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;MAQILPIRFQEHLQLQNLGINPANIGFSTLTMESDKFICIREKVGEQAQVVIIDMNDPSNPIRRPISADSAIMNPASKVI ALKAGKTLQIFNIEMKSKMKAHTMTDDVTFWKWISLNTVALVTDNAVYHWSMEGESQPVKMFDRHSSLAGCQIINYRTDA KQKWLLLTGISAQQNRVVGAMQLYSVDRKVSQPIEGHAASFAQFKMEGNAEESTLFCFAVRGQAGGKLHIIEVGTPPTGN QPFPKKAVDVFFPPEAQNDFPVAMQISEKHDVVFLITKYGYIHLYDLETGTCIYMNRISGETIFVTAPHEATAGIIGVNR KGQVLSVCVEEENIIPYITNVLQNPDLALRMAVRNNLAGAEELFARKFNALFAQGNYSEAAKVAANAPKGILRTPDTIRR FQSVPAQPGQTSPLLQYFGILLDQGQLNKYESLELCRPVLQQGRKQLLEKWLKEDKLECSEELGDLVKSVDPTLALSVYL RANVPNKVIQCFAETGQVQKIVLYAKKVGYTPDWIFLLRNVMRISPDQGQQFAQMLVQDEEPLADITQIVDVFMEYNLIQ QCTAFLLDALKNNRPSEGPLQTRLLEMNLMHAPQVADAILGNQMFTHYDRAHIAQLCEKAGLLQRALEHFTDLYDIKRAV VHTHLLNPEWLVNYFGSLSVEDSLECLRAMLSANIRQNLQICVQVASKYHEQLSTQSLIELFESFKSFEGLFYFLGSIVN FSQDPDVHFKYIQAACKTGQIKEVERICRESNCYDPERVKNFLKEAKLTDQLPLIIVCDRFDFVHDLVLYLYRNNLQKYI EIYVQKVNPSRLPVVIGGLLDVDCSEDVIKNLILVVRGQFSTDELVAEVEKRNRLKLLLPWLEARIHEGCEEPATHNALA KIYIDSNNNPERFLRENPYYDSRVVGKYCEKRDPHLACVAYERGQCDLELINVCNENSLFKSLSRYLVRRKDPELWGSVL LESNPYRRPLIDQVVQTALSETQDPEEVSVTVKAFMTADLPNELIELLEKIVLDNSVFSEHRNLQNLLILTAIKADRTRV MEYINRLDNYDAPDIANIAISNELFEEAFAIFRKFDVNTSAVQVLIEHIGNLDRAYEFAERCNEPAVWSQLAKAQLQKGM VKEAIDSYIKADDPSSYMEVVQAANTSGNWEELVKYLQMARKKARESYVETELIFALAKTNRLAELEEFINGPNNAHIQQ VGDRCYDEKMYDAAKLLYNNVSNFGRLASTLVHLGEYQAAVDGARKANSTRTWKEVCFACVDGKEFRLAQMCGLHIVVHA DELEELINYYQDRGYFEELITMLEAALGLERAHMGMFTELAILYSKFKPQKMREHLELFWSRVNIPKVLRAAEQAHLWAE LVFLYDKYEEYDNAIITMMNHPTDAWKEGQFKDIITKVANVELYYRAIQFYLEFKPLLLNDLLMVLSPRLDHTRAVNYFS KVKQLPLVKPYLRSVQNHNNKSVNESLNNLFITEEDYQALRTSIDAYDNFDNISLAQRLEKHELIEFRRIAAYLFKGNNR WKQSVELCKKDSLYKDAMQYASESKDTELAEELLQWFLQEEKRECFGACLFTCYDLLRPDVVLETAWRHNIMDFAMPYFI QVMKEYLTKVDKLDASESLRKEEEQATETQ ; 1 4 UNP F1S398_PIG F1S398 ? 4 ;MADDFGFFSSSESGAPEVAEEDPAAAFLAQQESEIAGIENDEGFGAPAGSQAALAQPGPASGAGPEDMGTTVNGDVFQDA NGPADGYAAIAQADRLTQEPESIRKWREEQRKRLQELDAASKVTEQEWREKAKKDLEEWNQRQSEQVEKNKINNRIADKA FYQQPDADIIGYVASEEAFVKESKEETPGTEWEKVAQLCDFNPKSSKQCKDVSRLRSVLMSLKQTPLSR ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6YAI E 1 ? 1630 ? 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F1S398 1 ? 229 ? 1 229 # _struct_ref_seq_dif.align_id 3 _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code 6YAI _struct_ref_seq_dif.mon_id THR _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id C _struct_ref_seq_dif.seq_num 871 _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code ? _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name UNP _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code C0MHR2 _struct_ref_seq_dif.db_mon_id GLU _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num 871 _struct_ref_seq_dif.details conflict _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num 871 _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6YAI _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 6YAI _struct.title 'Clathrin with bound beta2 appendage of AP2' _struct.pdbx_descriptor 'Clathrin heavy chain, AP-2 complex subunit beta, Clathrin light chain' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6YAI _struct_keywords.text 'clathrin, clathrin adaptor, ap2, clathrin assembly, ENDOCYTOSIS' _struct_keywords.pdbx_keywords ENDOCYTOSIS # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 1 ? G N N 4 ? H N N 4 ? I N N 1 ? J N N 1 ? K N N 1 ? L N N 1 ? M N N 4 ? N N N 4 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 PRO A 253 ? GLN A 257 ? PRO E 253 GLN E 257 5 ? 5 HELX_P HELX_P2 AA2 ILE A 334 ? VAL A 341 ? ILE E 334 VAL E 341 1 ? 8 HELX_P HELX_P3 AA3 ASN A 344 ? ASN A 356 ? ASN E 344 ASN E 356 1 ? 13 HELX_P HELX_P4 AA4 ALA A 360 ? GLN A 374 ? ALA E 360 GLN E 374 1 ? 15 HELX_P HELX_P5 AA5 ASN A 376 ? ASN A 386 ? ASN E 376 ASN E 386 1 ? 11 HELX_P HELX_P6 AA6 ALA A 387 ? ILE A 391 ? ALA E 387 ILE E 391 5 ? 5 HELX_P HELX_P7 AA7 THR A 394 ? VAL A 404 ? THR E 394 VAL E 404 1 ? 11 HELX_P HELX_P8 AA8 SER A 412 ? GLN A 424 ? SER E 412 GLN E 424 1 ? 13 HELX_P HELX_P9 AA9 ASN A 428 ? GLN A 442 ? ASN E 428 GLN E 442 1 ? 15 HELX_P HELX_P10 AB1 ARG A 444 ? GLU A 454 ? ARG E 444 GLU E 454 1 ? 11 HELX_P HELX_P11 AB2 SER A 460 ? SER A 469 ? SER E 460 SER E 469 1 ? 10 HELX_P HELX_P12 AB3 ASP A 471 ? ASN A 483 ? ASP E 471 ASN E 483 1 ? 13 HELX_P HELX_P13 AB4 PRO A 485 ? PHE A 492 ? PRO E 485 PHE E 492 1 ? 8 HELX_P HELX_P14 AB5 GLN A 497 ? LYS A 507 ? GLN E 497 LYS E 507 1 ? 11 HELX_P HELX_P15 AB6 TYR A 510 ? VAL A 521 ? TYR E 510 VAL E 521 1 ? 12 HELX_P HELX_P16 AB7 GLN A 531 ? GLU A 540 ? GLN E 531 GLU E 540 1 ? 10 HELX_P HELX_P17 AB8 ASP A 545 ? TYR A 556 ? ASP E 545 TYR E 556 1 ? 12 HELX_P HELX_P18 AB9 LEU A 558 ? ASN A 572 ? LEU E 558 ASN E 572 1 ? 15 HELX_P HELX_P19 AC1 GLU A 577 ? ALA A 592 ? GLU E 577 ALA E 592 1 ? 16 HELX_P HELX_P20 AC2 ALA A 592 ? ASN A 602 ? ALA E 592 ASN E 602 1 ? 11 HELX_P HELX_P21 AC3 ASP A 609 ? GLY A 621 ? ASP E 609 GLY E 621 1 ? 13 HELX_P HELX_P22 AC4 LEU A 622 ? TYR A 634 ? LEU E 622 TYR E 634 1 ? 13 HELX_P HELX_P23 AC5 ASP A 635 ? LEU A 646 ? ASP E 635 LEU E 646 1 ? 12 HELX_P HELX_P24 AC6 GLU A 649 ? VAL A 660 ? GLU E 649 VAL E 660 1 ? 12 HELX_P HELX_P25 AC7 SER A 663 ? ARG A 676 ? SER E 663 ARG E 676 1 ? 14 HELX_P HELX_P26 AC8 LEU A 679 ? TYR A 689 ? LEU E 679 TYR E 689 1 ? 11 HELX_P HELX_P27 AC9 SER A 694 ? PHE A 705 ? SER E 694 PHE E 705 1 ? 12 HELX_P HELX_P28 AD1 SER A 707 ? PHE A 721 ? SER E 707 PHE E 721 1 ? 15 HELX_P HELX_P29 AD2 PRO B 12 ? ALA B 16 ? PRO F 716 ALA F 720 5 ? 5 HELX_P HELX_P30 AD3 PRO B 117 ? PHE B 122 ? PRO F 821 PHE F 826 5 ? 6 HELX_P HELX_P31 AD4 GLU B 129 ? ILE B 140 ? GLU F 833 ILE F 844 1 ? 12 HELX_P HELX_P32 AD5 PRO B 141 ? GLU B 145 ? 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ALA K 1595 GLN K 1625 1 ? 31 HELX_P HELX_P207 AW9 LEU K 928 ? ASN K 935 ? LEU L 928 ASN L 935 1 ? 8 HELX_P HELX_P208 AX1 PHE K 940 ? ARG K 950 ? PHE L 940 ARG L 950 1 ? 11 HELX_P HELX_P209 AX2 ASP K 952 ? LEU K 960 ? ASP L 952 LEU L 960 1 ? 9 HELX_P HELX_P210 AX3 TYR K 966 ? THR K 982 ? TYR L 966 THR L 982 1 ? 17 HELX_P HELX_P211 AX4 PRO K 985 ? THR K 997 ? PRO L 985 THR L 997 1 ? 13 HELX_P HELX_P212 AX5 LEU K 1004 ? ASP K 1014 ? LEU L 1004 ASP L 1014 1 ? 11 HELX_P HELX_P213 AX6 GLN K 1025 ? ASP K 1036 ? GLN L 1025 ASP L 1036 1 ? 12 HELX_P HELX_P214 AX7 THR K 1038 ? LEU K 1047 ? THR L 1038 LEU L 1047 1 ? 10 HELX_P HELX_P215 AX8 ASP K 1051 ? ASN K 1062 ? ASP L 1051 ASN L 1062 1 ? 12 HELX_P HELX_P216 AX9 PHE K 1065 ? PHE K 1075 ? PHE L 1065 PHE L 1075 1 ? 11 HELX_P HELX_P217 AY1 VAL K 1077 ? ILE K 1089 ? VAL L 1077 ILE L 1089 1 ? 13 HELX_P HELX_P218 AY2 ASN K 1091 ? CYS K 1102 ? ASN L 1091 CYS L 1102 1 ? 12 HELX_P HELX_P219 AY3 GLU K 1104 ? LYS K 1118 ? 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ALA E 198 PHE E 204 AA6 2 SER A 213 ? GLY A 222 ? SER E 213 GLY E 222 AA6 3 GLY A 225 ? GLU A 232 ? GLY E 225 GLU E 232 AA6 4 VAL A 248 ? VAL A 250 ? VAL E 248 VAL E 250 AA7 1 PRO A 261 ? ILE A 266 ? PRO E 261 ILE E 266 AA7 2 VAL A 272 ? THR A 277 ? VAL E 272 THR E 277 AA7 3 TYR A 281 ? ASP A 286 ? TYR E 281 ASP E 286 AA7 4 CYS A 292 ? ARG A 297 ? CYS E 292 ARG E 297 AA8 1 ALA B 8 ? LEU B 11 ? ALA F 712 LEU F 715 AA8 2 LEU B 19 ? ARG B 28 ? LEU F 723 ARG F 732 AA8 3 HIS B 31 ? ASN B 40 ? HIS F 735 ASN F 744 AA8 4 SER B 77 ? ASN B 85 ? SER F 781 ASN F 789 AA8 5 ILE B 61 ? PRO B 62 ? ILE F 765 PRO F 766 AA9 1 ALA B 50 ? PHE B 53 ? ALA F 754 PHE F 757 AA9 2 ASN B 98 ? LYS B 104 ? ASN F 802 LYS F 808 AA9 3 VAL B 109 ? LEU B 115 ? VAL F 813 LEU F 819 AB1 1 LEU B 146 ? ILE B 150 ? LEU F 850 ILE F 854 AB1 2 TYR B 208 ? CYS B 214 ? TYR F 912 CYS F 918 AB1 3 TRP B 194 ? ILE B 201 ? TRP F 898 ILE F 905 AB1 4 GLN B 180 ? LYS B 188 ? GLN F 884 LYS F 892 AB1 5 TYR B 170 ? VAL B 177 ? 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'Homo sapiens' ? ? # _em_entity_assembly_recombinant.id 1 _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 3 _em_entity_assembly_recombinant.cell ? _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 866768 _em_entity_assembly_recombinant.organism ;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ; _em_entity_assembly_recombinant.plasmid ? _em_entity_assembly_recombinant.strain ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details 'The images were low pass filtered according to the cumulative radiation dose.' # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 3.2 _em_image_recording.average_exposure_time 0.2 _em_image_recording.details 'The images were collected in movie mode at 10 frames per second' _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 2 _em_image_recording.num_real_images ? # _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_name 'GIF Quantum LS' _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width 20 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'VOLUME SELECTION' ? TOM ? 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? SerialEM 3.6 ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? NOVACTF 1.0 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? MDFF 1.7 ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 10 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? TOM ? 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? AV3 ? 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? PEET ? 1 ? ? 13 CLASSIFICATION ? Dynamo ? 1 ? ? 14 RECONSTRUCTION ? TOM ? 1 ? ? 15 RECONSTRUCTION ? AV3 ? 1 ? ? 16 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX ? ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.7 _em_specimen.details 'The sample (in vitro budding reaction) contained AP2, clathrin and 400 nm extruded liposomes' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _em_volume_selection.id 1 _em_volume_selection.details ;To define initial positions of subtomograms, centres and radii of coated vesicles, buds were manually marked in bin4 tomograms. These measurements were used to define spheres. Subtomogram positions were then defined on the surface of these spheres with uniform sampling. The orientations were calculated to be normal to the surfaces of the spheres with random in-plane rotation. ; _em_volume_selection.image_processing_id 1 _em_volume_selection.method 'geometrically defined initial positions' _em_volume_selection.num_tomograms 58121 _em_volume_selection.num_volumes_extracted 198871 _em_volume_selection.reference_model reference-free # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Wellcome Trust' 'United Kingdom' 207455/Z/17/Z 1 'Medical Research Council (MRC, United Kingdom)' 'United Kingdom' MC_UP_1201/16 2 # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'equilibrium centrifugation' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'liposome pull-down assay was used to confirm the assembly.' #