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_citation.pdbx_database_id_DOI 10.1016/j.cell.2019.12.030 _citation.pdbx_database_id_PubMed 31955848 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Campbell, M.G.' 1 ? primary 'Cormier, A.' 2 ? primary 'Ito, S.' 3 ? primary 'Seed, R.I.' 4 ? primary 'Bondesson, A.J.' 5 ? primary 'Lou, J.' 6 ? primary 'Marks, J.D.' 7 ? primary 'Baron, J.L.' 8 ? primary 'Cheng, Y.' 9 ? primary 'Nishimura, S.L.' 10 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Integrin alpha-V' 112813.352 1 ? ? ? ? 2 polymer man 'Integrin beta-8' 81276.664 1 ? ? ? ? 3 polymer man 'C6-RGD3 heavy chain Fab' 22785.475 1 ? ? ? ? 4 polymer man 'C6-RGD3 light chain Fab' 24388.119 1 ? ? ? ? 5 branched man 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K N N 7 ? L N N 7 ? M N N 7 ? N N N 8 ? O N N 7 ? P N N 9 ? Q N N 8 ? R N N 8 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP ITAV_HUMAN P06756 ? 1 ;FNLDVDSPAEYSGPEGSYFGFAVDFFVPSASSRMFLLVGAPKANTTQPGIVEGGQVLKCDWSSTRRCQPIEFDATGNRDY AKDDPLEFKSHQWFGASVRSKQDKILACAPLYHWRTEMKQEREPVGTCFLQDGTKTVEYAPCRSQDIDADGQGFCQGGFS IDFTKADRVLLGGPGSFYWQGQLISDQVAEIVSKYDPNVYSIKYNNQLATRTAQAIFDDSYLGYSVAVGDFNGDGIDDFV SGVPRAARTLGMVYIYDGKNMSSLYNFTGEQMAAYFGFSVAATDINGDDYADVFIGAPLFMDRGSDGKLQEVGQVSVSLQ RASGDFQTTKLNGFEVFARFGSAIAPLGDLDQDGFNDIAIAAPYGGEDKKGIVYIFNGRSTGLNAVPSQILEGQWAARSM PPSFGYSMKGATDIDKNGYPDLIVGAFGVDRAILYRARPVITVNAGLEVYPSILNQDNKTCSLPGTALKVSCFNVRFCLK ADGKGVLPRKLNFQVELLLDKLKQKGAIRRALFLYSRSPSHSKNMTISRGGLMQCEELIAYLRDESEFRDKLTPITIFME YRLDYRTAADTTGLQPILNQFTPANISRQAHILLDCGEDNVCKPKLEVSVDSDQKKIYIGDDNPLTLIVKAQNQGEGAYE AELIVSIPLQADFIGVVRNNEALARLSCAFKTENQTRQVVCDLGNPMKAGTQLLAGLRFSVHQQSEMDTSVKFDLQIQSS NLFDKVSPVVSHKVDLAVLAAVEIRGVSSPDHVFLPIPNWEHKENPETEEDVGPVVQHIYELRNNGPSSFSKAMLHLQWP YKYNNNTLLYILHYDIDGPMNCTSDMEINPLRIKISSLQTTEKNDTVAGQGERDHLITKRDLALSEGDIHTLGCGVAQCL KIVCQVGRLDRGKSAILYVKSLLWTETFMNKENQNHSYSLKSSASFNVIEFPYKNLPIEDITNSTLVTTNVTWGIQPAPM PVPVWVIILAVLAGLLLLAVLVFVMYRMGFFKRVRPPQEEQEREQLQPHENGEGNSET ; 31 2 UNP ITB8_HUMAN P26012 ? 2 ;EDNRCASSNAASCARCLALGPECGWCVQEDFISGGSRSERCDIVSNLISKGCSVDSIEYPSVHVIIPTENEINTQVTPGE VSIQLRPGAEANFMLKVHPLKKYPVDLYYLVDVSASMHNNIEKLNSVGNDLSRKMAFFSRDFRLGFGSYVDKTVSPYISI HPERIHNQCSDYNLDCMPPHGYIHVLSLTENITEFEKAVHRQKISGNIDTPEGGFDAMLQAAVCESHIGWRKEAKRLLLV MTDQTSHLALDSKLAGIVVPNDGNCHLKNNVYVKSTTMEHPSLGQLSEKLIDNNINVIFAVQGKQFHWYKDLLPLLPGTI AGEIESKAANLNNLVVEAYQKLISEVKVQVENQVQGIYFNITAICPDGSRKPGMEGCRNVTSNDEVLFNVTVTMKKCDVT GGKNYAIIKPIGFNETAKIHIHRNCSCQCEDNRGPKGKCVDETFLDSKCFQCDENKCHFDEDQFSSESCKSHKDQPVCSG RGVCVCGKCSCHKIKLGKVYGKYCEKDDFSCPYHHGNLCAGHGECEAGRCQCFSGWEGDRCQCPSAAAQHCVNSKGQVCS GRGTCVCGRCECTDPRSIGRFCEHCPTCYTACKENWNCMQCLHPHNLSQAILDQCKTSCALMEQQHYVDQTSECFSSPSY LRIFFIIFIVTFLIGLLKVLIIRQVILQWNSNKIKSSSDYRVSASKKDKLILQSVCTRAVTYRREKPEEIKMDISKLNAH ETFRCNF ; 43 3 PDB 6UJC 6UJC ? 3 ? 1 4 PDB 6UJC 6UJC ? 4 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6UJC A 1 ? 1018 ? P06756 31 ? 1048 ? 1 1018 2 2 6UJC B 1 ? 727 ? P26012 43 ? 769 ? 1 727 3 3 6UJC E 1 ? 212 ? 6UJC 1 ? 212 ? 1 212 4 4 6UJC F 1 ? 223 ? 6UJC 1 ? 223 ? 1 223 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 12710 ? 1 MORE 11 ? 1 'SSA (A^2)' 49220 ? # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'gel filtration' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 175 ? GLN A 180 ? GLY A 175 GLN A 180 1 ? 6 HELX_P HELX_P2 AA2 VAL A 188 ? LYS A 194 ? VAL A 188 LYS A 194 1 ? 7 HELX_P HELX_P3 AA3 GLN A 214 ? ASP A 218 ? GLN A 214 ASP A 218 5 ? 5 HELX_P HELX_P4 AA4 ARG A 245 ? LEU A 250 ? ARG A 245 LEU A 250 1 ? 6 HELX_P HELX_P5 AA5 GLY A 366 ? LYS A 370 ? GLY A 366 LYS A 370 5 ? 5 HELX_P HELX_P6 AA6 PHE A 427 ? VAL A 429 ? PHE A 427 VAL A 429 5 ? 3 HELX_P HELX_P7 AA7 SER B 114 ? SER B 116 ? SER B 114 SER B 116 5 ? 3 HELX_P HELX_P8 AA8 MET B 117 ? GLU B 122 ? MET B 117 GLU B 122 1 ? 6 HELX_P HELX_P9 AA9 LYS B 123 ? SER B 126 ? LYS B 123 SER B 126 5 ? 4 HELX_P HELX_P10 AB1 VAL B 127 ? MET B 135 ? VAL B 127 MET B 135 1 ? 9 HELX_P HELX_P11 AB2 HIS B 161 ? GLN B 168 ? HIS B 161 GLN B 168 1 ? 8 HELX_P HELX_P12 AB3 ASN B 191 ? ARG B 201 ? ASN B 191 ARG B 201 1 ? 11 HELX_P HELX_P13 AB4 GLY B 213 ? CYS B 224 ? GLY B 213 CYS B 224 1 ? 12 HELX_P HELX_P14 AB5 CYS B 224 ? GLY B 229 ? CYS B 224 GLY B 229 1 ? 6 HELX_P HELX_P15 AB6 LEU B 248 ? GLY B 256 ? LEU B 248 GLY B 256 5 ? 9 HELX_P HELX_P16 AB7 SER B 282 ? ASN B 293 ? SER B 282 ASN B 293 1 ? 12 HELX_P HELX_P17 AB8 GLN B 305 ? ASP B 311 ? GLN B 305 ASP B 311 1 ? 7 HELX_P HELX_P18 AB9 LEU B 312 ? LEU B 316 ? LEU B 312 LEU B 316 5 ? 5 HELX_P HELX_P19 AC1 ASN B 330 ? ILE B 343 ? ASN B 330 ILE B 343 1 ? 14 HELX_P HELX_P20 AC2 MET B 374 ? GLY B 376 ? MET B 374 GLY B 376 5 ? 3 HELX_P HELX_P21 AC3 THR C 28 ? ASP C 31 ? THR E 28 ASP E 31 5 ? 4 HELX_P HELX_P22 AC4 THR C 74 ? ALA C 76 ? THR E 74 ALA E 76 5 ? 3 HELX_P HELX_P23 AC5 LYS C 87 ? THR C 91 ? LYS E 87 THR E 91 5 ? 5 HELX_P HELX_P24 AC6 GLN D 89 ? LEU D 93 ? GLN F 89 LEU F 93 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 59 SG ? ? ? 1_555 A CYS 67 SG ? ? A CYS 59 A CYS 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? ? disulf2 disulf ? ? A CYS 108 SG ? ? ? 1_555 A CYS 128 SG ? ? A CYS 108 A CYS 128 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf3 disulf ? ? A CYS 142 SG ? ? ? 1_555 A CYS 155 SG ? ? A CYS 142 A CYS 155 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? ? disulf4 disulf ? ? B CYS 169 SG ? ? ? 1_555 B CYS 176 SG ? ? B CYS 169 B CYS 176 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.160 ? ? disulf5 disulf ? ? B CYS 224 SG ? ? ? 1_555 B CYS 265 SG ? ? B CYS 224 B CYS 265 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? ? disulf6 disulf ? ? B CYS 365 SG ? ? ? 1_555 B CYS 377 SG ? ? B CYS 365 B CYS 377 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? ? disulf7 disulf ? ? B CYS 397 SG ? ? ? 1_555 B CYS 425 SG ? ? B CYS 397 B CYS 425 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf8 disulf ? ? C CYS 22 SG ? ? ? 1_555 C CYS 96 SG ? ? E CYS 22 E CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? ? disulf9 disulf ? ? D CYS 23 SG ? ? ? 1_555 D CYS 98 SG ? ? F CYS 23 F CYS 98 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? covale1 covale one ? A ASN 44 ND2 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? A ASN 44 D NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.500 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 260 ND2 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? A ASN 260 A NAG 2005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.508 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? A ASN 266 ND2 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? A ASN 266 C NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.503 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? B ASN 191 ND2 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? B ASN 191 G NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.501 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? B ASN 360 ND2 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? B ASN 360 B NAG 2005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.512 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? B ASN 379 ND2 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? B ASN 379 B NAG 2010 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.504 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? B ASN 389 ND2 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? B ASN 389 H NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.498 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? B ASN 414 ND2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? B ASN 414 I NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.502 ? N-Glycosylation covale9 covale both ? E NAG . O4 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? C NAG 1 C NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.496 ? ? covale10 covale both ? E NAG . O4 ? ? ? 1_555 E BMA . C1 ? ? C NAG 2 C BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.507 ? ? covale11 covale both ? E BMA . O3 ? ? ? 1_555 E MAN . C1 ? ? C BMA 3 C MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.512 ? ? covale12 covale both ? E BMA . O6 ? ? ? 1_555 E MAN . C1 ? ? C BMA 3 C MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.490 ? ? covale13 covale both ? E MAN . O2 ? ? ? 1_555 E MAN . C1 ? ? C MAN 4 C MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.512 ? ? covale14 covale both ? F NAG . O4 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? D NAG 1 D NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.502 ? ? covale15 covale both ? G NAG . O4 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? G NAG 1 G NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.503 ? ? covale16 covale both ? H NAG . O4 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? H NAG 1 H NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.505 ? ? covale17 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? I NAG 1 I NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.496 ? ? metalc1 metalc ? ? A ASN 232 OD1 ? ? ? 1_555 M CA . CA ? ? A ASN 232 A CA 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.408 ? ? metalc2 metalc ? ? A ASP 234 OD1 ? ? ? 1_555 M CA . CA ? ? A ASP 234 A CA 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.171 ? ? metalc3 metalc ? ? A ASP 234 OD2 ? ? ? 1_555 M CA . CA ? ? A ASP 234 A CA 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? ? metalc4 metalc ? ? A ILE 236 O ? ? ? 1_555 M CA . CA ? ? A ILE 236 A CA 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.217 ? ? metalc5 metalc ? ? A ASP 238 OD1 ? ? ? 1_555 M CA . CA ? ? A ASP 238 A CA 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? ? metalc6 metalc ? ? A ASP 238 OD2 ? ? ? 1_555 M CA . CA ? ? A ASP 238 A CA 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.209 ? ? metalc7 metalc ? ? A ASN 286 OD1 ? ? ? 1_555 J CA . CA ? ? A ASN 286 A CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.505 ? ? metalc8 metalc ? ? A ASP 288 OD1 ? ? ? 1_555 J CA . CA ? ? A ASP 288 A CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.152 ? ? metalc9 metalc ? ? A ASP 288 OD2 ? ? ? 1_555 J CA . CA ? ? A ASP 288 A CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? ? metalc10 metalc ? ? A TYR 290 O ? ? ? 1_555 J CA . CA ? ? 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