 54 1_555 J DC 92 1_555 1.161 -0.810 3.513 -4.471 10.490 32.220 -3.069 -2.698 2.932 18.205 7.758 34.128 53 II_DC-20DG-19:DC19DG20_JJ I -20 ? J 20 ? I -19 ? J 19 ? 1 I DG 54 1_555 J DC 92 1_555 I DC 55 1_555 J DG 91 1_555 1.100 -0.458 3.184 3.148 3.407 37.015 -1.159 -1.312 3.210 5.341 -4.934 37.294 54 II_DG-19DC-18:DG18DC19_JJ I -19 ? J 19 ? I -18 ? J 18 ? 1 I DC 55 1_555 J DG 91 1_555 I DT 56 1_555 J DA 90 1_555 -0.059 -1.010 3.276 3.541 1.529 32.962 -2.023 0.694 3.203 2.684 -6.215 33.180 55 II_DC-18DT-17:DA17DG18_JJ I -18 ? J 18 ? I -17 ? J 17 ? 1 I DT 56 1_555 J DA 90 1_555 I DT 57 1_555 J DA 89 1_555 0.704 -0.512 3.337 3.837 0.707 36.724 -0.906 -0.578 3.380 1.119 -6.070 36.924 56 II_DT-17DT-16:DA16DA17_JJ I -17 ? J 17 ? I -16 ? 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J 6 ? 1 I DT 67 1_555 J DA 79 1_555 I DA 68 1_555 J DT 78 1_555 -0.251 1.938 4.045 1.635 -2.622 40.990 3.106 0.573 3.907 -3.738 -2.331 41.101 67 II_DT-6DA-5:DT5DA6_JJ I -6 ? J 6 ? I -5 ? J 5 ? 1 I DA 68 1_555 J DT 78 1_555 I DC 69 1_555 J DG 77 1_555 -0.364 2.011 3.773 -0.714 -4.384 40.144 3.467 0.437 3.548 -6.363 1.036 40.379 68 II_DA-5DC-4:DG4DT5_JJ I -5 ? J 5 ? I -4 ? J 4 ? 1 I DC 69 1_555 J DG 77 1_555 I DG 70 1_555 J DC 76 1_555 -1.443 2.960 3.590 -3.241 -1.256 39.563 4.519 1.708 3.601 -1.851 4.776 39.709 69 II_DC-4DG-3:DC3DG4_JJ I -4 ? J 4 ? I -3 ? J 3 ? 1 I DG 70 1_555 J DC 76 1_555 I DC 71 1_555 J DG 75 1_555 -0.027 0.110 3.272 -7.137 2.174 27.161 -0.285 -1.622 3.175 4.522 14.846 28.148 70 II_DG-3DC-2:DG2DC3_JJ I -3 ? J 3 ? I -2 ? J 2 ? 1 I DC 71 1_555 J DG 75 1_555 I DG 72 1_555 J DC 74 1_555 0.928 -0.290 3.015 -3.293 5.860 35.234 -1.229 -1.934 2.836 9.573 5.380 35.849 71 II_DC-2DG-1:DC1DG2_JJ I -2 ? J 2 ? I -1 ? J 1 ? 1 I DG 72 1_555 J DC 74 1_555 I DC 73 1_555 J DG 73 1_555 0.852 -0.549 3.071 0.675 2.777 36.076 -1.249 -1.282 3.036 4.476 -1.088 36.185 72 II_DG-1DC0:DG0DC1_JJ I -1 ? J 1 ? I 0 ? J 0 ? 1 I DC 73 1_555 J DG 73 1_555 I DT 74 1_555 J DA 72 1_555 0.196 -1.118 3.208 3.024 3.425 29.706 -2.834 0.221 3.067 6.630 -5.855 30.047 73 II_DC0DT1:DA-1DG0_JJ I 0 ? J 0 ? I 1 ? J -1 ? 1 I DT 74 1_555 J DA 72 1_555 I DG 75 1_555 J DC 71 1_555 1.262 -0.339 3.160 2.461 2.264 34.778 -0.898 -1.739 3.211 3.776 -4.105 34.933 74 II_DT1DG2:DC-2DA-1_JJ I 1 ? J -1 ? I 2 ? J -2 ? 1 I DG 75 1_555 J DC 71 1_555 I DT 76 1_555 J DA 70 1_555 -0.480 -0.932 3.377 2.114 -0.347 32.228 -1.613 1.248 3.349 -0.624 -3.803 32.297 75 II_DG2DT3:DA-3DC-2_JJ I 2 ? J -2 ? I 3 ? J -3 ? 1 I DT 76 1_555 J DA 70 1_555 I DC 77 1_555 J DG 69 1_555 0.214 0.049 3.323 0.495 -1.486 40.484 0.239 -0.253 3.322 -2.146 -0.715 40.513 76 II_DT3DC4:DG-4DA-3_JJ I 3 ? J -3 ? I 4 ? J -4 ? 1 I DC 77 1_555 J DG 69 1_555 I DC 78 1_555 J DG 68 1_555 -0.076 -0.124 3.675 0.590 -0.047 38.790 -0.180 0.196 3.673 -0.071 -0.889 38.794 77 II_DC4DC5:DG-5DG-4_JJ I 4 ? J -4 ? I 5 ? J -5 ? 1 I DC 78 1_555 J DG 68 1_555 I DC 79 1_555 J DG 67 1_555 -0.556 2.102 3.784 1.739 -11.195 40.438 4.188 0.971 3.096 -15.823 -2.458 41.931 78 II_DC5DC6:DG-6DG-5_JJ I 5 ? J -5 ? I 6 ? J -6 ? 1 I DC 79 1_555 J DG 67 1_555 I DC 80 1_555 J DG 66 1_555 -0.571 2.892 3.757 -3.879 -4.828 40.202 4.756 0.345 3.439 -6.974 5.604 40.657 79 II_DC6DC7:DG-7DG-6_JJ I 6 ? J -6 ? I 7 ? J -7 ? 1 I DC 80 1_555 J DG 66 1_555 I DC 81 1_555 J DG 65 1_555 -0.798 0.802 3.458 -3.191 -0.226 35.865 1.332 0.807 3.509 -0.367 5.170 36.002 80 II_DC7DC8:DG-8DG-7_JJ I 7 ? J -7 ? I 8 ? J -8 ? 1 I DC 81 1_555 J DG 65 1_555 I DG 82 1_555 J DC 64 1_555 -0.362 0.447 3.171 -4.948 12.945 28.760 -1.571 -0.253 3.102 24.357 9.311 31.861 81 II_DC8DG9:DC-9DG-8_JJ I 8 ? J -8 ? I 9 ? 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J -14 ? 1 I DT 87 1_555 J DA 59 1_555 I DT 88 1_555 J DA 58 1_555 -0.235 -0.190 3.007 5.779 0.713 35.492 -0.401 1.134 2.930 1.160 -9.401 35.952 87 II_DT14DT15:DA-15DA-14_JJ I 14 ? J -14 ? I 15 ? J -15 ? 1 I DT 88 1_555 J DA 58 1_555 I DA 89 1_555 J DT 57 1_555 -0.044 2.772 3.915 1.122 -1.624 40.534 4.210 0.211 3.804 -2.342 -1.619 40.580 88 II_DT15DA16:DT-16DA-15_JJ I 15 ? J -15 ? I 16 ? J -16 ? 1 I DA 89 1_555 J DT 57 1_555 I DA 90 1_555 J DT 56 1_555 -1.631 2.168 3.795 -5.134 -4.013 47.410 3.044 1.539 3.757 -4.963 6.350 47.830 89 II_DA16DA17:DT-17DT-16_JJ I 16 ? J -16 ? I 17 ? J -17 ? 1 I DA 90 1_555 J DT 56 1_555 I DC 91 1_555 J DG 55 1_555 0.646 0.851 3.593 -9.306 2.144 28.488 1.167 -3.314 3.277 4.209 18.273 30.014 90 II_DA17DC18:DG-18DT-17_JJ I 17 ? J -17 ? I 18 ? J -18 ? 1 I DC 91 1_555 J DG 55 1_555 I DC 92 1_555 J DG 54 1_555 0.218 -0.027 3.209 -5.463 6.358 30.559 -1.195 -1.383 3.058 11.787 10.128 31.661 91 II_DC18DC19:DG-19DG-18_JJ I 18 ? J -18 ? I 19 ? 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