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_audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Abbas, Y.M.' 1 0000-0001-5625-1034 'Rubinstein, J.L.' 2 0000-0003-0566-2209 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Science _citation.journal_id_ASTM SCIEAS _citation.journal_id_CSD 0038 _citation.journal_id_ISSN 1095-9203 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 367 _citation.language ? _citation.page_first 1240 _citation.page_last 1246 _citation.title 'Structure of V-ATPase from the mammalian brain.' _citation.year 2020 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1126/science.aaz2924 _citation.pdbx_database_id_PubMed 32165585 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id 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10 ;ATPase H(+)-transporting lysosomal accessory protein 2,ATPase H(+)-transporting lysosomal-interacting protein 2,Renin/prorenin receptor ; # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MSGKDRIEIFPSRMAQTIMKARLKGAQTGRNLLKKKSDALTLRFRQILKKIIETKMLMGEVMREAAFSLAEAKFTAGDFS TTVIQNVNKAQVKIRAKKDNVAGVTLPVFEHYHEGTDSYELTGLARGGEQLAKLKRNYAKAVELLVELASLQTSFVTLDE AIKITNRRVNAIEHVIIPRIERTLAYIITELDEREREEFYRLKKIQEKKKIIKEKSEKDLERRRAAGEVMEPANLLAEEK DEDLLFE ; ;MSGKDRIEIFPSRMAQTIMKARLKGAQTGRNLLKKKSDALTLRFRQILKKIIETKMLMGEVMREAAFSLAEAKFTAGDFS TTVIQNVNKAQVKIRAKKDNVAGVTLPVFEHYHEGTDSYELTGLARGGEQLAKLKRNYAKAVELLVELASLQTSFVTLDE AIKITNRRVNAIEHVIIPRIERTLAYIITELDEREREEFYRLKKIQEKKKIIKEKSEKDLERRRAAGEVMEPANLLAEEK DEDLLFE ; H ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MAGRGKLIAVIGDEDTVTGFLLGGIGELNKNRHPNFLVVEKDTTINEIEDTFRQFLNRDDIGIILINQYIAEMVRHALDA HQRSIPAVLEIPSKEHPYDAAKDSILRRAKGMFTAEDLR ; ;MAGRGKLIAVIGDEDTVTGFLLGGIGELNKNRHPNFLVVEKDTTINEIEDTFRQFLNRDDIGIILINQYIAEMVRHALDA HQRSIPAVLEIPSKEHPYDAAKDSILRRAKGMFTAEDLR ; L ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MGELFRSEEMTLAQLFLQSEAAYCCVSELEELGKVQFRDLNPDVNVFQRKFVNEVRRCEEMDRKLRFVEKEIRKANIPIM DTGENPEVPFPRDMIDLEANFEKIENELKEINTNQEALKRNFLELTELKFILRKTQQFFDEMADPDLLEESSSLLEPNEM GRGAPLRLGFVAGVINRERIPTFERMLWRVCRGNVFLRQAEIENPLEDPVTGDYVHKSVFIIFFQGDQLKNRVKKICEGF RASLYPCPETPQERKEMASGVNTRIDDLQMVLNQTEDHRQRVLQAAAKNIRVWFIKVRKMKAIYHTLNLCNIDVTQKCLI AEVWCPVTDLDSIQFALRRGTEHSGSTVPSILNRMQTNQTPPTYNKTNKFTHGFQNIVDAYGIGTYREINPAPYTVITFP FLFAVMFGDFGHGILMTLFAVWMVLRESRILSQKNENEMFSMVFSGRYIILLMGLFSIYTGLIYNDCFSKSLNIFGSSWS VRPMFTIGNWTEETLLGSSVLQLNPAIPGVFGGPYPFGIDPIWNIATNKLTFLNSFKMKMSVILGIIHMLFGVSLSLFNH IYFKKPLNIYFGFIPEIIFMSSLFGYLVILIFYKWTAYDAHSSRNAPSLLIHFINMFLFSYPESGNAMLYSGQKGIQCFL 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QAIHTIEYCLGCISNTASYLRLWALSLAHAQLSEVLWTMVIHIGLHVRSLAGGLGLFFIFAAFATLTVAILLIMEGLSAF LHALRLHWVEFQNKFYTGTGFKFLPFSFEHIREGKFDE ; a ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MTGLELLYLGIFVAFWACMIVVGICYTIFDLGFRFDVAWFLTETSPFMWSNLGIGLAISLSVVGAAWGIYITGSSIIGGG VKAPRIKTKNLVSIIFCEAVAIYGIIMAIVISNMAEPFSATDPKAIGHRNYHAGYSMFGAGLTVGLSNLFCGVCVGIVGS GAALADAQNPSLFVKILIVEIFGSAIGLFGVIVAILQTSRVKMGD ; ;MTGLELLYLGIFVAFWACMIVVGICYTIFDLGFRFDVAWFLTETSPFMWSNLGIGLAISLSVVGAAWGIYITGSSIIGGG VKAPRIKTKNLVSIIFCEAVAIYGIIMAIVISNMAEPFSATDPKAIGHRNYHAGYSMFGAGLTVGLSNLFCGVCVGIVGS GAALADAQNPSLFVKILIVEIFGSAIGLFGVIVAILQTSRVKMGD ; b ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MMAATVVSRIRTGTRWAPVLWLLLSLVAVAAAVAAEQQVPLVLWSSDRDLWAPVADTHEGHITSDMQLSTYLDPALELGP RNVLLFLQDKLSIEDFTAYGGVFGNKQDSAFSNLENALDLAPSSLVLPAVDWYAISTLTTYLQEKLGASPLHVDLATLKE LKLNASLPALLLIRLPYTASSGLMAPREVLTGNDEVIGQVLSTLESEDVPYTAALTAVRPSRVARDVAMVAGGLGRQLLQ TQVASPAIHPPVSYNDTAPRILFWAQNFSVAYKDEWKDLTSLTFGVENLNLTGSFWNDSFAMLSLTYEPLFGATVTFKFI 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H GLN 86 OE1 1870 1 Y 1 f GLN 86 ? NE2 ? H GLN 86 NE2 1871 1 Y 1 f VAL 87 ? CG1 ? H VAL 87 CG1 1872 1 Y 1 f VAL 87 ? CG2 ? H VAL 87 CG2 1873 1 Y 1 f ARG 88 ? CG ? H ARG 88 CG 1874 1 Y 1 f ARG 88 ? CD ? H ARG 88 CD 1875 1 Y 1 f ARG 88 ? NE ? H ARG 88 NE 1876 1 Y 1 f ARG 88 ? CZ ? H ARG 88 CZ 1877 1 Y 1 f ARG 88 ? NH1 ? H ARG 88 NH1 1878 1 Y 1 f ARG 88 ? NH2 ? H ARG 88 NH2 1879 1 Y 1 f LEU 89 ? CG ? H LEU 89 CG 1880 1 Y 1 f LEU 89 ? CD1 ? H LEU 89 CD1 1881 1 Y 1 f LEU 89 ? CD2 ? H LEU 89 CD2 1882 1 Y 1 f ASN 90 ? CG ? H ASN 90 CG 1883 1 Y 1 f ASN 90 ? OD1 ? H ASN 90 OD1 1884 1 Y 1 f ASN 90 ? ND2 ? H ASN 90 ND2 1885 1 Y 1 p PRO 292 ? CG ? R PRO 292 CG 1886 1 Y 1 p PRO 292 ? CD ? R PRO 292 CD 1887 1 Y 1 p TYR 293 ? CG ? R TYR 293 CG 1888 1 Y 1 p TYR 293 ? CD1 ? R TYR 293 CD1 1889 1 Y 1 p TYR 293 ? CD2 ? R TYR 293 CD2 1890 1 Y 1 p TYR 293 ? CE1 ? R TYR 293 CE1 1891 1 Y 1 p TYR 293 ? CE2 ? R TYR 293 CE2 1892 1 Y 1 p TYR 293 ? CZ ? R TYR 293 CZ 1893 1 Y 1 p TYR 293 ? OH ? R TYR 293 OH 1894 1 Y 1 p ASN 294 ? CG ? R ASN 294 CG 1895 1 Y 1 p ASN 294 ? OD1 ? R ASN 294 OD1 1896 1 Y 1 p ASN 294 ? ND2 ? R ASN 294 ND2 1897 1 Y 1 p LEU 295 ? CG ? R LEU 295 CG 1898 1 Y 1 p LEU 295 ? CD1 ? R LEU 295 CD1 1899 1 Y 1 p LEU 295 ? CD2 ? R LEU 295 CD2 1900 1 Y 1 p TYR 297 ? CG ? R TYR 297 CG 1901 1 Y 1 p TYR 297 ? CD1 ? R TYR 297 CD1 1902 1 Y 1 p TYR 297 ? CD2 ? R TYR 297 CD2 1903 1 Y 1 p TYR 297 ? CE1 ? R TYR 297 CE1 1904 1 Y 1 p TYR 297 ? CE2 ? R TYR 297 CE2 1905 1 Y 1 p TYR 297 ? CZ ? R TYR 297 CZ 1906 1 Y 1 p TYR 297 ? OH ? R TYR 297 OH 1907 1 Y 1 p LYS 298 ? CG ? R LYS 298 CG 1908 1 Y 1 p LYS 298 ? CD ? R LYS 298 CD 1909 1 Y 1 p LYS 298 ? CE ? R LYS 298 CE 1910 1 Y 1 p LYS 298 ? NZ ? 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R N N 10 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP Q6P503_RAT Q6P503 ? 1 ;MSGKDRIEIFPSRMAQTIMKARLKGAQTGRNLLKKKSDALTLRFRQILKKIIETKMLMGEVMREAAFSLAEAKFTAGDFS TTVIQNVNKAQVKIRAKKDNVAGVTLPVFEHYHEGTDSYELTGLARGGEQLAKLKRNYAKAVELLVELASLQTSFVTLDE AIKITNRRVNAIEHVIIPRIERTLAYIITELDEREREEFYRLKKIQEKKKIIKEKSEKDLERRRAAGEVMEPANLLAEEK DEDLLFE ; 1 2 UNP VATF_RAT P50408 ? 2 ;MAGRGKLIAVIGDEDTVTGFLLGGIGELNKNRHPNFLVVEKDTTINEIEDTFRQFLNRDDIGIILINQYIAEMVRHALDA HQRSIPAVLEIPSKEHPYDAAKDSILRRAKGMFTAEDLR ; 1 3 UNP VPP1_RAT P25286 ? 3 ;MGELFRSEEMTLAQLFLQSEAAYCCVSELEELGKVQFRDLNPDVNVFQRKFVNEVRRCEEMDRKLRFVEKEIRKANIPIM DTGENPEVPFPRDMIDLEANFEKIENELKEINTNQEALKRNFLELTELKFILRKTQQFFDEMADPDLLEESSSLLEPNEM GRGAPLRLGFVAGVINRERIPTFERMLWRVCRGNVFLRQAEIENPLEDPVTGDYVHKSVFIIFFQGDQLKNRVKKICEGF RASLYPCPETPQERKEMASGVNTRIDDLQMVLNQTEDHRQRVLQAAAKNIRVWFIKVRKMKAIYHTLNLCNIDVTQKCLI AEVWCPVTDLDSIQFALRRGTEHSGSTVPSILNRMQTNQTPPTYNKTNKFTHGFQNIVDAYGIGTYREINPAPYTVITFP FLFAVMFGDFGHGILMTLFAVWMVLRESRILSQKNENEMFSMVFSGRYIILLMGLFSIYTGLIYNDCFSKSLNIFGSSWS VRPMFTIGNWTEETLLGSSVLQLNPAIPGVFGGPYPFGIDPIWNIATNKLTFLNSFKMKMSVILGIIHMLFGVSLSLFNH IYFKKPLNIYFGFIPEIIFMSSLFGYLVILIFYKWTAYDAHSSRNAPSLLIHFINMFLFSYPESGNAMLYSGQKGIQCFL IVVAMLCVPWMLLFKPLILRHQYLRKKHLGTLNFGGIRVGNGPTEEDAEIIQHDQLSTHSEDAEEPTEDEVFDFGDTMVH QAIHTIEYCLGCISNTASYLRLWALSLAHAQLSEVLWTMVIHIGLHVRSLAGGLGLFFIFAAFATLTVAILLIMEGLSAF LHALRLHWVEFQNKFYTGTGFKFLPFSFEHIREGKFDE ; 1 4 UNP B0K022_RAT B0K022 ? 4 ;MTGLELLYLGIFVAFWACMIVVGICYTIFDLGFRFDVAWFLTETSPFMWSNLGIGLAISLSVVGAAWGIYITGSSIIGGG VKAPRIKTKNLVSIIFCEAVAIYGIIMAIVISNMAEPFSATDPKAIGHRNYHAGYSMFGAGLTVGLSNLFCGVCVGIVGS GAALADAQNPSLFVKILIVEIFGSAIGLFGVIVAILQTSRVKMGD ; 1 5 UNP VAS1_RAT O54715 ? 5 ;MMAATVVSRIRTGTRWAPVLWLLLSLVAVAAAVAAEQQVPLVLWSSDRDLWAPVADTHEGHITSDMQLSTYLDPALELGP RNVLLFLQDKLSIEDFTAYGGVFGNKQDSAFSNLENALDLAPSSLVLPAVDWYAISTLTTYLQEKLGASPLHVDLATLKE LKLNASLPALLLIRLPYTASSGLMAPREVLTGNDEVIGQVLSTLESEDVPYTAALTAVRPSRVARDVAMVAGGLGRQLLQ TQVASPAIHPPVSYNDTAPRILFWAQNFSVAYKDEWKDLTSLTFGVENLNLTGSFWNDSFAMLSLTYEPLFGATVTFKFI LASRFYPVSARYWFTMERLEIHSNGSVAHFNVSQVTGPSIYSFHCEYVSSLSKKGSLLVTNVPSLWQMTLHNFQIQAFNV TGEQFSYASDCAGFFSPGIWMGLLTTLFMLFIFTYGLHMILSLKTMDRFDDRKGPTITLTQIV ; 1 6 UNP Q5M7T6_RAT Q5M7T6 ? 6 ;MSFFPELYFNVDNGYLEGLVRGLKAGVLSQADYLNLVQCETLEDLKLHLQSTDYGNFLANEASPLTVSVIDDKLKEKMVV EFRHMRNHAYEPLASFLDFITYSYMIDNVILLITGTLHQRSIAELVPKCHPLGSFEQMEAVNIAQTPAELYNAILVDTPL AAFFQDCISEQDLDEMNIEIIRNTLYKAYLESFYKFCTLLGGTTADAMCPILEFEADRRAFIITINSFGTELSKEDRAKL FPHCGRLYPEGLAQLARADDYEQVKNVADYYPEYKLLFEGAGSNPGDKTLEDRFFEHEVKLNKLAFLNQFHFGVFYAFVK LKEQECRNIVWIAECIAQRHRAKIDNYIPIF ; 1 7 UNP VA0E2_RAT Q5EB76 ? 7 ;MTAHSFALPVIIFTTFWGLIGIAGPWFVPKGPNRGVIITMLVATAVCCYLFWLIAILAQLNPLFGPQLKNETIWYVRFLW E ; 1 8 UNP D3ZIM6_RAT D3ZIM6 ? 8 ;MASLLCCGPKLAACGIVLSAWGVIMLIMLGIFFNVHSAVLIEDVPFTEKDFENGPQNIYNLYEQVSYNCFIAAGLYLLLG GFSFCQVRLNKRKEYMVR ; 1 9 UNP VATL_RAT P63081 ? 9 ;MADIKNNPEYSSFFGVMGASSAMVFSAMGAAYGTAKSGTGIAAMSVMRPELIMKSIIPVVMAGIIAIYGLVVAVLIANSL TDGITLYRSFLQLGAGLSVGLSGLAAGFAIGIVGDAGVRGTAQQPRLFVGMILILIFAEVLGLYGLIVALILSTK ; 1 10 UNP RENR_RAT Q6AXS4 ? 10 ;MAVLVVLLSSLVSSALANEFSILRSPGSVVFRNGNWPIPGDRIPDVAALSMGFSVKEDLSWPGLAVGNLFHRPRATIMVT VKGVDKLALPTGSVISYPLENAVPFSLDSVANSIHSLFSEETPVVLQLAPSEERVYMVGKANSVFEDLSVTLRQLRNRLF QENSVLNSLPLNSLSRNNEVDLLFLSELQVLHDISSLLSRHKHLAKDHSPDLYSLELAGLDELGKRYGEDSEQFRDASRI LVDALQKFADDMYSLYGGNAVVELVTVKSFDTSLVRKSRTILETKQENTQSPYNLAYKYNLEYSVVFNLVLWIMTGLALA VIITSYNIWNMDPGYDSIIYRMTNQKIRMD ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6VQH H 1 ? 247 ? 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Q6AXS4 1 ? 350 ? 1 350 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details octadecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 18 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support none _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 LYS A 50 ? 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