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_pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Pathare, G.R.' 1 0000-0002-3514-1044 'Cavadini, S.' 2 0000-0003-2777-7584 'Kempf, G.' 3 0000-0002-0228-6730 'Thoma, N.H.' 4 0000-0003-2685-906X # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Nature _citation.journal_id_ASTM NATUAS _citation.journal_id_CSD 0006 _citation.journal_id_ISSN 1476-4687 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 587 _citation.language ? _citation.page_first 668 _citation.page_last 672 _citation.title 'Structural mechanism of cGAS inhibition by the nucleosome.' _citation.year 2020 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41586-020-2750-6 _citation.pdbx_database_id_PubMed 32911482 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Pathare, G.R.' 1 ? primary 'Decout, A.' 2 ? primary 'Gluck, S.' 3 ? primary 'Cavadini, S.' 4 ? primary 'Makasheva, K.' 5 ? primary 'Hovius, R.' 6 ? primary 'Kempf, G.' 7 ? primary 'Weiss, J.' 8 ? primary 'Kozicka, Z.' 9 ? primary 'Guey, B.' 10 ? primary 'Melenec, P.' 11 ? primary 'Fierz, B.' 12 ? primary 'Thoma, N.H.' 13 ? primary 'Ablasser, A.' 14 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 6Y5D _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd 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TIMPKDIQLARRIRGERA ; ;PHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLAAIHAKRV TIMPKDIQLARRIRGERA ; A,E,M,Q ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F,N,R ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MSGRGKQGGKARAKAKSRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYMAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAIRNDEELNKLLGKVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; ;MSGRGKQGGKARAKAKSRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYMAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAIRNDEELNKLLGKVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; C,G,O,S ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; D,H,P,T ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC) (DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG) (DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT) (DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT) (DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA) (DA)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT) (DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCCTGGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGT CCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCTGTGAT ; I,U ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT) (DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG) (DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT) (DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC) (DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG) (DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCACAGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGC GTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCCAGGAT ; J,V ? 7 'polypeptide(L)' no no ;GASKLRAVLEKLKLSRDDISTAAGMVKGVVDHLLLRLKCDSAFRGVGLLNTGSYYEHVKISAPNEFDVMFKLEVPRIQLE EYSNTRAYYFVKFKRNPKENPLSQFLEGEILSASKMLSKFRKIIKEEINDIKDTDVIMKRKRGGSPAVTLLISEKISVDI TLALESKSSWPASTQEGLRIQNWLSAKVRKQLRLKPFYLVPKHAKEGNGFQEETWRLSFSHIEKEILNNHGKSETCCENK EEKCCRKDCLKLMKYLLEQLKERFKDKKHLDKFSSYHVKTAFFHVCTQNPQDSQWDRKDLGLCFDNCVTYFLQCLRTEKL ENYFIPEFNLFSSNLIDKRSKEFLTKQIEYERNNEFPVFDEF ; ;GASKLRAVLEKLKLSRDDISTAAGMVKGVVDHLLLRLKCDSAFRGVGLLNTGSYYEHVKISAPNEFDVMFKLEVPRIQLE EYSNTRAYYFVKFKRNPKENPLSQFLEGEILSASKMLSKFRKIIKEEINDIKDTDVIMKRKRGGSPAVTLLISEKISVDI TLALESKSSWPASTQEGLRIQNWLSAKVRKQLRLKPFYLVPKHAKEGNGFQEETWRLSFSHIEKEILNNHGKSETCCENK EEKCCRKDCLKLMKYLLEQLKERFKDKKHLDKFSSYHVKTAFFHVCTQNPQDSQWDRKDLGLCFDNCVTYFLQCLRTEKL ENYFIPEFNLFSSNLIDKRSKEFLTKQIEYERNNEFPVFDEF ; K,L ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 PRO n 1 2 HIS n 1 3 ARG n 1 4 TYR n 1 5 ARG n 1 6 PRO n 1 7 GLY n 1 8 THR n 1 9 VAL n 1 10 ALA n 1 11 LEU n 1 12 ARG n 1 13 GLU n 1 14 ILE n 1 15 ARG n 1 16 ARG n 1 17 TYR n 1 18 GLN n 1 19 LYS n 1 20 SER n 1 21 THR n 1 22 GLU n 1 23 LEU n 1 24 LEU n 1 25 ILE n 1 26 ARG n 1 27 LYS n 1 28 LEU n 1 29 PRO n 1 30 PHE n 1 31 GLN n 1 32 ARG n 1 33 LEU n 1 34 VAL n 1 35 ARG n 1 36 GLU n 1 37 ILE n 1 38 ALA n 1 39 GLN n 1 40 ASP n 1 41 PHE n 1 42 LYS n 1 43 THR n 1 44 ASP n 1 45 LEU n 1 46 ARG n 1 47 PHE n 1 48 GLN n 1 49 SER n 1 50 SER n 1 51 ALA n 1 52 VAL n 1 53 MET n 1 54 ALA n 1 55 LEU n 1 56 GLN n 1 57 GLU n 1 58 ALA n 1 59 SER n 1 60 GLU n 1 61 ALA n 1 62 TYR n 1 63 LEU n 1 64 VAL n 1 65 GLY n 1 66 LEU n 1 67 PHE n 1 68 GLU n 1 69 ASP n 1 70 THR n 1 71 ASN n 1 72 LEU n 1 73 ALA n 1 74 ALA n 1 75 ILE n 1 76 HIS n 1 77 ALA n 1 78 LYS n 1 79 ARG n 1 80 VAL n 1 81 THR n 1 82 ILE n 1 83 MET n 1 84 PRO n 1 85 LYS n 1 86 ASP n 1 87 ILE n 1 88 GLN n 1 89 LEU n 1 90 ALA n 1 91 ARG n 1 92 ARG n 1 93 ILE n 1 94 ARG n 1 95 GLY n 1 96 GLU n 1 97 ARG n 1 98 ALA n 2 1 MET n 2 2 SER n 2 3 GLY n 2 4 ARG n 2 5 GLY n 2 6 LYS n 2 7 GLY n 2 8 GLY n 2 9 LYS n 2 10 GLY n 2 11 LEU n 2 12 GLY n 2 13 LYS n 2 14 GLY n 2 15 GLY n 2 16 ALA n 2 17 LYS n 2 18 ARG n 2 19 HIS n 2 20 ARG n 2 21 LYS n 2 22 VAL n 2 23 LEU n 2 24 ARG n 2 25 ASP n 2 26 ASN n 2 27 ILE n 2 28 GLN n 2 29 GLY n 2 30 ILE n 2 31 THR n 2 32 LYS n 2 33 PRO n 2 34 ALA n 2 35 ILE n 2 36 ARG n 2 37 ARG n 2 38 LEU n 2 39 ALA n 2 40 ARG n 2 41 ARG n 2 42 GLY n 2 43 GLY n 2 44 VAL n 2 45 LYS n 2 46 ARG n 2 47 ILE n 2 48 SER n 2 49 GLY n 2 50 LEU n 2 51 ILE n 2 52 TYR n 2 53 GLU n 2 54 GLU n 2 55 THR n 2 56 ARG n 2 57 GLY n 2 58 VAL n 2 59 LEU n 2 60 LYS n 2 61 VAL n 2 62 PHE n 2 63 LEU n 2 64 GLU n 2 65 ASN n 2 66 VAL n 2 67 ILE n 2 68 ARG n 2 69 ASP n 2 70 ALA n 2 71 VAL n 2 72 THR n 2 73 TYR n 2 74 THR n 2 75 GLU n 2 76 HIS n 2 77 ALA n 2 78 LYS n 2 79 ARG n 2 80 LYS n 2 81 THR n 2 82 VAL n 2 83 THR n 2 84 ALA n 2 85 MET n 2 86 ASP n 2 87 VAL n 2 88 VAL n 2 89 TYR n 2 90 ALA n 2 91 LEU n 2 92 LYS n 2 93 ARG n 2 94 GLN n 2 95 GLY n 2 96 ARG n 2 97 THR n 2 98 LEU n 2 99 TYR n 2 100 GLY n 2 101 PHE n 2 102 GLY n 2 103 GLY n 3 1 MET n 3 2 SER n 3 3 GLY n 3 4 ARG n 3 5 GLY n 3 6 LYS n 3 7 GLN n 3 8 GLY n 3 9 GLY n 3 10 LYS n 3 11 ALA n 3 12 ARG n 3 13 ALA n 3 14 LYS n 3 15 ALA n 3 16 LYS n 3 17 SER n 3 18 ARG n 3 19 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_entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id _entity_src_gen.host_org_genus _entity_src_gen.pdbx_host_org_gene _entity_src_gen.pdbx_host_org_organ _entity_src_gen.host_org_species _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue_fraction _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line _entity_src_gen.pdbx_host_org_atcc _entity_src_gen.pdbx_host_org_culture_collection _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell _entity_src_gen.pdbx_host_org_organelle _entity_src_gen.pdbx_host_org_cellular_location _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector _entity_src_gen.host_org_details _entity_src_gen.expression_system_id _entity_src_gen.plasmid_name _entity_src_gen.plasmid_details _entity_src_gen.pdbx_description 1 1 sample 'Biological sequence' 1 98 Human ? 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'Escherichia coli K-12' 83333 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 7 1 sample 'Biological sequence' 1 362 Human ? 'CGAS, C6orf150, MB21D1' ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli K-12' 83333 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _pdbx_entity_src_syn.entity_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id _pdbx_entity_src_syn.details 5 1 sample 1 153 'Homo sapiens' Human 9606 ? 6 1 sample 1 153 'Homo sapiens' Human 9606 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP H32_HUMAN Q71DI3 ? 1 ;PHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRV TIMPKDIQLARRIRGERA ; 39 2 UNP H4_HUMAN P62805 ? 2 ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 1 3 UNP H2A2A_HUMAN Q6FI13 ? 3 ;MSGRGKQGGKARAKAKSRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYMAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAIRNDEELNKLLGKVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; 1 4 UNP H2B1K_HUMAN O60814 ? 4 ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; 1 5 PDB 6Y5D 6Y5D ? 5 ? 1 6 PDB 6Y5D 6Y5D ? 6 ? 1 7 UNP CGAS_HUMAN Q8N884 ? 7 ;GASKLRAVLEKLKLSRDDISTAAGMVKGVVDHLLLRLKCDSAFRGVGLLNTGSYYEHVKISAPNEFDVMFKLEVPRIQLE EYSNTRAYYFVKFKRNPKENPLSQFLEGEILSASKMLSKFRKIIKEEINDIKDTDVIMKRKRGGSPAVTLLISEKISVDI TLALESKSSWPASTQEGLRIQNWLSAKVRKQLRLKPFYLVPKHAKEGNGFQEETWRLSFSHIEKEILNNHGKSKTCCENK EEKCCRKDCLKLMKYLLEQLKERFKDKKHLDKFSSYHVKTAFFHVCTQNPQDSQWDRKDLGLCFDNCVTYFLQCLRTEKL ENYFIPEFNLFSSNLIDKRSKEFLTKQIEYERNNEFPVFDEF ; 161 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6Y5D A 1 ? 98 ? 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O60814 1 ? 126 ? 1 126 21 5 6Y5D U 1 ? 153 ? 6Y5D 1 ? 153 ? 1 153 22 6 6Y5D V 1 ? 153 ? 6Y5D 1 ? 153 ? 1 153 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 6Y5D ALA A 73 ? UNP Q71DI3 CYS 111 conflict 111 1 5 6Y5D ALA E 73 ? UNP Q71DI3 CYS 111 conflict 111 2 11 6Y5D GLU K 234 ? UNP Q8N884 LYS 394 conflict 394 3 12 6Y5D GLU L 234 ? UNP Q8N884 LYS 394 conflict 394 4 13 6Y5D ALA M 73 ? UNP Q71DI3 CYS 111 conflict 111 5 17 6Y5D ALA Q 73 ? UNP Q71DI3 CYS 111 conflict 111 6 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 PTD non-polymer . PENTANEDIAL ? 'C5 H8 O2' 100.116 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZN non-polymer . 'ZINC ION' ? 'Zn 2' 65.409 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6Y5D _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 6Y5D _struct.title 'Structure of human cGAS (K394E) bound to the nucleosome' _struct.pdbx_descriptor 'Histone H3.2, Histone H4, Histone H2A type 2-A, Histone H2B type 1-K, Cyclic GMP-AMP synthase/DNA Complex' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6Y5D _struct_keywords.text 'cGAS, STING, Nucleosome, Innate Immunity, cGMP-AMP, IMMUNE SYSTEM' _struct_keywords.pdbx_keywords 'IMMUNE SYSTEM' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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SER D 56 ASN D 85 1 ? 30 HELX_P HELX_P17 AB8 THR D 91 ? LEU D 103 ? THR D 91 LEU D 103 1 ? 13 HELX_P HELX_P18 AB9 GLY D 105 ? ALA D 125 ? GLY D 105 ALA D 125 1 ? 21 HELX_P HELX_P19 AC1 GLY E 7 ? SER E 20 ? GLY E 45 SER E 58 1 ? 14 HELX_P HELX_P20 AC2 ARG E 26 ? LYS E 42 ? ARG E 64 LYS E 80 1 ? 17 HELX_P HELX_P21 AC3 GLN E 48 ? ALA E 77 ? GLN E 86 ALA E 115 1 ? 30 HELX_P HELX_P22 AC4 MET E 83 ? GLY E 95 ? MET E 121 GLY E 133 1 ? 13 HELX_P HELX_P23 AC5 ASN F 26 ? ILE F 30 ? ASN F 26 ILE F 30 5 ? 5 HELX_P HELX_P24 AC6 THR F 31 ? GLY F 42 ? THR F 31 GLY F 42 1 ? 12 HELX_P HELX_P25 AC7 LEU F 50 ? ALA F 77 ? LEU F 50 ALA F 77 1 ? 28 HELX_P HELX_P26 AC8 THR F 83 ? GLN F 94 ? THR F 83 GLN F 94 1 ? 12 HELX_P HELX_P27 AC9 SER G 17 ? GLY G 23 ? SER G 17 GLY G 23 1 ? 7 HELX_P HELX_P28 AD1 VAL G 28 ? LEU G 35 ? VAL G 28 LEU G 35 1 ? 8 HELX_P HELX_P29 AD2 GLY G 47 ? ASN G 74 ? GLY G 47 ASN G 74 1 ? 28 HELX_P HELX_P30 AD3 ILE G 80 ? ASP G 91 ? ILE G 80 ASP G 91 1 ? 12 HELX_P HELX_P31 AD4 ASP G 91 ? LEU G 98 ? ASP G 91 LEU G 98 1 ? 8 HELX_P HELX_P32 AD5 GLN G 113 ? LEU G 117 ? GLN G 113 LEU G 117 5 ? 5 HELX_P HELX_P33 AD6 TYR H 38 ? HIS H 50 ? TYR H 38 HIS H 50 1 ? 13 HELX_P HELX_P34 AD7 SER H 56 ? ASN H 85 ? SER H 56 ASN H 85 1 ? 30 HELX_P HELX_P35 AD8 THR H 91 ? LEU H 103 ? THR H 91 LEU H 103 1 ? 13 HELX_P HELX_P36 AD9 GLU H 106 ? THR H 123 ? GLU H 106 THR H 123 1 ? 18 HELX_P HELX_P37 AE1 ALA K 2 ? SER K 15 ? ALA K 162 SER K 175 1 ? 14 HELX_P HELX_P38 AE2 ARG K 16 ? ASP K 18 ? ARG K 176 ASP K 178 5 ? 3 HELX_P HELX_P39 AE3 ILE K 19 ? ASP K 40 ? ILE K 179 ASP K 200 1 ? 22 HELX_P HELX_P40 AE4 ASN K 100 ? GLN K 104 ? ASN K 260 GLN K 264 5 ? 5 HELX_P HELX_P41 AE5 SER K 112 ? ASN K 129 ? SER K 272 ASN K 289 1 ? 18 HELX_P HELX_P42 AE6 PRO K 171 ? GLN K 175 ? PRO K 331 GLN K 335 5 ? 5 HELX_P HELX_P43 AE7 SER K 185 ? ARG K 193 ? SER K 345 ARG K 353 1 ? 9 HELX_P HELX_P44 AE8 PHE K 219 ? ASN K 228 ? PHE K 379 ASN K 388 1 ? 10 HELX_P HELX_P45 AE9 ASN K 239 ? LYS K 243 ? 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S LYS 130 302 1 Y 1 T MET 1 ? T MET 1 303 1 Y 1 T PRO 2 ? T PRO 2 304 1 Y 1 T GLU 3 ? T GLU 3 305 1 Y 1 T PRO 4 ? T PRO 4 306 1 Y 1 T ALA 5 ? T ALA 5 307 1 Y 1 T LYS 6 ? T LYS 6 308 1 Y 1 T SER 7 ? T SER 7 309 1 Y 1 T ALA 8 ? T ALA 8 310 1 Y 1 T PRO 9 ? T PRO 9 311 1 Y 1 T ALA 10 ? T ALA 10 312 1 Y 1 T PRO 11 ? T PRO 11 313 1 Y 1 T LYS 12 ? T LYS 12 314 1 Y 1 T LYS 13 ? T LYS 13 315 1 Y 1 T GLY 14 ? T GLY 14 316 1 Y 1 T SER 15 ? T SER 15 317 1 Y 1 T LYS 16 ? T LYS 16 318 1 Y 1 T LYS 17 ? T LYS 17 319 1 Y 1 T ALA 18 ? T ALA 18 320 1 Y 1 T VAL 19 ? T VAL 19 321 1 Y 1 T THR 20 ? T THR 20 322 1 Y 1 T LYS 21 ? T LYS 21 323 1 Y 1 T ALA 22 ? T ALA 22 324 1 Y 1 T GLN 23 ? T GLN 23 325 1 Y 1 T LYS 24 ? T LYS 24 326 1 Y 1 T LYS 25 ? T LYS 25 327 1 Y 1 T ASP 26 ? T ASP 26 328 1 Y 1 T GLY 27 ? T GLY 27 329 1 Y 1 T LYS 28 ? T LYS 28 330 1 Y 1 T LYS 29 ? T LYS 29 331 1 Y 1 T ARG 30 ? T ARG 30 332 1 Y 1 T LYS 31 ? T LYS 31 333 1 Y 1 T ARG 32 ? T ARG 32 334 1 Y 1 T LYS 126 ? 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'Homo sapiens' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain 1 2 ? 83333 'Escherichia coli K-12' ? ? 2 3 ? 562 'Escherichia coli' ? ? 3 4 ? 32630 'synthetic construct' ? ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 45 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'SYMMETRY DETERMINATION' ? ? ? 1 1 1 2 'IMAGE ACQUISITION' ? ? ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? ? ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? ? ? ? ? ? 8 'MODEL REFINEMENT' ? ? ? ? ? ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? ? ? 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 1 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 6Y5D 'double helix' 6Y5D 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 I DA 1 1_555 J DT 153 1_555 0.039 -0.076 0.041 11.383 -0.393 0.836 1 I_DA1:DT153_J I 1 ? 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