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D ARG 780 NH2 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 6VAB _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6VAB _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6VAB _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 6VAB _struct.title 'Mouse retromer sub-structure: VPS35/VPS35 flat dimer' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6VAB _struct_keywords.text 'retromer, membrane trafficking, endosomal trafficking, membrane coat complexes, PROTEIN TRANSPORT' _struct_keywords.pdbx_keywords 'PROTEIN TRANSPORT' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 1 ? D N N 2 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP VPS29_MOUSE Q9QZ88 ? 1 ;MLVLVLGDLHIPHRCNSLPAKFKKLLVPGKIQHILCTGNLCTKESYDYLKTLAGDVHIVRGDFDENLNYPEQKVVTVGQF KIGLIHGHQVIPWGDMASLALLQRQFDVDILISGHTHKFEAFEHENKFYINPGSATGAYNALETNIIPSFVLMDIQASTV VTYVYQLIGDDVKVERIEYKKS ; 1 2 UNP VPS35_MOUSE Q9EQH3 ? 2 ;MPTTQQSPQDEQEKLLDEAIQAVKVQSFQMKRCLDKNKLMDALKHASNMLGELRTSMLSPKSYYELYMAISDELHYLEVY LTDEFAKGRKVADLYELVQYAGNIIPRLYLLITVGVVYVKSFPQSRKDILKDLVEMCRGVQHPLRGLFLRNYLLQCTRNI LPDEGEPTDEETTGDISDSMDFVLLNFAEMNKLWVRMQHQGHSRDREKRERERQELRILVGTNLVRLSQLEGVNVERYKQ IVLTGILEQVVNCRDALAQEYLMECIIQVFPDEFHLQTLNPFLRACAELHQNVNVKNIIIALIDRLALFAHREDGPGIPA EIKLFDIFSQQVATVIQSRQDMPSEDVVSLQVSLINLAMKCYPDRVDYVDKVLETTVEIFNKLNLEHIATSSAVSKELTR LLKIPVDTYNNILTVLKLKHFHPLFEYFDYESRKSMSCYVLSNVLDYNTEIVSQDQVDSIMNLVSTLIQDQPDQPVEDPD PEDFADEQSLVGRFIHLLRSDDPDQQYLILNTARKHFGAGGNQRIRFTLPPLVFAAYQLAFRYKENSQMDDKWEKKCQKI FSFAHQTISALIKAELAELPLRLFLQGALAAGEIGFENHETVAYEFMSQAFSLYEDEISDSKAQLAAITLIIGTFERMKC FSEENHEPLRTQCALAASKLLKKPDQGRAVSTCAHLFWSGRNTDKNGEELHGGKRVMECLKKALKIANQCMDPSLQVQLF IEILNRYIYFYEKENDAVTIQVLNQLIQKIREDLPNLESSEETEQINKHFHNTLEHLRSRRESPESEGPIYEGLIL ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6VAB A 1 ? 182 ? Q9QZ88 1 ? 182 ? 1 182 2 2 6VAB B 1 ? 796 ? Q9EQH3 1 ? 796 ? 1 796 3 1 6VAB C 1 ? 182 ? Q9QZ88 1 ? 182 ? 1 182 4 2 6VAB D 1 ? 796 ? Q9EQH3 1 ? 796 ? 1 796 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support microscopy _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 PRO A 19 ? 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GLN B 741 ARG B 751 1 ? 11 HELX_P HELX_P16 AB7 GLU B 762 ? ARG B 778 ? GLU B 762 ARG B 778 1 ? 17 HELX_P HELX_P17 AB8 PRO C 19 ? LEU C 26 ? PRO C 19 LEU C 26 1 ? 8 HELX_P HELX_P18 AB9 LYS C 43 ? THR C 51 ? LYS C 43 THR C 51 1 ? 9 HELX_P HELX_P19 AC1 ASP C 95 ? ARG C 104 ? ASP C 95 ARG C 104 1 ? 10 HELX_P HELX_P20 AC2 ASP D 483 ? GLU D 487 ? ASP D 483 GLU D 487 5 ? 5 HELX_P HELX_P21 AC3 GLN D 488 ? SER D 500 ? GLN D 488 SER D 500 1 ? 13 HELX_P HELX_P22 AC4 ASP D 502 ? PHE D 517 ? ASP D 502 PHE D 517 1 ? 16 HELX_P HELX_P23 AC5 GLN D 523 ? ASN D 546 ? GLN D 523 ASN D 546 1 ? 24 HELX_P HELX_P24 AC6 LYS D 552 ? LYS D 573 ? LYS D 552 LYS D 573 1 ? 22 HELX_P HELX_P25 AC7 GLU D 578 ? GLY D 595 ? GLU D 578 GLY D 595 1 ? 18 HELX_P HELX_P26 AC8 ASN D 598 ? TYR D 614 ? ASN D 598 TYR D 614 1 ? 17 HELX_P HELX_P27 AC9 ASP D 620 ? ARG D 637 ? ASP D 620 ARG D 637 1 ? 18 HELX_P HELX_P28 AD1 SER D 642 ? LYS D 659 ? SER D 642 LYS D 659 1 ? 18 HELX_P HELX_P29 AD2 LYS D 662 ? SER D 679 ? LYS D 662 SER D 679 1 ? 18 HELX_P HELX_P30 AD3 ARG D 695 ? ALA D 707 ? ARG D 695 ALA D 707 1 ? 13 HELX_P HELX_P31 AD4 ASP D 712 ? PHE D 730 ? ASP D 712 PHE D 730 1 ? 19 HELX_P HELX_P32 AD5 VAL D 742 ? ILE D 750 ? VAL D 742 ILE D 750 1 ? 9 HELX_P HELX_P33 AD6 SER D 760 ? LEU D 777 ? SER D 760 LEU D 777 1 ? 18 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 ILE 11 A . ? ILE 11 A PRO 12 A ? PRO 12 A 1 -5.07 2 ILE 91 A . ? ILE 91 A PRO 92 A ? PRO 92 A 1 -12.25 3 ILE 11 C . ? ILE 11 C PRO 12 C ? PRO 12 C 1 -5.12 4 ILE 91 C . ? ILE 91 C PRO 92 C ? PRO 92 C 1 -12.17 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 6 ? AA2 ? 6 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 3 ? AA5 ? 6 ? AA6 ? 6 ? AA7 ? 2 ? AA8 ? 3 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? parallel AA1 2 3 ? parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA1 4 5 ? anti-parallel AA1 5 6 ? anti-parallel AA2 1 2 ? parallel AA2 2 3 ? parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA2 4 5 ? anti-parallel AA2 5 6 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA4 1 2 ? parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA5 1 2 ? parallel AA5 2 3 ? parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA5 4 5 ? anti-parallel AA5 5 6 ? anti-parallel AA6 1 2 ? parallel AA6 2 3 ? parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA6 4 5 ? anti-parallel AA6 5 6 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA8 1 2 ? parallel AA8 2 3 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 ASP A 55 ? ILE A 58 ? ASP A 55 ILE A 58 AA1 2 HIS A 33 ? CYS A 36 ? HIS A 33 CYS A 36 AA1 3 LEU A 2 ? LEU A 6 ? LEU A 2 LEU A 6 AA1 4 SER A 149 ? ILE A 155 ? SER A 149 ILE A 155 AA1 5 THR A 159 ? ILE A 168 ? THR A 159 ILE A 168 AA1 6 ASP A 171 ? GLU A 175 ? ASP A 171 GLU A 175 AA2 1 ASP A 55 ? ILE A 58 ? ASP A 55 ILE A 58 AA2 2 HIS A 33 ? CYS A 36 ? HIS A 33 CYS A 36 AA2 3 LEU A 2 ? LEU A 6 ? LEU A 2 LEU A 6 AA2 4 SER A 149 ? ILE A 155 ? SER A 149 ILE A 155 AA2 5 THR A 159 ? ILE A 168 ? THR A 159 ILE A 168 AA2 6 TYR A 179 ? LYS A 180 ? TYR A 179 LYS A 180 AA3 1 VAL A 74 ? VAL A 77 ? VAL A 74 VAL A 77 AA3 2 PHE A 80 ? GLY A 83 ? PHE A 80 GLY A 83 AA4 1 ILE A 110 ? ILE A 112 ? ILE A 110 ILE A 112 AA4 2 LYS A 127 ? ASN A 131 ? LYS A 127 ASN A 131 AA4 3 GLU A 120 ? HIS A 124 ? GLU A 120 HIS A 124 AA5 1 ASP C 55 ? ILE C 58 ? ASP C 55 ILE C 58 AA5 2 HIS C 33 ? CYS C 36 ? HIS C 33 CYS C 36 AA5 3 LEU C 2 ? LEU C 6 ? LEU C 2 LEU C 6 AA5 4 SER C 149 ? ILE C 155 ? SER C 149 ILE C 155 AA5 5 THR C 159 ? ILE C 168 ? THR C 159 ILE C 168 AA5 6 ASP C 171 ? GLU C 175 ? ASP C 171 GLU C 175 AA6 1 ASP C 55 ? ILE C 58 ? ASP C 55 ILE C 58 AA6 2 HIS C 33 ? CYS C 36 ? HIS C 33 CYS C 36 AA6 3 LEU C 2 ? LEU C 6 ? LEU C 2 LEU C 6 AA6 4 SER C 149 ? ILE C 155 ? SER C 149 ILE C 155 AA6 5 THR C 159 ? ILE C 168 ? THR C 159 ILE C 168 AA6 6 TYR C 179 ? LYS C 180 ? TYR C 179 LYS C 180 AA7 1 VAL C 74 ? VAL C 77 ? VAL C 74 VAL C 77 AA7 2 PHE C 80 ? GLY C 83 ? PHE C 80 GLY C 83 AA8 1 ILE C 110 ? ILE C 112 ? ILE C 110 ILE C 112 AA8 2 LYS C 127 ? ASN C 131 ? LYS C 127 ASN C 131 AA8 3 GLU C 120 ? HIS C 124 ? 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