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US ? ? primary 'Cell Rep' ? ? 2211-1247 ? ? 33 ? 108529 108529 'Mechanistic Insights into Regulation of the ALC1 Remodeler by the Nucleosome Acidic Patch.' 2020 ? 10.1016/j.celrep.2020.108529 33357431 ? ? ? ? ? ? ? ? ? US ? ? 1 'Protein Sci.' PRCIEI 0795 0961-8368 ? ? 27 ? 14 25 'UCSF ChimeraX: Meeting Modern Challenges in Visualization and Analysis' 2018 ? 10.1002/pro.3235 28710774 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 'Acta Crystallogr D Struct Biol' ? ? 2059-7983 ? ? 74 ? 519 530 'ISOLDE: a physically realistic environment for model building into low-resolution electron-density maps.' 2018 ? 10.1107/S2059798318002425 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? UK ? ? 3 IUCrJ ? ? 2052-2525 ? ? 7 ? 253 267 'Estimation of high-order aberrations and anisotropic magnification from cryo-EM data sets in' 2020 ? 10.1107/S2052252520000081 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? US ? ? 4 'J. Struct. Biol.' JSBIEM 0803 1095-8657 ? ? 180 ? 519 530 'RELION: implementation of a Bayesian approach to cryo-EM structure determination.' 2012 ? 10.1016/j.jsb.2012.09.006 ? ? ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Lehmann, L.C.' 1 ? primary 'Bacic, L.' 2 ? primary 'Hewitt, G.' 3 ? primary 'Brackmann, K.' 4 ? primary 'Sabantsev, A.' 5 ? primary 'Gaullier, G.' 6 ? primary 'Pytharopoulou, S.' 7 ? primary 'Degliesposti, G.' 8 ? primary 'Okkenhaug, H.' 9 ? primary 'Tan, S.' 10 ? primary 'Costa, A.' 11 ? primary 'Skehel, J.M.' 12 ? primary 'Boulton, S.J.' 13 ? primary 'Deindl, S.' 14 ? 1 'Goddard, T.D.' 15 ? 1 'Huang, C.C.' 16 ? 1 'Meng, E.C.' 17 ? 1 'Pettersen, E.F.' 18 ? 1 'Couch, G.S.' 19 ? 1 'Morris, J.H.' 20 ? 1 'Ferrin, T.E.' 21 ? 2 'Croll, T.I.' 22 ? 3 'Zivanov, J.' 23 ? 3 'Nakane, T.' 24 0000-0003-2697-2767 3 'Scheres, S.H.W.' 25 ? 4 'Scheres, S.H.' 26 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Histone H3' 15403.062 2 ? 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'Synthetic peptide biotinylated at its C-terminus.' 8 water nat water 18.015 146 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 4 H2B1.1 7 'Amplified in liver cancer protein 1' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLAAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLAAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; A,E ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MSGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; ;MSGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK ; C,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MAKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAH YNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;MAKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAH YNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; D,H ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC) (DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG) (DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA) (DT)(DC)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCC CGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCGAT ; I ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG) (DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG) (DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA) (DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DC)(DT)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTAC GTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTGAT ; J ? 7 'polypeptide(L)' no no EKASQEGRSLRNKGSVLIPGLVEGSTKRKRVLSPEEK EKASQEGRSLRNKGSVLIPGLVEGSTKRKRVLSPEEK K,L ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ALA n 1 3 ARG n 1 4 THR n 1 5 LYS n 1 6 GLN n 1 7 THR n 1 8 ALA n 1 9 ARG n 1 10 LYS n 1 11 SER n 1 12 THR n 1 13 GLY n 1 14 GLY n 1 15 LYS n 1 16 ALA n 1 17 PRO n 1 18 ARG n 1 19 LYS n 1 20 GLN n 1 21 LEU n 1 22 ALA n 1 23 THR n 1 24 LYS n 1 25 ALA n 1 26 ALA n 1 27 ARG n 1 28 LYS n 1 29 SER n 1 30 ALA n 1 31 PRO n 1 32 ALA n 1 33 THR n 1 34 GLY n 1 35 GLY n 1 36 VAL n 1 37 LYS n 1 38 LYS n 1 39 PRO n 1 40 HIS n 1 41 ARG n 1 42 TYR n 1 43 ARG n 1 44 PRO n 1 45 GLY n 1 46 THR n 1 47 VAL n 1 48 ALA n 1 49 LEU n 1 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'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 6ZHX _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 6ZHX _struct.title ;Cryo-EM structure of the regulatory linker of ALC1 bound to the nucleosome's acidic patch: nucleosome class. ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 6ZHX _struct_keywords.text 'ALC1, CHD1L, chromatin remodeler, DNA damage response, nucleosome, NUCLEAR PROTEIN, GENE REGULATION, DNA BINDING PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'DNA BINDING PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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Water molecules were placed where density supports them. Atomic displacement parameters are now correctly refined (they had been omitted in the initial deposition). ; # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Database references' 2 3 'Structure model' Advisory 3 3 'Structure model' 'Atomic model' 4 3 'Structure model' 'Data collection' 5 3 'Structure model' 'Derived calculations' 6 3 'Structure model' 'Non-polymer description' 7 3 'Structure model' 'Refinement description' 8 3 'Structure model' 'Structure summary' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' citation 2 2 'Structure model' citation_author 3 3 'Structure model' atom_site 4 3 'Structure model' audit_author 5 3 'Structure model' chem_comp 6 3 'Structure model' em_entity_assembly 7 3 'Structure model' em_software 8 3 'Structure model' entity 9 3 'Structure model' ndb_struct_na_base_pair 10 3 'Structure model' ndb_struct_na_base_pair_step 11 3 'Structure model' pdbx_entity_nonpoly 12 3 'Structure model' pdbx_nonpoly_scheme 13 3 'Structure model' pdbx_poly_seq_scheme 14 3 'Structure model' pdbx_struct_assembly_gen 15 3 'Structure model' pdbx_struct_assembly_prop 16 3 'Structure model' pdbx_unobs_or_zero_occ_residues 17 3 'Structure model' pdbx_validate_planes 18 3 'Structure model' pdbx_validate_rmsd_angle 19 3 'Structure model' pdbx_validate_torsion 20 3 'Structure model' software 21 3 'Structure model' struct_asym 22 3 'Structure model' struct_conf 23 3 'Structure model' struct_keywords # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_citation.country' 2 2 'Structure model' '_citation.journal_abbrev' 3 2 'Structure model' '_citation.journal_id_CSD' 4 2 'Structure model' '_citation.journal_id_ISSN' 5 2 'Structure model' '_citation.journal_volume' 6 2 'Structure model' '_citation.page_first' 7 2 'Structure model' '_citation.page_last' 8 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_DOI' 9 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_PubMed' 10 2 'Structure model' '_citation.title' 11 2 'Structure model' '_citation.year' 12 2 'Structure model' '_citation_author.identifier_ORCID' 13 2 'Structure model' '_citation_author.name' 14 3 'Structure model' '_chem_comp.formula' 15 3 'Structure model' '_chem_comp.formula_weight' 16 3 'Structure model' '_chem_comp.id' 17 3 'Structure model' '_chem_comp.mon_nstd_flag' 18 3 'Structure model' '_chem_comp.name' 19 3 'Structure model' '_chem_comp.type' 20 3 'Structure model' '_em_entity_assembly.entity_id_list' 21 3 'Structure model' '_em_software.category' 22 3 'Structure model' '_ndb_struct_na_base_pair.buckle' 23 3 'Structure model' '_ndb_struct_na_base_pair.opening' 24 3 'Structure model' '_ndb_struct_na_base_pair.propeller' 25 3 'Structure model' '_ndb_struct_na_base_pair.shear' 26 3 'Structure model' '_ndb_struct_na_base_pair.stagger' 27 3 'Structure model' '_ndb_struct_na_base_pair.stretch' 28 3 'Structure model' '_ndb_struct_na_base_pair_step.helical_rise' 29 3 'Structure model' '_ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist' 30 3 'Structure model' '_ndb_struct_na_base_pair_step.inclination' 31 3 'Structure model' '_ndb_struct_na_base_pair_step.rise' 32 3 'Structure model' '_ndb_struct_na_base_pair_step.roll' 33 3 'Structure model' '_ndb_struct_na_base_pair_step.shift' 34 3 'Structure model' '_ndb_struct_na_base_pair_step.slide' 35 3 'Structure model' '_ndb_struct_na_base_pair_step.tilt' 36 3 'Structure model' '_ndb_struct_na_base_pair_step.tip' 37 3 'Structure model' '_ndb_struct_na_base_pair_step.twist' 38 3 'Structure model' '_ndb_struct_na_base_pair_step.x_displacement' 39 3 'Structure model' '_ndb_struct_na_base_pair_step.y_displacement' 40 3 'Structure model' '_pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id' 41 3 'Structure model' '_pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num' 42 3 'Structure model' '_pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id' 43 3 'Structure model' '_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list' 44 3 'Structure model' '_pdbx_struct_assembly_prop.value' 45 3 'Structure model' '_struct_conf.beg_auth_comp_id' 46 3 'Structure model' '_struct_conf.beg_auth_seq_id' 47 3 'Structure model' '_struct_conf.beg_label_comp_id' 48 3 'Structure model' '_struct_conf.beg_label_seq_id' 49 3 'Structure model' '_struct_conf.end_auth_comp_id' 50 3 'Structure model' '_struct_conf.end_auth_seq_id' 51 3 'Structure model' '_struct_conf.end_label_comp_id' 52 3 'Structure model' '_struct_conf.end_label_seq_id' 53 3 'Structure model' '_struct_conf.pdbx_PDB_helix_length' 54 3 'Structure model' '_struct_keywords.pdbx_keywords' 55 3 'Structure model' '_struct_keywords.text' # loop_ _software.citation_id _software.classification _software.compiler_name _software.compiler_version _software.contact_author _software.contact_author_email _software.date _software.description _software.dependencies _software.hardware _software.language _software.location _software.mods _software.name _software.os _software.os_version _software.type _software.version _software.pdbx_ordinal ? refinement ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? phenix.real_space_refine ? ? ? 1.19.2_4158 1 ? refinement ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? PHENIX ? ? ? 1.19.2_4158 2 ? 'model building' ? ? ? ? ? ? ? ? ? https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ ? 'UCSF ChimeraX' Linux ? package 0.93/v8 3 # _em_3d_fitting.entry_id 6ZHX _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.details ? _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_protocol 'FLEXIBLE FIT' _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.target_criteria 'Real-space CC between model and map' _em_3d_fitting.method ? # loop_ _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.details _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id 1 1 ? A ? 3LZ0 1 2 ? B ? 3LZ0 1 3 ? C ? 3LZ0 1 4 ? D ? 3LZ0 1 5 ? E ? 3LZ0 1 6 ? F ? 3LZ0 1 7 ? G ? 3LZ0 1 8 ? H ? 3LZ0 1 9 ? I ? 3LZ0 1 10 ? J ? 3LZ0 1 11 ? K ? 1ZLA # _em_3d_reconstruction.entry_id 6ZHX _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm 'FOURIER SPACE' _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages 1 _em_3d_reconstruction.num_particles 636544 _em_3d_reconstruction.resolution 2.5 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 7.5 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # loop_ _em_entity_assembly.id _em_entity_assembly.parent_id _em_entity_assembly.details _em_entity_assembly.name _em_entity_assembly.source _em_entity_assembly.type _em_entity_assembly.entity_id_list _em_entity_assembly.synonym _em_entity_assembly.oligomeric_details 1 0 ? 'Crosslinked complex of ALC1 regulatory linker and the nucleosome' 'MULTIPLE SOURCES' COMPLEX 1,2,3,4,5,6,7 ? ? 2 1 ? Histones RECOMBINANT COMPLEX 1,2,3,4 ? ? 3 1 ? DNA RECOMBINANT COMPLEX 5,6 ? ? 4 1 ? 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Two sample applications and blots were performed before vitrification. ; _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.entry_id 6ZHX _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 6ZHX _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 6ZHX _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # loop_ _pdbx_validate_rmsd_angle.id _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_model_num _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.linker_flag 1 1 "O4'" I DG -58 ? ? 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E GLY 34 139 1 Y 1 E GLY 34 ? E GLY 35 140 1 Y 1 E VAL 35 ? E VAL 36 141 1 Y 1 E LYS 36 ? E LYS 37 142 1 Y 1 E LYS 37 ? E LYS 38 143 1 Y 1 F MET 0 ? F MET 1 144 1 Y 1 F SER 1 ? F SER 2 145 1 Y 1 F GLY 2 ? F GLY 3 146 1 Y 1 F ARG 3 ? F ARG 4 147 1 Y 1 F GLY 4 ? F GLY 5 148 1 Y 1 F LYS 5 ? F LYS 6 149 1 Y 1 F GLY 6 ? F GLY 7 150 1 Y 1 F GLY 7 ? F GLY 8 151 1 Y 1 F LYS 8 ? F LYS 9 152 1 Y 1 F GLY 9 ? F GLY 10 153 1 Y 1 F LEU 10 ? F LEU 11 154 1 Y 1 F GLY 11 ? F GLY 12 155 1 Y 1 F LYS 12 ? F LYS 13 156 1 Y 1 F GLY 13 ? F GLY 14 157 1 Y 1 F GLY 14 ? F GLY 15 158 1 Y 1 F ALA 15 ? F ALA 16 159 1 Y 1 F LYS 16 ? F LYS 17 160 1 Y 1 F ARG 17 ? F ARG 18 161 1 Y 1 F HIS 18 ? F HIS 19 162 1 Y 1 F ARG 19 ? F ARG 20 163 1 Y 1 G MET 0 ? G MET 1 164 1 Y 1 G SER 1 ? G SER 2 165 1 Y 1 G GLY 2 ? G GLY 3 166 1 Y 1 G ARG 3 ? G ARG 4 167 1 Y 1 G GLY 4 ? G GLY 5 168 1 Y 1 G LYS 5 ? G LYS 6 169 1 Y 1 G GLN 6 ? G GLN 7 170 1 Y 1 G GLY 7 ? G GLY 8 171 1 Y 1 G GLY 8 ? G GLY 9 172 1 Y 1 G LYS 9 ? 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EPU 2.6.1 ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? Gctf 1.18b2 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ChimeraX 'UCSF Chimera' 0.93 ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' 'commit 5857e1' RELION 3.1 1 ? ? 10 'FINAL EULER ASSIGNMENT' 'commit 5857e1' RELION 3.1 1 ? ? 11 CLASSIFICATION 'commit 5857e1' RELION 3.1 1 ? ? 12 RECONSTRUCTION 'commit 5857e1' RELION 3.1 1 ? ? 13 'MODEL REFINEMENT' ? ISOLDE 1.0b5 ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 1.32 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 6ZHX 'double helix' 6ZHX 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 I DA 1 1_555 J DT 145 1_555 0.042 -0.097 0.037 -1.302 -10.572 -0.997 1 I_DA-72:DT72_J I -72 ? 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J -72 ? 20 1 # loop_ _ndb_struct_na_base_pair_step.model_number _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.shift _ndb_struct_na_base_pair_step.slide _ndb_struct_na_base_pair_step.rise _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt _ndb_struct_na_base_pair_step.roll _ndb_struct_na_base_pair_step.twist _ndb_struct_na_base_pair_step.x_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.y_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_rise _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination _ndb_struct_na_base_pair_step.tip _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist _ndb_struct_na_base_pair_step.step_number _ndb_struct_na_base_pair_step.step_name _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_2 1 I DA 1 1_555 J DT 145 1_555 I DT 2 1_555 J DA 144 1_555 -0.123 -0.133 3.439 2.066 -2.889 33.326 0.269 0.570 3.425 -5.020 -3.590 33.510 1 II_DA-72DT-71:DA71DT72_JJ I -72 ? 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J 41 ? 1 I DG 32 1_555 J DC 114 1_555 I DG 33 1_555 J DC 113 1_555 0.105 -0.711 3.432 2.248 7.035 26.682 -3.234 0.339 3.143 14.884 -4.757 27.667 32 II_DG-41DG-40:DC40DC41_JJ I -41 ? J 41 ? I -40 ? J 40 ? 1 I DG 33 1_555 J DC 113 1_555 I DT 34 1_555 J DA 112 1_555 -0.180 -0.333 3.245 0.642 6.593 35.122 -1.479 0.384 3.129 10.807 -1.053 35.722 33 II_DG-40DT-39:DA39DC40_JJ I -40 ? J 40 ? I -39 ? J 39 ? 1 I DT 34 1_555 J DA 112 1_555 I DC 35 1_555 J DG 111 1_555 0.667 0.260 3.372 3.485 4.260 39.980 -0.125 -0.557 3.425 6.194 -5.068 40.342 34 II_DT-39DC-38:DG38DA39_JJ I -39 ? J 39 ? I -38 ? J 38 ? 1 I DC 35 1_555 J DG 111 1_555 I DG 36 1_555 J DC 110 1_555 0.154 0.963 3.190 -0.128 6.226 29.455 0.573 -0.322 3.318 12.076 0.249 30.092 35 II_DC-38DG-37:DC37DG38_JJ I -38 ? J 38 ? I -37 ? J 37 ? 1 I DG 36 1_555 J DC 110 1_555 I DT 37 1_555 J DA 109 1_555 -0.613 0.688 3.502 -1.679 -3.383 36.594 1.581 0.727 3.450 -5.371 2.666 36.781 36 II_DG-37DT-36:DA36DC37_JJ I -37 ? J 37 ? I -36 ? J 36 ? 1 I DT 37 1_555 J DA 109 1_555 I DA 38 1_555 J DT 108 1_555 -0.363 2.400 3.709 0.446 -6.789 53.038 3.136 0.434 3.398 -7.567 -0.498 53.441 37 II_DT-36DA-35:DT35DA36_JJ I -36 ? J 36 ? I -35 ? J 35 ? 1 I DA 38 1_555 J DT 108 1_555 I DG 39 1_555 J DC 107 1_555 0.355 0.972 3.313 -1.617 3.279 25.207 1.239 -1.282 3.380 7.463 3.681 25.467 38 II_DA-35DG-34:DC34DT35_JJ I -35 ? J 35 ? I -34 ? J 34 ? 1 I DG 39 1_555 J DC 107 1_555 I DA 40 1_555 J DT 106 1_555 -1.057 0.803 3.200 -14.023 4.159 43.588 0.655 0.090 3.426 5.422 18.282 45.864 39 II_DG-34DA-33:DT33DC34_JJ I -34 ? J 34 ? I -33 ? J 33 ? 1 I DA 40 1_555 J DT 106 1_555 I DC 41 1_555 J DG 105 1_555 0.444 -0.378 3.153 -0.111 6.521 26.103 -2.404 -0.982 2.970 14.158 0.242 26.892 40 II_DA-33DC-32:DG32DT33_JJ I -33 ? J 33 ? I -32 ? J 32 ? 1 I DC 41 1_555 J DG 105 1_555 I DA 42 1_555 J DT 104 1_555 -0.344 0.353 3.317 -5.597 6.288 37.663 -0.268 -0.193 3.346 9.593 8.540 38.559 41 II_DC-32DA-31:DT31DG32_JJ I -32 ? J 32 ? I -31 ? J 31 ? 1 I DA 42 1_555 J DT 104 1_555 I DG 43 1_555 J DC 103 1_555 0.296 -0.250 3.323 -3.400 5.028 32.324 -1.308 -1.108 3.202 8.933 6.041 32.875 42 II_DA-31DG-30:DC30DT31_JJ I -31 ? J 31 ? I -30 ? J 30 ? 1 I DG 43 1_555 J DC 103 1_555 I DC 44 1_555 J DG 102 1_555 -0.099 -0.761 3.218 0.681 4.402 33.224 -2.022 0.280 3.092 7.655 -1.184 33.512 43 II_DG-30DC-29:DG29DC30_JJ I -30 ? J 30 ? I -29 ? J 29 ? 1 I DC 44 1_555 J DG 102 1_555 I DT 45 1_555 J DA 101 1_555 -0.400 -0.181 3.127 2.232 5.151 30.887 -1.252 1.137 3.023 9.573 -4.147 31.381 44 II_DC-29DT-28:DA28DG29_JJ I -29 ? J 29 ? I -28 ? J 28 ? 1 I DT 45 1_555 J DA 101 1_555 I DC 46 1_555 J DG 100 1_555 0.637 1.507 3.481 4.479 -3.178 41.937 2.433 -0.398 3.411 -4.417 -6.225 42.279 45 II_DT-28DC-27:DG27DA28_JJ I -28 ? J 28 ? I -27 ? J 27 ? 1 I DC 46 1_555 J DG 100 1_555 I DT 47 1_555 J DA 99 1_555 -1.355 0.641 3.502 -5.366 -2.983 36.529 1.448 1.346 3.596 -4.717 8.486 37.024 46 II_DC-27DT-26:DA26DG27_JJ I -27 ? J 27 ? I -26 ? J 26 ? 1 I DT 47 1_555 J DA 99 1_555 I DA 48 1_555 J DT 98 1_555 1.152 1.409 3.586 6.084 -2.091 41.781 2.193 -0.905 3.640 -2.911 -8.470 42.252 47 II_DT-26DA-25:DT25DA26_JJ I -26 ? J 26 ? I -25 ? J 25 ? 1 I DA 48 1_555 J DT 98 1_555 I DG 49 1_555 J DC 97 1_555 -0.535 1.152 3.411 -5.363 -1.953 36.935 2.068 0.096 3.390 -3.059 8.403 37.358 48 II_DA-25DG-24:DC24DT25_JJ I -25 ? J 25 ? I -24 ? J 24 ? 1 I DG 49 1_555 J DC 97 1_555 I DC 50 1_555 J DG 96 1_555 -0.066 -0.221 3.094 -6.772 5.817 32.820 -1.256 -0.908 2.967 10.065 11.717 33.980 49 II_DG-24DC-23:DG23DC24_JJ I -24 ? J 24 ? I -23 ? J 23 ? 1 I DC 50 1_555 J DG 96 1_555 I DA 51 1_555 J DT 95 1_555 -0.229 -0.307 3.307 1.299 6.385 30.820 -1.759 0.664 3.169 11.847 -2.410 31.485 50 II_DC-23DA-22:DT22DG23_JJ I -23 ? J 23 ? I -22 ? J 22 ? 1 I DA 51 1_555 J DT 95 1_555 I DC 52 1_555 J DG 94 1_555 -0.006 -0.849 3.174 -1.697 10.816 30.123 -3.353 -0.274 2.712 20.000 3.138 32.007 51 II_DA-22DC-21:DG21DT22_JJ I -22 ? J 22 ? I -21 ? J 21 ? 1 I DC 52 1_555 J DG 94 1_555 I DC 53 1_555 J DG 93 1_555 -0.711 -0.391 3.576 -1.725 4.881 27.933 -2.021 1.016 3.495 10.002 3.535 28.400 52 II_DC-21DC-20:DG20DG21_JJ I -21 ? J 21 ? I -20 ? J 20 ? 1 I DC 53 1_555 J DG 93 1_555 I DG 54 1_555 J DC 92 1_555 0.134 -0.249 3.019 0.050 13.702 25.932 -3.186 -0.255 2.566 28.168 -0.103 29.274 53 II_DC-20DG-19:DC19DG20_JJ I -20 ? J 20 ? I -19 ? J 19 ? 1 I DG 54 1_555 J DC 92 1_555 I DC 55 1_555 J DG 91 1_555 -0.309 -0.116 3.465 -2.967 2.790 37.043 -0.575 0.065 3.461 4.375 4.653 37.258 54 II_DG-19DC-18:DG18DC19_JJ I -19 ? J 19 ? I -18 ? J 18 ? 1 I DC 55 1_555 J DG 91 1_555 I DT 56 1_555 J DA 90 1_555 -0.380 -0.070 3.229 3.753 3.650 34.006 -0.676 1.216 3.146 6.196 -6.370 34.395 55 II_DC-18DT-17:DA17DG18_JJ I -18 ? J 18 ? I -17 ? J 17 ? 1 I DT 56 1_555 J DA 90 1_555 I DT 57 1_555 J DA 89 1_555 1.291 0.880 3.442 8.541 -6.071 37.801 2.094 -0.825 3.465 -9.157 -12.883 39.175 56 II_DT-17DT-16:DA16DA17_JJ I -17 ? J 17 ? I -16 ? 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J 6 ? 1 I DT 67 1_555 J DA 79 1_555 I DA 68 1_555 J DT 78 1_555 0.062 1.884 3.698 2.802 -3.517 45.202 2.785 0.195 3.547 -4.563 -3.635 45.414 67 II_DT-6DA-5:DT5DA6_JJ I -6 ? J 6 ? I -5 ? J 5 ? 1 I DA 68 1_555 J DT 78 1_555 I DC 69 1_555 J DG 77 1_555 0.212 1.347 3.411 -5.468 -6.844 39.999 2.682 -0.907 3.095 -9.863 7.880 40.909 68 II_DA-5DC-4:DG4DT5_JJ I -5 ? J 5 ? I -4 ? J 4 ? 1 I DC 69 1_555 J DG 77 1_555 I DG 70 1_555 J DC 76 1_555 -0.242 1.213 3.367 -0.020 3.033 36.976 1.483 0.377 3.452 4.772 0.031 37.096 69 II_DC-4DG-3:DC3DG4_JJ I -4 ? J 4 ? I -3 ? J 3 ? 1 I DG 70 1_555 J DC 76 1_555 I DC 71 1_555 J DG 75 1_555 0.163 0.075 2.981 -4.317 10.763 28.658 -1.773 -1.073 2.776 20.705 8.305 30.870 70 II_DG-3DC-2:DG2DC3_JJ I -3 ? J 3 ? I -2 ? J 2 ? 1 I DC 71 1_555 J DG 75 1_555 I DG 72 1_555 J DC 74 1_555 -0.385 0.422 3.436 -0.767 2.462 36.827 0.315 0.499 3.463 3.891 1.213 36.914 71 II_DC-2DG-1:DC1DG2_JJ I -2 ? J 2 ? I -1 ? 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J -9 ? 1 I DG 82 1_555 J DC 64 1_555 I DC 83 1_555 J DG 63 1_555 0.083 -0.350 3.117 -1.969 11.262 28.606 -2.719 -0.517 2.773 21.727 3.799 30.762 82 II_DG9DC10:DG-10DC-9_JJ I 9 ? J -9 ? I 10 ? J -10 ? 1 I DC 83 1_555 J DG 63 1_555 I DG 84 1_555 J DC 62 1_555 -0.448 0.336 3.333 -4.244 4.739 34.971 -0.165 0.093 3.378 7.806 6.991 35.527 83 II_DC10DG11:DC-11DG-10_JJ I 10 ? J -10 ? I 11 ? J -11 ? 1 I DG 84 1_555 J DC 62 1_555 I DT 85 1_555 J DA 61 1_555 -0.133 -0.690 3.294 2.183 4.432 33.558 -1.890 0.576 3.165 7.625 -3.756 33.910 84 II_DG11DT12:DA-12DC-11_JJ I 11 ? J -11 ? I 12 ? J -12 ? 1 I DT 85 1_555 J DA 61 1_555 I DT 86 1_555 J DA 60 1_555 0.003 -0.125 3.297 3.299 0.860 36.015 -0.324 0.462 3.281 1.387 -5.320 36.171 85 II_DT12DT13:DA-13DA-12_JJ I 12 ? J -12 ? I 13 ? J -13 ? 1 I DT 86 1_555 J DA 60 1_555 I DT 87 1_555 J DA 59 1_555 0.140 -0.005 3.382 1.629 -0.946 38.808 0.111 -0.005 3.384 -1.422 -2.449 38.852 86 II_DT13DT14:DA-14DA-13_JJ I 13 ? J -13 ? I 14 ? 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