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Q7K1U0 1 ? 254 ? 1 254 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details octameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 8 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 11370 ? 1 MORE -30 ? 1 'SSA (A^2)' 66810 ? # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support none _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ASP A 57 ? 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THR B 107 SER B 120 1 ? 14 HELX_P HELX_P16 AB7 PRO B 124 ? PHE B 133 ? PRO B 124 PHE B 133 1 ? 10 HELX_P HELX_P17 AB8 PRO B 142 ? LEU B 153 ? PRO B 142 LEU B 153 1 ? 12 HELX_P HELX_P18 AB9 ASP B 163 ? PHE B 172 ? ASP B 163 PHE B 172 1 ? 10 HELX_P HELX_P19 AC1 ASN B 176 ? LYS B 181 ? ASN B 176 LYS B 181 1 ? 6 HELX_P HELX_P20 AC2 SER B 184 ? VAL B 188 ? SER B 184 VAL B 188 5 ? 5 HELX_P HELX_P21 AC3 THR B 190 ? ASN B 205 ? THR B 190 ASN B 205 1 ? 16 HELX_P HELX_P22 AC4 HIS C 58 ? GLU C 75 ? HIS C 58 GLU C 75 1 ? 18 HELX_P HELX_P23 AC5 GLU C 80 ? PHE C 90 ? GLU C 80 PHE C 90 5 ? 11 HELX_P HELX_P24 AC6 ALA C 94 ? VAL C 101 ? ALA C 94 VAL C 101 1 ? 8 HELX_P HELX_P25 AC7 THR C 107 ? SER C 120 ? THR C 107 SER C 120 1 ? 14 HELX_P HELX_P26 AC8 PRO C 124 ? PHE C 133 ? PRO C 124 PHE C 133 1 ? 10 HELX_P HELX_P27 AC9 PRO C 142 ? ALA C 155 ? PRO C 142 ALA C 155 1 ? 14 HELX_P HELX_P28 AD1 ASP C 163 ? PHE C 172 ? ASP C 163 PHE C 172 1 ? 10 HELX_P HELX_P29 AD2 ASN C 176 ? LYS C 181 ? ASN C 176 LYS C 181 1 ? 6 HELX_P HELX_P30 AD3 THR C 190 ? ASN C 204 ? THR C 190 ASN C 204 1 ? 15 HELX_P HELX_P31 AD4 CYS D 240 ? LYS D 245 ? CYS G 240 LYS G 245 1 ? 6 HELX_P HELX_P32 AD5 ASP E 57 ? GLU E 75 ? ASP D 57 GLU D 75 1 ? 19 HELX_P HELX_P33 AD6 GLU E 80 ? LEU E 89 ? GLU D 80 LEU D 89 5 ? 10 HELX_P HELX_P34 AD7 GLY E 92 ? VAL E 101 ? GLY D 92 VAL D 101 1 ? 10 HELX_P HELX_P35 AD8 THR E 107 ? PHE E 119 ? THR D 107 PHE D 119 1 ? 13 HELX_P HELX_P36 AD9 PRO E 124 ? PHE E 132 ? PRO D 124 PHE D 132 1 ? 9 HELX_P HELX_P37 AE1 PRO E 142 ? LEU E 153 ? PRO D 142 LEU D 153 1 ? 12 HELX_P HELX_P38 AE2 LEU E 154 ? LEU E 157 ? LEU D 154 LEU D 157 5 ? 4 HELX_P HELX_P39 AE3 ASP E 163 ? PHE E 172 ? ASP D 163 PHE D 172 1 ? 10 HELX_P HELX_P40 AE4 ASN E 176 ? LYS E 181 ? ASN D 176 LYS D 181 1 ? 6 HELX_P HELX_P41 AE5 LYS E 192 ? HIS E 203 ? LYS D 192 HIS D 203 1 ? 12 HELX_P HELX_P42 AE6 HIS F 58 ? GLY F 76 ? HIS E 58 GLY E 76 1 ? 19 HELX_P HELX_P43 AE7 SER F 78 ? LEU F 83 ? SER E 78 LEU E 83 1 ? 6 HELX_P HELX_P44 AE8 LYS F 84 ? LEU F 89 ? LYS E 84 LEU E 89 5 ? 6 HELX_P HELX_P45 AE9 GLY F 92 ? VAL F 101 ? GLY E 92 VAL E 101 1 ? 10 HELX_P HELX_P46 AF1 THR F 107 ? SER F 120 ? THR E 107 SER E 120 1 ? 14 HELX_P HELX_P47 AF2 PRO F 124 ? PHE F 133 ? PRO E 124 PHE E 133 1 ? 10 HELX_P HELX_P48 AF3 PRO F 142 ? LEU F 153 ? PRO E 142 LEU E 153 1 ? 12 HELX_P HELX_P49 AF4 ASP F 163 ? PHE F 172 ? ASP E 163 PHE E 172 1 ? 10 HELX_P HELX_P50 AF5 ASN F 176 ? LYS F 181 ? ASN E 176 LYS E 181 1 ? 6 HELX_P HELX_P51 AF6 SER F 184 ? VAL F 188 ? SER E 184 VAL E 188 5 ? 5 HELX_P HELX_P52 AF7 THR F 190 ? ASN F 205 ? THR E 190 ASN E 205 1 ? 16 HELX_P HELX_P53 AF8 HIS G 58 ? GLU G 75 ? HIS F 58 GLU F 75 1 ? 18 HELX_P HELX_P54 AF9 GLU G 80 ? PHE G 90 ? GLU F 80 PHE F 90 5 ? 11 HELX_P HELX_P55 AG1 ALA G 94 ? VAL G 101 ? ALA F 94 VAL F 101 1 ? 8 HELX_P HELX_P56 AG2 THR G 107 ? SER G 120 ? THR F 107 SER F 120 1 ? 14 HELX_P HELX_P57 AG3 PRO G 124 ? PHE G 133 ? 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CYS H 240 LYS H 245 1 ? 6 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role metalc1 metalc ? ? 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H CYS 240 H ZN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.348 ? ? # _struct_conn_type.id metalc _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _pdbx_struct_conn_angle.id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.value _pdbx_struct_conn_angle.value_esd 1 SG ? 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CYS H 227 . ? 1_555 ? 6 AC2 4 CYS H 230 ? CYS H 230 . ? 1_555 ? 7 AC2 4 HIS H 235 ? HIS H 235 . ? 1_555 ? 8 AC2 4 CYS H 240 ? 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_em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_recombinant.cell ? _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 562 _em_entity_assembly_recombinant.organism 'Escherichia coli' _em_entity_assembly_recombinant.plasmid 'pGEX 4T1' _em_entity_assembly_recombinant.strain 'BL21(DE3)' # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 35 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images ? # _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_name 'GIF Quantum LS' _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width 20 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ;From 37773 initial dArc1 icosahedral capsids, we performed symmetry expansion as implemented in RELION, to calculate the positions and orientations for each of the 2,266,380 asymmetric units for dArc1, centered at the two-fold hexametric capsomeres. We extracted individual capsomeres using a box size of 148 pixels. ; _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 2266380 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? RELION 3 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? SerialEM 3.6 ? ? 1 3 'IMAGE ACQUISITION' ? DigitalMicrograph . ? ? 1 4 MASKING ? ? ? ? ? ? 5 'CTF CORRECTION' ? RELION 3 1 ? ? 6 'CTF CORRECTION' 'Defoci Estimation' CTFFIND 4 1 ? ? 7 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 8 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 9 'MODEL FITTING' ? PHENIX 1.16 ? 1 ? 10 'MODEL FITTING' ? Coot 0.8.9.1 ? 1 ? 11 'MODEL FITTING' ? 'UCSF Chimera' 1.13.1 ? 1 ? 12 OTHER ? ? ? ? ? ? 13 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX 1.16 ? 1 ? 14 'MODEL REFINEMENT' ? REFMAC 5 ? 1 ? 15 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3 1 ? ? 16 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3 1 ? ? 17 CLASSIFICATION ? RELION 3 1 ? ? 18 RECONSTRUCTION ? RELION 3 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.5 _em_specimen.details 'dArc1 capsids' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Novo Nordisk Foundation' Denmark NNF17OC0030788 1 'National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)' 'United States' R01-MH112766 2 'Medical Research Council (United Kingdom)' 'United Kingdom' MC_UP_1201/16 3 # _pdbx_entity_instance_feature.ordinal 1 _pdbx_entity_instance_feature.comp_id ZN _pdbx_entity_instance_feature.asym_id ? _pdbx_entity_instance_feature.seq_num ? _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id ZN _pdbx_entity_instance_feature.auth_asym_id ? _pdbx_entity_instance_feature.auth_seq_num ? _pdbx_entity_instance_feature.feature_type 'SUBJECT OF INVESTIGATION' _pdbx_entity_instance_feature.details ? # _pdbx_initial_refinement_model.id 1 _pdbx_initial_refinement_model.type 'experimental model' _pdbx_initial_refinement_model.source_name PDB _pdbx_initial_refinement_model.accession_code 6GSE # _atom_sites.entry_id 6TAS _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[1] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[2] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[3] ? _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 _atom_sites.solution_primary ? _atom_sites.solution_secondary ? _atom_sites.solution_hydrogens ? _atom_sites.special_details ? # loop_ _atom_type.symbol C N O S ZN # loop_