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;MPRRRVVAAREILPDPKFSSQTIAKFMNHVMQDGKKSIAESIVYGALERVQEKNKVDPVEFFETTLEKVRPMVEVKARRV GGATYQVPMEVRPSRRTALAMRWLVDAAAKRSEKTMALRLAGELLDAAEGKGAAIKKREDVHRMAEANKAFSHYRF ; h ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MATNYGTGRRKTATARVFLSAGTGKLVINNRTLEQYFGRETARMVVRQPLELLEATEKYDLYITVKGGGIGGQAGAIRHG ITRALIAADETLKPVLRQAGFVTRDAREVERKKLGLRKARKRPQFSKR ; ;MATNYGTGRRKTATARVFLSAGTGKLVINNRTLEQYFGRETARMVVRQPLELLEATEKYDLYITVKGGGIGGQAGAIRHG ITRALIAADETLKPVLRQAGFVTRDAREVERKKLGLRKARKRPQFSKR ; j ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MSNQRIRIRLKSFDHRLIDQSAQEIVETAKRTGAQVCGPIPMPTRIERFNVLTSPHVNKDARDQYEIRTYKRLIDIVQPT DKTVDALMKLDLAAGVDVQIALG ; ;MSNQRIRIRLKSFDHRLIDQSAQEIVETAKRTGAQVCGPIPMPTRIERFNVLTSPHVNKDARDQYEIRTYKRLIDIVQPT DKTVDALMKLDLAAGVDVQIALG ; k ? 8 'polypeptide(L)' no no ;MARIAGVNIPDNKHAVISLTYIFGIGRHTAKNILAAVGITETTKIRELDDAQLDAIRAEVAKVPTEGDLRREISMNIKRL MDLGCYRGLRHRRSLPVRGQRTKTNARTRKGPRKPIKK ; ;MARIAGVNIPDNKHAVISLTYIFGIGRHTAKNILAAVGITETTKIRELDDAQLDAIRAEVAKVPTEGDLRREISMNIKRL MDLGCYRGLRHRRSLPVRGQRTKTNARTRKGPRKPIKK ; n ? 9 'polypeptide(L)' no no ;MAKKGMINRELKREKTVAKYAAKRAELKATIANVNASDEERFEAMLKLQALPRNASPVRLRNRCGLTGRPHGYFRKFGLS RNKLRDTVMQGDVPGVVKASW ; ;MAKKGMINRELKREKTVAKYAAKRAELKATIANVNASDEERFEAMLKLQALPRNASPVRLRNRCGLTGRPHGYFRKFGLS RNKLRDTVMQGDVPGVVKASW ; o ? 10 'polypeptide(L)' no no ;MPRSLKKGPFVDAHLFAKVEAAVASNSRKPIKTWSRRSMILPDFVGLTISVHNGRNHVPVIVTEHMVGHKLGEFAPTRTY RGHGVDKKSKR ; ;MPRSLKKGPFVDAHLFAKVEAAVASNSRKPIKTWSRRSMILPDFVGLTISVHNGRNHVPVIVTEHMVGHKLGEFAPTRTY RGHGVDKKSKR ; t ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 U n 1 2 U n 1 3 U n 1 4 A n 1 5 A n 1 6 C n 1 7 U n 1 8 G n 1 9 A n 1 10 A n 1 11 G n 1 12 A n 1 13 G n 1 14 U n 1 15 U n 1 16 U n 1 17 G n 1 18 A n 1 19 U n 1 20 C n 1 21 A n 1 22 U n 1 23 G n 1 24 G n 1 25 C n 1 26 U n 1 27 C n 1 28 A n 1 29 G n 1 30 A n 1 31 U n 1 32 U n 1 33 G n 1 34 A n 1 35 A n 1 36 C n 1 37 G n 1 38 C n 1 39 U n 1 40 G n 1 41 G n 1 42 C n 1 43 G n 1 44 G n 1 45 C n 1 46 A n 1 47 G n 1 48 G n 1 49 C n 1 50 U n 1 51 U n 1 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'Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81)' 575584 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 1 sample 1 77 ? 'Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81)' 575584 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 1 sample 1 4 ? 'Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81)' 575584 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 4 1 sample 1 250 ? 'Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81)' 575584 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 5 1 sample 1 156 ? 'Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81)' 575584 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 6 1 sample 1 128 ? 'Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81)' 575584 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 7 1 sample 1 103 ? 'Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81)' 575584 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 8 1 sample 1 118 ? 'Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81)' 575584 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 9 1 sample 1 101 ? 'Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81)' 575584 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 10 1 sample 1 91 ? 'Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81)' 575584 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 GB CP009534.1 692328596 ? 1 ;UUUAACUGAAGAGUUUGAUCAUGGCUCAGAUUGAACGCUGGCGGCAGGCUUAACACAUGCAAGUCGAGCGGGGGAAGGUA GCUUGCUACCGGACCUAGCGGCGGACGGGUGAGUAAUGCUUAGGAAUCUGCCUAUUAGUGGGGGACAACAUCUCGAAAGG GAUGCUAAUACCGCAUACGUCCUACGGGAGAAAGCAGGGGAUCUUCGGACCUUGCGCUAAUAGAUGAGCCUAAGUCGGAU UAGCUAGUUGGUGGGGUAAAGGCCUACCAAGGCGACGAUCUGUAGCGGGUCUGAGAGGAUGAUCCGCCACACUGGGACUG AGACACGGCCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUAUUGGACAAUGGGGGGAACCCUGAUCCAGCCAUGCCGCG UGUGUGAAGAAGGCCUUAUGGUUGUAAAGCACUUUAAGCGAGGAGGAGGCUACUUUAGUUAAUACCUAGAGAUAGUGGAC GUUACUCGCAGAAUAAGCACCGGCUAACUCUGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACAGAGGGUGCGAGCGUUAAUCGGAUUUA CUGGGCGUAAAGCGUGCGUAGGCGGCUUAUUAAGUCGGAUGUGAAAUCCCCGAGCUUAACUUGGGAAUUGCAUUCGAUAC UGGUGAGCUAGAGUAUGGGAGAGGAUGGUAGAAUUCCAGGUGUAGCGGUGAAAUGCGUAGAGAUCUGGAGGAAUACCGAU GGCGAAGGCAGCCAUCUGGCCUAAUACUGACGCUGAGGUACGAAAGCAUGGGGAGCAAACAGGAUUAGAUACCCUGGUAG UCCAUGCCGUAAACGAUGUCUACUAGCCGUUGGGGCCUUUGAGGCUUUAGUGGCGCAGCUAACGCGAUAAGUAGACCGCC UGGGGAGUACGGUCGCAAGACUAAAACUCAAAUGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCG AUGCAACGCGAAGAACCUUACCUGGCCUUGACAUACUAGAAACUUUCCAGAGAUGGAUUGGUGCCUUCGGGAAUCUAGAU ACAGGUGCUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUUUUCCUUA CUUGCCAGCAUUUCGGAUGGGAACUUUAAGGAUACUGCCAGUGACAAACUGGAGGAAGGCGGGGACGACGUCAAGUCAUC AUGGCCCUUACGGCCAGGGCUACACACGUGCUACAAUGGUCGGUACAAAGGGUUGCUACACAGCGAUGUGAUGCUAAUCU CAAAAAGCCGAUCGUAGUCCGGAUUGGAGUCUGCAACUCGACUCCAUGAAGUCGGAAUCGCUAGUAAUCGCGGAUCAGAA UGCCGCGGUGAAUACGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACACCAUGGGAGUUUGUUGCACCAGAAGUAGCUAGC CUAACUGCAAAGAGGGCGGUUACCACGGUGUGGCCGAUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAGGGGAACCUG CGGCUGGAUCACCUCCUUAACGAA ; 50417 2 PDB 6YTF 6YTF ? 2 ? 1 3 PDB 6YTF 6YTF ? 3 ? 1 4 UNP D0CD03_ACIB2 D0CD03 ? 4 ;MGQKVHPIGIRLGVVKRHNANWYANPKQYAEYLLKDLQVREFLTKKLKNAMVSNILIERPSGAAKVTISTARPGIVIGKK GEDIEKLQRELTNIMGVPAQVSINEIDRPDLDARLVAEAIASQLEKRVMFRRAMKRAVQNTMRAGAKGIKVEVSGRLGGA EIARTEWYREGRVPLHTLRADIDYATMRAETTYGTIGVKVWIFRGEILGGMKQVMNPAPAEERPAKRGRGRGEGQERRGR RGDRAADKGE ; 1 5 UNP D0C9P7_ACIB2 D0C9P7 ? 5 ;MPRRRVVAAREILPDPKFSSQTIAKFMNHVMQDGKKSIAESIVYGALERVQEKNKVDPVEFFETTLEKVRPMVEVKARRV GGATYQVPMEVRPSRRTALAMRWLVDAAAKRSEKTMALRLAGELLDAAEGKGAAIKKREDVHRMAEANKAFSHYRF ; 1 6 UNP D0CG36_ACIB2 D0CG36 ? 6 ;MATNYGTGRRKTATARVFLSAGTGKLVINNRTLEQYFGRETARMVVRQPLELLEATEKYDLYITVKGGGIGGQAGAIRHG ITRALIAADETLKPVLRQAGFVTRDAREVERKKLGLRKARKRPQFSKR ; 1 7 UNP D0CCZ6_ACIB2 D0CCZ6 ? 7 ;MSNQRIRIRLKSFDHRLIDQSAQEIVETAKRTGAQVCGPIPMPTRIERFNVLTSPHVNKDARDQYEIRTYKRLIDIVQPT DKTVDALMKLDLAAGVDVQIALG ; 6 8 UNP D0CD19_ACIB2 D0CD19 ? 8 ;MARIAGVNIPDNKHAVISLTYIFGIGRHTAKNILAAVGITETTKIRELDDAQLDAIRAEVAKVPTEGDLRREISMNIKRL MDLGCYRGLRHRRSLPVRGQRTKTNARTRKGPRKPIKK ; 1 9 UNP D0CD10_ACIB2 D0CD10 ? 9 ;MAKKGMINRELKREKTVAKYAAKRAELKATIANVNASDEERFEAMLKLQALPRNASPVRLRNRCGLTGRPHGYFRKFGLS RNKLRDTVMQGDVPGVVKASW ; 1 10 UNP D0CD01_ACIB2 D0CD01 ? 10 ;MPRSLKKGPFVDAHLFAKVEAAVASNSRKPIKTWSRRSMILPDFVGLTISVHNGRNHVPVIVTEHMVGHKLGEFAPTRTY RGHGVDKKSKR ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6YTF 3 1 ? 1544 ? 692328596 50417 ? 51960 ? 1 1544 2 2 6YTF 7 1 ? 77 ? 6YTF 0 ? 76 ? 0 76 3 3 6YTF 9 1 ? 4 ? 6YTF 1 ? 4 ? 1 4 4 4 6YTF d 1 ? 250 ? D0CD03 1 ? 250 ? 1 250 5 5 6YTF h 1 ? 156 ? D0C9P7 1 ? 156 ? 1 156 6 6 6YTF j 1 ? 128 ? D0CG36 1 ? 128 ? 1 128 7 7 6YTF k 1 ? 103 ? D0CCZ6 6 ? 108 ? 1 103 8 8 6YTF n 1 ? 118 ? D0CD19 1 ? 118 ? 1 118 9 9 6YTF o 1 ? 101 ? D0CD10 1 ? 101 ? 1 101 10 10 6YTF t 1 ? 91 ? D0CD01 1 ? 91 ? 1 91 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight 4SU 'RNA linking' n "4-THIOURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H13 N2 O8 P S' 340.247 5MU 'RNA linking' n ;5-METHYLURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE ; ? 'C10 H15 N2 O9 P' 338.208 A 'RNA linking' y "ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 C 'RNA linking' y "CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O8 P' 323.197 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 G 'RNA linking' y "GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O8 P' 363.221 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 H2U 'RNA linking' n "5,6-DIHYDROURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H15 N2 O9 P' 326.197 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MG non-polymer . 'MAGNESIUM ION' ? 'Mg 2' 24.305 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 PSU 'RNA linking' n "PSEUDOURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H13 N2 O9 P' 324.181 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 T1C non-polymer . TIGECYCLINE ? 'C29 H41 N5 O8 2' 587.665 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 U 'RNA linking' y "URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H13 N2 O9 P' 324.181 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6YTF _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.B_iso_max ? _refine.B_iso_mean 21.23 _refine.B_iso_min ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.details ? _refine.diff_density_max ? _refine.diff_density_max_esd ? _refine.diff_density_min ? _refine.diff_density_min_esd ? _refine.diff_density_rms ? _refine.diff_density_rms_esd ? _refine.entry_id 6YTF _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.ls_abs_structure_details ? _refine.ls_abs_structure_Flack ? _refine.ls_abs_structure_Flack_esd ? _refine.ls_abs_structure_Rogers ? _refine.ls_abs_structure_Rogers_esd ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_extinction_coef ? _refine.ls_extinction_coef_esd ? _refine.ls_extinction_expression ? _refine.ls_extinction_method ? _refine.ls_goodness_of_fit_all ? _refine.ls_goodness_of_fit_all_esd ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs_esd ? _refine.ls_hydrogen_treatment ? _refine.ls_matrix_type ? _refine.ls_number_constraints ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_work ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_Fsqd_factor_obs ? _refine.ls_R_I_factor_obs ? _refine.ls_redundancy_reflns_all ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.ls_restrained_S_all ? _refine.ls_restrained_S_obs ? _refine.ls_shift_over_esd_max ? _refine.ls_shift_over_esd_mean ? _refine.ls_structure_factor_coef ? _refine.ls_weighting_details ? _refine.ls_weighting_scheme ? _refine.ls_wR_factor_all ? _refine.ls_wR_factor_obs ? _refine.ls_wR_factor_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_work ? _refine.occupancy_max ? _refine.occupancy_min ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.pdbx_R_complete ? _refine.ls_R_factor_gt ? _refine.ls_goodness_of_fit_gt ? _refine.ls_goodness_of_fit_ref ? _refine.ls_shift_over_su_max ? _refine.ls_shift_over_su_max_lt ? _refine.ls_shift_over_su_mean ? _refine.ls_shift_over_su_mean_lt ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_ls_sigma_Fsqd ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method NONE _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2' _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_real_space_R ? _refine.pdbx_density_correlation ? _refine.pdbx_pd_number_of_powder_patterns ? _refine.pdbx_pd_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_meas_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_R_factor ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_wR_factor ? _refine.pdbx_pd_Marquardt_correlation_coeff ? _refine.pdbx_pd_Fsqrd_R_factor ? _refine.pdbx_pd_ls_matrix_band_width ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_average_fsc_overall ? _refine.pdbx_average_fsc_work ? _refine.pdbx_average_fsc_free ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0071 ? 18182 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.8528 ? 26884 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0485 ? 3417 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0059 ? 1651 ? f_plane_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 17.6587 ? 6677 ? f_dihedral_angle_d ? ? # _struct.entry_id 6YTF _struct.title 'Acinetobacter baumannii ribosome-tigecycline complex - 30S subunit head' _struct.pdbx_descriptor ;30S ribosomal protein S3, 30S ribosomal protein S7, 30S ribosomal protein S9, 30S ribosomal protein S10, 30S ribosomal protein S13, 30S ribosomal protein S14, 30S ribosomal protein S19/RNA Complex ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6YTF _struct_keywords.text 'antibiotic, tigecycline, translation, ribosome' _struct_keywords.pdbx_keywords RIBOSOME # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 7 ? H N N 8 ? I N N 9 ? J N N 10 ? K N N 11 ? L N N 11 ? M N N 11 ? N N N 11 ? O N N 11 ? P N N 11 ? Q N N 11 ? R N N 11 ? S N N 11 ? T N N 11 ? U N N 11 ? V N N 11 ? W N N 11 ? X N N 11 ? Y N N 11 ? Z N N 11 ? AA N N 11 ? BA N N 11 ? CA N N 11 ? DA N N 11 ? EA N N 11 ? FA N N 11 ? GA N N 11 ? HA N N 12 ? IA N N 11 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 HIS D 6 ? ARG D 11 ? HIS d 6 ARG d 11 1 ? 6 HELX_P HELX_P2 AA2 GLN D 28 ? LEU D 47 ? GLN d 28 LEU d 47 1 ? 20 HELX_P HELX_P3 AA3 ARG D 72 ? 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LEU j 92 ALA j 99 1 ? 8 HELX_P HELX_P18 AB9 ASP G 14 ? THR G 32 ? ASP k 14 THR k 32 1 ? 19 HELX_P HELX_P19 AC1 THR G 83 ? LYS G 89 ? THR k 83 LYS k 89 1 ? 7 HELX_P HELX_P20 AC2 HIS H 14 ? LEU H 19 ? HIS n 14 LEU n 19 1 ? 6 HELX_P HELX_P21 AC3 THR H 20 ? ILE H 22 ? THR n 20 ILE n 22 5 ? 3 HELX_P HELX_P22 AC4 GLY H 26 ? VAL H 37 ? GLY n 26 VAL n 37 1 ? 12 HELX_P HELX_P23 AC5 LYS H 44 ? LEU H 48 ? LYS n 44 LEU n 48 5 ? 5 HELX_P HELX_P24 AC6 ASP H 49 ? ALA H 61 ? ASP n 49 ALA n 61 1 ? 13 HELX_P HELX_P25 AC7 THR H 65 ? LEU H 83 ? THR n 65 LEU n 83 1 ? 19 HELX_P HELX_P26 AC8 CYS H 85 ? ARG H 93 ? CYS n 85 ARG n 93 1 ? 9 HELX_P HELX_P27 AC9 LYS I 3 ? TYR I 20 ? LYS o 3 TYR o 20 1 ? 18 HELX_P HELX_P28 AD1 TYR I 20 ? ASN I 33 ? TYR o 20 ASN o 33 1 ? 14 HELX_P HELX_P29 AD2 GLU I 39 ? GLN I 49 ? GLU o 39 GLN o 49 1 ? 11 HELX_P HELX_P30 AD3 ALA I 50 ? LEU I 51 ? ALA o 50 LEU o 51 5 ? 2 HELX_P HELX_P31 AD4 PRO I 52 ? LEU I 60 ? PRO o 52 LEU o 60 5 ? 9 HELX_P HELX_P32 AD5 SER I 80 ? GLN I 90 ? SER o 80 GLN o 90 1 ? 11 HELX_P HELX_P33 AD6 ASP J 12 ? ALA J 24 ? ASP t 12 ALA t 24 1 ? 13 HELX_P HELX_P34 AD7 LEU J 41 ? VAL J 45 ? LEU t 41 VAL t 45 5 ? 5 HELX_P HELX_P35 AD8 LEU J 71 ? ALA J 75 ? 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MG ? ? 3 G 1055 3 MG 1607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.697 ? ? metalc11 metalc ? ? A G 1091 OP1 ? ? ? 1_555 Z MG . MG ? ? 3 G 1091 3 MG 1616 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.898 ? ? metalc12 metalc ? ? A G 1091 OP2 ? ? ? 1_555 Z MG . MG ? ? 3 G 1091 3 MG 1616 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.909 ? ? metalc13 metalc ? ? A U 1092 OP2 ? ? ? 1_555 R MG . MG ? ? 3 U 1092 3 MG 1608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.983 ? ? metalc14 metalc ? ? A G 1105 O6 ? ? ? 1_555 R MG . MG ? ? 3 G 1105 3 MG 1608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.953 ? ? metalc15 metalc ? ? A A 1107 OP2 ? ? ? 1_555 S MG . MG ? ? 3 A 1107 3 MG 1609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.193 ? ? metalc16 metalc ? ? A A 1194 OP2 ? ? ? 1_555 N MG . MG ? ? 3 A 1194 3 MG 1604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.221 ? ? metalc17 metalc ? ? A A 1194 OP1 ? ? ? 1_555 O MG . MG ? ? 3 A 1194 3 MG 1605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.703 ? ? metalc18 metalc ? ? A G 1195 OP2 ? ? ? 1_555 O MG . MG ? ? 3 G 1195 3 MG 1605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.539 ? ? metalc19 metalc ? ? A U 1196 OP1 ? ? ? 1_555 P MG . MG ? ? 3 U 1196 3 MG 1606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.755 ? ? metalc20 metalc ? ? A U 1196 O4 ? ? ? 1_555 Q MG . MG ? ? 3 U 1196 3 MG 1607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.961 ? ? metalc21 metalc ? ? A G 1204 O6 ? ? ? 1_555 AA MG . MG ? ? 3 G 1204 3 MG 1617 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.702 ? ? metalc22 metalc ? ? A U 1221 OP1 ? ? ? 1_555 BA MG . MG ? ? 3 U 1221 3 MG 1618 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.483 ? ? metalc23 metalc ? ? A C 1300 OP1 ? ? ? 1_555 DA MG . MG ? ? 3 C 1300 3 MG 1620 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.069 ? ? metalc24 metalc ? ? A G 1301 OP2 ? ? ? 1_555 DA MG . MG ? ? 3 G 1301 3 MG 1620 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.567 ? ? metalc25 metalc ? ? A U 1327 OP1 ? ? ? 1_555 IA MG . MG ? ? 3 U 1327 n MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.817 ? ? metalc26 metalc ? ? A G 1331 OP2 ? ? ? 1_555 CA MG . MG ? ? 3 G 1331 3 MG 1619 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.237 ? ? metalc27 metalc ? ? A G 1367 O6 ? ? ? 1_555 GA MG . MG ? ? 3 G 1367 3 MG 1623 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.246 ? ? metalc28 metalc ? ? O MG . MG ? ? ? 1_555 HA T1C . O12 ? ? 3 MG 1605 3 T1C 1624 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.225 ? ? metalc29 metalc ? ? O MG . MG ? ? ? 1_555 HA T1C . O11 ? ? 3 MG 1605 3 T1C 1624 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.226 ? ? metalc30 metalc ? ? H THR 20 O ? ? ? 1_555 IA MG . MG ? ? n THR 20 n MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? ? hydrog1 hydrog ? ? A C 927 N3 ? ? ? 1_555 A G 1384 N1 ? ? 3 C 927 3 G 1384 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog2 hydrog ? ? A C 927 N4 ? ? ? 1_555 A G 1384 O6 ? ? 3 C 927 3 G 1384 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3 hydrog ? ? A C 927 O2 ? ? ? 1_555 A G 1384 N2 ? ? 3 C 927 3 G 1384 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog4 hydrog ? ? A C 928 N3 ? ? ? 1_555 A G 1383 N1 ? ? 3 C 928 3 G 1383 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog5 hydrog ? ? A C 928 N4 ? ? ? 1_555 A G 1383 O6 ? ? 3 C 928 3 G 1383 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog6 hydrog ? ? A C 928 O2 ? ? ? 1_555 A G 1383 N2 ? ? 3 C 928 3 G 1383 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog7 hydrog ? ? A C 929 N3 ? ? ? 1_555 A G 1382 N1 ? ? 3 C 929 3 G 1382 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog8 hydrog ? ? A C 929 N4 ? ? ? 1_555 A G 1382 O6 ? ? 3 C 929 3 G 1382 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog9 hydrog ? ? A C 929 O2 ? ? ? 1_555 A G 1382 N2 ? ? 3 C 929 3 G 1382 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog10 hydrog ? ? A G 930 N1 ? ? ? 1_555 A C 1381 N3 ? ? 3 G 930 3 C 1381 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog11 hydrog ? ? A G 930 N2 ? ? ? 1_555 A C 1381 O2 ? ? 3 G 930 3 C 1381 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog12 hydrog ? ? A G 930 O6 ? ? ? 1_555 A C 1381 N4 ? ? 3 G 930 3 C 1381 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog13 hydrog ? ? A C 931 N3 ? ? ? 1_555 A A 935 N6 ? ? 3 C 931 3 A 935 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_26_PAIR ? ? ? hydrog14 hydrog ? ? A C 931 N4 ? ? ? 1_555 A A 935 N1 ? ? 3 C 931 3 A 935 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_26_PAIR ? ? ? hydrog15 hydrog ? ? A A 932 N1 ? ? ? 1_555 A U 1377 N3 ? ? 3 A 932 3 U 1377 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog16 hydrog ? ? A A 932 N6 ? ? ? 1_555 A U 1377 O4 ? ? 3 A 932 3 U 1377 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog17 hydrog ? ? A A 932 N3 ? ? ? 1_555 A C 1380 N4 ? ? 3 A 932 3 C 1380 1_555 ? ? ? ? ? ? 'A-C MISPAIR' ? ? ? hydrog18 hydrog ? ? A C 933 N3 ? ? ? 1_555 A G 1376 N1 ? ? 3 C 933 3 G 1376 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog19 hydrog ? ? A C 933 N4 ? ? ? 1_555 A G 1376 O6 ? ? 3 C 933 3 G 1376 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog20 hydrog ? ? A C 933 O2 ? ? ? 1_555 A G 1376 N2 ? ? 3 C 933 3 G 1376 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog21 hydrog ? ? A A 934 N3 ? ? ? 1_555 A C 1375 N4 ? ? 3 A 934 3 C 1375 1_555 ? ? ? ? ? ? 'A-C MISPAIR' ? ? ? hydrog22 hydrog ? ? A A 935 N1 ? ? ? 1_555 A U 1342 N3 ? ? 3 A 935 3 U 1342 1_555 ? ? ? ? ? ? 'A-U PAIR' ? ? ? hydrog23 hydrog ? ? A G 936 N1 ? ? ? 1_555 A C 1341 N3 ? ? 3 G 936 3 C 1341 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog24 hydrog ? ? A G 936 N2 ? ? ? 1_555 A C 1341 O2 ? ? 3 G 936 3 C 1341 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog25 hydrog ? ? A G 936 O6 ? ? ? 1_555 A C 1341 N4 ? ? 3 G 936 3 C 1341 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog26 hydrog ? ? A C 937 N3 ? ? ? 1_555 A G 1340 N1 ? ? 3 C 937 3 G 1340 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog27 hydrog ? ? A C 937 N4 ? ? ? 1_555 A G 1340 O6 ? ? 3 C 937 3 G 1340 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog28 hydrog ? ? A C 937 O2 ? ? ? 1_555 A G 1340 N2 ? ? 3 C 937 3 G 1340 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog29 hydrog ? ? A G 938 N1 ? ? ? 1_555 A C 1339 N3 ? ? 3 G 938 3 C 1339 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog30 hydrog ? ? A G 938 N2 ? ? ? 1_555 A C 1339 O2 ? ? 3 G 938 3 C 1339 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog31 hydrog ? ? A G 938 O6 ? ? ? 1_555 A C 1339 N4 ? ? 3 G 938 3 C 1339 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog32 hydrog ? ? A G 939 N1 ? ? ? 1_555 A U 1338 O2 ? ? 3 G 939 3 U 1338 1_555 ? ? ? ? ? ? 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IA 11 MG 1 201 201 MG MG n . # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details decameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 10 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 37000 ? 1 MORE -490 ? 1 'SSA (A^2)' 93270 ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _pdbx_struct_conn_angle.id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.value _pdbx_struct_conn_angle.value_esd 1 OP1 ? A A 961 ? 3 A 961 ? 1_555 MG ? P MG . ? 3 MG 1606 ? 1_555 OP1 ? A U 1196 ? 3 U 1196 ? 1_555 79.9 ? 2 OP1 ? A U 989 ? 3 U 989 ? 1_555 MG ? X MG . ? 3 MG 1614 ? 1_555 OP2 ? A U 989 ? 3 U 989 ? 1_555 59.3 ? 3 OP1 ? A U 989 ? 3 U 989 ? 1_555 MG ? X MG . ? 3 MG 1614 ? 1_555 "O5'" ? A U 989 ? 3 U 989 ? 1_555 75.6 ? 4 OP2 ? A U 989 ? 3 U 989 ? 1_555 MG ? X MG . ? 3 MG 1614 ? 1_555 "O5'" ? A U 989 ? 3 U 989 ? 1_555 56.4 ? 5 OP2 ? A C 1051 ? 3 C 1051 ? 1_555 MG ? N MG . ? 3 MG 1604 ? 1_555 OP2 ? A A 1194 ? 3 A 1194 ? 1_555 73.7 ? 6 OP1 ? A C 1051 ? 3 C 1051 ? 1_555 MG ? O MG . ? 3 MG 1605 ? 1_555 OP1 ? A A 1194 ? 3 A 1194 ? 1_555 93.9 ? 7 OP1 ? A C 1051 ? 3 C 1051 ? 1_555 MG ? O MG . ? 3 MG 1605 ? 1_555 OP2 ? A G 1195 ? 3 G 1195 ? 1_555 108.1 ? 8 OP1 ? A A 1194 ? 3 A 1194 ? 1_555 MG ? O MG . ? 3 MG 1605 ? 1_555 OP2 ? A G 1195 ? 3 G 1195 ? 1_555 70.7 ? 9 OP1 ? A C 1051 ? 3 C 1051 ? 1_555 MG ? O MG . ? 3 MG 1605 ? 1_555 O12 ? HA T1C . ? 3 T1C 1624 ? 1_555 149.0 ? 10 OP1 ? A A 1194 ? 3 A 1194 ? 1_555 MG ? O MG . ? 3 MG 1605 ? 1_555 O12 ? HA T1C . ? 3 T1C 1624 ? 1_555 66.3 ? 11 OP2 ? A G 1195 ? 3 G 1195 ? 1_555 MG ? O MG . ? 3 MG 1605 ? 1_555 O12 ? HA T1C . ? 3 T1C 1624 ? 1_555 88.3 ? 12 OP1 ? A C 1051 ? 3 C 1051 ? 1_555 MG ? O MG . ? 3 MG 1605 ? 1_555 O11 ? HA T1C . ? 3 T1C 1624 ? 1_555 92.4 ? 13 OP1 ? A A 1194 ? 3 A 1194 ? 1_555 MG ? O MG . ? 3 MG 1605 ? 1_555 O11 ? HA T1C . ? 3 T1C 1624 ? 1_555 91.5 ? 14 OP2 ? A G 1195 ? 3 G 1195 ? 1_555 MG ? O MG . ? 3 MG 1605 ? 1_555 O11 ? HA T1C . ? 3 T1C 1624 ? 1_555 153.3 ? 15 O12 ? HA T1C . ? 3 T1C 1624 ? 1_555 MG ? O MG . ? 3 MG 1605 ? 1_555 O11 ? HA T1C . ? 3 T1C 1624 ? 1_555 65.9 ? 16 O6 ? A G 1055 ? 3 G 1055 ? 1_555 MG ? Q MG . ? 3 MG 1607 ? 1_555 O4 ? A U 1196 ? 3 U 1196 ? 1_555 80.3 ? 17 OP1 ? A G 1091 ? 3 G 1091 ? 1_555 MG ? Z MG . ? 3 MG 1616 ? 1_555 OP2 ? A G 1091 ? 3 G 1091 ? 1_555 83.0 ? 18 OP2 ? A U 1092 ? 3 U 1092 ? 1_555 MG ? R MG . ? 3 MG 1608 ? 1_555 O6 ? A G 1105 ? 3 G 1105 ? 1_555 95.0 ? 19 OP1 ? A C 1300 ? 3 C 1300 ? 1_555 MG ? DA MG . ? 3 MG 1620 ? 1_555 OP2 ? A G 1301 ? 3 G 1301 ? 1_555 70.3 ? 20 OP1 ? A U 1327 ? 3 U 1327 ? 1_555 MG ? IA MG . ? n MG 201 ? 1_555 O ? H THR 20 ? n THR 20 ? 1_555 135.8 ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2020-09-16 2 'Structure model' 1 1 2020-10-14 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # _pdbx_audit_revision_group.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal 2 _pdbx_audit_revision_group.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_group.group 'Database references' # _pdbx_audit_revision_category.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal 2 _pdbx_audit_revision_category.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_category.category citation # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_citation.journal_volume' 2 2 'Structure model' '_citation.page_first' 3 2 'Structure model' '_citation.page_last' # loop_ _software.citation_id _software.classification _software.compiler_name _software.compiler_version _software.contact_author _software.contact_author_email _software.date _software.description _software.dependencies _software.hardware _software.language _software.location _software.mods _software.name _software.os _software.os_version _software.type _software.version _software.pdbx_ordinal ? refinement ? ? 'Paul D. Adams' pdadams@lbl.gov ? ? ? ? Python/C++ https://www.phenix-online.org/ ? phenix.real_space_refine ? ? program 1.17.1_3660 1 ? refinement ? ? 'Paul D. Adams' pdadams@lbl.gov ? ? ? ? Python/C++ https://www.phenix-online.org/ ? PHENIX ? ? program 1.17.1_3660 2 # _pdbx_entry_details.entry_id 6YTF _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest Y # _em_3d_fitting.entry_id 6YTF _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.details ;The quality of the map is relatively poor so the related PDB entry 6YS5 (A. baumannii ribosome-amikacin complex - 30S subunit head) was rigid body fitted into the map using Chimera X-0.9, tigecycline was placed into the density at the primary site, and one round of global real space refinement and local refinement were carried out using PHENIX and Coot respectively, using ligand restraints in both cases. ; _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_protocol 'RIGID BODY FIT' _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.target_criteria 'correlation coefficient' _em_3d_fitting.method ? # loop_ _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.details _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id 1 1 ? ? ? 6YS5 1 2 ? w ? 5AFI # _em_3d_reconstruction.entry_id 6YTF _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.details ;Multi-body refinement was carried out in RELION 3.0 to obtain the final '30S subunit head' reconstruction. The mask used for this procedure is deposited with this entry. ; _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles 231159 _em_3d_reconstruction.resolution 3.0 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 7.5 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.name 'Acinetobacter baumannii ribosome-tigecycline complex - 30S subunit head' _em_entity_assembly.source NATURAL _em_entity_assembly.type RIBOSOME _em_entity_assembly.entity_id_list '1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10' _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_image_scans.entry_id 6YTF _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.dimension_height ? _em_image_scans.dimension_width ? _em_image_scans.frames_per_image 50 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.used_frames_per_image ? _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 6YTF _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.cryogen ? _em_imaging.details ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.nominal_defocus_max 2600 _em_imaging.nominal_defocus_min 800 _em_imaging.nominal_magnification 75000 _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature ? _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details ? _em_vitrification.humidity ? _em_vitrification.instrument ? _em_vitrification.entry_id 6YTF _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 6YTF _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 6YTF _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 NH2 t ARG 36 ? ? 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Gctf 1.18 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? 'UCSF Chimera' X-0.9 ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3.0 1 ? ? 10 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3.0 1 ? ? 11 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 12 RECONSTRUCTION ? RELION 3.0 1 ? ? 13 'VOLUME SELECTION' ? ? ? 1 1 1 14 'SERIES ALIGNMENT' ? ? ? 1 1 1 15 'MOLECULAR REPLACEMENT' ? ? ? 1 1 1 16 'LATTICE DISTORTION CORRECTION' ? ? ? 1 1 1 17 'SYMMETRY DETERMINATION' ? ? ? 1 1 1 18 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? ? ? 1 1 1 19 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX 1.17.1-3660 ? 1 ? 20 'MODEL REFINEMENT' ? Coot 0.8.9.2 ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 6YTF 'double helix' 6YTF 'a-form double helix' 6YTF 'hairpin loop' 6YTF tetraloop 6YTF 'bulge loop' 6YTF 'mismatched base pair' 6YTF 'internal loop' 6YTF 'triple helix' 6YTF 'quadruple helix' 6YTF 'three-way junction' 6YTF 'four-way junction' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 A C 927 1_555 A G 1384 1_555 0.135 -0.203 -0.375 -3.539 -2.980 2.580 1 3_C927:G1384_3 3 927 ? 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3 1384 ? 3 928 ? 3 1383 ? 1 A C 928 1_555 A G 1383 1_555 A C 929 1_555 A G 1382 1_555 0.032 -1.633 3.269 0.836 1.775 25.424 -4.199 0.163 3.149 4.025 -1.897 25.499 2 33_C928C929:G1382G1383_33 3 928 ? 3 1383 ? 3 929 ? 3 1382 ? 1 A C 929 1_555 A G 1382 1_555 A G 930 1_555 A C 1381 1_555 0.291 -0.947 3.050 3.069 17.486 34.649 -3.294 -0.110 2.343 27.259 -4.784 38.807 3 33_C929G930:C1381G1382_33 3 929 ? 3 1382 ? 3 930 ? 3 1381 ? 1 A G 930 1_555 A C 1381 1_555 A A 932 1_555 A U 1377 1_555 4.548 -0.554 4.292 14.377 -12.611 102.963 -0.102 -2.598 4.751 -8.012 -9.134 104.224 4 33_G930A932:U1377C1381_33 3 930 ? 3 1381 ? 3 932 ? 3 1377 ? 1 A A 932 1_555 A U 1377 1_555 A C 933 1_555 A G 1376 1_555 1.215 -1.918 3.186 -5.569 6.147 28.675 -4.854 -3.381 2.457 12.095 10.957 29.826 5 33_A932C933:G1376U1377_33 3 932 ? 3 1377 ? 3 933 ? 3 1376 ? 1 A C 933 1_555 A G 1376 1_555 A A 934 1_555 A C 1375 1_555 -1.187 -1.294 2.632 -7.237 13.175 54.246 -1.966 0.938 2.411 14.147 7.770 56.137 6 33_C933A934:C1375G1376_33 3 933 ? 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