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EMDB EMD-21544 ? ? # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB 'Cryo-EM structure of MLL1 in complex with RbBP5, WDR5, SET1, and ASH2L bound to the nucleosome (Class01)' EMD-21542 'other EM volume' EMDB 'Cryo-EM structure of MLL1 in complex with RbBP5, WDR5, SET1, and ASH2L bound to the nucleosome (Class05)' EMD-21544 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 6W5N _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2020-03-13 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Park, S.H.' 1 ? 'Lee, Y.T.' 2 ? 'Ayoub, A.' 3 ? 'Dou, Y.' 4 ? 'Cho, U.' 5 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Nat Commun' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2041-1723 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 12 _citation.language ? _citation.page_first 2953 _citation.page_last 2953 _citation.title 'Mechanism for DPY30 and ASH2L intrinsically disordered regions to modulate the MLL/SET1 activity on chromatin.' _citation.year 2021 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41467-021-23268-9 _citation.pdbx_database_id_PubMed 34012049 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Lee, Y.T.' 1 0000-0002-3522-9361 primary 'Ayoub, A.' 2 ? primary 'Park, S.H.' 3 ? primary 'Sha, L.' 4 ? primary 'Xu, J.' 5 ? primary 'Mao, F.' 6 ? primary 'Zheng, W.' 7 0000-0002-2984-9003 primary 'Zhang, Y.' 8 ? primary 'Cho, U.S.' 9 ? primary 'Dou, Y.' 10 0000-0002-4040-1429 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 6W5N _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? 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;SATQSKPTPVKPNYALKFTLAGHTKAVSSVKFSPNGEWLASSSADKLIKIWGAYDGKFEKTISGHKLGISDVAWSSDSNL LVSASDDKTLKIWDVSSGKCLKTLKGHSNYVFCCNFNPQSNLIVSGSFDESVRIWDVKTGKCLKTLPAHSDPVSAVHFNR DGSLIVSSSYDGLCRIWDTASGQCLKTLIDDDNPPVSFVKFSPNGKYILAATLDNTLKLWDYSKGKCLKTYTGHKNEKYC IFANFSVTGGKWIVSGSEDNLVYIWNLQTKEIVQKLQGHTDVVISTACHPTENIIASAALENDKTIKLWKSDC ; ;SATQSKPTPVKPNYALKFTLAGHTKAVSSVKFSPNGEWLASSSADKLIKIWGAYDGKFEKTISGHKLGISDVAWSSDSNL LVSASDDKTLKIWDVSSGKCLKTLKGHSNYVFCCNFNPQSNLIVSGSFDESVRIWDVKTGKCLKTLPAHSDPVSAVHFNR DGSLIVSSSYDGLCRIWDTASGQCLKTLIDDDNPPVSFVKFSPNGKYILAATLDNTLKLWDYSKGKCLKTYTGHKNEKYC IFANFSVTGGKWIVSGSEDNLVYIWNLQTKEIVQKLQGHTDVVISTACHPTENIIASAALENDKTIKLWKSDC ; B ? 3 'polypeptide(L)' no no ;SGSARAEVHLRKSAFDMFNFLASKHRQPPEYNPNDEEEEEVQLKSARRATSMDLPMPMRFRHLKKTSKEAVGVYRSPIHG RGLFCKRNIDAGEMVIEYAGIVIRSILTDKREKYYDSKGIGCYMFRIDDSEVVDATMHGNAARFINHSCEPNCYSRVINI DGQKHIVIFAMRKIYRGEELTYDYKFPIEDASNKLPCNCGAKKCRKFLN ; ;SGSARAEVHLRKSAFDMFNFLASKHRQPPEYNPNDEEEEEVQLKSARRATSMDLPMPMRFRHLKKTSKEAVGVYRSPIHG 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(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCC CCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCGAT ; O ? 10 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTA 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ARG n 1 77 ASP n 1 78 GLY n 1 79 HIS n 1 80 LYS n 1 81 LEU n 1 82 VAL n 1 83 SER n 1 84 ALA n 1 85 SER n 1 86 THR n 1 87 ASP n 1 88 ASN n 1 89 ILE n 1 90 VAL n 1 91 SER n 1 92 GLN n 1 93 TRP n 1 94 ASP n 1 95 VAL n 1 96 LEU n 1 97 SER n 1 98 GLY n 1 99 ASP n 1 100 CYS n 1 101 ASP n 1 102 GLN n 1 103 ARG n 1 104 PHE n 1 105 ARG n 1 106 PHE n 1 107 PRO n 1 108 SER n 1 109 PRO n 1 110 ILE n 1 111 LEU n 1 112 LYS n 1 113 VAL n 1 114 GLN n 1 115 TYR n 1 116 HIS n 1 117 PRO n 1 118 ARG n 1 119 ASP n 1 120 GLN n 1 121 ASN n 1 122 LYS n 1 123 VAL n 1 124 LEU n 1 125 VAL n 1 126 CYS n 1 127 PRO n 1 128 MET n 1 129 LYS n 1 130 SER n 1 131 ALA n 1 132 PRO n 1 133 VAL n 1 134 MET n 1 135 LEU n 1 136 THR n 1 137 LEU n 1 138 SER n 1 139 ASP n 1 140 SER n 1 141 LYS n 1 142 HIS n 1 143 VAL n 1 144 VAL n 1 145 LEU n 1 146 PRO n 1 147 VAL n 1 148 ASP n 1 149 ASP n 1 150 ASP n 1 151 SER n 1 152 ASP n 1 153 LEU n 1 154 ASN n 1 155 VAL n 1 156 VAL n 1 157 ALA n 1 158 SER n 1 159 PHE n 1 160 ASP n 1 161 ARG 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'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _pdbx_entity_src_syn.entity_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id _pdbx_entity_src_syn.details 9 1 sample 1 147 'synthetic construct' ? 32630 ? 10 1 sample 1 147 'synthetic construct' ? 32630 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP RBBP5_HUMAN Q15291 ? 1 ;NLELLESFGQNYPEEADGTLDCISMALTCTFNRWGTLLAVGCNDGRIVIWDFLTRGIAKIISAHIHPVCSLCWSRDGHKL VSASTDNIVSQWDVLSGDCDQRFRFPSPILKVQYHPRDQNKVLVCPMKSAPVMLTLSDSKHVVLPVDDDSDLNVVASFDR RGEYIYTGNAKGKILVLKTDSQDLVASFRVTTGTSNTTAIKSIEFARKGSCFLINTADRIIRVYDGREILTCGRDGEPEP MQKLQDLVNRTPWKKCCFSGDGEYIVAGSARQHALYIWEKSIGNLVKILHGTRGELLLDVAWHPVRPIIASISSGVVSIW AQNQVENWSAFAPDFKELDENVEYEERESEFDIEDEDKSEPEQTGADAAEDEEVDVTSVDPIAAFCSSDEELEDSKALLY LPIAPEVEDPEENPYGPPPDAVQTSLMDEGASSEKKRQSSADGSQPPKKKPKTTNIELQGVPNDEVHPLLGVKGDGKSKK KQAGRPKGSKGKEKDSPFKPKLYKGDRGLPLEGSAKGKVQAELSQPLTAGGAISELL ; 2 2 UNP WDR5_HUMAN P61964 ? 2 ;SATQSKPTPVKPNYALKFTLAGHTKAVSSVKFSPNGEWLASSSADKLIKIWGAYDGKFEKTISGHKLGISDVAWSSDSNL LVSASDDKTLKIWDVSSGKCLKTLKGHSNYVFCCNFNPQSNLIVSGSFDESVRIWDVKTGKCLKTLPAHSDPVSAVHFNR DGSLIVSSSYDGLCRIWDTASGQCLKTLIDDDNPPVSFVKFSPNGKYILAATLDNTLKLWDYSKGKCLKTYTGHKNEKYC IFANFSVTGGKWIVSGSEDNLVYIWNLQTKEIVQKLQGHTDVVISTACHPTENIIASAALENDKTIKLWKSDC ; 22 3 UNP KMT2A_HUMAN Q03164 ? 3 ;GSARAEVHLRKSAFDMFNFLASKHRQPPEYNPNDEEEEEVQLKSARRATSMDLPMPMRFRHLKKTSKEAVGVYRSPIHGR GLFCKRNIDAGEMVIEYAGNVIRSIQTDKREKYYDSKGIGCYMFRIDDSEVVDATMHGNAARFINHSCEPNCYSRVINID GQKHIVIFAMRKIYRGEELTYDYKFPIEDASNKLPCNCGAKKCRKFLN ; 3762 4 UNP ASH2L_HUMAN Q9UBL3 Q9UBL3-3 4 ;DTQAGSVDEENGRQLGEVELQCGICTKWFTADTFGIDTSSCLPFMTNYSFHCNVCHHSGNTYFLRKQANLKEMCLSALAN LTWQSRTQDEHPKTMFSKDKDIIPFIDKYWECMTTRQRPGKMTWPNNIVKTMSKERDVFLVKEHPDPGSKDPEEDYPKFG LLDQDLSNIGPAYDNQKQSSAVSTSGNLNGGIAAGSSGKGRGAKRKQQDGGTTGTTKKARSDPLFSAQRLPPHGYPLEHP FNKDGYRYILAEPDPHAPDPEKLELDCWAGKPIPGDLYRACLYERVLLALHDRAPQLKISDDRLTVVGEKGYSMVRASHG VRKGAWYFEITVDEMPPDTAARLGWSQPLGNLQAPLGYDKFSYSWRSKKGTKFHQSIGKHYSSGYGQGDVLGFYINLPED TETAKSLPDTYKDKALIKFKSYLYFEEKDFVDKAEKSLKQTPHSEIIFYKNGVNQGVAYKDIFEGVYFPAISLYKSCTVS INFGPCFKYPPKDLTYRPMSDMGWGAVVEHTLADVLYHVETEVDGRRSPPWEP ; 2 5 UNP H32_XENLA P84233 ? 5 ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 1 6 UNP H4_XENLA P62799 ? 6 ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 1 7 UNP H2A1_XENLA P06897 ? 7 ;SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAVRNDEELNKLLGGVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESAKSAKSK ; 2 8 UNP H2B11_XENLA P02281 ? 8 ;AKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKSRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHY NKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; 5 9 PDB 6W5N 6W5N ? 9 ? 1 10 PDB 6W5N 6W5N ? 10 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6W5N A 2 ? 538 ? 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'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.6714 ? 29203 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0429 ? 3291 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0046 ? 2687 ? f_plane_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 26.5622 ? 8102 ? f_dihedral_angle_d ? ? # _struct.entry_id 6W5N _struct.title 'Cryo-EM structure of MLL1 in complex with RbBP5, WDR5, SET1, and ASH2L bound to the nucleosome (Class05)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6W5N _struct_keywords.text 'MLL1-NCP, H3K4 methylation, TRANSFERASE, TRANSFERASE-STRUCTURAL PROTEIN-DNA complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'TRANSFERASE/STRUCTURAL PROTEIN/DNA' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 7 ? H N N 8 ? I N N 5 ? J N N 6 ? K N N 7 ? 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ALA D 290 ARG D 294 5 ? 5 HELX_P HELX_P6 AA6 PRO D 499 ? GLU D 521 ? PRO D 499 GLU D 521 1 ? 23 HELX_P HELX_P7 AA7 GLY E 45 ? SER E 58 ? GLY G 44 SER G 57 1 ? 14 HELX_P HELX_P8 AA8 ARG E 64 ? LYS E 80 ? ARG G 63 LYS G 79 1 ? 17 HELX_P HELX_P9 AA9 GLN E 86 ? ALA E 115 ? GLN G 85 ALA G 114 1 ? 30 HELX_P HELX_P10 AB1 MET E 121 ? ARG E 132 ? MET G 120 ARG G 131 1 ? 12 HELX_P HELX_P11 AB2 THR F 31 ? GLY F 42 ? THR H 30 GLY H 41 1 ? 12 HELX_P HELX_P12 AB3 LEU F 50 ? LYS F 78 ? LEU H 49 LYS H 77 1 ? 29 HELX_P HELX_P13 AB4 THR F 83 ? GLN F 94 ? THR H 82 GLN H 93 1 ? 12 HELX_P HELX_P14 AB5 THR G 16 ? ALA G 21 ? THR I 16 ALA I 21 1 ? 6 HELX_P HELX_P15 AB6 PRO G 26 ? LYS G 36 ? PRO I 26 LYS I 36 1 ? 11 HELX_P HELX_P16 AB7 ALA G 45 ? ASN G 73 ? ALA I 45 ASN I 73 1 ? 29 HELX_P HELX_P17 AB8 ILE G 79 ? ASP G 90 ? ILE I 79 ASP I 90 1 ? 12 HELX_P HELX_P18 AB9 ASP G 90 ? LEU G 97 ? ASP I 90 LEU I 97 1 ? 8 HELX_P HELX_P19 AC1 GLN G 112 ? LEU G 116 ? 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