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C ASN 133 T NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.409 ? N-Glycosylation covale19 covale one ? G ASN 107 ND2 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? C ASN 137 Z NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.412 ? N-Glycosylation covale20 covale one ? G ASN 118 ND2 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? C ASN 156 Y NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.399 ? N-Glycosylation covale21 covale one ? G ASN 122 ND2 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? C ASN 160 U NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.397 ? N-Glycosylation covale22 covale one ? G ASN 167 ND2 ? ? ? 1_555 XA NAG . C1 ? ? C ASN 197 C NAG 619 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.396 ? N-Glycosylation covale23 covale one ? G ASN 204 ND2 ? ? ? 1_555 WA NAG . C1 ? ? C ASN 234 C NAG 618 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.401 ? N-Glycosylation covale24 covale one ? G ASN 232 ND2 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? C ASN 262 V NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.428 ? N-Glycosylation covale25 covale one ? G ASN 246 ND2 ? ? ? 1_555 QA NAG . C1 ? ? C ASN 276 C NAG 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.426 ? N-Glycosylation covale26 covale one ? G ASN 265 ND2 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? C ASN 295 W NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.406 ? N-Glycosylation covale27 covale one ? G ASN 271 ND2 ? ? ? 1_555 RA NAG . C1 ? ? C ASN 301 C NAG 611 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.412 ? N-Glycosylation covale28 covale one ? G ASN 301 ND2 ? ? ? 1_555 SA NAG . C1 ? ? C ASN 332 C NAG 612 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.416 ? N-Glycosylation covale29 covale one ? G ASN 332 ND2 ? ? ? 1_555 VA NAG . C1 ? ? C ASN 363 C NAG 617 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.414 ? N-Glycosylation covale30 covale one ? G ASN 355 ND2 ? ? ? 1_555 TA NAG . C1 ? ? C ASN 386 C NAG 613 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.406 ? N-Glycosylation covale31 covale one ? G ASN 361 ND2 ? ? ? 1_555 UA NAG . C1 ? ? C ASN 392 C NAG 614 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.408 ? N-Glycosylation covale32 covale one ? G ASN 416 ND2 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? C ASN 448 X NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.413 ? N-Glycosylation covale33 covale one ? K ASN 58 ND2 ? ? ? 1_555 HB NAG . C1 ? ? D ASN 88 D NAG 624 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.408 ? N-Glycosylation covale34 covale one ? K ASN 103 ND2 ? ? ? 1_555 AA NAG . C1 ? ? D ASN 133 a NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.408 ? N-Glycosylation covale35 covale one ? K ASN 107 ND2 ? ? ? 1_555 GA NAG . C1 ? ? D ASN 137 g NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.412 ? N-Glycosylation covale36 covale one ? K ASN 118 ND2 ? ? ? 1_555 FA NAG . C1 ? ? D ASN 156 f NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.400 ? N-Glycosylation covale37 covale one ? K ASN 122 ND2 ? ? ? 1_555 BA NAG . C1 ? ? D ASN 160 b NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.397 ? N-Glycosylation covale38 covale one ? K ASN 167 ND2 ? ? ? 1_555 GB NAG . C1 ? ? D ASN 197 D NAG 619 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.395 ? N-Glycosylation covale39 covale one ? K ASN 204 ND2 ? ? ? 1_555 FB NAG . C1 ? ? D ASN 234 D NAG 618 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.400 ? N-Glycosylation covale40 covale one ? K ASN 232 ND2 ? ? ? 1_555 CA NAG . C1 ? ? D ASN 262 c NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.428 ? N-Glycosylation covale41 covale one ? K ASN 246 ND2 ? ? ? 1_555 ZA NAG . C1 ? ? D ASN 276 D NAG 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.427 ? N-Glycosylation covale42 covale one ? K ASN 265 ND2 ? ? ? 1_555 DA NAG . C1 ? ? D ASN 295 d NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.406 ? N-Glycosylation covale43 covale one ? K ASN 271 ND2 ? ? ? 1_555 AB NAG . C1 ? ? D ASN 301 D NAG 611 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.412 ? N-Glycosylation covale44 covale one ? K ASN 301 ND2 ? ? ? 1_555 BB NAG . C1 ? ? D ASN 332 D NAG 612 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.416 ? N-Glycosylation covale45 covale one ? K ASN 332 ND2 ? ? ? 1_555 EB NAG . C1 ? ? D ASN 363 D NAG 617 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.414 ? N-Glycosylation covale46 covale one ? K ASN 355 ND2 ? ? ? 1_555 CB NAG . C1 ? ? D ASN 386 D NAG 613 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.406 ? N-Glycosylation covale47 covale one ? K ASN 361 ND2 ? ? ? 1_555 DB NAG . C1 ? ? D ASN 392 D NAG 614 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.408 ? N-Glycosylation covale48 covale one ? K ASN 416 ND2 ? ? ? 1_555 EA NAG . C1 ? ? D ASN 448 e NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.413 ? N-Glycosylation covale49 covale both ? M NAG . O4 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? M NAG 1 M NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.422 ? ? covale50 covale both ? N NAG . O4 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? N NAG 1 N NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.412 ? ? covale51 covale both ? O NAG . O4 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? O NAG 1 O NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.417 ? ? covale52 covale both ? O NAG . O4 ? ? ? 1_555 O BMA . C1 ? ? O NAG 2 O BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.482 ? ? covale53 covale both ? P NAG . O4 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? P NAG 1 P NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.415 ? ? covale54 covale both ? Q NAG . O4 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? Q NAG 1 Q NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.420 ? ? covale55 covale both ? R NAG . O4 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? R NAG 1 R NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.411 ? ? covale56 covale both ? S NAG . O4 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? S NAG 1 S NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.402 ? ? covale57 covale both ? T NAG . O4 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? T NAG 1 T NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.422 ? ? covale58 covale both ? U NAG . O4 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? U NAG 1 U NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.412 ? ? covale59 covale both ? V NAG . O4 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? V NAG 1 V NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.416 ? ? covale60 covale both ? V NAG . O4 ? ? ? 1_555 V BMA . C1 ? ? V NAG 2 V BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.482 ? ? covale61 covale both ? W NAG . O4 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? W NAG 1 W NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.415 ? ? covale62 covale both ? X NAG . O4 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? X NAG 1 X NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.419 ? ? covale63 covale both ? Y NAG . O4 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? Y NAG 1 Y NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.411 ? ? covale64 covale both ? Z NAG . O4 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? Z NAG 1 Z NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.403 ? ? covale65 covale both ? AA NAG . O4 ? ? ? 1_555 AA NAG . C1 ? ? a NAG 1 a NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.422 ? ? covale66 covale both ? BA NAG . O4 ? ? ? 1_555 BA NAG . C1 ? ? b NAG 1 b NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.412 ? ? covale67 covale both ? CA NAG . O4 ? ? ? 1_555 CA NAG . 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L GLN 51 214 1 Y 1 F GLN 563 ? L GLN 52 215 1 Y 1 F HIS 564 ? L HIS 53 216 1 Y 1 F LEU 565 ? L LEU 54 217 1 Y 1 F LEU 566 ? L LEU 55 218 1 Y 1 F LYS 567 ? L LYS 56 219 1 Y 1 F ASP 664 ? L ASP 153 # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_naturalsource.organ _em_entity_assembly_naturalsource.organelle _em_entity_assembly_naturalsource.organism _em_entity_assembly_naturalsource.strain _em_entity_assembly_naturalsource.tissue 1 2 ? ? 9986 ? ? 'Oryctolagus cuniculus' ? ? 2 3 ? ? 11676 ? ? 'Human immunodeficiency virus 1' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain 1 2 ? 9606 'Homo sapiens' ? ? 2 3 ? 9606 'Homo sapiens' ? ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 49.6 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? ? ? 1 1 1 2 'IMAGE ACQUISITION' ? 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4 6 DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 5 6 'WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 6 6 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}' LINUCS PDB-CARE ? # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order _pdbx_entity_branch_link.details 1 5 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 2 6 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 3 6 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 5 NAG 1 n 5 NAG 2 n 6 NAG 1 n 6 NAG 2 n 6 BMA 3 n # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 7 _pdbx_entity_nonpoly.name 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _pdbx_entity_nonpoly.comp_id NAG # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support none _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? 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