data_6VM1 # _entry.id 6VM1 # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.387 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 6VM1 pdb_00006vm1 10.2210/pdb6vm1/pdb WWPDB D_1000246657 ? ? EMDB EMD-21235 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2020-09-09 2 'Structure model' 1 1 2020-09-16 3 'Structure model' 1 2 2024-03-06 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Database references' 2 3 'Structure model' 'Data collection' 3 3 'Structure model' 'Database references' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' citation 2 2 'Structure model' citation_author 3 3 'Structure model' chem_comp_atom 4 3 'Structure model' chem_comp_bond 5 3 'Structure model' database_2 # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_citation.journal_volume' 2 2 'Structure model' '_citation.page_first' 3 2 'Structure model' '_citation.page_last' 4 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_PubMed' 5 2 'Structure model' '_citation.title' 6 2 'Structure model' '_citation_author.identifier_ORCID' 7 2 'Structure model' '_citation_author.name' 8 3 'Structure model' '_database_2.pdbx_DOI' 9 3 'Structure model' '_database_2.pdbx_database_accession' # _database_PDB_caveat.id 1 _database_PDB_caveat.text ;Residues LEU g 230 and LEU g 231 that are next to each other in the sample sequence are not properly linked: distance between C and N is 1.18. ; # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 6VM1 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2020-01-27 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Chloroplast ATP synthase (C3, CF1FO)' _pdbx_database_related.db_id EMD-21235 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Yang, J.-H.' 1 0000-0002-5811-3724 'Williams, D.' 2 0000-0001-8942-8131 'Kandiah, E.' 3 0000-0002-9877-7621 'Fromme, P.' 4 0000-0003-0953-4909 'Chiu, P.-L.' 5 0000-0001-8608-7650 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Commun Biol' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2399-3642 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 3 _citation.language ? _citation.page_first 482 _citation.page_last 482 _citation.title 'Structural basis of redox modulation on chloroplast ATP synthase.' _citation.year 2020 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s42003-020-01221-8 _citation.pdbx_database_id_PubMed 32879423 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Yang, J.H.' 1 ? primary 'Williams, D.' 2 ? primary 'Kandiah, E.' 3 ? primary 'Fromme, P.' 4 ? primary 'Chiu, P.L.' 5 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat 'ATP synthase subunit alpha, chloroplastic' 55505.199 3 7.1.2.2 ? ? ? 2 polymer nat 'ATP synthase subunit beta, chloroplastic' 53797.367 3 7.1.2.2 ? ? ? 3 polymer nat 'ATP synthase subunit b, chloroplastic' 21013.904 1 ? ? ? ? 4 polymer nat ;ATP synthase subunit b', chloroplastic ; 24487.596 1 ? ? ? ? 5 polymer nat 'ATP synthase subunit a, chloroplastic' 27102.680 1 ? ? ? ? 6 polymer nat 'ATP synthase delta chain, chloroplastic' 27708.582 1 ? ? ? ? 7 polymer nat 'ATP synthase epsilon chain, chloroplastic' 14715.707 1 ? ? ? ? 8 polymer 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'polypeptide(L)' no no ;MATIRADEISKIIRERIEGYNREVKVVNTGTVLQVGDGIARIHGLDEVMAGELVEFEEGTIGIALNLESNNVGVVLMGDG LMIQEGSSVKATGRIAQIPVSEAYLGRVINALAKPIDGRGEITASESRLIESPAPGIMSRRSVYEPLQTGLIAIDAMIPV GRGQRELIIGDRQTGKTAVATDTILNQQGQNVICVYVAIGQKASSVAQVVTNFQERGAMEYTIVVAETADSPATLQYLAP YTGAALAEYFMYRERHTLIIYDDLSKQAQAYRQMSLLLRRPPGREAYPGDVFYLHSRLLERAAKLSSLLGEGSMTALPIV ETQAGDVSAYIPTNVISITDGQIFLSADLFNAGIRPAINVGISVSRVGSAAQIKAMKKVAGKLKLELAQFAELEAFAQFA SDLDKATQNQLARGQRLRELLKQPQSAPLTVEEQVMTIYTGTNGYLDSLELDQVRKYLVELRTYVKTNKPEFQEIISSTK TFTEEAEALLKEAIQEQMERFLLQEQA ; ;MATIRADEISKIIRERIEGYNREVKVVNTGTVLQVGDGIARIHGLDEVMAGELVEFEEGTIGIALNLESNNVGVVLMGDG LMIQEGSSVKATGRIAQIPVSEAYLGRVINALAKPIDGRGEITASESRLIESPAPGIMSRRSVYEPLQTGLIAIDAMIPV GRGQRELIIGDRQTGKTAVATDTILNQQGQNVICVYVAIGQKASSVAQVVTNFQERGAMEYTIVVAETADSPATLQYLAP YTGAALAEYFMYRERHTLIIYDDLSKQAQAYRQMSLLLRRPPGREAYPGDVFYLHSRLLERAAKLSSLLGEGSMTALPIV ETQAGDVSAYIPTNVISITDGQIFLSADLFNAGIRPAINVGISVSRVGSAAQIKAMKKVAGKLKLELAQFAELEAFAQFA SDLDKATQNQLARGQRLRELLKQPQSAPLTVEEQVMTIYTGTNGYLDSLELDQVRKYLVELRTYVKTNKPEFQEIISSTK TFTEEAEALLKEAIQEQMERFLLQEQA ; A,B,C ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MRINPTTSDPGVSTLEKKNLGRIAQIIGPVLDVAFPPGKMPNIYNALIVKGRDTAGQPMNVTCEVQQLLGNNRVRAVAMS ATDGLTRGMEVIDTGAPLSVPVGGATLGRIFNVLGEPVDNLGPVDTRTTSPIHRSAPAFTQLDTKLSIFETGIKVVDLLA PYRRGGKIGLFGGAGVGKTVLIMELINNIAKAHGGVSVFGGVGERTREGNDLYMEMKESGVINEQNIAESKVALVYGQMN EPPGARMRVGLTALTMAEYFRDVNEQDVLLFIDNIFRFVQAGSEVSALLGRMPSAVGYQPTLSTEMGSLQERITSTKEGS ITSIQAVYVPADDLTDPAPATTFAHLDATTVLSRGLAAKGIYPAVDPLDSTSTMLQPRIVGEEHYEIAQRVKETLQRYKE LQDIIAILGLDELSEEDRLTVARARKIERFLSQPFFVAEVFTGSPGKYVGLAETIRGFQLILSGELDSLPEQAFYLVGNI DEATAKAMNLEMESKLKK ; ;MRINPTTSDPGVSTLEKKNLGRIAQIIGPVLDVAFPPGKMPNIYNALIVKGRDTAGQPMNVTCEVQQLLGNNRVRAVAMS ATDGLTRGMEVIDTGAPLSVPVGGATLGRIFNVLGEPVDNLGPVDTRTTSPIHRSAPAFTQLDTKLSIFETGIKVVDLLA PYRRGGKIGLFGGAGVGKTVLIMELINNIAKAHGGVSVFGGVGERTREGNDLYMEMKESGVINEQNIAESKVALVYGQMN EPPGARMRVGLTALTMAEYFRDVNEQDVLLFIDNIFRFVQAGSEVSALLGRMPSAVGYQPTLSTEMGSLQERITSTKEGS ITSIQAVYVPADDLTDPAPATTFAHLDATTVLSRGLAAKGIYPAVDPLDSTSTMLQPRIVGEEHYEIAQRVKETLQRYKE LQDIIAILGLDELSEEDRLTVARARKIERFLSQPFFVAEVFTGSPGKYVGLAETIRGFQLILSGELDSLPEQAFYLVGNI DEATAKAMNLEMESKLKK ; D,E,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MKNVTDSFVFLGHWPSAGSFGFNTDILATNLINLSVVLGVLIFFGKGVLSDLLDNRKQRILNTIRNSEELRGKAIEQLEK ARARLKKVEMDADQFRVNGYSEIEREKMNLINSTYKTLEQFENYKNETIQFEQQKAINQVRQRVFQQALQGALGTLNSCL NNELHLRTINANIGMFGAMNEITD ; ;MKNVTDSFVFLGHWPSAGSFGFNTDILATNLINLSVVLGVLIFFGKGVLSDLLDNRKQRILNTIRNSEELRGKAIEQLEK ARARLKKVEMDADQFRVNGYSEIEREKMNLINSTYKTLEQFENYKNETIQFEQQKAINQVRQRVFQQALQGALGTLNSCL NNELHLRTINANIGMFGAMNEITD ; I ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MANMLVASSSKTLPTTTTTTITPKPKFPLLKTPLLKLSPPQLPPLKHLNLSVLKSAAITATPLTLSFLLPYPSLAEEIEK ASLFDFNLTLPIIMAEFLFLMFALDKIYYTPLGDFMDKRDASIKEQLSGVKDTSSEVKQLEEQANAVMRAARAEISAALN KMKKETQLEVEAKLAEGRKKIEVELQEALGSLEQQKEDTIKSLDSQISALSDDIVKKVLPVS ; ;MANMLVASSSKTLPTTTTTTITPKPKFPLLKTPLLKLSPPQLPPLKHLNLSVLKSAAITATPLTLSFLLPYPSLAEEIEK ASLFDFNLTLPIIMAEFLFLMFALDKIYYTPLGDFMDKRDASIKEQLSGVKDTSSEVKQLEEQANAVMRAARAEISAALN KMKKETQLEVEAKLAEGRKKIEVELQEALGSLEQQKEDTIKSLDSQISALSDDIVKKVLPVS ; J ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MNVLSYSINPLKGLYAISGVEVGQHFYWQIGGFQIHGQVLITSWVVIAILLGSAAIAVRSPQTIPTGGQNFFEYVLEFIR DVSKTQIGEEYRPWVPFIGTMFLFIFVSNWSGALLPWKIIQLPHGELAAPTNDINTTVALALLTSVAYFYAGLTKKGLGY FGKYIQPTPILLPINILEDFTKPLSLSFRLFGNILADELVVVVLVSLVPLVVPIPVMFLGLFTSGIQALIFATLAAAYIG ESLEGHH ; ;MNVLSYSINPLKGLYAISGVEVGQHFYWQIGGFQIHGQVLITSWVVIAILLGSAAIAVRSPQTIPTGGQNFFEYVLEFIR DVSKTQIGEEYRPWVPFIGTMFLFIFVSNWSGALLPWKIIQLPHGELAAPTNDINTTVALALLTSVAYFYAGLTKKGLGY FGKYIQPTPILLPINILEDFTKPLSLSFRLFGNILADELVVVVLVSLVPLVVPIPVMFLGLFTSGIQALIFATLAAAYIG ESLEGHH ; a ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MAALQNPVALQSRTTTAVAALSTSSTTSTPKPFSLSFSSSTATFNPLRLKILTASKLTAKPRGGALGTRMVDSTASRYAS ALADVADVTGTLEATNSDVEKLIRIFSEEPVYYFFANPVISIDNKRSVLDEIITTSGLQPHTANFINILIDSERINLVKE ILNEFEDVFNKITGTEVAVVTSVVKLENDHLAQIAKGVQKITGAKNVRIKTVIDPSLVAGFTIRYGNEGSKLVDMSVKKQ LEEIAAQLEMDDVTLAV ; ;MAALQNPVALQSRTTTAVAALSTSSTTSTPKPFSLSFSSSTATFNPLRLKILTASKLTAKPRGGALGTRMVDSTASRYAS ALADVADVTGTLEATNSDVEKLIRIFSEEPVYYFFANPVISIDNKRSVLDEIITTSGLQPHTANFINILIDSERINLVKE ILNEFEDVFNKITGTEVAVVTSVVKLENDHLAQIAKGVQKITGAKNVRIKTVIDPSLVAGFTIRYGNEGSKLVDMSVKKQ LEEIAAQLEMDDVTLAV ; d ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MTLNLCVLTPNRSIWNSEVKEIILSTNSGQIGVLPNHAPTATAVDIGILRIRLNDQWLTLALMGGFARIGNNEITILVND AERGSDIDPQEAQQTLEIAEANLRKAEGKRQKIEANLALRRARTRVEASNTISS ; ;MTLNLCVLTPNRSIWNSEVKEIILSTNSGQIGVLPNHAPTATAVDIGILRIRLNDQWLTLALMGGFARIGNNEITILVND AERGSDIDPQEAQQTLEIAEANLRKAEGKRQKIEANLALRRARTRVEASNTISS ; e ? 8 'polypeptide(L)' no no ;MACSLSFSSSVSTFHLPTTTQSTQAPPNNATTLPTTNPIQCANLRELRDRIGSVKNTQKITEAMKLVAAAKVRRAQEAVV NGRPFSETLVEVLYNMNEQLQTEDVDVPLTKIRTVKKVALMVVTGDRGLCGGFNNMLLKKAESRIAELKKLGVDYTIISI GKKGNTYFIRRPEIPVDRYFDGTNLPTAKEAQAIADDVFSLFVSEEVDKVEMLYTKFVSLVKSDPVIHTLLPLSPKGEIC DINGKCVDAAEDELFRLTTKEGKLTVERDMIKTETPAFSPILEFEQDPAQILDALLPLYLNSQILRALQESLASELAARM TAMSNATDNANELKKTLSINYNRARQAKITGEILEIVAGANACV ; ;MACSLSFSSSVSTFHLPTTTQSTQAPPNNATTLPTTNPIQCANLRELRDRIGSVKNTQKITEAMKLVAAAKVRRAQEAVV NGRPFSETLVEVLYNMNEQLQTEDVDVPLTKIRTVKKVALMVVTGDRGLCGGFNNMLLKKAESRIAELKKLGVDYTIISI GKKGNTYFIRRPEIPVDRYFDGTNLPTAKEAQAIADDVFSLFVSEEVDKVEMLYTKFVSLVKSDPVIHTLLPLSPKGEIC DINGKCVDAAEDELFRLTTKEGKLTVERDMIKTETPAFSPILEFEQDPAQILDALLPLYLNSQILRALQESLASELAARM TAMSNATDNANELKKTLSINYNRARQAKITGEILEIVAGANACV ; g ? 9 'polypeptide(L)' no no ;MNPLIAAASVIAAGLAVGLASIGPGVGQGTAAGQAVEGIARQPEAEGKIRGTLLLSLAFMEALTIYGLVVALALLFANPF V ; ;MNPLIAAASVIAAGLAVGLASIGPGVGQGTAAGQAVEGIARQPEAEGKIRGTLLLSLAFMEALTIYGLVVALALLFANPF V ; R,Q,P,O,N,M,Z,Y,X,W,V,U,T,S ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ALA n 1 3 THR n 1 4 ILE n 1 5 ARG n 1 6 ALA n 1 7 ASP n 1 8 GLU n 1 9 ILE n 1 10 SER n 1 11 LYS n 1 12 ILE n 1 13 ILE n 1 14 ARG n 1 15 GLU n 1 16 ARG n 1 17 ILE n 1 18 GLU n 1 19 GLY n 1 20 TYR n 1 21 ASN n 1 22 ARG n 1 23 GLU n 1 24 VAL n 1 25 LYS n 1 26 VAL n 1 27 VAL n 1 28 ASN n 1 29 THR n 1 30 GLY n 1 31 THR n 1 32 VAL n 1 33 LEU n 1 34 GLN n 1 35 VAL n 1 36 GLY n 1 37 ASP n 1 38 GLY n 1 39 ILE n 1 40 ALA n 1 41 ARG n 1 42 ILE n 1 43 HIS n 1 44 GLY n 1 45 LEU n 1 46 ASP n 1 47 GLU n 1 48 VAL n 1 49 MET n 1 50 ALA n 1 51 GLY n 1 52 GLU n 1 53 LEU n 1 54 VAL n 1 55 GLU n 1 56 PHE n 1 57 GLU n 1 58 GLU n 1 59 GLY n 1 60 THR n 1 61 ILE n 1 62 GLY n 1 63 ILE n 1 64 ALA n 1 65 LEU n 1 66 ASN n 1 67 LEU n 1 68 GLU n 1 69 SER n 1 70 ASN n 1 71 ASN n 1 72 VAL n 1 73 GLY n 1 74 VAL n 1 75 VAL n 1 76 LEU n 1 77 MET n 1 78 GLY n 1 79 ASP n 1 80 GLY n 1 81 LEU n 1 82 MET n 1 83 ILE n 1 84 GLN n 1 85 GLU n 1 86 GLY n 1 87 SER n 1 88 SER n 1 89 VAL n 1 90 LYS n 1 91 ALA n 1 92 THR n 1 93 GLY n 1 94 ARG n 1 95 ILE n 1 96 ALA n 1 97 GLN n 1 98 ILE n 1 99 PRO n 1 100 VAL n 1 101 SER n 1 102 GLU n 1 103 ALA n 1 104 TYR n 1 105 LEU n 1 106 GLY n 1 107 ARG n 1 108 VAL n 1 109 ILE n 1 110 ASN n 1 111 ALA n 1 112 LEU n 1 113 ALA n 1 114 LYS n 1 115 PRO n 1 116 ILE n 1 117 ASP n 1 118 GLY n 1 119 ARG n 1 120 GLY n 1 121 GLU n 1 122 ILE n 1 123 THR n 1 124 ALA n 1 125 SER n 1 126 GLU n 1 127 SER n 1 128 ARG n 1 129 LEU n 1 130 ILE n 1 131 GLU n 1 132 SER n 1 133 PRO n 1 134 ALA n 1 135 PRO n 1 136 GLY n 1 137 ILE n 1 138 MET n 1 139 SER n 1 140 ARG n 1 141 ARG n 1 142 SER n 1 143 VAL n 1 144 TYR n 1 145 GLU n 1 146 PRO n 1 147 LEU n 1 148 GLN n 1 149 THR n 1 150 GLY n 1 151 LEU n 1 152 ILE n 1 153 ALA n 1 154 ILE n 1 155 ASP n 1 156 ALA n 1 157 MET n 1 158 ILE n 1 159 PRO n 1 160 VAL n 1 161 GLY n 1 162 ARG n 1 163 GLY n 1 164 GLN n 1 165 ARG n 1 166 GLU n 1 167 LEU n 1 168 ILE n 1 169 ILE n 1 170 GLY n 1 171 ASP n 1 172 ARG n 1 173 GLN n 1 174 THR n 1 175 GLY n 1 176 LYS n 1 177 THR n 1 178 ALA n 1 179 VAL n 1 180 ALA n 1 181 THR n 1 182 ASP n 1 183 THR n 1 184 ILE n 1 185 LEU n 1 186 ASN n 1 187 GLN n 1 188 GLN n 1 189 GLY n 1 190 GLN n 1 191 ASN n 1 192 VAL n 1 193 ILE n 1 194 CYS n 1 195 VAL n 1 196 TYR n 1 197 VAL n 1 198 ALA n 1 199 ILE n 1 200 GLY n 1 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