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'Plisson-Chastang, C.' 3 0000-0002-8439-8428 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country CH _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Molecules _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 1420-3049 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 25 _citation.language ? _citation.page_first ? _citation.page_last ? _citation.title 'Good Vibrations: Structural Remodeling of Maturing Yeast Pre-40S Ribosomal Particles Followed by Cryo-Electron Microscopy.' _citation.year 2020 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.3390/molecules25051125 _citation.pdbx_database_id_PubMed 32138239 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Shayan, R.' 1 ? primary 'Rinaldi, D.' 2 ? primary 'Larburu, N.' 3 ? primary 'Plassart, L.' 4 ? primary 'Balor, S.' 5 ? primary 'Bouyssie, D.' 6 0000-0002-0847-4759 primary 'Lebaron, S.' 7 ? primary 'Marcoux, J.' 8 0000-0001-7321-7436 primary 'Gleizes, P.E.' 9 0000-0003-0830-7341 primary 'Plisson-Chastang, C.' 10 0000-0002-8439-8428 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 6Y7C _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? 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AUUCUAGAGCUAAUACAUGCUUAAAAUCUCGACCCUUUGGAAGAGAUGUAUUUAUUAGAUAAAAAAUCAAUGUCUUCGGA CUCUUUGAUGAUUCAUAAUAACUUUUCGAAUCGCAUGGCCUUGUGCUGGCGAUGGUUCAUUCAAAUUUCUGCCCUAUCAA CUUUCGAUGGUAGGAUAGUGGCCUACCAUGGUUUCAACGGGUAACGGGGAAUAAGGGUUCGAUUCCGGAGAGGGAGCCUG AGAAACGGCUACCACAUCCAAGG(A2M)AGGCAGCAGGCGCGC(A2M)AAUUACCCAAUCCUAAUUCAGGGAGGUAGUGA CAAUAAAUAACGAUACAGGGCCCAUUCGGGUCUUGUAAUUGGAAUGAGUACAAUGUAAAUACCUUAACGAGGAACAAUUG GAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCCAAUAGCGUAUAUUAAAGUUGUUGCAGUUAAAAAGCUCG UAGUUGAACUUUGGGCCCGGUUGGCCGGUCGGAUUUCCAACGGGGCCUUUCCUUCUGGCUAACCAGGACUUUUACUUUGA AAAAAUUAGAGUGUUCAAAGCAGGCGUAUUGCUCGAAUAUAUU(A2M)GCAUGGAAUAAUAGAAUAGGACGUUUGGUUCU AUUUUGUUGGUUUCUAGGACCAUCGUAAUGAUUAAUAGGGACGGUCGGGGGCAUCAGUAUUCAAUUGUCAGAGGUGAAAU UCUUGGAUUUAUUGAAGACUAACUACUGCGAAAGCAUUUGCCAAGGACGUUUUCAUUAAUCAAGAACGAAAGUUAGGGGA UCGAAGAUGAUCAGAUACCGUCGUAGUCUUAACCAUAAACUAUGCCGACUAGGGAUCGGGUGGUGUUUUUUUAAUGACCC ACUCGGCACCUUACGAGAAAUCAAAGUCUUUGGGUUCUGGGGGGAGUAUGGUCGCAAGGCUGAAACUUAAAGGAAUUGAC 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CGAUGGUAGGAUAGUGGCCUACCAUGGUUUCAACGGGUAACGGGGAAUAAGGGUUCGAUUCCGGAGAGGGAGCCUGAGAA ACGGCUACCACAUCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAAUUACCCAAUCCUAAUUCAGGGAGGUAGUGACAAUAAAUAACG AUACAGGGCCCAUUCGGGUCUUGUAAUUGGAAUGAGUACAAUGUAAAUACCUUAACGAGGAACAAUUGGAGGGCAAGUCU GGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCCAAUAGCGUAUAUUAAAGUUGUUGCAGUUAAAAAGCUCGUAGUUGAACUUU GGGCCCGGUUGGCCGGUCGGAUUUCCAACGGGGCCUUUCCUUCUGGCUAACCAGGACUUUUACUUUGAAAAAAUUAGAGU GUUCAAAGCAGGCGUAUUGCUCGAAUAUAUUAGCAUGGAAUAAUAGAAUAGGACGUUUGGUUCUAUUUUGUUGGUUUCUA GGACCAUCGUAAUGAUUAAUAGGGACGGUCGGGGGCAUCAGUAUUCAAUUGUCAGAGGUGAAAUUCUUGGAUUUAUUGAA GACUAACUACUGCGAAAGCAUUUGCCAAGGACGUUUUCAUUAAUCAAGAACGAAAGUUAGGGGAUCGAAGAUGAUCAGAU ACCGUCGUAGUCUUAACCAUAAACUAUGCCGACUAGGGAUCGGGUGGUGUUUUUUUAAUGACCCACUCGGCACCUUACGA GAAAUCAAAGUCUUUGGGUUCUGGGGGGAGUAUGGUCGCAAGGCUGAAACUUAAAGGAAUUGACGGAAGGGCACCACCAG GAGUGGAGCCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGGGAAACUCACCAGGUCCAGACACAAUAAGGAUUGACAGAUUGAGA GCUCUUUCUUGAUUUUGUGGGUGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUGGUUUUGUCUGCUUAAUUGCGAUAACGAACGAGA CCUUAACCUACUAAAUAGUGGUGCUAGCAUUUGCUGGUUAUCCACUUCUUAGAGGGACUAUCGGUUUCAAGCCGAUGGAA GUUUGAGGCAAUAACAGGUCUGUGAUGCCCUUAGACGUUCUGGGCCGCACGCGCGCUACACUGACGGAGCCAGCGAGUCU AACCUUGGCCGAGAGGUCUUGGUAAUCUUGUGAAACUCCGUCGUGCUGGGGAUAGAGCAUUGUAAUUAUUGCUCUUCAAC GAGGAAUUCCUAGUAAGCGCAAGUCAUCAGCUUGCGUUGAUUACGUCCCUGCCCUUUGUACACACCGCCCGUCGCUAGUA CCGAUUGAAUGGCUUAGUGAGGCCUCAGGAUCUGCUUAGAGAUCUCAGAGCGGAGAAUUUGGACAAACUUGGUCAUUUAG AGGAACUAAAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGGUGAACCUGCGGAAGGAUCAUUA ; 2 ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MSLPATFDLTPEDAQLLLAANTHLGARNVQVHQEPYVFNARPDGVHVINVGKTWEKLVLAARIIAAIPNPEDVVAISSRT FGQRAVLKFAAHTGATPIAGRFTPGSFTNYITRSFKEPRLVIVTDPRSDAQAIKEASYVNIPVIALTDLDSPSEFVDVAI PCNNRGKHSIGLIWYLLAREVLRLRGALVDRTQPWSIMPDLYFYRFPEEVEQQVAEEATTEEAGEEEAKEEVTEEQAEAT EWAEENADNVEW ; ;MSLPATFDLTPEDAQLLLAANTHLGARNVQVHQEPYVFNARPDGVHVINVGKTWEKLVLAARIIAAIPNPEDVVAISSRT FGQRAVLKFAAHTGATPIAGRFTPGSFTNYITRSFKEPRLVIVTDPRSDAQAIKEASYVNIPVIALTDLDSPSEFVDVAI PCNNRGKHSIGLIWYLLAREVLRLRGALVDRTQPWSIMPDLYFYRFPEEVEQQVAEEATTEEAGEEEAKEEVTEEQAEAT 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MNIKPVQKQTRAGQRTRFKAVVVVGDSNGHVGLGIKTAKEVAGAIRAGIIIAKLSVIPIRRGYWGTNLGQPHSLATKTTG KCGSVTVRLIPAPRGSGIVASPAVKKLLQLAGVEDVYTQSNGKTRTLENTLKAAFVAIGNTYGFLTPNLWAEQPLPVSPL DIYSDEASAQKKRF ; C ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MARGPKKHLKRLAAPHHWLLDKLSGCYAPRPSAGPHKLRESLPLIVFLRNRLKYALNGREVKAILMQRHVKVDGKVRTDT TYPAGFMDVITLDATNENFRLVYDVKGRFAVHRITDEEASYKLGKVKKVQLGKKGVPYVVTHDGRTIRYPDPNIKVNDTV KIDLASGKITDFIKFDAGKLVYVTGGRNLGRIGTIVHKERHDGGFDLVHIKDSLDNTFVTRLNNVFVIGEQGKPYISLPK GKGIKLSIAEERDRRRAQQGL ; ;MARGPKKHLKRLAAPHHWLLDKLSGCYAPRPSAGPHKLRESLPLIVFLRNRLKYALNGREVKAILMQRHVKVDGKVRTDT TYPAGFMDVITLDATNENFRLVYDVKGRFAVHRITDEEASYKLGKVKKVQLGKKGVPYVVTHDGRTIRYPDPNIKVNDTV KIDLASGKITDFIKFDAGKLVYVTGGRNLGRIGTIVHKERHDGGFDLVHIKDSLDNTFVTRLNNVFVIGEQGKPYISLPK GKGIKLSIAEERDRRRAQQGL ; E ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MSDTEAPVEVQEDFEVVEEFTPVVLATPIPEEVQQAQTEIKLFNKWSFEEVEVKDASLVDYVQVRQPIFVAHTAGRYANK RFRKAQCPIIERLTNSLMMNGRNNGKKLKAVRIIKHTLDIINVLTDQNPIQVVVDAITNTGPREDTTRVGGGGAARRQAV 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;MPRAPRTYSKTYSTPKRPYESSRLDAELKLAGEFGLKNKKEIYRISFQLSKIRRAARDLLTRDEKDPKRLFEGNALIRRL VRVGVLSEDKKKLDYVLALKVEDFLERRLQTQVYKLGLAKSVHHARVLITQRHIAVGKQIVNIPSFMVRLDSEKHIDFAP TSPFGGARPGRVARRNAARKAEASGEAADEADEADEE ; J ? 11 'polypeptide(L)' no no ;MSTELTVQSERAFQKQPHIFNNPKVKTSKRTKRWYKNAGLGFKTPKTAIEGSYIDKKCPFTGLVSIRGKILTGTVVSTKM HRTIVIRRAYLHYIPKYNRYEKRHKNVPVHVSPAFRVQVGDIVTVGQCRPISKTVRFNVVKVSAAAGKANKQFAKF ; ;MSTELTVQSERAFQKQPHIFNNPKVKTSKRTKRWYKNAGLGFKTPKTAIEGSYIDKKCPFTGLVSIRGKILTGTVVSTKM HRTIVIRRAYLHYIPKYNRYEKRHKNVPVHVSPAFRVQVGDIVTVGQCRPISKTVRFNVVKVSAAAGKANKQFAKF ; L ? 12 'polypeptide(L)' no no ;MSDVEEVVEVQEETVVEQTAEVTIEDALKVVLRTALVHDGLARGLRESTKALTRGEALLVVLVSSVTEANIIKLVEGLAN DPENKVPLIKVADAKQLGEWAGLGKIDREGNARKVVGASVVVVKNWGAETDELSMIMEHFSQQ ; ;MSDVEEVVEVQEETVVEQTAEVTIEDALKVVLRTALVHDGLARGLRESTKALTRGEALLVVLVSSVTEANIIKLVEGLAN DPENKVPLIKVADAKQLGEWAGLGKIDREGNARKVVGASVVVVKNWGAETDELSMIMEHFSQQ ; M ? 13 'polypeptide(L)' no no ;MGRMHSAGKGISSSAIPYSRNAPAWFKLSSESVIEQIVKYARKGLTPSQIGVLLRDAHGVTQARVITGNKIMRILKSNGL APEIPEDLYYLIKKAVSVRKHLERNRKDKDAKFRLILIESRIHRLARYYRTVAVLPPNWKYESATASALVN ; ;MGRMHSAGKGISSSAIPYSRNAPAWFKLSSESVIEQIVKYARKGLTPSQIGVLLRDAHGVTQARVITGNKIMRILKSNGL APEIPEDLYYLIKKAVSVRKHLERNRKDKDAKFRLILIESRIHRLARYYRTVAVLPPNWKYESATASALVN ; N ? 14 'polypeptide(L)' no no ;MSNVVQARDNSQVFGVARIYASFNDTFVHVTDLSGKETIARVTGGMKVKADRDESSPYAAMLAAQDVAAKCKEVGITAVH VKIRATGGTRTKTPGPGGQAALRALARSGLRIGRIEDVTPVPSDSTRKKGGRRGRRL ; ;MSNVVQARDNSQVFGVARIYASFNDTFVHVTDLSGKETIARVTGGMKVKADRDESSPYAAMLAAQDVAAKCKEVGITAVH VKIRATGGTRTKTPGPGGQAALRALARSGLRIGRIEDVTPVPSDSTRKKGGRRGRRL ; O ? 15 'polypeptide(L)' no no ;MSQAVNAKKRVFKTHSYRGVDLEKLLEMSTEDFVKLAPARVRRRFARGMTSKPAGFMKKLRAAKLAAPENEKPAPVRTHM RNMIIVPEMIGSVVGIYNGKAFNQVEIRPEMLGHYLGEFSITYTPVRHGRAGATTSRFIPLK ; ;MSQAVNAKKRVFKTHSYRGVDLEKLLEMSTEDFVKLAPARVRRRFARGMTSKPAGFMKKLRAAKLAAPENEKPAPVRTHM RNMIIVPEMIGSVVGIYNGKAFNQVEIRPEMLGHYLGEFSITYTPVRHGRAGATTSRFIPLK ; P ? 16 'polypeptide(L)' no no ;MSAVPSVQTFGKKKSATAVAHVKAGKGLIKVNGSPITLVEPEILRFKVYEPLLLVGLDKFSNIDIRVRVTGGGHVSQVYA 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_entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 U n 1 2 A n 1 3 U n 1 4 C n 1 5 U n 1 6 G n 1 7 G n 1 8 U n 1 9 U n 1 10 G n 1 11 A n 1 12 U n 1 13 C n 1 14 C n 1 15 U n 1 16 G n 1 17 C n 1 18 C n 1 19 A n 1 20 G n 1 21 U n 1 22 A n 1 23 G n 1 24 U n 1 25 C n 1 26 A n 1 27 U n 1 28 A n 1 29 U n 1 30 G n 1 31 C n 1 32 U n 1 33 U n 1 34 G n 1 35 U n 1 36 C n 1 37 U n 1 38 C n 1 39 A n 1 40 A n 1 41 A n 1 42 G n 1 43 A n 1 44 U n 1 45 U n 1 46 A n 1 47 A n 1 48 G n 1 49 C n 1 50 C n 1 51 A n 1 52 U n 1 53 G n 1 54 C n 1 55 A n 1 56 U n 1 57 G n 1 58 U n 1 59 C n 1 60 U n 1 61 A n 1 62 A n 1 63 G n 1 64 U n 1 65 A n 1 66 U n 1 67 A n 1 68 A n 1 69 G n 1 70 C n 1 71 A n 1 72 A n 1 73 U n 1 74 U n 1 75 U n 1 76 A n 1 77 U n 1 78 A n 1 79 C n 1 80 A n 1 81 G n 1 82 U n 1 83 G n 1 84 A n 1 85 A n 1 86 A n 1 87 C n 1 88 U n 1 89 G n 1 90 C n 1 91 G n 1 92 A n 1 93 A n 1 94 U n 1 95 G n 1 96 G n 1 97 C n 1 98 U n 1 99 C n 1 100 A2M n 1 101 U n 1 102 U n 1 103 A n 1 104 A 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19 ;MPGVSVRDVAAQDFINAYASFLQRQGKLEVPGYVDIVKTSSGNEMPPQDAEGWFYKRAASVARHIYMRKQVGVGKLNKLY GGAKSRGVRPYKHIDASGSINRKVLQALEKIGIVEISPKGGRRISENGQRDLDRIAAQTLEEDE ; 1 20 UNP RS20_YEAST P38701 ? 20 ;MSDFQKEKVEEQEQQQQQIIKIRITLTSTKVKQLENVSSNIVKNAEQHNLVKKGPVRLPTKVLKISTRKTPNGEGSKTWE TYEMRIHKRYIDLEAPVQIVKRITQITIEPGVDVEVVVASN ; 1 21 UNP RS21A_YEAST P0C0V8 ? 21 ;MENDKGQLVELYVPRKCSATNRIIKADDHASVQINVAKVDEEGRAIPGEYVTYALSGYVRSRGESDDSLNRLAQNDGLLK NVWSYSR ; 1 22 UNP RS22A_YEAST P0C0W1 ? 22 ;MTRSSVLADALNAINNAEKTGKRQVLIRPSSKVIIKFLQVMQKHGYIGEFEYIDDHRSGKIVVQLNGRLNKCGVISPRFN VKIGDIEKWTANLLPARQFGYVILTTSAGIMDHEEARRKHVSGKILGFVY ; 1 23 UNP RS23A_YEAST P0CX29 ? 23 ;MGKGKPRGLNSARKLRVHRRNNRWAENNYKKRLLGTAFKSSPFGGSSHAKGIVLEKLGIESKQPNSAIRKCVRVQLIKNG KKVTAFVPNDGCLNFVDENDEVLLAGFGRKGKAKGDIPGVRFKVVKVSGVSLLALWKEKKEKPRS ; 1 24 UNP RS24A_YEAST P0CX31 ? 24 ;MSDAVTIRTRKVISNPLLARKQFVVDVLHPNRANVSKDELREKLAEVYKAEKDAVSVFGFRTQFGGGKSVGFGLVYNSVA EAKKFEPTYRLVRYGLAEKVEKASRQQRKQKKNRDKKIFGTGKRLAKKVARRNAD ; 1 25 UNP RS25A_YEAST Q3E792 ? 25 ;MPPKQQLSKAAKAAAALAGGKKSKKKWSKKSMKDRAQHAVILDQEKYDRILKEVPTYRYVSVSVLVDRLKIGGSLARIAL RHLEKEGIIKPISKHSKQAIYTRATASE ; 1 26 UNP RS27A_YEAST P35997 ? 26 ;MVLVQDLLHPTAASEARKHKLKTLVQGPRSYFLDVKCPGCLNITTVFSHAQTAVTCESCSTILCTPTGGKAKLSEGTSFR RK ; 1 27 UNP RS28A_YEAST Q3E7X9 ? 27 MDNKTPVTLAKVIKVLGRTGSRGGVTQVRVEFLEDTSRTIVRNVKGPVRENDILVLMESEREARRLR 1 28 UNP RS29A_YEAST P41057 ? 28 MAHENVWFSHPRRYGKGSRQCRVCSSHTGLIRKYGLNICRQCFREKANDIGFNKFR 1 29 UNP RS30A_YEAST P0CX33 ? 29 MAKVHGSLARAGKVKSQTPKVEKTEKPKKPKGRAYKRLLYTRRFVNVTLVNGKRRMNPGPSVQ 1 30 UNP PNO1_YEAST Q99216 ? 30 ;MVAPTALKKATVTPVSGQDGGSSRIIGINNTESIDEDDDDDVLLDDSDNNTAKEEVEGEEGSRKTHESKTVVVDDQGKPR FTSASKTQGNKIKFESRKIMVPPHRMTPLRNSWTKIYPPLVEHLKLQVRMNLKTKSVELRTNPKFTTDPGALQKGADFIK AFTLGFDLDDSIALLRLDDLYIETFEVKDVKTLTGDHLSRAIGRIAGKDGKTKFAIENATRTRIVLADSKIHILGGFTHI RMARESVVSLILGSPPGKVYGNLRTVASRLKERY ; 1 31 UNP ENP1_YEAST P38333 ? 31 ;MARASSTKARKQRHDPLLKDLDAAQGTLKKINKKKLAQNDAANHDAANEEDGYIDSKASRKILQLAKEQQDEIEGEELAE SERNKQFEARFTTMSYDDEDEDEDEDEEAFGEDISDFEPEGDYKEEEEIVEIDEEDAAMFEQYFKKSDDFNSLSGSYNLA DKIMASIREKESQVEDMQDDEPLANEQNTSRGNISSGLKSGEGVALPEKVIKAYTTVGSILKTWTHGKLPKLFKVIPSLR NWQDVIYVTNPEEWSPHVVYEATKLFVSNLTAKESQKFINLILLERFRDNIETSEDHSLNYHIYRAVKKSLYKPSAFFKG FLFPLVETGCNVREATIAGSVLAKVSVPALHSSAALSYLLRLPFSPPTTVFIKILLDKKYALPYQTVDDCVYYFMRFRIL DDGSNGEDATRVLPVIWHKAFLTFAQRYKNDITQDQRDFLLETVRQRGHKDIGPEIRRELLAGASREFVDPQEANDDLMI DVN ; 1 32 UNP LTV1_YEAST P34078 ? 32 ;MSKKFSSKNSQRYVVVHRPHDDPSFYDTDASAHVLVPVSNPNKTSPEADLRKKDVSSTKPKGRRAHVGEAALYGINFDDS EYDYTQHLKPIGLDPENSIFIASKGNEQKVEKKNIEDLFIEPKYRRDEIEKDDALPVFQRGMAKPEYLLHQQDTTDEIRG FKPDMNPALREVLEALEDEAYVVNDDVVVEDISKKTQLQGDNYGEEEKEDDIFAQLLGSGEAKDEDEFEDEFDEWDIDNV ENFEDENYVKEMAQFDNIENLEDLENIDYQADVRRFQKDNSILEKHNSDDEFSNAGLDSVNPSEEEDVLGELPSIQDKSK TGKKKRKSRQKKGAMSDVSGFSMSSSAIARTETMTVLDDQYDQIINGYENYEEELEEDEEQNYQPFDMSAERSDFESMLD DFLDNYELESGGRKLAKKDKEIERLKEAADEVSKGKLSQRRNRERQEKKKLEKVTNTLSSLKF ; 1 33 UNP RIO2_YEAST P40160 ? 33 ;MKLDTSHMRYLTTDDFRVLQAVEQGSRSHEVVPTPLIHQISGMRSQSGTNRAISDLAKLSLISKMRNVKYDGYRLTYNGI DYLALKTMLNRDTVYSVGNTIGVGKESDIYKVSDKNGNPRVMKIHRLGRTSFHSVRNNRDYLKKSNQGANWMHLSRLAAN KEYQFMSMLYSKGFKVPEPFDNSRHIVVMELIEGYPMRRLRKHKNIPKLYSDLMCFIVDLANSGLIHCDFNEFNIMIKDK LEDENDCGFVVIDFPQCISIQHQDADYYFQRDVDCIRRFFKKKLKYEPKPDSSMLDTEGFGDGYKYAYPDFKRDVKRTDN LDELVQASGFSKKHPGDRGLETAVESMRNAVYNSDDDMSNDEAEEENGEGDYSEEDEYYDSELDNESSEDDSEDAQEEEN ERIIEALSSGVENLKMDKLGNYILE ; 1 34 UNP TSR1_YEAST Q07381 ? 34 ;MAGHSHRSSLKNGHKSYKSKHASKGALKRLYKGKVEKEPVGTGKPDKQVSKLQRKNKAKQLRAQRILDSIENRKLFEGKN GAAKIITIVPLVNDLDPLDILYKLLKCADDEGIMVQEVDSKRIFNVHIKKFKSNLKIIIPDMTNFLNILDCAKVADFVVF GLSGVQEVDEEFGEQIIRALELQGIASYIGVISNLSAVHEKEKFQLDVKQSLESYFKHFFPSEERVYNLEKNSDALNVLR TLCQRLPRSINWRDNRGYVVADFVDFVETSPDSGDLVIEGTVRGIGFNANRLVHIPDFGDFQLNKIEKISESSQKRKIIK EKATDSLSLELDLQTVFESNMNRDTLDEYAPEGTEDWSDYDEDFEYDGLTTARYDDHGFLPGREQTSKKAAVPKGTSDYQ AKWYLDDVIDANEEEEAEQTNGKDETMMEIDDEMMVEQDNEEVAGDEEYDIEDNEGFEELSPEEEERQLREFRDMEKEDR EFPDEIELEPSESAIERLKRYRGLKNLYNCDWQVDEKDPSSPAEWKRLLRIGNYKNTKNRIIKETKNEAQAIAGDRIRMF IRFPKFLLEKIQDPKQLLFAVYGLLLHEHKNAVVNFSLQRWEQYDKPVPSQEPIVVQYGVRRYTIQPLFSQGSNSPNNVH KYERFLHPDTVSVATCIAPVDFTQSPAIFFKPSPTDAKNIELIGHGTFLNADHSRILAKRAILTGHPFRFHKTVVTVRYM FFRPEDVEWFKSIPLFTKSGRSGFIKESLGTHGYFKATFDGKLSAQDVVAMSLYKRMWPMPSLPWNGM ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6Y7C 2 1 ? 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UNP P32905 ASP 206 conflict 206 1 22 6Y7C VAL W 51 ? UNP P0C0W1 GLU 51 conflict 51 2 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight A 'RNA linking' y "ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 A2M 'RNA linking' n ;2'-O-methyladenosine 5'-(dihydrogen phosphate) ; ? 'C11 H16 N5 O7 P' 361.248 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 C 'RNA linking' y "CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O8 P' 323.197 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 G 'RNA linking' y "GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O8 P' 363.221 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 U 'RNA linking' y "URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H13 N2 O9 P' 324.181 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 1.179 ? 122649 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 16.820 ? 47406 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.060 ? 15227 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.008 ? 9227 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 6Y7C _struct.title 'Early cytoplasmic yeast pre-40S particle (purified with Tsr1 as bait)' _struct.pdbx_descriptor ;40S ribosomal protein S0-A, 40S ribosomal protein S1-A, 40S ribosomal protein S2, 40S ribosomal protein S4-A, 40S ribosomal protein S5, 40S ribosomal protein S6-A, 40S ribosomal protein S7-A, 40S ribosomal protein S8-A, 40S ribosomal protein S9-A, 40S ribosomal protein S11-A, 40S ribosomal protein S12, 40S ribosomal protein S13, 40S ribosomal protein S14-A, 40S ribosomal protein S15, 40S ribosomal protein S16-A, 40S ribosomal protein S17-A, 40S ribosomal protein S18-A, 40S ribosomal protein S19-A, 40S ribosomal protein S20, 40S ribosomal protein S21-A, 40S ribosomal protein S22-A, 40S ribosomal protein S23-A, 40S ribosomal protein S24-A, 40S ribosomal protein S25-A, 40S ribosomal protein S27-A, 40S ribosomal protein S28-A, 40S ribosomal protein S29-A, 40S ribosomal protein S30-A, Pre-rRNA-processing protein PNO1, Essential nuclear protein 1, Protein LTV1, Serine/threonine-protein kinase RIO2, Ribosome biogenesis protein TSR1/RNA Complex ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6Y7C _struct_keywords.text 'yeast pre-ribosomal particle - small ribosomal subunit, RIBOSOME' _struct_keywords.pdbx_keywords RIBOSOME # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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LYS t 59 SER t 69 1 ? 11 HELX_P HELX_P157 AR4 ILE HA 70 ? LYS HA 74 ? ILE t 70 LYS t 74 5 ? 5 HELX_P HELX_P158 AR5 LYS HA 103 ? CYS HA 107 ? LYS t 103 CYS t 107 5 ? 5 HELX_P HELX_P159 AR6 PHE HA 172 ? LEU HA 182 ? PHE t 172 LEU t 182 1 ? 11 HELX_P HELX_P160 AR7 LEU HA 206 ? SER HA 214 ? LEU t 206 SER t 214 1 ? 9 HELX_P HELX_P161 AR8 LEU HA 236 ? GLN HA 244 ? LEU t 236 GLN t 244 1 ? 9 HELX_P HELX_P162 AR9 TRP HA 252 ? ARG HA 256 ? TRP t 252 ARG t 256 5 ? 5 HELX_P HELX_P163 AS1 TYR HA 399 ? TYR HA 404 ? TYR t 399 TYR t 404 5 ? 6 HELX_P HELX_P164 AS2 GLU HA 463 ? GLN HA 468 ? GLU t 463 GLN t 468 1 ? 6 HELX_P HELX_P165 AS3 GLU HA 476 ? GLU HA 481 ? GLU t 476 GLU t 481 1 ? 6 HELX_P HELX_P166 AS4 THR HA 537 ? ASN HA 547 ? THR t 537 ASN t 547 1 ? 11 HELX_P HELX_P167 AS5 ARG HA 723 ? TRP HA 729 ? ARG t 723 TRP t 729 1 ? 7 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale1 covale none ? 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WATSON-CRICK ? ? hydrog10 hydrog ? ? A G 7 N1 ? ? ? 1_555 A C 17 N3 ? ? 2 G 7 2 C 17 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog11 hydrog ? ? A G 7 N2 ? ? ? 1_555 A C 17 O2 ? ? 2 G 7 2 C 17 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog12 hydrog ? ? A G 7 O6 ? ? ? 1_555 A C 17 N4 ? ? 2 G 7 2 C 17 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog13 hydrog ? ? A U 8 N3 ? ? ? 1_555 A A 1095 N7 ? ? 2 U 8 2 A 1139 1_555 ? ? ? ? ? ? HOOGSTEEN ? ? hydrog14 hydrog ? ? A U 8 O4 ? ? ? 1_555 A A 1095 N6 ? ? 2 U 8 2 A 1139 1_555 ? ? ? ? ? ? HOOGSTEEN ? ? hydrog15 hydrog ? ? A A 11 N1 ? ? ? 1_555 A U 1100 N3 ? ? 2 A 11 2 U 1144 1_555 ? ? ? ? ? ? 'A-U PAIR' ? ? hydrog16 hydrog ? ? A C 14 O2 ? ? ? 1_555 A G 1097 N1 ? ? 2 C 14 2 G 1141 1_555 ? ? ? ? ? ? 'C-G PAIR' ? ? hydrog17 hydrog ? ? A U 15 O2 ? ? ? 1_555 A A 1095 N6 ? ? 2 U 15 2 A 1139 1_555 ? ? ? ? ? ? 'U-A PAIR' ? ? hydrog18 hydrog ? ? A G 16 N2 ? ? ? 1_555 A A 1094 N7 ? ? 2 G 16 2 A 1138 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_11_PAIR ? ? hydrog19 hydrog ? ? 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A A 26 N1 ? ? ? 1_555 A U 600 N3 ? ? 2 A 26 2 U 600 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog29 hydrog ? ? A A 26 N6 ? ? ? 1_555 A U 600 O4 ? ? 2 A 26 2 U 600 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog30 hydrog ? ? A U 27 N3 ? ? ? 1_555 A A 599 N1 ? ? 2 U 27 2 A 599 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog31 hydrog ? ? A U 27 O4 ? ? ? 1_555 A A 599 N6 ? ? 2 U 27 2 A 599 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog32 hydrog ? ? A A 28 N1 ? ? ? 1_555 A U 598 N3 ? ? 2 A 28 2 U 598 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog33 hydrog ? ? A A 28 N6 ? ? ? 1_555 A U 598 O4 ? ? 2 A 28 2 U 598 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog34 hydrog ? ? A U 29 N3 ? ? ? 1_555 A G 597 O6 ? ? 2 U 29 2 G 597 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? hydrog35 hydrog ? ? A U 29 O2 ? ? ? 1_555 A G 597 N1 ? ? 2 U 29 2 G 597 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? hydrog36 hydrog ? ? A G 30 N1 ? ? ? 1_555 A C 596 N3 ? ? 2 G 30 2 C 596 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog37 hydrog ? ? 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'U-G MISPAIR' ? ? hydrog261 hydrog ? ? A G 243 N1 ? ? ? 1_555 A C 250 N3 ? ? 2 G 243 2 C 250 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog262 hydrog ? ? A G 243 N2 ? ? ? 1_555 A C 250 O2 ? ? 2 G 243 2 C 250 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog263 hydrog ? ? A G 243 O6 ? ? ? 1_555 A C 250 N4 ? ? 2 G 243 2 C 250 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog264 hydrog ? ? A A 265 N1 ? ? ? 1_555 A U 289 N3 ? ? 2 A 265 2 U 289 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog265 hydrog ? ? A A 265 N6 ? ? ? 1_555 A U 289 O4 ? ? 2 A 265 2 U 289 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog266 hydrog ? ? A U 267 N3 ? ? ? 1_555 A A 288 N1 ? ? 2 U 267 2 A 288 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog267 hydrog ? ? A U 267 O4 ? ? ? 1_555 A A 288 N6 ? ? 2 U 267 2 A 288 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog268 hydrog ? ? A C 268 N3 ? ? ? 1_555 A G 287 N1 ? ? 2 C 268 2 G 287 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? hydrog269 hydrog ? ? A C 268 N4 ? ? ? 1_555 A G 287 O6 ? ? 2 C 268 2 G 287 1_555 ? ? ? ? ? ? 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WATSON-CRICK ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference covale ? ? hydrog ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 PHE 131 H . ? PHE 131 H PRO 132 H ? PRO 132 H 1 -5.17 2 ARG 28 V . ? ARG 28 W PRO 29 V ? PRO 29 W 1 -0.20 3 SER 76 V . ? SER 76 W PRO 77 V ? PRO 77 W 1 3.58 4 GLN 63 W . ? GLN 63 X PRO 64 W ? 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N1 2 C 339 ? ? "C1'" 2 C 339 ? ? 126.56 118.80 7.76 1.10 N 53 1 "C3'" 2 A 400 ? ? "O3'" 2 A 400 ? ? P 2 A 401 ? ? 127.49 119.70 7.79 1.20 Y 54 1 "O3'" 2 A 400 ? ? P 2 A 401 ? ? OP2 2 A 401 ? ? 118.34 110.50 7.84 1.10 Y 55 1 N1 2 C 414 ? ? C2 2 C 414 ? ? O2 2 C 414 ? ? 123.07 118.90 4.17 0.60 N 56 1 N3 2 G 418 ? ? C4 2 G 418 ? ? C5 2 G 418 ? ? 124.86 128.60 -3.74 0.50 N 57 1 N3 2 G 418 ? ? C4 2 G 418 ? ? N9 2 G 418 ? ? 131.49 126.00 5.49 0.60 N 58 1 C8 2 G 418 ? ? N9 2 G 418 ? ? "C1'" 2 G 418 ? ? 118.04 127.00 -8.96 1.30 N 59 1 C4 2 G 418 ? ? N9 2 G 418 ? ? "C1'" 2 G 418 ? ? 136.08 126.50 9.58 1.30 N 60 1 "C3'" 2 G 419 ? ? "O3'" 2 G 419 ? ? P 2 A2M 420 ? ? 43.21 119.70 -76.49 1.20 Y 61 1 "O3'" 2 G 419 ? ? P 2 A2M 420 ? ? OP2 2 A2M 420 ? ? 149.48 110.50 38.98 1.10 Y 62 1 "O3'" 2 G 419 ? ? P 2 A2M 420 ? ? OP1 2 A2M 420 ? ? 55.46 105.20 -49.74 2.20 Y 63 1 "C3'" 2 A2M 420 ? ? "O3'" 2 A2M 420 ? ? P 2 A 421 ? ? 44.63 119.70 -75.07 1.20 Y 64 1 "O3'" 2 A2M 420 ? ? P 2 A 421 ? ? OP2 2 A 421 ? ? 150.39 110.50 39.89 1.10 Y 65 1 "O3'" 2 A2M 420 ? ? P 2 A 421 ? ? OP1 2 A 421 ? ? 39.37 105.20 -65.83 2.20 Y 66 1 "C3'" 2 C 435 ? ? "O3'" 2 C 435 ? ? P 2 A2M 436 ? ? 145.59 119.70 25.89 1.20 Y 67 1 "O3'" 2 C 435 ? ? P 2 A2M 436 ? ? "O5'" 2 A2M 436 ? ? 72.09 104.00 -31.91 1.90 Y 68 1 "O3'" 2 C 435 ? ? P 2 A2M 436 ? ? OP2 2 A2M 436 ? ? 72.73 105.20 -32.47 2.20 Y 69 1 "O3'" 2 C 435 ? ? P 2 A2M 436 ? ? OP1 2 A2M 436 ? ? 164.11 110.50 53.61 1.10 Y 70 1 "C3'" 2 A2M 436 ? ? "O3'" 2 A2M 436 ? ? P 2 A 437 ? ? 84.23 119.70 -35.47 1.20 Y 71 1 "O3'" 2 A2M 436 ? ? P 2 A 437 ? ? "O5'" 2 A 437 ? ? 44.55 104.00 -59.45 1.90 Y 72 1 "O3'" 2 A2M 436 ? ? P 2 A 437 ? ? OP2 2 A 437 ? ? 64.87 105.20 -40.33 2.20 Y 73 1 "O3'" 2 A2M 436 ? ? P 2 A 437 ? ? OP1 2 A 437 ? ? 135.52 110.50 25.02 1.10 Y 74 1 N1 2 U 453 ? ? C2 2 U 453 ? ? O2 2 U 453 ? ? 128.96 122.80 6.16 0.70 N 75 1 N3 2 U 453 ? ? C2 2 U 453 ? ? O2 2 U 453 ? ? 116.26 122.20 -5.94 0.70 N 76 1 C5 2 U 476 ? ? C6 2 U 476 ? ? N1 2 U 476 ? ? 125.77 122.70 3.07 0.50 N 77 1 C2 2 C 484 ? ? N1 2 C 484 ? ? "C1'" 2 C 484 ? ? 126.95 118.80 8.15 1.10 N 78 1 C5 2 U 502 ? ? C6 2 U 502 ? ? N1 2 U 502 ? ? 125.92 122.70 3.22 0.50 N 79 1 N9 2 G 514 ? ? "C1'" 2 G 514 ? ? "C2'" 2 G 514 ? ? 105.39 112.00 -6.61 1.10 N 80 1 N3 2 U 517 ? ? C2 2 U 517 ? ? O2 2 U 517 ? ? 117.93 122.20 -4.27 0.70 N 81 1 N1 2 C 519 ? ? C2 2 C 519 ? ? O2 2 C 519 ? ? 123.43 118.90 4.53 0.60 N 82 1 N3 2 C 519 ? ? C2 2 C 519 ? ? O2 2 C 519 ? ? 116.69 121.90 -5.21 0.70 N 83 1 N1 2 C 531 ? ? C2 2 C 531 ? ? O2 2 C 531 ? ? 122.95 118.90 4.05 0.60 N 84 1 N1 2 U 532 ? ? C2 2 U 532 ? ? O2 2 U 532 ? ? 128.48 122.80 5.68 0.70 N 85 1 N3 2 U 532 ? ? C2 2 U 532 ? ? O2 2 U 532 ? ? 116.25 122.20 -5.95 0.70 N 86 1 "O3'" 2 A 542 ? ? P 2 C 543 ? ? OP1 2 C 543 ? ? 117.80 110.50 7.30 1.10 Y 87 1 "O5'" 2 C 543 ? ? P 2 C 543 ? ? OP1 2 C 543 ? ? 99.71 105.70 -5.99 0.90 N 88 1 N1 2 A 550 ? ? C2 2 A 550 ? ? N3 2 A 550 ? ? 132.39 129.30 3.09 0.50 N 89 1 N3 2 G 557 ? ? C4 2 G 557 ? ? C5 2 G 557 ? ? 125.56 128.60 -3.04 0.50 N 90 1 N1 2 U 558 ? ? C2 2 U 558 ? ? O2 2 U 558 ? ? 128.06 122.80 5.26 0.70 N 91 1 N3 2 U 558 ? ? C2 2 U 558 ? ? O2 2 U 558 ? ? 116.84 122.20 -5.36 0.70 N 92 1 C2 2 U 558 ? ? N1 2 U 558 ? ? "C1'" 2 U 558 ? ? 126.01 117.70 8.31 1.20 N 93 1 C5 2 C 566 ? ? C6 2 C 566 ? ? N1 2 C 566 ? ? 124.63 121.00 3.63 0.50 N 94 1 N1 2 C 575 ? ? C2 2 C 575 ? ? O2 2 C 575 ? ? 124.27 118.90 5.37 0.60 N 95 1 N3 2 C 575 ? ? C2 2 C 575 ? ? O2 2 C 575 ? ? 117.19 121.90 -4.71 0.70 N 96 1 C5 2 C 584 ? ? C6 2 C 584 ? ? N1 2 C 584 ? ? 124.24 121.00 3.24 0.50 N 97 1 C2 2 C 587 ? ? N1 2 C 587 ? ? "C1'" 2 C 587 ? ? 126.52 118.80 7.72 1.10 N 98 1 N1 2 C 614 ? ? C2 2 C 614 ? ? O2 2 C 614 ? ? 124.51 118.90 5.61 0.60 N 99 1 N3 2 C 614 ? ? C2 2 C 614 ? ? O2 2 C 614 ? ? 116.85 121.90 -5.05 0.70 N 100 1 C2 2 C 614 ? ? N1 2 C 614 ? ? "C1'" 2 C 614 ? ? 126.75 118.80 7.95 1.10 N 101 1 N1 2 U 626 ? ? C2 2 U 626 ? ? O2 2 U 626 ? ? 127.23 122.80 4.43 0.70 N 102 1 C2 2 U 626 ? ? N1 2 U 626 ? ? "C1'" 2 U 626 ? ? 125.14 117.70 7.44 1.20 N 103 1 N1 2 U 633 ? ? C2 2 U 633 ? ? O2 2 U 633 ? ? 127.51 122.80 4.71 0.70 N 104 1 N3 2 U 633 ? ? C2 2 U 633 ? ? O2 2 U 633 ? ? 117.62 122.20 -4.58 0.70 N 105 1 C2 2 U 633 ? ? N1 2 U 633 ? ? "C1'" 2 U 633 ? ? 124.96 117.70 7.26 1.20 N 106 1 N1 2 C 682 ? ? C2 2 C 682 ? ? O2 2 C 682 ? ? 123.12 118.90 4.22 0.60 N 107 1 N3 2 C 682 ? ? C2 2 C 682 ? ? O2 2 C 682 ? ? 117.54 121.90 -4.36 0.70 N 108 1 N1 2 C 686 ? ? C2 2 C 686 ? ? O2 2 C 686 ? ? 122.52 118.90 3.62 0.60 N 109 1 N3 2 G 702 ? ? C4 2 G 702 ? ? N9 2 G 702 ? ? 130.23 126.00 4.23 0.60 N 110 1 C6 2 G 702 ? ? C5 2 G 702 ? ? N7 2 G 702 ? ? 125.57 130.40 -4.83 0.60 N 111 1 N1 2 U 758 ? ? C2 2 U 758 ? ? O2 2 U 758 ? ? 129.31 122.80 6.51 0.70 N 112 1 N3 2 U 758 ? ? C2 2 U 758 ? ? O2 2 U 758 ? ? 115.87 122.20 -6.33 0.70 N 113 1 C2 2 U 758 ? ? N1 2 U 758 ? ? "C1'" 2 U 758 ? ? 128.70 117.70 11.00 1.20 N 114 1 "C3'" 2 U 795 ? ? "O3'" 2 U 795 ? ? P 2 A2M 796 ? ? 53.56 119.70 -66.14 1.20 Y 115 1 "O3'" 2 U 795 ? ? P 2 A2M 796 ? ? "O5'" 2 A2M 796 ? ? 15.81 104.00 -88.19 1.90 Y 116 1 "O3'" 2 U 795 ? ? P 2 A2M 796 ? ? OP2 2 A2M 796 ? ? 123.45 110.50 12.95 1.10 Y 117 1 "C3'" 2 A2M 796 ? ? "O3'" 2 A2M 796 ? ? P 2 G 797 ? ? 89.41 119.70 -30.29 1.20 Y 118 1 "O3'" 2 A2M 796 ? ? P 2 G 797 ? ? "O5'" 2 G 797 ? ? 118.27 104.00 14.27 1.90 Y 119 1 "O3'" 2 A2M 796 ? ? P 2 G 797 ? ? OP2 2 G 797 ? ? 27.51 105.20 -77.69 2.20 Y 120 1 "O4'" 2 G 819 ? ? "C1'" 2 G 819 ? ? N9 2 G 819 ? ? 113.00 108.50 4.50 0.70 N 121 1 "C3'" 2 G 819 ? ? "O3'" 2 G 819 ? ? P 2 U 820 ? ? 127.05 119.70 7.35 1.20 Y 122 1 "O3'" 2 G 819 ? ? P 2 U 820 ? ? OP2 2 U 820 ? ? 117.40 110.50 6.90 1.10 Y 123 1 N1 2 U 831 ? ? C2 2 U 831 ? ? O2 2 U 831 ? ? 127.40 122.80 4.60 0.70 N 124 1 N3 2 G 838 ? ? C4 2 G 838 ? ? N9 2 G 838 ? ? 129.79 126.00 3.79 0.60 N 125 1 "C3'" 2 A 862 ? ? "O3'" 2 A 862 ? ? P 2 A 863 ? ? 127.48 119.70 7.78 1.20 Y 126 1 N1 2 U 873 ? ? C2 2 U 873 ? ? O2 2 U 873 ? ? 127.83 122.80 5.03 0.70 N 127 1 N3 2 U 873 ? ? C2 2 U 873 ? ? O2 2 U 873 ? ? 117.70 122.20 -4.50 0.70 N 128 1 C2 2 U 873 ? ? N1 2 U 873 ? ? "C1'" 2 U 873 ? ? 126.23 117.70 8.53 1.20 N 129 1 C6 2 C 927 ? ? N1 2 C 927 ? ? C2 2 C 927 ? ? 117.71 120.30 -2.59 0.40 N 130 1 N7 2 A 929 ? ? C8 2 A 929 ? ? N9 2 A 929 ? ? 117.10 113.80 3.30 0.50 N 131 1 N3 2 C 931 ? ? C4 2 C 931 ? ? C5 2 C 931 ? ? 124.84 121.90 2.94 0.40 N 132 1 C5 2 C 931 ? ? C4 2 C 931 ? ? N4 2 C 931 ? ? 114.74 120.20 -5.46 0.70 N 133 1 N1 2 C 937 ? ? C2 2 C 937 ? ? O2 2 C 937 ? ? 122.77 118.90 3.87 0.60 N 134 1 N1 2 U 946 ? ? C2 2 U 946 ? ? O2 2 U 946 ? ? 127.50 122.80 4.70 0.70 N 135 1 N1 2 U 959 ? ? C2 2 U 959 ? ? O2 2 U 959 ? ? 128.30 122.80 5.50 0.70 N 136 1 N3 2 U 959 ? ? C2 2 U 959 ? ? O2 2 U 959 ? ? 116.42 122.20 -5.78 0.70 N 137 1 C6 2 U 959 ? ? N1 2 U 959 ? ? "C1'" 2 U 959 ? ? 112.79 121.20 -8.41 1.40 N 138 1 C2 2 U 959 ? ? N1 2 U 959 ? ? "C1'" 2 U 959 ? ? 129.77 117.70 12.07 1.20 N 139 1 N3 2 U 965 ? ? C2 2 U 965 ? ? O2 2 U 965 ? ? 117.90 122.20 -4.30 0.70 N 140 1 N3 2 U 981 ? ? C2 2 U 981 ? ? O2 2 U 981 ? ? 117.98 122.20 -4.22 0.70 N 141 1 "O4'" 2 C 1000 ? ? "C1'" 2 C 1000 ? ? N1 2 C 1000 ? ? 116.17 108.50 7.67 0.70 N 142 1 N1 2 U 1004 ? ? C2 2 U 1004 ? ? O2 2 U 1004 ? ? 130.45 122.80 7.65 0.70 N 143 1 N3 2 U 1004 ? ? C2 2 U 1004 ? ? O2 2 U 1004 ? ? 115.39 122.20 -6.81 0.70 N 144 1 C6 2 U 1004 ? ? N1 2 U 1004 ? ? "C1'" 2 U 1004 ? ? 110.50 121.20 -10.70 1.40 N 145 1 C2 2 U 1004 ? ? N1 2 U 1004 ? ? "C1'" 2 U 1004 ? ? 131.36 117.70 13.66 1.20 N 146 1 N1 2 C 1006 ? ? C2 2 C 1006 ? ? O2 2 C 1006 ? ? 123.80 118.90 4.90 0.60 N 147 1 N3 2 C 1006 ? ? C2 2 C 1006 ? ? O2 2 C 1006 ? ? 117.61 121.90 -4.29 0.70 N 148 1 C6 2 C 1006 ? ? N1 2 C 1006 ? ? "C1'" 2 C 1006 ? ? 112.99 120.80 -7.81 1.20 N 149 1 C2 2 C 1006 ? ? N1 2 C 1006 ? ? "C1'" 2 C 1006 ? ? 128.93 118.80 10.13 1.10 N 150 1 C6 2 C 1021 ? ? N1 2 C 1021 ? ? C2 2 C 1021 ? ? 117.43 120.30 -2.87 0.40 N 151 1 C5 2 C 1021 ? ? C6 2 C 1021 ? ? N1 2 C 1021 ? ? 124.64 121.00 3.64 0.50 N 152 1 N1 2 C 1021 ? ? C2 2 C 1021 ? ? O2 2 C 1021 ? ? 122.59 118.90 3.69 0.60 N 153 1 C6 2 C 1021 ? ? N1 2 C 1021 ? ? "C1'" 2 C 1021 ? ? 113.31 120.80 -7.49 1.20 N 154 1 C2 2 C 1021 ? ? N1 2 C 1021 ? ? "C1'" 2 C 1021 ? ? 129.12 118.80 10.32 1.10 N 155 1 "O4'" 2 A 1039 ? ? "C1'" 2 A 1039 ? ? N9 2 A 1039 ? ? 113.52 108.50 5.02 0.70 N 156 1 N3 2 G 1040 ? ? C4 2 G 1040 ? ? N9 2 G 1040 ? ? 121.95 126.00 -4.05 0.60 N 157 1 C6 2 G 1040 ? ? C5 2 G 1040 ? ? N7 2 G 1040 ? ? 134.15 130.40 3.75 0.60 N 158 1 C8 2 G 1040 ? ? N9 2 G 1040 ? ? "C1'" 2 G 1040 ? ? 134.92 127.00 7.92 1.30 N 159 1 C4 2 G 1040 ? ? N9 2 G 1040 ? ? "C1'" 2 G 1040 ? ? 118.39 126.50 -8.11 1.30 N 160 1 C6 2 U 1055 ? ? N1 2 U 1055 ? ? C2 2 U 1055 ? ? 115.72 121.00 -5.28 0.60 N 161 1 C5 2 U 1055 ? ? C6 2 U 1055 ? ? N1 2 U 1055 ? ? 127.59 122.70 4.89 0.50 N 162 1 N1 2 U 1055 ? ? C2 2 U 1055 ? ? O2 2 U 1055 ? ? 128.16 122.80 5.36 0.70 N 163 1 N3 2 U 1055 ? ? C2 2 U 1055 ? ? O2 2 U 1055 ? ? 116.10 122.20 -6.10 0.70 N 164 1 C6 2 U 1055 ? ? N1 2 U 1055 ? ? "C1'" 2 U 1055 ? ? 112.39 121.20 -8.81 1.40 N 165 1 C2 2 U 1055 ? ? N1 2 U 1055 ? ? "C1'" 2 U 1055 ? ? 131.84 117.70 14.14 1.20 N 166 1 C5 2 U 1056 ? ? C6 2 U 1056 ? ? N1 2 U 1056 ? ? 125.89 122.70 3.19 0.50 N 167 1 N1 2 U 1056 ? ? C2 2 U 1056 ? ? O2 2 U 1056 ? ? 127.50 122.80 4.70 0.70 N 168 1 N3 2 U 1056 ? ? C4 2 U 1056 ? ? O4 2 U 1056 ? ? 123.92 119.40 4.52 0.70 N 169 1 C6 2 U 1056 ? ? N1 2 U 1056 ? ? "C1'" 2 U 1056 ? ? 111.09 121.20 -10.11 1.40 N 170 1 C2 2 U 1056 ? ? N1 2 U 1056 ? ? "C1'" 2 U 1056 ? ? 130.61 117.70 12.91 1.20 N 171 1 N1 2 U 1059 ? ? C2 2 U 1059 ? ? O2 2 U 1059 ? ? 127.27 122.80 4.47 0.70 N 172 1 N3 2 U 1059 ? ? C2 2 U 1059 ? ? O2 2 U 1059 ? ? 117.91 122.20 -4.29 0.70 N 173 1 N1 2 C 1066 ? ? C2 2 C 1066 ? ? O2 2 C 1066 ? ? 122.63 118.90 3.73 0.60 N 174 1 N3 2 C 1066 ? ? C2 2 C 1066 ? ? O2 2 C 1066 ? ? 116.42 121.90 -5.48 0.70 N 175 1 "O4'" 2 C 1070 ? ? "C1'" 2 C 1070 ? ? N1 2 C 1070 ? ? 112.74 108.50 4.24 0.70 N 176 1 N3 2 C 1072 ? ? C2 2 C 1072 ? ? O2 2 C 1072 ? ? 117.67 121.90 -4.23 0.70 N 177 1 N1 2 C 1082 ? ? C2 2 C 1082 ? ? O2 2 C 1082 ? ? 124.81 118.90 5.91 0.60 N 178 1 N3 2 C 1082 ? ? C2 2 C 1082 ? ? O2 2 C 1082 ? ? 116.45 121.90 -5.45 0.70 N 179 1 C6 2 C 1082 ? ? N1 2 C 1082 ? ? "C1'" 2 C 1082 ? ? 112.47 120.80 -8.33 1.20 N 180 1 C2 2 C 1082 ? ? N1 2 C 1082 ? ? "C1'" 2 C 1082 ? ? 129.05 118.80 10.25 1.10 N 181 1 N3 2 G 1100 ? ? C4 2 G 1100 ? ? N9 2 G 1100 ? ? 130.00 126.00 4.00 0.60 N 182 1 C5 2 C 1148 ? ? C6 2 C 1148 ? ? N1 2 C 1148 ? ? 124.35 121.00 3.35 0.50 N 183 1 N1 2 C 1148 ? ? C2 2 C 1148 ? ? O2 2 C 1148 ? ? 123.21 118.90 4.31 0.60 N 184 1 C2 2 C 1148 ? ? N1 2 C 1148 ? ? "C1'" 2 C 1148 ? ? 126.60 118.80 7.80 1.10 N 185 1 C4 2 G 1153 ? ? C5 2 G 1153 ? ? N7 2 G 1153 ? ? 113.20 110.80 2.40 0.40 N 186 1 N3 2 G 1153 ? ? C4 2 G 1153 ? ? 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C2 2 C 1177 ? ? 117.81 120.30 -2.49 0.40 N 199 1 C5 2 U 1185 ? ? C6 2 U 1185 ? ? N1 2 U 1185 ? ? 125.70 122.70 3.00 0.50 N 200 1 N1 2 U 1185 ? ? C2 2 U 1185 ? ? O2 2 U 1185 ? ? 129.23 122.80 6.43 0.70 N 201 1 N3 2 U 1185 ? ? C2 2 U 1185 ? ? O2 2 U 1185 ? ? 115.94 122.20 -6.26 0.70 N 202 1 C6 2 U 1185 ? ? N1 2 U 1185 ? ? "C1'" 2 U 1185 ? ? 111.60 121.20 -9.60 1.40 N 203 1 C2 2 U 1185 ? ? N1 2 U 1185 ? ? "C1'" 2 U 1185 ? ? 130.58 117.70 12.88 1.20 N 204 1 C4 2 G 1201 ? ? C5 2 G 1201 ? ? N7 2 G 1201 ? ? 113.47 110.80 2.67 0.40 N 205 1 N1 2 G 1201 ? ? C6 2 G 1201 ? ? O6 2 G 1201 ? ? 123.87 119.90 3.97 0.60 N 206 1 C5 2 G 1201 ? ? C6 2 G 1201 ? ? O6 2 G 1201 ? ? 124.83 128.60 -3.77 0.60 N 207 1 C6 2 C 1220 ? ? N1 2 C 1220 ? ? C2 2 C 1220 ? ? 116.93 120.30 -3.37 0.40 N 208 1 C5 2 C 1220 ? ? C6 2 C 1220 ? ? N1 2 C 1220 ? ? 124.53 121.00 3.53 0.50 N 209 1 C4 2 G 1237 ? ? N9 2 G 1237 ? ? "C1'" 2 G 1237 ? ? 134.45 126.50 7.95 1.30 N 210 1 C6 2 C 1246 ? ? N1 2 C 1246 ? ? C2 2 C 1246 ? ? 117.41 120.30 -2.89 0.40 N 211 1 N1 2 C 1246 ? ? C2 2 C 1246 ? ? O2 2 C 1246 ? ? 124.66 118.90 5.76 0.60 N 212 1 N3 2 C 1246 ? ? C2 2 C 1246 ? ? O2 2 C 1246 ? ? 116.42 121.90 -5.48 0.70 N 213 1 C2 2 C 1246 ? ? N1 2 C 1246 ? ? "C1'" 2 C 1246 ? ? 127.18 118.80 8.38 1.10 N 214 1 C6 2 C 1252 ? ? N1 2 C 1252 ? ? C2 2 C 1252 ? ? 117.75 120.30 -2.55 0.40 N 215 1 N1 2 U 1253 ? ? C2 2 U 1253 ? ? O2 2 U 1253 ? ? 127.71 122.80 4.91 0.70 N 216 1 N3 2 U 1253 ? ? C2 2 U 1253 ? ? O2 2 U 1253 ? ? 117.70 122.20 -4.50 0.70 N 217 1 C2 2 U 1253 ? ? N1 2 U 1253 ? ? "C1'" 2 U 1253 ? ? 125.76 117.70 8.06 1.20 N 218 1 N1 2 U 1257 ? ? C2 2 U 1257 ? ? O2 2 U 1257 ? ? 127.39 122.80 4.59 0.70 N 219 1 N3 2 U 1257 ? ? C2 2 U 1257 ? ? O2 2 U 1257 ? ? 117.88 122.20 -4.32 0.70 N 220 1 C2 2 U 1257 ? ? N1 2 U 1257 ? ? "C1'" 2 U 1257 ? ? 126.36 117.70 8.66 1.20 N 221 1 N3 2 G 1271 ? ? C4 2 G 1271 ? ? N9 2 G 1271 ? ? 122.24 126.00 -3.76 0.60 N 222 1 C8 2 G 1271 ? ? N9 2 G 1271 ? ? 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EPU ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? ? ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? 'UCSF Chimera' ? ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 2.1 1 ? ? 10 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 2.1 1 ? ? 11 CLASSIFICATION ? RELION 2.1 1 ? ? 12 RECONSTRUCTION ? RELION 2.1 1 ? ? 13 'MODEL REFINEMENT' ? REFMAC ? ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 6Y7C 'double helix' 6Y7C 'a-form double helix' 6Y7C 'b-form double helix' 6Y7C 'z-form double helix' 6Y7C 'parallel strands' 6Y7C 'hairpin loop' 6Y7C tetraloop 6Y7C 'bulge loop' 6Y7C 'mismatched base pair' 6Y7C 'internal loop' 6Y7C 'triple helix' 6Y7C 'quadruple helix' 6Y7C 'three-way junction' 6Y7C 'four-way junction' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 A A 468 1_555 A U 32 1_555 -3.761 -1.412 -0.461 -2.682 -5.424 -96.478 1 2_A468:U32_2 2 468 ? 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