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EMD-20608 'other EM volume' PDB . 6U0N unspecified # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 6U0L _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2019-08-14 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Yang, Z.' 1 0000-0001-8680-3784 'Bjorkman, P.J.' 2 0000-0002-2277-3990 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Nat.Struct.Mol.Biol. _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 1545-9985 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 26 _citation.language ? _citation.page_first 1167 _citation.page_last 1175 _citation.title 'Asymmetric opening of HIV-1 Env bound to CD4 and a coreceptor-mimicking antibody.' _citation.year 2019 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41594-019-0344-5 _citation.pdbx_database_id_PubMed 31792452 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Yang, Z.' 1 ? primary 'Wang, H.' 2 ? primary 'Liu, A.Z.' 3 0000-0002-9387-0878 primary 'Gristick, H.B.' 4 ? primary 'Bjorkman, P.J.' 5 0000-0002-2277-3990 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 6U0L _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6U0L _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Envelope glycoprotein gp120' 54064.277 3 ? ? ? ? 2 polymer man 'T-cell surface glycoprotein CD4' 21472.350 3 ? ? 'D1-D2 domain' ? 3 polymer man 'E51 Fab heavy chain' 24891.582 3 ? ? ? ? 4 polymer man 'E51 Fab light chain' 22352.635 3 ? ? ? ? 5 polymer man 'Envelope glycoprotein gp41' 17146.482 3 ? ? ? ? 6 branched man '2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose' 424.401 4 ? ? ? ? 7 branched man ;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; 910.823 2 ? ? ? ? 8 branched man ;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; 1235.105 1 ? ? ? ? 9 non-polymer man 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose 221.208 21 ? ? ? ? # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;AENLWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYETEKHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNNMVEQMHTDIIS LWDQSLKPCVKLTPLCVTLQCTNVTNNITDDMRGELKNCSFNMTTELRDKKQKVYSLFYRLDVVQINENQGNRSNNSNKE YRLINCNTSAITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFNGTGPCPSVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEV MIRSENITNNAKNILVQFNTPVQINCTRPNNNTRKSIRIGPGQAFYATGDIIGDIRQAHCNVSKATWNETLGKVVKQLRK HFGNNTIIRFANSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCNTSGLFNSTWISNTSVQGSNSTGSNDSITLPCRIKQIINMWQRIGQ AMYAPPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTNSTTETFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRCKRRVVGRRRRR R ; ;AENLWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYETEKHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNNMVEQMHTDIIS LWDQSLKPCVKLTPLCVTLQCTNVTNNITDDMRGELKNCSFNMTTELRDKKQKVYSLFYRLDVVQINENQGNRSNNSNKE YRLINCNTSAITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFNGTGPCPSVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEV MIRSENITNNAKNILVQFNTPVQINCTRPNNNTRKSIRIGPGQAFYATGDIIGDIRQAHCNVSKATWNETLGKVVKQLRK HFGNNTIIRFANSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCNTSGLFNSTWISNTSVQGSNSTGSNDSITLPCRIKQIINMWQRIGQ AMYAPPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTNSTTETFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRCKRRVVGRRRRR R ; A,B,C ? 2 'polypeptide(L)' no no ;KKVVLGKKGDTVELTCTASQKKSIQFHWKNSNQIKILGNQGSFLTKGPSKLNDRADSRRSLWDQGNFPLIIKNLKIEDSD TYICEVEDQKEEVQLLVFGLTANSDTHLLQGQSLTLTLESPPGSSPSVQCRSPRGKNIQGGKTLSVSQLELQDSGTWTCT VLQNQKKVEFKIDIVVLAFQKAIDGRHHHHHH ; ;KKVVLGKKGDTVELTCTASQKKSIQFHWKNSNQIKILGNQGSFLTKGPSKLNDRADSRRSLWDQGNFPLIIKNLKIEDSD TYICEVEDQKEEVQLLVFGLTANSDTHLLQGQSLTLTLESPPGSSPSVQCRSPRGKNIQGGKTLSVSQLELQDSGTWTCT VLQNQKKVEFKIDIVVLAFQKAIDGRHHHHHH ; D,E,F ? 3 'polypeptide(L)' no yes ;EVQLVQSGAEVNKPGSSVKVSCQASGATLNSHAFSWVRQAPGQGLEWMAGIIPIFGSSHYAQKFRGRVTISADESTRTVY LHLRGLRSDDTAVYYCASNSIAGVAAAGD(TYS)AD(TYS)DGGYYYDMDVWGQGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKST SGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRV EPK ; ;EVQLVQSGAEVNKPGSSVKVSCQASGATLNSHAFSWVRQAPGQGLEWMAGIIPIFGSSHYAQKFRGRVTISADESTRTVY LHLRGLRSDDTAVYYCASNSIAGVAAAGDYADYDGGYYYDMDVWGQGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALG CLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPK ; H,I,P ? 4 'polypeptide(L)' no no ;QSILTQPPSVSAAPGQKVTISCSGSSSNIGNNDVSWYQQFPGTVPKLVIYENNERPSGIPDRFSGSKSGTSATLGITGLQ TGDEADYYCGTWDSSLSAVVFGGGSKVTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVK AGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPT ; ;QSILTQPPSVSAAPGQKVTISCSGSSSNIGNNDVSWYQQFPGTVPKLVIYENNERPSGIPDRFSGSKSGTSATLGITGLQ TGDEADYYCGTWDSSLSAVVFGGGSKVTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVK AGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPT ; J,L,Q ? 5 'polypeptide(L)' no no ;AVGIGAVFLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARNLLSGIVQQQSNLLRAPEAQQHLLKLTVWGIKQLQARVLAVERYLRDQQ LLGIWGCSGKLICCTNVPWNSSWSNRNLSEIWDNMTWLQWDKEISNYTQIIYGLLEESQNQQEKNEQDLLALD ; ;AVGIGAVFLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARNLLSGIVQQQSNLLRAPEAQQHLLKLTVWGIKQLQARVLAVERYLRDQQ LLGIWGCSGKLICCTNVPWNSSWSNRNLSEIWDNMTWLQWDKEISNYTQIIYGLLEESQNQQEKNEQDLLALD ; X,Y,Z ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 ALA n 1 2 GLU n 1 3 ASN n 1 4 LEU n 1 5 TRP n 1 6 VAL n 1 7 THR n 1 8 VAL n 1 9 TYR n 1 10 TYR n 1 11 GLY n 1 12 VAL n 1 13 PRO n 1 14 VAL n 1 15 TRP n 1 16 LYS n 1 17 ASP n 1 18 ALA n 1 19 GLU n 1 20 THR n 1 21 THR n 1 22 LEU n 1 23 PHE n 1 24 CYS n 1 25 ALA n 1 26 SER n 1 27 ASP n 1 28 ALA n 1 29 LYS n 1 30 ALA n 1 31 TYR n 1 32 GLU n 1 33 THR n 1 34 GLU n 1 35 LYS n 1 36 HIS n 1 37 ASN n 1 38 VAL n 1 39 TRP n 1 40 ALA n 1 41 THR n 1 42 HIS n 1 43 ALA n 1 44 CYS n 1 45 VAL n 1 46 PRO n 1 47 THR n 1 48 ASP n 1 49 PRO n 1 50 ASN n 1 51 PRO n 1 52 GLN n 1 53 GLU n 1 54 ILE n 1 55 HIS n 1 56 LEU n 1 57 GLU n 1 58 ASN n 1 59 VAL n 1 60 THR n 1 61 GLU n 1 62 GLU n 1 63 PHE n 1 64 ASN n 1 65 MET n 1 66 TRP n 1 67 LYS n 1 68 ASN n 1 69 ASN n 1 70 MET n 1 71 VAL n 1 72 GLU n 1 73 GLN n 1 74 MET n 1 75 HIS n 1 76 THR n 1 77 ASP n 1 78 ILE n 1 79 ILE n 1 80 SER n 1 81 LEU n 1 82 TRP n 1 83 ASP n 1 84 GLN n 1 85 SER n 1 86 LEU n 1 87 LYS n 1 88 PRO n 1 89 CYS n 1 90 VAL n 1 91 LYS n 1 92 LEU n 1 93 THR n 1 94 PRO n 1 95 LEU n 1 96 CYS n 1 97 VAL n 1 98 THR n 1 99 LEU n 1 100 GLN n 1 101 CYS n 1 102 THR n 1 103 ASN n 1 104 VAL n 1 105 THR n 1 106 ASN n 1 107 ASN n 1 108 ILE n 1 109 THR n 1 110 ASP n 1 111 ASP n 1 112 MET n 1 113 ARG n 1 114 GLY n 1 115 GLU n 1 116 LEU n 1 117 LYS n 1 118 ASN n 1 119 CYS n 1 120 SER n 1 121 PHE n 1 122 ASN n 1 123 MET n 1 124 THR n 1 125 THR n 1 126 GLU n 1 127 LEU n 1 128 ARG n 1 129 ASP n 1 130 LYS n 1 131 LYS n 1 132 GLN n 1 133 LYS n 1 134 VAL n 1 135 TYR n 1 136 SER n 1 137 LEU n 1 138 PHE n 1 139 TYR n 1 140 ARG n 1 141 LEU n 1 142 ASP n 1 143 VAL n 1 144 VAL n 1 145 GLN n 1 146 ILE n 1 147 ASN n 1 148 GLU n 1 149 ASN n 1 150 GLN n 1 151 GLY n 1 152 ASN n 1 153 ARG n 1 154 SER n 1 155 ASN n 1 156 ASN n 1 157 SER n 1 158 ASN n 1 159 LYS n 1 160 GLU n 1 161 TYR n 1 162 ARG n 1 163 LEU n 1 164 ILE n 1 165 ASN n 1 166 CYS n 1 167 ASN n 1 168 THR n 1 169 SER n 1 170 ALA n 1 171 ILE n 1 172 THR n 1 173 GLN n 1 174 ALA n 1 175 CYS n 1 176 PRO n 1 177 LYS n 1 178 VAL n 1 179 SER n 1 180 PHE n 1 181 GLU n 1 182 PRO n 1 183 ILE n 1 184 PRO n 1 185 ILE n 1 186 HIS n 1 187 TYR n 1 188 CYS n 1 189 ALA n 1 190 PRO n 1 191 ALA n 1 192 GLY n 1 193 PHE n 1 194 ALA n 1 195 ILE n 1 196 LEU n 1 197 LYS n 1 198 CYS n 1 199 LYS n 1 200 ASP n 1 201 LYS n 1 202 LYS n 1 203 PHE n 1 204 ASN n 1 205 GLY n 1 206 THR n 1 207 GLY n 1 208 PRO n 1 209 CYS n 1 210 PRO n 1 211 SER n 1 212 VAL n 1 213 SER n 1 214 THR n 1 215 VAL n 1 216 GLN n 1 217 CYS n 1 218 THR n 1 219 HIS n 1 220 GLY n 1 221 ILE n 1 222 LYS n 1 223 PRO n 1 224 VAL n 1 225 VAL n 1 226 SER n 1 227 THR n 1 228 GLN n 1 229 LEU n 1 230 LEU n 1 231 LEU n 1 232 ASN n 1 233 GLY n 1 234 SER n 1 235 LEU n 1 236 ALA n 1 237 GLU n 1 238 GLU n 1 239 GLU n 1 240 VAL n 1 241 MET n 1 242 ILE n 1 243 ARG n 1 244 SER n 1 245 GLU n 1 246 ASN n 1 247 ILE n 1 248 THR n 1 249 ASN n 1 250 ASN n 1 251 ALA n 1 252 LYS n 1 253 ASN n 1 254 ILE n 1 255 LEU n 1 256 VAL n 1 257 GLN n 1 258 PHE n 1 259 ASN n 1 260 THR n 1 261 PRO n 1 262 VAL n 1 263 GLN n 1 264 ILE n 1 265 ASN n 1 266 CYS n 1 267 THR n 1 268 ARG n 1 269 PRO n 1 270 ASN n 1 271 ASN n 1 272 ASN n 1 273 THR n 1 274 ARG n 1 275 LYS n 1 276 SER n 1 277 ILE n 1 278 ARG n 1 279 ILE n 1 280 GLY n 1 281 PRO n 1 282 GLY n 1 283 GLN n 1 284 ALA n 1 285 PHE n 1 286 TYR n 1 287 ALA n 1 288 THR n 1 289 GLY n 1 290 ASP n 1 291 ILE n 1 292 ILE n 1 293 GLY n 1 294 ASP n 1 295 ILE n 1 296 ARG n 1 297 GLN n 1 298 ALA n 1 299 HIS n 1 300 CYS n 1 301 ASN n 1 302 VAL n 1 303 SER n 1 304 LYS n 1 305 ALA n 1 306 THR n 1 307 TRP n 1 308 ASN n 1 309 GLU n 1 310 THR n 1 311 LEU n 1 312 GLY n 1 313 LYS n 1 314 VAL n 1 315 VAL n 1 316 LYS n 1 317 GLN n 1 318 LEU n 1 319 ARG n 1 320 LYS n 1 321 HIS n 1 322 PHE n 1 323 GLY n 1 324 ASN n 1 325 ASN n 1 326 THR n 1 327 ILE n 1 328 ILE n 1 329 ARG n 1 330 PHE n 1 331 ALA n 1 332 ASN n 1 333 SER n 1 334 SER n 1 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_entity_src_gen.host_org_species _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue_fraction _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line _entity_src_gen.pdbx_host_org_atcc _entity_src_gen.pdbx_host_org_culture_collection _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell _entity_src_gen.pdbx_host_org_organelle _entity_src_gen.pdbx_host_org_cellular_location _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector _entity_src_gen.host_org_details _entity_src_gen.expression_system_id _entity_src_gen.plasmid_name _entity_src_gen.plasmid_details _entity_src_gen.pdbx_description 1 1 sample 'Biological sequence' 1 481 ? ? env ? ? ? ? ? ? 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GLY G 108 D VAL H 100 GLY H 100 5 ? 5 HELX_P HELX_P21 AC3 ARG H 87 ? THR H 91 ? ARG I 83 THR I 87 5 ? 5 HELX_P HELX_P22 AC4 ALA H 102 ? ALA H 105 A ALA I 98 ALA I 100 5 ? 4 HELX_P HELX_P23 AC5 ARG K 87 ? THR K 91 ? ARG P 83 THR P 87 5 ? 5 HELX_P HELX_P24 AC6 GLN L 80 ? GLU L 84 ? GLN Q 79 GLU Q 83 5 ? 5 HELX_P HELX_P25 AC7 GLY M 5 ? PHE M 11 ? GLY X 516 PHE X 522 1 ? 7 HELX_P HELX_P26 AC8 THR M 18 ? LEU M 33 ? THR X 529 LEU X 544 1 ? 16 HELX_P HELX_P27 AC9 GLU M 49 ? LYS M 63 ? GLU X 560 LYS X 574 1 ? 15 HELX_P HELX_P28 AD1 ALA M 67 ? GLN M 80 ? ALA X 578 GLN X 591 1 ? 14 HELX_P HELX_P29 AD2 GLN M 80 ? GLY M 86 ? GLN X 591 GLY X 597 1 ? 7 HELX_P HELX_P30 AD3 ASN M 107 ? ASP M 113 ? ASN X 618 ASP X 624 1 ? 7 HELX_P HELX_P31 AD4 THR M 116 ? SER M 125 ? THR X 627 SER X 636 1 ? 10 HELX_P HELX_P32 AD5 TYR M 127 ? GLN M 142 ? TYR X 638 GLN X 653 1 ? 16 HELX_P HELX_P33 AD6 GLY N 3 ? GLY N 5 ? GLY Y 514 GLY Y 516 5 ? 3 HELX_P HELX_P34 AD7 ALA N 6 ? PHE N 11 ? ALA Y 517 PHE Y 522 1 ? 6 HELX_P HELX_P35 AD8 LEU N 12 ? ALA N 15 ? LEU Y 523 ALA Y 526 5 ? 4 HELX_P HELX_P36 AD9 THR N 18 ? LEU N 33 ? THR Y 529 LEU Y 544 1 ? 16 HELX_P HELX_P37 AE1 ALA N 50 ? LEU N 55 ? ALA Y 561 LEU Y 566 1 ? 6 HELX_P HELX_P38 AE2 THR N 58 ? GLN N 66 ? THR Y 569 GLN Y 577 1 ? 9 HELX_P HELX_P39 AE3 VAL N 69 ? TRP N 85 ? VAL Y 580 TRP Y 596 1 ? 17 HELX_P HELX_P40 AE4 THR N 116 ? SER N 125 ? THR Y 627 SER Y 636 1 ? 10 HELX_P HELX_P41 AE5 TYR N 127 ? GLN N 142 ? TYR Y 638 GLN Y 653 1 ? 16 HELX_P HELX_P42 AE6 THR O 18 ? ALA O 30 ? THR Z 529 ALA Z 541 1 ? 13 HELX_P HELX_P43 AE7 HIS O 53 ? GLY O 86 ? HIS Z 564 GLY Z 597 1 ? 34 HELX_P HELX_P44 AE8 TRP O 117 ? ILE O 124 ? TRP Z 628 ILE Z 635 1 ? 8 HELX_P HELX_P45 AE9 TYR O 127 ? GLU O 146 ? TYR Z 638 GLU Z 657 1 ? 20 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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B CYS 89 SG ? ? ? 1_555 B CYS 175 SG ? ? B CYS 119 B CYS 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? ? disulf11 disulf ? ? B CYS 96 SG ? ? ? 1_555 B CYS 166 SG ? ? B CYS 126 B CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf12 disulf ? ? B CYS 188 SG ? ? ? 1_555 B CYS 217 SG ? ? B CYS 218 B CYS 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf13 disulf ? ? B CYS 198 SG ? ? ? 1_555 B CYS 209 SG ? ? B CYS 228 B CYS 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf14 disulf ? ? B CYS 266 SG ? ? ? 1_555 B CYS 300 SG ? ? B CYS 296 B CYS 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.018 ? ? disulf15 disulf ? ? B CYS 347 SG ? ? ? 1_555 B CYS 413 SG ? ? B CYS 378 B CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? ? disulf16 disulf ? ? B CYS 354 SG ? ? ? 1_555 B CYS 386 SG ? ? B CYS 385 B CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf17 disulf ? ? B CYS 469 SG ? ? ? 1_555 N CYS 94 SG ? ? B CYS 501 Y CYS 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? ? disulf18 disulf ? ? C CYS 89 SG ? ? ? 1_555 C CYS 175 SG ? ? C CYS 119 C CYS 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? ? disulf19 disulf ? ? C CYS 96 SG ? ? ? 1_555 C CYS 166 SG ? ? C CYS 126 C CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf20 disulf ? ? C CYS 188 SG ? ? ? 1_555 C CYS 217 SG ? ? C CYS 218 C CYS 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf21 disulf ? ? C CYS 198 SG ? ? ? 1_555 C CYS 209 SG ? ? C CYS 228 C CYS 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf22 disulf ? ? C CYS 266 SG ? ? ? 1_555 C CYS 300 SG ? ? C CYS 296 C CYS 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.009 ? ? disulf23 disulf ? ? C CYS 347 SG ? ? ? 1_555 C CYS 413 SG ? ? C CYS 378 C CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? ? disulf24 disulf ? ? C CYS 354 SG ? ? ? 1_555 C CYS 386 SG ? ? C CYS 385 C CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf25 disulf ? ? C CYS 469 SG ? ? ? 1_555 O CYS 94 SG ? ? C CYS 501 Z CYS 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf26 disulf ? ? D CYS 16 SG ? ? ? 1_555 D CYS 84 SG ? ? D CYS 16 D CYS 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf27 disulf ? ? E CYS 16 SG ? ? ? 1_555 E CYS 84 SG ? ? E CYS 16 E CYS 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf28 disulf ? ? F CYS 16 SG ? ? ? 1_555 F CYS 84 SG ? ? F CYS 16 F CYS 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf29 disulf ? ? G CYS 22 SG ? ? ? 1_555 G CYS 96 SG A ? H CYS 22 H CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf30 disulf ? ? G CYS 22 SG ? ? ? 1_555 G CYS 96 SG B ? H CYS 22 H CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf31 disulf ? ? H CYS 22 SG ? ? ? 1_555 H CYS 96 SG B ? I CYS 22 I CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf32 disulf ? ? H CYS 22 SG ? ? ? 1_555 H CYS 96 SG A ? I CYS 22 I CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf33 disulf ? ? I CYS 22 SG ? ? ? 1_555 I CYS 89 SG A ? J CYS 23 J CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf34 disulf ? ? I CYS 22 SG ? ? ? 1_555 I CYS 89 SG B ? J CYS 23 J CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf35 disulf ? ? J CYS 22 SG ? ? ? 1_555 J CYS 89 SG ? ? L CYS 23 L CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf36 disulf ? ? K CYS 22 SG ? ? ? 1_555 K CYS 96 SG ? ? P CYS 22 P CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf37 disulf ? ? L CYS 22 SG ? ? ? 1_555 L CYS 89 SG ? ? Q CYS 23 Q CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf38 disulf ? ? M CYS 87 SG ? ? ? 1_555 M CYS 93 SG ? ? X CYS 598 X CYS 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf39 disulf ? ? N CYS 87 SG ? ? ? 1_555 N CYS 93 SG ? ? Y CYS 598 Y CYS 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? ? disulf40 disulf ? ? O CYS 87 SG ? ? ? 1_555 O CYS 93 SG ? ? Z CYS 598 Z CYS 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? ? covale1 covale one ? A ASN 58 ND2 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? A ASN 88 A NAG 613 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.455 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 204 ND2 ? ? ? 1_555 AA NAG . C1 ? ? A ASN 234 A NAG 614 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? A ASN 232 ND2 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? A ASN 262 K NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.425 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? A ASN 246 ND2 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? A ASN 276 M NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? A ASN 308 ND2 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? A ASN 339 A NAG 612 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? A ASN 324 ND2 ? ? ? 1_555 BA NAG . C1 ? ? A ASN 355 A NAG 615 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? A ASN 332 ND2 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? A ASN 363 A NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? A ASN 355 ND2 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? A ASN 386 G NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale9 covale one ? A ASN 416 ND2 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? A ASN 448 A NAG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.425 ? N-Glycosylation covale10 covale one ? B ASN 204 ND2 ? ? ? 1_555 DA NAG . C1 ? ? B ASN 234 B NAG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale11 covale one ? B ASN 232 ND2 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? B ASN 262 O NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.420 ? N-Glycosylation covale12 covale one ? B ASN 246 ND2 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? B ASN 276 R NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale13 covale one ? B ASN 301 ND2 ? ? ? 1_555 FA NAG . C1 ? ? B ASN 332 B NAG 615 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? N-Glycosylation covale14 covale one ? B ASN 308 ND2 ? ? ? 1_555 CA NAG . C1 ? ? B ASN 339 B NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale15 covale one ? B ASN 332 ND2 ? ? ? 1_555 GA NAG . C1 ? ? B ASN 363 B NAG 616 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? N-Glycosylation covale16 covale one ? B ASN 355 ND2 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? B ASN 386 N NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale17 covale one ? B ASN 416 ND2 ? ? ? 1_555 EA NAG . C1 ? ? B ASN 448 B NAG 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale18 covale one ? C ASN 58 ND2 ? ? ? 1_555 NA NAG . C1 ? ? C ASN 88 C NAG 612 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? N-Glycosylation covale19 covale one ? C ASN 232 ND2 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? C ASN 262 S NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.430 ? N-Glycosylation covale20 covale one ? C ASN 246 ND2 ? ? ? 1_555 IA NAG . C1 ? ? C ASN 276 C NAG 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? N-Glycosylation covale21 covale one ? C ASN 265 ND2 ? ? ? 1_555 JA NAG . C1 ? ? C ASN 295 C NAG 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale22 covale one ? C ASN 301 ND2 ? ? ? 1_555 KA NAG . C1 ? ? C ASN 332 C NAG 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.423 ? N-Glycosylation covale23 covale one ? C ASN 308 ND2 ? ? ? 1_555 LA NAG . C1 ? ? C ASN 339 C NAG 610 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale24 covale one ? C ASN 332 ND2 ? ? ? 1_555 OA NAG . C1 ? ? C ASN 363 C NAG 613 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.456 ? N-Glycosylation covale25 covale one ? C ASN 361 ND2 ? ? ? 1_555 PA NAG . C1 ? ? C ASN 392 C NAG 614 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale26 covale one ? C ASN 416 ND2 ? ? ? 1_555 HA NAG . C1 ? ? C ASN 448 C NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? N-Glycosylation covale27 covale both ? G ASP 109 C ? E ? 1_555 G TYS 110 N ? F H ASP 100 H TYS 100 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? ? covale28 covale both ? G TYS 110 C ? F ? 1_555 G ALA 111 N ? G H TYS 100 H ALA 100 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? ? covale29 covale both ? G ASP 112 C ? H ? 1_555 G TYS 113 N ? I H ASP 100 H TYS 100 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? ? covale30 covale both ? G TYS 113 C ? I ? 1_555 G ASP 114 N ? J H TYS 100 H ASP 100 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? ? covale31 covale both ? H ASP 109 C ? E ? 1_555 H TYS 110 N ? F I ASP 100 I TYS 100 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? ? covale32 covale both ? H TYS 110 C ? F ? 1_555 H ALA 111 N ? G I TYS 100 I ALA 100 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? ? covale33 covale both ? H ASP 112 C ? H ? 1_555 H TYS 113 N ? I I ASP 100 I TYS 100 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? ? covale34 covale both ? H TYS 113 C ? I ? 1_555 H ASP 114 N ? J I TYS 100 I ASP 100 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? ? covale35 covale both ? K ASP 109 C ? E ? 1_555 K TYS 110 N ? F P ASP 100 P TYS 100 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? ? covale36 covale both ? K TYS 110 C ? F ? 1_555 K ALA 111 N ? G P TYS 100 P ALA 100 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? ? covale37 covale both ? K ASP 112 C ? H ? 1_555 K TYS 113 N ? I P ASP 100 P TYS 100 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? ? covale38 covale both ? K TYS 113 C ? I ? 1_555 K ASP 114 N ? J P TYS 100 P ASP 100 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? ? covale39 covale one ? M ASN 126 ND2 ? ? ? 1_555 QA NAG . C1 ? ? X ASN 637 X NAG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.428 ? N-Glycosylation covale40 covale both ? P NAG . O4 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? G NAG 1 G NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.467 ? ? covale41 covale both ? Q NAG . O4 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? K NAG 1 K NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale42 covale both ? Q NAG . O4 ? ? ? 1_555 Q BMA . C1 ? ? K NAG 2 K BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? ? covale43 covale both ? Q BMA . O3 ? ? ? 1_555 Q MAN . C1 ? ? K BMA 3 K MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale44 covale both ? Q MAN . O2 ? ? ? 1_555 Q MAN . C1 ? ? K MAN 4 K MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? ? covale45 covale both ? R NAG . O4 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? M NAG 1 M NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale46 covale both ? S NAG . O4 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? N NAG 1 N NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.464 ? ? covale47 covale both ? T NAG . O4 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? O NAG 1 O NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? ? covale48 covale both ? T NAG . O4 ? ? ? 1_555 T BMA . C1 ? ? O NAG 2 O BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? ? covale49 covale both ? T BMA . O3 ? ? ? 1_555 T MAN . C1 ? ? O BMA 3 O MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? ? covale50 covale both ? T BMA . O6 ? ? ? 1_555 T MAN . C1 ? ? O BMA 3 O MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? ? covale51 covale both ? T MAN . O2 ? ? ? 1_555 T MAN . C1 ? ? O MAN 4 O MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale52 covale both ? T MAN . O3 ? ? ? 1_555 T MAN . C1 ? ? O MAN 6 O MAN 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? ? covale53 covale both ? U NAG . O4 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? R NAG 1 R NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale54 covale both ? V NAG . O4 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? S NAG 1 S NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale55 covale both ? V NAG . O4 ? ? ? 1_555 V BMA . C1 ? ? S NAG 2 S BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? ? covale56 covale both ? V BMA . O3 ? ? ? 1_555 V MAN . C1 ? ? S BMA 3 S MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? ? covale57 covale both ? V MAN . O2 ? ? ? 1_555 V MAN . C1 ? ? S MAN 4 S MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 3 ? AA2 ? 5 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 4 ? AA5 ? 3 ? AA6 ? 5 ? AA7 ? 2 ? AA8 ? 3 ? AA9 ? 3 ? AB1 ? 2 ? AB2 ? 2 ? AB3 ? 2 ? AB4 ? 3 ? AB5 ? 2 ? AB6 ? 4 ? AB7 ? 3 ? AB8 ? 2 ? AB9 ? 3 ? AC1 ? 2 ? AC2 ? 2 ? AC3 ? 2 ? AC4 ? 4 ? AC5 ? 3 ? AC6 ? 3 ? AC7 ? 5 ? AC8 ? 2 ? AC9 ? 6 ? AD1 ? 3 ? AD2 ? 6 ? AD3 ? 3 ? AD4 ? 6 ? AD5 ? 3 ? AD6 ? 4 ? AD7 ? 6 ? AD8 ? 4 ? AD9 ? 6 ? AE1 ? 5 ? AE2 ? 3 ? AE3 ? 2 ? AE4 ? 3 ? AE5 ? 4 ? AE6 ? 4 ? AE7 ? 6 ? 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'Human immunodeficiency virus 1' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain 1 2 HEK293-6E 9606 'Homo sapiens' ? ? 2 3 HEK293-6E 9606 'Homo sapiens' ? ? 3 4 HEK293-6E 9606 'Homo sapiens' ? ? 4 5 HEK293-6E 9606 'Homo sapiens' ? ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 64 _em_image_recording.average_exposure_time 8 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images 3128 # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? ? ? 1 1 1 2 'IMAGE ACQUISITION' ? 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