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IIREQAQRAGQPYVDHRWLGGMLTNWKTLRQSINRLKDLQTQSQDGTFAKLTKREALERTREMEKLERSLGGVKNMGGLP DALFVIDVDHEAIAIKEAKNLGIPVIGIVDTNSNPDNVDYVIPGNDDAIRAVTLYASAMADAILAGKEYAQSQANAQAKG DDAAKDASEA ; c ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MARYIGPKCKLSRREGTDLQLKSGVKPFDVKTKKANKAPGQHGQARGGKQSEYSLQLREKQKVRRIYGVLERQFSNYYKE AARVKGATGENLLKLLESRLDNVVYRMGFGSTRAEARQLVSHRSITLNGRRVNIASIQVKAGDVIAVHEGAKQQLRIKNA IELAAQRGIPAWIEVDHSKLEGTFKAAPDRSDLPAEINESLIVELYSK ; ;MARYIGPKCKLSRREGTDLQLKSGVKPFDVKTKKANKAPGQHGQARGGKQSEYSLQLREKQKVRRIYGVLERQFSNYYKE AARVKGATGENLLKLLESRLDNVVYRMGFGSTRAEARQLVSHRSITLNGRRVNIASIQVKAGDVIAVHEGAKQQLRIKNA IELAAQRGIPAWIEVDHSKLEGTFKAAPDRSDLPAEINESLIVELYSK ; e ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MAKVEQNEGLVEKLVAVDRVAKVVKGGRIFSFTALTVVGDGNGRVGFGRGKAREVPAAISKALEAARRNMITVDLAGTTL QHPVNARHGASRVYMQPASEGTGVIAGGAMRAVLEAAGVHNVLAKCYGSTNAANVVNATFKGLRDMTSPEKVAAKRGKSV EEIQG ; ;MAKVEQNEGLVEKLVAVDRVAKVVKGGRIFSFTALTVVGDGNGRVGFGRGKAREVPAAISKALEAARRNMITVDLAGTTL QHPVNARHGASRVYMQPASEGTGVIAGGAMRAVLEAAGVHNVLAKCYGSTNAANVVNATFKGLRDMTSPEKVAAKRGKSV EEIQG 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;MATTNQLIRKGRTTLVEKSKVPALKACPQRRGVCTRVYTTTPKKPNSAMRKVCRVRLTSGFEVSSYIGGEGHNLQEHSVV LIRGGRVKDLPGVRYHTVRGSLDCAGVKDRNQSRSKYGAKRPKK ; ;MATTNQLIRKGRTTLVEKSKVPALKACPQRRGVCTRVYTTTPKKPNSAMRKVCRVRLTSGFEVSSYIGGEGHNLQEHSVV LIRGGRVKDLPGVRYHTVRGSLDCAGVKDRNQSRSKYGAKRPKK ; m ? 9 'polypeptide(L)' no no ;MALTNADRAEIIAKFARAENDTGSPEVQVALLTAQINDLQGHFKAHKHDHHSRRGLIRMVNQRRKLLDYLNGKDHERYTA LIGALGLRR ; ;MALTNADRAEIIAKFARAENDTGSPEVQVALLTAQINDLQGHFKAHKHDHHSRRGLIRMVNQRRKLLDYLNGKDHERYTA LIGALGLRR ; p ? 10 'polypeptide(L)' no no ;MVVIRLARGGAKKRPFYQIVVTDSRNARDGRFIERIGFFNPTAQGQAEKLRLDADRFAHWVSQGAQPSERVASLAAQAKK ATA ; ;MVVIRLARGGAKKRPFYQIVVTDSRNARDGRFIERIGFFNPTAQGQAEKLRLDADRFAHWVSQGAQPSERVASLAAQAKK ATA ; q ? 11 'polypeptide(L)' no no ;MSEKTVRTLTGKVVSDKMDKSIVVLIERRVQHPLYGKSIRRSTKLHAHDENNVAKIGDVVTIKESRPISKTKAWTLVEVV EAAAE ; ;MSEKTVRTLTGKVVSDKMDKSIVVLIERRVQHPLYGKSIRRSTKLHAHDENNVAKIGDVVTIKESRPISKTKAWTLVEVV EAAAE ; r ? 12 'polypeptide(L)' no no MARFYRRRKFCRFTAENVAYIDYKDIDTLKQYITENGKIVPSRITGTKARYQRQLALAIKQARYLSLIPYTDNHK MARFYRRRKFCRFTAENVAYIDYKDIDTLKQYITENGKIVPSRITGTKARYQRQLALAIKQARYLSLIPYTDNHK s ? 13 'polypeptide(L)' no no ;MANSAQAKKRARQNVKARKHNASLRSMVRTYIKRTLSAIAGGDYAVATEAYKKAVPVIDRMADKGIIHKNKAARHKSRLN AQVKALAN ; ;MANSAQAKKRARQNVKARKHNASLRSMVRTYIKRTLSAIAGGDYAVATEAYKKAVPVIDRMADKGIIHKNKAARHKSRLN AQVKALAN ; u ? 14 'polypeptide(L)' no no MPQVKLKEGEPVDVAIRRFKRSCEKAGVLADVRKREFYEKPTQERKRKKAAAVKRYQKKLARESVRTTRLY MPQVKLKEGEPVDVAIRRFKRSCEKAGVLADVRKREFYEKPTQERKRKKAAAVKRYQKKLARESVRTTRLY v ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 U n 1 2 U n 1 3 U n 1 4 A n 1 5 A n 1 6 C n 1 7 U n 1 8 G n 1 9 A n 1 10 A n 1 11 G n 1 12 A n 1 13 G n 1 14 U n 1 15 U n 1 16 U n 1 17 G n 1 18 A n 1 19 U n 1 20 C n 1 21 A n 1 22 U n 1 23 G n 1 24 G n 1 25 C n 1 26 U n 1 27 C n 1 28 A n 1 29 G n 1 30 A n 1 31 U n 1 32 U n 1 33 G n 1 34 A n 1 35 A n 1 36 C n 1 37 G n 1 38 C n 1 39 U n 1 40 G n 1 41 G n 1 42 C n 1 43 G n 1 44 G n 1 45 C n 1 46 A n 1 47 G n 1 48 G n 1 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'Acinetobacter baumannii' 470 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 GB CP009534.1 692328596 ? 1 ;UUUAACUGAAGAGUUUGAUCAUGGCUCAGAUUGAACGCUGGCGGCAGGCUUAACACAUGCAAGUCGAGCGGGGGAAGGUA GCUUGCUACCGGACCUAGCGGCGGACGGGUGAGUAAUGCUUAGGAAUCUGCCUAUUAGUGGGGGACAACAUCUCGAAAGG GAUGCUAAUACCGCAUACGUCCUACGGGAGAAAGCAGGGGAUCUUCGGACCUUGCGCUAAUAGAUGAGCCUAAGUCGGAU UAGCUAGUUGGUGGGGUAAAGGCCUACCAAGGCGACGAUCUGUAGCGGGUCUGAGAGGAUGAUCCGCCACACUGGGACUG AGACACGGCCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUAUUGGACAAUGGGGGGAACCCUGAUCCAGCCAUGCCGCG UGUGUGAAGAAGGCCUUAUGGUUGUAAAGCACUUUAAGCGAGGAGGAGGCUACUUUAGUUAAUACCUAGAGAUAGUGGAC GUUACUCGCAGAAUAAGCACCGGCUAACUCUGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACAGAGGGUGCGAGCGUUAAUCGGAUUUA CUGGGCGUAAAGCGUGCGUAGGCGGCUUAUUAAGUCGGAUGUGAAAUCCCCGAGCUUAACUUGGGAAUUGCAUUCGAUAC UGGUGAGCUAGAGUAUGGGAGAGGAUGGUAGAAUUCCAGGUGUAGCGGUGAAAUGCGUAGAGAUCUGGAGGAAUACCGAU GGCGAAGGCAGCCAUCUGGCCUAAUACUGACGCUGAGGUACGAAAGCAUGGGGAGCAAACAGGAUUAGAUACCCUGGUAG UCCAUGCCGUAAACGAUGUCUACUAGCCGUUGGGGCCUUUGAGGCUUUAGUGGCGCAGCUAACGCGAUAAGUAGACCGCC UGGGGAGUACGGUCGCAAGACUAAAACUCAAAUGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCG AUGCAACGCGAAGAACCUUACCUGGCCUUGACAUACUAGAAACUUUCCAGAGAUGGAUUGGUGCCUUCGGGAAUCUAGAU ACAGGUGCUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUUUUCCUUA CUUGCCAGCAUUUCGGAUGGGAACUUUAAGGAUACUGCCAGUGACAAACUGGAGGAAGGCGGGGACGACGUCAAGUCAUC AUGGCCCUUACGGCCAGGGCUACACACGUGCUACAAUGGUCGGUACAAAGGGUUGCUACACAGCGAUGUGAUGCUAAUCU CAAAAAGCCGAUCGUAGUCCGGAUUGGAGUCUGCAACUCGACUCCAUGAAGUCGGAAUCGCUAGUAAUCGCGGAUCAGAA UGCCGCGGUGAAUACGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACACCAUGGGAGUUUGUUGCACCAGAAGUAGCUAGC CUAACUGCAAAGAGGGCGGUUACCACGGUGUGGCCGAUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAGGGGAACCUG CGGCUGGAUCACCUCCUUAACGAA ; 50417 2 UNP D0CC74_ACIB2 D0CC74 ? 2 ;MADYNVSMRDLLQAGAHFGHQTRFWNPKMRQYIFGARNKIHIINLEHTVPALNDALNFANQLASKKNKVLFVGTKRAASN IIREQAQRAGQPYVDHRWLGGMLTNWKTLRQSINRLKDLQTQSQDGTFAKLTKREALERTREMEKLERSLGGVKNMGGLP DALFVIDVDHEAIAIKEAKNLGIPVIGIVDTNSNPDNVDYVIPGNDDAIRAVTLYASAMADAILAGKEYAQSQANAQAKG DDAAKDASEA ; 1 3 UNP D0CD21_ACIB2 D0CD21 ? 3 ;MARYIGPKCKLSRREGTDLQLKSGVKPFDVKTKKANKAPGQHGQARGGKQSEYSLQLREKQKVRRIYGVLERQFSNYYKE AARVKGATGENLLKLLESRLDNVVYRMGFGSTRAEARQLVSHRSITLNGRRVNIASIQVKAGDVIAVHEGAKQQLRIKNA IELAAQRGIPAWIEVDHSKLEGTFKAAPDRSDLPAEINESLIVELYSK ; 1 4 UNP D0CD14_ACIB2 D0CD14 ? 4 ;MAKVEQNEGLVEKLVAVDRVAKVVKGGRIFSFTALTVVGDGNGRVGFGRGKAREVPAAISKALEAARRNMITVDLAGTTL QHPVNARHGASRVYMQPASEGTGVIAGGAMRAVLEAAGVHNVLAKCYGSTNAANVVNATFKGLRDMTSPEKVAAKRGKSV EEIQG ; 1 5 UNP D0C5Z0_ACIB2 D0C5Z0 ? 5 ;MRHYEIVLLVHPDQSDQVVGMVERYISQIKEADGQIHRLEDWGRRQLAYPINKIHKAHYILMNVECGQSTLDELEELFRY NDAIIRNLIIRREHAITEESLLAKSAEEKRARKAQREEAQQVAQEAE ; 1 6 UNP D0CD11_ACIB2 D0CD11 ? 6 ;MSMQDTVADMLTRVRNAQMAKKQTVSMPSSKLKVAIANVLQQEGYISNVEVAQEETKSTLTITLKYFEGKPVIEMVKRVS RPGLRQYRGKDKLPSVKQGLGIAIVSTSKGIMTDRAARAAGIGGEVIAFVS ; 1 7 UNP D0CD20_ACIB2 D0CD20 ? 7 ;MAKDTRTRKKVTRTVSEGVAHIHASFNNTIVTITDRQGNALAWATSGGQGFRGSRKSTPFAAQVAAEVAGKAALDYGLKN LDVLVKGPGPGRESAVRALGAVGYKINSITDVTPIPHNGCRPPKKRRV ; 1 8 UNP D0C9P6_ACIB2 D0C9P6 ? 8 ;MATTNQLIRKGRTTLVEKSKVPALKACPQRRGVCTRVYTTTPKKPNSAMRKVCRVRLTSGFEVSSYIGGEGHNLQEHSVV LIRGGRVKDLPGVRYHTVRGSLDCAGVKDRNQSRSKYGAKRPKK ; 1 9 UNP D0CAU9_ACIB2 D0CAU9 ? 9 ;MALTNADRAEIIAKFARAENDTGSPEVQVALLTAQINDLQGHFKAHKHDHHSRRGLIRMVNQRRKLLDYLNGKDHERYTA LIGALGLRR ; 1 10 UNP D0CCR5_ACIB2 D0CCR5 ? 10 ;MVVIRLARGGAKKRPFYQIVVTDSRNARDGRFIERIGFFNPTAQGQAEKLRLDADRFAHWVSQGAQPSERVASLAAQAKK ATA ; 1 11 UNP D0CD06_ACIB2 D0CD06 ? 11 ;MSEKTVRTLTGKVVSDKMDKSIVVLIERRVQHPLYGKSIRRSTKLHAHDENNVAKIGDVVTIKESRPISKTKAWTLVEVV EAAAE ; 1 12 UNP D0C5Y9_ACIB2 D0C5Y9 ? 12 MARFYRRRKFCRFTAENVAYIDYKDIDTLKQYITENGKIVPSRITGTKARYQRQLALAIKQARYLSLIPYTDNHK 1 13 UNP D0C7N1_ACIB2 D0C7N1 ? 13 ;MANSAQAKKRARQNVKARKHNASLRSMVRTYIKRTLSAIAGGDYAVATEAYKKAVPVIDRMADKGIIHKNKAARHKSRLN AQVKALAN ; 1 14 UNP D0C5Q3_ACIB2 D0C5Q3 ? 14 MPQVKLKEGEPVDVAIRRFKRSCEKAGVLADVRKREFYEKPTQERKRKKAAAVKRYQKKLARESVRTTRLY 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6YT9 2 1 ? 1544 ? 692328596 50417 ? 51960 ? 1 1544 2 1 6YT9 4 1 ? 1544 ? 692328596 50417 ? 51960 ? 1 1544 3 2 6YT9 c 1 ? 250 ? 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'C4 H7 N O4' 133.103 C 'RNA linking' y "CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O8 P' 323.197 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 G 'RNA linking' y "GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O8 P' 363.221 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MG non-polymer . 'MAGNESIUM ION' ? 'Mg 2' 24.305 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 15.9377 ? 14100 ? f_dihedral_angle_d ? ? # _struct.entry_id 6YT9 _struct.title 'Acinetobacter baumannii ribosome-tigecycline complex - 30S subunit body' _struct.pdbx_descriptor ;30S ribosomal protein S2, 30S ribosomal protein S4, 30S ribosomal protein S5, 30S ribosomal protein S6, 30S ribosomal protein S8, 30S ribosomal protein S11, 30S ribosomal protein S12, 30S ribosomal protein S15, 30S ribosomal protein S16, 30S ribosomal protein S17, 30S ribosomal protein S18, 30S ribosomal protein S20, 30S ribosomal protein S21/RNA Complex ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6YT9 _struct_keywords.text 'antibiotic, tigecycline, translation, ribosome' _struct_keywords.pdbx_keywords RIBOSOME # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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GLY f 108 ALA f 117 1 ? 10 HELX_P HELX_P21 AC3 ASN E 131 ? MET E 146 ? ASN f 131 MET f 146 1 ? 16 HELX_P HELX_P22 AC4 SER E 148 ? GLY E 157 ? SER f 148 GLY f 157 1 ? 10 HELX_P HELX_P23 AC5 ASP F 13 ? GLN F 17 ? ASP g 13 GLN g 17 5 ? 5 HELX_P HELX_P24 AC6 VAL F 18 ? GLU F 31 ? VAL g 18 GLU g 31 1 ? 14 HELX_P HELX_P25 AC7 GLY F 67 ? TYR F 80 ? GLY g 67 TYR g 80 1 ? 14 HELX_P HELX_P26 AC8 THR G 6 ? ALA G 20 ? THR i 6 ALA i 20 1 ? 15 HELX_P HELX_P27 AC9 SER G 30 ? GLU G 43 ? SER i 30 GLU i 43 1 ? 14 HELX_P HELX_P28 AD1 THR G 113 ? ALA G 120 ? THR i 113 ALA i 120 1 ? 8 HELX_P HELX_P29 AD2 THR H 58 ? LEU H 74 ? THR l 58 LEU l 74 1 ? 17 HELX_P HELX_P30 AD3 ASP H 75 ? GLY H 77 ? ASP l 75 GLY l 77 5 ? 3 HELX_P HELX_P31 AD4 ARG H 92 ? GLY H 100 ? ARG l 92 GLY l 100 1 ? 9 HELX_P HELX_P32 AD5 THR I 3 ? LYS I 10 ? THR m 3 LYS m 10 1 ? 8 HELX_P HELX_P33 AD6 VAL I 21 ? LYS I 25 ? VAL m 21 LYS m 25 5 ? 5 HELX_P HELX_P34 AD7 ARG I 114 ? GLY I 118 ? ARG m 114 GLY m 118 5 ? 5 HELX_P HELX_P35 AD8 THR J 4 ? ALA J 16 ? THR p 4 ALA p 16 1 ? 13 HELX_P HELX_P36 AD9 SER J 24 ? LEU J 39 ? SER p 24 LEU p 39 1 ? 16 HELX_P HELX_P37 AE1 LEU J 39 ? HIS J 46 ? LEU p 39 HIS p 46 1 ? 8 HELX_P HELX_P38 AE2 ASP J 49 ? ASP J 74 ? ASP p 49 ASP p 74 1 ? 26 HELX_P HELX_P39 AE3 ASP J 74 ? GLY J 86 ? ASP p 74 GLY p 86 1 ? 13 HELX_P HELX_P40 AE4 ASP K 53 ? GLN K 63 ? ASP q 53 GLN q 63 1 ? 11 HELX_P HELX_P41 AE5 SER K 68 ? ALA K 78 ? SER q 68 ALA q 78 1 ? 11 HELX_P HELX_P42 AE6 ASP M 25 ? LYS M 30 ? ASP s 25 LYS s 30 1 ? 6 HELX_P HELX_P43 AE7 GLN M 31 ? ILE M 33 ? GLN s 31 ILE s 33 5 ? 3 HELX_P HELX_P44 AE8 PRO M 41 ? GLY M 46 ? PRO s 41 GLY s 46 1 ? 6 HELX_P HELX_P45 AE9 LYS M 48 ? LEU M 65 ? LYS s 48 LEU s 65 1 ? 18 HELX_P HELX_P46 AF1 SER N 4 ? GLY N 42 ? SER u 4 GLY u 42 1 ? 39 HELX_P HELX_P47 AF2 ASP N 43 ? LYS N 64 ? ASP u 43 LYS u 64 1 ? 22 HELX_P HELX_P48 AF3 HIS N 68 ? ALA N 85 ? HIS u 68 ALA u 85 1 ? 18 HELX_P HELX_P49 AF4 ASP O 13 ? ALA O 26 ? ASP v 13 ALA v 26 1 ? 14 HELX_P HELX_P50 AF5 GLY O 27 ? LYS O 34 ? GLY v 27 LYS v 34 1 ? 8 HELX_P HELX_P51 AF6 LYS O 40 ? LEU O 60 ? LYS v 40 LEU v 60 1 ? 21 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role metalc1 metalc ? ? 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MG ? ? 2 A 170 2 MG 1623 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.014 ? ? metalc11 metalc ? ? A C 171 OP2 ? ? ? 1_555 LA MG . MG ? ? 2 C 171 2 MG 1623 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.229 ? ? metalc12 metalc ? ? A A 191 OP2 ? ? ? 1_555 QA MG . MG ? ? 2 A 191 2 MG 1628 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? ? metalc13 metalc ? ? A A 193 OP2 ? ? ? 1_555 RA MG . MG ? ? 2 A 193 2 MG 1629 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.470 ? ? metalc14 metalc ? ? A U 252 O4 ? ? ? 1_555 R MG . MG ? ? 2 U 252 2 MG 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.923 ? ? metalc15 metalc ? ? A U 252 OP2 ? ? ? 1_555 T MG . MG ? ? 2 U 252 2 MG 1605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.375 ? ? metalc16 metalc ? ? A G 253 O6 ? ? ? 1_555 R MG . MG ? ? 2 G 253 2 MG 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.624 ? ? metalc17 metalc ? ? A G 254 O6 ? ? ? 1_555 R MG . MG ? ? 2 G 254 2 MG 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.943 ? ? metalc18 metalc ? ? A U 265 O4 ? ? ? 1_555 R MG . MG ? ? 2 U 265 2 MG 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.709 ? ? metalc19 metalc ? ? A G 277 "O2'" ? ? ? 1_555 SA MG . MG ? ? 2 G 277 2 MG 1630 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.916 ? ? metalc20 metalc ? ? A A 278 OP2 ? ? ? 1_555 SA MG . MG ? ? 2 A 278 2 MG 1630 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.380 ? ? metalc21 metalc ? ? A U 279 O4 ? ? ? 1_555 SA MG . MG ? ? 2 U 279 2 MG 1630 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.743 ? ? metalc22 metalc ? ? A G 285 OP2 ? ? ? 1_555 Q MG . MG ? ? 2 G 285 2 MG 1602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.948 ? ? metalc23 metalc ? ? A G 295 O6 ? ? ? 1_555 U MG . MG ? ? 2 G 295 2 MG 1606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.206 ? ? metalc24 metalc ? ? A G 320 "O2'" ? ? ? 1_555 TA MG . MG ? ? 2 G 320 2 MG 1631 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.418 ? ? metalc25 metalc ? ? A G 322 O6 ? ? ? 1_555 TA MG . MG ? ? 2 G 322 2 MG 1631 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.877 ? ? metalc26 metalc ? ? A G 327 OP2 ? ? ? 1_555 NA MG . MG ? ? 2 G 327 2 MG 1625 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.632 ? ? metalc27 metalc ? ? A C 348 OP2 ? ? ? 1_555 W MG . MG ? ? 2 C 348 2 MG 1608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.993 ? ? metalc28 metalc ? ? A C 368 "O2'" ? ? ? 1_555 VA MG . MG ? ? 2 C 368 2 MG 1633 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.702 ? ? metalc29 metalc ? ? A C 368 O2 ? ? ? 1_555 VA MG . MG ? ? 2 C 368 2 MG 1633 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.720 ? ? metalc30 metalc ? ? A U 371 O4 ? ? ? 1_555 VA MG . MG ? ? 2 U 371 2 MG 1633 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.512 ? ? metalc31 metalc ? ? A G 372 O6 ? ? ? 1_555 VA MG . MG ? ? 2 G 372 2 MG 1633 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.821 ? ? metalc32 metalc ? ? A A 437 OP2 ? ? ? 1_555 JA MG . MG ? ? 2 A 437 2 MG 1621 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.680 ? ? metalc33 metalc ? ? A A 506 OP2 ? ? ? 1_555 Y MG . MG ? ? 2 A 506 2 MG 1610 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.615 ? ? metalc34 metalc ? ? A A 507 OP2 ? ? ? 1_555 Y MG . MG ? ? 2 A 507 2 MG 1610 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.853 ? ? metalc35 metalc ? ? A U 513 O4 ? ? ? 1_555 XA MG . MG ? ? 2 U 513 2 MG 1635 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.346 ? ? metalc36 metalc ? ? A A 530 OP1 ? ? ? 1_555 XA MG . MG ? ? 2 A 530 2 MG 1635 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.122 ? ? metalc37 metalc ? ? A A 544 OP1 ? ? ? 1_555 AA MG . MG ? ? 2 A 544 2 MG 1612 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.020 ? ? metalc38 metalc ? ? A G 555 OP1 ? ? ? 1_555 U MG . MG ? ? 2 G 555 2 MG 1606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.005 ? ? metalc39 metalc ? ? A U 557 OP2 ? ? ? 1_555 BA MG . MG ? ? 2 U 557 2 MG 1613 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.979 ? ? metalc40 metalc ? ? A A 569 OP2 ? ? ? 1_555 BB MG . MG ? ? 2 A 569 2 MG 1639 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? ? metalc41 metalc ? ? A A 570 OP2 ? ? ? 1_555 BB MG . MG ? ? 2 A 570 2 MG 1639 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.009 ? ? metalc42 metalc ? ? A A 571 OP2 ? ? ? 1_555 BB MG . MG ? ? 2 A 571 2 MG 1639 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.163 ? ? metalc43 metalc ? ? A C 573 OP1 ? ? ? 1_555 NB MG . MG ? ? 2 C 573 2 MG 1651 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.936 ? ? metalc44 metalc ? ? A U 575 OP1 ? ? ? 1_555 CA MG . MG ? ? 2 U 575 2 MG 1614 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.146 ? ? metalc45 metalc ? ? A A 593 OP2 ? ? ? 1_555 DB MG . MG ? ? 2 A 593 2 MG 1641 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.545 ? ? metalc46 metalc ? ? A G 594 OP2 ? ? ? 1_555 DB MG . MG ? ? 2 G 594 2 MG 1641 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.610 ? ? metalc47 metalc ? ? A U 595 O4 ? ? ? 1_555 DB MG . MG ? ? 2 U 595 2 MG 1641 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.250 ? ? metalc48 metalc ? ? A A 605 OP2 ? ? ? 1_555 EA MG . MG ? ? 2 A 605 2 MG 1616 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.149 ? ? metalc49 metalc ? ? A G 731 O6 ? ? ? 1_555 GB MG . MG ? ? 2 G 731 2 MG 1644 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.577 ? ? metalc50 metalc ? ? A G 757 OP2 ? ? ? 1_555 JB MG . MG ? ? 2 G 757 2 MG 1647 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.367 ? ? metalc51 metalc ? ? A A 779 OP1 ? ? ? 1_555 KB MG . MG ? ? 2 A 779 2 MG 1648 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.715 ? ? metalc52 metalc ? ? A A 791 OP1 ? ? ? 1_555 KB MG . MG ? ? 2 A 791 2 MG 1648 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.421 ? ? metalc53 metalc ? ? A A 811 OP2 ? ? ? 1_555 GA MG . MG ? ? 2 A 811 2 MG 1618 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? ? metalc54 metalc ? ? A G 832 O6 ? ? ? 1_555 LB MG . MG ? ? 2 G 832 2 MG 1649 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.715 ? ? metalc55 metalc ? ? A G 833 O6 ? ? ? 1_555 LB MG . MG ? ? 2 G 833 2 MG 1649 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.965 ? ? metalc56 metalc ? ? A U 848 O4 ? ? ? 1_555 LB MG . MG ? ? 2 U 848 2 MG 1649 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.681 ? ? metalc57 metalc ? ? A G 850 O6 ? ? ? 1_555 MB MG . MG ? ? 2 G 850 2 MG 1650 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.809 ? ? metalc58 metalc ? ? A U 888 OP2 ? ? ? 1_555 IA MG . MG ? ? 2 U 888 2 MG 1620 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.060 ? ? metalc59 metalc ? ? MA MG . MG ? ? ? 1_555 N GLN 6 OE1 ? ? 2 MG 1624 u GLN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.584 ? ? metalc60 metalc ? ? B A 1496 OP2 ? ? ? 1_555 OB MG . MG ? ? 4 A 1496 4 MG 1601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.391 ? ? metalc61 metalc ? ? B A 1497 OP2 ? ? ? 1_555 OB MG . MG ? ? 4 A 1497 4 MG 1601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? metalc62 metalc ? ? B A 1497 OP1 ? ? ? 1_555 PB MG . MG ? ? 4 A 1497 4 MG 1602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.944 ? ? metalc63 metalc ? ? B G 1502 OP2 ? ? ? 1_555 OB MG . MG ? ? 4 G 1502 4 MG 1601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.250 ? ? metalc64 metalc ? ? B G 1502 OP1 ? ? ? 1_555 PB MG . MG ? ? 4 G 1502 4 MG 1602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.825 ? ? metalc65 metalc ? ? B G 1505 OP1 ? ? ? 1_555 PB MG . MG ? ? 4 G 1505 4 MG 1602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.437 ? ? metalc66 metalc ? ? B G 1505 OP1 ? ? ? 1_555 SB MG . MG ? ? 4 G 1505 4 MG 1605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.437 ? ? metalc67 metalc ? ? B G 1520 O6 ? ? ? 1_555 QB MG . MG ? ? 4 G 1520 4 MG 1603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.421 ? ? hydrog1 hydrog ? ? A A 5 N7 ? ? ? 1_555 A G 625 N2 ? ? 2 A 5 2 G 625 1_555 ? ? ? ? ? ? 'A-G MISPAIR' ? ? ? hydrog2 hydrog ? ? A G 11 N1 ? ? ? 1_555 A C 27 N3 ? ? 2 G 11 2 C 27 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3 hydrog ? ? A G 11 N2 ? ? ? 1_555 A C 27 O2 ? ? 2 G 11 2 C 27 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog4 hydrog ? ? A G 11 O6 ? ? ? 1_555 A C 27 N4 ? ? 2 G 11 2 C 27 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog5 hydrog ? ? A A 12 N1 ? ? ? 1_555 A U 26 N3 ? ? 2 A 12 2 U 26 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog6 hydrog ? ? A A 12 N6 ? ? ? 1_555 A U 26 O4 ? ? 2 A 12 2 U 26 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog7 hydrog ? ? A G 13 N1 ? ? ? 1_555 A C 25 N3 ? ? 2 G 13 2 C 25 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog8 hydrog ? ? A G 13 N2 ? ? ? 1_555 A C 25 O2 ? ? 2 G 13 2 C 25 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog9 hydrog ? ? A G 13 O6 ? ? ? 1_555 A C 25 N4 ? ? 2 G 13 2 C 25 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog10 hydrog ? ? A U 14 N3 ? ? ? 1_555 A G 24 O6 ? ? 2 U 14 2 G 24 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? ? hydrog11 hydrog ? ? A U 14 O2 ? ? ? 1_555 A G 24 N1 ? ? 2 U 14 2 G 24 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? ? hydrog12 hydrog ? ? A U 15 O4 ? ? ? 1_555 A U 22 N3 ? ? 2 U 15 2 U 22 1_555 ? ? ? ? ? ? 'U-U MISPAIR' ? ? ? hydrog13 hydrog ? ? A U 15 N3 ? ? ? 1_555 A A 912 N7 ? ? 2 U 15 2 A 912 1_555 ? ? ? ? ? ? HOOGSTEEN ? ? ? hydrog14 hydrog ? ? A U 15 O4 ? ? ? 1_555 A A 912 N6 ? ? 2 U 15 2 A 912 1_555 ? ? ? ? ? ? HOOGSTEEN ? ? ? hydrog15 hydrog ? ? A G 17 N1 ? ? ? 1_555 A U 917 O2 ? ? 2 G 17 2 U 917 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? ? hydrog16 hydrog ? ? 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WATSON-CRICK ? ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference metalc ? ? hydrog ? ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 3 ? AA2 ? 5 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 4 ? AA5 ? 4 ? AA6 ? 4 ? AA7 ? 3 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 4 ? AB1 ? 6 ? AB2 ? 6 ? AB3 ? 5 ? 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'Paul D. Adams' pdadams@lbl.gov ? ? ? ? Python/C++ https://www.phenix-online.org/ ? phenix.real_space_refine ? ? program 1.17.1_3660 1 ? refinement ? ? 'Paul D. Adams' pdadams@lbl.gov ? ? ? ? Python/C++ https://www.phenix-online.org/ ? PHENIX ? ? program 1.17.1_3660 2 # _pdbx_entry_details.entry_id 6YT9 _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest N _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? # _em_3d_fitting.entry_id 6YT9 _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.details ? _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_protocol 'RIGID BODY FIT' _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.target_criteria 'correlation coefficient' _em_3d_fitting.method ? # loop_ _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.details _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id 1 1 ? ? ? 5MDZ 1 2 ? w ? 5AFI # _em_3d_reconstruction.entry_id 6YT9 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.details ;Multi-body refinement was carried out in RELION 3.0 to obtain the final '30S subunit body' reconstruction. The mask used for this procedure is deposited with this entry. ; _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles 231159 _em_3d_reconstruction.resolution 2.7 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 7.5 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.name 'Acinetobacter baumannii ribosome-tigecycline complex - 30S subunit body' _em_entity_assembly.source NATURAL _em_entity_assembly.type RIBOSOME _em_entity_assembly.entity_id_list 1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14 _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_image_scans.entry_id 6YT9 _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.dimension_height ? _em_image_scans.dimension_width ? _em_image_scans.frames_per_image 50 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.used_frames_per_image ? _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 6YT9 _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.cryogen ? _em_imaging.details ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.nominal_defocus_max 2600 _em_imaging.nominal_defocus_min 800 _em_imaging.nominal_magnification 75000 _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature ? _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details ? _em_vitrification.humidity ? _em_vitrification.instrument ? _em_vitrification.entry_id 6YT9 _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 6YT9 _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 6YT9 _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 N6 2 A 75 ? ? 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L MET 1 2137 1 Y 1 r SER 2 ? L SER 2 2138 1 Y 1 r GLU 3 ? L GLU 3 2139 1 Y 1 r LYS 4 ? L LYS 4 2140 1 Y 1 r ALA 84 ? L ALA 84 2141 1 Y 1 r GLU 85 ? L GLU 85 2142 1 Y 1 s MET 1 ? M MET 1 2143 1 Y 1 s ALA 2 ? M ALA 2 2144 1 Y 1 s ARG 3 ? M ARG 3 2145 1 Y 1 s PHE 4 ? M PHE 4 2146 1 Y 1 s TYR 5 ? M TYR 5 2147 1 Y 1 s ARG 6 ? M ARG 6 2148 1 Y 1 s ARG 7 ? M ARG 7 2149 1 Y 1 s ARG 8 ? M ARG 8 2150 1 Y 1 s LYS 9 ? M LYS 9 2151 1 Y 1 s PHE 10 ? M PHE 10 2152 1 Y 1 s CYS 11 ? M CYS 11 2153 1 Y 1 s ARG 12 ? M ARG 12 2154 1 Y 1 s PHE 13 ? M PHE 13 2155 1 Y 1 s THR 14 ? M THR 14 2156 1 Y 1 s ALA 15 ? M ALA 15 2157 1 Y 1 s GLU 16 ? M GLU 16 2158 1 Y 1 s ASN 17 ? M ASN 17 2159 1 Y 1 s VAL 18 ? M VAL 18 2160 1 Y 1 s ALA 19 ? M ALA 19 2161 1 Y 1 s TYR 20 ? M TYR 20 2162 1 Y 1 s HIS 74 ? M HIS 74 2163 1 Y 1 s LYS 75 ? M LYS 75 2164 1 Y 1 u MET 1 ? N MET 1 2165 1 Y 1 u ASN 88 ? N ASN 88 2166 1 Y 1 v MET 1 ? O MET 1 2167 1 Y 1 v ARG 62 ? O ARG 62 2168 1 Y 1 v GLU 63 ? O GLU 63 2169 1 Y 1 v SER 64 ? 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