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'expression tag' 1259 147 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 BMA 'D-saccharide, beta linking' . beta-D-mannopyranose 'beta-D-mannose; D-mannose; mannose' 'C6 H12 O6' 180.156 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 FUC 'L-saccharide, alpha linking' . alpha-L-fucopyranose 'alpha-L-fucose; 6-deoxy-alpha-L-galactopyranose; L-fucose; fucose' 'C6 H12 O5' 164.156 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 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'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6XCN _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 6XCN _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.011 ? 29298 ? f_bond_d ? ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.005 ? 5055 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 6XCN _struct.title 'Structure of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with the C105 neutralizing antibody Fab fragment (state 2)' _struct.pdbx_descriptor 'Spike glycoprotein, C105 Fab Heavy Chain, C105 Fab Light Chain' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6XCN _struct_keywords.text 'SARS-CoV-2, Spike glycoprotein, COVID-19, monoclonal neutralizing antibody, Fabs, nsEMPEM, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 2 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 3 ? I N N 3 ? J N N 4 ? K N N 4 ? L N N 5 ? M N N 4 ? N N N 6 ? O N N 4 ? P N N 4 ? 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C CYS 391 C CYS 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf19 disulf ? ? B CYS 480 SG ? ? ? 1_555 B CYS 488 SG ? ? C CYS 480 C CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? ? disulf20 disulf ? ? B CYS 538 SG ? ? ? 1_555 B CYS 590 SG ? ? C CYS 538 C CYS 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf21 disulf ? ? B CYS 617 SG ? ? ? 1_555 B CYS 649 SG ? ? C CYS 617 C CYS 649 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf22 disulf ? ? B CYS 662 SG ? ? ? 1_555 B CYS 671 SG ? ? C CYS 662 C CYS 671 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf23 disulf ? ? B CYS 738 SG ? ? ? 1_555 B CYS 760 SG ? ? C CYS 738 C CYS 760 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? ? disulf24 disulf ? ? B CYS 743 SG ? ? ? 1_555 B CYS 749 SG ? ? C CYS 743 C CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf25 disulf ? ? B CYS 1032 SG ? ? ? 1_555 B CYS 1043 SG ? ? C CYS 1032 C CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? ? disulf26 disulf ? ? B CYS 1082 SG ? ? ? 1_555 B CYS 1126 SG ? ? C CYS 1082 C CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? ? disulf27 disulf ? ? C CYS 131 SG ? ? ? 1_555 C CYS 166 SG ? ? E CYS 131 E CYS 166 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf28 disulf ? ? C CYS 291 SG ? ? ? 1_555 C CYS 301 SG ? ? E CYS 291 E CYS 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? ? disulf29 disulf ? ? C CYS 336 SG ? ? ? 1_555 C CYS 361 SG ? ? E CYS 336 E CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf30 disulf ? ? C CYS 379 SG ? ? ? 1_555 C CYS 432 SG ? ? E CYS 379 E CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf31 disulf ? ? C CYS 391 SG ? ? ? 1_555 C CYS 525 SG ? ? E CYS 391 E CYS 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf32 disulf ? ? C CYS 480 SG ? ? ? 1_555 C CYS 488 SG ? ? E CYS 480 E CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? ? disulf33 disulf ? ? C CYS 538 SG ? ? ? 1_555 C CYS 590 SG ? ? E CYS 538 E CYS 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf34 disulf ? ? C CYS 617 SG ? ? ? 1_555 C CYS 649 SG ? ? E CYS 617 E CYS 649 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf35 disulf ? ? C CYS 662 SG ? ? ? 1_555 C CYS 671 SG ? ? 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A ASN 122 ND2 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? A ASN 122 A NAG 1306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? A ASN 165 ND2 ? ? ? 1_555 AA NAG . C1 ? ? A ASN 165 A NAG 1307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? A ASN 234 ND2 ? ? ? 1_555 BA NAG . C1 ? ? A ASN 234 A NAG 1308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? A ASN 282 ND2 ? ? ? 1_555 CA NAG . C1 ? ? A ASN 282 A NAG 1309 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.431 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? A ASN 331 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? A ASN 331 I NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? A ASN 343 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? A ASN 343 J NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? A ASN 603 ND2 ? ? ? 1_555 DA NAG . C1 ? ? A ASN 603 A NAG 1310 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale9 covale one ? A ASN 616 ND2 ? ? ? 1_555 EA NAG . C1 ? ? A ASN 616 A NAG 1311 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? 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Q NAG 1 Q NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? covale50 covale both ? Q NAG . O4 ? ? ? 1_555 Q BMA . C1 ? ? Q NAG 2 Q BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale51 covale both ? R NAG . O4 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? R NAG 1 R NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale52 covale both ? S NAG . O4 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? S NAG 1 S NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale53 covale both ? S NAG . O6 ? ? ? 1_555 S FUC . C1 ? ? S NAG 1 S FUC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? ? covale54 covale both ? T NAG . O4 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? T NAG 1 T NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? ? covale55 covale both ? U NAG . O4 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? U NAG 1 U NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale56 covale both ? V NAG . O4 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? V NAG 1 V NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? ? covale57 covale both ? V NAG . O4 ? ? ? 1_555 V BMA . C1 ? ? V NAG 2 V BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale58 covale both ? W NAG . O4 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? W NAG 1 W NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale59 covale both ? X NAG . O4 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? X NAG 1 X NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale60 covale both ? X NAG . O6 ? ? ? 1_555 X FUC . C1 ? ? X NAG 1 X FUC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 5 ? AA3 ? 3 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 3 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 5 ? AA8 ? 6 ? AA9 ? 5 ? AB1 ? 3 ? AB2 ? 2 ? AB3 ? 4 ? AB4 ? 2 ? AB5 ? 4 ? AB6 ? 3 ? AB7 ? 3 ? AB8 ? 2 ? AB9 ? 2 ? AC1 ? 4 ? AC2 ? 2 ? AC3 ? 5 ? AC4 ? 3 ? AC5 ? 2 ? AC6 ? 3 ? AC7 ? 2 ? AC8 ? 5 ? AC9 ? 6 ? AD1 ? 5 ? AD2 ? 3 ? AD3 ? 2 ? AD4 ? 4 ? AD5 ? 2 ? AD6 ? 4 ? AD7 ? 3 ? AD8 ? 3 ? AD9 ? 2 ? AE1 ? 4 ? AE2 ? 2 ? AE3 ? 5 ? AE4 ? 3 ? AE5 ? 2 ? AE6 ? 3 ? AE7 ? 2 ? AE8 ? 5 ? AE9 ? 6 ? AF1 ? 5 ? AF2 ? 3 ? AF3 ? 2 ? AF4 ? 4 ? AF5 ? 4 ? AF6 ? 3 ? AF7 ? 3 ? AF8 ? 2 ? 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ALA A 1087 PRO A 1090 AC1 3 ILE A 1081 ? CYS A 1082 ? ILE A 1081 CYS A 1082 AC1 4 VAL A 1133 ? ASN A 1134 ? VAL A 1133 ASN A 1134 AC2 1 THR B 29 ? SER B 31 ? THR C 29 SER C 31 AC2 2 SER B 60 ? VAL B 62 ? SER C 60 VAL C 62 AC3 1 VAL B 36 ? TYR B 37 ? VAL C 36 TYR C 37 AC3 2 ALA B 222 ? LEU B 229 ? ALA C 222 LEU C 229 AC3 3 PHE B 201 ? PRO B 209 ? PHE C 201 PRO C 209 AC3 4 ASN B 188 ? LYS B 195 ? ASN C 188 LYS C 195 AC3 5 THR B 95 ? GLU B 96 ? THR C 95 GLU C 96 AC4 1 LEU B 48 ? HIS B 49 ? LEU C 48 HIS C 49 AC4 2 LEU B 277 ? TYR B 279 ? LEU C 277 TYR C 279 AC4 3 ILE B 285 ? ALA B 288 ? ILE C 285 ALA C 288 AC5 1 GLN B 52 ? PHE B 55 ? GLN C 52 PHE C 55 AC5 2 GLN B 271 ? THR B 274 ? GLN C 271 THR C 274 AC6 1 LEU B 84 ? PRO B 85 ? LEU C 84 PRO C 85 AC6 2 ARG B 237 ? THR B 240 ? ARG C 237 THR C 240 AC6 3 TRP B 104 ? ILE B 105 ? TRP C 104 ILE C 105 AC7 1 ILE B 128 ? LYS B 129 ? ILE C 128 LYS C 129 AC7 2 GLU B 169 ? TYR B 170 ? GLU C 169 TYR C 170 AC8 1 GLY B 311 ? ARG B 319 ? 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