HEADER HYDROLASE 05-SEP-19 6U8T TITLE CRYSTAL STRUCTURE OF YOPT DOMAIN OF PASTEURELLA MULTOCIDA PFHB2-TOXIN COMPND MOL_ID: 1; COMPND 2 MOLECULE: PFHB2; COMPND 3 CHAIN: A, C, B, D; COMPND 4 ENGINEERED: YES; COMPND 5 MUTATION: YES SOURCE MOL_ID: 1; SOURCE 2 ORGANISM_SCIENTIFIC: PASTEURELLA MULTOCIDA (STRAIN PM70); SOURCE 3 ORGANISM_TAXID: 272843; SOURCE 4 STRAIN: PM70; SOURCE 5 GENE: PFHB2, PM0059; SOURCE 6 EXPRESSION_SYSTEM: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3); SOURCE 7 EXPRESSION_SYSTEM_TAXID: 469008; SOURCE 8 EXPRESSION_SYSTEM_STRAIN: BL21(DE3); SOURCE 9 EXPRESSION_SYSTEM_VECTOR_TYPE: PLASMID; SOURCE 10 EXPRESSION_SYSTEM_PLASMID: PSMT3 KEYWDS CYSTEINE PROTEASE, HYDROLASE EXPDTA X-RAY DIFFRACTION AUTHOR S.KUMAR,S.MATTOO REVDAT 3 13-NOV-24 6U8T 1 REMARK REVDAT 2 23-SEP-20 6U8T 1 REMARK REVDAT 1 09-SEP-20 6U8T 0 JRNL AUTH S.KUMAR,S.MATTOO JRNL TITL CRYSTAL STRUCTURE OF YOPT DOMAIN OF PASTEURELLA MULTOCIDA JRNL TITL 2 PFHB2-TOXIN JRNL REF TO BE PUBLISHED JRNL REFN REMARK 2 REMARK 2 RESOLUTION. 2.39 ANGSTROMS. REMARK 3 REMARK 3 REFINEMENT. REMARK 3 PROGRAM : REFMAC 5.8.0253 REMARK 3 AUTHORS : MURSHUDOV,SKUBAK,LEBEDEV,PANNU,STEINER, REMARK 3 : NICHOLLS,WINN,LONG,VAGIN REMARK 3 REMARK 3 REFINEMENT TARGET : NULL REMARK 3 REMARK 3 DATA USED IN REFINEMENT. REMARK 3 RESOLUTION RANGE HIGH (ANGSTROMS) : 2.39 REMARK 3 RESOLUTION RANGE LOW (ANGSTROMS) : 29.41 REMARK 3 DATA CUTOFF (SIGMA(F)) : NULL REMARK 3 COMPLETENESS FOR RANGE (%) : 88.3 REMARK 3 NUMBER OF REFLECTIONS : 31955 REMARK 3 REMARK 3 FIT TO DATA USED IN REFINEMENT. REMARK 3 CROSS-VALIDATION METHOD : THROUGHOUT REMARK 3 FREE R VALUE TEST SET SELECTION : RANDOM REMARK 3 R VALUE (WORKING + TEST SET) : 0.202 REMARK 3 R VALUE (WORKING SET) : 0.199 REMARK 3 FREE R VALUE : 0.245 REMARK 3 FREE R VALUE TEST SET SIZE (%) : 4.900 REMARK 3 FREE R VALUE TEST SET COUNT : 1650 REMARK 3 REMARK 3 FIT IN THE HIGHEST RESOLUTION BIN. REMARK 3 TOTAL NUMBER OF BINS USED : 20 REMARK 3 BIN RESOLUTION RANGE HIGH (A) : 2.39 REMARK 3 BIN RESOLUTION RANGE LOW (A) : 2.45 REMARK 3 REFLECTION IN BIN (WORKING SET) : 1337 REMARK 3 BIN COMPLETENESS (WORKING+TEST) (%) : 49.63 REMARK 3 BIN R VALUE (WORKING SET) : 0.2670 REMARK 3 BIN FREE R VALUE SET COUNT : 73 REMARK 3 BIN FREE R VALUE : 0.3030 REMARK 3 REMARK 3 NUMBER OF NON-HYDROGEN ATOMS USED IN REFINEMENT. REMARK 3 PROTEIN ATOMS : 6654 REMARK 3 NUCLEIC ACID ATOMS : 0 REMARK 3 HETEROGEN ATOMS : 19 REMARK 3 SOLVENT ATOMS : 241 REMARK 3 REMARK 3 B VALUES. REMARK 3 FROM WILSON PLOT (A**2) : 51.90 REMARK 3 MEAN B VALUE (OVERALL, A**2) : 51.21 REMARK 3 OVERALL ANISOTROPIC B VALUE. REMARK 3 B11 (A**2) : -3.08000 REMARK 3 B22 (A**2) : 1.32000 REMARK 3 B33 (A**2) : 1.93000 REMARK 3 B12 (A**2) : 0.00000 REMARK 3 B13 (A**2) : -1.71000 REMARK 3 B23 (A**2) : 0.00000 REMARK 3 REMARK 3 ESTIMATED OVERALL COORDINATE ERROR. REMARK 3 ESU BASED ON R VALUE (A): 0.640 REMARK 3 ESU BASED ON FREE R VALUE (A): 0.288 REMARK 3 ESU BASED ON MAXIMUM LIKELIHOOD (A): 0.207 REMARK 3 ESU FOR B VALUES BASED ON MAXIMUM LIKELIHOOD (A**2): 17.717 REMARK 3 REMARK 3 CORRELATION COEFFICIENTS. REMARK 3 CORRELATION COEFFICIENT FO-FC : 0.941 REMARK 3 CORRELATION COEFFICIENT FO-FC FREE : 0.908 REMARK 3 REMARK 3 RMS DEVIATIONS FROM IDEAL VALUES COUNT RMS WEIGHT REMARK 3 BOND LENGTHS REFINED ATOMS (A): 6805 ; 0.009 ; 0.013 REMARK 3 BOND LENGTHS OTHERS (A): 6196 ; 0.001 ; 0.018 REMARK 3 BOND ANGLES REFINED ATOMS (DEGREES): 9132 ; 1.508 ; 1.637 REMARK 3 BOND ANGLES OTHERS (DEGREES): 14471 ; 1.273 ; 1.586 REMARK 3 TORSION ANGLES, PERIOD 1 (DEGREES): 846 ; 7.165 ; 5.000 REMARK 3 TORSION ANGLES, PERIOD 2 (DEGREES): 319 ;40.338 ;24.922 REMARK 3 TORSION ANGLES, PERIOD 3 (DEGREES): 1182 ;17.738 ;15.000 REMARK 3 TORSION ANGLES, PERIOD 4 (DEGREES): 12 ;14.986 ;15.000 REMARK 3 CHIRAL-CENTER RESTRAINTS (A**3): 857 ; 0.139 ; 0.200 REMARK 3 GENERAL PLANES REFINED ATOMS (A): 7582 ; 0.007 ; 0.020 REMARK 3 GENERAL PLANES OTHERS (A): 1378 ; 0.002 ; 0.020 REMARK 3 NON-BONDED CONTACTS REFINED ATOMS (A): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 NON-BONDED CONTACTS OTHERS (A): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 NON-BONDED TORSION REFINED ATOMS (A): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 NON-BONDED TORSION OTHERS (A): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 H-BOND (X...Y) REFINED ATOMS (A): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 H-BOND (X...Y) OTHERS (A): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 POTENTIAL METAL-ION REFINED ATOMS (A): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 POTENTIAL METAL-ION OTHERS (A): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 SYMMETRY VDW REFINED ATOMS (A): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 SYMMETRY VDW OTHERS (A): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 SYMMETRY H-BOND REFINED ATOMS (A): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 SYMMETRY H-BOND OTHERS (A): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 SYMMETRY METAL-ION REFINED ATOMS (A): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 SYMMETRY METAL-ION OTHERS (A): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 REMARK 3 ISOTROPIC THERMAL FACTOR RESTRAINTS. COUNT RMS WEIGHT REMARK 3 MAIN-CHAIN BOND REFINED ATOMS (A**2): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 MAIN-CHAIN BOND OTHER ATOMS (A**2): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 MAIN-CHAIN ANGLE REFINED ATOMS (A**2): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 MAIN-CHAIN ANGLE OTHER ATOMS (A**2): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 SIDE-CHAIN BOND REFINED ATOMS (A**2): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 SIDE-CHAIN BOND OTHER ATOMS (A**2): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 SIDE-CHAIN ANGLE REFINED ATOMS (A**2): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 SIDE-CHAIN ANGLE OTHER ATOMS (A**2): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 LONG RANGE B REFINED ATOMS (A**2): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 LONG RANGE B OTHER ATOMS (A**2): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 REMARK 3 ANISOTROPIC THERMAL FACTOR RESTRAINTS. COUNT RMS WEIGHT REMARK 3 RIGID-BOND RESTRAINTS (A**2): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 SPHERICITY; FREE ATOMS (A**2): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 SPHERICITY; BONDED ATOMS (A**2): NULL ; NULL ; NULL REMARK 3 REMARK 3 NCS RESTRAINTS STATISTICS REMARK 3 NUMBER OF DIFFERENT NCS GROUPS : NULL REMARK 3 REMARK 3 TLS DETAILS REMARK 3 NUMBER OF TLS GROUPS : 4 REMARK 3 REMARK 3 TLS GROUP : 1 REMARK 3 NUMBER OF COMPONENTS GROUP : 1 REMARK 3 COMPONENTS C SSSEQI TO C SSSEQI REMARK 3 RESIDUE RANGE : A 3696 A 3916 REMARK 3 ORIGIN FOR THE GROUP (A): 3.4340 10.6520 56.7600 REMARK 3 T TENSOR REMARK 3 T11: 0.4311 T22: 0.1505 REMARK 3 T33: 0.1311 T12: 0.0665 REMARK 3 T13: 0.1122 T23: 0.0385 REMARK 3 L TENSOR REMARK 3 L11: 0.5614 L22: 1.8197 REMARK 3 L33: 2.2186 L12: 0.1379 REMARK 3 L13: -0.5409 L23: -1.0167 REMARK 3 S TENSOR REMARK 3 S11: 0.0820 S12: 0.2761 S13: 0.1070 REMARK 3 S21: -0.5813 S22: 0.0674 S23: 0.0024 REMARK 3 S31: -0.1941 S32: -0.3843 S33: -0.1494 REMARK 3 REMARK 3 TLS GROUP : 2 REMARK 3 NUMBER OF COMPONENTS GROUP : 1 REMARK 3 COMPONENTS C SSSEQI TO C SSSEQI REMARK 3 RESIDUE RANGE : C 3696 C 3916 REMARK 3 ORIGIN FOR THE GROUP (A): -4.0050 16.1500 18.5930 REMARK 3 T TENSOR REMARK 3 T11: 0.5698 T22: 0.2783 REMARK 3 T33: 0.1703 T12: 0.0773 REMARK 3 T13: 0.1061 T23: 0.0145 REMARK 3 L TENSOR REMARK 3 L11: 2.4456 L22: 3.6982 REMARK 3 L33: 1.5189 L12: 1.8324 REMARK 3 L13: -1.3287 L23: -1.2947 REMARK 3 S TENSOR REMARK 3 S11: -0.0900 S12: -0.1527 S13: -0.1749 REMARK 3 S21: -0.0228 S22: -0.1507 S23: -0.5013 REMARK 3 S31: 0.0614 S32: 0.2397 S33: 0.2406 REMARK 3 REMARK 3 TLS GROUP : 3 REMARK 3 NUMBER OF COMPONENTS GROUP : 1 REMARK 3 COMPONENTS C SSSEQI TO C SSSEQI REMARK 3 RESIDUE RANGE : B 3696 B 3916 REMARK 3 ORIGIN FOR THE GROUP (A): 9.3630 11.1950 70.5180 REMARK 3 T TENSOR REMARK 3 T11: 0.2161 T22: 0.0093 REMARK 3 T33: 0.1513 T12: -0.0038 REMARK 3 T13: 0.1249 T23: -0.0039 REMARK 3 L TENSOR REMARK 3 L11: 0.7571 L22: 2.2027 REMARK 3 L33: 2.2304 L12: -0.4658 REMARK 3 L13: 0.0869 L23: -0.5432 REMARK 3 S TENSOR REMARK 3 S11: 0.0937 S12: 0.0619 S13: 0.1107 REMARK 3 S21: -0.1122 S22: -0.0597 S23: -0.3769 REMARK 3 S31: -0.3916 S32: 0.0039 S33: -0.0339 REMARK 3 REMARK 3 TLS GROUP : 4 REMARK 3 NUMBER OF COMPONENTS GROUP : 1 REMARK 3 COMPONENTS C SSSEQI TO C SSSEQI REMARK 3 RESIDUE RANGE : D 3697 D 3917 REMARK 3 ORIGIN FOR THE GROUP (A): -17.9890 15.6470 18.1400 REMARK 3 T TENSOR REMARK 3 T11: 0.6556 T22: 0.2200 REMARK 3 T33: 0.1710 T12: 0.0666 REMARK 3 T13: 0.1550 T23: 0.0112 REMARK 3 L TENSOR REMARK 3 L11: 2.0100 L22: 1.5639 REMARK 3 L33: 1.5931 L12: 0.9542 REMARK 3 L13: -1.2218 L23: -0.6603 REMARK 3 S TENSOR REMARK 3 S11: -0.1354 S12: 0.2203 S13: 0.1839 REMARK 3 S21: -0.0669 S22: 0.1910 S23: 0.2424 REMARK 3 S31: 0.0343 S32: -0.2613 S33: -0.0556 REMARK 3 REMARK 3 BULK SOLVENT MODELLING. REMARK 3 METHOD USED : NULL REMARK 3 PARAMETERS FOR MASK CALCULATION REMARK 3 VDW PROBE RADIUS : 1.10 REMARK 3 ION PROBE RADIUS : 0.90 REMARK 3 SHRINKAGE RADIUS : 0.90 REMARK 3 REMARK 3 OTHER REFINEMENT REMARKS: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING REMARK 3 POSITIONS REMARK 4 REMARK 4 6U8T COMPLIES WITH FORMAT V. 3.30, 13-JUL-11 REMARK 100 REMARK 100 THIS ENTRY HAS BEEN PROCESSED BY RCSB ON 06-SEP-19. REMARK 100 THE DEPOSITION ID IS D_1000243887. REMARK 200 REMARK 200 EXPERIMENTAL DETAILS REMARK 200 EXPERIMENT TYPE : X-RAY DIFFRACTION REMARK 200 DATE OF DATA COLLECTION : 22-OCT-17 REMARK 200 TEMPERATURE (KELVIN) : 80.15 REMARK 200 PH : NULL REMARK 200 NUMBER OF CRYSTALS USED : 1 REMARK 200 REMARK 200 SYNCHROTRON (Y/N) : Y REMARK 200 RADIATION SOURCE : APS REMARK 200 BEAMLINE : 21-ID-D REMARK 200 X-RAY GENERATOR MODEL : NULL REMARK 200 MONOCHROMATIC OR LAUE (M/L) : M REMARK 200 WAVELENGTH OR RANGE (A) : 0.9762 REMARK 200 MONOCHROMATOR : KOHZU REMARK 200 OPTICS : NULL REMARK 200 REMARK 200 DETECTOR TYPE : CCD REMARK 200 DETECTOR MANUFACTURER : MARMOSAIC 300 MM CCD REMARK 200 INTENSITY-INTEGRATION SOFTWARE : HKL-2000 REMARK 200 DATA SCALING SOFTWARE : HKL-2000 REMARK 200 REMARK 200 NUMBER OF UNIQUE REFLECTIONS : 37166 REMARK 200 RESOLUTION RANGE HIGH (A) : 2.390 REMARK 200 RESOLUTION RANGE LOW (A) : 30.000 REMARK 200 REJECTION CRITERIA (SIGMA(I)) : NULL REMARK 200 REMARK 200 OVERALL. REMARK 200 COMPLETENESS FOR RANGE (%) : 96.5 REMARK 200 DATA REDUNDANCY : 6.100 REMARK 200 R MERGE (I) : NULL REMARK 200 R SYM (I) : NULL REMARK 200 FOR THE DATA SET : 16.9000 REMARK 200 REMARK 200 IN THE HIGHEST RESOLUTION SHELL. REMARK 200 HIGHEST RESOLUTION SHELL, RANGE HIGH (A) : 2.39 REMARK 200 HIGHEST RESOLUTION SHELL, RANGE LOW (A) : 2.48 REMARK 200 COMPLETENESS FOR SHELL (%) : 86.2 REMARK 200 DATA REDUNDANCY IN SHELL : 4.50 REMARK 200 R MERGE FOR SHELL (I) : NULL REMARK 200 R SYM FOR SHELL (I) : NULL REMARK 200 FOR SHELL : 1.800 REMARK 200 REMARK 200 DIFFRACTION PROTOCOL: SINGLE WAVELENGTH REMARK 200 METHOD USED TO DETERMINE THE STRUCTURE: SAD REMARK 200 SOFTWARE USED: CRANK2 REMARK 200 STARTING MODEL: NULL REMARK 200 REMARK 200 REMARK: ROD SHAPE REMARK 280 REMARK 280 CRYSTAL REMARK 280 SOLVENT CONTENT, VS (%): 51.27 REMARK 280 MATTHEWS COEFFICIENT, VM (ANGSTROMS**3/DA): 2.52 REMARK 280 REMARK 280 CRYSTALLIZATION CONDITIONS: 0.2 M MAGNESIUM ACETATE AND PEG 3350 REMARK 280 22%, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K REMARK 290 REMARK 290 CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY REMARK 290 SYMMETRY OPERATORS FOR SPACE GROUP: P 1 21 1 REMARK 290 REMARK 290 SYMOP SYMMETRY REMARK 290 NNNMMM OPERATOR REMARK 290 1555 X,Y,Z REMARK 290 2555 -X,Y+1/2,-Z REMARK 290 REMARK 290 WHERE NNN -> OPERATOR NUMBER REMARK 290 MMM -> TRANSLATION VECTOR REMARK 290 REMARK 290 CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY TRANSFORMATIONS REMARK 290 THE FOLLOWING TRANSFORMATIONS OPERATE ON THE ATOM/HETATM REMARK 290 RECORDS IN THIS ENTRY TO PRODUCE CRYSTALLOGRAPHICALLY REMARK 290 RELATED MOLECULES. REMARK 290 SMTRY1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 REMARK 290 SMTRY2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 REMARK 290 SMTRY3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 REMARK 290 SMTRY1 2 -1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 REMARK 290 SMTRY2 2 0.000000 1.000000 0.000000 31.47850 REMARK 290 SMTRY3 2 0.000000 0.000000 -1.000000 0.00000 REMARK 290 REMARK 290 REMARK: NULL REMARK 300 REMARK 300 BIOMOLECULE: 1, 2 REMARK 300 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND/OR PROGRAM REMARK 300 GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN REMARK 300 THIS ENTRY. THE REMARK MAY ALSO PROVIDE INFORMATION ON REMARK 300 BURIED SURFACE AREA. REMARK 350 REMARK 350 COORDINATES FOR A COMPLETE MULTIMER REPRESENTING THE KNOWN REMARK 350 BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE OF THE REMARK 350 MOLECULE CAN BE GENERATED BY APPLYING BIOMT TRANSFORMATIONS REMARK 350 GIVEN BELOW. BOTH NON-CRYSTALLOGRAPHIC AND REMARK 350 CRYSTALLOGRAPHIC OPERATIONS ARE GIVEN. REMARK 350 REMARK 350 BIOMOLECULE: 1 REMARK 350 AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL UNIT: DIMERIC REMARK 350 APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: A, B REMARK 350 BIOMT1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 REMARK 350 REMARK 350 BIOMOLECULE: 2 REMARK 350 AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL UNIT: DIMERIC REMARK 350 APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: C, D REMARK 350 BIOMT1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 REMARK 465 REMARK 465 MISSING RESIDUES REMARK 465 THE FOLLOWING RESIDUES WERE NOT LOCATED IN THE REMARK 465 EXPERIMENT. (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN REMARK 465 IDENTIFIER; SSSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE.) REMARK 465 REMARK 465 M RES C SSSEQI REMARK 465 SER A 3747 REMARK 465 GLN A 3748 REMARK 465 GLY A 3749 REMARK 465 GLU A 3750 REMARK 465 ASP A 3751 REMARK 465 PHE A 3752 REMARK 465 TRP A 3753 REMARK 465 GLY A 3759 REMARK 465 GLY A 3760 REMARK 465 LYS A 3761 REMARK 465 GLU A 3917 REMARK 465 GLY C 3749 REMARK 465 GLU C 3750 REMARK 465 GLU C 3917 REMARK 465 GLU B 3917 REMARK 465 SER D 3696 REMARK 465 SER D 3746 REMARK 465 SER D 3747 REMARK 465 GLN D 3748 REMARK 465 GLY D 3749 REMARK 465 GLU D 3750 REMARK 465 ASP D 3751 REMARK 465 PHE D 3752 REMARK 465 TRP D 3753 REMARK 465 ASN D 3754 REMARK 465 THR D 3755 REMARK 465 MSE D 3756 REMARK 465 TYR D 3757 REMARK 465 GLU D 3758 REMARK 465 GLY D 3759 REMARK 465 GLY D 3760 REMARK 465 LYS D 3761 REMARK 465 LYS D 3762 REMARK 465 GLY D 3763 REMARK 470 REMARK 470 MISSING ATOM REMARK 470 THE FOLLOWING RESIDUES HAVE MISSING ATOMS (M=MODEL NUMBER; REMARK 470 RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN IDENTIFIER; SSEQ=SEQUENCE NUMBER; REMARK 470 I=INSERTION CODE): REMARK 470 M RES CSSEQI ATOMS REMARK 470 GLU A3758 CG CD OE1 OE2 REMARK 470 LYS A3762 CG CD CE NZ REMARK 470 SER A3839 OG REMARK 470 GLN C3748 CG CD OE1 NE2 REMARK 470 ASP C3751 CG OD1 OD2 REMARK 470 HIS D3764 CG ND1 CD2 CE1 NE2 REMARK 500 REMARK 500 GEOMETRY AND STEREOCHEMISTRY REMARK 500 SUBTOPIC: COVALENT BOND ANGLES REMARK 500 REMARK 500 THE STEREOCHEMICAL PARAMETERS OF THE FOLLOWING RESIDUES REMARK 500 HAVE VALUES WHICH DEVIATE FROM EXPECTED VALUES BY MORE REMARK 500 THAN 6*RMSD (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN REMARK 500 IDENTIFIER; SSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE). REMARK 500 REMARK 500 STANDARD TABLE: REMARK 500 FORMAT: (10X,I3,1X,A3,1X,A1,I4,A1,3(1X,A4,2X),12X,F5.1) REMARK 500 REMARK 500 EXPECTED VALUES PROTEIN: ENGH AND HUBER, 1999 REMARK 500 EXPECTED VALUES NUCLEIC ACID: CLOWNEY ET AL 1996 REMARK 500 REMARK 500 M RES CSSEQI ATM1 ATM2 ATM3 REMARK 500 MSE A3697 CG - SE - CE ANGL. DEV. = 25.7 DEGREES REMARK 500 MSE C3781 CG - SE - CE ANGL. DEV. = 25.8 DEGREES REMARK 500 MSE B3756 CG - SE - CE ANGL. DEV. = 16.7 DEGREES REMARK 500 REMARK 500 REMARK: NULL REMARK 500 REMARK 500 GEOMETRY AND STEREOCHEMISTRY REMARK 500 SUBTOPIC: TORSION ANGLES REMARK 500 REMARK 500 TORSION ANGLES OUTSIDE THE EXPECTED RAMACHANDRAN REGIONS: REMARK 500 (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN IDENTIFIER; REMARK 500 SSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE). REMARK 500 REMARK 500 STANDARD TABLE: REMARK 500 FORMAT:(10X,I3,1X,A3,1X,A1,I4,A1,4X,F7.2,3X,F7.2) REMARK 500 REMARK 500 EXPECTED VALUES: GJ KLEYWEGT AND TA JONES (1996). PHI/PSI- REMARK 500 CHOLOGY: RAMACHANDRAN REVISITED. STRUCTURE 4, 1395 - 1400 REMARK 500 REMARK 500 M RES CSSEQI PSI PHI REMARK 500 VAL A3745 66.71 -100.70 REMARK 500 PHE A3874 -54.00 -135.84 REMARK 500 ALA A3892 -63.49 -122.90 REMARK 500 MSE C3697 145.63 171.08 REMARK 500 SER C3746 -94.65 -64.83 REMARK 500 ASN C3754 59.35 -102.58 REMARK 500 LYS C3761 79.05 -167.84 REMARK 500 PHE C3874 -57.09 -136.14 REMARK 500 ALA C3892 -64.62 -122.55 REMARK 500 GLN B3748 55.88 -103.58 REMARK 500 ASN B3754 55.57 -162.54 REMARK 500 SER B3785 110.77 119.60 REMARK 500 PHE B3874 -56.02 -137.35 REMARK 500 ALA B3892 -63.00 -122.84 REMARK 500 LEU D3765 142.76 -171.60 REMARK 500 PHE D3874 -56.15 -134.90 REMARK 500 ALA D3892 -64.07 -120.84 REMARK 500 PHE D3908A 136.02 96.84 REMARK 500 REMARK 500 REMARK: NULL REMARK 620 REMARK 620 METAL COORDINATION REMARK 620 (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN IDENTIFIER; REMARK 620 SSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE): REMARK 620 REMARK 620 COORDINATION ANGLES FOR: M RES CSSEQI METAL REMARK 620 NA A4001 NA REMARK 620 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ANISOU 1730 CA PHE C3709 12331 4884 7536 315 4458 -642 C ANISOU 1731 C PHE C3709 12115 4848 7381 405 4378 -607 C ANISOU 1732 O PHE C3709 11304 4401 6777 579 4138 -416 O ANISOU 1733 CB PHE C3709 12269 5034 7168 134 4167 -743 C ANISOU 1734 CG PHE C3709 12813 5531 7314 -124 4102 -967 C ANISOU 1735 CD1 PHE C3709 13368 5689 7569 -381 4331 -1185 C ANISOU 1736 CD2 PHE C3709 12554 5600 6960 -127 3823 -956 C ANISOU 1737 CE1 PHE C3709 13573 5844 7360 -652 4256 -1374 C ANISOU 1738 CE2 PHE C3709 13184 6182 7229 -368 3763 -1130 C ANISOU 1739 CZ PHE C3709 13491 6112 7211 -639 3965 -1332 C ANISOU 1740 N LYS C3710 12398 4868 7456 268 4580 -794 N ANISOU 1741 CA LYS C3710 12680 5287 7774 331 4538 -779 C ANISOU 1742 C LYS C3710 13080 5579 7663 50 4499 -1030 C ANISOU 1743 O LYS C3710 13381 5475 7678 -162 4755 -1229 O ANISOU 1744 CB LYS C3710 13055 5441 8541 507 4887 -680 C ANISOU 1745 CG LYS C3710 13249 5829 8875 609 4832 -615 C ANISOU 1746 CD LYS C3710 13679 6263 9911 873 5037 -374 C ANISOU 1747 CE LYS 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HOH A4176 -9.139 11.553 68.812 1.00 37.15 O HETATM 6754 O HOH A4177 -11.327 -10.325 72.184 1.00 35.76 O HETATM 6755 O HOH A4178 -2.879 6.110 79.776 1.00 25.54 O HETATM 6756 O HOH A4179 -11.997 -15.944 71.972 1.00 28.37 O HETATM 6757 O HOH A4180 -19.822 31.444 50.099 1.00 73.73 O HETATM 6758 O HOH A4181 -8.285 3.940 61.840 1.00 46.68 O HETATM 6759 O HOH A4182 22.536 10.449 56.739 1.00 51.67 O HETATM 6760 O HOH A4183 -13.684 -11.476 70.905 1.00 34.76 O HETATM 6761 O HOH C4001 -8.322 -11.724 39.226 1.00 42.99 O HETATM 6762 O HOH C4002 -2.251 20.789 7.402 1.00 52.75 O HETATM 6763 O HOH C4003 -18.774 11.536 27.581 1.00 48.46 O HETATM 6764 O HOH C4004 8.313 27.192 -11.986 1.00 49.75 O HETATM 6765 O HOH C4005 -15.944 15.339 22.538 1.00 46.73 O HETATM 6766 O HOH C4006 -0.856 16.837 -7.266 1.00 39.86 O HETATM 6767 O HOH C4007 -5.904 13.084 28.461 1.00 30.29 O HETATM 6768 O HOH C4008 -3.516 20.184 11.227 1.00 36.87 O HETATM 6769 O HOH C4009 -15.493 15.731 27.344 1.00 34.62 O HETATM 6770 O HOH C4010 -29.318 -6.357 37.109 1.00 61.74 O HETATM 6771 O HOH C4011 -0.140 29.754 17.879 1.00 42.90 O HETATM 6772 O HOH C4012 -3.469 15.127 18.271 1.00 43.72 O HETATM 6773 O HOH C4013 -15.727 -2.880 14.033 1.00 36.85 O HETATM 6774 O HOH C4014 -0.821 19.818 -2.558 1.00 43.53 O HETATM 6775 O HOH C4015 -18.792 34.269 15.397 1.00 42.32 O HETATM 6776 O HOH C4016 -19.274 -1.147 14.790 1.00 31.95 O HETATM 6777 O HOH C4017 -3.444 36.093 27.162 1.00 51.86 O HETATM 6778 O HOH C4018 -2.046 6.795 16.755 1.00 42.65 O HETATM 6779 O HOH C4019 -20.859 -15.102 36.424 1.00 43.07 O HETATM 6780 O HOH C4020 -9.382 -6.841 12.566 1.00 48.49 O HETATM 6781 O HOH C4021 6.539 29.872 23.314 1.00 46.44 O HETATM 6782 O HOH C4022 -8.122 -10.446 42.160 1.00 51.63 O HETATM 6783 O HOH B4101 13.334 -6.392 59.570 1.00 25.13 O HETATM 6784 O HOH B4102 13.190 44.852 64.385 1.00 52.44 O HETATM 6785 O HOH B4103 12.129 -5.295 61.665 1.00 25.39 O HETATM 6786 O HOH B4104 -7.650 8.166 88.464 1.00 25.34 O HETATM 6787 O HOH B4105 19.884 -3.096 79.523 1.00 32.08 O HETATM 6788 O HOH B4106 16.017 -10.058 71.950 1.00 20.27 O HETATM 6789 O HOH B4107 5.124 14.950 62.540 1.00 34.19 O HETATM 6790 O HOH B4108 8.383 6.184 56.858 1.00 54.49 O HETATM 6791 O HOH B4109 36.031 -11.112 76.596 1.00 23.10 O HETATM 6792 O HOH B4110 -4.092 -8.039 94.432 1.00 44.97 O HETATM 6793 O HOH B4111 26.509 -5.456 81.136 1.00 30.45 O HETATM 6794 O HOH B4112 -3.210 26.416 55.947 1.00 37.77 O HETATM 6795 O HOH B4113 12.092 -17.751 72.716 1.00 30.73 O HETATM 6796 O HOH B4114 31.840 -8.947 83.415 1.00 37.41 O HETATM 6797 O HOH B4115 3.280 -3.638 90.211 1.00 41.41 O HETATM 6798 O HOH B4116 20.085 -14.335 71.603 1.00 43.34 O HETATM 6799 O HOH B4117 17.403 -11.395 70.034 1.00 32.11 O HETATM 6800 O HOH B4118 5.693 21.566 71.047 1.00 27.52 O HETATM 6801 O HOH B4119 1.978 5.070 94.303 1.00 23.40 O HETATM 6802 O HOH B4120 9.163 17.779 45.870 1.00 30.31 O HETATM 6803 O HOH B4121 7.875 2.402 56.631 1.00 37.85 O HETATM 6804 O HOH B4122 16.010 6.214 87.890 1.00 21.79 O HETATM 6805 O HOH B4123 37.803 -12.180 79.860 1.00 24.40 O HETATM 6806 O HOH B4124 5.843 17.559 75.720 1.00 49.76 O HETATM 6807 O HOH B4125 16.351 -9.223 65.379 1.00 26.98 O HETATM 6808 O HOH B4126 7.821 6.122 90.495 1.00 21.58 O HETATM 6809 O HOH B4127 13.402 -15.018 68.019 1.00 25.05 O HETATM 6810 O HOH B4128 -1.245 26.214 72.240 1.00 52.78 O HETATM 6811 O HOH B4129 7.505 2.179 63.467 1.00 18.54 O HETATM 6812 O HOH B4130 -0.057 19.267 74.038 1.00 27.72 O HETATM 6813 O HOH B4131 0.566 5.639 76.439 1.00 22.25 O HETATM 6814 O HOH B4132 -16.318 -4.879 83.794 1.00 51.35 O HETATM 6815 O HOH B4133 17.846 -5.367 90.044 1.00 26.78 O HETATM 6816 O HOH B4134 15.703 -12.436 76.217 1.00 45.01 O HETATM 6817 O HOH B4135 2.500 11.122 91.101 1.00 17.80 O HETATM 6818 O HOH B4136 0.606 13.042 77.018 1.00 45.89 O HETATM 6819 O HOH B4137 9.712 -20.487 80.793 1.00 35.90 O HETATM 6820 O HOH B4138 15.967 1.548 79.636 1.00 26.45 O HETATM 6821 O HOH B4139 10.793 8.764 64.575 1.00 25.36 O HETATM 6822 O HOH B4140 1.948 8.060 59.311 1.00 37.83 O HETATM 6823 O HOH B4141 22.496 -12.272 81.693 1.00 30.99 O HETATM 6824 O HOH B4142 -5.941 4.183 84.022 1.00 24.96 O HETATM 6825 O HOH B4143 16.496 -9.275 91.721 1.00 52.68 O HETATM 6826 O HOH B4144 22.220 39.090 52.093 1.00 42.55 O HETATM 6827 O HOH B4145 4.323 8.954 71.881 1.00 25.56 O HETATM 6828 O HOH B4146 3.677 6.892 73.506 1.00 13.71 O HETATM 6829 O HOH B4147 1.219 -16.917 95.982 1.00 49.96 O HETATM 6830 O HOH B4148 -0.902 -5.824 86.134 1.00 41.98 O HETATM 6831 O HOH B4149 17.207 -4.562 61.441 1.00 25.04 O HETATM 6832 O HOH B4150 10.338 7.123 90.282 1.00 33.39 O HETATM 6833 O HOH B4151 21.787 -4.847 68.105 1.00 27.79 O HETATM 6834 O HOH B4152 13.514 -0.045 75.447 1.00 11.62 O HETATM 6835 O HOH B4153 20.349 4.087 78.420 1.00 34.03 O HETATM 6836 O HOH B4154 -14.293 4.048 81.921 1.00 47.07 O HETATM 6837 O HOH B4155 9.632 24.833 69.738 1.00 41.08 O HETATM 6838 O HOH B4156 26.541 -2.797 77.635 1.00 38.64 O HETATM 6839 O HOH B4157 18.091 -7.082 64.922 1.00 31.68 O HETATM 6840 O HOH B4158 22.155 -8.292 72.196 1.00 38.80 O HETATM 6841 O HOH B4159 -10.176 0.274 94.848 1.00 51.41 O HETATM 6842 O HOH B4160 4.009 -12.839 85.746 1.00 39.01 O HETATM 6843 O HOH B4161 -1.948 8.695 79.210 1.00 38.73 O HETATM 6844 O HOH B4162 7.513 41.840 66.021 1.00 30.44 O HETATM 6845 O HOH B4163 -0.250 32.193 62.334 1.00 42.09 O HETATM 6846 O HOH B4164 7.160 -8.599 58.692 1.00 38.12 O HETATM 6847 O HOH B4165 21.618 10.244 73.574 1.00 40.06 O HETATM 6848 O HOH B4166 -1.411 -21.880 88.003 1.00 32.26 O HETATM 6849 O HOH B4167 7.295 20.270 72.539 1.00 33.12 O HETATM 6850 O HOH B4168 9.633 12.713 90.749 1.00 48.11 O HETATM 6851 O HOH B4169 28.401 -7.432 85.293 1.00 41.81 O HETATM 6852 O HOH B4170 0.195 6.495 95.698 1.00 43.89 O HETATM 6853 O HOH B4171 5.202 -1.939 89.201 1.00 21.52 O HETATM 6854 O HOH B4172 8.876 4.207 92.364 1.00 25.41 O HETATM 6855 O HOH B4173 12.797 -3.609 58.176 1.00 47.88 O HETATM 6856 O HOH B4174 3.373 2.861 95.107 1.00 42.64 O HETATM 6857 O HOH B4175 19.532 9.830 59.533 1.00 49.37 O HETATM 6858 O HOH B4176 19.853 -5.458 88.579 1.00 33.66 O HETATM 6859 O HOH B4177 32.705 -6.192 81.697 1.00 40.49 O HETATM 6860 O HOH B4178 4.799 12.726 51.799 1.00 39.31 O HETATM 6861 O HOH B4179 15.492 -5.154 59.697 1.00 38.65 O HETATM 6862 O HOH B4180 -1.184 15.817 76.485 1.00 48.67 O HETATM 6863 O HOH B4181 7.401 25.476 69.379 1.00 42.25 O HETATM 6864 O HOH B4182 14.954 -15.242 82.275 1.00 40.47 O HETATM 6865 O HOH B4183 23.845 -4.029 72.158 1.00 40.16 O HETATM 6866 O HOH B4184 1.262 17.123 77.006 1.00 40.15 O HETATM 6867 O HOH B4185 -7.484 6.042 85.373 1.00 41.21 O HETATM 6868 O HOH B4186 16.029 -15.936 68.335 1.00 47.59 O HETATM 6869 O HOH B4187 20.993 17.907 57.920 1.00 45.20 O HETATM 6870 O HOH B4188 -4.802 2.266 94.220 1.00 40.71 O HETATM 6871 O HOH B4189 22.462 -10.923 83.882 1.00 33.35 O HETATM 6872 O HOH B4190 19.339 -15.359 78.171 1.00 45.38 O HETATM 6873 O HOH B4191 4.977 -8.122 57.401 1.00 28.24 O HETATM 6874 O HOH B4192 19.352 -1.017 92.239 1.00 49.60 O HETATM 6875 O HOH B4193 10.729 15.485 51.503 1.00 46.49 O HETATM 6876 O HOH B4194 -3.497 38.829 57.854 1.00 43.34 O HETATM 6877 O HOH B4195 36.094 -8.993 85.232 1.00 45.36 O HETATM 6878 O HOH B4196 9.758 8.582 59.643 1.00 41.18 O HETATM 6879 O HOH B4197 15.791 -4.910 94.591 1.00 38.16 O HETATM 6880 O HOH B4198 22.011 -20.754 75.227 1.00 37.99 O HETATM 6881 O HOH B4199 17.105 -11.089 67.391 1.00 29.55 O HETATM 6882 O HOH B4200 20.731 2.194 79.752 1.00 35.11 O HETATM 6883 O HOH B4201 3.851 12.925 90.153 1.00 29.09 O HETATM 6884 O HOH B4202 20.350 18.280 76.646 1.00 41.54 O HETATM 6885 O HOH B4203 26.562 28.772 55.545 1.00 55.86 O HETATM 6886 O HOH B4204 30.647 -15.068 73.186 1.00 34.93 O HETATM 6887 O HOH B4205 7.449 22.327 69.082 1.00 37.85 O HETATM 6888 O HOH B4206 28.823 -3.461 73.347 1.00 41.54 O HETATM 6889 O HOH B4207 -12.522 -4.251 79.772 1.00 30.72 O HETATM 6890 O HOH B4208 39.963 -16.887 84.329 1.00 44.94 O HETATM 6891 O HOH B4209 2.911 -0.872 89.536 1.00 33.84 O HETATM 6892 O HOH D4001 -12.712 27.362 22.593 1.00 45.06 O HETATM 6893 O HOH D4002 8.952 39.913 13.512 1.00 42.38 O HETATM 6894 O HOH D4003 -28.952 6.953 26.602 1.00 32.92 O HETATM 6895 O HOH D4004 -30.796 -1.082 45.101 1.00 52.22 O HETATM 6896 O HOH D4005 -5.803 11.751 20.367 1.00 37.37 O HETATM 6897 O HOH D4006 -18.121 42.000 4.580 1.00 53.86 O HETATM 6898 O HOH D4007 -12.390 7.822 35.115 1.00 33.02 O HETATM 6899 O HOH D4008 -34.132 17.201 19.735 1.00 38.33 O HETATM 6900 O HOH D4009 -39.639 7.651 46.438 1.00 40.86 O HETATM 6901 O HOH D4010 -13.954 15.384 23.739 1.00 38.48 O HETATM 6902 O HOH D4011 -12.596 24.923 16.899 1.00 37.70 O HETATM 6903 O HOH D4012 -2.087 24.783 17.099 1.00 39.75 O HETATM 6904 O HOH D4013 -22.407 11.209 38.502 1.00 40.03 O HETATM 6905 O HOH D4014 -35.403 13.141 49.679 1.00 37.58 O HETATM 6906 O HOH D4015 -3.571 20.993 2.563 1.00 33.62 O HETATM 6907 O HOH D4016 -5.169 18.025 21.251 1.00 64.87 O HETATM 6908 O HOH D4017 -14.130 26.374 -3.454 1.00 57.67 O HETATM 6909 O HOH D4018 -30.064 8.004 31.930 1.00 34.77 O HETATM 6910 O HOH D4019 -6.002 4.536 35.341 1.00 61.65 O HETATM 6911 O HOH D4020 -7.835 18.327 -2.577 1.00 51.80 O HETATM 6912 O HOH D4021 -33.003 14.017 48.251 1.00 35.56 O HETATM 6913 O HOH D4022 -16.476 20.830 21.580 1.00 44.49 O HETATM 6914 O HOH D4023 -39.735 13.538 51.012 1.00 37.24 O HETATM 6915 O HOH D4024 -2.457 28.087 -6.850 1.00 48.69 O HETATM 6916 O HOH D4025 -26.845 -11.115 17.294 1.00 58.42 O HETATM 6917 O HOH D4026 -26.133 -7.316 18.683 1.00 40.63 O HETATM 6918 O HOH D4027 -33.711 8.283 55.680 1.00 46.27 O CONECT 3 7 CONECT 7 3 8 CONECT 8 7 9 11 CONECT 9 8 10 15 CONECT 10 9 CONECT 11 8 12 CONECT 12 11 13 CONECT 13 12 14 CONECT 14 13 CONECT 15 9 CONECT 88 6659 CONECT 402 407 CONECT 407 402 408 CONECT 408 407 409 411 CONECT 409 408 410 415 CONECT 410 409 CONECT 411 408 412 CONECT 412 411 413 CONECT 413 412 414 CONECT 414 413 CONECT 415 409 CONECT 574 583 CONECT 583 574 584 CONECT 584 583 585 587 CONECT 585 584 586 591 CONECT 586 585 CONECT 587 584 588 CONECT 588 587 589 CONECT 589 588 590 CONECT 590 589 CONECT 591 585 CONECT 1291 1298 CONECT 1297 6659 CONECT 1298 1291 1299 CONECT 1299 1298 1300 1302 CONECT 1300 1299 1301 1306 CONECT 1301 1300 CONECT 1302 1299 1303 CONECT 1303 1302 1304 CONECT 1304 1303 1305 CONECT 1305 1304 CONECT 1306 1300 CONECT 1643 1647 CONECT 1647 1643 1648 CONECT 1648 1647 1649 1651 CONECT 1649 1648 1650 1655 CONECT 1650 1649 CONECT 1651 1648 1652 CONECT 1652 1651 1653 CONECT 1653 1652 1654 CONECT 1654 1653 CONECT 1655 1649 CONECT 2083 2088 CONECT 2088 2083 2089 CONECT 2089 2088 2090 2092 CONECT 2090 2089 2091 2096 CONECT 2091 2090 CONECT 2092 2089 2093 CONECT 2093 2092 2094 CONECT 2094 2093 2095 CONECT 2095 2094 CONECT 2096 2090 CONECT 2280 2289 CONECT 2289 2280 2290 CONECT 2290 2289 2291 2293 CONECT 2291 2290 2292 2297 CONECT 2292 2291 CONECT 2293 2290 2294 CONECT 2294 2293 2295 CONECT 2295 2294 2296 CONECT 2296 2295 CONECT 2297 2291 CONECT 2998 3005 CONECT 3005 2998 3006 CONECT 3006 3005 3007 3009 CONECT 3007 3006 3008 3013 CONECT 3008 3007 CONECT 3009 3006 3010 CONECT 3010 3009 3011 CONECT 3011 3010 3012 CONECT 3012 3011 CONECT 3013 3007 CONECT 3350 3354 CONECT 3354 3350 3355 CONECT 3355 3354 3356 3358 CONECT 3356 3355 3357 3362 CONECT 3357 3356 CONECT 3358 3355 3359 CONECT 3359 3358 3360 CONECT 3360 3359 3361 CONECT 3361 3360 CONECT 3362 3356 CONECT 3810 3815 CONECT 3815 3810 3816 CONECT 3816 3815 3817 3819 CONECT 3817 3816 3818 3823 CONECT 3818 3817 CONECT 3819 3816 3820 CONECT 3820 3819 3821 CONECT 3821 3820 3822 CONECT 3822 3821 CONECT 3823 3817 CONECT 4007 4016 CONECT 4016 4007 4017 CONECT 4017 4016 4018 4020 CONECT 4018 4017 4019 4024 CONECT 4019 4018 CONECT 4020 4017 4021 CONECT 4021 4020 4022 CONECT 4022 4021 4023 CONECT 4023 4022 CONECT 4024 4018 CONECT 4725 4732 CONECT 4732 4725 4733 CONECT 4733 4732 4734 4736 CONECT 4734 4733 4735 4740 CONECT 4735 4734 CONECT 4736 4733 4737 CONECT 4737 4736 4738 CONECT 4738 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