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;MSEKTVRTLTGKVVSDKMDKSIVVLIERRVQHPLYGKSIRRSTKLHAHDENNVAKIGDVVTIKESRPISKTKAWTLVEVV EAAAE ; ;MSEKTVRTLTGKVVSDKMDKSIVVLIERRVQHPLYGKSIRRSTKLHAHDENNVAKIGDVVTIKESRPISKTKAWTLVEVV EAAAE ; r ? 12 'polypeptide(L)' no no MARFYRRRKFCRFTAENVAYIDYKDIDTLKQYITENGKIVPSRITGTKARYQRQLALAIKQARYLSLIPYTDNHK MARFYRRRKFCRFTAENVAYIDYKDIDTLKQYITENGKIVPSRITGTKARYQRQLALAIKQARYLSLIPYTDNHK s ? 13 'polypeptide(L)' no no ;MANSAQAKKRARQNVKARKHNASLRSMVRTYIKRTLSAIAGGDYAVATEAYKKAVPVIDRMADKGIIHKNKAARHKSRLN AQVKALAN ; ;MANSAQAKKRARQNVKARKHNASLRSMVRTYIKRTLSAIAGGDYAVATEAYKKAVPVIDRMADKGIIHKNKAARHKSRLN AQVKALAN ; u ? 14 'polypeptide(L)' no no MPQVKLKEGEPVDVAIRRFKRSCEKAGVLADVRKREFYEKPTQERKRKKAAAVKRYQKKLARESVRTTRLY MPQVKLKEGEPVDVAIRRFKRSCEKAGVLADVRKREFYEKPTQERKRKKAAAVKRYQKKLARESVRTTRLY v ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 U n 1 2 U n 1 3 U n 1 4 A n 1 5 A n 1 6 C n 1 7 U n 1 8 G n 1 9 A n 1 10 A n 1 11 G n 1 12 A n 1 13 G n 1 14 U n 1 15 U n 1 16 U n 1 17 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'Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81)' 575584 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 7 1 sample 1 128 ? 'Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81)' 575584 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 8 1 sample 1 124 ? 'Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81)' 575584 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 9 1 sample 1 89 ? 'Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81)' 575584 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 10 1 sample 1 83 ? 'Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81)' 575584 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 11 1 sample 1 85 ? 'Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81)' 575584 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 12 1 sample 1 75 ? 'Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81)' 575584 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 13 1 sample 1 88 ? 'Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81)' 575584 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 14 1 sample 1 71 ? 'Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81)' 575584 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 GB CP009534.1 692328596 ? 1 ;UUUAACUGAAGAGUUUGAUCAUGGCUCAGAUUGAACGCUGGCGGCAGGCUUAACACAUGCAAGUCGAGCGGGGGAAGGUA GCUUGCUACCGGACCUAGCGGCGGACGGGUGAGUAAUGCUUAGGAAUCUGCCUAUUAGUGGGGGACAACAUCUCGAAAGG GAUGCUAAUACCGCAUACGUCCUACGGGAGAAAGCAGGGGAUCUUCGGACCUUGCGCUAAUAGAUGAGCCUAAGUCGGAU UAGCUAGUUGGUGGGGUAAAGGCCUACCAAGGCGACGAUCUGUAGCGGGUCUGAGAGGAUGAUCCGCCACACUGGGACUG AGACACGGCCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUAUUGGACAAUGGGGGGAACCCUGAUCCAGCCAUGCCGCG UGUGUGAAGAAGGCCUUAUGGUUGUAAAGCACUUUAAGCGAGGAGGAGGCUACUUUAGUUAAUACCUAGAGAUAGUGGAC GUUACUCGCAGAAUAAGCACCGGCUAACUCUGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACAGAGGGUGCGAGCGUUAAUCGGAUUUA CUGGGCGUAAAGCGUGCGUAGGCGGCUUAUUAAGUCGGAUGUGAAAUCCCCGAGCUUAACUUGGGAAUUGCAUUCGAUAC UGGUGAGCUAGAGUAUGGGAGAGGAUGGUAGAAUUCCAGGUGUAGCGGUGAAAUGCGUAGAGAUCUGGAGGAAUACCGAU GGCGAAGGCAGCCAUCUGGCCUAAUACUGACGCUGAGGUACGAAAGCAUGGGGAGCAAACAGGAUUAGAUACCCUGGUAG UCCAUGCCGUAAACGAUGUCUACUAGCCGUUGGGGCCUUUGAGGCUUUAGUGGCGCAGCUAACGCGAUAAGUAGACCGCC UGGGGAGUACGGUCGCAAGACUAAAACUCAAAUGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCG AUGCAACGCGAAGAACCUUACCUGGCCUUGACAUACUAGAAACUUUCCAGAGAUGGAUUGGUGCCUUCGGGAAUCUAGAU ACAGGUGCUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUUUUCCUUA CUUGCCAGCAUUUCGGAUGGGAACUUUAAGGAUACUGCCAGUGACAAACUGGAGGAAGGCGGGGACGACGUCAAGUCAUC AUGGCCCUUACGGCCAGGGCUACACACGUGCUACAAUGGUCGGUACAAAGGGUUGCUACACAGCGAUGUGAUGCUAAUCU CAAAAAGCCGAUCGUAGUCCGGAUUGGAGUCUGCAACUCGACUCCAUGAAGUCGGAAUCGCUAGUAAUCGCGGAUCAGAA UGCCGCGGUGAAUACGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACACCAUGGGAGUUUGUUGCACCAGAAGUAGCUAGC CUAACUGCAAAGAGGGCGGUUACCACGGUGUGGCCGAUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAGGGGAACCUG CGGCUGGAUCACCUCCUUAACGAA ; 50417 2 UNP D0CC74_ACIB2 D0CC74 ? 2 ;MADYNVSMRDLLQAGAHFGHQTRFWNPKMRQYIFGARNKIHIINLEHTVPALNDALNFANQLASKKNKVLFVGTKRAASN IIREQAQRAGQPYVDHRWLGGMLTNWKTLRQSINRLKDLQTQSQDGTFAKLTKREALERTREMEKLERSLGGVKNMGGLP DALFVIDVDHEAIAIKEAKNLGIPVIGIVDTNSNPDNVDYVIPGNDDAIRAVTLYASAMADAILAGKEYAQSQANAQAKG DDAAKDASEA ; 1 3 UNP D0CD21_ACIB2 D0CD21 ? 3 ;MARYIGPKCKLSRREGTDLQLKSGVKPFDVKTKKANKAPGQHGQARGGKQSEYSLQLREKQKVRRIYGVLERQFSNYYKE AARVKGATGENLLKLLESRLDNVVYRMGFGSTRAEARQLVSHRSITLNGRRVNIASIQVKAGDVIAVHEGAKQQLRIKNA IELAAQRGIPAWIEVDHSKLEGTFKAAPDRSDLPAEINESLIVELYSK ; 1 4 UNP D0CD14_ACIB2 D0CD14 ? 4 ;MAKVEQNEGLVEKLVAVDRVAKVVKGGRIFSFTALTVVGDGNGRVGFGRGKAREVPAAISKALEAARRNMITVDLAGTTL QHPVNARHGASRVYMQPASEGTGVIAGGAMRAVLEAAGVHNVLAKCYGSTNAANVVNATFKGLRDMTSPEKVAAKRGKSV EEIQG ; 1 5 UNP D0C5Z0_ACIB2 D0C5Z0 ? 5 ;MRHYEIVLLVHPDQSDQVVGMVERYISQIKEADGQIHRLEDWGRRQLAYPINKIHKAHYILMNVECGQSTLDELEELFRY NDAIIRNLIIRREHAITEESLLAKSAEEKRARKAQREEAQQVAQEAE ; 1 6 UNP D0CD11_ACIB2 D0CD11 ? 6 ;MSMQDTVADMLTRVRNAQMAKKQTVSMPSSKLKVAIANVLQQEGYISNVEVAQEETKSTLTITLKYFEGKPVIEMVKRVS RPGLRQYRGKDKLPSVKQGLGIAIVSTSKGIMTDRAARAAGIGGEVIAFVS ; 1 7 UNP D0CD20_ACIB2 D0CD20 ? 7 ;MAKDTRTRKKVTRTVSEGVAHIHASFNNTIVTITDRQGNALAWATSGGQGFRGSRKSTPFAAQVAAEVAGKAALDYGLKN LDVLVKGPGPGRESAVRALGAVGYKINSITDVTPIPHNGCRPPKKRRV ; 1 8 UNP D0C9P6_ACIB2 D0C9P6 ? 8 ;MATTNQLIRKGRTTLVEKSKVPALKACPQRRGVCTRVYTTTPKKPNSAMRKVCRVRLTSGFEVSSYIGGEGHNLQEHSVV LIRGGRVKDLPGVRYHTVRGSLDCAGVKDRNQSRSKYGAKRPKK ; 1 9 UNP D0CAU9_ACIB2 D0CAU9 ? 9 ;MALTNADRAEIIAKFARAENDTGSPEVQVALLTAQINDLQGHFKAHKHDHHSRRGLIRMVNQRRKLLDYLNGKDHERYTA LIGALGLRR ; 1 10 UNP D0CCR5_ACIB2 D0CCR5 ? 10 ;MVVIRLARGGAKKRPFYQIVVTDSRNARDGRFIERIGFFNPTAQGQAEKLRLDADRFAHWVSQGAQPSERVASLAAQAKK ATA ; 1 11 UNP D0CD06_ACIB2 D0CD06 ? 11 ;MSEKTVRTLTGKVVSDKMDKSIVVLIERRVQHPLYGKSIRRSTKLHAHDENNVAKIGDVVTIKESRPISKTKAWTLVEVV EAAAE ; 1 12 UNP D0C5Y9_ACIB2 D0C5Y9 ? 12 MARFYRRRKFCRFTAENVAYIDYKDIDTLKQYITENGKIVPSRITGTKARYQRQLALAIKQARYLSLIPYTDNHK 1 13 UNP D0C7N1_ACIB2 D0C7N1 ? 13 ;MANSAQAKKRARQNVKARKHNASLRSMVRTYIKRTLSAIAGGDYAVATEAYKKAVPVIDRMADKGIIHKNKAARHKSRLN AQVKALAN ; 1 14 UNP D0C5Q3_ACIB2 D0C5Q3 ? 14 MPQVKLKEGEPVDVAIRRFKRSCEKAGVLADVRKREFYEKPTQERKRKKAAAVKRYQKKLARESVRTTRLY 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6YPU 2 1 ? 1544 ? 692328596 50417 ? 51960 ? 1 1544 2 1 6YPU 4 1 ? 1544 ? 692328596 50417 ? 51960 ? 1 1544 3 2 6YPU c 1 ? 250 ? D0CC74 1 ? 250 ? 1 250 4 3 6YPU e 1 ? 208 ? D0CD21 1 ? 208 ? 1 208 5 4 6YPU f 1 ? 165 ? D0CD14 1 ? 165 ? 1 165 6 5 6YPU g 1 ? 127 ? D0C5Z0 1 ? 127 ? 1 127 7 6 6YPU i 1 ? 131 ? D0CD11 1 ? 131 ? 1 131 8 7 6YPU l 1 ? 128 ? D0CD20 1 ? 128 ? 1 128 9 8 6YPU m 1 ? 124 ? D0C9P6 1 ? 124 ? 1 124 10 9 6YPU p 1 ? 89 ? D0CAU9 1 ? 89 ? 1 89 11 10 6YPU q 1 ? 83 ? D0CCR5 1 ? 83 ? 1 83 12 11 6YPU r 1 ? 85 ? D0CD06 1 ? 85 ? 1 85 13 12 6YPU s 1 ? 75 ? D0C5Y9 1 ? 75 ? 1 75 14 13 6YPU u 1 ? 88 ? D0C7N1 1 ? 88 ? 1 88 15 14 6YPU v 1 ? 71 ? D0C5Q3 1 ? 71 ? 1 71 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight A 'RNA linking' y "ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 AKN non-polymer . ;(2S)-N-[(1R,2S,3S,4R,5S)-4-[(2R,3R,4S,5S,6R)-6-(aminomethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-5-azanyl-2-[(2S,3R,4S,5S ,6R)-4-azanyl-6-(hydroxymethyl)-3,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3-oxidanyl-cyclohexyl]-4-azanyl-2-oxidanyl-butanamide ; AMIKACIN 'C22 H43 N5 O13' 585.603 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 C 'RNA linking' y "CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O8 P' 323.197 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 G 'RNA linking' y "GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O8 P' 363.221 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MG non-polymer . 'MAGNESIUM ION' ? 'Mg 2' 24.305 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 U 'RNA linking' y "URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H13 N2 O9 P' 324.181 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6YPU _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.B_iso_max ? _refine.B_iso_mean 6.46 _refine.B_iso_min ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.details ? _refine.diff_density_max ? _refine.diff_density_max_esd ? _refine.diff_density_min ? _refine.diff_density_min_esd ? _refine.diff_density_rms ? _refine.diff_density_rms_esd ? _refine.entry_id 6YPU _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.ls_abs_structure_details ? _refine.ls_abs_structure_Flack ? _refine.ls_abs_structure_Flack_esd ? _refine.ls_abs_structure_Rogers ? _refine.ls_abs_structure_Rogers_esd ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_extinction_coef ? _refine.ls_extinction_coef_esd ? _refine.ls_extinction_expression ? _refine.ls_extinction_method ? _refine.ls_goodness_of_fit_all ? _refine.ls_goodness_of_fit_all_esd ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs_esd ? _refine.ls_hydrogen_treatment ? _refine.ls_matrix_type ? _refine.ls_number_constraints ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_work ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_Fsqd_factor_obs ? _refine.ls_R_I_factor_obs ? _refine.ls_redundancy_reflns_all ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.ls_restrained_S_all ? _refine.ls_restrained_S_obs ? _refine.ls_shift_over_esd_max ? _refine.ls_shift_over_esd_mean ? _refine.ls_structure_factor_coef ? _refine.ls_weighting_details ? _refine.ls_weighting_scheme ? _refine.ls_wR_factor_all ? _refine.ls_wR_factor_obs ? _refine.ls_wR_factor_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_work ? _refine.occupancy_max ? _refine.occupancy_min ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.pdbx_R_complete ? _refine.ls_R_factor_gt ? _refine.ls_goodness_of_fit_gt ? _refine.ls_goodness_of_fit_ref ? _refine.ls_shift_over_su_max ? _refine.ls_shift_over_su_max_lt ? _refine.ls_shift_over_su_mean ? _refine.ls_shift_over_su_mean_lt ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_ls_sigma_Fsqd ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method NONE _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2' _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_real_space_R ? _refine.pdbx_density_correlation ? _refine.pdbx_pd_number_of_powder_patterns ? _refine.pdbx_pd_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_meas_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_R_factor ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_wR_factor ? _refine.pdbx_pd_Marquardt_correlation_coeff ? _refine.pdbx_pd_Fsqrd_R_factor ? _refine.pdbx_pd_ls_matrix_band_width ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_average_fsc_overall ? _refine.pdbx_average_fsc_work ? _refine.pdbx_average_fsc_free ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0116 ? 36078 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.9744 ? 53957 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0568 ? 6935 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0066 ? 2987 ? f_plane_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 16.2862 ? 14101 ? f_dihedral_angle_d ? ? # _struct.entry_id 6YPU _struct.title 'Acinetobacter baumannii ribosome-amikacin complex - 30S subunit body' _struct.pdbx_descriptor ;30S ribosomal protein S2, 30S ribosomal protein S4, 30S ribosomal protein S5, 30S ribosomal protein S6, 30S ribosomal protein S8, 30S ribosomal protein S11, 30S ribosomal protein S12, 30S ribosomal protein S15, 30S ribosomal protein S16, 30S ribosomal protein S17, 30S ribosomal protein S18, 30S ribosomal protein S20, 30S ribosomal protein S21/RNA Complex ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6YPU _struct_keywords.text 'antibiotic, amikacin, translation, ribosome' _struct_keywords.pdbx_keywords RIBOSOME # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 2 ? D N N 3 ? E N N 4 ? F N N 5 ? G N N 6 ? H N N 7 ? I N N 8 ? J N N 9 ? K N N 10 ? L N N 11 ? M N N 12 ? N N N 13 ? O N N 14 ? P N N 15 ? Q N N 15 ? R N N 15 ? S N N 15 ? T N N 15 ? U N N 15 ? V N N 15 ? W N N 15 ? X N N 15 ? Y N N 15 ? Z N N 15 ? AA N N 15 ? BA N N 15 ? CA N N 15 ? DA N N 15 ? EA N N 15 ? FA N N 15 ? GA N N 15 ? HA N N 15 ? IA N N 15 ? JA N N 15 ? KA N N 15 ? LA N N 15 ? MA N N 15 ? NA N N 15 ? OA N N 15 ? PA N N 15 ? QA N N 15 ? RA N N 15 ? SA N N 15 ? TA N N 15 ? UA N N 15 ? VA N N 15 ? WA N N 15 ? XA N N 15 ? YA N N 15 ? ZA N N 15 ? AB N N 15 ? BB N N 15 ? CB N N 15 ? DB N N 15 ? EB N N 15 ? FB N N 15 ? GB N N 15 ? HB N N 15 ? IB N N 15 ? JB N N 15 ? KB N N 15 ? LB N N 15 ? MB N N 15 ? NB N N 15 ? OB N N 15 ? PB N N 15 ? QB N N 15 ? RB N N 15 ? SB N N 15 ? TB N N 15 ? UB N N 15 ? VB N N 15 ? WB N N 16 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ASN C 26 ? ARG C 30 ? ASN c 26 ARG c 30 5 ? 5 HELX_P HELX_P2 AA2 ASN C 44 ? SER C 64 ? ASN c 44 SER c 64 1 ? 21 HELX_P HELX_P3 AA3 ALA C 78 ? ARG C 88 ? ALA c 78 ARG c 88 1 ? 11 HELX_P HELX_P4 AA4 ASN C 105 ? GLN C 122 ? ASN c 105 GLN c 122 1 ? 18 HELX_P HELX_P5 AA5 THR C 132 ? SER C 149 ? THR c 132 SER c 149 1 ? 18 HELX_P HELX_P6 AA6 LEU C 150 ? LYS C 154 ? LEU c 150 LYS c 154 5 ? 5 HELX_P HELX_P7 AA7 GLU C 171 ? GLY C 182 ? GLU c 171 GLY c 182 1 ? 12 HELX_P HELX_P8 AA8 ALA C 208 ? ALA C 225 ? ALA c 208 ALA c 225 1 ? 18 HELX_P HELX_P9 AA9 CYS D 9 ? GLY D 16 ? CYS e 9 GLY e 16 1 ? 8 HELX_P HELX_P10 AB1 TYR D 53 ? GLY D 68 ? TYR e 53 GLY e 68 1 ? 16 HELX_P HELX_P11 AB2 LEU D 70 ? ALA D 82 ? LEU e 70 ALA e 82 1 ? 13 HELX_P HELX_P12 AB3 ALA D 87 ? SER D 98 ? ALA e 87 SER e 98 1 ? 12 HELX_P HELX_P13 AB4 ARG D 99 ? MET D 107 ? ARG e 99 MET e 107 1 ? 9 HELX_P HELX_P14 AB5 THR D 112 ? HIS D 122 ? THR e 112 HIS e 122 1 ? 11 HELX_P HELX_P15 AB6 HIS D 148 ? LYS D 152 ? HIS e 148 LYS e 152 5 ? 5 HELX_P HELX_P16 AB7 LEU D 155 ? ALA D 165 ? LEU e 155 ALA e 165 1 ? 11 HELX_P HELX_P17 AB8 GLU D 199 ? TYR D 206 ? GLU e 199 TYR e 206 1 ? 8 HELX_P HELX_P18 AB9 GLU E 54 ? ARG E 67 ? GLU f 54 ARG f 67 1 ? 14 HELX_P HELX_P19 AC1 GLY E 108 ? ALA E 116 ? GLY f 108 ALA f 116 1 ? 9 HELX_P HELX_P20 AC2 ASN E 131 ? ASP E 145 ? ASN f 131 ASP f 145 1 ? 15 HELX_P HELX_P21 AC3 SER E 148 ? ARG E 156 ? SER f 148 ARG f 156 1 ? 9 HELX_P HELX_P22 AC4 PRO F 12 ? SER F 15 ? PRO g 12 SER g 15 5 ? 4 HELX_P HELX_P23 AC5 VAL F 18 ? ALA F 32 ? VAL g 18 ALA g 32 1 ? 15 HELX_P HELX_P24 AC6 GLY F 67 ? TYR F 80 ? GLY g 67 TYR g 80 1 ? 14 HELX_P HELX_P25 AC7 THR G 6 ? ALA G 20 ? THR i 6 ALA i 20 1 ? 15 HELX_P HELX_P26 AC8 SER G 30 ? GLU G 43 ? SER i 30 GLU i 43 1 ? 14 HELX_P HELX_P27 AC9 SER G 95 ? LEU G 100 ? SER i 95 LEU i 100 5 ? 6 HELX_P HELX_P28 AD1 ASP G 114 ? GLY G 121 ? ASP i 114 GLY i 121 1 ? 8 HELX_P HELX_P29 AD2 ARG H 52 ? SER H 57 ? ARG l 52 SER l 57 5 ? 6 HELX_P HELX_P30 AD3 THR H 58 ? ASP H 75 ? THR l 58 ASP l 75 1 ? 18 HELX_P HELX_P31 AD4 GLY H 89 ? GLY H 91 ? GLY l 89 GLY l 91 5 ? 3 HELX_P HELX_P32 AD5 ARG H 92 ? ALA H 101 ? ARG l 92 ALA l 101 1 ? 10 HELX_P HELX_P33 AD6 THR I 3 ? LYS I 10 ? THR m 3 LYS m 10 1 ? 8 HELX_P HELX_P34 AD7 VAL I 21 ? LYS I 25 ? VAL m 21 LYS m 25 5 ? 5 HELX_P HELX_P35 AD8 SER I 113 ? TYR I 117 ? SER m 113 TYR m 117 5 ? 5 HELX_P HELX_P36 AD9 THR J 4 ? ALA J 16 ? THR p 4 ALA p 16 1 ? 13 HELX_P HELX_P37 AE1 SER J 24 ? LEU J 39 ? SER p 24 LEU p 39 1 ? 16 HELX_P HELX_P38 AE2 LEU J 39 ? LYS J 44 ? LEU p 39 LYS p 44 1 ? 6 HELX_P HELX_P39 AE3 SER J 52 ? ASP J 74 ? SER p 52 ASP p 74 1 ? 23 HELX_P HELX_P40 AE4 ASP J 74 ? GLY J 86 ? ASP p 74 GLY p 86 1 ? 13 HELX_P HELX_P41 AE5 ASP K 53 ? GLY K 64 ? ASP q 53 GLY q 64 1 ? 12 HELX_P HELX_P42 AE6 ARG K 70 ? ALA K 78 ? ARG q 70 ALA q 78 1 ? 9 HELX_P HELX_P43 AE7 ASP M 25 ? LYS M 30 ? ASP s 25 LYS s 30 1 ? 6 HELX_P HELX_P44 AE8 GLN M 31 ? ILE M 33 ? GLN s 31 ILE s 33 5 ? 3 HELX_P HELX_P45 AE9 PRO M 41 ? GLY M 46 ? PRO s 41 GLY s 46 1 ? 6 HELX_P HELX_P46 AF1 LYS M 48 ? SER M 66 ? LYS s 48 SER s 66 1 ? 19 HELX_P HELX_P47 AF2 SER N 4 ? GLY N 42 ? SER u 4 GLY u 42 1 ? 39 HELX_P HELX_P48 AF3 ASP N 43 ? LYS N 52 ? ASP u 43 LYS u 52 1 ? 10 HELX_P HELX_P49 AF4 ALA N 54 ? LYS N 64 ? ALA u 54 LYS u 64 1 ? 11 HELX_P HELX_P50 AF5 HIS N 68 ? ALA N 81 ? HIS u 68 ALA u 81 1 ? 14 HELX_P HELX_P51 AF6 ALA O 15 ? CYS O 23 ? ALA v 15 CYS v 23 1 ? 9 HELX_P HELX_P52 AF7 LYS O 40 ? TYR O 56 ? LYS v 40 TYR v 56 1 ? 17 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role metalc1 metalc ? ? A G 23 OP1 ? ? ? 1_555 P MG . MG ? ? 2 G 23 2 MG 1601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.272 ? ? metalc2 metalc ? ? A U 64 O4 ? ? ? 1_555 NA MG . MG ? ? 2 U 64 2 MG 1625 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.834 ? ? metalc3 metalc ? ? A U 96 "O2'" ? ? ? 1_555 LA MG . MG ? ? 2 U 96 2 MG 1623 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.577 ? ? metalc4 metalc ? ? A G 101 O6 ? ? ? 1_555 NA MG . MG ? ? 2 G 101 2 MG 1625 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.954 ? ? metalc5 metalc ? ? A A 112 OP2 ? ? ? 1_555 Q MG . MG ? ? 2 A 112 2 MG 1602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.583 ? ? metalc6 metalc ? ? A G 113 OP2 ? ? ? 1_555 Q MG . MG ? ? 2 G 113 2 MG 1602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.210 ? ? metalc7 metalc ? ? A G 113 O6 ? ? ? 1_555 PA MG . MG ? ? 2 G 113 2 MG 1627 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.641 ? ? metalc8 metalc ? ? A G 141 O6 ? ? ? 1_555 SA MG . MG ? ? 2 G 141 2 MG 1630 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.083 ? ? metalc9 metalc ? ? A A 170 OP1 ? ? ? 1_555 MA MG . MG ? ? 2 A 170 2 MG 1624 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.069 ? ? metalc10 metalc ? ? A C 171 OP2 ? ? ? 1_555 MA MG . MG ? ? 2 C 171 2 MG 1624 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? ? metalc11 metalc ? ? A A 191 OP2 ? ? ? 1_555 RA MG . MG ? ? 2 A 191 2 MG 1629 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.056 ? ? metalc12 metalc ? ? A A 193 OP2 ? ? ? 1_555 SA MG . MG ? ? 2 A 193 2 MG 1630 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.290 ? ? metalc13 metalc ? ? A U 252 OP2 ? ? ? 1_555 T MG . MG ? ? 2 U 252 2 MG 1605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.806 ? ? metalc14 metalc ? ? A G 253 O6 ? ? ? 1_555 R MG . MG ? ? 2 G 253 2 MG 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.774 ? ? metalc15 metalc ? ? A U 265 O4 ? ? ? 1_555 R MG . MG ? ? 2 U 265 2 MG 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.506 ? ? metalc16 metalc ? ? A G 277 "O2'" ? ? ? 1_555 TA MG . MG ? ? 2 G 277 2 MG 1631 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.797 ? ? metalc17 metalc ? ? A A 278 OP2 ? ? ? 1_555 TA MG . MG ? ? 2 A 278 2 MG 1631 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.799 ? ? metalc18 metalc ? ? A U 279 O4 ? ? ? 1_555 TA MG . MG ? ? 2 U 279 2 MG 1631 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.773 ? ? metalc19 metalc ? ? A G 285 OP2 ? ? ? 1_555 Q MG . MG ? ? 2 G 285 2 MG 1602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? ? metalc20 metalc ? ? A G 295 O6 ? ? ? 1_555 U MG . MG ? ? 2 G 295 2 MG 1606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.426 ? ? metalc21 metalc ? ? A G 327 OP2 ? ? ? 1_555 OA MG . MG ? ? 2 G 327 2 MG 1626 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.791 ? ? metalc22 metalc ? ? A C 348 OP2 ? ? ? 1_555 W MG . MG ? ? 2 C 348 2 MG 1608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.175 ? ? metalc23 metalc ? ? A C 368 "O2'" ? ? ? 1_555 WA MG . MG ? ? 2 C 368 2 MG 1634 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.711 ? ? metalc24 metalc ? ? A C 368 O2 ? ? ? 1_555 WA MG . MG ? ? 2 C 368 2 MG 1634 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.682 ? ? metalc25 metalc ? ? A U 371 O4 ? ? ? 1_555 WA MG . MG ? ? 2 U 371 2 MG 1634 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.765 ? ? metalc26 metalc ? ? A G 372 O6 ? ? ? 1_555 WA MG . MG ? ? 2 G 372 2 MG 1634 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.958 ? ? metalc27 metalc ? ? A A 437 OP2 ? ? ? 1_555 JA MG . MG ? ? 2 A 437 2 MG 1621 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.113 ? ? metalc28 metalc ? ? A A 506 OP2 ? ? ? 1_555 Y MG . MG ? ? 2 A 506 2 MG 1610 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? ? metalc29 metalc ? ? A A 507 OP2 ? ? ? 1_555 Y MG . MG ? ? 2 A 507 2 MG 1610 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.750 ? ? metalc30 metalc ? ? A U 513 O4 ? ? ? 1_555 YA MG . MG ? ? 2 U 513 2 MG 1636 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? ? metalc31 metalc ? ? A A 530 OP1 ? ? ? 1_555 YA MG . MG ? ? 2 A 530 2 MG 1636 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.897 ? ? metalc32 metalc ? ? A C 533 OP2 ? ? ? 1_555 ZA MG . MG ? ? 2 C 533 2 MG 1637 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.491 ? ? metalc33 metalc ? ? A A 544 OP1 ? ? ? 1_555 AA MG . MG ? ? 2 A 544 2 MG 1612 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.390 ? ? metalc34 metalc ? ? A G 555 OP1 ? ? ? 1_555 U MG . MG ? ? 2 G 555 2 MG 1606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.140 ? ? metalc35 metalc ? ? A U 557 OP2 ? ? ? 1_555 BA MG . MG ? ? 2 U 557 2 MG 1613 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.351 ? ? metalc36 metalc ? ? A A 569 OP2 ? ? ? 1_555 CB MG . MG ? ? 2 A 569 2 MG 1640 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? ? metalc37 metalc ? ? A A 571 OP2 ? ? ? 1_555 CB MG . MG ? ? 2 A 571 2 MG 1640 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.555 ? ? metalc38 metalc ? ? A C 573 OP1 ? ? ? 1_555 PB MG . MG ? ? 2 C 573 2 MG 1653 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.114 ? ? metalc39 metalc ? ? A U 575 OP1 ? ? ? 1_555 CA MG . MG ? ? 2 U 575 2 MG 1614 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.160 ? ? metalc40 metalc ? ? A A 593 OP2 ? ? ? 1_555 EB MG . MG ? ? 2 A 593 2 MG 1642 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.106 ? ? metalc41 metalc ? ? A G 594 OP2 ? ? ? 1_555 EB MG . MG ? ? 2 G 594 2 MG 1642 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.474 ? ? metalc42 metalc ? ? A U 595 O4 ? ? ? 1_555 EB MG . MG ? ? 2 U 595 2 MG 1642 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.839 ? ? metalc43 metalc ? ? A A 605 OP2 ? ? ? 1_555 EA MG . MG ? ? 2 A 605 2 MG 1616 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.388 ? ? metalc44 metalc ? ? A G 731 O6 ? ? ? 1_555 HB MG . MG ? ? 2 G 731 2 MG 1645 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.854 ? ? metalc45 metalc ? ? A G 757 OP2 ? ? ? 1_555 KB MG . MG ? ? 2 G 757 2 MG 1648 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.902 ? ? metalc46 metalc ? ? A A 779 OP1 ? ? ? 1_555 LB MG . MG ? ? 2 A 779 2 MG 1649 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.741 ? ? metalc47 metalc ? ? A A 811 OP2 ? ? ? 1_555 GA MG . MG ? ? 2 A 811 2 MG 1618 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.382 ? ? metalc48 metalc ? ? A G 832 O6 ? ? ? 1_555 MB MG . MG ? ? 2 G 832 2 MG 1650 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.932 ? ? metalc49 metalc ? ? A U 918 O4 ? ? ? 1_555 OB MG . MG ? ? 2 U 918 2 MG 1652 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.914 ? ? metalc50 metalc ? ? NA MG . MG ? ? ? 1_555 N GLN 6 OE1 ? ? 2 MG 1625 u GLN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.907 ? ? metalc51 metalc ? ? B A 1434 OP2 ? ? ? 1_555 UB MG . MG ? ? 4 A 1434 4 MG 1605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.715 ? ? metalc52 metalc ? ? B A 1496 OP2 ? ? ? 1_555 QB MG . MG ? ? 4 A 1496 4 MG 1601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.240 ? ? metalc53 metalc ? ? B A 1497 OP2 ? ? ? 1_555 QB MG . MG ? ? 4 A 1497 4 MG 1601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.423 ? ? metalc54 metalc ? ? B A 1497 OP1 ? ? ? 1_555 RB MG . MG ? ? 4 A 1497 4 MG 1602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.143 ? ? metalc55 metalc ? ? B G 1502 OP2 ? ? ? 1_555 QB MG . MG ? ? 4 G 1502 4 MG 1601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? ? metalc56 metalc ? ? B G 1502 OP1 ? ? ? 1_555 RB MG . MG ? ? 4 G 1502 4 MG 1602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.849 ? ? metalc57 metalc ? ? B G 1505 OP1 ? ? ? 1_555 RB MG . MG ? ? 4 G 1505 4 MG 1602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.184 ? ? metalc58 metalc ? ? B C 1518 OP1 ? ? ? 1_555 VB MG . MG ? ? 4 C 1518 4 MG 1606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.764 ? ? metalc59 metalc ? ? B G 1520 O6 ? ? ? 1_555 SB MG . MG ? ? 4 G 1520 4 MG 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.506 ? ? hydrog1 hydrog ? ? A G 11 N1 ? ? ? 1_555 A C 27 N3 ? ? 2 G 11 2 C 27 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog2 hydrog ? ? A G 11 N2 ? ? ? 1_555 A C 27 O2 ? ? 2 G 11 2 C 27 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3 hydrog ? ? A G 11 O6 ? ? ? 1_555 A C 27 N4 ? ? 2 G 11 2 C 27 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog4 hydrog ? ? A A 12 N1 ? ? ? 1_555 A U 26 N3 ? ? 2 A 12 2 U 26 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog5 hydrog ? ? A A 12 N6 ? ? ? 1_555 A U 26 O4 ? ? 2 A 12 2 U 26 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog6 hydrog ? ? A G 13 N1 ? ? ? 1_555 A C 25 N3 ? ? 2 G 13 2 C 25 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog7 hydrog ? ? A G 13 N2 ? ? ? 1_555 A C 25 O2 ? ? 2 G 13 2 C 25 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog8 hydrog ? ? A G 13 O6 ? ? ? 1_555 A C 25 N4 ? ? 2 G 13 2 C 25 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog9 hydrog ? ? A U 14 N3 ? ? ? 1_555 A G 24 O6 ? ? 2 U 14 2 G 24 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? ? hydrog10 hydrog ? ? A U 14 O2 ? ? ? 1_555 A G 24 N1 ? ? 2 U 14 2 G 24 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? ? hydrog11 hydrog ? ? A U 15 O4 ? ? ? 1_555 A U 22 N3 ? ? 2 U 15 2 U 22 1_555 ? ? ? ? ? ? 'U-U MISPAIR' ? ? ? hydrog12 hydrog ? ? A U 15 N3 ? ? ? 1_555 A A 912 N7 ? ? 2 U 15 2 A 912 1_555 ? ? ? ? ? ? HOOGSTEEN ? ? ? hydrog13 hydrog ? ? A U 15 O4 ? ? ? 1_555 A A 912 N6 ? ? 2 U 15 2 A 912 1_555 ? ? ? ? ? ? HOOGSTEEN ? ? ? hydrog14 hydrog ? ? 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WATSON-CRICK ? ? ? hydrog59 hydrog ? ? A C 42 N4 ? ? ? 1_555 A G 398 O6 ? ? 2 C 42 2 G 398 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog60 hydrog ? ? A C 42 O2 ? ? ? 1_555 A G 398 N2 ? ? 2 C 42 2 G 398 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog61 hydrog ? ? A G 43 N1 ? ? ? 1_555 A C 397 N3 ? ? 2 G 43 2 C 397 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog62 hydrog ? ? A G 43 N2 ? ? ? 1_555 A C 397 O2 ? ? 2 G 43 2 C 397 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog63 hydrog ? ? A G 43 O6 ? ? ? 1_555 A C 397 N4 ? ? 2 G 43 2 C 397 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog64 hydrog ? ? A G 44 N1 ? ? ? 1_555 A C 396 N3 ? ? 2 G 44 2 C 396 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog65 hydrog ? ? A G 44 N2 ? ? ? 1_555 A C 396 O2 ? ? 2 G 44 2 C 396 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog66 hydrog ? ? A G 44 O6 ? ? ? 1_555 A C 396 N4 ? ? 2 G 44 2 C 396 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog67 hydrog ? ? A C 45 N3 ? ? ? 1_555 A G 395 N1 ? ? 2 C 45 2 G 395 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog68 hydrog ? ? A C 45 N4 ? ? ? 1_555 A G 395 O6 ? ? 2 C 45 2 G 395 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog69 hydrog ? ? A C 45 O2 ? ? ? 1_555 A G 395 N2 ? ? 2 C 45 2 G 395 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog70 hydrog ? ? A A 46 N1 ? ? ? 1_555 A U 394 N3 ? ? 2 A 46 2 U 394 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog71 hydrog ? ? A A 46 N6 ? ? ? 1_555 A U 394 O4 ? ? 2 A 46 2 U 394 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog72 hydrog ? ? A G 47 N1 ? ? ? 1_555 A C 392 N3 ? ? 2 G 47 2 C 392 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog73 hydrog ? ? A G 47 N2 ? ? ? 1_555 A C 392 O2 ? ? 2 G 47 2 C 392 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog74 hydrog ? ? A G 47 O6 ? ? ? 1_555 A C 392 N4 ? ? 2 G 47 2 C 392 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog75 hydrog ? ? A G 48 N1 ? ? ? 1_555 A C 391 N3 ? ? 2 G 48 2 C 391 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog76 hydrog ? ? A G 48 N2 ? ? ? 1_555 A C 391 O2 ? ? 2 G 48 2 C 391 1_555 ? ? ? ? ? ? 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WATSON-CRICK ? ? ? hydrog200 hydrog ? ? A G 140 N2 ? ? ? 1_555 A C 174 O2 ? ? 2 G 140 2 C 174 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog201 hydrog ? ? A G 140 O6 ? ? ? 1_555 A C 174 N4 ? ? 2 G 140 2 C 174 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog202 hydrog ? ? A G 141 N1 ? ? ? 1_555 A G 173 O6 ? ? 2 G 141 2 G 173 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_6_PAIR ? ? ? hydrog203 hydrog ? ? A G 141 N2 ? ? ? 1_555 A G 173 N7 ? ? 2 G 141 2 G 173 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_6_PAIR ? ? ? hydrog204 hydrog ? ? A G 142 O6 ? ? ? 1_555 A C 172 N4 ? ? 2 G 142 2 C 172 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-C PAIR' ? ? ? hydrog205 hydrog ? ? A G 143 N1 ? ? ? 1_555 A C 171 N3 ? ? 2 G 143 2 C 171 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog206 hydrog ? ? A G 143 N2 ? ? ? 1_555 A C 171 O2 ? ? 2 G 143 2 C 171 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog207 hydrog ? ? A G 143 O6 ? ? ? 1_555 A C 171 N4 ? ? 2 G 143 2 C 171 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog208 hydrog ? ? 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'REVERSED HOOGSTEEN' ? ? ? hydrog217 hydrog ? ? A A 148 N6 ? ? ? 1_555 A C 165 O2 ? ? 2 A 148 2 C 165 1_555 ? ? ? ? ? ? 'A-C MISPAIR' ? ? ? hydrog218 hydrog ? ? A C 149 N3 ? ? ? 1_555 A G 164 N1 ? ? 2 C 149 2 G 164 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog219 hydrog ? ? A C 149 N4 ? ? ? 1_555 A G 164 O6 ? ? 2 C 149 2 G 164 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog220 hydrog ? ? A C 149 O2 ? ? ? 1_555 A G 164 N2 ? ? 2 C 149 2 G 164 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog221 hydrog ? ? A A 150 N1 ? ? ? 1_555 A U 163 N3 ? ? 2 A 150 2 U 163 1_555 ? ? ? ? ? ? 'A-U PAIR' ? ? ? hydrog222 hydrog ? ? A U 151 N3 ? ? ? 1_555 A A 162 N1 ? ? 2 U 151 2 A 162 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog223 hydrog ? ? A U 151 O4 ? ? ? 1_555 A A 162 N6 ? ? 2 U 151 2 A 162 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog224 hydrog ? ? A C 152 N3 ? ? ? 1_555 A G 161 N2 ? ? 2 C 152 2 G 161 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED WATSON-CRICK' ? ? ? hydrog225 hydrog ? ? A C 152 O2 ? ? ? 1_555 A G 161 N1 ? ? 2 C 152 2 G 161 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED WATSON-CRICK' ? ? ? hydrog226 hydrog ? ? A U 153 N3 ? ? ? 1_555 A G 160 O6 ? ? 2 U 153 2 G 160 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? ? hydrog227 hydrog ? ? A U 153 O2 ? ? ? 1_555 A G 160 N1 ? ? 2 U 153 2 G 160 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? ? hydrog228 hydrog ? ? A C 154 N3 ? ? ? 1_555 A G 159 N1 ? ? 2 C 154 2 G 159 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog229 hydrog ? ? A C 154 N4 ? ? ? 1_555 A G 159 O6 ? ? 2 C 154 2 G 159 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog230 hydrog ? ? A C 154 O2 ? ? ? 1_555 A G 159 N2 ? ? 2 C 154 2 G 159 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog231 hydrog ? ? A G 155 N2 ? ? ? 1_555 A A 158 N7 ? ? 2 G 155 2 A 158 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-A MISPAIR' ? ? ? hydrog232 hydrog ? ? A A 156 N6 ? ? ? 1_555 A G 343 N3 ? ? 2 A 156 2 G 343 1_555 ? ? ? ? ? ? 'A-G MISPAIR' ? ? ? hydrog233 hydrog ? ? A U 169 O4 ? ? ? 1_555 A G 194 N2 ? ? 2 U 169 2 G 194 1_555 ? ? ? ? ? ? 'U-G MISPAIR' ? ? ? hydrog234 hydrog ? ? A A 175 N1 ? ? ? 1_555 A A 192 N6 ? ? 2 A 175 2 A 192 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_5_PAIR ? ? ? hydrog235 hydrog ? ? A A 175 N6 ? ? ? 1_555 A A 192 N7 ? ? 2 A 175 2 A 192 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_5_PAIR ? ? ? hydrog236 hydrog ? ? A U 176 N3 ? ? ? 1_555 A A 191 N7 ? ? 2 U 176 2 A 191 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED HOOGSTEEN' ? ? ? hydrog237 hydrog ? ? A U 176 O2 ? ? ? 1_555 A A 191 N6 ? ? 2 U 176 2 A 191 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED HOOGSTEEN' ? ? ? hydrog238 hydrog ? ? A C 178 N4 ? ? ? 1_555 A A 219 N3 ? ? 2 C 178 2 A 219 1_555 ? ? ? ? ? ? 'C-A MISPAIR' ? ? ? hydrog239 hydrog ? ? A G 179 O6 ? ? ? 1_555 A G 190 N1 ? ? 2 G 179 2 G 190 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-G MISPAIR' ? ? ? hydrog240 hydrog ? ? A U 180 N3 ? ? ? 1_555 A A 189 N1 ? ? 2 U 180 2 A 189 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog241 hydrog ? ? A U 180 O4 ? ? ? 1_555 A A 189 N6 ? ? 2 U 180 2 A 189 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog242 hydrog ? ? 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WATSON-CRICK ? ? ? hydrog251 hydrog ? ? A G 194 N2 ? ? ? 1_555 A C 215 O2 ? ? 2 G 194 2 C 215 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog252 hydrog ? ? A G 194 O6 ? ? ? 1_555 A C 215 N4 ? ? 2 G 194 2 C 215 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog253 hydrog ? ? A C 195 N3 ? ? ? 1_555 A G 214 N1 ? ? 2 C 195 2 G 214 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog254 hydrog ? ? A C 195 N4 ? ? ? 1_555 A G 214 O6 ? ? 2 C 195 2 G 214 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog255 hydrog ? ? A C 195 O2 ? ? ? 1_555 A G 214 N2 ? ? 2 C 195 2 G 214 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog256 hydrog ? ? A A 196 N1 ? ? ? 1_555 A U 213 N3 ? ? 2 A 196 2 U 213 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog257 hydrog ? ? A A 196 N6 ? ? ? 1_555 A U 213 O4 ? ? 2 A 196 2 U 213 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog258 hydrog ? ? A G 197 N1 ? ? ? 1_555 A U 212 O2 ? ? 2 G 197 2 U 212 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? ? hydrog259 hydrog ? ? 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O TYR 71 # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 575584 _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841' _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 58 _em_image_recording.average_exposure_time 10 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? ? ? 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? ? ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? 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RELION 3.0 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 6YPU 'double helix' 6YPU 'a-form double helix' 6YPU 'parallel strands' 6YPU 'hairpin loop' 6YPU tetraloop 6YPU 'bulge loop' 6YPU 'mismatched base pair' 6YPU 'internal loop' 6YPU 'triple helix' 6YPU 'quadruple helix' 6YPU 'three-way junction' 6YPU 'four-way junction' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 A G 555 1_555 A A 28 1_555 6.783 -4.278 -0.351 -16.808 7.561 -2.345 1 2_G555:A28_2 2 555 ? 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