data_6VEN # _entry.id 6VEN # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.321 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code PDB 6VEN WWPDB D_1000246009 EMDB EMD-21157 # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Yeast COMPASS in complex with a ubiquitinated nucleosome' _pdbx_database_related.db_id EMD-21157 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 6VEN _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2020-01-02 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Worden, E.J.' 1 0000-0003-0644-166X 'Wolberger, C.' 2 0000-0001-8578-2969 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Elife _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2050-084X _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 9 _citation.language ? _citation.page_first ? _citation.page_last ? _citation.title 'Structural basis for COMPASS recognition of an H2B-ubiquitinated nucleosome.' _citation.year 2020 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.7554/eLife.53199 _citation.pdbx_database_id_PubMed 31922488 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.identifier_ORCID _citation_author.name _citation_author.ordinal primary ? 'Worden, E.J.' 1 primary ? 'Zhang, X.' 2 primary 0000-0001-8578-2969 'Wolberger, C.' 3 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 6VEN _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6VEN _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Histone H3.2' 15251.830 2 ? 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_entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no yes ;ART(NLE)QTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQ DFKTDLRFQSSAV(NLE)ALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTI(NLE)PKDIQLARRIRGERA ; ;ARTLQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVLALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTILPKDIQLARRIRGERA ; A,E ? 2 'polypeptide(L)' no no ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; ;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; C,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTCYTSAK ; ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTCYTSAK ; D,H ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC) (DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG) (DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA) (DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DT) ; ;TCGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCC CGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCGAT ; I ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DC)(DG)(DA) ; ;ATCGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTA CGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCGA ; J ? 7 'polypeptide(L)' no no GSHMMQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGC GSHMMQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGC K ? 8 'polypeptide(L)' no no ;MFQFVTPVGTQNGLKATCAKISPDGQFLAITQGLNILIYDINRRTVSQTLVTSHARPFSELCWSPDGQCIATASDDFSVE IIHLSYGLLHTFIGHTAPVISLTFNRKGNLLFTSSMDESIKIWDTLNGSLMKTISAHSEAVVSVDVPMNDSSILSSGSYD GLIRIFDAETGHCLKTLTYDKDWKRENGVVPISQVKFSENARYLLVKSLDGVVKIWDCIGGCVVRTFQVQPLEKGVLHHS CGMDFLNPEDGSTPLVISGYENGDIYCWNSDTKSLLQLLDGSLYHHSSPVMSIHCFGNIMCSLALNGDCCLWRWV ; ;MFQFVTPVGTQNGLKATCAKISPDGQFLAITQGLNILIYDINRRTVSQTLVTSHARPFSELCWSPDGQCIATASDDFSVE IIHLSYGLLHTFIGHTAPVISLTFNRKGNLLFTSSMDESIKIWDTLNGSLMKTISAHSEAVVSVDVPMNDSSILSSGSYD GLIRIFDAETGHCLKTLTYDKDWKRENGVVPISQVKFSENARYLLVKSLDGVVKIWDCIGGCVVRTFQVQPLEKGVLHHS CGMDFLNPEDGSTPLVISGYENGDIYCWNSDTKSLLQLLDGSLYHHSSPVMSIHCFGNIMCSLALNGDCCLWRWV ; L ? 9 'polypeptide(L)' no no ;MNILLQDPFAVLKEHPEKLTHTIENPLRTECLQFSPCGDYLALGCANGALVIYDMDTFRPICVPGNMLGAHVRPITSIAW SPDGRLLLTSSRDWSIKLWDLSKPSKPLKEIRFDSPIWGCQWLDAKRRLCVATIFEESDAYVIDFSNDPVASLLSKSDEK QLSSTPDHGYVLVCTVHTKHPNIIIVGTSKGWLDFYKFHSLYQTECIHSLKITSSNIKHLIVSQNGERLAINCSDRTIRQ YEISIDDENSAVELTLEHKYQDVINKLQWNCILFSNNTAEYLVASTHGSSAHELYIWETTSGTLVRVLEGAEEELIDINW DFYSMSIVSNGFESGNVYVWSVVIPPKWSALAPDFEEVEENVDYLEKEDEFDEVDEAEQQQGLEQEEEIAIDLRTREQYD VRGNNLLVERFTIPTDYTRIIKMQSS ; ;MNILLQDPFAVLKEHPEKLTHTIENPLRTECLQFSPCGDYLALGCANGALVIYDMDTFRPICVPGNMLGAHVRPITSIAW SPDGRLLLTSSRDWSIKLWDLSKPSKPLKEIRFDSPIWGCQWLDAKRRLCVATIFEESDAYVIDFSNDPVASLLSKSDEK QLSSTPDHGYVLVCTVHTKHPNIIIVGTSKGWLDFYKFHSLYQTECIHSLKITSSNIKHLIVSQNGERLAINCSDRTIRQ YEISIDDENSAVELTLEHKYQDVINKLQWNCILFSNNTAEYLVASTHGSSAHELYIWETTSGTLVRVLEGAEEELIDINW DFYSMSIVSNGFESGNVYVWSVVIPPKWSALAPDFEEVEENVDYLEKEDEFDEVDEAEQQQGLEQEEEIAIDLRTREQYD VRGNNLLVERFTIPTDYTRIIKMQSS ; M ? 10 'polypeptide(L)' no no ;MHHHHHHGSSDYKDHDGDYKDHDIDYKDDDDKENLYFQGMDLQNAIKDEEDMLILKQLLSTYTPTVTPETSAALEYKIWQ SRRKVLEEEKASDWQIELNGTLFDSELQPGSSFKAEGFRKIADKLKINYLPHRRRVHQPLNTVNIHNERNEYTPELCQRE ESSNKEPSDSVPQEVSSSRDNRASNRRFQQDIEAQKAAIGTESELLSLNQLNKRKKPVMFARSAIHNWGLYALDSIAAKE MIIEYVGERIRQPVAEMREKRYLKNGIGSSYLFRVDENTVIDATKKGGIARFINHCCDPNCTAKIIKVGGRRRIVIYALR DIAASEELTYDYKFEREKDDEERLPCLCGAPNCKGFLN ; ;MHHHHHHGSSDYKDHDGDYKDHDIDYKDDDDKENLYFQGMDLQNAIKDEEDMLILKQLLSTYTPTVTPETSAALEYKIWQ SRRKVLEEEKASDWQIELNGTLFDSELQPGSSFKAEGFRKIADKLKINYLPHRRRVHQPLNTVNIHNERNEYTPELCQRE ESSNKEPSDSVPQEVSSSRDNRASNRRFQQDIEAQKAAIGTESELLSLNQLNKRKKPVMFARSAIHNWGLYALDSIAAKE MIIEYVGERIRQPVAEMREKRYLKNGIGSSYLFRVDENTVIDATKKGGIARFINHCCDPNCTAKIIKVGGRRRIVIYALR DIAASEELTYDYKFEREKDDEERLPCLCGAPNCKGFLN ; N ? 11 'polypeptide(L)' no no ;MKLGIIPYQEGTDIVYKNALQGQQEGKRPNLPQMEATHQIKSSVQGTSYEFVRTEDIPLNRRHFVYRPCSANPFFTILGY GCTEYPFDHSGMSVMDRSEGLSISRDGNDLVSVPDQYGWRTARSDVCIKEGMTYWEVEVIRGGNKKFADGVNNKENADDS VDEVQSGIYEKMHKQVNDTPHLRFGVCRREASLEAPVGFDVYGYGIRDISLESIHEGKLNCVLENGSPLKEGDKIGFLLS LPSIHTQIKQAKEFTKRRIFALNSHMDTMNEPWREDAENGPSRKKLKQETTNKEFQRALLEDIEYNDVVRDQIAIRYKNQ LFFEATDYVKTTKPEYYSSDKRERQDYYQLEDSYLAIFQNGKYLGKAFENLKPLLPPFSELQYNEKFYLGYWQHGEARDE SNDKNTTSAKKKKQQQKKKKGLILRNKYVNNNKLGYYPTISCFNGGTARIISEEDKLEYLDQIRSAYCVDGNSKVNTLDT LYKEQIAEDIVWDIIDELEQIALQQ ; ;MKLGIIPYQEGTDIVYKNALQGQQEGKRPNLPQMEATHQIKSSVQGTSYEFVRTEDIPLNRRHFVYRPCSANPFFTILGY GCTEYPFDHSGMSVMDRSEGLSISRDGNDLVSVPDQYGWRTARSDVCIKEGMTYWEVEVIRGGNKKFADGVNNKENADDS VDEVQSGIYEKMHKQVNDTPHLRFGVCRREASLEAPVGFDVYGYGIRDISLESIHEGKLNCVLENGSPLKEGDKIGFLLS LPSIHTQIKQAKEFTKRRIFALNSHMDTMNEPWREDAENGPSRKKLKQETTNKEFQRALLEDIEYNDVVRDQIAIRYKNQ LFFEATDYVKTTKPEYYSSDKRERQDYYQLEDSYLAIFQNGKYLGKAFENLKPLLPPFSELQYNEKFYLGYWQHGEARDE SNDKNTTSAKKKKQQQKKKKGLILRNKYVNNNKLGYYPTISCFNGGTARIISEEDKLEYLDQIRSAYCVDGNSKVNTLDT LYKEQIAEDIVWDIIDELEQIALQQ ; O ? 12 'polypeptide(L)' no no ;MNESENSPQHNEVTVPMVEDTSSNADIPMEQIQREDNKNYDKHDNECFDMNGNHNNNSDNLQFDSVPSSATKDLKNIKSV TNQNVKIEESSSTNSVIEESSEPKISKLENVNLAATVGGSQTRKYLNTNVTPHLLAGMRLIAVQQPEDPLRVLGEYLIEQ SNILKSGEKESNASK ; ;MNESENSPQHNEVTVPMVEDTSSNADIPMEQIQREDNKNYDKHDNECFDMNGNHNNNSDNLQFDSVPSSATKDLKNIKSV TNQNVKIEESSSTNSVIEESSEPKISKLENVNLAATVGGSQTRKYLNTNVTPHLLAGMRLIAVQQPEDPLRVLGEYLIEQ SNILKSGEKESNASK ; P,Q ? 13 'polypeptide(L)' no no ;MWSHPQFEKGGGSGGGSGGSSAWSHPQFEKGSENLYFQGSLPQWCPPHSTLKRNPTTGEDVYCICKRPDYGELMVGCDGC DDWFHFTCLHIPEQFKDLVFSFYCPYCQAGITGKNKDAIINGEGSLPKTLWKRKCRISDCYKPCLQDSKYCSEEHGREFV NDIWSRLKTDEDRAVVKKMVEQTGHIDKFKKFGQLDFIDNNIVVKTDDEKEIFDQIVVRDMTLKTLEDDLQEVQEISLPL FKKKLELLEVYLGWLDNVYTEMRKLDDDAASHVECGKEDSKGTKRKKKKNSSRSRARKNICGYCSTYERIPCSVEEFVRD FGSNEEATKIHEVCTKWKCNRHLDWVSTNQEQYLQQIDSLESMQERLQHLIQARKKQLNIQYYEEILRRGL ; ;MWSHPQFEKGGGSGGGSGGSSAWSHPQFEKGSENLYFQGSLPQWCPPHSTLKRNPTTGEDVYCICKRPDYGELMVGCDGC DDWFHFTCLHIPEQFKDLVFSFYCPYCQAGITGKNKDAIINGEGSLPKTLWKRKCRISDCYKPCLQDSKYCSEEHGREFV NDIWSRLKTDEDRAVVKKMVEQTGHIDKFKKFGQLDFIDNNIVVKTDDEKEIFDQIVVRDMTLKTLEDDLQEVQEISLPL FKKKLELLEVYLGWLDNVYTEMRKLDDDAASHVECGKEDSKGTKRKKKKNSSRSRARKNICGYCSTYERIPCSVEEFVRD 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'synthetic construct' 32630 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 7 1 sample 'Biological sequence' 1 80 Human ? UBC ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? plasmid ? ? ? pET3a ? ? 8 1 sample 'Biological sequence' 1 315 ;Baker's yeast ; ? 'SWD3, CPS30, SAF35, YBR175W, YBR1237' ? ? ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae' 4932 ? ? ? ? ? ? ? 'cabbage looper' 'Trichoplusia ni' 7111 ? ? ? ? ? ? 'Hi five' ? ? ? ? ? ? ? Bacmid ? ? ? ? ? ? 9 1 sample 'Biological sequence' 1 426 ;Baker's yeast ; ? 'SWD1, CPS50, SAF49, YAR003W, FUN16' ? ? ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae' 4932 ? ? ? ? ? ? ? 'cabbage looper' 'Trichoplusia ni' 7111 ? ? ? ? ? ? 'Hi five' ? ? ? ? ? ? ? Bacmid ? ? ? ? ? ? 10 1 sample 'Biological sequence' 1 358 ;Baker's yeast ; ? 'SET1, KMT2, YTX1, YHR119W' ? ? ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae' 4932 ? ? ? ? ? ? ? 'cabbage looper' 'Trichoplusia ni' 7111 ? ? ? ? ? ? 'Hi Five' ? ? ? ? ? ? ? Bacmid ? ? ? ? ? ? 11 1 sample 'Biological sequence' 1 505 ;Baker's yeast ; ? 'BRE2, CPS60, YLR015W' ? ? ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae' 4932 ? ? ? ? ? ? ? 'cabbage looper' 'Trichoplusia ni' 7111 ? ? ? ? ? ? 'Hi five' ? ? ? ? ? ? ? Bacmid ? ? ? ? ? ? 12 1 sample 'Biological sequence' 1 175 ;Baker's yeast ; ? 'SDC1, CPS25, SAF19, YDR469W' ? ? ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae' 4932 ? ? ? ? ? ? ? 'cabbage looper' 'Trichoplusia ni' 7111 ? ? ? ? ? ? 'Hi five' ? ? ? ? ? ? ? Bacmid ? ? ? ? ? ? 13 1 sample 'Biological sequence' 1 391 ;Baker's yeast ; ? 'SPP1, CPS40, SAF41, YPL138C' ? ? ? ? ? ? 'Saccharomyces cerevisiae' 4932 ? ? ? ? ? ? ? 'cabbage looper' 'Trichoplusia ni' 7111 ? ? ? ? ? ? 'Hi five' ? ? ? ? ? ? ? Bacmid ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP H32_XENLA P84233 ? 1 ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 2 2 UNP H4_XENLA P62799 ? 2 ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 2 3 UNP H2A1_XENLA P06897 ? 3 ;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGGVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESAKSAKSK ; 2 4 UNP H2B11_XENLA P02281 ? 4 ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKSRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; 5 5 PDB 6VEN 6VEN ? 5 ? 1 6 PDB 6VEN 6VEN ? 6 ? 1 7 UNP UBC_HUMAN P0CG48 ? 7 MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG 1 8 UNP SWD3_YEAST P38123 ? 8 ;MFQFVTPVGTQNGLKATCAKISPDGQFLAITQGLNILIYDINRRTVSQTLVTSHARPFSELCWSPDGQCIATASDDFSVE IIHLSYGLLHTFIGHTAPVISLTFNRKGNLLFTSSMDESIKIWDTLNGSLMKTISAHSEAVVSVDVPMNDSSILSSGSYD GLIRIFDAETGHCLKTLTYDKDWKRENGVVPISQVKFSENARYLLVKSLDGVVKIWDCIGGCVVRTFQVQPLEKGVLHHS CGMDFLNPEDGSTPLVISGYENGDIYCWNSDTKSLLQLLDGSLYHHSSPVMSIHCFGNIMCSLALNGDCCLWRWV ; 1 9 UNP SWD1_YEAST P39706 ? 9 ;MNILLQDPFAVLKEHPEKLTHTIENPLRTECLQFSPCGDYLALGCANGALVIYDMDTFRPICVPGNMLGAHVRPITSIAW SPDGRLLLTSSRDWSIKLWDLSKPSKPLKEIRFDSPIWGCQWLDAKRRLCVATIFEESDAYVIDFSNDPVASLLSKSDEK QLSSTPDHGYVLVCTVHTKHPNIIIVGTSKGWLDFYKFHSLYQTECIHSLKITSSNIKHLIVSQNGERLAINCSDRTIRQ YEISIDDENSAVELTLEHKYQDVINKLQWNCILFSNNTAEYLVASTHGSSAHELYIWETTSGTLVRVLEGAEEELIDINW DFYSMSIVSNGFESGNVYVWSVVIPPKWSALAPDFEEVEENVDYLEKEDEFDEVDEAEQQQGLEQEEEIAIDLRTREQYD VRGNNLLVERFTIPTDYTRIIKMQSS ; 1 10 UNP SET1_YEAST P38827 ? 10 ;MDLQNAIKDEEDMLILKQLLSTYTPTVTPETSAALEYKIWQSRRKVLEEEKASDWQIELNGTLFDSELQPGSSFKAEGFR KIADKLKINYLPHRRRVHQPLNTVNIHNERNEYTPELCQREESSNKEPSDSVPQEVSSSRDNRASNRRFQQDIEAQKAAI GTESELLSLNQLNKRKKPVMFARSAIHNWGLYALDSIAAKEMIIEYVGERIRQPVAEMREKRYLKNGIGSSYLFRVDENT VIDATKKGGIARFINHCCDPNCTAKIIKVGGRRRIVIYALRDIAASEELTYDYKFEREKDDEERLPCLCGAPNCKGFLN ; 762 11 UNP BRE2_YEAST P43132 ? 11 ;MKLGIIPYQEGTDIVYKNALQGQQEGKRPNLPQMEATHQIKSSVQGTSYEFVRTEDIPLNRRHFVYRPCSANPFFTILGY GCTEYPFDHSGMSVMDRSEGLSISRDGNDLVSVPDQYGWRTARSDVCIKEGMTYWEVEVIRGGNKKFADGVNNKENADDS VDEVQSGIYEKMHKQVNDTPHLRFGVCRREASLEAPVGFDVYGYGIRDISLESIHEGKLNCVLENGSPLKEGDKIGFLLS LPSIHTQIKQAKEFTKRRIFALNSHMDTMNEPWREDAENGPSRKKLKQETTNKEFQRALLEDIEYNDVVRDQIAIRYKNQ LFFEATDYVKTTKPEYYSSDKRERQDYYQLEDSYLAIFQNGKYLGKAFENLKPLLPPFSELQYNEKFYLGYWQHGEARDE SNDKNTTSAKKKKQQQKKKKGLILRNKYVNNNKLGYYPTISCFNGGTARIISEEDKLEYLDQIRSAYCVDGNSKVNTLDT LYKEQIAEDIVWDIIDELEQIALQQ ; 1 12 UNP SDC1_YEAST Q03323 ? 12 ;MNESENSPQHNEVTVPMVEDTSSNADIPMEQIQREDNKNYDKHDNECFDMNGNHNNNSDNLQFDSVPSSATKDLKNIKSV TNQNVKIEESSSTNSVIEESSEPKISKLENVNLAATVGGSQTRKYLNTNVTPHLLAGMRLIAVQQPEDPLRVLGEYLIEQ SNILKSGEKESNASK ; 1 13 UNP SPP1_YEAST Q03012 ? 13 ;SLPQWCPPHSTLKRNPTTGEDVYCICKRPDYGELMVGCDGCDDWFHFTCLHIPEQFKDLVFSFYCPYCQAGITGKNKDAI INGEGSLPKTLWKRKCRISDCYKPCLQDSKYCSEEHGREFVNDIWSRLKTDEDRAVVKKMVEQTGHIDKFKKFGQLDFID NNIVVKTDDEKEIFDQIVVRDMTLKTLEDDLQEVQEISLPLFKKKLELLEVYLGWLDNVYTEMRKLDDDAASHVECGKED SKGTKRKKKKNSSRSRARKNICGYCSTYERIPCSVEEFVRDFGSNEEATKIHEVCTKWKCNRHLDWVSTNQEQYLQQIDS LESMQERLQHLIQARKKQLNIQYYEEILRRGL ; 2 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6VEN A 1 ? 135 ? P84233 2 ? 136 ? 1 135 2 2 6VEN B 1 ? 102 ? P62799 2 ? 103 ? 1 102 3 3 6VEN C 1 ? 129 ? P06897 2 ? 130 ? 1 129 4 4 6VEN D 1 ? 122 ? P02281 5 ? 126 ? 4 125 5 1 6VEN E 1 ? 135 ? P84233 2 ? 136 ? 1 135 6 2 6VEN F 1 ? 102 ? P62799 2 ? 103 ? 1 102 7 3 6VEN G 1 ? 129 ? P06897 2 ? 130 ? 1 129 8 4 6VEN H 1 ? 122 ? P02281 5 ? 126 ? 4 125 9 5 6VEN I 1 ? 146 ? 6VEN 2 ? 147 ? 2 147 10 6 6VEN J 1 ? 146 ? 6VEN 1 ? 146 ? 1 146 11 7 6VEN K 5 ? 80 ? P0CG48 1 ? 76 ? 1 76 12 8 6VEN L 1 ? 315 ? P38123 1 ? 315 ? 1 315 13 9 6VEN M 1 ? 426 ? P39706 1 ? 426 ? 1 426 14 10 6VEN N 40 ? 358 ? P38827 762 ? 1080 ? 762 1080 15 11 6VEN O 1 ? 505 ? P43132 1 ? 505 ? 1 505 16 12 6VEN P 1 ? 175 ? Q03323 1 ? 175 ? 1 175 17 12 6VEN Q 1 ? 175 ? Q03323 1 ? 175 ? 1 175 18 13 6VEN R 40 ? 391 ? Q03012 2 ? 353 ? 2 353 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 6VEN NLE A 4 ? UNP P84233 LYS 5 'engineered mutation' 4 1 1 6VEN NLE A 90 ? UNP P84233 MET 91 'engineered mutation' 90 2 1 6VEN ALA A 102 ? UNP P84233 GLY 103 'engineered mutation' 102 3 1 6VEN NLE A 120 ? UNP P84233 MET 121 'engineered mutation' 120 4 3 6VEN ARG C 99 ? UNP P06897 GLY 100 'engineered mutation' 99 5 3 6VEN SER C 123 ? UNP P06897 ALA 124 'engineered mutation' 123 6 4 6VEN THR D 29 ? UNP P02281 SER 33 'engineered mutation' 32 7 4 6VEN CYS D 117 ? UNP P02281 LYS 121 'engineered mutation' 120 8 5 6VEN NLE E 4 ? UNP P84233 LYS 5 'engineered mutation' 4 9 5 6VEN NLE E 90 ? UNP P84233 MET 91 'engineered mutation' 90 10 5 6VEN ALA E 102 ? UNP P84233 GLY 103 'engineered mutation' 102 11 5 6VEN NLE E 120 ? UNP P84233 MET 121 'engineered mutation' 120 12 7 6VEN ARG G 99 ? UNP P06897 GLY 100 'engineered mutation' 99 13 7 6VEN SER G 123 ? UNP P06897 ALA 124 'engineered mutation' 123 14 8 6VEN THR H 29 ? UNP P02281 SER 33 'engineered mutation' 32 15 8 6VEN CYS H 117 ? UNP P02281 LYS 121 'engineered mutation' 120 16 11 6VEN GLY K 1 ? UNP P0CG48 ? ? 'expression tag' -3 17 11 6VEN SER K 2 ? UNP P0CG48 ? ? 'expression tag' -2 18 11 6VEN HIS K 3 ? UNP P0CG48 ? ? 'expression tag' -1 19 11 6VEN MET K 4 ? UNP P0CG48 ? ? 'expression tag' 0 20 11 6VEN CYS K 80 ? UNP P0CG48 GLY 76 'engineered mutation' 76 21 14 6VEN MET N 1 ? UNP P38827 ? ? 'expression tag' 723 22 14 6VEN HIS N 2 ? UNP P38827 ? ? 'expression tag' 724 23 14 6VEN HIS N 3 ? UNP P38827 ? ? 'expression tag' 725 24 14 6VEN HIS N 4 ? UNP P38827 ? ? 'expression tag' 726 25 14 6VEN HIS N 5 ? UNP P38827 ? ? 'expression tag' 727 26 14 6VEN HIS N 6 ? UNP P38827 ? ? 'expression tag' 728 27 14 6VEN HIS N 7 ? UNP P38827 ? ? 'expression tag' 729 28 14 6VEN GLY N 8 ? UNP P38827 ? ? 'expression tag' 730 29 14 6VEN SER N 9 ? UNP P38827 ? ? 'expression tag' 731 30 14 6VEN SER N 10 ? UNP P38827 ? ? 'expression tag' 732 31 14 6VEN ASP N 11 ? UNP P38827 ? ? 'expression tag' 733 32 14 6VEN TYR N 12 ? UNP P38827 ? ? 'expression tag' 734 33 14 6VEN LYS N 13 ? UNP P38827 ? ? 'expression tag' 735 34 14 6VEN ASP N 14 ? UNP P38827 ? ? 'expression tag' 736 35 14 6VEN HIS N 15 ? UNP P38827 ? ? 'expression tag' 737 36 14 6VEN ASP N 16 ? UNP P38827 ? ? 'expression tag' 738 37 14 6VEN GLY N 17 ? UNP P38827 ? ? 'expression tag' 739 38 14 6VEN ASP N 18 ? UNP P38827 ? ? 'expression tag' 740 39 14 6VEN TYR N 19 ? UNP P38827 ? ? 'expression tag' 741 40 14 6VEN LYS N 20 ? UNP P38827 ? ? 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'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 NLE 'L-peptide linking' n NORLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SAM non-polymer . S-ADENOSYLMETHIONINE ? 'C15 H22 N6 O5 S' 398.437 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZN non-polymer . 'ZINC ION' ? 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WATSON-CRICK ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference covale ? ? metalc ? ? hydrog ? ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 5 ? AA7 ? 4 ? AA8 ? 4 ? AA9 ? 4 ? AB1 ? 4 ? AB2 ? 4 ? AB3 ? 4 ? AB4 ? 3 ? AB5 ? 4 ? AB6 ? 3 ? AB7 ? 4 ? AB8 ? 4 ? AB9 ? 4 ? AC1 ? 4 ? AC2 ? 2 ? AC3 ? 4 ? AC4 ? 2 ? AC5 ? 3 ? AC6 ? 3 ? AC7 ? 4 ? AC8 ? 7 ? 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CTFFIND ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? 'UCSF Chimera' 1.13.1 ? 1 ? 8 'MODEL FITTING' ? Coot 0.8.9.1 ? 1 ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? RELION 3 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? RELION 3 1 ? ? 14 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX 1.16 ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.5 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 6VEN 'double helix' 6VEN 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 I DC 2 1_555 J DG 145 1_555 0.229 -0.164 -0.483 -2.845 -3.906 2.074 1 I_DC3:DG145_J I 3 ? 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J 145 ? I 4 ? J 144 ? 1 I DG 3 1_555 J DC 144 1_555 I DA 4 1_555 J DT 143 1_555 -0.444 0.269 3.290 -2.139 6.451 33.207 -0.596 0.412 3.304 11.142 3.694 33.876 2 II_DG4DA5:DT143DC144_JJ I 4 ? J 144 ? I 5 ? J 143 ? 1 I DA 4 1_555 J DT 143 1_555 I DG 5 1_555 J DC 142 1_555 0.123 0.652 3.453 -1.933 1.914 32.459 0.810 -0.576 3.472 3.416 3.451 32.569 3 II_DA5DG6:DC142DT143_JJ I 5 ? J 143 ? I 6 ? J 142 ? 1 I DG 5 1_555 J DC 142 1_555 I DA 6 1_555 J DT 141 1_555 -0.250 0.434 3.312 -2.233 -0.175 38.517 0.678 0.100 3.319 -0.265 3.381 38.580 4 II_DG6DA7:DT141DC142_JJ I 6 ? J 142 ? I 7 ? J 141 ? 1 I DA 6 1_555 J DT 141 1_555 I DA 7 1_555 J DT 140 1_555 0.310 -0.598 3.075 -10.507 -3.814 38.293 -0.463 -1.596 2.937 -5.669 15.615 39.832 5 II_DA7DA8:DT140DT141_JJ I 7 ? J 141 ? I 8 ? J 140 ? 1 I DA 7 1_555 J DT 140 1_555 I DT 8 1_555 J DA 139 1_555 -0.027 -1.462 3.516 2.890 -3.937 32.462 -1.843 0.593 3.647 -6.993 -5.133 32.817 6 II_DA8DT9:DA139DT140_JJ I 8 ? J 140 ? I 9 ? J 139 ? 1 I DT 8 1_555 J DA 139 1_555 I DC 9 1_555 J DG 138 1_555 -0.261 -0.791 3.315 -2.453 -1.075 36.962 -1.097 0.076 3.346 -1.693 3.863 37.055 7 II_DT9DC10:DG138DA139_JJ I 9 ? J 139 ? I 10 ? J 138 ? 1 I DC 9 1_555 J DG 138 1_555 I DC 10 1_555 J DG 137 1_555 0.066 -0.564 3.213 -0.001 -1.079 36.247 -0.758 -0.106 3.228 -1.733 0.002 36.262 8 II_DC10DC11:DG137DG138_JJ I 10 ? J 138 ? I 11 ? J 137 ? 1 I DC 10 1_555 J DG 137 1_555 I DC 11 1_555 J DG 136 1_555 -0.585 -0.359 3.449 -2.960 0.192 35.349 -0.619 0.500 3.484 0.316 4.864 35.469 9 II_DC11DC12:DG136DG137_JJ I 11 ? J 137 ? I 12 ? J 136 ? 1 I DC 11 1_555 J DG 136 1_555 I DG 12 1_555 J DC 135 1_555 -0.234 -0.636 3.222 -2.440 6.352 29.645 -2.447 -0.026 3.032 12.212 4.691 30.399 10 II_DC12DG13:DC135DG136_JJ I 12 ? J 136 ? I 13 ? J 135 ? 1 I DG 12 1_555 J DC 135 1_555 I DG 13 1_555 J DC 134 1_555 -0.334 -0.774 3.192 -1.704 2.245 33.826 -1.675 0.307 3.149 3.850 2.922 33.939 11 II_DG13DG14:DC134DC135_JJ I 13 ? J 135 ? I 14 ? 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