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_pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf REL _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 6TS2 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2019-12-19 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type PDB . 5nV4 unspecified PDB . 5mzo unspecified PDB . 5mu2 unspecified PDB . 5n2j unspecified PDB . 6trf unspecified PDB . 6trt unspecified PDB . 6fsn unspecified PDB . 3wzs unspecified PDB . 3wzt unspecified # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Roversi, P.' 1 0000-0001-9280-9437 'Zitzmann, N.' 2 0000-0003-1969-4949 # 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UK ? ? primary Structure STRUE6 2005 0969-2126 ? ? 29 ? 357 ? ;Clamping, bending, and twisting inter-domain motions in the misfold-recognizing portion of UDP-glucose: Glycoprotein glucosyltransferase. ; 2021 ? 10.1016/j.str.2020.11.017 33352114 ? ? ? ? ? ? ? ? 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'Deletion of CtUGGT TRXL2 domain i.e. residues CtUGGT 417-650.,Deletion of CtUGGT TRXL2 domain i.e. residues CtUGGT 417-650.' 2 branched man ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; 910.823 1 ? ? ? ? 3 branched man 'beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose' 586.542 2 ? ? ? ? 4 branched man ;alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; 748.682 1 ? ? ? ? 5 non-polymer man 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose 221.208 12 ? ? ? ? 6 non-polymer syn 'CALCIUM ION' 40.078 4 ? ? ? ? # _entity_poly.entity_id 1 _entity_poly.type 'polypeptide(L)' _entity_poly.nstd_linkage no _entity_poly.nstd_monomer no _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code 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_refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_R_factor_R_work 0.174 _refine.ls_R_Fsqd_factor_obs ? _refine.ls_R_I_factor_obs ? _refine.ls_redundancy_reflns_all ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.ls_restrained_S_all ? _refine.ls_restrained_S_obs ? _refine.ls_shift_over_esd_max ? _refine.ls_shift_over_esd_mean ? _refine.ls_structure_factor_coef ? _refine.ls_weighting_details ? _refine.ls_weighting_scheme ? _refine.ls_wR_factor_all ? _refine.ls_wR_factor_obs ? _refine.ls_wR_factor_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_work ? _refine.occupancy_max ? _refine.occupancy_min ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.pdbx_R_complete ? _refine.ls_R_factor_gt ? _refine.ls_goodness_of_fit_gt ? _refine.ls_goodness_of_fit_ref ? _refine.ls_shift_over_su_max ? _refine.ls_shift_over_su_max_lt ? _refine.ls_shift_over_su_mean ? _refine.ls_shift_over_su_mean_lt ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_ls_sigma_Fsqd ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method THROUGHOUT _refine.pdbx_method_to_determine_struct 'MOLECULAR REPLACEMENT' _refine.pdbx_starting_model 5nv4 _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details RANDOM _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_real_space_R ? _refine.pdbx_density_correlation ? _refine.pdbx_pd_number_of_powder_patterns ? _refine.pdbx_pd_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_meas_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_R_factor ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_wR_factor ? _refine.pdbx_pd_Marquardt_correlation_coeff ? _refine.pdbx_pd_Fsqrd_R_factor ? _refine.pdbx_pd_ls_matrix_band_width ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI 2.162 _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_diffrn_id 1 _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_average_fsc_overall ? _refine.pdbx_average_fsc_work ? _refine.pdbx_average_fsc_free ? # _refine_analyze.entry_id 6TS2 _refine_analyze.pdbx_refine_id 'X-RAY DIFFRACTION' _refine_analyze.Luzzati_coordinate_error_free ? _refine_analyze.Luzzati_coordinate_error_obs 0.52 _refine_analyze.Luzzati_d_res_low_free ? _refine_analyze.Luzzati_d_res_low_obs ? _refine_analyze.Luzzati_sigma_a_free ? _refine_analyze.Luzzati_sigma_a_free_details ? _refine_analyze.Luzzati_sigma_a_obs ? _refine_analyze.Luzzati_sigma_a_obs_details ? _refine_analyze.number_disordered_residues ? _refine_analyze.occupancy_sum_hydrogen ? _refine_analyze.occupancy_sum_non_hydrogen ? 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_refine_hist.pdbx_pseudo_atom_details ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'X-RAY DIFFRACTION' ? 0.009 ? 36972 ? t_bond_d 2 HARMONIC 'X-RAY DIFFRACTION' ? 1.07 ? 50147 ? t_angle_deg 2 HARMONIC 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 12933 ? t_dihedral_angle_d 2 SINUSOIDAL 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 6228 ? t_gen_planes 5 HARMONIC 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 36556 ? t_it 10 HARMONIC 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 4813 ? t_chiral_improper_torsion 5 SEMIHARMONIC 'X-RAY DIFFRACTION' ? ? ? 28011 ? t_ideal_dist_contact 4 SEMIHARMONIC 'X-RAY DIFFRACTION' ? 2.86 ? ? ? t_omega_torsion ? ? 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B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 2 ? F N N 3 ? G N N 4 ? H N N 3 ? I N N 5 ? J N N 5 ? K N N 5 ? L N N 6 ? M N N 5 ? N N N 5 ? O N N 5 ? P N N 6 ? Q N N 5 ? R N N 5 ? S N N 5 ? T N N 6 ? U N N 5 ? V N N 5 ? W N N 5 ? 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G0SB58 24 ? 416 ? 24 650 2 2 6TS2 A 397 ? 1251 ? G0SB58 651 ? 1505 ? 651 1505 3 1 6TS2 B 4 ? 396 ? G0SB58 24 ? 416 ? 24 650 4 2 6TS2 B 397 ? 1251 ? G0SB58 651 ? 1505 ? 651 1505 5 1 6TS2 C 4 ? 396 ? G0SB58 24 ? 416 ? 24 650 6 2 6TS2 C 397 ? 1251 ? G0SB58 651 ? 1505 ? 651 1505 7 1 6TS2 D 4 ? 396 ? G0SB58 24 ? 416 ? 24 650 8 2 6TS2 D 397 ? 1251 ? G0SB58 651 ? 1505 ? 651 1505 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 6TS2 GLU A 1 ? UNP G0SB58 ? ? 'expression tag' 21 1 1 6TS2 THR A 2 ? UNP G0SB58 ? ? 'expression tag' 22 2 1 6TS2 GLY A 3 ? UNP G0SB58 ? ? 'expression tag' 23 3 2 6TS2 GLY A 1252 ? UNP G0SB58 ? ? 'expression tag' 1506 4 2 6TS2 THR A 1253 ? UNP G0SB58 ? ? 'expression tag' 1507 5 2 6TS2 LYS A 1254 ? UNP G0SB58 ? ? 'expression tag' 1508 6 2 6TS2 HIS A 1255 ? UNP G0SB58 ? ? 'expression tag' 1509 7 2 6TS2 HIS A 1256 ? UNP G0SB58 ? ? 'expression tag' 1510 8 2 6TS2 HIS A 1257 ? UNP G0SB58 ? ? 'expression tag' 1511 9 2 6TS2 HIS A 1258 ? UNP G0SB58 ? ? 'expression tag' 1512 10 2 6TS2 HIS A 1259 ? UNP G0SB58 ? ? 'expression tag' 1513 11 2 6TS2 HIS A 1260 ? UNP G0SB58 ? ? 'expression tag' 1514 12 3 6TS2 GLU B 1 ? UNP G0SB58 ? ? 'expression tag' 21 13 3 6TS2 THR B 2 ? UNP G0SB58 ? ? 'expression tag' 22 14 3 6TS2 GLY B 3 ? UNP G0SB58 ? ? 'expression tag' 23 15 4 6TS2 GLY B 1252 ? UNP G0SB58 ? ? 'expression tag' 1506 16 4 6TS2 THR B 1253 ? UNP G0SB58 ? ? 'expression tag' 1507 17 4 6TS2 LYS B 1254 ? UNP G0SB58 ? ? 'expression tag' 1508 18 4 6TS2 HIS B 1255 ? UNP G0SB58 ? ? 'expression tag' 1509 19 4 6TS2 HIS B 1256 ? UNP G0SB58 ? ? 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UNP G0SB58 ? ? 'expression tag' 21 37 7 6TS2 THR D 2 ? UNP G0SB58 ? ? 'expression tag' 22 38 7 6TS2 GLY D 3 ? UNP G0SB58 ? ? 'expression tag' 23 39 8 6TS2 GLY D 1252 ? UNP G0SB58 ? ? 'expression tag' 1506 40 8 6TS2 THR D 1253 ? UNP G0SB58 ? ? 'expression tag' 1507 41 8 6TS2 LYS D 1254 ? UNP G0SB58 ? ? 'expression tag' 1508 42 8 6TS2 HIS D 1255 ? UNP G0SB58 ? ? 'expression tag' 1509 43 8 6TS2 HIS D 1256 ? UNP G0SB58 ? ? 'expression tag' 1510 44 8 6TS2 HIS D 1257 ? UNP G0SB58 ? ? 'expression tag' 1511 45 8 6TS2 HIS D 1258 ? UNP G0SB58 ? ? 'expression tag' 1512 46 8 6TS2 HIS D 1259 ? UNP G0SB58 ? ? 'expression tag' 1513 47 8 6TS2 HIS D 1260 ? UNP G0SB58 ? ? 'expression tag' 1514 48 # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 author_defined_assembly ? monomeric 1 2 author_defined_assembly ? monomeric 1 3 author_defined_assembly ? monomeric 1 4 author_defined_assembly ? monomeric 1 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 1 A,E,I,J,K,L 2 1 B,F,M,N,O,P 3 1 C,G,Q,R,S,T 4 1 D,H,U,V,W,X # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'gel filtration' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 PRO A 23 ? 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B ASN 329 B NAG 1602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? B ASN 973 ND2 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? B ASN 1227 B NAG 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? C ASN 36 ND2 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? C ASN 56 G NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.428 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? C ASN 309 ND2 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? C ASN 329 C NAG 1607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale9 covale one ? C ASN 973 ND2 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? C ASN 1227 C NAG 1606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? N-Glycosylation covale10 covale one ? D ASN 36 ND2 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? D ASN 56 H NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.431 ? N-Glycosylation covale11 covale one ? D ASN 309 ND2 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? D ASN 329 D NAG 1606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.429 ? N-Glycosylation covale12 covale one ? D ASN 973 ND2 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? D ASN 1227 D NAG 1605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale13 covale both ? E NAG . 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