data_6Z2Y # _entry.id 6Z2Y # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.348 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 6Z2Y pdb_00006z2y 10.2210/pdb6z2y/pdb WWPDB D_1292108556 ? ? EMDB EMD-11052 ? ? # _pdbx_database_PDB_obs_spr.id OBSLTE _pdbx_database_PDB_obs_spr.date 2021-08-25 _pdbx_database_PDB_obs_spr.pdb_id 7PEL _pdbx_database_PDB_obs_spr.replace_pdb_id 6Z2Y _pdbx_database_PDB_obs_spr.details ? # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type PDB 'CCD integrase (HTLV-2)' 6QBV unspecified PDB 'CCD integrase (HTLV-2)' 6QBT unspecified PDB 'CCD integrase (HTLV-2)' 6QBW unspecified PDB 'CTD integrase (HTLV-1)' 6TJU unspecified PDB 'CTD integrase (HTLV-1) in complex with B56gamma' 6TOQ unspecified EMDB 'CryoEM structure of simian T-cell lymphotropic virus intasome in complex with PP2A regulatory subunit B56 gamma' EMD-11052 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code OBS _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 6Z2Y _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2020-05-18 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Barski, M.' 1 0000-0002-4663-6915 'Pye, V.E.' 2 0000-0001-9616-2992 'Nans, A.' 3 0000-0002-3791-2447 'Cherepanov, P.' 4 0000-0002-0634-538X 'Maertens, G.N.' 5 0000-0002-1963-8026 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Nat Commun' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2041-1723 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 11 _citation.language ? _citation.page_first 5043 _citation.page_last 5043 _citation.title 'Cryo-EM structure of the deltaretroviral intasome in complex with the PP2A regulatory subunit B56 gamma.' _citation.year 2020 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41467-020-18874-y _citation.pdbx_database_id_PubMed 33028863 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Barski, M.S.' 1 0000-0002-4663-6915 primary 'Minnell, J.J.' 2 0000-0001-9108-7874 primary 'Hodakova, Z.' 3 0000-0002-2599-0333 primary 'Pye, V.E.' 4 0000-0001-9616-2992 primary 'Nans, A.' 5 0000-0002-3791-2447 primary 'Cherepanov, P.' 6 0000-0002-0634-538X primary 'Maertens, G.N.' 7 0000-0002-1963-8026 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 6Z2Y _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6Z2Y _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Pol protein' 33885.504 4 ? ? ? ? 2 polymer man 'PC4 and SFRS1-interacting protein,Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform' 80394.680 2 ? ? ? ;fusion construct containing human LEDGF (residues 1-324 thus without the IBD domain) (gene PSIP1; O75475)) and human B56gammma (residues 11-380) regulatory subunit of PP2A (gene PPP2R5C) (no space for these details below),fusion construct containing human LEDGF (residues 1-324 thus without the IBD domain) (gene PSIP1; O75475)) and human B56gammma (residues 11-380) regulatory subunit of PP2A (gene PPP2R5C) (no space for these details below) ; 3 polymer syn ;DNA (5'-D(*AP*CP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*GP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*CP*TP*CP*TP*C)-3') ; 9221.909 2 ? ? ? ? 4 polymer syn ;DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*GP*CP*GP*CP*CP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*A)-3') ; 8593.560 2 ? ? ? ? 5 non-polymer syn 'ZINC ION' 65.409 4 ? ? ? ? # _entity_name_com.entity_id 2 _entity_name_com.name ;CLL-associated antigen KW-7,Dense fine speckles 70 kDa protein,DFS 70,Lens epithelium-derived growth factor,Transcriptional coactivator p75/p52,PP2A B subunit isoform B'-gamma,PP2A B subunit isoform B56-gamma,PP2A B subunit isoform PR61-gamma,PP2A B subunit isoform R5-gamma,Renal carcinoma antigen NY-REN-29 ; # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;GPEFQLSPAKLHSFTHCGQAALTLHGATTTEALNILHSCHACRKNNPQHQMPRGHIRRGLLPNHIWQGDITHFKYKNTLY RLHVWVDTFSGSVSATHKKRETSSEAISSLLHAIAHLGRPSHINTDNGPAYASQEFQHACTSLAIRHTTHIPYNPTSSGL VERTNGILKTLLYKYFSDNPNLPMDNALSVALWTINHLNVLTHCQKTRWQLHHSPRLPPIPEAKPVTTSKTHWYYFKIPG LNSRQWKGPQRALQEAAGAALIPVSDTAAQWIPWKLLKRAVCPRLAGDTADPKERDHQHHG ; ;GPEFQLSPAKLHSFTHCGQAALTLHGATTTEALNILHSCHACRKNNPQHQMPRGHIRRGLLPNHIWQGDITHFKYKNTLY RLHVWVDTFSGSVSATHKKRETSSEAISSLLHAIAHLGRPSHINTDNGPAYASQEFQHACTSLAIRHTTHIPYNPTSSGL VERTNGILKTLLYKYFSDNPNLPMDNALSVALWTINHLNVLTHCQKTRWQLHHSPRLPPIPEAKPVTTSKTHWYYFKIPG LNSRQWKGPQRALQEAAGAALIPVSDTAAQWIPWKLLKRAVCPRLAGDTADPKERDHQHHG ; A,B,D,E ? 2 'polypeptide(L)' no no ;SMTRDFKPGDLIFAKMKGYPHWPARVDEVPDGAVKPPTNKLPIFFFGTHETAFLGPKDIFPYSENKEKYGKPNKRKGFNE GLWEIDNNPKVKFSSQQAATKQSNASSDVEVEEKETSVSKEDTDHEEKASNEDVTKAVDITTPKAARRGRKRKAEKQVET EEAGVVTTATASVNLKVSPKRGRPAATEVKIPKPRGRPKMVKQPCPSESDIITEEDKSKKKGQEEKQPKKQPKKDEEGQK EEDKPRKEPDKKEGKKEVESKRKNLAKTGVTSTSDSEEEGDDQEGEKKRKGGRNFQTAHRRNMLKGQHEKEAADRKRKQE EQMETEFMVVDAANSNGPFQPVVLLHIRDVPPADQEKLFIQKLRQCCVLFDFVSDPLSDLKWKEVKRAALSEMVEYITHN RNVITEPIYPEVVHMFAVNMFRTLPPSSNPTGAEFDPEEDEPTLEAAWPHLQLVYEFFLRFLESPDFQPNIAKKYIDQKF VLQLLELFDSEDPRERDFLKTTLHRIYGKFLGLRAYIRKQINNIFYRFIYETEHHNGIAELLEILGSIINGFALPLKEEH KIFLLKVLLPLHKVKSLSVYHPQLAYCVVQFLEKDSTLTEPVVMALLKYWPKTHSPKEVMFLNELEEILDVIEPSEFVKI MEPLFRQLAKCVSSPHFQVAERALYYWNNEYIMSLISDNAAKILPIMFPSLYRNSKT ; ;SMTRDFKPGDLIFAKMKGYPHWPARVDEVPDGAVKPPTNKLPIFFFGTHETAFLGPKDIFPYSENKEKYGKPNKRKGFNE GLWEIDNNPKVKFSSQQAATKQSNASSDVEVEEKETSVSKEDTDHEEKASNEDVTKAVDITTPKAARRGRKRKAEKQVET EEAGVVTTATASVNLKVSPKRGRPAATEVKIPKPRGRPKMVKQPCPSESDIITEEDKSKKKGQEEKQPKKQPKKDEEGQK EEDKPRKEPDKKEGKKEVESKRKNLAKTGVTSTSDSEEEGDDQEGEKKRKGGRNFQTAHRRNMLKGQHEKEAADRKRKQE EQMETEFMVVDAANSNGPFQPVVLLHIRDVPPADQEKLFIQKLRQCCVLFDFVSDPLSDLKWKEVKRAALSEMVEYITHN RNVITEPIYPEVVHMFAVNMFRTLPPSSNPTGAEFDPEEDEPTLEAAWPHLQLVYEFFLRFLESPDFQPNIAKKYIDQKF VLQLLELFDSEDPRERDFLKTTLHRIYGKFLGLRAYIRKQINNIFYRFIYETEHHNGIAELLEILGSIINGFALPLKEEH KIFLLKVLLPLHKVKSLSVYHPQLAYCVVQFLEKDSTLTEPVVMALLKYWPKTHSPKEVMFLNELEEILDVIEPSEFVKI MEPLFRQLAKCVSSPHFQVAERALYYWNNEYIMSLISDNAAKILPIMFPSLYRNSKT ; C,F ? 3 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DT) (DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DG)(DA) ; ACTGTGTTTGGCGCTTCTCTCCCGGAGAGA K,M ? 4 polydeoxyribonucleotide no no ;(DT)(DC)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC) (DC)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA) ; TCTCTCCGGGAGAGAAGCGCCAAACACA L,N ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 GLY n 1 2 PRO n 1 3 GLU n 1 4 PHE n 1 5 GLN n 1 6 LEU n 1 7 SER n 1 8 PRO n 1 9 ALA n 1 10 LYS n 1 11 LEU n 1 12 HIS n 1 13 SER n 1 14 PHE n 1 15 THR n 1 16 HIS n 1 17 CYS n 1 18 GLY n 1 19 GLN n 1 20 ALA n 1 21 ALA n 1 22 LEU n 1 23 THR n 1 24 LEU n 1 25 HIS n 1 26 GLY n 1 27 ALA n 1 28 THR n 1 29 THR n 1 30 THR n 1 31 GLU n 1 32 ALA n 1 33 LEU n 1 34 ASN n 1 35 ILE n 1 36 LEU n 1 37 HIS n 1 38 SER n 1 39 CYS n 1 40 HIS n 1 41 ALA n 1 42 CYS n 1 43 ARG n 1 44 LYS n 1 45 ASN n 1 46 ASN n 1 47 PRO n 1 48 GLN n 1 49 HIS n 1 50 GLN n 1 51 MET n 1 52 PRO n 1 53 ARG n 1 54 GLY n 1 55 HIS n 1 56 ILE n 1 57 ARG n 1 58 ARG n 1 59 GLY n 1 60 LEU n 1 61 LEU n 1 62 PRO n 1 63 ASN n 1 64 HIS n 1 65 ILE n 1 66 TRP n 1 67 GLN n 1 68 GLY n 1 69 ASP n 1 70 ILE n 1 71 THR n 1 72 HIS n 1 73 PHE n 1 74 LYS n 1 75 TYR n 1 76 LYS n 1 77 ASN n 1 78 THR n 1 79 LEU n 1 80 TYR n 1 81 ARG n 1 82 LEU n 1 83 HIS n 1 84 VAL n 1 85 TRP n 1 86 VAL n 1 87 ASP n 1 88 THR n 1 89 PHE n 1 90 SER n 1 91 GLY n 1 92 SER n 1 93 VAL n 1 94 SER n 1 95 ALA n 1 96 THR n 1 97 HIS n 1 98 LYS n 1 99 LYS n 1 100 ARG n 1 101 GLU n 1 102 THR n 1 103 SER n 1 104 SER n 1 105 GLU n 1 106 ALA n 1 107 ILE n 1 108 SER n 1 109 SER n 1 110 LEU n 1 111 LEU n 1 112 HIS n 1 113 ALA n 1 114 ILE n 1 115 ALA n 1 116 HIS n 1 117 LEU n 1 118 GLY n 1 119 ARG n 1 120 PRO n 1 121 SER n 1 122 HIS n 1 123 ILE n 1 124 ASN n 1 125 THR n 1 126 ASP n 1 127 ASN n 1 128 GLY n 1 129 PRO n 1 130 ALA n 1 131 TYR n 1 132 ALA n 1 133 SER n 1 134 GLN n 1 135 GLU n 1 136 PHE n 1 137 GLN n 1 138 HIS n 1 139 ALA n 1 140 CYS n 1 141 THR n 1 142 SER n 1 143 LEU n 1 144 ALA n 1 145 ILE n 1 146 ARG n 1 147 HIS n 1 148 THR n 1 149 THR n 1 150 HIS n 1 151 ILE n 1 152 PRO n 1 153 TYR n 1 154 ASN n 1 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ILE n 1 239 PRO n 1 240 GLY n 1 241 LEU n 1 242 ASN n 1 243 SER n 1 244 ARG n 1 245 GLN n 1 246 TRP n 1 247 LYS n 1 248 GLY n 1 249 PRO n 1 250 GLN n 1 251 ARG n 1 252 ALA n 1 253 LEU n 1 254 GLN n 1 255 GLU n 1 256 ALA n 1 257 ALA n 1 258 GLY n 1 259 ALA n 1 260 ALA n 1 261 LEU n 1 262 ILE n 1 263 PRO n 1 264 VAL n 1 265 SER n 1 266 ASP n 1 267 THR n 1 268 ALA n 1 269 ALA n 1 270 GLN n 1 271 TRP n 1 272 ILE n 1 273 PRO n 1 274 TRP n 1 275 LYS n 1 276 LEU n 1 277 LEU n 1 278 LYS n 1 279 ARG n 1 280 ALA n 1 281 VAL n 1 282 CYS n 1 283 PRO n 1 284 ARG n 1 285 LEU n 1 286 ALA n 1 287 GLY n 1 288 ASP n 1 289 THR n 1 290 ALA n 1 291 ASP n 1 292 PRO n 1 293 LYS n 1 294 GLU n 1 295 ARG n 1 296 ASP n 1 297 HIS n 1 298 GLN n 1 299 HIS n 1 300 HIS n 1 301 GLY n 2 1 SER n 2 2 MET n 2 3 THR n 2 4 ARG n 2 5 ASP n 2 6 PHE n 2 7 LYS n 2 8 PRO n 2 9 GLY n 2 10 ASP n 2 11 LEU n 2 12 ILE n 2 13 PHE n 2 14 ALA n 2 15 LYS n 2 16 MET n 2 17 LYS n 2 18 GLY n 2 19 TYR n 2 20 PRO n 2 21 HIS n 2 22 TRP n 2 23 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_entity_src_gen.pdbx_host_org_culture_collection _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell _entity_src_gen.pdbx_host_org_organelle _entity_src_gen.pdbx_host_org_cellular_location _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector _entity_src_gen.host_org_details _entity_src_gen.expression_system_id _entity_src_gen.plasmid_name _entity_src_gen.plasmid_details _entity_src_gen.pdbx_description 1 1 sample 'Biological sequence' 1 301 ? ? pol ? ? ? ? ? ? 'Simian T-lymphotropic virus 1' 33747 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? 'DE3 pLacI (Rosetta-2)' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 1 sample 'Biological sequence' 1 327 Human ? 'PSIP1, DFS70, LEDGF, PSIP2' ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? 'LOBSTR(RIL)' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 2 sample 'Biological sequence' 328 697 Human ? 'PPP2R5C, KIAA0044' ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? 'LOBSTR(RIL)' ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _pdbx_entity_src_syn.entity_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id _pdbx_entity_src_syn.details 3 1 sample 1 30 'Simian T-lymphotropic virus 1' ? 33747 ? 4 1 sample 1 28 'Simian T-lymphotropic virus 1' ? 33747 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP Q4QY51_9STL1 Q4QY51 ? 1 ;QLSPAKLHSFTHCGQAALTLHGATTTEALNILHSCHACRKNNPQHQMPRGHIRRGLLPNHIWQGDITHFKYKNTLYRLHV WVDTFSGSVSATHKKRETSSEAISSLLHAIAHLGRPSHINTDNGPAYASQEFQHACTSLAIRHTTHIPYNPTSSGLVERT NGILKTLLYKYFSDNPNLPMDNALSVALWTINHLNVLTHCQKTRWQLHHSPRLPPIPEAKPVTTSKTHWYYFKIPGLNSR QWKGPQRALQEAAGAALIPVSDTAAQWIPWKLLKRAVCPRLAGDTADPKERDHQHHG ; 600 2 UNP PSIP1_HUMAN O75475 ? 2 ;MTRDFKPGDLIFAKMKGYPHWPARVDEVPDGAVKPPTNKLPIFFFGTHETAFLGPKDIFPYSENKEKYGKPNKRKGFNEG LWEIDNNPKVKFSSQQAATKQSNASSDVEVEEKETSVSKEDTDHEEKASNEDVTKAVDITTPKAARRGRKRKAEKQVETE EAGVVTTATASVNLKVSPKRGRPAATEVKIPKPRGRPKMVKQPCPSESDIITEEDKSKKKGQEEKQPKKQPKKDEEGQKE EDKPRKEPDKKEGKKEVESKRKNLAKTGVTSTSDSEEEGDDQEGEKKRKGGRNFQTAHRRNMLKGQHEKEAADRKRKQEE QMET ; 1 3 UNP 2A5G_HUMAN Q13362 ? 2 ;MVVDAANSNGPFQPVVLLHIRDVPPADQEKLFIQKLRQCCVLFDFVSDPLSDLKWKEVKRAALSEMVEYITHNRNVITEP IYPEVVHMFAVNMFRTLPPSSNPTGAEFDPEEDEPTLEAAWPHLQLVYEFFLRFLESPDFQPNIAKKYIDQKFVLQLLEL FDSEDPRERDFLKTTLHRIYGKFLGLRAYIRKQINNIFYRFIYETEHHNGIAELLEILGSIINGFALPLKEEHKIFLLKV LLPLHKVKSLSVYHPQLAYCVVQFLEKDSTLTEPVVMALLKYWPKTHSPKEVMFLNELEEILDVIEPSEFVKIMEPLFRQ LAKCVSSPHFQVAERALYYWNNEYIMSLISDNAAKILPIMFPSLYRNSKT ; 11 4 PDB 6Z2Y 6Z2Y ? 3 ? 1 5 PDB 6Z2Y 6Z2Y ? 4 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 6Z2Y A 5 ? 301 ? 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'expression tag' 0 19 9 6Z2Y SER F 1 ? UNP O75475 ? ? 'expression tag' -316 20 9 6Z2Y GLU F 326 ? UNP O75475 ? ? linker 9 21 9 6Z2Y PHE F 327 ? UNP O75475 ? ? linker 10 22 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZN non-polymer . 'ZINC ION' ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.5577 ? 21558 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0405 ? 2406 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0046 ? 2452 ? f_plane_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 23.2164 ? 5784 ? f_dihedral_angle_d ? ? # loop_ _refine_ls_restr_ncs.pdbx_refine_id _refine_ls_restr_ncs.dom_id _refine_ls_restr_ncs.ncs_model_details _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_B_iso _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_position _refine_ls_restr_ncs.weight_B_iso _refine_ls_restr_ncs.weight_position _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ordinal _refine_ls_restr_ncs.pdbx_type _refine_ls_restr_ncs.pdbx_asym_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_auth_asym_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_number _refine_ls_restr_ncs.pdbx_rms _refine_ls_restr_ncs.pdbx_weight _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ens_id 'ELECTRON MICROSCOPY' d_2 ? ? 0.000702483087272 ? ? 1 'NCS constraints' ? E ? ? ? ens_1 'ELECTRON MICROSCOPY' d_2 ? ? 0.000681602263544 ? ? 2 'NCS constraints' ? 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N ? ? ? ens_3 # loop_ _struct_ncs_oper.id _struct_ncs_oper.code _struct_ncs_oper.matrix[1][1] _struct_ncs_oper.matrix[1][2] _struct_ncs_oper.matrix[1][3] _struct_ncs_oper.matrix[2][1] _struct_ncs_oper.matrix[2][2] _struct_ncs_oper.matrix[2][3] _struct_ncs_oper.matrix[3][1] _struct_ncs_oper.matrix[3][2] _struct_ncs_oper.matrix[3][3] _struct_ncs_oper.vector[1] _struct_ncs_oper.vector[2] _struct_ncs_oper.vector[3] _struct_ncs_oper.details 1 given -1 0 0 0 -1 0 0 0 1 128.61665593 163.50227711 0 ? 2 given -1 0 0 0 -1 0 0 0 1 128.616666565 163.502226565 0 ? 3 given -1 0 0 0 -1 0 0 0 1 128.630942332 163.490764427 0 ? # loop_ _struct_ncs_dom.pdbx_ens_id _struct_ncs_dom.id _struct_ncs_dom.details ens_1 d_1 ;chain "C" ; ens_1 d_2 ;chain "F" ; ens_2 d_1 ;chain "K" ; ens_2 d_2 ;chain "M" ; ens_3 d_1 ;chain "N" ; ens_3 d_2 ;chain "L" ; # loop_ _struct_ncs_dom_lim.pdbx_ens_id _struct_ncs_dom_lim.dom_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_component_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_refine_code _struct_ncs_dom_lim.selection_details ens_1 d_1 1 . E LEU 1 . E LYS 296 ? ? ? ? ? ? ens_1 d_2 1 . L LEU 1 . L LYS 296 ? ? ? ? ? ? ens_2 d_1 1 . F DA . . F DC . ? ? ? ? ? ? ens_2 d_2 1 . M DA . . M DC . ? ? ? ? ? ? ens_3 d_1 1 . N DG . . N DA . ? ? ? ? ? ? ens_3 d_2 1 . G DG . . G DA . ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ncs_ens.id _struct_ncs_ens.details ens_1 ? ens_2 ? ens_3 ? # loop_ _struct_ncs_ens_gen.ens_id _struct_ncs_ens_gen.dom_id_1 _struct_ncs_ens_gen.dom_id_2 _struct_ncs_ens_gen.oper_id ens_1 d_2 d_1 1 ens_2 d_2 d_1 2 ens_3 d_2 d_1 3 # _struct.entry_id 6Z2Y _struct.title 'CryoEM structure of simian T-cell lymphotropic virus intasome in complex with PP2A regulatory subunit B56 gamma' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6Z2Y _struct_keywords.text 'integrase, transferase, deltaretrovirus, PP2A, B56, phosphatase, molecular mimicry, host factor, DNA-binding, VIRAL PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 2 ? D N N 3 ? E N N 4 ? F N N 1 ? 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WATSON-CRICK ? ? ? hydrog49 hydrog ? ? I DG 6 N1 ? ? ? 1_555 J DC 25 N3 ? ? M DG 6 N DC 17 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog50 hydrog ? ? I DG 6 N2 ? ? ? 1_555 J DC 25 O2 ? ? M DG 6 N DC 17 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog51 hydrog ? ? I DG 6 O6 ? ? ? 1_555 J DC 25 N4 ? ? M DG 6 N DC 17 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog52 hydrog ? ? I DT 7 N3 ? ? ? 1_555 J DA 24 N1 ? ? M DT 7 N DA 16 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog53 hydrog ? ? I DT 7 O4 ? ? ? 1_555 J DA 24 N6 ? ? M DT 7 N DA 16 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog54 hydrog ? ? I DT 8 N3 ? ? ? 1_555 J DA 23 N1 ? ? M DT 8 N DA 15 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog55 hydrog ? ? I DT 8 O4 ? ? ? 1_555 J DA 23 N6 ? ? M DT 8 N DA 15 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog56 hydrog ? ? I DT 9 N3 ? ? ? 1_555 J DA 22 N1 ? ? M DT 9 N DA 14 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog57 hydrog ? ? I DT 9 O4 ? ? ? 1_555 J DA 22 N6 ? ? M DT 9 N DA 14 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog58 hydrog ? ? I DG 10 N1 ? ? ? 1_555 J DC 21 N3 ? ? M DG 10 N DC 13 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog59 hydrog ? ? I DG 10 N2 ? ? ? 1_555 J DC 21 O2 ? ? M DG 10 N DC 13 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog60 hydrog ? ? I DG 10 O6 ? ? ? 1_555 J DC 21 N4 ? ? M DG 10 N DC 13 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog61 hydrog ? ? I DG 11 N1 ? ? ? 1_555 J DC 20 N3 ? ? M DG 11 N DC 12 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog62 hydrog ? ? I DG 11 N2 ? ? ? 1_555 J DC 20 O2 ? ? M DG 11 N DC 12 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog63 hydrog ? ? I DG 11 O6 ? ? ? 1_555 J DC 20 N4 ? ? M DG 11 N DC 12 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog64 hydrog ? ? I DC 12 N3 ? ? ? 1_555 J DG 19 N1 ? ? M DC 12 N DG 11 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog65 hydrog ? ? I DC 12 N4 ? ? ? 1_555 J DG 19 O6 ? ? M DC 12 N DG 11 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog66 hydrog ? ? I DC 12 O2 ? ? ? 1_555 J DG 19 N2 ? ? M DC 12 N DG 11 1_555 ? ? ? ? ? ? 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WATSON-CRICK ? ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference metalc ? ? hydrog ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 GLY 248 B . ? GLY 244 B PRO 249 B ? PRO 245 B 1 1.01 2 LEU 554 C . ? LEU 237 C PRO 555 C ? PRO 238 C 1 -3.56 3 GLY 248 G . ? GLY 244 E PRO 249 G ? PRO 245 E 1 1.01 4 LEU 554 H . ? 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'Paul D. Adams' pdadams@lbl.gov ? ? ? ? Python/C++ https://www.phenix-online.org/ ? phenix.real_space_refine ? ? program 1.18_3845 1 ? refinement ? ? 'Paul D. Adams' pdadams@lbl.gov ? ? ? ? Python/C++ https://www.phenix-online.org/ ? PHENIX ? ? program 1.18_3845 2 # _pdbx_entry_details.entry_id 6Z2Y _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest N _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? # loop_ _em_3d_fitting.entry_id _em_3d_fitting.id _em_3d_fitting.details _em_3d_fitting.overall_b_value _em_3d_fitting.ref_protocol _em_3d_fitting.ref_space _em_3d_fitting.target_criteria _em_3d_fitting.method 6Z2Y 1 ? 31.31 'RIGID BODY FIT' REAL ? ? 6Z2Y 2 'Baverage protein=31.31; DNA=49.12; zinc=38.96' 31.31 'AB INITIO MODEL' REAL ? ? # loop_ _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.details _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id 1 1 ? A 53-221 6QBW 1 2 ? A 212-218 6TOQ 1 3 ? C 238-286 6TJU 1 4 ? A 29-375 5JJA 2 5 ? ? ? ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 6Z2Y _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.details ;3D reconstruction, including Bayesian particle polishing, CTF and beam tilt refinement, as implemented in Relion-3.1, resulted in the final map with minimal anisotropy; 3D-FSC sphericity index of the final map was 0.967. ; _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles 161921 _em_3d_reconstruction.resolution 3.34 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? # loop_ _em_buffer.id _em_buffer.details _em_buffer.pH _em_buffer.specimen_id _em_buffer.name 1 ? 6 1 ? 2 ? 6 2 ? # loop_ _em_entity_assembly.id _em_entity_assembly.parent_id _em_entity_assembly.details _em_entity_assembly.name _em_entity_assembly.source _em_entity_assembly.type _em_entity_assembly.entity_id_list _em_entity_assembly.synonym _em_entity_assembly.oligomeric_details 1 0 ;Sample composition and source have been described in "macromolecules" ; 'Complex of STLV-1 MarB43 integrase with nascent viral DNA and the human PP2A B56 subunit' 'MULTIPLE SOURCES' COMPLEX 1,2,3,4 ? ? 2 1 'Pol Protein' 'Pol Protein' RECOMBINANT COMPLEX 1 ? ? 3 1 'PC4 and SFRS1-interacting protein,Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform' 'PC4 and SFRS1-interacting protein,Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform' RECOMBINANT COMPLEX 2 ? ? 4 1 DNA DNA RECOMBINANT COMPLEX 3,4 ? ? # _em_image_scans.entry_id 6Z2Y _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.dimension_height ? _em_image_scans.dimension_width ? _em_image_scans.frames_per_image 30 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.used_frames_per_image ? _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 6Z2Y _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.details ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.nominal_defocus_max ? _em_imaging.nominal_defocus_min ? _em_imaging.nominal_magnification ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # loop_ _em_sample_support.id _em_sample_support.specimen_id _em_sample_support.details _em_sample_support.grid_material _em_sample_support.grid_mesh_size _em_sample_support.grid_type _em_sample_support.method _em_sample_support.film_material 1 1 ? 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'Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3' ? ? # loop_ _em_vitrification.id _em_vitrification.specimen_id _em_vitrification.chamber_temperature _em_vitrification.cryogen_name _em_vitrification.details _em_vitrification.humidity _em_vitrification.instrument _em_vitrification.entry_id _em_vitrification.citation_id _em_vitrification.method _em_vitrification.temp _em_vitrification.time_resolved_state 1 1 295.15 ETHANE ? 95 'FEI VITROBOT MARK IV' 6Z2Y ? ? ? ? 2 2 295.15 ETHANE ? 95 'FEI VITROBOT MARK IV' 6Z2Y ? ? ? ? # _em_experiment.entry_id 6Z2Y _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 6Z2Y _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C2 # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 HIS A 21 ? ? -91.95 -159.60 2 1 THR A 74 ? ? -163.09 -168.88 3 1 THR A 84 ? ? -89.45 40.52 4 1 PHE A 85 ? ? -141.05 -19.35 5 1 TYR A 127 ? ? 62.80 -0.41 6 1 ASN A 177 ? ? -99.58 59.09 7 1 MET A 180 ? ? 69.01 -14.09 8 1 ALA B 23 ? ? -179.95 143.86 9 1 PRO B 148 ? ? -64.06 2.13 10 1 TYR B 149 ? ? -145.90 30.30 11 1 ARG B 212 ? ? -69.29 3.71 12 1 TRP B 270 ? ? -76.14 25.69 13 1 PRO C 90 ? ? -81.15 30.07 14 1 ALA C 130 ? ? -95.63 31.35 15 1 PHE C 171 ? ? -69.38 1.60 16 1 LEU C 254 ? ? -58.38 -9.52 17 1 SER C 259 ? ? -94.63 40.08 18 1 GLU C 319 ? ? 54.16 80.22 19 1 VAL C 321 ? ? -140.09 12.49 20 1 HIS D 21 ? ? -91.95 -159.58 21 1 THR D 74 ? ? -163.05 -168.86 22 1 THR D 84 ? ? -89.38 40.45 23 1 PHE D 85 ? ? -141.10 -19.26 24 1 TYR D 127 ? ? 62.86 -0.51 25 1 ASN D 177 ? ? -99.56 59.10 26 1 MET D 180 ? ? 68.99 -14.07 27 1 ALA E 23 ? ? -179.91 143.86 28 1 PRO E 148 ? ? -63.99 2.09 29 1 TYR E 149 ? ? -145.95 30.31 30 1 ARG E 212 ? ? -69.26 3.71 31 1 TRP E 270 ? ? -76.24 25.73 32 1 PRO F 90 ? ? -81.08 30.00 33 1 ALA F 130 ? ? -95.66 31.38 34 1 PHE F 171 ? ? -69.37 1.61 35 1 LEU F 254 ? ? -58.37 -9.55 36 1 SER F 259 ? ? -94.65 40.08 37 1 GLU F 319 ? ? 54.20 80.21 38 1 VAL F 321 ? ? -140.16 12.42 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_alt_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id 1 1 Y 1 B LEU 213 ? 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H LYS 288 840 1 Y 1 F ARG -28 ? H ARG 289 841 1 Y 1 F LYS -27 ? H LYS 290 842 1 Y 1 F GLY -26 ? H GLY 291 843 1 Y 1 F GLY -25 ? H GLY 292 844 1 Y 1 F ARG -24 ? H ARG 293 845 1 Y 1 F ASN -23 ? H ASN 294 846 1 Y 1 F PHE -22 ? H PHE 295 847 1 Y 1 F GLN -21 ? H GLN 296 848 1 Y 1 F THR -20 ? H THR 297 849 1 Y 1 F ALA -19 ? H ALA 298 850 1 Y 1 F HIS -18 ? H HIS 299 851 1 Y 1 F ARG -17 ? H ARG 300 852 1 Y 1 F ARG -16 ? H ARG 301 853 1 Y 1 F ASN -15 ? H ASN 302 854 1 Y 1 F MET -14 ? H MET 303 855 1 Y 1 F LEU -13 ? H LEU 304 856 1 Y 1 F LYS -12 ? H LYS 305 857 1 Y 1 F GLY -11 ? H GLY 306 858 1 Y 1 F GLN -10 ? H GLN 307 859 1 Y 1 F HIS -9 ? H HIS 308 860 1 Y 1 F GLU -8 ? H GLU 309 861 1 Y 1 F LYS -7 ? H LYS 310 862 1 Y 1 F GLU -6 ? H GLU 311 863 1 Y 1 F ALA -5 ? H ALA 312 864 1 Y 1 F ALA -4 ? H ALA 313 865 1 Y 1 F ASP -3 ? H ASP 314 866 1 Y 1 F ARG -2 ? H ARG 315 867 1 Y 1 F LYS -1 ? H LYS 316 868 1 Y 1 F ARG 0 ? H ARG 317 869 1 Y 1 F LYS 1 ? H LYS 318 870 1 Y 1 F GLN 2 ? H GLN 319 871 1 Y 1 F GLU 3 ? H GLU 320 872 1 Y 1 F GLU 4 ? H GLU 321 873 1 Y 1 F GLN 5 ? H GLN 322 874 1 Y 1 F MET 6 ? H MET 323 875 1 Y 1 F GLU 7 ? H GLU 324 876 1 Y 1 F THR 8 ? H THR 325 877 1 Y 1 F GLU 9 ? H GLU 326 878 1 Y 1 F PHE 10 ? H PHE 327 879 1 Y 1 F MET 11 ? H MET 328 880 1 Y 1 F VAL 12 ? H VAL 329 881 1 Y 1 F VAL 13 ? H VAL 330 882 1 Y 1 F ASP 14 ? H ASP 331 883 1 Y 1 F ALA 15 ? H ALA 332 884 1 Y 1 F ALA 16 ? H ALA 333 885 1 Y 1 F ASN 17 ? H ASN 334 886 1 Y 1 F SER 18 ? H SER 335 887 1 Y 1 F ASN 19 ? H ASN 336 888 1 Y 1 F GLY 20 ? H GLY 337 889 1 Y 1 F PRO 21 ? H PRO 338 890 1 Y 1 F PHE 22 ? H PHE 339 891 1 Y 1 F GLN 23 ? H GLN 340 892 1 Y 1 F PRO 24 ? H PRO 341 893 1 Y 1 F VAL 25 ? H VAL 342 894 1 Y 1 F VAL 26 ? H VAL 343 895 1 Y 1 F PRO 113 ? H PRO 430 896 1 Y 1 F THR 114 ? H THR 431 897 1 Y 1 F GLY 115 ? H GLY 432 898 1 Y 1 F ALA 116 ? H ALA 433 899 1 Y 1 F GLU 117 ? H GLU 434 900 1 Y 1 F PHE 118 ? H PHE 435 901 1 Y 1 F ASP 119 ? H ASP 436 902 1 Y 1 F PRO 120 ? H PRO 437 903 1 Y 1 F GLU 121 ? H GLU 438 904 1 Y 1 F GLU 122 ? H GLU 439 905 1 Y 1 F ASP 123 ? H ASP 440 906 1 Y 1 F CYS 334 ? H CYS 651 907 1 Y 1 F VAL 335 ? H VAL 652 908 1 Y 1 F SER 336 ? H SER 653 909 1 Y 1 F SER 337 ? H SER 654 910 1 Y 1 F PRO 338 ? H PRO 655 911 1 Y 1 F HIS 339 ? H HIS 656 912 1 Y 1 F PHE 340 ? H PHE 657 913 1 Y 1 F GLN 341 ? H GLN 658 914 1 Y 1 F VAL 342 ? H VAL 659 915 1 Y 1 F ALA 343 ? H ALA 660 916 1 Y 1 F GLU 344 ? H GLU 661 917 1 Y 1 F ARG 345 ? H ARG 662 918 1 Y 1 F ALA 346 ? H ALA 663 919 1 Y 1 F LEU 347 ? H LEU 664 920 1 Y 1 F TYR 348 ? H TYR 665 921 1 Y 1 F TYR 349 ? H TYR 666 922 1 Y 1 F TRP 350 ? H TRP 667 923 1 Y 1 F ASN 351 ? H ASN 668 924 1 Y 1 F ASN 352 ? H ASN 669 925 1 Y 1 F GLU 353 ? H GLU 670 926 1 Y 1 F TYR 354 ? H TYR 671 927 1 Y 1 F ILE 355 ? H ILE 672 928 1 Y 1 F MET 356 ? H MET 673 929 1 Y 1 F SER 357 ? H SER 674 930 1 Y 1 F LEU 358 ? H LEU 675 931 1 Y 1 F ILE 359 ? H ILE 676 932 1 Y 1 F SER 360 ? H SER 677 933 1 Y 1 F ASP 361 ? H ASP 678 934 1 Y 1 F ASN 362 ? H ASN 679 935 1 Y 1 F ALA 363 ? H ALA 680 936 1 Y 1 F ALA 364 ? H ALA 681 937 1 Y 1 F LYS 365 ? H LYS 682 938 1 Y 1 F ILE 366 ? H ILE 683 939 1 Y 1 F LEU 367 ? H LEU 684 940 1 Y 1 F PRO 368 ? H PRO 685 941 1 Y 1 F ILE 369 ? H ILE 686 942 1 Y 1 F MET 370 ? H MET 687 943 1 Y 1 F PHE 371 ? H PHE 688 944 1 Y 1 F PRO 372 ? H PRO 689 945 1 Y 1 F SER 373 ? H SER 690 946 1 Y 1 F LEU 374 ? H LEU 691 947 1 Y 1 F TYR 375 ? H TYR 692 948 1 Y 1 F ARG 376 ? H ARG 693 949 1 Y 1 F ASN 377 ? H ASN 694 950 1 Y 1 F SER 378 ? H SER 695 951 1 Y 1 F LYS 379 ? H LYS 696 952 1 Y 1 F THR 380 ? H THR 697 953 1 Y 1 M DC 22 ? I DC 22 954 1 Y 1 M DC 23 ? I DC 23 955 1 Y 1 M DG 24 ? I DG 24 956 1 Y 1 M DG 25 ? I DG 25 957 1 Y 1 M DA 26 ? I DA 26 958 1 Y 1 M DG 27 ? I DG 27 959 1 Y 1 M DA 28 ? I DA 28 960 1 Y 1 M DG 29 ? I DG 29 961 1 Y 1 M DA 30 ? I DA 30 962 1 Y 1 N DT -7 ? J DT 1 963 1 Y 1 N DC -6 ? J DC 2 964 1 Y 1 N DT -5 ? J DT 3 965 1 Y 1 N DC -4 ? J DC 4 966 1 Y 1 N DT -3 ? J DT 5 967 1 Y 1 N DC -2 ? J DC 6 968 1 Y 1 N DC -1 ? J DC 7 969 1 Y 1 N DG 0 ? J DG 8 970 1 Y 1 N DG 1 ? J DG 9 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 20 mM ? 'Bis tris propane' 1 2 0.3 M NaCl 'Sodium Chloride' 2 3 20 mM ? 'Bis tris propane' 2 4 0.3 M NaCl 'Sodium chloride' # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # loop_ _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id _em_entity_assembly_molwt.id _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag _em_entity_assembly_molwt.units _em_entity_assembly_molwt.value 1 1 NO MEGADALTONS 0.3311 1 2 NO ? ? # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_naturalsource.organ _em_entity_assembly_naturalsource.organelle _em_entity_assembly_naturalsource.organism _em_entity_assembly_naturalsource.strain _em_entity_assembly_naturalsource.tissue 1 2 ? ? 33747 ? ? 'Simian T-lymphotropic virus 1' ? ? 2 3 ? ? 9606 ? ? 'Homo sapiens' ? ? 3 4 ? ? 33747 ? ? 'Simian T-lymphotropic virus 1' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain 2 2 ? 562 'Escherichia coli' ? ? 3 3 ? 562 'Escherichia coli' ? ? 4 4 ? 32630 'synthetic construct' ? ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 50.4 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'FEI FALCON III (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images ? # _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_name ? _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width 20 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ;2,198,454 (OH dataset) and 2,157,654 (GO dataset) 3D reconstructions using either separate subsets resulted in highly anisotropic maps due to severe preferential orientations. Because 3D-FCS analysis indicated favourable complementarity of the data, the datasets were merged as separate optic groups in Relion-3.1. 3D reconstruction, including Bayesian particle polishing, CTF and beam tilt refinement, as implemented in Relion-3.1, resulted in the final map with minimal anisotropy; 3D-FSC sphericity index of the final map was 0.967. ; _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 4356108 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? Gautomatch ? 1 ? ? 2 'PARTICLE SELECTION' ? ? ? 1 ? ? 3 'IMAGE ACQUISITION' ? EPU ? ? ? 1 4 MASKING ? ? ? ? ? ? 5 'CTF CORRECTION' ? Gctf 1.06 1 ? ? 6 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 8 'MODEL FITTING' ? 'UCSF Chimera' 1.12 ? 1 ? 9 'MODEL FITTING' ? NAMD Namdinator ? 1 ? 10 'MODEL FITTING' ? Coot 0.8.9.2 ? 1 ? 11 OTHER ? ? ? ? ? ? 12 'CTF CORRECTION' ? ? ? 1 ? ? 14 'IMAGE ACQUISITION' ? EPU ? ? ? 1 16 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX 1.18-3845 ? 1 ? 17 'MODEL REFINEMENT' ? Coot 0.8.9.2 ? 1 ? 18 'MODEL FITTING' ? Coot 0.8.9.2 ? 2 ? 19 'MODEL FITTING' ? ? ? ? 2 ? 20 'MODEL REFINEMENT' ? Coot 0.8.9.2 ? 2 ? 21 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX 1.18-3845 ? 2 ? 22 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? cryoSPARC 2 1 ? ? 23 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 24 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? cryoSPARC 3.1 1 ? ? 25 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 26 CLASSIFICATION ? RELION 3.1 1 ? ? 27 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 28 RECONSTRUCTION ? RELION 3.1 1 ? ? 29 RECONSTRUCTION ? ? ? 1 ? ? # loop_ _em_specimen.id _em_specimen.experiment_id _em_specimen.concentration _em_specimen.details _em_specimen.embedding_applied _em_specimen.shadowing_applied _em_specimen.staining_applied _em_specimen.vitrification_applied 1 1 0.76 'Complex has been purified by SEC chromatography' NO NO NO YES 2 1 ? 'Complex has been purified by SEC chromatography' NO NO NO YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 6Z2Y 'double helix' 6Z2Y 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 D DG 4 1_555 E DC 27 1_555 -0.284 -0.049 -0.936 -18.191 -9.433 3.416 1 K_DG4:DC19_L K 4 ? L 19 ? 19 1 1 D DT 5 1_555 E DA 26 1_555 -0.107 -0.207 -0.884 -7.819 -1.492 2.597 2 K_DT5:DA18_L K 5 ? L 18 ? 20 1 1 D DG 6 1_555 E DC 25 1_555 -0.136 -0.084 -0.786 -9.762 0.317 -0.328 3 K_DG6:DC17_L K 6 ? L 17 ? 19 1 1 D DT 7 1_555 E DA 24 1_555 -0.010 -0.018 -0.047 -2.534 -2.980 1.414 4 K_DT7:DA16_L K 7 ? L 16 ? 20 1 1 D DT 8 1_555 E DA 23 1_555 -0.118 -0.099 0.577 -0.429 -4.454 -3.466 5 K_DT8:DA15_L K 8 ? L 15 ? 20 1 1 D DT 9 1_555 E DA 22 1_555 0.025 -0.110 0.570 3.644 -0.070 1.688 6 K_DT9:DA14_L K 9 ? L 14 ? 20 1 1 D DG 10 1_555 E DC 21 1_555 -0.127 -0.108 0.520 5.890 0.225 -1.612 7 K_DG10:DC13_L K 10 ? L 13 ? 19 1 1 D DG 11 1_555 E DC 20 1_555 -0.253 -0.134 0.233 3.311 -1.507 0.437 8 K_DG11:DC12_L K 11 ? L 12 ? 19 1 1 D DC 12 1_555 E DG 19 1_555 0.217 -0.064 0.113 2.630 -3.105 -0.157 9 K_DC12:DG11_L K 12 ? L 11 ? 19 1 1 D DG 13 1_555 E DC 18 1_555 -0.178 -0.087 0.163 0.429 -6.063 0.760 10 K_DG13:DC10_L K 13 ? L 10 ? 19 1 1 D DC 14 1_555 E DG 17 1_555 0.293 -0.142 -0.060 0.377 -5.927 3.502 11 K_DC14:DG9_L K 14 ? L 9 ? 19 1 1 D DT 15 1_555 E DA 16 1_555 -0.040 -0.104 0.023 -2.689 -6.828 1.245 12 K_DT15:DA8_L K 15 ? L 8 ? 20 1 1 D DT 16 1_555 E DA 15 1_555 0.109 -0.234 -0.291 -3.648 -7.154 8.811 13 K_DT16:DA7_L K 16 ? L 7 ? 20 1 1 D DC 17 1_555 E DG 14 1_555 0.576 -0.084 -0.962 -0.938 -8.363 13.872 14 K_DC17:DG6_L K 17 ? L 6 ? 19 1 1 D DT 18 1_555 E DA 13 1_555 0.142 -0.071 -0.613 -1.234 -11.774 5.787 15 K_DT18:DA5_L K 18 ? L 5 ? 20 1 1 D DT 20 1_555 E DA 11 1_555 0.224 -0.083 -0.147 -10.418 -2.007 4.316 16 K_DT20:DA3_L K 20 ? L 3 ? 20 1 1 D DC 21 1_555 E DG 10 1_555 0.051 -0.183 0.760 -4.102 4.452 2.030 17 K_DC21:DG2_L K 21 ? L 2 ? 19 1 1 I DG 4 1_555 J DC 27 1_555 -0.285 -0.048 -0.935 -18.186 -9.452 3.409 18 M_DG4:DC19_N M 4 ? N 19 ? 19 1 1 I DT 5 1_555 J DA 26 1_555 -0.107 -0.207 -0.883 -7.825 -1.506 2.596 19 M_DT5:DA18_N M 5 ? 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