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EMDB EMD-21347 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2020-03-18 2 'Structure model' 1 1 2020-09-30 3 'Structure model' 1 2 2024-03-06 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Database references' 2 3 'Structure model' 'Data collection' 3 3 'Structure model' 'Database references' # loop_ 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11 2 'Structure model' '_citation.title' 12 2 'Structure model' '_citation.year' 13 3 'Structure model' '_database_2.pdbx_DOI' 14 3 'Structure model' '_database_2.pdbx_database_accession' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 6VQB _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2020-02-04 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Mammalian V-ATPase from rat brain soluble V1 region rotational state 2 with SidK and ADP (from focused refinement)' _pdbx_database_related.db_id EMD-21347 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Abbas, Y.M.' 1 0000-0001-5625-1034 'Rubinstein, J.L.' 2 0000-0003-0566-2209 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Science _citation.journal_id_ASTM SCIEAS _citation.journal_id_CSD 0038 _citation.journal_id_ISSN 1095-9203 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 367 _citation.language ? _citation.page_first 1240 _citation.page_last 1246 _citation.title 'Structure of V-ATPase from the mammalian brain.' _citation.year 2020 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1126/science.aaz2924 _citation.pdbx_database_id_PubMed 32165585 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Abbas, Y.M.' 1 0000-0001-5625-1034 primary 'Wu, D.' 2 ? primary 'Bueler, S.A.' 3 ? primary 'Robinson, C.V.' 4 0000-0001-7829-5505 primary 'Rubinstein, J.L.' 5 0000-0003-0566-2209 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat 'ATPase H+-transporting V1 subunit A' 68341.836 3 ? ? ? ? 2 polymer nat 'V-type proton ATPase subunit B, brain isoform' 56611.570 3 ? ? ? ? 3 polymer nat 'ATPase H+-transporting V1 subunit D' 28359.020 1 ? ? ? ? 4 polymer nat 'V-type proton ATPase subunit E 1' 26167.453 3 ? ? ? ? 5 polymer nat 'V-type proton ATPase subunit G' 13690.476 3 ? ? ? ? 6 polymer man 'Uncharacterized protein' 34693.605 3 ? ? ? ? 7 non-polymer syn "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 427.201 1 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id 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;MSGKDRIEIFPSRMAQTIMKARLKGAQTGRNLLKKKSDALTLRFRQILKKIIETKMLMGEVMREAAFSLAEAKFTAGDFS TTVIQNVNKAQVKIRAKKDNVAGVTLPVFEHYHEGTDSYELTGLARGGEQLAKLKRNYAKAVELLVELASLQTSFVTLDE AIKITNRRVNAIEHVIIPRIERTLAYIITELDEREREEFYRLKKIQEKKKIIKEKSEKDLERRRAAGEVMEPANLLAEEK DEDLLFE ; ;MSGKDRIEIFPSRMAQTIMKARLKGAQTGRNLLKKKSDALTLRFRQILKKIIETKMLMGEVMREAAFSLAEAKFTAGDFS TTVIQNVNKAQVKIRAKKDNVAGVTLPVFEHYHEGTDSYELTGLARGGEQLAKLKRNYAKAVELLVELASLQTSFVTLDE AIKITNRRVNAIEHVIIPRIERTLAYIITELDEREREEFYRLKKIQEKKKIIKEKSEKDLERRRAAGEVMEPANLLAEEK DEDLLFE ; H ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MALSDADVQKQIKHMMAFIEQEANEKAEEIDAKAEEEFNIEKGRLVQTQRLKIMEYYEKKEKQIEQQKKIQMSNLMNQAR LKVLRARDDLITDLLNEAKQRLSKVVKDTTRYQVLLDGLVLQGLYQLLEPRMIVRCRKQDFPLVKAAVQKAIPMYKIATK KDVDVQIDLEAYLPEDIAGGVEIYNGDRKIKVSNTLESRLDLIAQQMMPEVRGALFGANANRKFLD ; ;MALSDADVQKQIKHMMAFIEQEANEKAEEIDAKAEEEFNIEKGRLVQTQRLKIMEYYEKKEKQIEQQKKIQMSNLMNQAR LKVLRARDDLITDLLNEAKQRLSKVVKDTTRYQVLLDGLVLQGLYQLLEPRMIVRCRKQDFPLVKAAVQKAIPMYKIATK KDVDVQIDLEAYLPEDIAGGVEIYNGDRKIKVSNTLESRLDLIAQQMMPEVRGALFGANANRKFLD ; I,J,K ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MASQSQGIQQLLQAEKRAAEKVADARKRKARRLKQAKEEAQMEVEQYRREREQEFQSKQQAAMGSQGNLSAEVEQATRRQ VQGMQSSQQRNRERVLTQLLGMVCDVRPQVHPNYRITV ; ;MASQSQGIQQLLQAEKRAAEKVADARKRKARRLKQAKEEAQMEVEQYRREREQEFQSKQQAAMGSQGNLSAEVEQATRRQ VQGMQSSQQRNRERVLTQLLGMVCDVRPQVHPNYRITV ; M,N,O ? 6 'polypeptide(L)' no no ;GMSFIKVGIKMGGLTSEQYHSQVVGKIGYIARCMQTIDPENNLKKIREDYQDVLIWAEKNYRFEEILEASKSGKCPNDLD ALSRRSLILQELLRLVSSISPFKMKLDLIESQYEKMKQHVNLWKSDYHVKLNQLNQLTDYLKNAAPTPKNNFLRAMTSVL QMQIAQYGITEDNEGINQLFKLGLHLLAMANEKIDEQYHLFKGYVKDQPEESPFEGILPAEDQKILVKTMIDYAMPKLSS KVLQDKLSALSSSDVLTKTLLDSIDRIVKENEKLNALSKDYKDHDGDYKDHDIDYKDDDDK ; ;GMSFIKVGIKMGGLTSEQYHSQVVGKIGYIARCMQTIDPENNLKKIREDYQDVLIWAEKNYRFEEILEASKSGKCPNDLD ALSRRSLILQELLRLVSSISPFKMKLDLIESQYEKMKQHVNLWKSDYHVKLNQLNQLTDYLKNAAPTPKNNFLRAMTSVL QMQIAQYGITEDNEGINQLFKLGLHLLAMANEKIDEQYHLFKGYVKDQPEESPFEGILPAEDQKILVKTMIDYAMPKLSS KVLQDKLSALSSSDVLTKTLLDSIDRIVKENEKLNALSKDYKDHDGDYKDHDIDYKDDDDK ; Q,R,S ? # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 7 _pdbx_entity_nonpoly.name 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1 163 LYS n 1 164 HIS n 1 165 LYS n 1 166 ILE n 1 167 MET n 1 168 LEU n 1 169 PRO n 1 170 PRO n 1 171 ARG n 1 172 SER n 1 173 ARG n 1 174 GLY n 1 175 SER n 1 176 VAL n 1 177 THR n 1 178 TYR n 1 179 ILE n 1 180 ALA n 1 181 PRO n 1 182 PRO n 1 183 GLY n 1 184 ASN n 1 185 TYR n 1 186 ASP n 1 187 ALA n 1 188 SER n 1 189 ASP n 1 190 VAL n 1 191 VAL n 1 192 LEU n 1 193 GLU n 1 194 LEU n 1 195 GLU n 1 196 PHE n 1 197 GLU n 1 198 GLY n 1 199 VAL n 1 200 LYS n 1 201 GLU n 1 202 LYS n 1 203 LEU n 1 204 SER n 1 205 MET n 1 206 VAL n 1 207 GLN n 1 208 VAL n 1 209 TRP n 1 210 PRO n 1 211 VAL n 1 212 ARG n 1 213 GLN n 1 214 VAL n 1 215 ARG n 1 216 PRO n 1 217 VAL n 1 218 THR n 1 219 GLU n 1 220 LYS n 1 221 LEU n 1 222 PRO n 1 223 ALA n 1 224 ASN n 1 225 HIS n 1 226 PRO n 1 227 LEU n 1 228 LEU n 1 229 THR n 1 230 GLY n 1 231 GLN n 1 232 ARG n 1 233 VAL n 1 234 LEU n 1 235 ASP n 1 236 ALA n 1 237 LEU n 1 238 PHE n 1 239 PRO n 1 240 CYS n 1 241 VAL n 1 242 GLN n 1 243 GLY n 1 244 GLY n 1 245 THR n 1 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S . n # _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id Q _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id 7 _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id ADP _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num 1 _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num 701 _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num 701 _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id ADP _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id ADP _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id A _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code . # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_alt_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id 1 1 Y 1 Q ILE 4 ? CG1 ? 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