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CGCGGAAGAUGUAACGGGGCUAAACCAUGCACCGAAGCUGCGGCAGCGACGCUUAUGCGUUGUUGGGUAGGGGAGCGUUC UGUAAGCCUGCGAAGGUGUGCUGUGAGGCAUGCUGGAGGUAUCAGAAGUGCGAAUGCUGACAUAAGUAACGAUAAAGCGG GUGAAAAGCCCGCUCGCCGGAAGACCAAGGGUUCCUGUCCAACGUUAAUCGGGGCAGGGUGAGUCGACCCCUAAGGCGAG GCCGAAAGGCGUAGUCGAUGGGAAACAGGUUAAUAUUCCUGUACUUGGUGUUACUGCGAAGGGGGGACGGAGAAGGCUAU GUUGGCCGGGCGACGGUUGUCCCGGUUUAAGCGUGUAGGCUGGUUUUCCAGGCAAAUCCGGAAAAUCAAGGCUGAGGCGU GAUGACGAGGCACUACGGUGCUGAAGCAACAAAUGCCCUGCUUCCAGGAAAAGCCUCUAAGCAUCAGGUAACAUCAAAUC GUACCCCAAACCGACACAGGUGGUCAGGUAGAGAAUACCAAGGCGCUUGAGAGAACUCGGGUGAAGGAACUAGGCAAAAU GGUGCCGUAACUUCGGGAGAAGGCACGCUGAUAUGUAGGUGAGGUCCCUCGCGGAUGGAGCUGAAAUCAGUCGAAGAUAC CAGCUGGCUGCAACUGUUUAUUAAAAACACAGCACUGUGCAAACACGAAAGUGGACGUAUACGGUGUGACGCCUGCCCGG UGCCGGAAGGUUAAUUGAUGGGGUUAGCGCAAGCGAAGCUCUUGAUCGAAGCCCCGGUAAACGGCGGCCGUAACUAUAAC GGUCCUAAGGUAGCGAAAUUCCUUGUCGGGUAAGUUCCGACCUGCACGAAUGGCGUAAUGAUGGCCAGGCUGUCUCCACC CGAGACUCAGUGAAAUUGAACUCGCUGUGAAGAUGCAGUGUACCCGCGGCAAGACGGAAAGACCCCGUGAACCUUUACUA UAGCUUGACACUGAACAUUGAGCCUUGAUGUGUAGGAUAGGUGGGAGGCUUUGAAGUGUGGACGCCAGUCUGCAUGGAGC CGACCUUGAAAUACCACCCUUUAAUGUUUGAUGUUCUAACGUUGACCCGUAAUCCGGGUUGCGGACAGUGUCUGGUGGGU AGUUUGACUGGGGCGGUCUCCUCCUAAAGAGUAACGGAGGAGCACGAAGGUUGGCUAAUCCUGGUCGGACAUCAGGAGGU UAGUGCAAUGGCAUAAGCCAGCUUGACUGCGAGCGUGACGGCGCGAGCAGGUGCGAAAGCAGGUCAUAGUGAUCCGGUGG UUCUGAAUGGAAGGGCCAUCGCUCAACGGAUAAAAGGUACUCCGGGGAUAACAGGCUGAUACCGCCCAAGAGUUCAUAUC GACGGCGGUGUUUGGCACCUCGAUGUCGGCUCAUCACAUCCUGGGGCUGAAGUAGGUCCCAAGGGUAUGGCUGUUCGCCA UUUAAAGUGGUACGCGAGCUGGGUUUAGAACGUCGUGAGACAGUUCGGUCCCUAUCUGCCGUGGGCGCUGGAGAACUGAG GGGGGCUGCUCCUAGUACGAGAGGACCGGAGUGGACGCAUCACUGGUGUUCGGGUUGUCAUGCCAAUGGCACUGCCCGGU AGCUAAAUGCGGAAGAGAUAAGUGCUGAAAGCAUCUAAGCACGAAACUUGCCCCGAGAUGAGUUCUCCCUGACCCUUUAA GGGUCCUGAAGGAACGUUGAAGACGACGACGUUGAUAGGCCGGGUGUGUAAGCGCAGCGAUGCGUUGAGCUAACCGGUAC UAAUGAACCGUGAGGCUUAACCUU ; a ? 42 'polypeptide(L)' no no ;MAHKKAGGSTRNGRDSEAKRLGVKRFGGESVLAGSIIVRQRGTKFHAGANVGCGRDHTLFAKADGKVKFEVKGPKNRKFI SIEAE ; 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no no ;MAKLHDYYKDEVVKKLMTEFNYNSVMQVPRVEKITLNMGVGEAIADKKLLDNAAADLAAISGQKPLITKARKSVAGFKIR QGYPIGCKVTLRGERMWEFFERLITIAVPRIRDFRGLSAKSFDGRGNYSMGVREQIIFPEIDYDKVDRVRGLDITITTTA KSDEEGRALLAAFDFPFRK ; ;MAKLHDYYKDEVVKKLMTEFNYNSVMQVPRVEKITLNMGVGEAIADKKLLDNAAADLAAISGQKPLITKARKSVAGFKIR QGYPIGCKVTLRGERMWEFFERLITIAVPRIRDFRGLSAKSFDGRGNYSMGVREQIIFPEIDYDKVDRVRGLDITITTTA KSDEEGRALLAAFDFPFRK ; n ? 55 'polypeptide(L)' no no MPKIKTVRGAAKRFKKTGKGGFKHKHANLRHILTKKATKRKRHLRPKAMVSKGDLGLVIACLPYA MPKIKTVRGAAKRFKKTGKGGFKHKHANLRHILTKKATKRKRHLRPKAMVSKGDLGLVIACLPYA o ? 56 'polypeptide(L)' no no ;MSRVAKAPVVVPAGVDVKINGQVITIKGKNGELTRTLNDAVEVKHADNTLTFGPRDGYADGWAQAGTARALLNSMVIGVT EGFTKKLQLVGVGYRAAVKGNVINLSLGFSHPVDHQLPAGITAECPTQTEIVLKGADKQVIGQVAADLRAYRRPEPYKGK GVRYADEVVRTKEAKKK ; ;MSRVAKAPVVVPAGVDVKINGQVITIKGKNGELTRTLNDAVEVKHADNTLTFGPRDGYADGWAQAGTARALLNSMVIGVT EGFTKKLQLVGVGYRAAVKGNVINLSLGFSHPVDHQLPAGITAECPTQTEIVLKGADKQVIGQVAADLRAYRRPEPYKGK GVRYADEVVRTKEAKKK ; p ? 57 'polypeptide(L)' no no MKVRASVKKLCRNCKIVKRDGVIRVICSAEPKHKQRQG MKVRASVKKLCRNCKIVKRDGVIRVICSAEPKHKQRQG q ? 58 'polypeptide(L)' no no ;MQVILLDKVANLGSLGDQVNVKAGYARNFLVPQGKAVPATKKNIEFFEARRAELEAKLAEVLAAANARAEKINALETVTI ASKAGDEGKLFGSIGTRDIADAVTAAGVEVAKSEVRLPNGVLRTTGEHEVSFQVHSEVFAKVIVNVVAE ; ;MQVILLDKVANLGSLGDQVNVKAGYARNFLVPQGKAVPATKKNIEFFEARRAELEAKLAEVLAAANARAEKINALETVTI ASKAGDEGKLFGSIGTRDIADAVTAAGVEVAKSEVRLPNGVLRTTGEHEVSFQVHSEVFAKVIVNVVAE ; r ? 59 'polypeptide(L)' no no ;MKTFTAKPETVKRDWYVVDATGKTLGRLATELARRLRGKHKAEYTPHVDTGDYIIVLNADKVAVTGNKRTDKVYYHHTGH IGGIKQATFEEMIARRPERVIEIAVKGMLPKGPLGRAMFRKLKVYAGNEHNHAAQQPQVLDI ; ;MKTFTAKPETVKRDWYVVDATGKTLGRLATELARRLRGKHKAEYTPHVDTGDYIIVLNADKVAVTGNKRTDKVYYHHTGH IGGIKQATFEEMIARRPERVIEIAVKGMLPKGPLGRAMFRKLKVYAGNEHNHAAQQPQVLDI ; s ? 60 'polypeptide(L)' no no ;MIQEQTMLNVADNSGARRVMCIKVLGGSHRRYAGVGDIIKITIKEAIPRGKVKKGDVLKAVVVRTKKGVRRPDGSVIRFD GNACVLLNNNSEQPIGTRIFGPVTRELRSEKFMKIISLAPEVL ; ;MIQEQTMLNVADNSGARRVMCIKVLGGSHRRYAGVGDIIKITIKEAIPRGKVKKGDVLKAVVVRTKKGVRRPDGSVIRFD 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'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _pdbx_entity_src_syn.entity_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id _pdbx_entity_src_syn.details 6 1 sample 1 36 'synthetic construct' ? 32630 ? 7 1 sample 1 36 'synthetic construct' ? 32630 ? 8 1 sample 1 44 'synthetic construct' ? 32630 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP D7ZEN7_ECOLX D7ZEN7 ? 1 ;MYAVFQSGGKQHRVSEGQTVRLEKLDIATGETVEFAEVLMIANGEEVKIGVPFVDGGVIKAEVVAHGRGEKVKIVKFRRR KHYRKQQGHRQWFTDVKITGISA ; 1 2 UNP D7Z9G0_ECOLX D7Z9G0 ? 2 ;METIAKHRHARSSAQKVRLVADLIRGKKVSQALDILTYTNKKAAVLVKKVLESAIANAEHNDGADIDDLKVTKIFVDEGP SMKRIMPRAKGRADRILKRTSHITVVVSDR ; 1 3 UNP D7X2Z9_ECOLX D7X2Z9 ? 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'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 G 'RNA linking' y "GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O8 P' 363.221 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MG non-polymer . 'MAGNESIUM ION' ? 'Mg 2' 24.305 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 U 'RNA linking' y "URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H13 N2 O9 P' 324.181 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZN non-polymer . 'ZINC ION' ? 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WATSON-CRICK ? ? ? hydrog467 hydrog ? ? T G 184 O6 ? ? ? 1_555 T C 193 N4 ? ? D G 184 D C 193 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog468 hydrog ? ? T U 185 N3 ? ? ? 1_555 T A 192 N1 ? ? D U 185 D A 192 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog469 hydrog ? ? T U 185 O4 ? ? ? 1_555 T A 192 N6 ? ? D U 185 D A 192 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog470 hydrog ? ? T C 186 N3 ? ? ? 1_555 T G 191 N1 ? ? D C 186 D G 191 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog471 hydrog ? ? T C 186 N4 ? ? ? 1_555 T G 191 O6 ? ? D C 186 D G 191 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog472 hydrog ? ? T C 186 O2 ? ? ? 1_555 T G 191 N2 ? ? D C 186 D G 191 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog473 hydrog ? ? T G 187 N2 ? ? ? 1_555 T A 190 N7 ? ? D G 187 D A 190 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-A MISPAIR' ? ? ? hydrog474 hydrog ? ? T A 197 N3 ? ? ? 1_555 T G 220 N2 ? ? D A 197 D G 220 1_555 ? ? ? ? ? ? 'A-G MISPAIR' ? ? ? hydrog475 hydrog ? ? T G 198 N1 ? ? ? 1_555 T U 219 O2 ? ? 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TA C 70 N3 ? ? ? 1_555 TA G 106 N1 ? ? d C 70 d G 106 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog4721 hydrog ? ? TA C 70 N4 ? ? ? 1_555 TA G 106 O6 ? ? d C 70 d G 106 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog4722 hydrog ? ? TA C 70 O2 ? ? ? 1_555 TA G 106 N2 ? ? d C 70 d G 106 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog4723 hydrog ? ? TA C 71 N3 ? ? ? 1_555 TA G 105 N1 ? ? d C 71 d G 105 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog4724 hydrog ? ? TA C 71 N4 ? ? ? 1_555 TA G 105 O6 ? ? d C 71 d G 105 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog4725 hydrog ? ? TA C 71 O2 ? ? ? 1_555 TA G 105 N2 ? ? d C 71 d G 105 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog4726 hydrog ? ? TA G 72 N2 ? ? ? 1_555 TA A 104 N7 ? ? d G 72 d A 104 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_11_PAIR ? ? ? hydrog4727 hydrog ? ? TA G 72 N3 ? ? ? 1_555 TA A 104 N6 ? ? d G 72 d A 104 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_11_PAIR ? ? ? hydrog4728 hydrog ? ? TA A 73 N6 ? ? ? 1_555 TA U 103 O2 ? ? d A 73 d U 103 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED HOOGSTEEN' ? ? ? hydrog4729 hydrog ? ? TA A 73 N7 ? ? ? 1_555 TA U 103 N3 ? ? d A 73 d U 103 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED HOOGSTEEN' ? ? ? hydrog4730 hydrog ? ? TA U 74 O4 ? ? ? 1_555 TA G 102 N1 ? ? d U 74 d G 102 1_555 ? ? ? ? ? ? 'U-G MISPAIR' ? ? ? hydrog4731 hydrog ? ? TA G 75 O6 ? ? ? 1_555 TA A 101 N6 ? ? d G 75 d A 101 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-A MISPAIR' ? ? ? hydrog4732 hydrog ? ? TA G 76 N2 ? ? ? 1_555 TA G 100 O6 ? ? d G 76 d G 100 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-G MISPAIR' ? ? ? hydrog4733 hydrog ? ? TA U 77 N3 ? ? ? 1_555 TA A 99 N7 ? ? d U 77 d A 99 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED HOOGSTEEN' ? ? ? hydrog4734 hydrog ? ? TA U 77 O2 ? ? ? 1_555 TA A 99 N6 ? ? d U 77 d A 99 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED HOOGSTEEN' ? ? ? hydrog4735 hydrog ? ? TA A 78 N6 ? ? ? 1_555 TA G 98 N3 ? ? d A 78 d G 98 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_11_PAIR ? ? ? hydrog4736 hydrog ? ? TA A 78 N7 ? ? ? 1_555 TA G 98 N2 ? ? d A 78 d G 98 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_11_PAIR ? ? ? hydrog4737 hydrog ? ? 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WATSON-CRICK ? ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? metalc ? ? hydrog ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 VAL 51 A . ? VAL 51 0 PRO 52 A ? PRO 52 0 1 -5.40 2 GLN 46 K . ? GLN 46 AA TYR 47 K ? TYR 47 AA 1 -0.09 3 PHE 57 K . ? PHE 57 AA PRO 58 K ? PRO 58 AA 1 -1.32 4 LEU 484 K . ? 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anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB7 3 4 ? anti-parallel AB7 4 5 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC3 2 3 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC4 2 3 ? anti-parallel AC4 3 4 ? parallel AC4 4 5 ? anti-parallel AC4 5 6 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC5 3 4 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AC9 3 4 ? parallel AC9 4 5 ? anti-parallel AC9 5 6 ? parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD1 2 3 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD2 2 3 ? anti-parallel AD2 3 4 ? anti-parallel AD2 4 5 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD4 2 3 ? anti-parallel AD4 3 4 ? anti-parallel AD4 4 5 ? anti-parallel AD4 5 6 ? parallel AD4 6 7 ? anti-parallel AD4 7 8 ? parallel AD5 1 2 ? anti-parallel AD6 1 2 ? anti-parallel AD6 2 3 ? 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? ? ? 1 ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? ? ? 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 6X9Q 'double helix' 6X9Q 'a-form double helix' 6X9Q 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 F DT 10 1_555 G DA 27 1_555 0.179 -0.323 -0.985 -0.130 -5.320 3.712 1 5_DT96:DA28_6 5 96 ? 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