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'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 NAG 'D-saccharide, beta linking' . 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ? 'C8 H15 N O6' 221.208 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6VWI _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 6VWI _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.005 ? 12940 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.739 ? 23323 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 18.215 ? 5237 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.050 ? 991 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.006 ? 1910 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 6VWI _struct.title ;Head region of the closed conformation of the human type 1 insulin-like growth factor receptor ectodomain in complex with human insulin-like growth factor II. ; _struct.pdbx_descriptor 'Insulin-like growth factor 1 receptor (E.C.2.7.10.1), Insulin-like growth factor II' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6VWI _struct_keywords.text 'Type 1 insulin-like growth factor receptor, Insulin-like growth factor II, ectodomain receptor, tyrosine kinase, SIGNALING PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'SIGNALING PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 2 ? D N N 3 ? E N N 3 ? F N N 3 ? G N N 3 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ASP A 12 ? CYS A 22 ? ASP A 12 CYS A 22 5 ? 11 HELX_P HELX_P2 AA2 ASP A 39 ? TYR A 43 ? ASP A 39 TYR A 43 5 ? 5 HELX_P HELX_P3 AA3 SER A 65 ? LEU A 69 ? SER A 65 LEU A 69 5 ? 5 HELX_P HELX_P4 AA4 ASP A 126 ? LEU A 131 ? ASP A 126 LEU A 131 1 ? 6 HELX_P HELX_P5 AA5 ALA A 133 ? ASN A 137 ? ALA A 133 ASN A 137 5 ? 5 HELX_P HELX_P6 AA6 PRO A 144 ? CYS A 148 ? PRO A 144 CYS A 148 5 ? 5 HELX_P HELX_P7 AA7 PRO A 186 ? GLY A 190 ? PRO A 186 GLY A 190 5 ? 5 HELX_P HELX_P8 AA8 ASN A 214 ? THR A 216 ? ASN A 214 THR A 216 5 ? 3 HELX_P HELX_P9 AA9 ASP A 248 ? ALA A 253 ? ASP A 248 ALA A 253 1 ? 6 HELX_P HELX_P10 AB1 SER A 313 ? MET A 319 ? SER A 313 MET A 319 1 ? 7 HELX_P HELX_P11 AB2 ILE A 340 ? GLY A 349 ? ILE A 340 GLY A 349 1 ? 10 HELX_P HELX_P12 AB3 CYS A 425 ? THR A 436 ? CYS A 425 THR A 436 1 ? 12 HELX_P HELX_P13 AB4 SER B 313 ? GLN B 318 ? SER B 313 GLN B 318 1 ? 6 HELX_P HELX_P14 AB5 MET B 319 ? GLN B 321 ? MET B 319 GLN B 321 5 ? 3 HELX_P HELX_P15 AB6 ASN B 339 ? GLY B 349 ? ASN B 339 GLY B 349 1 ? 11 HELX_P HELX_P16 AB7 CYS B 425 ? THR B 436 ? CYS B 425 THR B 436 1 ? 12 HELX_P HELX_P17 AB8 SER B 443 ? ILE B 447 ? SER B 443 ILE B 447 5 ? 5 HELX_P HELX_P18 AB9 ASP B 486 ? ARG B 488 ? ASP B 486 ARG B 488 5 ? 3 HELX_P HELX_P19 AC1 GLU B 560 ? ILE B 564 ? GLU B 560 ILE B 564 5 ? 5 HELX_P HELX_P20 AC2 ALA B 677 ? GLU B 682 ? ALA B 677 GLU B 682 1 ? 6 HELX_P HELX_P21 AC3 LYS B 683 ? PHE B 701 ? LYS B 683 PHE B 701 1 ? 19 HELX_P HELX_P22 AC4 GLY C 10 ? GLY C 22 ? GLY I 10 GLY I 22 1 ? 13 HELX_P HELX_P23 AC5 GLY C 41 ? CYS C 47 ? GLY I 41 CYS I 47 1 ? 7 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 3 SG ? ? ? 1_555 A CYS 22 SG ? ? A CYS 3 A CYS 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf2 disulf ? ? A CYS 120 SG ? ? ? 1_555 A CYS 148 SG ? ? A CYS 120 A CYS 148 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf3 disulf ? ? A CYS 152 SG ? ? ? 1_555 A CYS 175 SG ? ? A CYS 152 A CYS 175 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? ? disulf4 disulf ? ? A CYS 162 SG ? ? ? 1_555 A CYS 181 SG ? ? A CYS 162 A CYS 181 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf5 disulf ? ? A CYS 185 SG ? ? ? 1_555 A CYS 194 SG ? ? A CYS 185 A CYS 194 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf6 disulf ? ? A CYS 189 SG ? ? ? 1_555 A CYS 200 SG ? ? A CYS 189 A CYS 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf7 disulf ? ? A CYS 201 SG ? ? ? 1_555 A CYS 209 SG ? ? A CYS 201 A CYS 209 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? ? disulf8 disulf ? ? A CYS 205 SG ? ? ? 1_555 A CYS 218 SG ? ? A CYS 205 A CYS 218 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf9 disulf ? ? A CYS 221 SG ? ? ? 1_555 A CYS 230 SG ? ? A CYS 221 A CYS 230 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? ? disulf10 disulf ? ? A CYS 234 SG ? ? ? 1_555 A CYS 246 SG ? ? A CYS 234 A CYS 246 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf11 disulf ? ? A CYS 252 SG ? ? ? 1_555 A CYS 273 SG ? ? A CYS 252 A CYS 273 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf12 disulf ? ? A CYS 277 SG ? ? ? 1_555 A CYS 291 SG ? ? A CYS 277 A CYS 291 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf13 disulf ? ? A CYS 302 SG ? ? ? 1_555 A CYS 323 SG ? ? A CYS 302 A CYS 323 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? ? disulf14 disulf ? ? B CYS 302 SG ? ? ? 1_555 B CYS 323 SG ? ? B CYS 302 B CYS 323 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf15 disulf ? ? B CYS 425 SG ? ? ? 1_555 B CYS 458 SG ? ? B CYS 425 B CYS 458 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf16 disulf ? ? C CYS 9 SG ? ? ? 1_555 C CYS 47 SG ? ? I CYS 9 I CYS 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? ? disulf17 disulf ? ? C CYS 21 SG ? ? ? 1_555 C CYS 60 SG ? ? I CYS 21 I CYS 60 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf18 disulf ? ? C CYS 46 SG ? ? ? 1_555 C CYS 51 SG ? ? I CYS 46 I CYS 51 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? covale1 covale one ? A ASN 21 ND2 ? ? ? 1_555 D NAG . C1 ? ? A ASN 21 A NAG 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 105 ND2 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? A ASN 105 A NAG 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? A ASN 387 ND2 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? A ASN 387 A NAG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? B ASN 504 ND2 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? B ASN 504 B NAG 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # _struct_mon_prot_cis.pdbx_id 1 _struct_mon_prot_cis.label_comp_id GLY _struct_mon_prot_cis.label_seq_id 4 _struct_mon_prot_cis.label_asym_id A _struct_mon_prot_cis.label_alt_id . _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code ? _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id GLY _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id 4 _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id A _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 5 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 A _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 ? _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 5 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 A _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num 1 _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle -4.61 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 5 ? AA2 ? 6 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 2 ? 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