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B HIS 69 ND1 9 1 Y 1 F HIS 773 ? CE1 ? B HIS 69 CE1 10 1 Y 1 F HIS 773 ? NE2 ? B HIS 69 NE2 11 1 Y 1 F GLU 828 ? CD ? B GLU 124 CD 12 1 Y 1 F GLU 828 ? OE1 ? B GLU 124 OE1 13 1 Y 1 F GLU 828 ? OE2 ? B GLU 124 OE2 14 1 Y 1 F GLU 847 ? OE1 ? B GLU 143 OE1 15 1 Y 1 B LEU 939 ? CG ? F LEU 939 CG 16 1 Y 1 B LEU 939 ? CD1 ? F LEU 939 CD1 17 1 Y 1 B LEU 939 ? CD2 ? F LEU 939 CD2 18 1 Y 1 B THR 982 ? OG1 ? F THR 982 OG1 19 1 Y 1 B THR 982 ? CG2 ? F THR 982 CG2 20 1 Y 1 D ASP 166 ? CG ? G ASP 166 CG 21 1 Y 1 D ASP 166 ? OD1 ? G ASP 166 OD1 22 1 Y 1 D ASP 166 ? OD2 ? G ASP 166 OD2 23 1 Y 1 L LEU 939 ? CG ? K LEU 939 CG 24 1 Y 1 L LEU 939 ? CD1 ? K LEU 939 CD1 25 1 Y 1 L LEU 939 ? CD2 ? K LEU 939 CD2 26 1 Y 1 L THR 982 ? OG1 ? K THR 982 OG1 27 1 Y 1 L THR 982 ? CG2 ? K THR 982 CG2 28 1 Y 1 I ASP 166 ? CG ? M ASP 166 CG 29 1 Y 1 I ASP 166 ? OD1 ? M ASP 166 OD1 30 1 Y 1 I ASP 166 ? OD2 ? M ASP 166 OD2 31 1 Y 1 N ASP 166 ? CG ? N ASP 166 CG 32 1 Y 1 N ASP 166 ? OD1 ? N ASP 166 OD1 33 1 Y 1 N ASP 166 ? OD2 ? N ASP 166 OD2 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6YAI _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 6YAI _struct.title 'Clathrin with bound beta2 appendage of AP2' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6YAI _struct_keywords.text 'clathrin, clathrin adaptor, ap2, clathrin assembly, ENDOCYTOSIS' _struct_keywords.pdbx_keywords ENDOCYTOSIS # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 1 ? G N N 4 ? H N N 4 ? I N N 1 ? J N N 1 ? K N N 1 ? L N N 1 ? M N N 4 ? N N N 4 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP C0MHR2_PIG C0MHR2 ? 1 ;MAQILPIRFQEHLQLQNLGINPANIGFSTLTMESDKFICIREKVGEQAQVVIIDMNDPSNPIRRPISADSAIMNPASKVI ALKAGKTLQIFNIEMKSKMKAHTMTDDVTFWKWISLNTVALVTDNAVYHWSMEGESQPVKMFDRHSSLAGCQIINYRTDA KQKWLLLTGISAQQNRVVGAMQLYSVDRKVSQPIEGHAASFAQFKMEGNAEESTLFCFAVRGQAGGKLHIIEVGTPPTGN QPFPKKAVDVFFPPEAQNDFPVAMQISEKHDVVFLITKYGYIHLYDLETGTCIYMNRISGETIFVTAPHEATAGIIGVNR KGQVLSVCVEEENIIPYITNVLQNPDLALRMAVRNNLAGAEELFARKFNALFAQGNYSEAAKVAANAPKGILRTPDTIRR FQSVPAQPGQTSPLLQYFGILLDQGQLNKYESLELCRPVLQQGRKQLLEKWLKEDKLECSEELGDLVKSVDPTLALSVYL RANVPNKVIQCFAETGQVQKIVLYAKKVGYTPDWIFLLRNVMRISPDQGQQFAQMLVQDEEPLADITQIVDVFMEYNLIQ QCTAFLLDALKNNRPSEGPLQTRLLEMNLMHAPQVADAILGNQMFTHYDRAHIAQLCEKAGLLQRALEHFTDLYDIKRAV VHTHLLNPEWLVNYFGSLSVEDSLECLRAMLSANIRQNLQICVQVASKYHEQLSTQSLIELFESFKSFEGLFYFLGSIVN FSQDPDVHFKYIQAACKTGQIKEVERICRESNCYDPERVKNFLKEAKLTDQLPLIIVCDRFDFVHDLVLYLYRNNLQKYI EIYVQKVNPSRLPVVIGGLLDVDCSEDVIKNLILVVRGQFSTDELVAEVEKRNRLKLLLPWLEARIHEGCEEPATHNALA KIYIDSNNNPERFLRENPYYDSRVVGKYCEKRDPHLACVAYERGQCDLELINVCNENSLFKSLSRYLVRRKDPELWGSVL LESNPYRRPLIDQVVQTALSETQDPEEVSVTVKAFMTADLPNELIELLEKIVLDNSVFSEHRNLQNLLILTAIKADRTRV MEYINRLDNYDAPDIANIAISNELFEEAFAIFRKFDVNTSAVQVLIEHIGNLDRAYEFAERCNEPAVWSQLAKAQLQKGM VKEAIDSYIKADDPSSYMEVVQAANTSGNWEELVKYLQMARKKARESYVETELIFALAKTNRLAELEEFINGPNNAHIQQ VGDRCYDEKMYDAAKLLYNNVSNFGRLASTLVHLGEYQAAVDGARKANSTRTWKEVCFACVDGKEFRLAQMCGLHIVVHA DELEELINYYQDRGYFEELITMLEAALGLERAHMGMFTELAILYSKFKPQKMREHLELFWSRVNIPKVLRAAEQAHLWAE LVFLYDKYEEYDNAIITMMNHPTDAWKEGQFKDIITKVANVELYYRAIQFYLEFKPLLLNDLLMVLSPRLDHTRAVNYFS KVKQLPLVKPYLRSVQNHNNKSVNESLNNLFITEEDYQALRTSIDAYDNFDNISLAQRLEKHELIEFRRIAAYLFKGNNR WKQSVELCKKDSLYKDAMQYASESKDTELAEELLQWFLQEEKRECFGACLFTCYDLLRPDVVLETAWRHNIMDFAMPYFI QVMKEYLTKVDKLDASESLRKEEEQATETQ ; 1 2 UNP AP2B1_HUMAN P63010 P63010-2 2 ;GGYVAPKAVWLPAVKAKGLEISGTFTHRQGHIYMEMNFTNKALQHMTDFAIQFNKNSFGVIPSTPLAIHTPLMPNQSIDV SLPLNTLGPVMKMEPLNNLQVAVKNNIDVFYFSCLIPLNVLFVEDGKMERQVFLATWKDIPNENELQFQIKECHLNADTV SSKLQNNNVYTIAKRNVEGQDMLYQSLKLTNGIWILAELRIQPGNPNYTLSLKCRAPEVSQYIYQVYDSILKN ; 719 3 UNP C0MHR2_PIG C0MHR2 ? 3 ;MAQILPIRFQEHLQLQNLGINPANIGFSTLTMESDKFICIREKVGEQAQVVIIDMNDPSNPIRRPISADSAIMNPASKVI ALKAGKTLQIFNIEMKSKMKAHTMTDDVTFWKWISLNTVALVTDNAVYHWSMEGESQPVKMFDRHSSLAGCQIINYRTDA KQKWLLLTGISAQQNRVVGAMQLYSVDRKVSQPIEGHAASFAQFKMEGNAEESTLFCFAVRGQAGGKLHIIEVGTPPTGN QPFPKKAVDVFFPPEAQNDFPVAMQISEKHDVVFLITKYGYIHLYDLETGTCIYMNRISGETIFVTAPHEATAGIIGVNR KGQVLSVCVEEENIIPYITNVLQNPDLALRMAVRNNLAGAEELFARKFNALFAQGNYSEAAKVAANAPKGILRTPDTIRR FQSVPAQPGQTSPLLQYFGILLDQGQLNKYESLELCRPVLQQGRKQLLEKWLKEDKLECSEELGDLVKSVDPTLALSVYL RANVPNKVIQCFAETGQVQKIVLYAKKVGYTPDWIFLLRNVMRISPDQGQQFAQMLVQDEEPLADITQIVDVFMEYNLIQ QCTAFLLDALKNNRPSEGPLQTRLLEMNLMHAPQVADAILGNQMFTHYDRAHIAQLCEKAGLLQRALEHFTDLYDIKRAV VHTHLLNPEWLVNYFGSLSVEDSLECLRAMLSANIRQNLQICVQVASKYHEQLSTQSLIELFESFKSFEGLFYFLGSIVN FSQDPDVHFKYIQAACKTGQIKEVERICRESNCYDPERVKNFLKEAKLTDQLPLIIVCDRFDFVHDLVLYLYRNNLQKYI EIYVQKVNPSRLPVVIGGLLDVDCSEDVIKNLILVVRGQFSTDELVAEVEKRNRLKLLLPWLEARIHEGCEEPATHNALA KIYIDSNNNPERFLRENPYYDSRVVGKYCEKRDPHLACVAYERGQCDLELINVCNENSLFKSLSRYLVRRKDPELWGSVL LESNPYRRPLIDQVVQTALSETQDPEEVSVTVKAFMTADLPNELIELLEKIVLDNSVFSEHRNLQNLLILTAIKADRTRV MEYINRLDNYDAPDIANIAISNELFEEAFAIFRKFDVNTSAVQVLIEHIGNLDRAYEFAERCNEPAVWSQLAKAQLQKGM VKEAIDSYIKADDPSSYMEVVQAANTSGNWEELVKYLQMARKKARESYVETELIFALAKTNRLAELEEFINGPNNAHIQQ VGDRCYDEKMYDAAKLLYNNVSNFGRLASTLVHLGEYQAAVDGARKANSTRTWKEVCFACVDGKEFRLAQMCGLHIVVHA DELEELINYYQDRGYFEELITMLEAALGLERAHMGMFTELAILYSKFKPQKMREHLELFWSRVNIPKVLRAAEQAHLWAE LVFLYDKYEEYDNAIITMMNHPTDAWKEGQFKDIITKVANVELYYRAIQFYLEFKPLLLNDLLMVLSPRLDHTRAVNYFS KVKQLPLVKPYLRSVQNHNNKSVNESLNNLFITEEDYQALRTSIDAYDNFDNISLAQRLEKHELIEFRRIAAYLFKGNNR WKQSVELCKKDSLYKDAMQYASESKDTELAEELLQWFLQEEKRECFGACLFTCYDLLRPDVVLETAWRHNIMDFAMPYFI QVMKEYLTKVDKLDASESLRKEEEQATETQ ; 1 4 UNP F1S398_PIG F1S398 ? 4 ;MADDFGFFSSSESGAPEVAEEDPAAAFLAQQESEIAGIENDEGFGAPAGSQAALAQPGPASGAGPEDMGTTVNGDVFQDA NGPADGYAAIAQADRLTQEPESIRKWREEQRKRLQELDAASKVTEQEWREKAKKDLEEWNQRQSEQVEKNKINNRIADKA FYQQPDADIIGYVASEEAFVKESKEETPGTEWEKVAQLCDFNPKSSKQCKDVSRLRSVLMSLKQTPLSR ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6YAI E 1 ? 1630 ? C0MHR2 1 ? 1630 ? 1 1630 2 2 6YAI F 1 ? 233 ? P63010 719 ? 951 ? 705 937 3 3 6YAI C 1 ? 1630 ? C0MHR2 1 ? 1630 ? 1 1630 4 1 6YAI M 1 ? 1630 ? C0MHR2 1 ? 1630 ? 1 1630 5 1 6YAI A 1 ? 1630 ? C0MHR2 1 ? 1630 ? 1 1630 6 1 6YAI B 1 ? 1630 ? C0MHR2 1 ? 1630 ? 1 1630 7 4 6YAI D 1 ? 229 ? F1S398 1 ? 229 ? 1 229 8 4 6YAI O 1 ? 229 ? F1S398 1 ? 229 ? 1 229 9 1 6YAI J 1 ? 1630 ? C0MHR2 1 ? 1630 ? 1 1630 10 1 6YAI K 1 ? 1630 ? C0MHR2 1 ? 1630 ? 1 1630 11 1 6YAI L 1 ? 1630 ? C0MHR2 1 ? 1630 ? 1 1630 12 1 6YAI H 1 ? 1630 ? C0MHR2 1 ? 1630 ? 1 1630 13 4 6YAI I 1 ? 229 ? F1S398 1 ? 229 ? 1 229 14 4 6YAI N 1 ? 229 ? F1S398 1 ? 229 ? 1 229 # _struct_ref_seq_dif.align_id 3 _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code 6YAI _struct_ref_seq_dif.mon_id THR _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id C _struct_ref_seq_dif.seq_num 871 _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code ? _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name UNP _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code C0MHR2 _struct_ref_seq_dif.db_mon_id GLU _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num 871 _struct_ref_seq_dif.details conflict _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num 871 _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetradecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 14 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 20400 ? 1 MORE -89 ? 1 'SSA (A^2)' 228130 ? # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'equilibrium centrifugation' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'liposome pull-down assay was used to confirm the assembly.' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 PRO A 253 ? 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The AP2 adaptor lacked hinge and appendage regions in its alpha subunit. ; 'Clathrin/AP2 coat assembled on membrane.' 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sing N N 346 TYR CD2 CE2 doub Y N 347 TYR CD2 HD2 sing N N 348 TYR CE1 CZ doub Y N 349 TYR CE1 HE1 sing N N 350 TYR CE2 CZ sing Y N 351 TYR CE2 HE2 sing N N 352 TYR CZ OH sing N N 353 TYR OH HH sing N N 354 TYR OXT HXT sing N N 355 VAL N CA sing N N 356 VAL N H sing N N 357 VAL N H2 sing N N 358 VAL CA C sing N N 359 VAL CA CB sing N N 360 VAL CA HA sing N N 361 VAL C O doub N N 362 VAL C OXT sing N N 363 VAL CB CG1 sing N N 364 VAL CB CG2 sing N N 365 VAL CB HB sing N N 366 VAL CG1 HG11 sing N N 367 VAL CG1 HG12 sing N N 368 VAL CG1 HG13 sing N N 369 VAL CG2 HG21 sing N N 370 VAL CG2 HG22 sing N N 371 VAL CG2 HG23 sing N N 372 VAL OXT HXT sing N N 373 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 10 mM ? 'Hepes KOH' 1 2 120 mM ? 'Potassium Acetate' 1 3 2 mM ? 'Magnesium chloride' 1 4 5 mM ? 2-Mercaptoethanol # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details 'CTF correction in novaCTF with by multiplication' # loop_ _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id _em_entity_assembly_molwt.id _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag _em_entity_assembly_molwt.units _em_entity_assembly_molwt.value 1 1 NO MEGADALTONS ? 1 2 NO MEGADALTONS ? 1 3 NO MEGADALTONS ? # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_naturalsource.organ _em_entity_assembly_naturalsource.organelle _em_entity_assembly_naturalsource.organism _em_entity_assembly_naturalsource.strain _em_entity_assembly_naturalsource.tissue 1 2 ? ? 9823 brain ? 'Sus scrofa' ? ? 2 3 ? ? 9606 ? ? 'Homo sapiens' ? ? # _em_entity_assembly_recombinant.id 1 _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 3 _em_entity_assembly_recombinant.cell ? _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 866768 _em_entity_assembly_recombinant.organism ;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ; _em_entity_assembly_recombinant.plasmid ? _em_entity_assembly_recombinant.strain ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details 'The images were low pass filtered according to the cumulative radiation dose.' # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 3.2 _em_image_recording.average_exposure_time 0.2 _em_image_recording.details 'The images were collected in movie mode at 10 frames per second' _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 2 _em_image_recording.num_real_images ? # _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_name 'GIF Quantum LS' _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width 20 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'VOLUME SELECTION' ? TOM ? 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? SerialEM 3.6 ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? NOVACTF 1.0 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? MDFF 1.7 ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 10 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? TOM ? 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? AV3 ? 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? PEET ? 1 ? ? 13 CLASSIFICATION ? Dynamo ? 1 ? ? 14 RECONSTRUCTION ? TOM ? 1 ? ? 15 RECONSTRUCTION ? AV3 ? 1 ? ? 16 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX ? ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.7 _em_specimen.details 'The sample (in vitro budding reaction) contained AP2, clathrin and 400 nm extruded liposomes' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _em_volume_selection.id 1 _em_volume_selection.details ;To define initial positions of subtomograms, centres and radii of coated vesicles, buds were manually marked in bin4 tomograms. These measurements were used to define spheres. Subtomogram positions were then defined on the surface of these spheres with uniform sampling. The orientations were calculated to be normal to the surfaces of the spheres with random in-plane rotation. ; _em_volume_selection.image_processing_id 1 _em_volume_selection.method 'geometrically defined initial positions' _em_volume_selection.num_tomograms 58121 _em_volume_selection.num_volumes_extracted 198871 _em_volume_selection.reference_model reference-free # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Wellcome Trust' 'United Kingdom' 207455/Z/17/Z 1 'Medical Research Council (MRC, United Kingdom)' 'United Kingdom' MC_UP_1201/16 2 # loop_ _pdbx_initial_refinement_model.id _pdbx_initial_refinement_model.type _pdbx_initial_refinement_model.source_name _pdbx_initial_refinement_model.accession_code 1 'experimental model' PDB 1XI4 2 'experimental model' PDB 6SCT 3 'experimental model' PDB 1E42 # _atom_sites.entry_id 6YAI _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[1] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[2] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[3] ? _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 _atom_sites.solution_primary ? _atom_sites.solution_secondary ? _atom_sites.solution_hydrogens ? _atom_sites.special_details ? # loop_ _atom_type.symbol C N O S # loop_