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n 3 237 PRO n 3 238 GLY n 3 239 ASP n 3 240 GLY n 3 241 ALA n 3 242 SER n 3 243 GLY n 3 244 LEU n 3 245 TYR n 3 246 LEU n 3 247 TRP n 3 248 GLY n 3 249 ALA n 3 250 GLN n 3 251 LEU n 3 252 GLU n 3 253 ALA n 3 254 GLY n 3 255 ALA n 3 256 ALA n 3 257 VAL n 3 258 SER n 3 259 SER n 3 260 VAL n 3 261 ILE n 3 262 PRO n 3 263 THR n 3 264 GLU n 3 265 ALA n 3 266 ALA n 3 267 ALA n 3 268 VAL n 3 269 THR n 3 270 ARG n 3 271 ALA n 3 272 ALA n 3 273 ASP n 3 274 LEU n 3 275 ALA n 3 276 SER n 3 277 VAL n 3 278 ALA n 3 279 VAL n 3 280 ALA n 3 281 ALA n 3 282 GLY n 3 283 SER n 3 284 TYR n 3 285 ASP n 3 286 LEU n 3 287 ARG n 3 288 ARG n 3 289 VAL n 3 290 ASP n 3 291 ALA n 3 292 ALA n 3 293 GLY n 3 294 THR n 3 295 ALA n 3 296 VAL n 3 297 THR n 3 298 LYS n 3 299 GLY n 3 300 VAL n 3 301 ALA n 3 302 HIS n 3 303 PRO n 3 304 GLY n 3 305 GLY n 3 306 ALA n 3 307 LEU n 3 308 THR n 3 309 ILE n 3 310 GLY n 3 311 ALA n 3 312 GLY n 3 313 SER n 3 314 LEU n 3 315 TYR n 3 316 LEU n 3 317 LEU n 3 318 SER n 3 319 LEU n 3 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'Rhodobacter capsulatus DE442' 1415160 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 1 sample 1 84 ? 'Rhodobacter capsulatus DE442' 1415160 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 1 sample 1 325 ? 'Rhodobacter capsulatus DE442' 1415160 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP D5ATZ3_RHOCB D5ATZ3 ? 1 ;MPEGADPVAEVKTALAGFLKEVKGFQDDVKTRLQQQEERVTMLQTKTYAGRHALAAAATEEAPHQKAFAAYLRTGDDDGL RGLSLEGKALNSAVAAEGGYLVDPQTSETIRGVLRSTASLRQIASVVNVEATSFDVLVDKTDMGSGWASETAALSETATP QIDRITIPLHELAAMPKASQRLLDDSAFDIETWLANRIADKFARAEAAAFISGDGVDKPTGFLTKTKVANGAWAWGSLGY VATGAAGDFAAVNASDAVVDLVYALGAEYRANASFVMNSKTAGAVRKMKDADGRFLWADSLAAGEPARLMGYPVLIAEDM PDIAANAYAIAFGDFGNGYTIAERPDLRVLRDPFSAKPHVLFYASKRVGGDVSDFAAIKLLKFAAS ; 13 2 UNP D5AR33_RHOCB D5AR33 ? 2 ;MDVFAKHAVSLESPAVRHYEITPSDSTDLARRPRALRVQTGGTLVLRDETGITVTYTVFAGEILPVRPVRVLATGTTATA VGWE ; 1 3 UNP D5AR34_RHOCB D5AR34 ? 3 ;MIALGLGLGLAANGGPALRRYAVNGVAPVAVLDFERHFLSHPLALTRATSATYADALRAVQTAPADTPRYDYSTGKRALL LEASATNLLPNSAQFEAASWGKTRASVLANAALAPNGTMTADKLVEDTSNNSHFVARTGTQIAAGTSVTASIFVKAAERR WFALVTADSANAFRTTYFDLQTGTLGVVSQGAAGHVAQIVAAGNGWYRCSVTQTQAASGNFNFYPSVASANGATSYPGDG ASGLYLWGAQLEAGAAVSSVIPTEAAAVTRAADLASVAVAAGSYDLRRVDAAGTAVTKGVAHPGGALTIGAGSLYLLSLF PAGAL ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6TSU C5 1 ? 386 ? 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D5AR33 1 ? 84 ? 1 84 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6TSU _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 6TSU _struct.title 'Capsid of empty GTA particle computed with C5 symmetry' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6TSU _struct_keywords.text ;"capsid", "jelly roll", "spike", "HK97", VIRUS ; _struct_keywords.pdbx_keywords VIRUS # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 1 ? G N N 1 ? H N N 1 ? I N N 1 ? J N N 1 ? K N N 1 ? L N N 1 ? M N N 1 ? N N N 1 ? O N N 1 ? P N N 1 ? Q N N 1 ? R N N 1 ? S N N 1 ? T N N 1 ? U N N 1 ? V N N 1 ? W N N 1 ? X N N 1 ? Y N N 1 ? Z N N 1 ? AA N N 1 ? BA N N 1 ? CA N N 1 ? DA N N 2 ? EA N N 3 ? FA N N 2 ? GA N N 2 ? HA N N 2 ? IA N N 2 ? JA N N 2 ? KA N N 3 ? LA N N 2 ? MA N N 2 ? NA N N 2 ? OA N N 2 ? PA N N 2 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 SER A 179 ? SER A 186 ? SER C5 179 SER C5 186 1 ? 8 HELX_P HELX_P2 AA2 ASP A 189 ? 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