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O4 ? ? ? 1_555 M GAL . C1 ? ? M GLC 1 M GAL 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.373 ? ? covale6 covale both ? M GAL . O3 ? ? ? 1_555 M SIA . C2 ? ? M GAL 2 M SIA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.376 ? ? covale7 covale both ? N BGC . O4 ? ? ? 1_555 N GAL . C1 ? ? N BGC 1 N GAL 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.375 ? ? covale8 covale both ? N GAL . O3 ? ? ? 1_555 N SIA . C2 ? ? N GAL 2 N SIA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.375 ? ? covale9 covale both ? O GLC . O4 ? ? ? 1_555 O GAL . C1 ? ? O GLC 1 O GAL 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.374 ? ? covale10 covale both ? O GAL . O3 ? ? ? 1_555 O SIA . C2 ? ? O GAL 2 O SIA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.373 ? ? covale11 covale both ? P GLC . O4 ? ? ? 1_555 P GAL . C1 ? ? P GLC 1 P GAL 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.375 ? ? covale12 covale both ? P GAL . O3 ? ? ? 1_555 P SIA . C2 ? ? P GAL 2 P SIA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.377 ? ? covale13 covale both ? Q BGC . O4 ? ? ? 1_555 Q GAL . C1 ? ? Q BGC 1 Q GAL 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.373 ? ? covale14 covale both ? Q GAL . O3 ? ? ? 1_555 Q SIA . C2 ? ? 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F MG 408 G SER 237 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.742 ? ? metalc31 metalc ? ? YA MG . MG ? ? ? 1_555 XB HOH . O ? ? F MG 408 G HOH 677 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.792 ? ? metalc32 metalc ? ? YA MG . MG ? ? ? 1_555 XB HOH . O ? ? F MG 408 G HOH 767 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.836 ? ? metalc33 metalc ? ? G GLU 42 OE2 ? ? ? 1_555 EB MG . MG ? ? G GLU 53 G MG 409 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? ? metalc34 metalc ? ? EB MG . MG ? ? ? 1_555 XB HOH . O ? ? G MG 409 G HOH 731 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.422 ? ? metalc35 metalc ? ? EB MG . MG ? ? ? 1_555 XB HOH . O ? ? G MG 409 G HOH 758 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.675 ? ? metalc36 metalc ? ? EB MG . MG ? ? ? 1_555 H SER 226 O ? ? G MG 409 H SER 237 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.535 ? ? metalc37 metalc ? ? EB MG . MG ? ? ? 1_555 YB HOH . O ? ? G MG 409 H HOH 647 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.543 ? ? metalc38 metalc ? ? EB MG . MG ? ? ? 1_555 YB HOH . O ? ? G MG 409 H HOH 721 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.604 ? ? metalc39 metalc ? ? H GLU 42 OE2 ? ? ? 1_555 IB MG . MG ? ? H GLU 53 H MG 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? ? metalc40 metalc ? ? IB MG . MG ? ? ? 1_555 YB HOH . O ? ? H MG 407 H HOH 724 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.243 ? ? metalc41 metalc ? ? IB MG . MG ? ? ? 1_555 I SER 226 O ? ? H MG 407 I SER 237 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.696 ? ? metalc42 metalc ? ? IB MG . MG ? ? ? 1_555 ZB HOH . O ? ? H MG 407 I HOH 673 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.549 ? ? metalc43 metalc ? ? I GLU 42 OE2 ? ? ? 1_555 MB MG . MG ? ? I GLU 53 I MG 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.636 ? ? metalc44 metalc ? ? MB MG . MG ? ? ? 1_555 J SER 226 O ? ? I MG 407 J SER 237 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.955 ? ? metalc45 metalc ? ? MB MG . MG ? ? ? 1_555 AC HOH . O ? ? I MG 407 J HOH 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.650 ? ? metalc46 metalc ? ? MB MG . MG ? ? ? 1_555 AC HOH . O ? ? I MG 407 J HOH 740 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.684 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? metalc ? ? # loop_ _pdbx_struct_conn_angle.id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.value _pdbx_struct_conn_angle.value_esd 1 OE2 ? 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O SER J 233 # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 LEU A 40 ? ? -93.81 -140.84 2 1 PRO A 65 ? ? -77.35 49.12 3 1 PHE A 226 ? ? -150.31 -29.65 4 1 ARG A 238 ? ? -125.72 -135.19 5 1 PHE B 226 ? ? -150.90 -29.22 6 1 ARG B 238 ? ? -125.40 -133.43 7 1 LEU C 40 ? ? -101.89 -149.51 8 1 ASP C 110 ? ? -164.77 105.17 9 1 PHE C 226 ? ? -149.05 -31.50 10 1 ARG C 238 ? ? -126.89 -137.24 11 1 LEU D 40 ? ? -107.76 -150.98 12 1 PRO D 65 ? ? -81.18 47.10 13 1 PHE D 226 ? ? -142.74 -31.52 14 1 ARG D 238 ? ? -128.37 -139.13 15 1 LEU E 40 ? ? -109.56 -147.85 16 1 ASP E 110 ? ? -163.51 106.14 17 1 PHE E 226 ? ? -151.15 -26.60 18 1 ARG E 238 ? ? -128.14 -137.67 19 1 PHE F 226 ? ? -146.81 -29.35 20 1 ARG F 238 ? ? -127.85 -135.74 21 1 LEU G 40 ? ? -104.90 -150.39 22 1 MET G 111 ? ? -68.47 0.58 23 1 PHE G 226 ? ? -150.32 -29.83 24 1 ARG G 238 ? ? -127.07 -135.40 25 1 PRO H 65 ? ? -84.49 46.14 26 1 PHE H 226 ? ? -151.00 -30.91 27 1 ARG H 238 ? ? -126.14 -136.31 28 1 PHE I 226 ? ? -148.80 -29.88 29 1 ARG I 238 ? ? -124.95 -133.22 30 1 PHE J 226 ? ? -146.77 -30.85 31 1 ARG J 238 ? ? -127.38 -133.13 # _pdbx_molecule_features.prd_id PRD_900025 _pdbx_molecule_features.name "3'-sialyl-alpha-lactose" _pdbx_molecule_features.type Oligosaccharide _pdbx_molecule_features.class Nutrient _pdbx_molecule_features.details oligosaccharide # loop_ _pdbx_molecule.instance_id _pdbx_molecule.prd_id _pdbx_molecule.asym_id 1 PRD_900025 K 2 PRD_900025 M 3 PRD_900025 O 4 PRD_900025 P # loop_ _space_group_symop.id _space_group_symop.operation_xyz 1 x,y,z 2 -x,y+1/2,-z # _pdbx_entry_details.entry_id 6Y5Y _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest Y _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? # loop_ _pdbx_distant_solvent_atoms.id _pdbx_distant_solvent_atoms.PDB_model_num _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_atom_id _pdbx_distant_solvent_atoms.label_alt_id _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_asym_id _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_comp_id _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id _pdbx_distant_solvent_atoms.PDB_ins_code _pdbx_distant_solvent_atoms.neighbor_macromolecule_distance _pdbx_distant_solvent_atoms.neighbor_ligand_distance 1 1 O ? 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A VAL 15 16 1 Y 1 A PRO 27 ? A PRO 16 17 1 Y 1 A ARG 28 ? A ARG 17 18 1 Y 1 A GLY 29 ? A GLY 18 19 1 Y 1 A SER 30 ? A SER 19 20 1 Y 1 A HIS 31 ? A HIS 20 21 1 Y 1 A MET 32 ? A MET 21 22 1 Y 1 A LEU 33 ? A LEU 22 23 1 Y 1 A ASP 34 ? A ASP 23 24 1 Y 1 A GLY 35 ? A GLY 24 25 1 Y 1 A GLY 36 ? A GLY 25 26 1 Y 1 A VAL 37 ? A VAL 26 27 1 Y 1 A GLU 38 ? A GLU 27 28 1 Y 1 A THR 44 ? A THR 33 29 1 Y 1 A GLY 45 ? A GLY 34 30 1 Y 1 A PRO 46 ? A PRO 35 31 1 Y 1 A ASP 47 ? A ASP 36 32 1 Y 1 A ASN 322 ? A ASN 311 33 1 Y 1 B MET 12 ? B MET 1 34 1 Y 1 B GLY 13 ? B GLY 2 35 1 Y 1 B SER 14 ? B SER 3 36 1 Y 1 B SER 15 ? B SER 4 37 1 Y 1 B HIS 16 ? B HIS 5 38 1 Y 1 B HIS 17 ? B HIS 6 39 1 Y 1 B HIS 18 ? B HIS 7 40 1 Y 1 B HIS 19 ? B HIS 8 41 1 Y 1 B HIS 20 ? B HIS 9 42 1 Y 1 B HIS 21 ? B HIS 10 43 1 Y 1 B SER 22 ? B SER 11 44 1 Y 1 B SER 23 ? B SER 12 45 1 Y 1 B GLY 24 ? B GLY 13 46 1 Y 1 B LEU 25 ? B LEU 14 47 1 Y 1 B VAL 26 ? B VAL 15 48 1 Y 1 B PRO 27 ? B PRO 16 49 1 Y 1 B ARG 28 ? B ARG 17 50 1 Y 1 B GLY 29 ? B GLY 18 51 1 Y 1 B SER 30 ? B SER 19 52 1 Y 1 B HIS 31 ? B HIS 20 53 1 Y 1 B MET 32 ? B MET 21 54 1 Y 1 B LEU 33 ? B LEU 22 55 1 Y 1 B ASP 34 ? B ASP 23 56 1 Y 1 B GLY 35 ? B GLY 24 57 1 Y 1 B GLY 36 ? B GLY 25 58 1 Y 1 B THR 44 ? B THR 33 59 1 Y 1 B GLY 45 ? B GLY 34 60 1 Y 1 B PRO 46 ? B PRO 35 61 1 Y 1 C MET 12 ? C MET 1 62 1 Y 1 C GLY 13 ? C GLY 2 63 1 Y 1 C SER 14 ? C SER 3 64 1 Y 1 C SER 15 ? C SER 4 65 1 Y 1 C HIS 16 ? C HIS 5 66 1 Y 1 C HIS 17 ? C HIS 6 67 1 Y 1 C HIS 18 ? C HIS 7 68 1 Y 1 C HIS 19 ? C HIS 8 69 1 Y 1 C HIS 20 ? C HIS 9 70 1 Y 1 C HIS 21 ? C HIS 10 71 1 Y 1 C SER 22 ? C SER 11 72 1 Y 1 C SER 23 ? C SER 12 73 1 Y 1 C GLY 24 ? C GLY 13 74 1 Y 1 C LEU 25 ? C LEU 14 75 1 Y 1 C VAL 26 ? C VAL 15 76 1 Y 1 C PRO 27 ? C PRO 16 77 1 Y 1 C ARG 28 ? C ARG 17 78 1 Y 1 C GLY 29 ? C GLY 18 79 1 Y 1 C SER 30 ? C SER 19 80 1 Y 1 C HIS 31 ? C HIS 20 81 1 Y 1 C MET 32 ? C MET 21 82 1 Y 1 C LEU 33 ? C LEU 22 83 1 Y 1 C ASP 34 ? 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E MET 1 118 1 Y 1 E GLY 13 ? E GLY 2 119 1 Y 1 E SER 14 ? E SER 3 120 1 Y 1 E SER 15 ? E SER 4 121 1 Y 1 E HIS 16 ? E HIS 5 122 1 Y 1 E HIS 17 ? E HIS 6 123 1 Y 1 E HIS 18 ? E HIS 7 124 1 Y 1 E HIS 19 ? E HIS 8 125 1 Y 1 E HIS 20 ? E HIS 9 126 1 Y 1 E HIS 21 ? E HIS 10 127 1 Y 1 E SER 22 ? E SER 11 128 1 Y 1 E SER 23 ? E SER 12 129 1 Y 1 E GLY 24 ? E GLY 13 130 1 Y 1 E LEU 25 ? E LEU 14 131 1 Y 1 E VAL 26 ? E VAL 15 132 1 Y 1 E PRO 27 ? E PRO 16 133 1 Y 1 E ARG 28 ? E ARG 17 134 1 Y 1 E GLY 29 ? E GLY 18 135 1 Y 1 E SER 30 ? E SER 19 136 1 Y 1 E HIS 31 ? E HIS 20 137 1 Y 1 E MET 32 ? E MET 21 138 1 Y 1 E LEU 33 ? E LEU 22 139 1 Y 1 E ASP 34 ? E ASP 23 140 1 Y 1 E GLY 35 ? E GLY 24 141 1 Y 1 E GLY 36 ? E GLY 25 142 1 Y 1 E VAL 37 ? E VAL 26 143 1 Y 1 E GLY 45 ? E GLY 34 144 1 Y 1 E PRO 46 ? E PRO 35 145 1 Y 1 E ASP 47 ? E ASP 36 146 1 Y 1 E ASN 322 ? E ASN 311 147 1 Y 1 F MET 12 ? F MET 1 148 1 Y 1 F GLY 13 ? F GLY 2 149 1 Y 1 F SER 14 ? F SER 3 150 1 Y 1 F SER 15 ? F SER 4 151 1 Y 1 F HIS 16 ? F HIS 5 152 1 Y 1 F HIS 17 ? F HIS 6 153 1 Y 1 F HIS 18 ? F HIS 7 154 1 Y 1 F HIS 19 ? F HIS 8 155 1 Y 1 F HIS 20 ? F HIS 9 156 1 Y 1 F HIS 21 ? F HIS 10 157 1 Y 1 F SER 22 ? F SER 11 158 1 Y 1 F SER 23 ? F SER 12 159 1 Y 1 F GLY 24 ? F GLY 13 160 1 Y 1 F LEU 25 ? F LEU 14 161 1 Y 1 F VAL 26 ? F VAL 15 162 1 Y 1 F PRO 27 ? F PRO 16 163 1 Y 1 F ARG 28 ? F ARG 17 164 1 Y 1 F GLY 29 ? F GLY 18 165 1 Y 1 F SER 30 ? F SER 19 166 1 Y 1 F HIS 31 ? F HIS 20 167 1 Y 1 F MET 32 ? F MET 21 168 1 Y 1 F LEU 33 ? F LEU 22 169 1 Y 1 F ASP 34 ? F ASP 23 170 1 Y 1 F GLY 35 ? F GLY 24 171 1 Y 1 F GLY 36 ? F GLY 25 172 1 Y 1 F VAL 37 ? F VAL 26 173 1 Y 1 F GLU 38 ? F GLU 27 174 1 Y 1 F VAL 39 ? F VAL 28 175 1 Y 1 F LEU 40 ? F LEU 29 176 1 Y 1 F ASN 41 ? F ASN 30 177 1 Y 1 F ILE 42 ? F ILE 31 178 1 Y 1 F ILE 43 ? F ILE 32 179 1 Y 1 F THR 44 ? F THR 33 180 1 Y 1 F GLY 45 ? F GLY 34 181 1 Y 1 F PRO 46 ? F PRO 35 182 1 Y 1 F ASP 47 ? F ASP 36 183 1 Y 1 F ALA 48 ? F ALA 37 184 1 Y 1 G MET 12 ? G MET 1 185 1 Y 1 G GLY 13 ? G GLY 2 186 1 Y 1 G SER 14 ? G SER 3 187 1 Y 1 G SER 15 ? G SER 4 188 1 Y 1 G HIS 16 ? G HIS 5 189 1 Y 1 G HIS 17 ? G HIS 6 190 1 Y 1 G HIS 18 ? G HIS 7 191 1 Y 1 G HIS 19 ? G HIS 8 192 1 Y 1 G HIS 20 ? G HIS 9 193 1 Y 1 G HIS 21 ? G HIS 10 194 1 Y 1 G SER 22 ? G SER 11 195 1 Y 1 G SER 23 ? G SER 12 196 1 Y 1 G GLY 24 ? G GLY 13 197 1 Y 1 G LEU 25 ? G LEU 14 198 1 Y 1 G VAL 26 ? G VAL 15 199 1 Y 1 G PRO 27 ? G PRO 16 200 1 Y 1 G ARG 28 ? G ARG 17 201 1 Y 1 G GLY 29 ? G GLY 18 202 1 Y 1 G SER 30 ? G SER 19 203 1 Y 1 G HIS 31 ? G HIS 20 204 1 Y 1 G MET 32 ? G MET 21 205 1 Y 1 G LEU 33 ? G LEU 22 206 1 Y 1 G ASP 34 ? G ASP 23 207 1 Y 1 G GLY 35 ? G GLY 24 208 1 Y 1 G GLY 36 ? G GLY 25 209 1 Y 1 G PRO 46 ? G PRO 35 210 1 Y 1 H MET 12 ? H MET 1 211 1 Y 1 H GLY 13 ? H GLY 2 212 1 Y 1 H SER 14 ? H SER 3 213 1 Y 1 H SER 15 ? H SER 4 214 1 Y 1 H HIS 16 ? H HIS 5 215 1 Y 1 H HIS 17 ? H HIS 6 216 1 Y 1 H HIS 18 ? H HIS 7 217 1 Y 1 H HIS 19 ? H HIS 8 218 1 Y 1 H HIS 20 ? H HIS 9 219 1 Y 1 H HIS 21 ? H HIS 10 220 1 Y 1 H SER 22 ? H SER 11 221 1 Y 1 H SER 23 ? H SER 12 222 1 Y 1 H GLY 24 ? H GLY 13 223 1 Y 1 H LEU 25 ? H LEU 14 224 1 Y 1 H VAL 26 ? H VAL 15 225 1 Y 1 H PRO 27 ? H PRO 16 226 1 Y 1 H ARG 28 ? H ARG 17 227 1 Y 1 H GLY 29 ? H GLY 18 228 1 Y 1 H SER 30 ? H SER 19 229 1 Y 1 H HIS 31 ? H HIS 20 230 1 Y 1 H MET 32 ? H MET 21 231 1 Y 1 H LEU 33 ? H LEU 22 232 1 Y 1 H ASP 34 ? H ASP 23 233 1 Y 1 H GLY 35 ? H GLY 24 234 1 Y 1 H GLY 36 ? H GLY 25 235 1 Y 1 H VAL 37 ? H VAL 26 236 1 Y 1 H GLU 38 ? H GLU 27 237 1 Y 1 H VAL 39 ? H VAL 28 238 1 Y 1 H LEU 40 ? H LEU 29 239 1 Y 1 H ASN 41 ? H ASN 30 240 1 Y 1 H ILE 42 ? H ILE 31 241 1 Y 1 H ILE 43 ? H ILE 32 242 1 Y 1 H THR 44 ? H THR 33 243 1 Y 1 H GLY 45 ? H GLY 34 244 1 Y 1 H PRO 46 ? H PRO 35 245 1 Y 1 H ASP 47 ? H ASP 36 246 1 Y 1 H ASN 322 ? H ASN 311 247 1 Y 1 I MET 12 ? I MET 1 248 1 Y 1 I GLY 13 ? I GLY 2 249 1 Y 1 I SER 14 ? 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