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'Lee, Y.T.' 2 ? 'Ayoub, A.' 3 ? 'Dou, Y.' 4 ? 'Cho, U.' 5 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Nat Commun' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2041-1723 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 12 _citation.language ? _citation.page_first 2953 _citation.page_last 2953 _citation.title 'Mechanism for DPY30 and ASH2L intrinsically disordered regions to modulate the MLL/SET1 activity on chromatin.' _citation.year 2021 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41467-021-23268-9 _citation.pdbx_database_id_PubMed 34012049 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Lee, Y.T.' 1 0000-0002-3522-9361 primary 'Ayoub, A.' 2 ? primary 'Park, S.H.' 3 ? primary 'Sha, L.' 4 ? primary 'Xu, J.' 5 ? primary 'Mao, F.' 6 ? primary 'Zheng, W.' 7 0000-0002-2984-9003 primary 'Zhang, Y.' 8 ? primary 'Cho, U.S.' 9 ? primary 'Dou, Y.' 10 0000-0002-4040-1429 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Retinoblastoma-binding protein 5' 59179.359 1 ? ? ? ? 2 polymer man 'WD repeat-containing protein 5' 34390.992 1 ? ? ? ? 3 polymer man 'Histone-lysine N-methyltransferase 2A' 24141.732 1 2.1.1.354 ? ? ? 4 polymer man 'Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2' 60244.641 1 ? ? ? ? 5 polymer man 'Histone H3.2' 15435.126 2 ? ? ? ? 6 polymer man 'Histone H4' 11394.426 2 ? ? ? ? 7 polymer man 'Histone H2A type 1' 13978.241 2 ? ? ? ? 8 polymer 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(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCC CCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCGAT ; O ? 10 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTA 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ARG n 1 77 ASP n 1 78 GLY n 1 79 HIS n 1 80 LYS n 1 81 LEU n 1 82 VAL n 1 83 SER n 1 84 ALA n 1 85 SER n 1 86 THR n 1 87 ASP n 1 88 ASN n 1 89 ILE n 1 90 VAL n 1 91 SER n 1 92 GLN n 1 93 TRP n 1 94 ASP n 1 95 VAL n 1 96 LEU n 1 97 SER n 1 98 GLY n 1 99 ASP n 1 100 CYS n 1 101 ASP n 1 102 GLN n 1 103 ARG n 1 104 PHE n 1 105 ARG n 1 106 PHE n 1 107 PRO n 1 108 SER n 1 109 PRO n 1 110 ILE n 1 111 LEU n 1 112 LYS n 1 113 VAL n 1 114 GLN n 1 115 TYR n 1 116 HIS n 1 117 PRO n 1 118 ARG n 1 119 ASP n 1 120 GLN n 1 121 ASN n 1 122 LYS n 1 123 VAL n 1 124 LEU n 1 125 VAL n 1 126 CYS n 1 127 PRO n 1 128 MET n 1 129 LYS n 1 130 SER n 1 131 ALA n 1 132 PRO n 1 133 VAL n 1 134 MET n 1 135 LEU n 1 136 THR n 1 137 LEU n 1 138 SER n 1 139 ASP n 1 140 SER n 1 141 LYS n 1 142 HIS n 1 143 VAL n 1 144 VAL n 1 145 LEU n 1 146 PRO n 1 147 VAL n 1 148 ASP n 1 149 ASP n 1 150 ASP n 1 151 SER n 1 152 ASP n 1 153 LEU n 1 154 ASN n 1 155 VAL n 1 156 VAL n 1 157 ALA n 1 158 SER n 1 159 PHE n 1 160 ASP n 1 161 ARG 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L N N 8 ? M N N 9 ? N N N 10 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP RBBP5_HUMAN Q15291 ? 1 ;NLELLESFGQNYPEEADGTLDCISMALTCTFNRWGTLLAVGCNDGRIVIWDFLTRGIAKIISAHIHPVCSLCWSRDGHKL VSASTDNIVSQWDVLSGDCDQRFRFPSPILKVQYHPRDQNKVLVCPMKSAPVMLTLSDSKHVVLPVDDDSDLNVVASFDR RGEYIYTGNAKGKILVLKTDSQDLVASFRVTTGTSNTTAIKSIEFARKGSCFLINTADRIIRVYDGREILTCGRDGEPEP MQKLQDLVNRTPWKKCCFSGDGEYIVAGSARQHALYIWEKSIGNLVKILHGTRGELLLDVAWHPVRPIIASISSGVVSIW AQNQVENWSAFAPDFKELDENVEYEERESEFDIEDEDKSEPEQTGADAAEDEEVDVTSVDPIAAFCSSDEELEDSKALLY LPIAPEVEDPEENPYGPPPDAVQTSLMDEGASSEKKRQSSADGSQPPKKKPKTTNIELQGVPNDEVHPLLGVKGDGKSKK KQAGRPKGSKGKEKDSPFKPKLYKGDRGLPLEGSAKGKVQAELSQPLTAGGAISELL ; 2 2 UNP WDR5_HUMAN P61964 ? 2 ;SATQSKPTPVKPNYALKFTLAGHTKAVSSVKFSPNGEWLASSSADKLIKIWGAYDGKFEKTISGHKLGISDVAWSSDSNL LVSASDDKTLKIWDVSSGKCLKTLKGHSNYVFCCNFNPQSNLIVSGSFDESVRIWDVKTGKCLKTLPAHSDPVSAVHFNR DGSLIVSSSYDGLCRIWDTASGQCLKTLIDDDNPPVSFVKFSPNGKYILAATLDNTLKLWDYSKGKCLKTYTGHKNEKYC IFANFSVTGGKWIVSGSEDNLVYIWNLQTKEIVQKLQGHTDVVISTACHPTENIIASAALENDKTIKLWKSDC ; 22 3 UNP KMT2A_HUMAN Q03164 ? 3 ;GSARAEVHLRKSAFDMFNFLASKHRQPPEYNPNDEEEEEVQLKSARRATSMDLPMPMRFRHLKKTSKEAVGVYRSPIHGR GLFCKRNIDAGEMVIEYAGNVIRSIQTDKREKYYDSKGIGCYMFRIDDSEVVDATMHGNAARFINHSCEPNCYSRVINID GQKHIVIFAMRKIYRGEELTYDYKFPIEDASNKLPCNCGAKKCRKFLN ; 3762 4 UNP ASH2L_HUMAN Q9UBL3 Q9UBL3-3 4 ;DTQAGSVDEENGRQLGEVELQCGICTKWFTADTFGIDTSSCLPFMTNYSFHCNVCHHSGNTYFLRKQANLKEMCLSALAN LTWQSRTQDEHPKTMFSKDKDIIPFIDKYWECMTTRQRPGKMTWPNNIVKTMSKERDVFLVKEHPDPGSKDPEEDYPKFG LLDQDLSNIGPAYDNQKQSSAVSTSGNLNGGIAAGSSGKGRGAKRKQQDGGTTGTTKKARSDPLFSAQRLPPHGYPLEHP FNKDGYRYILAEPDPHAPDPEKLELDCWAGKPIPGDLYRACLYERVLLALHDRAPQLKISDDRLTVVGEKGYSMVRASHG VRKGAWYFEITVDEMPPDTAARLGWSQPLGNLQAPLGYDKFSYSWRSKKGTKFHQSIGKHYSSGYGQGDVLGFYINLPED TETAKSLPDTYKDKALIKFKSYLYFEEKDFVDKAEKSLKQTPHSEIIFYKNGVNQGVAYKDIFEGVYFPAISLYKSCTVS INFGPCFKYPPKDLTYRPMSDMGWGAVVEHTLADVLYHVETEVDGRRSPPWEP ; 2 5 UNP H32_XENLA P84233 ? 5 ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 1 6 UNP H4_XENLA P62799 ? 6 ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 1 7 UNP H2A1_XENLA P06897 ? 7 ;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGGVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESAKSAKSK ; 2 8 UNP H2B11_XENLA P02281 ? 8 ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKSRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; 5 9 PDB 6W5N 6W5N ? 9 ? 1 10 PDB 6W5N 6W5N ? 10 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6W5N A 2 ? 538 ? 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P02281 5 ? 126 ? 1 122 13 9 6W5N O 1 ? 147 ? 6W5N 1 ? 147 ? 1 147 14 10 6W5N P 1 ? 147 ? 6W5N 1 ? 147 ? 1 147 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 6W5N SER A 1 ? UNP Q15291 ? ? 'expression tag' 1 1 3 6W5N SER C 1 ? UNP Q03164 ? ? 'expression tag' 3761 2 3 6W5N ILE C 101 ? UNP Q03164 ASN 3861 conflict 3861 3 3 6W5N LEU C 107 ? UNP Q03164 GLN 3867 conflict 3867 4 4 6W5N SER D 1 ? UNP Q9UBL3 ? ? 'expression tag' 1 5 5 6W5N ALA G 103 ? UNP P84233 GLY 103 'engineered mutation' 102 6 7 6W5N ARG I 99 ? UNP P06897 GLY 100 'engineered mutation' 99 7 7 6W5N SER I 123 ? UNP P06897 ALA 124 'engineered mutation' 123 8 8 6W5N MET J 1 ? UNP P02281 ? ? 'initiating methionine' 0 9 8 6W5N THR J 30 ? UNP P02281 SER 33 'engineered mutation' 29 10 9 6W5N ALA K 103 ? UNP P84233 GLY 103 'engineered mutation' 102 11 11 6W5N ARG M 99 ? UNP P06897 GLY 100 'engineered mutation' 99 12 11 6W5N SER M 123 ? UNP P06897 ALA 124 'engineered mutation' 123 13 12 6W5N MET N 1 ? UNP P02281 ? ? 'initiating methionine' 0 14 12 6W5N THR N 30 ? UNP P02281 SER 33 'engineered mutation' 29 15 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetradecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 14 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 56740 ? 1 MORE -387 ? 1 'SSA (A^2)' 114760 ? # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support microscopy _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 227 ? GLY A 234 ? GLY A 227 GLY A 234 1 ? 8 HELX_P HELX_P2 AA2 PRO C 55 ? ALA C 70 ? PRO C 3815 ALA C 3830 1 ? 16 HELX_P HELX_P3 AA3 LEU C 107 ? GLY C 119 ? LEU C 3867 GLY C 3879 1 ? 13 HELX_P HELX_P4 AA4 ALA C 141 ? ILE C 145 ? ALA C 3901 ILE C 3905 5 ? 5 HELX_P HELX_P5 AA5 ALA D 290 ? ARG D 294 ? ALA D 290 ARG D 294 5 ? 5 HELX_P HELX_P6 AA6 PRO D 499 ? GLU D 521 ? PRO D 499 GLU D 521 1 ? 23 HELX_P HELX_P7 AA7 GLY E 45 ? SER E 58 ? GLY G 44 SER G 57 1 ? 14 HELX_P HELX_P8 AA8 ARG E 64 ? LYS E 80 ? ARG G 63 LYS G 79 1 ? 17 HELX_P HELX_P9 AA9 GLN E 86 ? ALA E 115 ? GLN G 85 ALA G 114 1 ? 30 HELX_P HELX_P10 AB1 MET E 121 ? ARG E 132 ? MET G 120 ARG G 131 1 ? 12 HELX_P HELX_P11 AB2 THR F 31 ? GLY F 42 ? THR H 30 GLY H 41 1 ? 12 HELX_P HELX_P12 AB3 LEU F 50 ? LYS F 78 ? LEU H 49 LYS H 77 1 ? 29 HELX_P HELX_P13 AB4 THR F 83 ? GLN F 94 ? THR H 82 GLN H 93 1 ? 12 HELX_P HELX_P14 AB5 THR G 16 ? ALA G 21 ? THR I 16 ALA I 21 1 ? 6 HELX_P HELX_P15 AB6 PRO G 26 ? LYS G 36 ? PRO I 26 LYS I 36 1 ? 11 HELX_P HELX_P16 AB7 ALA G 45 ? ASN G 73 ? ALA I 45 ASN I 73 1 ? 29 HELX_P HELX_P17 AB8 ILE G 79 ? ASP G 90 ? ILE I 79 ASP I 90 1 ? 12 HELX_P HELX_P18 AB9 ASP G 90 ? LEU G 97 ? ASP I 90 LEU I 97 1 ? 8 HELX_P HELX_P19 AC1 GLN G 112 ? LEU G 116 ? GLN I 112 LEU I 116 5 ? 5 HELX_P HELX_P20 AC2 TYR H 35 ? HIS H 47 ? TYR J 34 HIS J 46 1 ? 13 HELX_P HELX_P21 AC3 SER H 53 ? ASN H 82 ? SER J 52 ASN J 81 1 ? 30 HELX_P HELX_P22 AC4 THR H 88 ? LEU H 100 ? THR J 87 LEU J 99 1 ? 13 HELX_P HELX_P23 AC5 GLY H 102 ? SER H 121 ? GLY J 101 SER J 120 1 ? 20 HELX_P HELX_P24 AC6 GLY I 45 ? SER I 58 ? GLY K 44 SER K 57 1 ? 14 HELX_P HELX_P25 AC7 ARG I 64 ? LYS I 80 ? ARG K 63 LYS K 79 1 ? 17 HELX_P HELX_P26 AC8 GLN I 86 ? ALA I 115 ? GLN K 85 ALA K 114 1 ? 30 HELX_P HELX_P27 AC9 MET I 121 ? ARG I 132 ? MET K 120 ARG K 131 1 ? 12 HELX_P HELX_P28 AD1 THR J 31 ? GLY J 42 ? THR L 30 GLY L 41 1 ? 12 HELX_P HELX_P29 AD2 LEU J 50 ? LYS J 78 ? 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PRO N 100 SER N 120 1 ? 21 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role hydrog1 hydrog ? ? 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