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'Staphylococcus aureus' 1280 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP A0A077UVB6_STAAU A0A077UVB6 ? 1 ;MTNHKLIEAVTKSQLRTDLPSFRPGDTLRVHVRIIEGTRERIQVFEGVVIKRRGGGVSETFTVRKISSGVGVERTFPLHT PKIEKIEVKRRGKVRRAKLYYLRSLRGKAARIQEIR ; 1 2 UNP A0A077W1J0_STAAU A0A077W1J0 ? 2 ;MAIKKYKPITNGRRNMTSLDFAEITKTTPEKSLLKPLPKKAGRNNQGKLTVRHHGGGHKRQYRVIDFKRNKDGINAKVDS IQYDPNRSANIALVVYADGEKRYIIAPKGLEVGQIVESGAEADIKVGNALPLQNIPVGTVVHNIELKPGKGGQIARSAGA SAQVLGKEGKYVLIRLRSGEVRMILSTCRATIGQVGNLQHELVNVGKAGRSRWKGIRPTVRGSVMNPNDHPHGGGEGRAP IGRPSPMSPWGKPTLGKKTRRGKKSSDKLIVRGRKKK ; 1 3 UNP A0A077VMP6_STAAU A0A077VMP6 ? 3 ;MPRVKGGTVTRARRKKTIKLAKGYFGSKHTLYKVAKQQVMKSGQYAFRDRRQRKRDFRKLWITRINAAARQHEMSYSRLM NGLKKAGIDINRKMLSEIAISDEKAFAQLVTKAKDALK ; 1 4 UNP A0A0E0VQU6_STAA5 A0A0E0VQU6 ? 4 ;MQSMFAIIETGGKQIKVEEGQEIFVEKLDVNEGDTFTFDKVLFVGGDSVKVGAPTVEGATVTATVNKQGRGKKITVFTYK RRKNSKRKKGHRQPYTKLTIDKINA ; 1 5 UNP RL22_STAA1 A7X5F6 ? 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12 AKLQITLTRSVIGRPETQRKTVEALGLKKTNSSVVVEDNPAIRGQINKVKHLVTVEEK 2 13 UNP A0A077UWR7_STAAU A0A077UWR7 ? 13 MAVPKRRTSKTRKNKRRTHFKISVPGMTECPNCGEYKLSHRVCKNCGSYNGEEVAAK 1 14 UNP A0A077UXT4_STAAU A0A077UXT4 ? 14 MRVNVTLACTECGDRNYITTKNKRNNPERVEMKKFCSRENKQTLHRETK 1 15 UNP T1YD75_STAAU T1YD75 ? 15 MEVFCMVKRTYQPNKRKHSKVHGFRKRMSTKNGRKVLARRRRKGRKVLSA 1 16 UNP A0A077UL47_STAAU A0A077UL47 ? 16 MPKMKTHRGAAKRVKRTASGQLKRSRAFTSHLFANKSTKQKRQLRKARLVSKSDMKRVKQLLAYK 1 17 UNP A0A077UGV8_STAAU A0A077UGV8 ? 17 MKVRPSVKPICEKCKVIKRKGKVMVICENPKHKQRQG 1 18 UNP A0A166DK89_STAAU A0A166DK89 ? 18 ;MANYDVLKLDGTKSGSIELSDAVFGIEPNNSVLFEAINLQRASLRQGTHAVKNRSAVSGGGRKPWKQKGTGRARQGTIRA PQWRGGGIVFGPTPRSYAYKMPKKMRRLALRSALSFKVQENGLTVVDAFNFEAPKTKEFKNVLSTLEQPKKVLVVTENED VNVELSARNIPGVQVTTAQGLNVLDITNADSLVITEAAAKKVEEVLG ; 1 19 UNP W8TUE6_STAAU W8TUE6 ? 19 ;MRQTFMANESNIERKWYVIDAEGQTLGRLSSEVASILRGKNKVTYTPHVDTGDYVIVINASKIEFTGNKETDKVYYRHSN HPGGIKSITAGELRRTNPERLIENSIKGMLPSTRLGEKQGKKLFVYGGAEHPHAAQQPENYELRG ; 1 20 UNP A0A077UUA0_STAAU A0A077UUA0 ? 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UNP A0A077UWR7 VAL 54 variant 54 5 25 6WRS A 1 1866 ? GB 1760383645 G 560294 conflict 1866 6 26 6WRS C 2 80 ? GB 1750990749 G 187450 variant 80 7 26 6WRS C 2 109 ? GB 1750990749 G 187479 variant 109 8 26 6WRS A 2 111 ? GB 1750990749 C 187481 variant 111 9 26 6WRS G 2 112 ? GB 1750990749 A 187482 variant 112 10 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight A 'RNA linking' y "ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 C 'RNA linking' y "CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O8 P' 323.197 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 G 'RNA linking' y "GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O8 P' 363.221 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 U 'RNA linking' y "URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H13 N2 O9 P' 324.181 U7V non-polymer . Tedizolid 'torezolid; Sivextro, TR-700' 'C17 H15 F N6 O3' 370.338 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6WRS _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 6WRS _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.008 ? 88625 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.679 ? 133490 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 15.421 ? 46876 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.039 ? 17203 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 6447 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 6WRS _struct.title ;Structure of the 50S subunit of the ribosome from Methicillin Resistant Staphylococcus aureus in complex with the antibiotic, tedizolid ; _struct.pdbx_descriptor ;50S ribosomal protein L19, 50S ribosomal protein L2, 50S ribosomal protein L20, 50S ribosomal protein L21, uL22, 50S ribosomal protein L23, 50S ribosomal protein L24, uL25, 50S ribosomal protein L28, 50S ribosomal protein L29, 50S ribosomal protein L3, 50S ribosomal protein L30, 50S ribosomal protein L32, 50S ribosomal protein L33, 50S ribosomal protein L34, 50S ribosomal protein L35, 50S ribosomal protein L36, 50S ribosomal protein L4, 50S ribosomal protein L13, 50S ribosomal protein L14, 50S ribosomal protein L15, 50S ribosomal protein L16, 50S ribosomal protein L17, 50S ribosomal protein L18, 50S ribosomal protein L27/RNA Complex ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6WRS _struct_keywords.text 'antibiotic, tedizolid, oxazolidinone, RIBOSOME' _struct_keywords.pdbx_keywords RIBOSOME # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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THR V 25 ALA V 34 1 ? 10 HELX_P HELX_P46 AF1 ASN S 59 ? ILE S 63 ? ASN V 59 ILE V 63 5 ? 5 HELX_P HELX_P47 AF2 ALA S 90 ? ASN S 97 ? ALA V 90 ASN V 97 1 ? 8 HELX_P HELX_P48 AF3 ASN S 97 ? LYS S 107 ? ASN V 97 LYS V 107 1 ? 11 HELX_P HELX_P49 AF4 GLY S 108 ? LEU S 110 ? GLY V 108 LEU V 110 5 ? 3 HELX_P HELX_P50 AF5 GLN S 119 ? LYS S 121 ? GLN V 119 LYS V 121 5 ? 3 HELX_P HELX_P51 AF6 ALA T 103 ? ARG T 107 ? ALA W 103 ARG W 107 5 ? 5 HELX_P HELX_P52 AF7 LYS T 113 ? ALA T 118 ? LYS W 113 ALA W 118 1 ? 6 HELX_P HELX_P53 AF8 PRO U 56 ? LEU U 61 ? PRO X 56 LEU X 61 1 ? 6 HELX_P HELX_P54 AF9 ASN U 78 ? ASN U 83 ? ASN X 78 ASN X 83 1 ? 6 HELX_P HELX_P55 AG1 THR U 92 ? GLY U 100 ? THR X 92 GLY X 100 1 ? 9 HELX_P HELX_P56 AG2 SER U 129 ? LYS U 139 ? SER X 129 LYS X 139 1 ? 11 HELX_P HELX_P57 AG3 SER V 44 ? MET V 58 ? SER Y 44 MET Y 58 1 ? 15 HELX_P HELX_P58 AG4 VAL V 113 ? HIS V 123 ? VAL Y 113 HIS Y 123 1 ? 11 HELX_P HELX_P59 AG5 THR W 9 ? LYS W 14 ? THR Z 9 LYS Z 14 1 ? 6 HELX_P HELX_P60 AG6 ASP W 19 ? GLU W 28 ? ASP Z 19 GLU Z 28 1 ? 10 HELX_P HELX_P61 AG7 GLU W 34 ? LYS W 52 ? GLU Z 34 LYS Z 52 1 ? 19 HELX_P HELX_P62 AG8 ASP W 55 ? ALA W 63 ? ASP Z 55 ALA Z 63 1 ? 9 HELX_P HELX_P63 AG9 ALA W 81 ? GLY W 87 ? ALA Z 81 GLY Z 87 1 ? 7 HELX_P HELX_P64 AH1 GLU W 88 ? TYR W 93 ? GLU Z 88 TYR Z 93 1 ? 6 HELX_P HELX_P65 AH2 ASP X 6 ? HIS X 15 ? ASP a 6 HIS a 15 1 ? 10 HELX_P HELX_P66 AH3 ALA X 73 ? GLY X 88 ? ALA a 73 GLY a 88 1 ? 16 HELX_P HELX_P67 AH4 GLY X 103 ? SER X 115 ? GLY a 103 SER a 115 1 ? 13 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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n Y 25 1466 G 1466 1466 1466 G G 1 . n Y 25 1467 G 1467 1467 1467 G G 1 . n Y 25 1468 G 1468 1468 1468 G G 1 . n Y 25 1469 G 1469 1469 1469 G G 1 . n Y 25 1470 G 1470 1470 1470 G G 1 . n Y 25 1471 A 1471 1471 1471 A A 1 . n Y 25 1472 C 1472 1472 1472 C C 1 . n Y 25 1473 G 1473 1473 1473 G G 1 . n Y 25 1474 C 1474 1474 1474 C C 1 . n Y 25 1475 A 1475 1475 1475 A A 1 . n Y 25 1476 G 1476 1476 1476 G G 1 . n Y 25 1477 U 1477 1477 1477 U U 1 . n Y 25 1478 A 1478 1478 1478 A A 1 . n Y 25 1479 G 1479 1479 1479 G G 1 . n Y 25 1480 G 1480 1480 1480 G G 1 . n Y 25 1481 A 1481 1481 1481 A A 1 . n Y 25 1482 U 1482 1482 1482 U U 1 . n Y 25 1483 A 1483 1483 1483 A A 1 . n Y 25 1484 G 1484 1484 1484 G G 1 . n Y 25 1485 G 1485 1485 1485 G G 1 . n Y 25 1486 C 1486 1486 1486 C C 1 . n Y 25 1487 G 1487 1487 1487 G G 1 . n Y 25 1488 A 1488 1488 1488 A A 1 . n Y 25 1489 A 1489 1489 1489 A A 1 . n Y 25 1490 G 1490 1490 1490 G G 1 . n Y 25 1491 C 1491 1491 1491 C C 1 . n Y 25 1492 G 1492 1492 1492 G G 1 . n Y 25 1493 U 1493 1493 1493 U U 1 . n Y 25 1494 G 1494 1494 1494 G G 1 . n Y 25 1495 C 1495 1495 1495 C C 1 . n Y 25 1496 G 1496 1496 1496 G G 1 . n Y 25 1497 A 1497 1497 1497 A A 1 . n Y 25 1498 U 1498 1498 1498 U U 1 . n Y 25 1499 U 1499 1499 1499 U U 1 . n Y 25 1500 G 1500 1500 1500 G G 1 . n Y 25 1501 G 1501 1501 1501 G G 1 . n Y 25 1502 A 1502 1502 1502 A A 1 . n Y 25 1503 U 1503 1503 1503 U U 1 . n Y 25 1504 U 1504 1504 1504 U U 1 . n Y 25 1505 G 1505 1505 1505 G G 1 . n Y 25 1506 C 1506 1506 1506 C C 1 . n Y 25 1507 A 1507 1507 1507 A A 1 . n Y 25 1508 C 1508 1508 1508 C C 1 . n Y 25 1509 G 1509 1509 1509 G G 1 . n Y 25 1510 U 1510 1510 1510 U U 1 . n Y 25 1511 C 1511 1511 1511 C C 1 . n Y 25 1512 U 1512 1512 1512 U U 1 . n Y 25 1513 A 1513 1513 1513 A A 1 . n Y 25 1514 A 1514 1514 1514 A A 1 . n Y 25 1515 G 1515 1515 1515 G G 1 . n Y 25 1516 C 1516 1516 1516 C C 1 . n Y 25 1517 A 1517 1517 1517 A A 1 . n Y 25 1518 G 1518 1518 1518 G G 1 . n Y 25 1519 U 1519 1519 1519 U U 1 . n Y 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