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D N N 4 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP POL_HV1B1 P03366 ? 1 ;PISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFREL NKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDEDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIF QSSMTKILEPFKKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGLTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWT VQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVRQLCKLLRGTKALTEVIPLTEEAELELAENREILKEPVHGVYYD PSKDLIAEIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMRGAHTNDVKQLTEAVQKITTESIVIWGKTPKFKLPIQKETWET WWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNKGRQKVVPLTNTTNQKTELQ AIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDKSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGIRKIL ; 600 2 UNP POL_HV1B1 P03366 ? 2 ;PISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFREL NKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDEDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIF QSSMTKILEPFKKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGLTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWT VQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVRQLCKLLRGTKALTEVIPLTEEAELELAENREILKEPVHGVYYD PSKDLIAEIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMRGAHTNDVKQLTEAVQKITTESIVIWGKTPKFKLPIQKETWET WWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIVGAETF ; 600 3 GB AY835748.1 60651827 ? 3 ;GACUCUGGUAACUAGAGAUCCCUCAGACCCUUUUAGUCAGUGUGGAAAAUCUCUAGCAGUGGCGCCCGAACAGGGACUUG AAAGCGAAAGUAAAGCCAGAG ; 577 4 PDB 6WB0 6WB0 ? 4 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6WB0 A 3 ? 562 ? 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UNP P03366 CYS 879 'engineered mutation' 280 16 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D # loop_ _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 1 1 cross-linking ? 2 1 'gel filtration' ? 3 1 'native gel electrophoresis' ? 4 1 homology ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 LYS A 32 ? 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C G 68 O6 ? ? ? 1_555 D C 68 N4 ? ? C G 190 D C 68 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog47 hydrog ? ? C A 69 N1 ? ? ? 1_555 D U 67 N3 ? ? C A 191 D U 67 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog48 hydrog ? ? C A 69 N6 ? ? ? 1_555 D U 67 O4 ? ? C A 191 D U 67 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog49 hydrog ? ? C A 70 N1 ? ? ? 1_555 D U 66 N3 ? ? C A 192 D U 66 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog50 hydrog ? ? C A 70 N6 ? ? ? 1_555 D U 66 O4 ? ? C A 192 D U 66 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog51 hydrog ? ? C C 71 N3 ? ? ? 1_555 D G 65 N1 ? ? C C 193 D G 65 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog52 hydrog ? ? C C 71 N4 ? ? ? 1_555 D G 65 O6 ? ? C C 193 D G 65 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog53 hydrog ? ? C C 71 O2 ? ? ? 1_555 D G 65 N2 ? ? C C 193 D G 65 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog54 hydrog ? ? C A 72 N1 ? ? ? 1_555 D U 64 N3 ? ? C A 194 D U 64 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog55 hydrog ? ? 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LYS B 388 LYS B 390 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N THR A 109 ? N THR A 107 O VAL A 191 ? O VAL A 189 AA1 2 3 O TYR A 190 ? O TYR A 188 N TYR A 183 ? N TYR A 181 AA2 1 2 N GLU A 235 ? N GLU A 233 O THR A 242 ? O THR A 240 AA3 1 2 N GLU A 330 ? N GLU A 328 O GLN A 342 ? O GLN A 340 AA3 2 3 N ILE A 343 ? N ILE A 341 O LEU A 351 ? O LEU A 349 AA4 1 2 N LEU A 393 ? N LEU A 391 O GLU A 417 ? O GLU A 415 AA5 1 2 N PHE A 442 ? N PHE A 440 O VAL A 498 ? O VAL A 496 AA5 2 3 N ILE A 497 ? N ILE A 495 O TYR A 534 ? O TYR A 532 AA6 1 2 N ALA A 457 ? N ALA A 455 O VAL A 469 ? O VAL A 467 AA7 1 2 N PHE B 63 ? N PHE B 61 O LEU B 76 ? O LEU B 74 AA8 1 2 N LEU B 111 ? N LEU B 109 O LEU B 189 ? O LEU B 187 AA9 1 2 N PHE B 132 ? N PHE B 130 O TYR B 146 ? O TYR B 144 AB1 1 2 N TRP B 254 ? N TRP B 252 O ILE B 295 ? O ILE B 293 AB2 1 2 O THR B 340 ? O THR B 338 N GLN B 332 ? N GLN B 330 AB2 2 3 N ALA B 329 ? N ALA B 327 O LYS B 390 ? O LYS B 388 # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 ASN A 54 ? ? -55.90 108.74 2 1 PRO A 55 ? ? -90.99 53.79 3 1 LYS A 70 ? ? -174.05 -174.55 4 1 VAL A 90 ? ? -121.18 -52.74 5 1 PRO A 225 ? ? -52.30 173.47 6 1 LYS A 238 ? ? -171.80 -178.76 7 1 PHE A 346 ? ? 74.67 -4.76 8 1 LYS A 353 ? ? -171.68 147.84 9 1 ILE A 382 ? ? -99.60 -61.20 10 1 PRO A 412 ? ? -69.56 -177.38 11 1 ARG A 557 ? ? -96.68 -60.58 12 1 PHE B 77 ? ? -95.47 31.73 13 1 THR B 128 ? ? -99.38 33.16 14 1 THR B 216 ? ? -150.74 62.99 15 1 PRO B 313 ? ? -69.05 -179.98 16 1 PRO B 421 ? ? -83.11 45.00 # _em_3d_fitting.entry_id 6WB0 _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.details ? _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_protocol ? _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 6WB0 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles 264696 _em_3d_reconstruction.resolution 4.2 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details 'Full complex was prepared 5-8 hours before freezing. Beta-OG was added just prior to freezing.' _em_buffer.pH 8.0 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # loop_ _em_entity_assembly.id _em_entity_assembly.parent_id _em_entity_assembly.details _em_entity_assembly.name _em_entity_assembly.source _em_entity_assembly.type _em_entity_assembly.entity_id_list _em_entity_assembly.synonym _em_entity_assembly.oligomeric_details 1 0 ;Peripheral dynamic RNA elements belonging to the tRNA lysine 3 primer and the HIV-1 viral RNA genomic template have been masked out during cryo-EM data processing. ; '+3 extended HIV-1 reverse transcriptase initiation complex core (pre-translocation state)' 'MULTIPLE SOURCES' COMPLEX '1, 2, 3, 4' ? ? 2 1 'The C-terminus of p66 contains an unstructured linker and a six-histidine tag that was cleaved prior to full complex formation.' 'HIV-1 reverse transcriptase' RECOMBINANT COMPLEX '1, 2' ? ? 3 1 'A fragment of the HIV-1 RNA genome that is 101 nucleotides in length.' 'HIV-1 RNA genome fragment' 'MULTIPLE SOURCES' COMPLEX 3 ? ? 4 1 ;Chemically synthesized and extended tRNA lysine 3. A modified dG containing an N2-cystamine was placed at position 71 and the sequence was extended on the 3' end by a dC, dT, and ddG to bring its total length to 79 nucleotides. ; 'tRNA lysine 3' 'MULTIPLE SOURCES' COMPLEX 4 ? ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 6WB0 _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.cryogen ? _em_imaging.details ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.nominal_defocus_max ? _em_imaging.nominal_defocus_min ? _em_imaging.nominal_magnification ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature 292 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details '3 microliters applied, 2s pre-blot, 2.5s blot.' _em_vitrification.humidity 95 _em_vitrification.instrument 'LEICA EM GP' _em_vitrification.entry_id 6WB0 _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 6WB0 _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET -1 ? A MET 1 2 1 Y 1 A VAL 0 ? A VAL 2 3 1 Y 1 A PRO 1 ? A PRO 3 4 1 Y 1 A ILE 2 ? A ILE 4 5 1 Y 1 A SER 3 ? A SER 5 6 1 Y 1 A GLN 23 ? A GLN 25 7 1 Y 1 A GLY 93 ? A GLY 95 8 1 Y 1 A PRO 133 ? A PRO 135 9 1 Y 1 A SER 134 ? A SER 136 10 1 Y 1 A ILE 135 ? A ILE 137 11 1 Y 1 A ASN 136 ? A ASN 138 12 1 Y 1 A ASN 137 ? A ASN 139 13 1 Y 1 A GLU 138 ? A GLU 140 14 1 Y 1 A THR 139 ? A THR 141 15 1 Y 1 A PRO 140 ? A PRO 142 16 1 Y 1 A ILE 559 ? A ILE 561 17 1 Y 1 A LEU 560 ? A LEU 562 18 1 Y 1 A ASP 561 ? A ASP 563 19 1 Y 1 A LEU 562 ? A LEU 564 20 1 Y 1 A GLY 563 ? A GLY 565 21 1 Y 1 A THR 564 ? A THR 566 22 1 Y 1 A LEU 565 ? A LEU 567 23 1 Y 1 A VAL 566 ? A VAL 568 24 1 Y 1 A PRO 567 ? A PRO 569 25 1 Y 1 A ARG 568 ? A ARG 570 26 1 Y 1 B MET -1 ? B MET 1 27 1 Y 1 B VAL 0 ? B VAL 2 28 1 Y 1 B PRO 1 ? B PRO 3 29 1 Y 1 B ILE 2 ? B ILE 4 30 1 Y 1 B SER 3 ? B SER 5 31 1 Y 1 B PRO 4 ? B PRO 6 32 1 Y 1 B ASP 218 ? B ASP 220 33 1 Y 1 B LYS 219 ? B LYS 221 34 1 Y 1 B LYS 220 ? 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C A 2 67 1 Y 1 C C 125 ? C C 3 68 1 Y 1 C U 126 ? C U 4 69 1 Y 1 C C 127 ? C C 5 70 1 Y 1 C U 128 ? C U 6 71 1 Y 1 C G 129 ? C G 7 72 1 Y 1 C G 130 ? C G 8 73 1 Y 1 C U 131 ? C U 9 74 1 Y 1 C A 132 ? C A 10 75 1 Y 1 C A 133 ? C A 11 76 1 Y 1 C G 139 ? C G 17 77 1 Y 1 C A 140 ? C A 18 78 1 Y 1 C U 141 ? C U 19 79 1 Y 1 C C 142 ? C C 20 80 1 Y 1 C C 143 ? C C 21 81 1 Y 1 C C 144 ? C C 22 82 1 Y 1 C U 145 ? C U 23 83 1 Y 1 C C 146 ? C C 24 84 1 Y 1 C A 147 ? C A 25 85 1 Y 1 C G 148 ? C G 26 86 1 Y 1 C A 149 ? C A 27 87 1 Y 1 C C 150 ? C C 28 88 1 Y 1 C C 151 ? C C 29 89 1 Y 1 C C 152 ? C C 30 90 1 Y 1 C U 153 ? C U 31 91 1 Y 1 C U 154 ? C U 32 92 1 Y 1 C U 155 ? C U 33 93 1 Y 1 C U 156 ? C U 34 94 1 Y 1 C A 157 ? C A 35 95 1 Y 1 C G 158 ? C G 36 96 1 Y 1 C U 159 ? C U 37 97 1 Y 1 C C 160 ? C C 38 98 1 Y 1 C A 161 ? C A 39 99 1 Y 1 C G 162 ? C G 40 100 1 Y 1 C U 163 ? C U 41 101 1 Y 1 C G 164 ? C G 42 102 1 Y 1 C U 165 ? C U 43 103 1 Y 1 C G 166 ? C G 44 104 1 Y 1 C G 167 ? C G 45 105 1 Y 1 C A 168 ? C A 46 106 1 Y 1 C A 169 ? C A 47 107 1 Y 1 C A 170 ? C A 48 108 1 Y 1 C A 171 ? C A 49 109 1 Y 1 C U 172 ? C U 50 110 1 Y 1 C C 173 ? C C 51 111 1 Y 1 C A 204 ? C A 82 112 1 Y 1 C A 205 ? C A 83 113 1 Y 1 C G 206 ? C G 84 114 1 Y 1 C C 207 ? C C 85 115 1 Y 1 C G 208 ? C G 86 116 1 Y 1 C A 209 ? C A 87 117 1 Y 1 C A 210 ? C A 88 118 1 Y 1 C A 211 ? C A 89 119 1 Y 1 C G 212 ? C G 90 120 1 Y 1 C U 213 ? C U 91 121 1 Y 1 C A 214 ? C A 92 122 1 Y 1 C A 215 ? C A 93 123 1 Y 1 C A 216 ? C A 94 124 1 Y 1 C G 217 ? C G 95 125 1 Y 1 C C 218 ? C C 96 126 1 Y 1 C C 219 ? C C 97 127 1 Y 1 C A 220 ? C A 98 128 1 Y 1 C G 221 ? C G 99 129 1 Y 1 C A 222 ? C A 100 130 1 Y 1 C G 223 ? C G 101 131 1 Y 1 D A 9 ? D A 9 132 1 Y 1 D G 10 ? D G 10 133 1 Y 1 D C 11 ? D C 11 134 1 Y 1 D U 12 ? D U 12 135 1 Y 1 D C 13 ? D C 13 136 1 Y 1 D A 14 ? D A 14 137 1 Y 1 D G 15 ? D G 15 138 1 Y 1 D U 16 ? D U 16 139 1 Y 1 D C 17 ? D C 17 140 1 Y 1 D G 18 ? D G 18 141 1 Y 1 D G 19 ? D G 19 142 1 Y 1 D U 20 ? D U 20 143 1 Y 1 D A 21 ? D A 21 144 1 Y 1 D G 22 ? D G 22 145 1 Y 1 D A 23 ? D A 23 146 1 Y 1 D G 24 ? D G 24 147 1 Y 1 D C 25 ? D C 25 148 1 Y 1 D A 26 ? D A 26 149 1 Y 1 D U 27 ? D U 27 150 1 Y 1 D C 28 ? D C 28 151 1 Y 1 D A 29 ? D A 29 152 1 Y 1 D G 30 ? D G 30 153 1 Y 1 D A 31 ? D A 31 154 1 Y 1 D C 32 ? D C 32 155 1 Y 1 D U 33 ? D U 33 156 1 Y 1 D U 34 ? D U 34 157 1 Y 1 D U 35 ? D U 35 158 1 Y 1 D U 36 ? D U 36 159 1 Y 1 D A 37 ? D A 37 160 1 Y 1 D A 38 ? D A 38 161 1 Y 1 D U 39 ? D U 39 162 1 Y 1 D C 40 ? D C 40 163 1 Y 1 D U 41 ? D U 41 164 1 Y 1 D G 42 ? D G 42 165 1 Y 1 D A 43 ? D A 43 166 1 Y 1 D G 44 ? D G 44 167 1 Y 1 D G 45 ? D G 45 # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config _chem_comp_atom.pdbx_ordinal A OP3 O N N 1 A P P N N 2 A OP1 O N N 3 A OP2 O N N 4 A "O5'" O N N 5 A "C5'" C N N 6 A "C4'" C N R 7 A "O4'" O N N 8 A "C3'" C N S 9 A "O3'" O N N 10 A "C2'" C N R 11 A "O2'" O N N 12 A "C1'" C N R 13 A N9 N Y N 14 A C8 C Y N 15 A N7 N Y N 16 A C5 C Y N 17 A C6 C Y N 18 A N6 N N N 19 A N1 N Y N 20 A C2 C Y N 21 A N3 N Y N 22 A C4 C Y N 23 A HOP3 H N N 24 A HOP2 H N N 25 A "H5'" H N N 26 A "H5''" H N N 27 A "H4'" H N N 28 A "H3'" H N N 29 A "HO3'" H N N 30 A "H2'" H N N 31 A "HO2'" H N N 32 A "H1'" H N N 33 A H8 H N N 34 A H61 H N N 35 A H62 H N N 36 A H2 H N N 37 ALA N N N N 38 ALA CA C N S 39 ALA C C N N 40 ALA O O N N 41 ALA CB C N N 42 ALA OXT O N N 43 ALA H H N N 44 ALA H2 H N N 45 ALA HA H N N 46 ALA HB1 H N N 47 ALA HB2 H N N 48 ALA HB3 H N N 49 ALA HXT H N N 50 ARG N N N N 51 ARG CA C N S 52 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SerialEM ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? Gctf ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? ? ? ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION ? 1 ? ? 10 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION ? 1 ? ? 11 CLASSIFICATION ? RELION ? 1 ? ? 12 RECONSTRUCTION ? RELION ? 1 ? ? 13 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX ? ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 5.0 _em_specimen.details 'Sample was monodisperse.' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 6WB0 'double helix' 6WB0 'a-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 C C 12 1_555 C G 56 1_555 0.166 -0.120 0.039 1.375 -1.109 1.207 1 C_C134:G178_C C 134 ? 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