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_citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41467-020-20381-z _citation.pdbx_database_id_PubMed 33402698 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Muhleip, A.' 1 0000-0002-1877-2282 primary 'Kock Flygaard, R.' 2 0000-0002-4918-6438 primary 'Ovciarikova, J.' 3 ? primary 'Lacombe, A.' 4 ? primary 'Fernandes, P.' 5 0000-0003-2651-1215 primary 'Sheiner, L.' 6 0000-0001-5909-2307 primary 'Amunts, A.' 7 0000-0002-5302-1740 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 6TMI _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? 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'Toxoplasma gondii (strain ATCC 50853 / GT1)' 507601 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1 2 sample 539 565 ? 'Toxoplasma gondii (strain ATCC 50853 / GT1)' 507601 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 1 sample 1 252 ? 'Toxoplasma gondii (strain ATCC 50853 / GT1)' 507601 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 1 sample 1 536 ? 'Toxoplasma gondii (strain ATCC 50853 / GT1)' 507601 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 4 1 sample 1 134 ? 'Toxoplasma gondii (strain ATCC 50853 / GT1)' 507601 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 5 1 sample 1 571 ? 'Toxoplasma gondii (strain ATCC 50853 / GT1)' 507601 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP S7UU80_TOXGG S7UU80 ? 1 ;MTIHSCLARRAVSVAASGARAFASGLGARAVAVGALQSARLLHTSSLRAAGAKISPSEMSRLLEERIAGWKTQTSTEEVG RVVSVGDGIARLFGLEGVQAGELVEFQNGMTGMALNLETDNVGVVIFGDDRSVLEGDSVKRTGRIVDVPIGPGLLGRVVD ALGNPIDGKGPIPAKERRRVELKAPGIIPRKSVHEPMMTGLKCVDALVPVGRGQRELIIGDRQTGKTAVAVDAIINQKEI NDSTDDESKKLYCIYVAVGQKRSTVAQIVKALEQRDAMKYTTVVAATASEAAPLQFLAPYSGCAMGEWFRDSGRHCVIIY DDLSKQATAYRQMSLLLRRPPGREAYPGDVFYLHSRLLERAAKMGDKSGGGSLTALPVIETQAGDVSAYIPTNVISITDG QIFLETELFYKGIRPAINVGLSVSRVGSAAQVKAMKQVAGTMKLELAQYREVAAFAQFGSDLDASTRQLLTRGTALTELL KQRQYSPMKNSVQVCVLYCGVKGYLDPLDPKEISRFESLFIDYINANHQDILKTIETE ; 1 2 PDB 6TMI 6TMI ? 1 ? 539 3 UNP A0A125YKF8_TOXGG A0A125YKF8 ? 2 ;MALPLLASRRLFSSFVFRGQPSTLSSNLSLVRIRGLHGGSLSPPSATLPRAVQLFSSRIAFSTAAAEDSGASQTLEGRYA SALFRVAKKKNQLEKVYGDLESVRNALKDSSEFRLFVDSPAVSVQQKLDVLRQLVNRYKFDPLTGNLLTTLVENKRLPML ARVADAFDAMYRKEKGEVKCLVTSAKPLSAQQQKEIVAALQNRAGTQARLIIDYAVSPQIMGGLVVRLGEQVLDFSVATR LDRLQSQLLAPL ; 1 4 UNP S7V493_TOXGG S7V493 ? 3 ;MQALRRGAAIPSRLLPRRDSWMSLAPFVAPNNAAAWRKLRDGAQEVQTVIERQSTPGKPQQIDWAKWESQIAHKDILNCL KTFYTNQVQILDRALGALETAKTPAPCEGAEKGWALFDAALSACAKSVEKSEELLSNGARALWVSCSNPPVWKVNTNEWL DSDQYWQAFVEKHHFYSQYQPGVVDPEAPQEVEAFKQAWHSRMGKFNDRSDTPMLYAYMNELPSWEYYDLHRSAFLEHMT YFLVRTGGDFRFFPEMPPWQWLAHMENLRFKLLSVAQSRRSQLQLANLERERALDFLPVDVEHHGEEYTQKFLQYETELF QACAARLMGHFMFLCDPFIPVQSAEALSAVARVDNGKGKLFSLGDDVNALFYLPEQQRRDVERPTQAVQTLLGHLEATGR PFNPCYSELLHVHAEVLEERGEHWLTAPGECVSQAFLRRLRTDDPAYEVYCSYFKEMYERFAGAKEVSMEDGRKRLATIE KNAQEEAAAYGLALKTMGSAELAHKAREGAAKLEQLRKAQEKAAGKSAQTVQENKM ; 134 5 UNP A0A125YKF7_TOXGG A0A125YKF7 ? 4 ;MLNFIPKRCPSVSLLFGKRPVQRIEVGQARHQLEIPVETIEKIYEGVDSRLEYHNKDYNAMKWKDFMKLKLDAYHLLEAS QSETAAKSALSDLNWFSDLADIYSGQQTMAEMDVALKAQGEQKLSYPIQGKNIK ; 1 6 UNP S7V2T0_TOXGG S7V2T0 ? 5 ;MNFSSSARWLAVRQSQTLGHTTRATVAAGRRVLAHSPAATEFTSFQSSHIGGDVCKLPLAVALGAAPSALGYGSAKHNQQ RQYATLGSGWSFSKVQYTKYRITKPWTTDTTFDDIILSQPSKEDFAKFTKEAPLFLRFLKLVTDVEGRQEAFIQFAKRCE NGLTVEKDVYVTKKELVDCLWKNGYTDTEINAFEIAFPADYKFHYPELAVLFDLTEEDCYKYCIRQRAATPEELVELKYT KPKNLVSSYGLCFLGVWFGLSNTVLSNAWFYSKTFPFGAVFYMLGSYFYRDIREKLWKEEKSLIHTAQENKNMGEESVYK QMKKYATDTKCLDYLSTFRTEVEDQIANYKVALVSQMRRQLTERLVEKLNGIQQAEKLIQGSLQDVMIREIVSSFKDLYK SRPELHDAAMQSAIQGLSGSDGAMDPVGAHFKASLQELAKVNLSTATADPMGTVVQRVAAVFQKREKEFLDAFTVKATEA QEIKTIVDKCHKGNTFDFHALSDEELRRLEQLYSTVNNRVGFETIHENSIKPVAPLSENSKGFVEFVNTQLEITKAKLRN ARLTAFAHAFV ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6TMI C 1 ? 538 ? S7UU80 1 ? 538 ? 1 538 2 2 6TMI C 539 ? 565 ? 6TMI 539 ? 565 ? 539 565 3 3 6TMI G 1 ? 252 ? A0A125YKF8 1 ? 252 ? 1 252 4 4 6TMI A 1 ? 536 ? S7V493 134 ? 669 ? 1 536 5 5 6TMI R 1 ? 134 ? A0A125YKF7 1 ? 134 ? 1 134 6 6 6TMI B 1 ? 571 ? S7V2T0 1 ? 571 ? 1 571 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 4 6TMI THR A 351 ? UNP S7V493 ALA 484 conflict 351 1 6 6TMI LEU B 48 ? UNP S7V2T0 SER 48 conflict 48 2 6 6TMI THR B 472 ? UNP S7V2T0 ALA 472 conflict 472 3 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6TMI _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 6TMI _struct.title 'Cryo-EM structure of Toxoplasma gondii mitochondrial ATP synthase dimer, peripheral stalk model' _struct.pdbx_descriptor 'ATP synthase subunit alpha,ATP synthase subunit alpha, ATP synthase F1, delta subunit protein, Uncharacterized protein' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6TMI _struct_keywords.text 'mitochondrial, ATP synthase, peripheral stalk, OSCP, MEMBRANE PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'MEMBRANE PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ILE A 54 ? ILE A 67 ? ILE C 54 ILE C 67 1 ? 14 HELX_P HELX_P2 AA2 THR B 74 ? LYS B 88 ? THR G 74 LYS G 88 1 ? 15 HELX_P HELX_P3 AA3 GLN B 92 ? SER B 111 ? GLN G 92 SER G 111 1 ? 20 HELX_P HELX_P4 AA4 GLU B 112 ? SER B 119 ? GLU G 112 SER G 119 1 ? 8 HELX_P HELX_P5 AA5 SER B 123 ? ASN B 136 ? 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ILE B 346 ARG B 402 1 ? 57 HELX_P HELX_P20 AC2 PRO E 403 ? LEU E 417 ? PRO B 403 LEU B 417 1 ? 15 HELX_P HELX_P21 AC3 ASP E 425 ? ALA E 439 ? ASP B 425 ALA B 439 1 ? 15 HELX_P HELX_P22 AC4 THR E 453 ? ASP E 471 ? THR B 453 ASP B 471 1 ? 19 HELX_P HELX_P23 AC5 LYS E 476 ? VAL E 487 ? LYS B 476 VAL B 487 1 ? 12 HELX_P HELX_P24 AC6 VAL E 487 ? LYS E 492 ? VAL B 487 LYS B 492 1 ? 6 HELX_P HELX_P25 AC7 GLU E 505 ? GLY E 521 ? GLU B 505 GLY B 521 1 ? 17 HELX_P HELX_P26 AC8 HIS E 526 ? ILE E 530 ? HIS B 526 ILE B 530 5 ? 5 HELX_P HELX_P27 AC9 SER E 537 ? ASN E 539 ? SER B 537 ASN B 539 5 ? 3 HELX_P HELX_P28 AD1 SER E 540 ? ALA E 569 ? 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